说课:《魔方和数学建模》 VS 群星灿烂的匈牙利数学家 上一回说: 在 1974 年前后,英国、美国和日本都发明出了类似的转动魔方, 为什么只有匈牙利人鲁毕克的魔方能风靡全球? 2009 年英国《每日电讯》报道,匈牙利人的魔方在全世界已经销售了 3.5 亿 个。如果一个魔方赚 1 美元,匈牙利靠魔方就赚了 3.5 亿美元 。 YouTube 有 39,600 个关于魔方的视频,其总点击率可想而知。 http://www.telegraph.co.uk/lifestyle/4412176/Rubiks-Cube-inventor-is-back-with-Rubiks-360.html ( 英国每日电讯 ) 为什么只有匈牙利人鲁毕克的魔方能风靡全球,火爆世界? 这与匈牙利的数学及其文化有关。实际上,这就又回到了我们的《魔方和数学建模》第 1 讲,即魔方的文化内涵。 《魔方和数学建模》第一讲:魔方的文化内涵 http://v.163.com/special/cuvocw/mofangheshuxue.html (网易播放) http://www.icourses.edu.cn/details/10425V002 (爱课程播放) 匈牙利到底有什么样的数学及其文化呢? 还是先让我们看看匈牙利有多少世界级别的伟大数学家吧! 先看看出自匈牙利的两位世界数学掌门人: 冯 · 卡门( Theodore von Kármán , 1881–1963) ,伟大数学家; 冯 · 诺伊曼( John von Neumann , 1903–1957) ,伟大数学家。 冯 · 卡门 在 匈牙利大学本科毕业 ,在德国获得博士学位,后来去了美国,是我国著名科学家钱学森的导师, 开创了数学和基础科学在航空和航天以及其他技术领域的应用,被誉为 “ 航空航天时代的科学奇才 ” ; 冯 · 诺伊曼 是小学、中学、大学和博士都毕业于匈牙利的大学, 开创了现代计算机理论和博弈科学 。 需要强调的是, 冯 · 卡门 在 匈牙利大学本科毕业, 冯 · 诺伊曼在匈牙利学习一直到博士毕业。 匈牙利有 5 位数学家获得国际数学大奖,他们是: 沃尔夫奖: Paul Erdős ( 1983 ), Peter Lax ( 1987 ), László Lovász ( 1999 ), Raoul Bott ( 2000 ); 阿贝尔奖: Endre Szemerédi ( 2012 )。 以上的奖都是数学奖,此外,匈牙利还出过 13 位诺贝尔奖获得者。 较早有名的匈牙利数学家还有: Farkas Bolyai (1775–1856) ; János Bolyai (1802–1860) ; Gyula K ő nig (1849–1913) ; József Kürschák (1864–1933) ; Farkas Gyula (1847 - 1930) ; Lipót Fejér (1880–1959) ; Frigyes Riesz (1880 - 1956) ; George Pólya (1888–1985) ,等等。 关于匈牙利数学家的资料,引用了在美国出版的 《匈牙利的艺术和科学》( Hungarian Arts and Sciences ,1848-2000 ) 。 图 1 和图 2 是 Abel 奖官方网站介绍匈牙利的部分数学家的网页截图。 图 2 Abel 奖官方网站介绍和提及 11 位匈牙利数学家 由此可见,匈牙利拥有辉煌的数学,其数学文化又怎么样呢? 匈牙利的数学文化(含奥数文化)和数学教育 据网络文章 CREATING A CULTURE OF PROBLEM SOLVING 和著作 Hungarian Arts and Sciences ( 1848-2000 )介绍,匈牙利不但有很多著名的数学家,还有不少著名的数学教育家。下面是美国数学学会网站为本科生推荐的匈牙利布达佩斯 15 周学习数学项目。 Budapest Semesters in Mathematics(BSM) 是专门为美国和加拿大本科生培训数学的项目。 Budapest Semester in Math - A 15-week mathematics study abroad program in Budapest, Hungary. Students take mathematics classes taught in English. http://www.maa.org/students/undergrad/ http://www.budapestsemesters.com/ 下面列出了六位匈牙利著名的数学教育家,详细介绍其中的两位,即第一位和第六位。 从 1896 年到 1914 年, László Rátz 任 KMaL 杂志 ( High School Mathematics and Physics Journal )主编。这是一本面向 对数学和物理特别感兴趣 的中学生的数学和物理期刊,创刊于 1894 年 ,一直办到现在,是世界上非常有名的中学数学和物理期刊,图 9 是该杂志的英文版合订本。 Paul Erdős 是匈牙利家喻户晓的数学家,也是 20 世纪最伟大的数学家。如前所述, Paul Erdős 于 1983 年获得 沃尔夫奖。 Paul Erdős 曾经和全世界 485 个人合作,发表过 1475 篇学术论文。 有一部关于 Paul Erdős 的电影记录片,题目叫 N is a Number ,还有 两本描述 Paul Erdős 的书,一本书名为 My Brain Is Open , 另一本书名叫 The Man Who Loved Only Numbers ,如图 10 和图 12 所示。 以上两本关于 Paul Erdős 数学生涯的书,穿插了很多数学游戏。因为, Paul Erdős 的主要研究领域是数论、组合学和图论等,这也是匈牙利为北美大学生培训的数学内容。 2009 年,美国数学学会出版了一本书,题目叫《伟大数学家的著名游戏》,作者 是 塞尔维亚 (The Republic of Serbia) 的一所大学( UNIVERSITY OF NIŠ )的数学教授( Miodrag S. Petkovic ),图 13 是这本书的封面。 图 13 美国数学学会出版的《伟大数学家的著名游戏》 《伟大数学家的著名游戏》一书,从古到今重点列出了 62 位世界伟大的数学家,中国有一位,是宋代杨辉(约 1238 -约 1298 );匈牙利有三位,他们是: George Pólya (1888 – 1985) ,有名著 How to Solve It (1945) ; John von Neumann ( 1903 – 1957) ,奠基计算机理论和博弈科学; Paul Erdős (1913 – 1996) ,主要贡献领域:数论,组合学和图论等。 由此可见,匈牙利拥有众多的群星灿烂的伟大数学家,游戏数学更是他们的强项,魔方从匈牙利出发,征服了全世界绝不是偶然的。 博友相关主题: 1) 杰出的匈牙利科学家群(武夷山) http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=1557do=blogid=2106 2) 匈牙利人为何大师频出? 精选 (徐坚) http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=63234do=blogid=283564
