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人类社会的运作机制: benlion 2020-10-2 08:39; - 科学与文化的历史哲学人类文明一万年，以宗教形成和农业起源为标志，而后，文字起源和城市形成，发展了手工业与商业模式。在轴心时代，奠定了一神论宗教（波斯和希腊化时期）和三大哲学体系，经历中古代（自然观测与工程制造）的数学和技术与艺术发展，从大航海时代到火星计划时代，建立了法治社会（政务与文官）与金融机制（伦理与市场），形成了科学与工程偶合的工业化过程 - 创新驱动发展模式。（科学范式和教育与企业模式 - 生物学法则的群体生存，也是社会机制的伦理原则）（ Bj.Zeng - 系统与合成生物学的BSSE偶合模式与NIBC会聚技术）人类文化与科学的发展 - 公元前两千年建立了一神论宗教与精神-自然-社会（儒-释-道-墨家）哲学的思维模式，公元后两千年建立了S(T)EA(M)体系，从大航海时代到火星计划时代，经历4次科学与3次工业革命，形成了人文与科学哲学和设计艺术，从实验医学与循证医学到系统医学与精准医学的发展历程，而将进入第4次工业革命时期。附 - 可观测的宇宙（ 138 亿年）与地球的世界历史 - 从以色列 -环地中海（罗马）到中国（春节习俗）-环太平洋（欧洲的延伸，包括，俄国、拉丁美洲与北美和澳洲）的发展过程 - 古典文明与中世纪的拜占庭和查理曼与哈布斯堡王朝-从路易十四（牛顿与康熙同时代）到十六（美国独立与法国革命）和科学与工业的建立时期。 ---（2011年-2020年网络日记）---; 个人分类: 系统医学与药物学|2435 次阅读|0 个评论

宇宙 - 生命与机器的理论和技术: benlion 2020-4-20 16:51; 《结构论》 - 4 世界与 4 轴心时代和《星际情殇》 - 历史哲学和诗歌与绘画与《火星社会》 - 纳米机器与生物工业等：公元前 2 千年，一神论宗教和三大哲学体系奠基，公元后 2 千年，建立了人文哲学和科学哲学，以及法学与金融机制，并从手工业作坊发展到科学实验与机器化工业 - 仪器与技术和数学与软件，以及传媒与数据库，构成科学 - 艺术和工程发展的基础。（中科院微生物所原址）附 - 出生在茶马古道的相中，芍药园里的嫩苗和小溪流里的螃蟹，来自外公（湖北武昌）的望远镜和姑奶（上海川沙）的万花筒，在童年时代留下了深刻的印记。 --- （ 2020 年网络日记） ---; 个人分类: 未来世界|1383 次阅读|0 个评论

纳米机器 - 人工智能与合成生物: benlion 2020-4-11 09:59; 系统医学范式 - 系统（个体化）与合成（工程）生物学的BSSE偶合（转化）- 精准医学模式，包括，系统遗传学与生物工程 - 细胞仿生学与输卵管生物反应器等概念与方法体系 - 1-生物系统理论（结构论）与图论-网络拓扑学，2-太阳能-生物电子学（细胞通讯与分子电路）设计，3-细胞发生动力学，4-自动化细胞的系统设计与NIBC会聚技术等。 1 ）1991-1993年系统科学-人工智能-基因工程整合的太阳能-生物电子SBE技术，系统医学-心身关系（神经-内分泌生理与遗传学）- 实证分析与系统综合的方法，生物信息控制系统 - 自组织系统结构论。1994-1997年系统生物工程与系统遗传学和输卵管生物反应器与细胞仿生工程，DNA测序、合成和引物设计与差异显示表达分析，基因片段的设计与组装合成全基因，耐药细胞系与连续突变筛选方法。 2 ）1996年组织第1届国际转基因动物学术研讨会与筹备协会 - 1999年建立geno-brain Biosystem Network网站与阐述 BSSE （生物系统的科学与工程）方法和筹备国际协会与会议 - 生物系统的分析和genomic intelligence（基因组与大脑智能）与人工生物系统设计 - a实验生物学-分子生物技术与b计算生物学-生物信息技术整合方法，c细胞通讯的基因组程序编制与分子电路模块的装配等。 3 ）2008年成立系统生物工程研究所ltd.，2009-2010年论述细胞传感器与反应器和纳米机器设计3条原则，2009年第11届国际分子系统生物学会议和2010年加州纳米技术暨expo展览发表纳米机器设计，2012年国际系统医学大会邀请做学术报告。2014年启动细胞分析与合成Molnet1.0项目，复杂系统疾病的遗传学机理和神经元-细胞网络设计与天然药物分析的微流控芯片等。注 - 1996年与美国avigenics公司有关输卵管生物反应器，以及与L.Hood有关转基因会议的通信，2000年与N.Seeman讨论生物计算机，以及与M.Tomita有关BSSE会议的通信。 - 1999 年10月和12月在国际刊物刊登会议通知与网站，10月L.Hood和12月H.Kitano分别注册系统生物学域名，分别从a与b阐述系统生物学研究，2001年AP.Arkin论述c工程设计等。 - 1999-2001 年在biosystem network网站列有R.Rosen和D.W.Thompson有关1968年系统（理论）生物学与1910年合成生物学（化学概念）术语的文献，以及E.Kool-E.Hafen-T.Pawson等的文献。 - 2000 年第一届系统生物学国际会议，2003年贝克利建立合成生物学研究中心和2003年 MIT 的iGEM和系统与合成生物学（系统生物工程），2004年第一届国际合成生物学会议等。附 - 曾邦哲（ BjZeng ），出生在茶马古道上的湘中，在小溪流和芍药园、万花筒和望远镜的世界度过了童年时代，1972年翻阅中西医药书籍，1976年科学启蒙和埃舍尔绘画等。在少年时代，设想光合作用仿生工厂、微电子遥控昆虫和蚂蚁神经节网络的构造等。1985年厦门大学毕业，在生物物理学与心理学和仿生学与遗传工程的交叉层面形成了结构论。1994-1997年在北京中科院微生物研究所，1997-2006年留学以色列特拉维夫和德国汉诺威-英国伯明翰，2008年在江苏成立系统生物工程研究所ltd.，开展神经-内分泌和脂类代谢的细胞信号传导与基因表达调控和生物信息与系统生物技术研究等。著述结构论（1983-1986）- 4世界与4轴心时代理论（2013-2016）和星际情殇（2003-2006）与生物工业（2009-2012）- 火星社会（2017-2019），探讨了城市群与地缘文化和道德经济学与SEA（TM）模式，以及极端环境下的医疗与生物技术发展等。1987-1991年在中西医学比较、医学遗传学与生药学和诺依曼计算机模型与分子细胞生物学，探索实验与系统科学整合的方法。1992-1994年提出系统医学-系统遗传学与生物工程和输卵管生物反应器与细胞仿生工程 - 网络拓扑学与生物电子学方法。1996年组织第一届国际转基因动物学术研讨会（暨生物技术与绘画艺术展览），1999年建立geno-brain生物系统网络的网站 - 系统与合成生物学的BSSE（系统生物科学与工程）偶合模式。2007-2012年论述4次科学革命和第3次（计算机与互联网）与第4次工业革命（人工智能与合成生物）和“社会-心理-生物”与工程医学模式。 --- （2020年4月网络日记）---; 个人分类: 系统医学与药物学|1447 次阅读|0 个评论

