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CHD4：DNA损伤修复者的研究新动态
zhpd55 2017-5-5 17:48
CHD4 ： DNA 损伤修复者的研究新动态 诸平 1. 1998~2017 年 PubMed 数据库收录文献（167篇）的年度变化 2. 主要研究12类(20篇以上) 3. 文献主要来源国家和城市（2篇以上） 4. 研究成果主要来源期刊（2篇以上） 5. 约翰 · 霍普金斯大学等单位合作研究新成果 CHD4 是 染色质域解旋酶 DNA 结合蛋白 4 （ Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 4 ） 的 简称 。这种蛋白质与 DNA 损伤修复有关。 在对人类结肠癌细胞和小鼠的实验中，由美国约翰 · 霍普金斯大学 （ Johns Hopkins University ） 基梅尔癌症中心 ( Kimmel Cancer Center ) 的科学家领导的一个研究组 声称 ，他们有证据表明当细胞中通常用于修复 DNA 损伤的一个部件不正常运作时，就 会 出现癌症。 该 组科研人员 指出 ，如果进一步的研究证实了这些发现，它们可能会带来新的抗癌药物分子靶标或者用于检测癌症复发的检验方法。 科学家已经知道了慢性炎症这种癌风险因子可能破坏 DNA 。他们也已经知道癌细胞的扩散能力部分是由于所谓的 “ 表观遗传学 ” 因素，这些因素破坏了基因在应当开启或关闭时的开关能力。在 2017 年 5 月 8 日 即将 出版的《癌细胞》（ Cancer Cell ）杂志 上会 报告 此 项新研究 ， 其中 科学家通过把注意力转向 CHD4 蛋白质， 是因为 CHD4 蛋白质与 DNA 损伤修复有关。 以 斯蒂芬 B. 拜林（ Stephen B. Baylin ） 实验室的一位博士后研究人员 夏黎民（ Limin Xia 音译） 为首的这组科研人员 ， 设计了 相关 实验从而确定 CHD4 蛋白如何修复 DNA 损伤 的。 斯蒂芬 B. 拜林是一位 是医学博士 ， 而弗吉尼亚（ Virginia ） 教授与 D. K. 路德维格（ D.K. Ludwig ） 教授 是从事 肿瘤学与医学 研究的 基梅尔癌症中心科研项目 负责人 。 首先，这组科研人员在实验室中把人类结肠癌细胞暴露在 H 2 O 2 中， H 2 O 2 通过一种炎症样过程损伤 DNA ，也就是产生带负电荷的高度活性的分子 即 活性氧自由基。这些实验表明了在暴露于 H 2 O 2 数分钟之后， CHD4 就存在于 DNA 损伤部位，并且很快就伴随出现了部分由甲基转移酶类构成的其他蛋白质的一个 “ 修理队 ” ，甲基转移酶类是把甲基放在基因上从而让基因 “ 沉默 ” 即关闭它们的蛋白质。 然后，这个研究组 又采用其它方法如 激光束导致结肠癌细胞系的 DNA 损伤。 CHD4 和它的修理队蛋白质再一次扑向了受损部位。 斯蒂芬 B. 拜林认为： “ 这个结果提示， CHD4 及其伴随蛋白质的存在可能是修复 DNA 损伤的一个通用系统的一部分 。 ” 他说，当这个研究组通过遗传干扰这个基因从而制止细胞制造 CHD4 ， 再 暴露于 H 2 O 2 或激光之后，伴随它的蛋白质 未曾 出现， 此现象 为 该 理论 提供 了支持 依据 。 他 说，推测起来，这种机制存在从而在细胞修复 DNA 之 时关闭受损区域的基因。然而，他说，这个 “ 修理队 ” 可能坚守在某些基因周围，即便在 DNA 修复完成或持续进行时也让它们一直 处于 关闭 状态 。 该 研究 小 组指出，一直被关闭的那些类型的基因可能与癌症有联系。 该小组的 科研人员发现，在结肠癌细胞中的最可能已经被甲基化 ， 因此也就被关闭的 8 个基因 ， 被认为是潜在的肿瘤抑制者。进一步的研究表明，这些基因也与 CHD4 一起富集。当科研人员阻止细胞制造 CHD4 之后，这些基因失去了它们的甲基化并且被重新激活，有能力制造阻止癌细胞扩散的蛋白质。 该研究小组的 科研人员发现，结肠癌、肺癌和其 它 癌症的很大一部分 （ 在 30% ~ 40% 之间 ）， 比健康组织有远远更高水平的 CHD4 。 该小组 科研人员对于 CHD4 如何被吸引到受损 DNA 周围 感到好奇，他们发现 CHD4 与一种称为 8- 羟基鸟嘌呤糖苷酶（ 8-Oxoguanine glycosylase 简称 OGG1 ）的酶直接相互作用， OGG1 在 DNA 的一种碱基 —— 鸟嘌呤受损后把它清除掉。当 该小组 科研人员清除掉 OGG1 之后， CHD4 无法到达 DNA 被破坏的部分。当他们对结肠癌细胞的 DNA 进行染色从而定位 OGG1 时，他们发现 OGG1 竟然 位于当癌症发生时常常被关闭的 8 个肿瘤抑制基因上 ！ 最后， 该小组 科研人员进行了一系列的实验 ， 从而 对 2 组结肠癌细胞的行为 进行了研究 ，其中一组典型地具有高水平的 CHD4 ，科研人员使用遗传技术降低了另一组的这种 （ CHD4 ） 蛋白的水平。那些未被修改的结肠癌细胞容易地在皮氏培养皿中运动，穿透了那里的其 它 细胞膜，并且在活体小鼠的一个区域迁移到另一个区域，制造出了新肿瘤。然而， CHD4 被关闭的细胞失去了所有这些癌细胞的能力。 斯蒂芬 B. 拜林 说减少肿瘤中的 CHD4 的数量可能是治疗癌症的一种方法，而追踪高水平的 OGG1 可能对于衡量癌症复发风险 是 有用 的 。 这项研究受到了美国国立环境卫生科学研究所（ RO1 ES011858 ）、 霍德森 信托基金会 （ Hodson Trust ） 、中国国家自然科学基金委员会（ No.81522031, No.81272652 ）以及美国国家毒理学研究中心的支持。 