迷宫的数学建模 山东省聊城第一中学高二14班 孟庆伦(高中学生,本博主之子) 指导教师 王树清 摘要:提出了迷宫问题的数学建模方法,得到了走迷宫的三步走法。这种方法可以走通任意迷宫。 关键词:迷宫;端点;无效边 迷宫是一种充满复杂通道的建筑物 , 由于很难找到从入口到出口的通道,因而成为很多人喜欢的有趣和益智游戏。下面以图 1 所示的简单迷宫为例建立数学模型,分析走迷宫的数学方法。 一、迷宫问题的数学建模 1 、数学建模 在迷宫问题中,人们关心的是找出从入口到出口的通道,并不关心通道两侧的建筑物墙壁,这样迷宫问题的实质上就转化为选择从入口到出口通道的问题。通道在数学上可以用线段来描述,因此,从入口到出口的通道在数学上可以用从入口到出口的 折线段描述。图 2 给出了上图中简单迷宫的数学模型。在数学模型中,找出从入口到出口的 折线段 就成了解决迷宫问题的关键 。 2 、数学分析 第一步 查找端点,去除无效边 图中 A 、 B 、 C 、 D 、 E 、 F 、 G 、 H 、 I 、 J 、 K 等结点都只有一条边相连,是边的端点。与端点直接相连的边 LA 、 LB 是 无效通道 ,进入 无效通道 后只能沿原路返回。为了叙述方便,我们把与端点直接相连的边(如图2中 LA 、 LB )称为无效边。可见,要成功走出迷宫首先要避免进入无效边,所以走迷宫第一步是查找端点,去除无效边,图 3 为去除无效边后的一次简化模型。 第二步 查找各级新生端点,去除各级新生无效边 图 2 中 L 、 M 、 N 、 O 、 P 、 Q 、 R 、 S 、 T 、 U 、 V 、 W 等结点有三条以上的边相连,其中 有这样一些结点——有 n 条边相连,但其中有 (n-1) 条边是无效边 。例如,结点L有三条边,但其中有两条边 LA 、 LB 是无效边,去除 LA 、 LB 两条无效边后,结点 L 就变成了 新生的端点, 为了叙述方便,我们把这种新生的端点简称为新生端点。与结点 L 连结的第三条边 OL 也就变成了新生的无效边, 为了叙述方便,我们把 OL 这种 新生的无效边简称为新生无效边。进入这种新生无效边后也只能沿原路返回。图 2 中新生端点除了L外,还有结点 S 。 图 2 中还有这样一些结点——有 n 条边相连,但无效边和新生无效边的总条数为 (n-1) 。例如,结点 O 有四条边,其中有两条边 OC 、 OD 是无效边,另一条 OL 是新生无效边。去除 OC 、 OD 、 OL 三条无效边后,结点O也变成了新生的端点,为了叙述方便,我们把这种新生的端点也简称为新生端点。与结点O连结的第四条边 QO也是新生的无效边,为了叙述方便,我们把 QO 这种边也称为新生无效边。进入这种新生无效边后也只能沿原路返回。 可见,要成功走出迷宫不仅要避免进入无效边,也要避免进入各级新生无效边,所以成功走迷宫的第二步就是查找各级新生端点,去除上述各级新生无效边,图 3 为去除无效边和各级新生无效边后的最终简化模型。 第三步 剩余的边就是成功走迷宫的通道 逐步去除无效边和各级新生无效边后,最后就会只剩从入口到出口的有效通道,如图 3 所示。沿着剩余有效通道就可以成功走通迷宫。按这种迷宫的三步走法, 任意复杂迷宫 都可以快速走通。
达芬奇手稿中的树 张宇宁 博主:最近看到了 Nature 上介绍了一篇文章 ,该文 通过数学建模改进了对树的生长过程中所呈现的几何形态的解释 ( 即达芬奇定律 ) ,读起来饶有兴趣,也体现了科学之美,本人整理了相关的文献和资料,以供读者参考。 列奥纳多 · 达 · 芬奇( Leonardo da Vinci )在 15 世纪的时候发现 ,树在分叉的时候,其沿高度方向的截面积不变 。写成数学表达式即, d 为母枝的直径, di 为分枝的直径, N 为分枝的个数, n 为达芬奇系数。达芬奇给出的 n=2 (即截面积不变)。实际观察到不同物种的 n 在 1.8 和 2.3 之间,基本符合达芬奇定律。 图一 达芬奇的手稿 T. LE MAGE/RMN (INST. FRANCE) 以前的学者提出了一些模型来解释达芬奇定律。其中一种模型认为树可以看做是连通根部和叶子的通道的集合,但对于成年的树来讲,这部分功能占整个截面积的比例非常低( 5% ),因此这种解释缺乏说服力。最近,加州大学圣地亚哥分校的研究人员提出了一个新的模型。该模型主要认为树的生长呈现的达芬奇定律是树为了抵御风产生的应力的结果。植物学的研究显示植物可以通过调整其形态以应对外界的干扰 ( 即 Thigmomorphogenesis ) 。这种外界的干扰可以是风,雨,雪等自然现象,也可以是动物的接触等等。基于这样的假设,研究人员建立数学模型,得到了相对满意的结果。 后记:该文是交叉学科研究的一个典范,深刻的把握学科的内涵,抓住其重要作用的机制是这类研究成功的关键。同时,也展示了大自然是多么的有趣和神奇,其中的奥秘值得我们为之不断探索。 References and notes . What da Vinci saw in trees, Nature, 480, 417 (22 December 2011) doi:10.1038/480417a. . C. Eloy. Leonardo’s Rule, Self-Similarity, and Wind-Induced Stresses in Trees. Phys. Rev. Lett.107,258101(2011) . J. P. Richter, The Notebooks of Leonardo da Vinci (Dover, New York, 1970). . 达芬奇的原文如下: ‘‘all the branches of a tree at every stage of its height when put together are equal in thickness to the trunk’’ . Wikipedia 的解释:“ Thigmomorphogenesis(Thigma -- to touch in Greek) is the response by plants to mechanical sensation (touch) by altering their growth patterns. In the wild, these patterns can be evinced by wind, raindrops, and rubbing by passing animals ” .