结构论 - 4轴心时代与4世界理论: benlion 2019-5-31 22:35; 人类的演化：从动物到上帝 O 网页 - 城市群 O 网页与地缘文化 - 科学与工业革命 * O 网页 - 李约瑟难题 O 网页与钱学森之问 O 网页 - 4 轴心时代与 4 世界理论 - 系统医学 O 网页 - 结构理论 O 网页和系统 O 网页与合成生物学 O 网页的 BSSE 方法、系统遗传学 O 网页机理与系统生物工程 O 网页技术 - 纳米机器与工程医学等。注 * ：上世纪进入后现代社会的自动化与信息化 O 网页，本世纪将进入的是智能化与有机化 - 人工智能与基因工程 O 网页等整合的 NIBC 会聚技术，包括，生物计算机 O 网页和细胞工厂与生物能源技术 O 网页等。欧盟系统医学组织 O 网页， ETH 大学 D-BSSE 机构 O 网页， MIT 大学合成生物学中心 O 网页，纽约大学系统遗传学研究所 O 网页 - 系统演化理论 evolutional theory of systems 和 4 轴心时代与 4 世界理论（ 1983-2016 年），包括， 1- 系统医学范式与个体化与转化医学 O 网页模式， 2- 星际情殇 - 幻象诗 - 显现绘画， 3- 道德经济学 - 城市群与地缘文化与 4- 机器理论 - 人工智能与细胞仿生学等。 1996 年 BjZeng 组织第 1 届国际转基因动物学术研讨会（及生物技术与绘画艺术展览）与筹备国际协会（邀请 Transgenic research 为会刊） O 网页 - 1999 年建立 Biosystem Network 网站与筹备 2001 年 BSSE 国际会议 - 系统与合成生物学偶合 O 网页概念的生物系统结构论和实验、计算生物学与人工生物系统的工程设计方法等。注 - 系统 O 网页与合成生物学 O 网页 - BjZeng 论述细胞分子网络的生物系统分析与人工生物系统的工程设计 - 1992-1994 年提出系统医学 - 系统遗传学与生物工程 O 网页和 BSSE 概念、原理与方法体系 - 图论与网络拓扑学和生物电子学等， 2009-2011 年阐述纳米机器设计 3 原则和 4 次科学与 4次工业革命等。 - 1994-1999 年 BjZeng 列有 R.Rosen 和 D.W.Thompson 有关 1968 年系统（理论）生物学与 1910 年合成生物学（化学概念）术语的文献。 - 网络日记（ 2011 年 -2019 年）为备忘录，请勿转载（包括评论），“网页”为参考资料 -; 个人分类: 系统医学与药物学|1960 次阅读|0 个评论

近现代与后现代科学发展: benlion 2019-1-11 08:42; Nature 最新观点：哪些生物系统需要工程（合成生物学）改造？ O 网页 - 合成生物学是未来！人工设计植物光呼吸过程，大幅增加光合作用效率 O 网页 - 人工神经元的计算速度或远超人类大脑！ O 网页 - 微生物活体医疗工程：合成生物学工具箱 O 网页 - 凯泰资本战略投资美国生命工坊（ LifeFoundry ），前瞻性布局合成生物学创新方向 O 网页 - 本世纪的科学与技术核心，必然是物理学 - 生物学 - 心理学整合的生物系统与机器系统的研究与开发。合成生物学研究所介绍：苏黎世联邦理工生物系统科学与工程系 O 网页 - 帝国理工学院合成生物学中心 O 网页 - 麻省理工学院（ SBC @MIT ）简介 O 网页 - 加州大学伯克利分校合成生物学研究所 O 网页 - 加州大学旧金山分校系统与合成生物学中心 O 网页 - J. Craig Venter 研究所 O 网页结构论 O 网页 - 4 世界与 4 轴心时代（ 1983-2016 ）： I-系统与综合哲学，A 系统医学 O 网页 - 系统遗传学与生物工程 O 网页（系统与合成生物学 O 网页的 BSSE 概念）与方法 -B 纳米机器与工程医学等； II-历史与社会哲学，C 道德经济学 - 城市群 O 网页与地缘文化， D 星际情殇小说 - 显现绘画与幻象诗等。 1991-1999 年 Bj.Zeng （曾邦哲）提出系统医学、系统生物工程和系统遗传学与输卵管生物反应器，以及细胞仿生工程与转基因技术整合的网络拓扑学分析、生物电子学设计，阐述了系统与合成生物学的 BSSE （生物系统的科学与工程）概念、结构论原理和实验与计算生物学的方法体系，包括，分子细胞生物系统 - 1- 生物系统理论与图论 O 网页 - 网络拓扑学分析， 2- 太阳能 - 生物电子学（细胞通讯与分子电路）设计， 3- 非线性细胞动力学， 4- 细胞仿生学与转基因技术整合等。（ 1 ） 1991 年系统科学 - 人工智能 - 基因工程整合的太阳能 - 生物电子 SBE 技术， 1992 年系统医学 - 心身关系（神经 - 内分泌生理与遗传学）与图论 - 网络拓扑分析， 1993 年生物信息控制系统 - 自组织系统结构论， 1994 年系统生物工程 - 非线性科学与细胞发生动力学 - 细胞仿生与分子计算机等。（ 2 ） 1994-1997 年，在中科院的基因测序、合成和互联网生物信息与生物技术中心， PCR 引物、基因片段的设计与组装合成全基因和 mRNA 差异显示表达分析（贝克曼公司仪器）等。 1994 年系统遗传学 - 转基因技术与禽类输卵管生物反应器， 1997 年耐药细胞系与连续突变筛选方法等。（ 3 ） 1996 年 BjZeng 组织第 1 届国际转基因动物学术研讨会（及生物技术与绘画艺术展览）与筹备国际转基因协会（邀请 Transgenic research 为会刊） - 阐述生物系统理论与系统生物工程研究，细胞与分子（信号传导与基因调控网络）生物系统的分析与工程设计。（ 4 ） 1999 年建立国际第 1 家系统与合成生物学（ BSSE 偶合模式） biosystem network 网站与筹备 2001 年国际会议 - 倡导 a 实验生物学 - 分子生物技术与 b 计算生物学 - 生物信息技术整合方法的生物系统分析，以及 c 基因组智能与人工生物系统的工程设计 - 细胞通讯的基因组程序编制 O 网页与分子电路模块的装配等研究。 2003 年第 19 届国际遗传学大会重述了经典、分子与系统（图式 - 结构）遗传学与方法等。（ 5 ） 2007 年 BjZeng 称系统生物科学与工程（ BSSE - 相应 RI.Kitney 的系统与合成生物学 O 网页）将带来生物医学和制造工业革命， 2008 年第 20 届世界哲学大会阐述系统与合成生物学的结构论基础。 2011 年 BjZeng 把计算机与互联网列为第 3 次工业革命和论述了 4 次科学与技术革命和 4 次工业革命等， 2012 年国际系统医学大会邀请 BjZeng 做报告。（ 6 ） 2008 年 BjZeng 成立系统生物工程研究所 ltd. ， 2009 年发表细胞传感器与反应器设计原理， 2010 年 BjZeng 在加州纳米技术与 EXPO 发表了纳米机器设计的 3 条原则等。（ 7 ） 2014 年启动系统生物技术的微流控芯片 - 细胞分析与合成芯片 Molnet1.0 研究项目，在纳米技术 - 信息技术 - 电子技术与生物技术（ Nieb ）整合的层面，开发用于药物分析与筛选的软件设计与生物芯片等。注： *1994-1999 年 BjZeng 列有 R.Rosen 和 D.W.Thompson 有关 1968 年系统（理论）生物学与 1910 年合成生物学（化学概念）术语的文献， 2000 年与 N.Seeman 讨论生物计算机， 2001 年在 biosystem network 网站列有 E.Kool-E.Hafen-T.Pawson 等的文献。 - 1996 年美国 avigenics 公司与 BjZeng 通信之后开启了输卵管生物反应器项目。 - 1999 年 10 月和 12 月 BjZeng 在国际刊物刊登国际会议通知与网站及链接 O 网页，涉及系统科学和纳米 - 计算机 - 神经与生物科学等， 10 月 L.Hood 和 12 月 H.Kitano 分别注册系统生物学域名，分别从 a 与 b 阐述系统生物学研究， 2001 年 AP.Arkin 论述 c 工程设计等。附 - 儒 - 释（禅宗） - 道家与社会 - 精神 - 自然哲学 - 康德：我头顶的星空 O 网页和我心中的道德法则 O 网页 - 计算机科学史前史简评 O 网页：从莱布尼兹开始 O 网页 - “ 东学西渐 ” ：历史暗河中的传奇 O 网页 - 法国启蒙哲学和伏尔泰 O 网页的自然神论 O 网页 - “ 欧洲的孔子 ” 魁奈与《经济表》 O 网页 - 梵高对莫奈说： “ 浮世绘 O 网页就是我们的信仰！ ” O 网页 - 荣格心理学与佛教唯识学思想之异同 O 网页 - 乔布斯 O 网页：禅修是了悟生命本质的修炼 O 网页 - 你的善良必须有点锋芒 O 网页 —— 爱默生 O 网页 - （ 2011 年 6 月 -2019 年 1 月总结 - 网络日记） -; 个人分类: 国际化社会|1857 次阅读|0 个评论