其他研究人员包括美国约翰 · 霍普金斯大学的 蔡怡（ Yi Cai 音译） 、 张杨 W.( Yang W. Zhang 音译） 、 李慧丽（ Huili Li 音译） 、 Cynthia A. Zahnow 、 谢文兵（ Wenbing Xie 音译）、 Ray-Whay Chiu Yen ，以及美国马里兰大学的 Feyruz V. Rassool 。 6. 来自 PubMed 数据库有关 CHD4 研究的部分免费文献： Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4: a novel therapeutic target in liver cancer stem cells. Nio K, Yamashita T, Kaneko S. Chin Clin Oncol. 2017 Feb; 6(1):12. doi: 10.21037/cco.2016.07.01. Epub 2016 Jul 27. PMID: 27506807 The N-terminal Region of Chromodomain Helicase DNA-binding Protein 4 (CHD4) Is Essential for Activity and Contains a High Mobility Group (HMG) Box-like-domain That Can Bind Poly(ADP-ribose). Silva AP, Ryan DP, Galanty Y, Low JK, Vandevenne M, Jackson SP, Mackay JP. J Biol Chem. 2016 Jan 8;291(2):924-38. doi: 10.1074/jbc.M115.683227. Epub 2015 Nov 12. PMID: 26565020 The chromodomain helicase Chd4 is required for Polycomb-mediated inhibition of astroglial differentiation. Sparmann A, Xie Y, Verhoeven E, Vermeulen M, Lancini C, Gargiulo G, Hulsman D, Mann M, Knoblich JA, van Lohuizen M. EMBO J. 2013 May 29;32(11):1598-612. doi: 10.1038/emboj.2013.93. Epub 2013 Apr 26. PMID: 23624931 Chromodomain helicase DNA-binding protein 4 (CHD4) regulates homologous recombination DNA repair, and its deficiency sensitizes cells to poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitor treatment. Pan MR, Hsieh HJ, Dai H, Hung WC, Li K, Peng G, Lin SY. J Biol Chem. 2012 Feb 24;287(9):6764-72. doi: 10.1074/jbc.M111.287037. Epub 2012 Jan 4. PMID: 22219182 The chromatin remodeler protein Chd4 maintains embryonic stem cell identity by controlling pluripotency- and differentiation-associated genes. Zhao H, Han Z, Liu X, Gu J, Tang F, Wei G, Jin Y. J Biol Chem. 2017 Mar 15. pii: jbc.M116.770248. doi: 10.1074/jbc.M116.770248. PMID:28298436 Helicase CHD4 is an epigenetic coregulator of PAX3-FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma. Böhm M, Wachtel M, Marques JG, Streiff N, Laubscher D, Nanni P, Mamchaoui K, Santoro R, Schäfer BW. J Clin Invest. 2016 Nov 1;126(11):4237-4249. doi: 10.1172/JCI85057. Epub 2016 Oct 17. PMID:27760049 更多信息请注意浏览相关网站最新动态。
个人分类: 新观察|7556 次阅读|0 个评论
免费的PubMed数据库会伤害到科技期刊吗？
热度 1 zhpd55 2013-4-6 09:20