新版本Maple 15提供前所未有的计算能力和性能 5年来最重要的版本升级,破纪录的微分方程求解器是Maple 15诸多新功能之一 2011年4月13日 :Maplesoft 今天宣布正式发布新版本Maple 15,现代数学家、工程师、科学家必备的科学计算工具。新特征包括:新增270个新的数学函数、对上千个已有算法进行改进,用户可以更快地求解更复杂的问题。 由于采用了高性能基础运算、领先的计算算法、以及许多选项利用多核计算能力,让Maple 15在扩展性和计算性能方面异常强大。Maple 15可以求解微分方程的符号解,包括其他软件不能处理的微分方程类型,新版本可以求解史无前例的96%的微分方程,遥遥领先于其他软件。 使用Maple 15,用户更有效地处理大型数据,用数据表创建更吸引人的交互式程序。使用新的变量管理器,用户可以更好地控制Maple程序,轻松访问计算状态。用户也可以使用创新的Clickable Math工具,包括超过40个新的探索和说明常规数学概念的示例。 “Maple 15是近五年最重要的Maple升级,我们非常高兴能够与用户分享,”Laurent Bernardin说,Maplesoft副主席/首席科学家:“我们了解用户会不断遇到有挑战性的问题,从设计火星探测车到微积分教学。我们引以为豪的是Maple 15新功能将为他们的成功提供重要帮助。” “Maple是一个包含大量功能的系统 — 数学、编程工具、点击式工具、技术文件特征、教育资源、连接功能、等等。” Dr. Harald Kammerer,一个有着20多年Maple使用经验的用户,德国GERB公司(振动控制)研发部主管:“Maple 15对所有这些领域提供了重要改进,无论您用Maple做什么、或者如何使用它,您将会发现有价值的东西。” Maple 15新功能详细描述(PDF文件): www.cybernet.sh.cn/download/maple/newsletter/201104/Maple15Released.pdf 关于Maplesoft Maplesoft是全球领先的工程、科学研究和数学计算的高性能软件开发商。公司产品的体现了“Given great tools, people can do great things”的理念。Maplesoft公司的核心技术包括世界上最强大的符号计算引擎和创新的物理建模技术,这些领先的技术提供了尖端的工具用于设计、建模、和高性能仿真。 Maplesoft公司的产品帮助用户降低出错率、缩短设计时间,以及管理数据、模拟和结果。Maplesoft产品组合包括Maple,解决各种复杂的数学问题和创建丰富的技术文档;以及MapleSim,用于对物理系统的高性能、多领域建模和仿真。 全球众多的公司和机构在几乎所有的技术领域中应用着Maplesoft 的解决方案,用户渗透超过96%的世界主要大学和研究所,包括MIT, Stanford, Oxford, the NASA Jet Propulsion Laboratory, the U.S. Department of Energy等,他们使用Maplesoft解决方案提高教学和研究工作;商业用户覆盖超过81%的世界财富五百强企业,如Ford、BMW、Bosch、NASA、Boeing、Bloomberg、Microsoft Research、DreamWorks等,应用领域包括汽车、航空航天、电子、国防、能源、金融服务、船舶、快速消费品、娱乐等。2007年,Maplesoft与丰田成为战略合作伙伴,开发新的基于模型开发(MBD)技术应用于汽车工业。 Maplesoft是CYBERNET Systems集团下属全资子公司,中国办事处是莎益博工程系统开发(上海)有限公司。更多信息,请访问: http://www.cybernet.sh.cn/
经过又一轮盲审,本届全美数学建模邀请赛A/B/C三题的最佳解决方案出炉。 清华大学-A题 电子科技大学-B题 洪堡州立大学-C题 最佳方案(稍微有些缩略的版本)将在The UMAP Journal第32卷第2期刊出 ----来自组委会发给所有Outstanding/final papers导师的信的一部分---- The Outstanding MCM and ICM papers to be published in The UMAP Journal Vol. 32, No. 2 are those from: A. Tsinghua University B. University of Electronic Science and Technology C. Humboldt State University The papers were selected "blind," that is, without knowing which institutions they came from. I regret that we could not publish all the Outstanding papers.
1. 数学函数 l @abs(x) :返回 x 的绝对值; l @sin(x) :返回 x 的正弦值,用弧度值; l @cos(x) :返回 x 的余弦值; l @tan(x) :返回 x 的正切值; l @exp(x) :返回常数 e 的 x 次方; l @log(x) :返回 x 的自然对数; l @lgm(x) :返回 x 的 Gamma 函数的自然对数; l @sign(x) :符号函数,如果 x0 返回 -1 ,否则返回 1 ; l @floor(x) :返回 x 的整数部分。当 x=0 时,返回不超过 x 的最大整数;当 x0 时,返回不低于 x 的最大整数; l @smax(x) :返回 x1...xn 中的最大值; l @smin(x) :返回 x1...xn 中的最小值; l @sqr(x) :平方函数,返回 x 的平方的值; l @sqrt(x) :平方根函数,返回 x 的正的平方根的值; l @pow(x,y) :指数函数,返回 x 的 y 次方的值; l @mod(x,y) :模函数,返回 x 对 y 取模的结果,既 x 除以 y 的余数 , 这里 x 和 y 应该是整数。 2. 集合操作函数 l @in(set_name,primitive_index_1 ) 如果元素在指定集中,返回 1 ;否则返回 0 。 l @index( primitive_set_element) 该函数返回在集 set_name 中原始集成员 primitive_set_element 的索引。如果 set_name 被忽略,那么 LINGO 将返回与 primitive_set_element 匹配的第一个原始集成员的索引。如果找不到,则产生一个错误。 l @wrap(index,limit) 该函数返回 j=index-k*limit ,其中 k 是一个整数,取适当值保证 j 落在区间 内。该函数相当于 index 模 limit 再加 1 。该函数在循环、多阶段计划编制中特别有用。 l @size(set_name) 该函数返回集 set_name 的成员个数。在模型中明确给出集大小时最好使用该函数。它的使用使模型更加数据中立,集大小改变时也更易维护。 3. 集合循环函数 l @for :该函数用来产生对集成员的约束。基于建模语言的标量需要显式输入每个约束,不过 @for 函数允许只输入一个约束,然后 LINGO 自动产生每个集成员的约束。 l @sum :该函数返回遍历指定的集成员的一个表达式的和。 l @min 和 @max :返回指定的集成员的一个表达式的最小值或最大值。 4. 变量界定函数 l @bnd(L,x,U) :限制 L=X=U 。注意 LINGO 中没有与 LINDO 命令 SLB , SUB 类似的函数 @SLB 和 @SUB; l @Bin(x) :限制 x 为 0 或 1; l @Free(x) :取消对 x 的符号限制(即可取负数、 0 或正数) ; l @Gin(x) :限制 x 为正数。 5. 金融函数 l @fpa(I,n) :返回如下情形的净现值:单位时段利率为 I ,连续 n 个时段支付,每个时段支付单位费用。