人类医学简史 - 系统医学与纳米机器: benlion 2018-11-6 21:37; 美国发布《寻找宇宙生命的天体生物学策略》 O 网页 - 脑科学与人工智能的结合：生物神经网络与人工神经网络 O 网页 - 基于人工神经网络，探索抑制神经元的生物学意义 O 网页 - MIT 将生物学机制引入神经网络，新模型或揭开抑制神经元功能 O 网页从 1979 年 LY.Wei 发表 3P 医学（预测与预防和精准医学）和 2003 年 S.Benner 的个体化医学，到 2004 年 L.Hood 提出 4P 医学（预测与预防和个体化与参与），核心在于系统医学 - 系统（个体化）与合成（工程）生物学体系的建立，以及生物技术与医药企业的管理（传播学与博弈论）模式。 1992-1999 年 BjZeng 在分子细胞生物学层面的生理学与遗传学、细胞仿生与转基因技术交叉，提出了系统遗传学与系统生物工程的网络拓扑分析 O 网页和生物电子技术设计方法，以及从数学与理论生物学和化学与分子生物学转换到 BSSE （理论和实验、计算 O 网页与工程）转化概念和 NieB （纳米和信息、电子与生物）技术的方法体系。核心技术是人工细胞设计与合成 - 传感器与反应器和微流控芯片与数据分析软件等。 Cell 专访 - 未来是合成生物学 O 网页 - 网络空间复杂性的系统研究方法 - 结构论 O 网页 - 生物学神经网络 O 网页 - 网络药理学进展 O 网页 - 网络药理学在中药研究中的最新应用进展 O 网页 - 合成生物学视频专题：构建细胞信号网络 O 网页 - 一种高效分析生物学网络的算法 O 网页为什么乔布斯临终时叫儿子去学生物技术？ O 网页 - 生物技术，诞生于 65 年前这一顿夜宵 O 网页 - Nature ： 2018 年新兴生物技术展望 O 网页 - “ 医药界诺贝尔奖 ” 揭晓！ CAR-T 产品获最佳生物技术产品奖 O 网页 - 系统生物工程（系统与合成生物学），就是开始于 1991 年 BjZeng 发表的系统科学 - 人工智能与基因工程整合和 “ 太阳能 - 生物电子技术 ” （ SBE ）方法，以及 1992 年探讨 “ 社会 - 心理 - 生物 ” 医学模式提出的系统医学与图论 - 网络拓扑学的数学模型与方法等。在传统医学有效的治疗与经验知识，有其内在的科学机理，医疗是实践应用，而科学是揭示其机理。系统生物学与合成生物学的核心方法，仍然是 BSSE （生物系统的科学与工程）偶合与转化模式和网络拓扑分析与生物电子技术设计的方法体系。贝索斯成全人类首富 O 网页 - 2018 年蓝色起源公司成功发射火箭 O 网页 - 贝索斯：要帮下一代人做太空企业家 O 网页 - 2017 全球医疗器械公司 20 强排名 O 网页 - 2018 年度全球最佳 10 强制药公司 O 网页 - （ 2018 年 11 月网络日记） -; 个人分类: 工业化科学|1756 次阅读|0 个评论