PubMed 数据库伤害到科技期刊吗 ？ 诸平 据《科学家》（ TheScientist ）杂志网站 2013 年 4 月 5 日 发表的 KateYandell 撰写的 一篇报道称，最近的一项研究发现，开放存储（ OpenAccess ）知识库使得科技期刊 —— 生物医学杂志的读者减少。 2008 年美国国立卫生研究院 (NIH) 开始要求所有该机构资助的研究 项目必须在 一年内公开 ，并存入在线存储库 PubMed 中心 (PMC) 。根据发表在《美国实验生物学学会联合会志》 （ TheFASEBJournal ）一项新的研究，现在 PMC 是带走了杂志网站的流量，即使 期刊也提供免费的论文浏览、下载也如此 。详见 PhilipM.Davis . PublicaccessibilityofbiomedicalarticlesfromPubMedCentralreducesjournalreadership—retrospectivecohortanalysis . TheFASEBJournal ， April3,2013,doi: 10.1096/fj.13-229922 . 该论文的作者 菲利普 · 戴维斯 （ PhilipDavis ）， 他自己在美国纽约伊萨卡有自己的咨询公司 （ PhilDavisConsulting,Ithaca,NewYork,USA ）， 他进行了一项对照研究 ，分析了 14 种生物医学研究杂志 2008 年 2 月至 2011 年元月之间的 PDF 和 HTML 文档的下载情况。共计涉及到 13223 篇论文，其中有 5999 篇被存储于 PMC, 占总论文数量的 45% 。 他所比较的 “ 案例 ” 即被存储于 PMC 的 5999 篇论文，均系 NIH 资助的论文 , 无论是由 PMC 还是在杂志的网站都可以免费得到，而 “ 对照 ” 组的论文（ 7224 篇）则并非受到 NIH 的资助 , 但是这些论文是在发表之后经过一年，才可以从期刊网站上可以免费使用（包括下载、浏览等） , 而且为送往 PMC 保存。研究结果发现提交给 PMC 的论文与没有提交给 PMC 的论文相比较，从期刊网站下载 HTML 论文下降了 21.4% ， PDF 文档的下载减少了 13.8% 。 NIH 的开放获取政策被誉为让纳税人获得他们已经支付费用的研究成果 , 但戴维斯认为 ,PMC 是对科学团体凭借他们期刊网站的访问来吸引会员的凝聚力有负面影响。从 PMC 下载文章的读者，势必不会再去浏览学会的一些公告或期刊提供其他信息。戴维斯告诉科学 2.0 （ Science2.0 ），希望像这样的研究将有助于告知公众，就开放政府文献存储库对各种利益相关者，以及帮助以证据为基础的公共政策形成所带来的影响进行辩论。更多信息请浏览： http://doc.sciencenet.cn/DocInfo.aspx?id=17779
个人分类: 科技期刊研究|5494 次阅读|4 个评论
长春西汀（Vinpocetine）相关文献-PubMed数据库统计结果
热度 2 zhpd55 2012-9-10 10:21
长春西汀（Vinpocetine）相关文献-PubMed数据库统计结果
有人希望了解长春西汀（Vinpocetine）相关文献，通过PubMed数据库得到570篇相关文献，现将统计结果简要概述如下，供大家参考。 1. 相关文献的年度分布 2. 核心研究区域分布 3. 发表论文较多的几种期刊 4. 核心作者 5. 百篇论文以上的相关主题 6. 百篇论文以上的知识库分布
个人分类: 新观察|4662 次阅读|4 个评论
Steinman R M留给人类的不朽丰碑
zhpd55 2011-10-4 21:55
2011年诺贝尔生理医学奖的获得者之一Steinman R M，在2011年9月30日刚刚去世，虽然他无法分享诺贝尔奖颁奖仪式带来的欢乐，也无法在颁奖仪式上发表获奖感言，但是他留给人类的知识财富犹如一座永垂不朽的丰碑，成为后来者进行深入探索的新领域、新方向。我们以PubMed数据库为例，采用“Steinman R M”在作者（AUTHOR）字段进行检索，有444篇论文被摘录，其中评论性论文60篇，现摘录如下，以供飨尚。注意，在被PubMed数据库摘录的444篇论文中，有242篇论文可以直接免费下载浏览。这些论文作者之一是Steinman RM没有错，但是也可能包括重名重姓，如最早收录的论文是1963年发表的(JOSA, Vol. 53, Iss. 10, pp. 1206–1213 (1963) )，其中的Steinman RM是ROBERT M. STEINMAN,而不是2011年诺贝尔生理医学奖获得者 Ralph Marvin Steinman。因此上述检索结果，仅供参考，需要逐条核实方可确定是否是Ralph Marvin Steinman的论文。 Study of Absolute Visual Detection by the Rating-Scale Method* JACOB N ACHMIAS AND ROBERT M. STEINMAN Department oj Psychology, University of Pennsylvania, Philadelphia, Pennsylvania JOSA, Vol. 53, Iss. 10, pp. 1206–1213 (1963) Ralph Marvin Steinman在世时发表的最后一篇论文是2011年7月25日公布的“ Flt3L controls the development of radiosensitive dendritic cells in the meninges and choroid plexus of the steady-state mouse brain ”，其合作者如下： Niroshana Anandasabapathy , Gabriel D. Victora , Matthew Meredith , Rachel Feder , Baojun Dong , Courtney Kluger , Kaihui Yao , Michael L. Dustin , Michel C. Nussenzweig , Ralph M. Steinman , and Kang Liu Flt3L controls the development of radiosensitive dendritic cells in the meninges and choroid plexus of the steady-state mouse brain J Exp Med 2011 208 : 1695 - 1705 . Published July 25, 2011 , doi: 10.1084/jem.20102657 60篇与“Steinman RM”有关的评论性论文如下： 1. Targeting of antigens to skin dendritic cells: possibilities to enhance vaccine efficacy. Romani N, Thurnher M, Idoyaga J, Steinman RM , Flacher V. Immunol Cell Biol . 2010 May-Jun;88(4):424-30. Epub 2010 Apr 6. Review. PMID: 20368713 Free PMC Article Free full text Related citations 2. Dendritic cells as controllers of antigen-specific Foxp3+ regulatory T cells. Yamazaki S, Steinman RM . J Dermatol Sci . 2009 May;54(2):69-75. Epub 2009 Mar 14. Review. PMID: 19286352 Free PMC Article Free full text Related citations 3. Innate Valpha14(+) natural killer T cells mature dendritic cells, leading to strong adaptive immunity. Fujii S, Shimizu K, Hemmi H, Steinman RM . Immunol Rev . 2007 Dec;220:183-98. Review. PMID: 17979847 Related citations 4. Dendritic cells: understanding immunogenicity. Steinman RM . Eur J Immunol . 2007 Nov;37 Suppl 1:S53-60. Review. PMID: 17972346 Related citations 5. The interaction of HIV with dendritic cells: outcomes and pathways. Piguet V, Steinman RM . Trends Immunol . 2007 Nov;28(11):503-10. Epub 2007 Oct 22. Review. PMID: 17950666 Related citations 6. Taking dendritic cells into medicine. Steinman RM , Banchereau J. Nature . 2007 Sep 27;449(7161):419-26. Review. PMID: 17898760 Related citations 7. Linking innate to adaptive immunity through dendritic cells. Steinman RM . Novartis Found Symp . 2006;279:101-9; discussion 109-13, 216-9. Review. PMID: 17278389 Related citations 8. Dendritic cells: translating innate to adaptive immunity. Steinman RM , Hemmi H. Curr Top Microbiol Immunol . 2006;311:17-58. Review. PMID: 17048704 Related citations 9. Dendritic cells expand antigen-specific Foxp3+ CD25+ CD4+ regulatory T cells including suppressors of alloreactivity. Yamazaki S, Inaba K, Tarbell KV, Steinman RM . Immunol Rev . 2006 Aug;212:314-29. Review. PMID: 16903923 Related citations 10. The interactions of dendritic cells with antigen-specific, regulatory T cells that suppress autoimmunity. Tarbell KV, Yamazaki S, Steinman RM . Semin Immunol . 