若每个时段支付 x 单位的费用,则净现值可用 x 乘以 @fpa(I,n) 算得。 l @fpl(I,n) :返回净现值。 6. 概率函数 l @pbn(p,n,x) :二项分布的累积分布函数。当 n 和(或) x 不是整数时,用线性插值法进行计算。 l @pcx(n,x) :自由度为 n 的χ 2 分布的累积分布函数。 l @peb(a,x) :当到达负荷为 a ,服务系统有 x 个服务器且允许无穷排队时的 Erlang 繁忙概率。 l @pel(a,x) :当到达负荷为 a ,服务系统有 x 个服务器且不允许排队时的 Erlang 繁忙概率。 l @pfd(n,d,x) :自由度为 n 和 d 的 F 分布的累积分布函数。 l @pfs(a,x,c) :当负荷上限为 a ,顾客数为 c ,平行服务器数量为 x 时,有限源的 Poisson 服务系统的等待或返修顾客数的期望值。 a 是顾客数乘以平均服务时间,再除以平均返修时间。当 c 和(或) x 不是整数时,采用线性插值进行计算。 l @phg(pop,g,n,x) :超几何( Hypergeometric )分布的累积分布函数。 pop 表示产品总数, g 是正品数。从所有产品中任意取出 n ( n ≤ pop )件。 pop , g , n 和 x 都可以是非整数,这时采用线性插值进行计算。 l @ppl(a,x) : Poisson 分布的线性损失函数,即返回 max(0,z-x) 的期望值,其中随机变量 z 服从均值为 a 的 Poisson 分布。 l @pps(a,x) :均值为 a 的 Poisson 分布的累积分布函数。当 x 不是整数时,采用线性插值进行计算。 l @psl(x) :单位正态线性损失函数,即返回 max(0,z-x) 的期望值,其中随机变量 z 服从标准正态分布。 l @psn(x) :标准正态分布的累积分布函数。 l @ptd(n,x) :自由度为 n 的 t 分布的累积分布函数。 l @qrand(seed) :产生服从 (0,1) 区间的拟随机数。 @qrand 只允许在模型的数据部分使用,它将用拟随机数填满集属性。通常,声明一个 m × n 的二维表, m 表示运行实验的次数, n 表示每次实验所需的随机数的个数。在行内,随机数是独立分布的;在行间,随机数是非常均匀的。这些随机数是用“分层取样”的方法产生的。 7. 输入和输出函数 输入和输出函数可以把模型和外部数据比如文本文件、数据库和电子表格等连接起来。 l @file 函数:该函数用从外部文件中输入数据,可以放在模型中任何地方。该函数的语法格式为 @file(‘filename’) 。这里 filename 是文件名,可以采用相对路径和绝对路径两种表示方式。 @file 函数对同一文件的两种表示方式的处理和对两个不同的文件处理是一样的,这一点必须注意。 l @text 函数:该函数被用在数据部分用来把解输出至文本文件中。它可以输出集成员和集属性值。其语法为 @text( ) ,这里 filename 是文件名,可以采用相对路径和绝对路径两种表示方式。如果忽略 filename ,那么数据就被输出到标准输出设备(大多数情形都是屏幕)。 @text 函数仅能出现在模型数据部分的一条语句的左边,右边是集名(用来输出该集的所有成员名)或集属性名(用来输出该集属性的值)。我们把用接口函数产生输出的数据声明称为输出操作。输出操作仅当求解器求解完模型后才执行,执行次序取决于其在模型中出现的先后。 l @ole 函数: @OLE 是从 EXCEL 中引入或输出数据的接口函数,它是基于传输的 OLE 技术。 OLE 传输直接在内存中传输数据,并不借助于中间文件。当使用 @OLE 时, LINGO 先装载 EXCEL ,再通知 EXCEL 装载指定的电子数据表,最后从电子数据表中获得 Ranges 。为了使用 OLE 函数,必须有 EXCEL5 及其以上版本。 OLE 函数可在数据部分和初始部分引入数据。 @OLE 可以同时读集成员和集属性,集成员最好用文本格式,集属性最好用数值格式。原始集每个集成员需要一个单元 (cell) ,而对于 n 元的派生集每个集成员需要 n 个单元,这里第一行的 n 个单元对应派生集的第一个集成员,第二行的 n 个单元对应派生集的第二个集成员,依此类推。 @OLE 只能读一维或二维的 Ranges (在单个的 EXCEL 工作表 (sheet) 中),但不能读间断的或三维的 Ranges 。 Ranges 是自左而右、自上而下来读。 l @ranged(variable_or_row_name) :为了保持最优基不变,变量的费用系数或约束行的右端项允许减少的量。 l @rangeu(variable_or_row_name) :为了保持最优基不变,变量的费用系数或约束行的右端项允许增加的量。 l @status(): 返回 LINGO 求解模型结束后的状态: 0 Global Optimum (全局最优) 1 Infeasible (不可行) 2 Unbounded (无界) 3 Undetermined (不确定) 4 Feasible (可行) 5 Infeasible or Unbounded (通常需要关闭“预处理”选项后重新求解模型,以确定模型究竟是不可行还是无界) 6 Local Optimum (局部最优) 7 Locally Infeasible (局部不可行,尽管可行解可能存在,但是 LINGO 并没有找到一个) 8 Cutoff (目标函数的截断值被达到) 9 Numeric Error (求解器因在某约束中遇到无定义的算术运算而停止) 通常,如果返回值不是 0 、 4 或 6 时,那么解将不可信,几乎不能用。该函数仅被用在模型的数据部分来输出数据。
计算生物学是指开发和应用数据分析及理论的方法、 数学建模 、 计算机仿真 技术等。当前,生物学数据量和复杂性不断增长,每14个月基因研究产生的数据就会翻一番,单单依靠观察和实验已难以应付。因此,必须依靠大规模计算模拟技术,从海量信息中提取最有用的数据。 主题词: 计算生物学 英文名称: Computational Biology 款目词: Biology, Computational;Molecular Biology, Computational(分子生物学, 计算机);Bioinformatics(生物信息学) 树状结构号: G01.273.180;H01.158.273.180 相关参见: Medical Informatics(医学信息学) 标引注释: SPEC; SPEC qualif; coord IM with specific biol spec (IM); DF: COMPUTATIONAL BIOL 标引回溯注释: Molecular Biology(分子生物学) (1992-1996) 历史注释: 97 主题词详解: A field of biology concerned with the development of techniques for the collection and manipulation of biological data, and the use of such data to make biological discoveries or predictions. This field encompasses all computational methods and theories applicable to MOLECULAR BIOLOGY and areas of computer-based techniques for solving biological problems including manipulation of models and datasets. 信息分析平台 http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/2?WEB01i80xmf1jqss6I20I1I00h001000j100200010 Computational Biology Top Terms Publications Humans 32,741 Proteins 29,713 Computational Biology 28,437 Genomics 26,480 Genome 23,100 Animals 22,960 Genes 22,318 Proteomics 19,645 Proteome 16,327 Algorithms 10,169 Mass Spectrometry 8,178 DNA 7,954 Biology 7,771 Gene Expression Profiling 7,541 Amino Acid Sequence 6,937 Metabolism 6,917 gene expression 6,877 Gene Expression 6,783 Technology 6,400 Peptides 6,282 1 2 3 ... 2315 信息分析报告: Computational Biology.docx