系统生物技术 - 实验室4.0: benlion 2018-9-8 18:05; 合成生物学 O 网页： 21 世纪最重要的生物技术平台 O 网页 - 掀起第三次生物技术革命 O 网页 - iGEM ：来自远古生物的恩惠：鲎与合成生物学 O 网页 - 中国科学家在合成生物学领域实现突破 O 网页 - 天大、清华、华大基因 4 篇 Science 报道合成生物学重大进展 O 网页 - “ 研究背景： 2008 年， J. Craig Venter Institute 独立完成了支原体基因组的人工合成； 2010 年， J. Craig Venter Institute 又实现了由化学合成的基因组所控制的细菌细胞的创造，论文报告了从数字化的基因组信息开始，设计、合成和组装了一个 1.08 兆碱基对的蕈状支原体基因组，将其移植进一个山羊支原体受体细胞，从而创造了一个仅由合成染色体控制的新的蕈状支原体细胞，该研究是科学史上具有里程碑意义的突破。 2014 年，由约翰霍普金斯大学 Jef D. Boeke 等领导的小组实现了首条酵母染色体（ S. cerevisiae chromosome III ）的合成。 ” - 摘录在这个之前的背景： 1994 年中国 BjZeng 提出系统遗传学与系统生物工程，以及基因组蓝图设计与组装生物机器的仿生工程与转基因技术整合， 1995 年采用基因片段组织合成（表皮生长因子，南京药科大学）的全基因（在中科院微生物研究所生物信息的互联网数据库与分子生物技术中心）。 2008 年天津大学成立系统生物工程教育部重点实验室， 2014 年纽约大学建立系统遗传学研究所。第一届 iGEM 是 2003 年 T.Knight 与 D.Endy 在 MIT 大学举办，并建立了 Bio-brick 的标准件方法， D.Endy 在只是助理教授，也因此而与胡德院士都成为奥巴马的总统科技顾问。系统与合成生物学起点于中国 BjZeng 的 BSSE 概念与偶合模式，并称为在遗传育种与杂交实验、分子遗传学与转基因技术之后的第三代系统遗传学与生物技术。揭秘克隆猴：从多利羊到中中猴，这步为何跨越 21 年？ O 网页 - 日本干细胞临床疗法促进软骨重生 O 网页 - 干细胞与再生医学研究发展的新领域 O 网页 - 从 1997 年克隆多莉羊到 2001 年发现细胞周期调控机制 O 网页的科学家获得诺奖，再到转基因打靶技术与胚胎干细胞技术 O 网页研究获得诺奖，而到转入 4 个基因的 IPS 细胞 O 网页获得诺奖，而后，就是基因组的人工程序设计与分子模块建构的合成生物技术 O 网页发展 - 与系统生物学偶合的转化科学，包括，细胞计算机 O 网页、工程免疫细胞治疗与细胞工厂等。史上最全 100 位世界名人邮票 O 网页 - 邮票上的人物 O 网页 - 法国生理学家贝尔纳 O 网页 - 人类出非洲和摩西出埃及，从以色列宗教中心到联合国总部的建立，经历了四个轴心时代的发展，古典文明的中心在中东，而中古代文明的中心在中国中原地带，近现代科学与工业发源中心在欧洲北海区域，而后，就是北太平洋的大湾区。从 1865 年法国贝尔纳提出的实验医学 - 实验生理学与生物化学到循证医学的临床，从 1992 年中国 BjZeng 提出系统医学 - 系统遗传学与生物工程（系统与合成生物学的 BSSE 偶合模式）到精准医学的临床，这都是科学研究范式与应用应用模式的整套体系。从医学与伦理学到系统医学与道德经济学，从李约瑟难题与钱学森之问到 4 世界与 4 轴心时代理论，构成欧亚大陆近现代的科学与工业发展史研究过程。近代实验室， 1.0- 牛顿 - 波义耳时代的作坊模式；现代实验室， 2.0- 卡文迪许 - 爱迪生时代的专业实验室， 3.0- 精密仪器时代的规模型实验室；后现代社会， 4.0- 自动化实验室仪器与计算机数据化时代。 - （ 2018 年 9 月网络日记） -; 个人分类: 系统医学与药物学|2296 次阅读|0 个评论

火星 - 诺亚方舟: benlion 2018-7-11 15:59; A- 第四次工业革命 O 网页 - 教育部 O 网页与科技部的创新创业大赛 O 网页 - 地球不够用，可以再造一个吗 O 网页 - 把火星变成地球 O 网页，需要多长时间？ O 网页 - 人类什么时候 O 网页会移居火星？ O 网页 - 在 2008 年成立世界上第一家系统生物工程有限公司，开发细胞分析与合成芯片等。系统生物工程（系统与合成生物学）更重要的或必须的是用在外太空和地外星球， 2014 年美国宇航局和能源部已经在开展这个项目，最终目标是与火星计划整合或合作，解决在外太空和火星居住（或极端环境）的生态和医疗技术方案。换掉衰老细胞，就能延长寿命：延缓衰老可能比你想的更简单 O 网页 - 克雷格 • 文特尔：把生命数据化、应用化，人类健康长寿不是遥不可及的梦想！ O 网页 2017 载入科学史的十大科学事件 O 网页 - 估计就 CAR-T 治疗颁奖会是用于这个免疫治疗的受体发现的，就如，最早 2007 年成功实现合成生物技术在酵母生产青蒿素，而获得诺奖的是发现青蒿素的屠呦呦，合成生物学 O 网页，有称为幕后英雄。创新是指的合成生物学的工程设计，创新是产业化的概念，不同于诺奖的发现；但是，在范式上，提出系统医学 - 系统与合成生物学方法体系（ BjZeng 和 H.Kitano 、 L.Hood ）是生物科学与医学和生物工程发展的关键。科学发现，比如，屠呦呦发现青蒿素，技术发明，比如， Crispr 基因编辑技术，工程设计，比如，两弹一星。诺奖颁发给 original 的发现、方法和技术发明，却不会颁发给工程设计和产品制造；然而，创新 innovation 是指工程设计与产品的制造，也就是产业化与商品化的经济学概念。国创会：围绕创新链，实施六项创新驱动发展策略 O 网页 - 阿里的 “ 三个相信 ” 、本田的 “ 三喜欢 ” ：企业究竟靠什么长寿？ O 网页 - 关键是创新驱动发展的社会机制建立，需要从哲学的根基出发进行深化体制改革 - 即，改变拿来主义获得或赚取财富的思维模式，建立推进创造优质产品与服务为竞争优势的知识产权经济理念。 B- 书写未来的 20 项重大科技趋势 O 网页 - 基因电路，上演一场抗癌 “ 心机戏 ” O 网页 - CAR-T 传奇 O 网页 - Chimeric antigen receptor O 网页 - CAR-T 的现状和未来 O 网页 - 梳理 CAR-T 细胞疗法研究最新进展 O 网页 - 揭秘未来的 “ 活细胞 ” 药厂 O 网页 - 系统与合成生物学的建立过程 O 网页纽约时报深度长文：我们的癌症精准医学观念太狭隘了吗？ O 网页 - 精准医学的下一个开拓地 : 心血管病 O 网页 - 全世界，目前科学界和医学管理机构认可的医学体系，只有三套：一是传统医学（中医药，即 TCM 等）；二是实验医学（实验生理学与生物化学方法， 1985 年法国贝尔纳论述），即西医 - 临床是循证医学，达尔文与孟德尔、巴斯德等是第一代生物学，沃森与克里克的 DNA 双螺旋结构提出、转基因技术等，这是奠基了第二代生物学；三是系统医学（系统遗传学与系统生物工程， 1992-1994 年 BjZeng 在中国提出），即系统与合成生物学体系 - 临床是精准医学，国际上的起点是 1999 年美国的 L.Hood 院士和日本的 H.Kitano ， BjZeng 在 1996 到 2000 年与这两个课题组都有通信，也就说，这是生物学第三代的起点。见，下面的谱系图：（ Industry4.0- 第 4 次工业革命）对应蓝色框的是这个学科体系的核心奠基人，而合成生物学的工程设计已经实现了 - 青蒿素在酵母的合成，禽蛋生产药用蛋白质，人工合成染色体， CAR-T 工程免疫细胞治疗，以及在开发用于外太空的生物能源等。人类起源 O 网页 - 伊甸园故事 O 网页 - 传说中的诺亚方舟，到底在哪儿？ O 网页 - 纳什与图灵｜爱与宽容两场戏 O 网页 - 聚光主题放映 | 星际漫游 O 网页 - 人活着，重要的是健康和富裕，两者不是矛盾，却是两者都不容易，而关键在于自身的心态和努力，以及环境的文化与体制，包括，社区文化和公益制度。 - （ 2018 年 7 月网络日记） -; 个人分类: 工业化科学|1711 次阅读|0 个评论