2006 Apr;18(2):93-102. Epub 2006 Feb 15. Review. PMID: 16469503 Related citations 11. Harnessing the immune system against human glioma. Dhodapkar KM, Banerjee D, Steinman RM . Ann N Y Acad Sci . 2005 Dec;1062:13-21. Review. PMID: 16461784 Related citations 12. Dendritic cell maturation by innate lymphocytes: coordinated stimulation of innate and adaptive immunity. Münz C, Steinman RM , Fujii S. J Exp Med . 2005 Jul 18;202(2):203-7. Review. PMID: 16027234 Free PMC Article Free full text Related citations 13. The innate functions of dendritic cells in peripheral lymphoid tissues. Steinman RM , Bonifaz L, Fujii S, Liu K, Bonnyay D, Yamazaki S, Pack M, Hawiger D, Iyoda T, Inaba K, Nussenzweig MC. Adv Exp Med Biol . 2005;560:83-97. Review. No abstract available. PMID: 15932024 Related citations 14. Some interfaces of dendritic cell biology. Steinman RM . APMIS . 2003 Jul-Aug;111(7-8):675-97. Review. PMID: 12974772 Related citations 15. The control of immunity and tolerance by dendritic cell. Steinman RM . Pathol Biol (Paris) . 2003 Mar;51(2):59-60. Review. PMID: 12801800 Related citations 16. The interaction of immunodeficiency viruses with dendritic cells. Steinman RM , Granelli-Piperno A, Pope M, Trumpfheller C, Ignatius R, Arrode G, Racz P, Tenner-Racz K. Curr Top Microbiol Immunol . 2003;276:1-30. Review. PMID: 12797441 Related citations 17. Dendritic cell function in vivo during the steady state: a role in peripheral tolerance. Steinman RM , Hawiger D, Liu K, Bonifaz L, Bonnyay D, Mahnke K, Iyoda T, Ravetch J, Dhodapkar M, Inaba K, Nussenzweig M. Ann N Y Acad Sci . 2003 Apr;987:15-25. Review. PMID: 12727620 Related citations 18. The use of dendritic cells in cancer immunotherapy. Schuler G, Schuler-Thurner B, Steinman RM . Curr Opin Immunol . 2003 Apr;15(2):138-47. Review. PMID: 12633662 Related citations 19. Tolerogenic dendritic cells. Steinman RM , Hawiger D, Nussenzweig MC. Annu Rev Immunol . 2003;21:685-711. Epub 2001 Dec 19. Review. PMID: 12615891 Related citations 20. Exploiting dendritic cells to improve vaccine efficacy. Steinman RM , Pope M. J Clin Invest . 2002 Jun;109(12):1519-26. Review. No abstract available. PMID: 12070296 Free PMC Article Free full text Related citations 21. Avoiding horror autotoxicus: the importance of dendritic cells in peripheral T cell tolerance. Steinman RM , Nussenzweig MC. 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