易鸣,中国科学院武汉物理与数学研究所副研究员。 http://www.researcherid.com/rid/B-5383-2011 统计物理专业出生,自2001年起一直从事生物系统随机动力学的研究,在基因调控网络以及神经网络的随机理论和应用上积累了一定的基础,主要包括:研究了随机噪声对于果蝇的单细胞昼夜生理节律振子的影响。当节律振子只被外部光噪声驱动时,发现外噪声可以诱导相干共振现象(Phys. Rev. E 72,012902 (2005));当内噪声和外噪声同时驱动系统时,我们发现外噪声在一定的噪声强度范围能够促进“内噪声相干共振”,这是随机噪声起积极作用的一个典型例子(Phys. Rev. E 73,041923 (2006));依据一个大肠杆菌质粒体的拷贝数控制模型,理论研究发现:在一定的参数范围内,增加信号分子的噪声强度会减少质粒体分子的噪声强度,推导得到了这种噪声降低效应发生的临界条件(Phys. Rev. E 77,022902 (2008));研究了单个双稳的神经元在加性以及乘性噪声作用下分别诱导相干共振过程中的不同动力学机制(Phys. Rev. E 77, 061905 (2008));探讨了一个多层前馈型神经元网络模型,通过数值模拟发现,高斯白噪声在第一层激发产生不规则的神经触发行为,经过该多层神经元网络后,神经元的电兴奋会慢慢变得同步,进一步分析了网络连接结构对于同步触发的影响(Phys. Rev. E 81,061924 (2010));研究了小世界神经网络中神经元的同步动力学,发现时间延迟以及神经差异性能够诱导网络同步性质发生丰富的转变,通过时空斑图以及同步指标定性以及定量的阐述了同步转变的机制(Phys. Rev. E 83, 046207 (2011) )。 近四年来,重点研究信号转导网络的数学建模和动力学分析,在研究酶的反应扩散体系方面取得了如下工作:基于离散的固定步长随机行走蒙特卡洛数值模拟研究了微观条件下的米氏动力学,得到了单酶条件下的酶催化速率,并探讨了扩散速率的变化对于米氏曲线的影响(Physica A 389,3791 (2010)),同时研究了多酶的MAPK级联模块中支架蛋白对于信号放大的影响,发现慢的去磷酸化情形下,支架蛋白的结合有利于信号放大,而支架蛋白的数目则抑制了信号放大;快的去磷酸化情形下,支架蛋白的结合削弱了信号放大。这些定性的结论都在真实的生物体系中被观察到(Biophys. Chem. 147, 130 (2010));基于常规的整数阶“反应扩散方程”,建立了MAPK信号级联从细胞膜到细胞质空间的反应扩散模型,研究发现MAPK级联处于超灵敏、磷酸化环局部双稳、级联全局双稳以及振荡等四种不同的操作模式下时,活性激酶的空间分布以及药剂依赖关系具有非常不同的响应特点(Phys. Biol. (2011)接收待发表),其次,我们提出了一个整合的生物网络模型,将钙离子振荡模块、GTPase环模块以及MAPK级联模块依次结合起来,研究了振荡的钙信号对于MAPK活性的影响,动力学分析表明:MAPK模块合适的操作模式以及GTPase环模块合理的参数取值对于重现实验现象是十分关键的(Biophys. Chem. 157 (2011) 33)。 文章列表 1. Delay and diversity-induced synchronization transitions in a small-world neuronal network, Jun Tang, Jun Ma, Ming Yi , Hui Xia, and Xianqing Yang, Physical Review E. 83, (2011) 046207 2. Spatial distribution and dose response for different operation modes in a reaction-diffusion model of MAPK cascade, Qi Zhao, Ming Yi*, Yan Liu, Physical Biology. (2011) accepted for publication. 3. A theoretical modeling for frequency modulations of Ca2+ signal on activation of MAPK cascade, Ming Yi* and Qi Zhao, Biophysical Chemistry. 157 (2011) 33 4. Michaelis-Menten mechanism for single-enzyme and multi-enzyme system under stochastic noise and spatial diffusion Author(s): Yi, M; Liu, QA Source: Physica a-Statistical Mechanics and Its Applications Volume: 389 Issue: 18 Pages: 3791-3803 Published: 2010 5. Propagation of firing rate by synchronization and coherence of firing pattern in a feed-forward multilayer neural network Author(s): Yi, M; Yang, LJ Source: Physical Review E Volume: 81 Issue: 6 Published: 2010 6. Theoretical study for regulatory property of scaffold protein on MAPK cascade: A qualitative modeling Author(s): Yi, M ; Xia, KL; Zhan, M Source: Biophysical Chemistry Volume: 147 Issue: 3 Pages: 130-139 Published: 2010 7. A constructive role of internal noise on coherence resonance induced by external noise in a calcium oscillation system Author(s): Yu, G; Yi, M; Jia, Y; et al. Source: Chaos Solitons Fractals Volume: 41 Issue: 1 Pages: 273-283 Published: 2009 8. Cooperative effects of noise and coupling on stochastic dynamics of a membrane-bulk coupling model Author(s): Tang, J; Jia, Y; Yi, M Source: Communications in Theoretical