实验与系统医学极简史: benlion 2018-6-27 09:52; A- 中国苏州系统医学研究所 O 网页 - 刘德培院士有关文章提到中国 bjZeng 在 1992 年国际率先提出了系统医学的概念和模型与方法，德国系统生物学研究中心 O 网页 - WolkenhauerO. 在 2001 年最早论述了 Mesarovic D. 在 1968 年提出 systems biology 词汇（理论生物学概念）。注： bjZeng 在 1992-1999 年的有关 R.Rosen 和 D.Thompson 文献，含有 1968 年的系统生物学词汇和 1910 年 S.Leduc 的合成生物学词汇，并提出了系统遗传学和系统生物工程概念和网络拓扑学分析与生物电子学设计的方法。 2001 年在 1999 年建立的 “biosystem network” 网站与筹备国际协会等，列有 E.Kool 、 E.Hafen 和 T.Pawson 等的文献，论述了 BSSE 的结构论原理（系统理论）与实验生物学和计算生物学结合的方法，包括，基因片段组装合成、耐药细胞筛选和细胞通讯的分子电路设计概念等技术。 B- 美国纽约大学系统遗传学研究所 O 网页 - MIT 大学合成生物学研究中心 O 网页 - bjZeng 在中国 2008 年成立世界上第一家系统生物工程（同型 analogy 于系统与合成生物学 - 见 MIT 大学网页）有限公司，开发细胞分析与合成芯片等。 1992-2004 年完成《结构论》和系统医学 - 系统与合成生物学（ BBSE ）的体系与方法建立 * ， 1991-2007 年完成《星际情殇》和城市群 - 地缘文化与道德经济学的论述， 2007-2012 年完成工程医学与纳米机器理论和 4 次科学与 4 次工业革命的论述， 2012-2017 年完成 4 世界与 4 轴心时代理论和儒家 6 艺的管理模式探讨。其中， 1994-2003 年 bjZeng 提出的禽类输卵管生物反应器（包括词汇）方案和细胞计算机（工程设计细胞）等，美国已经在 2015 年和 2016 年分别实现药用蛋白质的制造和临床治疗肿瘤。注 * ：起点于中国的 1992 年而在 1992-1996 年国内和 1996-1999 年在国际阐述，国际学术共同体则是形成于 1999-2007 年。 C- 合成生物学迎来机器人革命 O 网页 - DNA 纳米与生物分子计算机 O 网页 - 生物狂人文特尔要借助机器合成生命？ O 网页 - 环保燃料合成生物技术将为人类的太空探索提供必要的食物和燃料 O 网页 - 关于实验与计算生物学结合和工程设计的方法，在 1996-2000 年 bjZeng 分别与美国西雅图 L. 胡德院士（ 2000 年与 R.Aebersold 建立研究所）和日本东京 M.Tomita （与北野宏明举办 2000 年会议）有过相关通信，而与 N.Seeman （与 T.Knight 在 1999 年举办分子计算机会议）通信探讨了生物计算机等。在 1996 年和 1999 年 BjZeng 分别筹建的是国际转基因协会（并邀请了 Transgenic Research 作为会刊）和国际系统生物科学与工程协会。 M.Tomita 与文特尔在发表了有关 e-cell 模型的论文，因这个而 2000 年初 BjZeng 邀请（也发送到西雅图的华盛顿州生物医学协会） M.Tomita 参与 2001 年在北京组织第一届国际系统生物科学与工程（ BSSE ）会议，而 Tomita 与北野宏明将日本 11 月的第 9 届 JST 会议在 10 月通知为第一届国际系统生物学会议，而与 L. 胡德院士的 1996 年通信是因为制作了转基因小鼠的 Palmiter 与他同在华盛顿大学，而与 N.Seeman 讨论生物计算机是因为他在 1982 年提出的 DNA 纳米生物技术等。而参加了 2000 年东京国际系统生物学会议的 AP.Arkin 在 2003 年建立了贝克利大学合成生物学研究所， Keasling 在 2007 年实现酵母合成青蒿素，同年苏新专与其导师米勒来华考证青蒿素的发现历史，之后米勒每年向诺奖和拉斯克奖推荐屠呦呦。 D- 1962 年诺贝尔医学奖得主：三位巨匠，开启了生命的双螺旋！ O 网页 - 终身未嫁的十大杰出女科学家 O 网页 - 欧盟系统医学组织 O 网页 - 生命科学简史： 1/ 实验医学 - 实验生理学与经典遗传学的奠基，分别是法国 C. 贝尔纳、捷克孟德尔和美国摩尔根； 2/ 分子医学 - 分子遗传学与结构生物学的奠基，则是英国克里克、美国沃森和英国威尔金斯（及富兰克林 * ）； 3/ 系统医学 - 系统遗传学与合成生物学的奠定，以 1992-1999 年中国 BjZeng 、 1999 年美国 L.Hood 和日本 H.Kitnao 为划界。 1999 年 -2007 年系统医学 - 系统与合成生物学的国际学术共同体形成，以 1999 年 BjZeng 和 L.Hood 与 H.Kitnao 为起点（或说开创了生物医学与技术又一个历史里程碑的世纪）。 2011 年底 Nature 专栏讨论系统生物学与中医药的资源开发， 2012 年国际系统医学大会召开邀请 BjZeng 在开幕式之后的下午做报告，并成立了欧盟系统医学组织与协会和 2015 年夏在瑞典斯德哥尔摩举办了夏季系统医学（ summer school ）课程。注 * ：富兰克林是威尔金斯实验室的科学家，以及达尔文进化论和贝塔郎菲系统论奠基了生命科学的理论基础。 - （ 2018 年 6 月网络日记） -; 个人分类: 系统生物学|2057 次阅读|0 个评论

结构论 - 4世界与4轴心时代理论: 热度 1 benlion 2018-2-14 13:46; 1983-2017 年 BjZeng 学术总结 - A 结构论 -4 世界与 4 轴心时代理论， B1 城市群， B2 系统医学， B3 道德经济学， B4 纳米机器等。（生物计算机）系统医学与药物学发展简史： 1983-2016 年曾邦哲（ BjZeng ）的学术思想 - 结构论 -4 世界与 4 轴心时代理论（科学范式与工业模式，以及李约瑟难题 - 钱学森之问等），包括 - A-1991-2004 年城市群与地缘文化模式分析 - B-1987-1991 年系统医学（ 1988 年形成概念） - 系统遗传学与生物工程（生物学 3.0 - 系统与合成生物学的 BSSE 概念与方法） * ， C-2004-2007 年道德经济学与行星际文明（轴心时代的文化起源和《星际情殇》及绘画与诗歌，在 2004 年预测 2009-2016 年危机），以及 D-2007-2011 年机器理论（ 4 次科学 - 技术与工业革命 http://mp.weixin.qq.com/s/ZrnunkNoK28B4YXTBNiMVQ - 工程医学与生物工业） - 纳米机器（人工智能与合成生物）设计 3 原则等。在 1992-1996 年 BjZeng 提出分子细胞生物系统 BSSE 体系的核心方法 -1- 生物系统理论与网络拓扑学（分子与细胞网络）分析， 2- 细胞分子电路概念图， 3- 生物电子学（细胞通讯与分子电路）设计， 4- 非线性细胞动力学等。 1996 年 BjZeng 组织第一届国际转基因动物学术研讨会与筹备国际转基因协会（包括邀请 Transgenic Research 为会刊） - 在国际上发起系统生物工程（系统与合成生物学的 BSSE 偶合与转化模式）研究， 1999 年建立 biosystemnetwork 网站和和筹备国际 BSSE 协会（倡导生物系统的理论和 A 实验 - 分子生物技术与 B 计算生物学 - 生物信息技术方法整合，以及基因组智能与人工生物系统的工程设计等研究）。（一）美国 L. 胡德院士和日本 H. 北野宏明， 1999 年分别从 A 与 B 开始系统生物学研究，以及注册域名 - 在 BjZeng 刊登国际会议通知与网站的 10 月与 12 月。 2000 年 E.Kool 和 S.Benner 等在美国化学年会发表人工生物分子的合成生物学，参加 2000 年 11 月（ 10 月发布的通知） M.Tomita 和 H.Kitano 在东京第 1 届国际系统生物学会议的 AP.Arkin 在 2001 年发表合成细胞生物学的工程设计方法。 2003 年 T.Knight 等提出 bio-brick 和举办 iGEM ， 2004 年 A.Barabasi 发表网络生物学等， 2007 年瑞士 ETH 成立 BSSE 研究中心。 2007 年英国院士 Kitheney 称系统与合成生物学将导致工业革命， 2011 年 BjZeng 把计算机与互联网列为一次工业革命和论述了 4 次工业革命。（二） 3P （包括精准医学词汇）在 1979 年美国中医杂志已经提出， 2003 年 S.Benner 发表个体化医学， L. 胡德在 2004 年提出 4P 医学，而精准医学模式在 2009 年国际系统生物医学会议得到阐述。简单地说 - 系统医学是建立在系统与合成生物学基础上的科学范式，而精准医学是其工程应用的临床医学模式。 - 2003 年成立贝克利大学合成生物学研究所的 AP.Arkin ， 2014 年开展 NASA 的合成生物学项目 - 可以用于太空和改造火星的计划 http://mp.weixin.qq.com/s/arJlkUam6w_fSruyqkZ_ew 。 - 2003-2007 年 keasling 成功实现在酵母表达青蒿素， 2011 年 12 月 Nature 专栏发表系列文章论述中医药的研究与系统生物学方法。 - 2012 年国际系统医学大会召开，并成立欧盟系统医学组织， 2015 年在瑞典举办了第 1 届夏季课程。 - 2008 年 BjZeng 成立 SBE 研究所 ltd. ，启动了系统与合成生物学的芯片实验室 - 细胞分析与人工合成（ 1995 年 BjZeng 采用基因片段组装合成全基因的方法， 1997 年建立连续突破筛选耐药细胞的技术）开发项目 http://mp.weixin.qq.com/s/pP-jZPSv7_Fe9c1CUq1L1Q 。 - 2015-2016 年美国实现了禽类输卵管生物反应器（ 1994 年 BjZeng 提出的方案， 1996 年美国 avigenics 公司与其通信之后开启的项目）表达药用蛋白质，以及实现了合成生物技术的工程免疫细胞治疗肿瘤的转化医学。（上）（三）附 -A-1991-1996 年 BjZeng 在中国阐述 1- 生物系统与人工生物系统研究 http://mp.weixin.qq.com/s/gmpQO1GhVmG3Q3bf7rvOFQ ， B-1997-2006 年 BjZeng 在以色列 - 德国 - 英国探讨非线性细胞发生动力学与生物计算机（仿生学与转基因技术整合）等 http://mp.weixin.qq.com/s/_ALynn0F1di3E7aZNMMfSw 。 - 1991 年系统科学 - 人工智能 - 基因工程整合的太阳能 - 生物电子技术， - 1992 年系统医学 - 心身关系 - 图论与网络拓扑分析， - 1993 年生物信息控制系统 - 系统与综合哲学， - 1994 年系统遗传学 - 系统生物工程 - 非线性科学 - 细胞发生与进化 - 细胞仿生与分子计算机 - 转基因技术等， - 1995 年基因片段组装合成和输卵管生物反应器，差异表达分析与生物信息技术等， - 1996-1999 年生物系统与基因组智能 - 人工生物系统 - 细胞通讯与分子电路 -BSSE 与实验 - 计算生物学等， - 1997 年耐药细胞系与连续突变筛选方法等， - 2009-2010 年细胞传感器与反应器和纳米机器设计原则等。注： *1994-1999 年 BjZeng 列有 R.Rosen 和 D.W.Thompson 有关系统与合成生物学术语的文献 - 分别是理论生物学与分子化学概念， 2001 年在 biosystemnetwork 网站列有 E.Kool-E.Hafen-T.Pawson 等的文献。 - 1999 年元月 BjZeng 建立生物系统网络的英文网站， 10 月和 12 月在国际刊物刊登筹备国际协会与会议的通知及其链接，同年 10 月 L.Hood （ 1996 年因联系 R.D.Palmiter 而有过通信） - 12 月 H.Kitano 分别注册系统生物学的域名。 - 2000 年初 BjZeng 邀请 M.Tomita 参与组织 2001 年北京第一届国际系统生物科学与工程会议，以及与 N.Seeman 讨论生物计算机等。（下） - （ 2018 年 2 月 14 日总结） -; 个人分类: 系统医学与药物学|2876 次阅读|1 个评论