Physics Volume: 51 Issue: 3 Pages: 455-459 Published: 2009 9. Information propagation from IP3 to target protein: A combined model for encoding and decoding of Ca2+ signal Author(s): Zhao, Q; Yi, M; Xia, KL; et al. Source: Physica a-Statistical Mechanics and Its Applications Volume: 388 Issue: 19 Pages: 4105-4114 Published: 2009 10. Suppression of spiral wave and turbulence by using amplitude restriction of variable in a local square area Author(s): Ma, J; Jia, Y; Yi, M; et al. Source: Chaos Solitons Fractals Volume: 41 Issue: 3 Pages: 1331-1339 Published: 2009 11. Theoretical Study on Drift of Ca2+ Spiral Waves Controlled by Electric Field Author(s): Tang, J; Jia, Y; Ma, J; et al. Source: Communications in Theoretical Physics Volume: 51 Issue: 5 Pages: 941-946 Published: 2009 12. Control of spiral wave and turbulence in the time-varied reaction-diffusion system Author(s): Ma, J; Jin, WY; Yi, M; et al. Source: Acta Physica Sinica Volume: 57 Issue: 5 Pages: 2832-2841 Published: 2008 13. Coupling effect of ion channel clusters on calcium signalling Author(s): Tang, J; Jia, Y; Yi, M; et al. Source: Chinese Physics Letters Volume: 25 Issue: 3 Pages: 1149-1152 Published: 2008 14. Critical condition for the occurrence of a noise-reduction effect Author(s): Yi, M; Jia, Y; Ma, J; et al. Source: Physical Review E Volume: 77 Issue: 2 Published: 2008 15. Evolution of spiral wave and pattern formation in a vortical polarized electric field Author(s): Ma, J; Yi, M; Li, BW; et al. Source: Chinese Physics B Volume: 17 Issue: 7 Pages: 2438-2445 Published: 2008 16. Multiplicative-noise-induced coherence resonance via two different mechanisms in bistable neural models Author(s): Tang, J; Jia, Y; Yi, M; et al. Source: Physical Review E Volume: 77 Issue: 6 Published: 2008 17. Numerical study of IP3-dependent Ca2+ spiral waves in Xenopus oocytes Author(s): Tang, J; Jia, Y; Ma, J; et al. Source: Epl Volume: 83 Issue: 6 Published: 2008 18. RyR channels and glucose-regulated pancreatic beta-cells Author(s): Zhan, X; Yang, L; Yi, M; et al. Source: European Biophysics Journal With Biophysics Letters Volume: 37 Issue: 6 Pages: 773-782 Published: 2008 19. Stabilization of pattern in complex Ginzburg-Landau equation with spatial perturbation scheme Author(s): Ma, J; Yi, M; Zhang, LP; et al. Source: Communications in Theoretical Physics Volume: 49 Issue: 6 Pages: 1541-1546 Published: 2008 20. Title: Suppression of spiral wave in modified Orengonator model Author(s): Ma, J; Jin, WY; Yi, M ; et al. Source: Communications in Theoretical Physics Volume: 50 Issue: 2 Pages: 403-410 Published: 2008 21. Title: Theoretical study of mesoscopic stochastic mechanism and effects of finite size on cell cycle of fission yeast Author(s): Yi, M; Jia, Y; Tang, J; et al. Source: Physica a-Statistical Mechanics and Its Applications Volume: 387 Issue: 1 Pages: 323-334 Published: 2008 22. Title: A coarse estimation of cell size region from a mesoscopic stochastic cell cycle model Author(s): Yi, M ; Jia, Y; Liu, Q; et al. Source: Chinese Physics Letters Volume: 24 Issue: 7 Pages: 1829-1832 Published: JUL 2007 23. Title: Enhancement of internal-noise coherence resonance by modulation of external noise in a circadian oscillator Author(s): Yi, M ; Jia, Y; Liu, Q; et al. Source: Physical Review E Volume: 73 Issue: 4 Published: APR 2006 24. Title: Light-noise-induced suprathreshold circadian oscillations and coherent resonance in Drosophila Author(s): Yi, M ; Jia, Y Source: Physical Review E Volume: 72 Issue: 1 Published: JUL 2005 ========================================================================== 25. Lijian Yang, Ya Jia, Ming Yi ,The effects of electrical coupling on the temporal coding of neural signal in noisy Hodgkin-Huxley neuron ensemble International Conference on Natural Computation.10, 819(2010)(EI). 26. Ming Yi, Guang Yu, Jun Tang, Jun Ma, Ya Jia, Effects of structural diversity and fluctuations on synchronization of coupled circadian oscillators, International Journal of Biomedical Soft Computing and Human Sciences. 14, (2009) 67. 27. Spatiotemporal stochastic resonance in a bistable FitzHugh-Nagumo ring with phase-repulsive coupling Qi Zhao Ming Yi* Chenggui Yao EPJB 2011 in revise
偶然发现武大计算机学院的 ACM 赛,取得那么好的成绩,曾经拿到亚洲地区的总决赛的机会! 然后我来看看华工,没想到,历史上 cs.hust.edu.cn 计算机学院有过全球第 20 名的荣誉! 想来,大中国里,有多少能人志士,在全球青年竞赛中获得佳绩! 如果从这个角度,去看看世界的诺贝尔奖,也就不奇怪了! 从目前我申请的那些学校来看,如果 PSU(Pennsylvania University) 、 CMU 、 GMU 、 Harvard 、 Stanford 、 USC(University of Southern California) 等学校,无不以自己学校的诺贝尔奖获得者的数量为傲!无怪乎,国内专家学者在诺奖前,无不失色! 从这个意义上看,更要把基础学科学好,而且必须在青年竞赛中获得好的名次,然后才能在日后的事务中发挥自己的影响力! 积极关注这些年牛 B 的留学者 ( 想李开复、 ) 李开复: 在位于匹茨堡的卡耐基梅隆大学任助教期间,他开创性地运用统计学原理开发出世界上第一个 非特定人连续语音识别系统 , 1988 年被 商业周刊 授予当年 最重要科学创新奖 。 在校期间,李开复还开发了 奥赛罗 人机对弈系统,因为 1988 年击败了人类的黑白棋世界冠军而名噪一时。李开复同时还是美国电气电子工程协会的院士。 担任 SGI 公司的多媒体软件子公司 Cosmo Software 的总裁,负责多平台、互联网三维图形和多媒体软件的研发工作。 在加盟 Google 之前,李开复博士任微软公司自然交互式软件及服务部门副总裁,负责研发各种先进的技术和服务使得人机界面更加简便和自然。该部门负责开发的技术和产品包括语音、自然语言、全新的搜索和在线服务等技术。自然交互式软件及服务部门的使命就是要让所有这些技术能够更好地服务于微软的客户。 1998 年 7 月加盟微软公司,并于 11 月出任微软中国研究院(现微软亚洲研究院)院长。李开复在语音识别、人工智能、三维图形及网络多媒体等领域享有很高的声誉。在他的带领下,微软中国研究院以新一代多媒体、新一代用户界面和新一代信息处理技术为主要方向开展基础研究。 乐鹏: 2006 IEEE 国际服务计算大会服务计算竞赛( The 2006 IEEE International Services Computing Contest, 2006 IEEE International Conference on Services Computing )三等奖 2006 年全球语义网年会的语义网挑战竞赛 Doctor Zhe Wu Zhe Wu received his PhD in computer science from the University of Illinois at Urbana-Champaign in 2001. He received his BE from the Special Class for Gifted Young, University of Science Technology of China in 1996. He is currently a Consultant Member of Technical Staff working on semantic technologies in New England Development Center , Oracle. As an Oracle representative, he participates the W3C OWL (OWL 2) working group. And he served on UDDI standard specification technical committee from August 2003 to September 2005. His work and research interests are in Semantic Web technologies, logical inferencing, database, web services, nonlinear optimization, computer security, and computer networks 武大计科院在历史上是出了很多人才的,在 W3C 、 ACM 、 TopCoder 等,都能看到他们的身影。 难怪这个地方,真是人才辈出啊!数学建模竞赛一等奖,根本不算什么! http://topcoder.com/home/ http://www.topcoder.com/tc?module=MemberProfilecr=286907 http://acm.whu.edu.cn/blog/index.php http://acm.pku.edu.cn/pku2009/ http://www.608088.com/show-7-1.html WishingBone 李开复对程序员有过这样的要求: 一个优秀的程序员,必须有良好的数学基础,这是为了保证他的算法高效 ( 这也是为什么,顶级的 ACM 赛事,到了最后都是谈论数学问题。 ) ; 知晓计算机的组成原理,计算机结构 算法设计技巧 以及大量的编程实践! 还要一个最核心的东西,那就是兴趣! 一切落实到代码! 是任何优秀程序员必须首先要领悟到的内涵! 把计算机学好,基础数学、数据结构、算法等基础课,将来能去美国的话,也要能参加计算性能挑战赛! 把眼光放远点,唯有如此,才能不与周围的人冲突! 同时,只有这样,才会积极地争取同盟者! 去最好的地方,见证最美丽的时刻!时刻准备着,尤其是看到这些想李开复、乐鹏式的先生,作我的指导者! http://blog.sina.com.cn/s/blog_5071eb880100gj2m.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_5071eb880100gjul.html