第3代生物学: benlion 2017-4-14 20:47; A-1992-94 年 BjZeng 提出系统医学到 2003 年 S.Benner 的个体化医学概念，系统与合成生物学*奠基阶段； B-1996-99 年 BjZeng 筹备国际会议与协会到 2007 年瑞士 ETH-D-BSSE 研究中心成立，网络生物学与工程生物学的建立与发展。附 -BjZeng 的学术贡献： 1983-86 年结构论 - 自然与机器， 1987 年探索系统科学与生物医学， 1991-97 年发表城市群理论 - 系统医学和系统遗传学与生物工程，图论 - 网络拓扑分析和太阳能 - 生物电子技术设计方法，以及细胞的仿生工程，转基因禽类输卵管生物反应器。 1996-99 年论述生物系统理论 - 实验与计算生物学和人工生物系统的工程方法等， 1997 年耐药细胞系连续突变筛选方法，系统与合成生物学转换到生物系统的科学与工程转化模式。 2003-06 年探讨道德经济学 - 精神与知识， 2007-11 年阐述 4 次科学 - 技术与 4 次工业革命， 2009-12 年论述细胞纳米机器与工程医学， 2013-16 年 4 世界与 4 轴心时代理论 - 科学范式与管理模式。其中， 1996 年 BjZeng 组织 1stICTA 与筹备国际转基因协会， 1999 年建立 biosystem network 网站与筹备 BSSE 国际会议与协会。 2003 年 19thICG 阐述第 3 代遗传学， 2008 年成立 SBEltd. ， 2010 年加州 Nano-Expo 提出纳米机器设计 3 原则， 2012 年国际系统医学大会报告等。注 * ： 1968 年、 1910 年词汇，出现在引用 R.Rosen 和 DW.Thompson 文献，分别属于理论生物学与合成化学概念。 -（2017年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1799 次阅读|0 个评论

生物机器: benlion 2017-3-23 11:31; 企业：SBEltd. - 决策科学与管理– 设计艺术与传媒、工程与制造技术 A- 星际情殇 – 幻象诗与显现绘画 B -细胞纳米机器 - 人工智能与合成生物协会：FSMP和BSNet – 学术会议与技术展览、艺术沙龙研究机构：SysGene Institute 人类心理学-精神与心身（神经-内分泌-免疫-循环-代谢）健康的社会-心理调控和生理-行为治疗 - 神经网络的系统遗传学机制与人工机器设计。 - （2011年-2017年网络日记）-; 个人分类: 中国科学与工业|1818 次阅读|0 个评论

中国科学: benlion 2017-2-16 12:15; - 李约瑟难题与钱学森之问 1984 年李约瑟在厦门大学的讲演，直接导致了之后对中西科学-技术历史的探索，而钱学森之问，则引发了2010年以来对中国近现代化的历史思考。导致了1992年-2003年的系统医学 – 系统遗传学与系统生物工程和系统与合成生物学 - 生物系统的科学与工程阐述，以及2007年-2011年论述第3次工业革命到4次科学-技术革命与2011年论述4次工业革命与社会转型等。 1 ）系统医学，开始于1987年的中西医学理论比较和系统科学与哲学的思考– 提出图论与网络拓扑分析的数学模型方法； 2 ）系统生物工程，开始于1991年冯诺依曼计算机模型与细胞生物学理论的思考– 提出太阳能-生物电子技术的工程设计方法。 3 ）系统遗传学，开始于1994年转基因技术与细胞仿生工程和基因组稳态的思考– 提出细胞与分子生物系统的机理分析与人工设计。实际上，系统医学 – 系统与合成生物学范式与模式，包括，系统遗传学与生物工程等，开拓于1992年-2003年而到2007年体系形成。标记事件，1996年北京1stICTA会议-1999年BSNet网站-2003年19thICG会议和2007年瑞士ETH-D-BSSE中心-2008年SBEltd.创立-2012年国际系统医学大会。其中，a）1996年-1999年-b）2003年和c）2009年-2012年是关键时期： a ）1968年系统生物学与1910年合成生物学 - 理论与分子生物学概念，转换到生物系统的科学与工程（BSSE） – 实验（biotech.）与计算（bioinformatics）生物学方法；b）细胞发生（Evo-Devo）动力学和分子与细胞图谱分析 – 及自动化细胞与生物（bionic）计算机等；c）细胞纳米机器设计与合成 - 工程医学等。 - （2017年网络日记）-; 个人分类: 中国|1758 次阅读|0 个评论

科学方法与人文精神: benlion 2017-1-17 23:10; 自从1972年形成了2个方面的潜意识 - 即，1）科学的探索与2）人文的思考，分别源于中西医学精美著作和有关孔子的社会政治。探索的路径：结构论-1）城市群-紫色文明-生物技术-绘画艺术-道德经济学-工业5.0等，2）系统医学与药物学-系统遗传学-系统生物工程-系统与合成生物学-生物系统的科学与工程等。（系统生物工程-系统与合成生物学，美国MIT大学网页） 1983-1986 年的结构论，开始于1983年感官的生态适应和生物体结构、功能与演化的大学文稿，以及中学时代对网纹重叠现象和毛线编织花纹的印记，形成了自组织系统的形态-结构发生和自组装进化与编织理论的观念。 1987-1991 年在西医解剖学与中医基础理论的比较，以及图论与计算机模型、细胞代谢与繁殖、内分泌生理与医学遗传的探讨等，包括，城市群的文化创造与传播等分析，形成了系统科学与人工智能、基因工程整合的“太阳能-生物电子技术”概念。 1992-1993 年分别在天津-太原、广州-长沙和新乡-武汉等全国和国际会议，论述了系统医药学概念与分子-细胞生物系统模型、城市群分析与经济-产业园的系统管理和结构论 – 从实证分析到系统综合的自组织化系统理论等。 1994-1996 年论述系统遗传学与系统生物工程 – 细胞信号传导-基因调控与代谢网络与进化-发育生物学和基因差异表达分析、转基因技术与计算机辅助设计等。1999-2003年倡导生物系统的科学与工程 – 实验与计算生物学和人工生物系统的工程设计和细胞发生动力学与自动化细胞– 细胞通讯的分子电路设计方法等。 2003-2006 年紫色文明 – 论精神与知识化社会和道德经济学，以及轴心时代文化的起源等。1996-2006年神经-内分泌与细胞发生的信号传导与基因调控研究，以及生物技术与绘画艺术等，2007-2012年论述科学-技术与工业革命和社会转型，2012-2016年论机器与工程医学和4世界与4轴心时代理论等。注：轴心时代的文化人类远古文明的集大成是埃及和巴比伦，约公元前2000年到摩西出埃及和以色列南北王国时期，印欧民族进入南亚和中国进入夏商朝文明，而在周朝-秦汉时期，人类进入了古典文明时期 – 即，轴心时代的犹太教（波斯时期）-儒家文化和佛教-希腊哲学等形成。另外，欧洲唯独希腊拜占庭延续到15世纪，希腊并没有诞生出实证科学 - 而是诞生在英伦和查理曼欧洲的区域。 - （2017年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1969 次阅读|0 个评论