元极学的精神 李银山 摘 要 元极学的精神可概括为象、数、理三字。理是探讨宇宙人生形上、形下的能变、所变与不变之原理。象是从现实世界万有现象中,寻求其变化的原则。数是由现象界中形下的数理,演绎推详它的变化过程,由此而知人事与万物的前因与后果。进而说明用元极学的精神去研究现代科学才能达到洁静精微的境界。 关键词 元极学;数学建模;理;象;数 分类号 N34 The Spirit of Yuanjics Li Yinshan (male,Ph.D,Research Institute of Applied Mechanics, Taiyuan University of Science and Engineering,Taiyuan, 030024,PRC.) Abstract The spirit of Yuanjics can generalized as Xiang (phenomenon), Shu (mathematics), Li (principle).Li isthe principle to explore the capability of change,the way of change,and the invariant of the universe and humanbeings.Xiang is the rule to seek the change among all the phenomena of the universe.Shu is the mathematics in thefield of phenomena to deduce and infer the process of change.Therefore,the causes and effects between human andnature can be known,and further more,the employment of the spirit of Yuanjics in studying modern sciences canopen up a clear,calm and subtle world. Keywords Yuanjics;mathematical modeling;Xing;Shu;Li 中国的思想对于那些想扩大西方科学的范围和意义的哲学家和科学家来说,始终是个启迪的源泉。 普利高津 1972年10月22日,诺贝尔奖金获得者、物理学家李政道在香港大学讲述:牛顿力学已被量子力学代替了,在量子力学中有很基本、很重要的定律测不准定律。这条定律说明我们永远测不准一切,任何物体假如我们能完全测定它在任何一刻时间的位置,那在同一时间,它的动量就无法能固定。对普通一般物体来说,动量不固定,就是速度不固定;既然速度不能固定,那也就无法完全预定这物体将来的路线了。从哲学上讲,测不准定律和老子所说:道可道,非常道,名可名,非常名。的意思,颇有符合之处。所以近代物理学有些看法,与中国元极学和有无二元学说有相似的地方,因此量子力学的创始人、丹麦物理学家尼尔斯.玻尔(Niels Bohr)在他被封为爵士的时候,选了中国的太极图案作为他的徽章,它闪耀着中国思想的智慧,象征着中西文化的融合。 1 元极学的精神 所谓元极学的内涵,大致包括有理、象、数的3个要点。如果用现代的观念来说,理是类似于哲学思想的范围,它是探讨宇宙人生形上、形下的能变、所变与不变之原理。象是从现实世界万有现象中,寻求其变化的原则。数是由现象界中形下的数理,演绎推详它的变化过程,由此而知人事与万物的前因与后果。反之,也可由数理的归纳方法,了解形而上的原始之本能。 再来综合这3种内涵的意义,便可知元极学中,理之学,是属于哲学性的;象、数之学,是属于科学性的。总而言之,完整的元极学,必须要由象、数科学的基础而达到哲学的最高境界。它并非属于纯粹的只凭心、意识的思维观念,便来类比推断一切事物的思想哲学。 宇宙万象,变化莫测。人生际遇,动止纷纭。综罗元极学理、象、数的内涵,无非教人知变与适变而已。知变是理智的结晶,适变是象、数的明辨。《礼记.经解》中,其实已经提到了这一宗旨:洁静精微,《易》教也。所谓洁静的意义,是指具有哲学性的高度理智之修养。所谓精微的意义,是指洁静的内涵,同时具有科学性、周密、明辨的作用。 2 数学建模 约翰.冯.纽曼指出:科学不只是为了解释一些现象,更不只是为了说明一些事情。科学的主要任务是建立数学模型。它是数学的结构,加上了确定的语言说明,用以描述观察到的现象。这样的数学模型将是唯一精确的。这才是科学的任务。 什么是数学建模呢?如果一定要下一个定义的话,可以说它是一种科学的思考方法,是对现实的现象通过心智活动构造出能抓住其重要且有用的特征的表示,常常是形象化的或符号的表示。从科学、工程经济、管理等角度看数学建模就是用数学的语言和方法,通过抽象、简化,建立能近似刻画并解决实际问题的一种强有力的数学工具。 数、力、理、化、天、地、生各门学科尽管研究的内容不同,但一言以蔽之,其研究方法都是数学建模。其步骤为象、数、理3个要点。 2.1 象建立模型:实际问题数学问题 象即自然现象之象也。自然现象是复杂的,实际问题是千姿百态的。元极图是对太极图的继承和创新。元极图和太极图都是以图象的方式表征事物的演化过程与归终。图象模型用来表征事物的演化,具有形象鲜明的启发意义,也蕴含内在的认识方法与理论思维的基础,这才是图象模型的精华所在。 辨证唯物主义认为世界是物质的,物质是在时间和空间中有规律地运动的。恩格斯根据客观物质和运动形式把现代科学分成:机械运动力学、天文学(天体力学);物理运动物理学(分子的力学);化学运动化学(原子的力学);生物运动生物学(生物力学);社会运动社会学(生产力学)。研究自然现象的数量关系及运动规律的数学方法,必须以最简单的运动为基础,取某一系统为研究对象,建立它的非线性动力学模型。广义的动力学研究的是系统如何随时间变化。所谓系统,就是指由一些相互联系或相互作用的客体组成的集合。这些客体,既可以是自然科学中的一些物质,如气体、液体、固体、化合物、生物的各部分或其整体,也可以是各种社会事物组织,如各种群体或财政经济结构以至生产力和知识等较为抽象的事物。系统的性质或特征是由一些所谓状态变量所表征,如粒子的坐标和动量,化合物的浓度和人口密度,等等。动力学就是要研究这些状态变量随时间变化的规律。这种规律既可表达为关于状态变量的微分方程,也可用关于状态变量的离散方程表示。这些方程既可以是线性的,也可以是非线性的,但实际上多数都是非线性的,线性方程大多只是非线性方程的近似。元极学实质上是广义动力学的图象化、高度概括和总结。 2.2 数数学解答:数学问题数学解 数是元极学的数理表达,是对象的定量研究。古代有河图数、书数、筮数、爻数、阴阳数、大衍数、天地数、卦数,等等。在现代主要是利用电子计算机求解,当然也离不开各种数学新方法和专业常识。这里还需要强调一点就是用元极学思维。 例如:符号动力学的产生和发展就是一例。人类对自然界的研究和观测,只能在一定精度下进行,测量技术可以精益求精,不断前进,但永远做不到绝对准确。研究和测量的根本目的,在于对客观事物或过程的基本的、不变的性质作出严格的结论。究竟能不能从精度有限的测量数据得出这类严格的结论呢?精细的测量必定带来大量的数据,而用以刻画事物根本性质的特征量通常为数不多,为了得到这少数特征量,未必要从大量精细的原始数据出发。其实,整个自然科学体系都是在对事物进行粗粒化或约化的描述。元极学的这一纲领在动力学系统的研究中可以较好地实现。符号动力学就是在有限精度下对动力学过程实行严格描述的一套方法。 西方文化总体来说是研究存在的自然界,以元极学为核心的中国传统文化一直是在研究演化的自然界,70年代后期混沌理论的形成,科学界进入了研究演化自然界的时代。元极学和混沌学的交融必然创造出灿烂的文化。 2.3 理模型检验升华:数学解实际问题的解决 对求得解进行分析判断,这是运用数学模型描述事物特征或运动规律的重要环节。这种分析判断就是联系实际对求得的数学解进行深入的讨论,作出评价和解释,以形成对问题的判断预见。只有当数学模型求得的数学解,能对所要研究的问题作出合乎实际的说明,运用数学方法的目的才算真正达到。 理指元极学的原理、道理。理狭义地讲体现元极学的哲学思想,包括元极图理论(三元、三极、无有学说)、人天整体观、性命学说、和论、量论、无为论、道德论等;广义地讲,理包括自然规律如牛顿定律等基本定律、定理、原理,甚至包括某一实际问题的规律总结。 总之,用元极学的精神研究现代科学才能达到洁静精微之完美境界。 作者单位:太原理工大学应用力学研究所,太原,030024;38岁,男,博士 收稿日期:1998-10-01 发表于《人天科学研究》1999年2月第8卷第一期