生物学与医学简介: benlion 2017-1-12 12:06; 生物学与医学，简单介绍 - 经历了三个阶段的发展： 1 ）19世纪建立的实验生物学与实验医学，比如，袁隆平的杂交水稻遗传育种； 2 ）20世纪50年代建立的分子生物学与分子医学，比如，屠呦呦的青蒿素分子晶体结构解析； 3 ）90年代开始的系统生物学与合成生物学，比如，国内也建立了大量研究机构，已经回国的有几个（在国外的学习阶段或年轻PI）。而2）的技术和方法应用于3），比如，美国胡德的组学（omics）和biomarkers等分子生物技术等，也包括，生物信息技术（或计算机软件模拟）等insilicon方法，以及基因工程与转基因生物技术等。合成生物学之为合成生物学，关键在90年代转换到系统生物学为基础的生物工程与人工生物系统的设计，系统生物学之为系统生物学，关键也是在90年代转换到生物系统理论和实验与计算生物学方法的整合，并与合成生物学形成生物系统的科学与工程偶合和转化模式。而且，关键突破是采用了图论-网络拓扑学和太阳能-生物电子学等核心方法 - 即，90年代系统与合成生物学的范式与模式建立 - 这个起点，则是中西医药学的比较研究与1992年系统医学的提出。以及1994年系统遗传学与系统生物工程的提出，而后，1996年-1999年采用分子生物技术和生物信息技术的细胞分子生物系统（信号传导-基因调控-代谢网络-细胞通讯）研究与开发，包括，生物分子设计电子回路的原理和基因片段组装合成的技术方法等，以及2003年阐述的细胞发生动力学和遗传学的3个发展阶段等。即，1992年-1996年是理论（生物自组织系统的结构论）和概念提出，1996年-1999年-2003年是原理和方法体系的建立，并且，从1999年到2003年国际上形成了24位系统与合成生物学开拓者。 2006 年贝克利大学成功在酵母表达青蒿素，2010年文特尔合成人造生命的基因组，2015年夏季欧盟系统医学组织在斯德哥尔摩举办了summer school的教学培训等。 - （2011年6月-2017年元月网络日记）-; 个人分类: 中国科学与工业|3277 次阅读|0 个评论

生物科学简史: 热度 1 benlion 2017-1-8 10:21; 从郑和下西洋1405年-1433年到哥伦布1492年-1504年大航海，这是从中国到欧洲文明发展路径的转向。从李时珍1590年《本草纲目》到哈维1628年《心血运动论》，从林奈1735年《自然系统》的生物分类学到1859年达尔文的《物种起源》等，属于生物科学的观测与比较研究方法体系。生命的基本单元是细胞，生物科学建立在细胞的物理与化学研究基础上，奠基了近现代生物科学的实验方法与系统理论基础，1858年施莱登、施旺的细胞学说和魏尔啸的细胞病理学等，成为现代生物学的起点： 1 ）1865年孟德尔发表遗传学定律和C.贝尔纳实验医学-实验生理学与生物化学方法，奠基了实验生物学；2）1953年沃森和克里克发现DNA双螺旋结构奠基了分子生物学；3）1992年-1994年BjZeng阐述系统医药学-系统遗传学与生物工程方法体系。在20世纪初期，1910年S.Leduc合成生物学、1968年D. Mesarovic 系统生物学等术语已经提出，却分别属于分子生物学的分子合成（或基因重组）和理论生物学的数学模型等概念，而到1996年-1999年BjZeng转换到生物系统的科学与工程（BSSE）偶合与转化概念，以及整合理论 - 生物系统的结构论和实验（分子生物技术）、计算生物学（生物信息技术）与人工生物系统的工程设计等方法，建立在细胞分子生物系统的基础上。从1999年BjZeng的生物系统网络BSSE研究体系到2007年ETH大学建立D-BSSE研究中心，构成了国际系统与合成生物学的建立时期，1999年-2003年同时与平行形成了数学模型和组学技术（omics）、软件模拟（in silico）、工程合成与网络拓扑等5大学派。其中，系统与合成生物学 - 生物系统的科学与工程构成方法体系，系统遗传学与生物工程- 生物系统机理与人工生物系统的设计等，应用于医疗与生物产业（垂直农场、人工生态、工程医学和生物制造等）。科学与工程体系* - 理论创造、知识发现，技术发明、产品创新等，包括，认知或方法论范式和社会建制或实践模式，而1）科学仪器与软件、2）工业制造与设备和3）期刊出版与数据库等构成支撑的产业基础。注*：实验与系统医学 – 科学范式，循证与精准医学（见于1979年美国中医杂志的3P医学概念）– 医疗模式，客观的文献检索 – 学术行为，主观的期刊引用 – 传媒现象。 - （2011年6月-2017年元月网络日记）-; 个人分类: 科学与历史|3025 次阅读|5 个评论

中国生命科学: benlion 2016-12-29 09:33; - 提出了什么新概念？ 1992 年到1996年 - 提出系统医学与药物学和系统遗传学与系统生物工程词汇和概念，及其方法体系 - 生物系统结构理论、实验与计算生物学结合和人工生物系统的工程方法，包括，图论与网络拓扑学分析和太阳能-生物电子学设计细胞通讯与分子回路的方法，以及转基因禽类输卵管生物反应器术语和技术原理、细胞的仿生工程与生物机器装配理念等。以及，1996年-1999年 - 分别筹备国际转基因协会和系统生物科学与工程（系统与合成生物学，从理论与分子生物学转换概念与偶合体系及其当代定义）国际协会（分别在中国和在欧洲）等。还有，2007年-2011年 - 从第3次工业革命到4次科学-技术与4次工业革命（在中国）的论述等。从印刷技术到信息技术，从大航海时代到太空计划，从哥白尼天文学和哈维的血液循环论到现代系统医学和宇宙弦论的网络科学等，经历了莱布尼兹和伏尔泰的哲学，以及工业革命与工艺美术运动的现代化，形成了人类近现代文明的500年发展周期。注：组学omics与表达谱分析等分子生物技术（胡德与G.Church的生物技术仪器与数据分析），以及生物仪器技术开发的交叉与综合学科概念。软件模拟in silico与生物信息技术等（北野宏明与Tomita的e-cell模型与程序语言设计），分别属于实验生物学和计算生物学方法的部分。 90 年代之前的系统生态学是生态系统概念，系统生理学和系统生物医学的词汇也已经有了，却是器官系统（包括神经系统）的概念，而且，50年代也有系统心理学等，却都不同于90年代之后的系统生物学概念与体系 – 信号传导与基因调控、代谢网络等分子细胞层面和实验技术与理论方法结合的系统生物学与系统生物工程 - 尤其细胞纳米机器设计与人工合成等。（回答网友提问） - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1854 次阅读|0 个评论

结构论 - 系统与合成生物学: benlion 2016-12-8 08:25; 系统与合成生物学的理论基础 - 1983年-1993年结构论（BjZeng），在其列出的参考文献，第一次同时有涉及系统生物学（R.Rosen与Mesarovic D.编辑的1968年系统论与生物学论文集）和合成生物学（DW.Thompson在生长与形态论及S.Leduc的概念）术语。 1968 年系统论方法的生物学研究和1910年物理化学的合成生物学，在1992年-1996年中国重新定义为在这基础上的理论与实验生物学结合，并转换到生物系统的科学与工程偶合模式。因而，实际上的合成生物学是工程方法设计与合成人工生物系统的系统生物工程（1994年），而系统生物学是建立在细胞分子生物系统切入的中西医学方法基础上（1992年）。在国际上，1992年之前只有1968年出现过“系统生物学”术语，并是系统理论研究生物学的定义 - 同于贝塔郎菲的理论生物学概念。1999年重新出现在美国和日本，并分别属于组学（实验）生物技术和计算生物学两个方面（或两个学派），即1996年-1999年BjZeng横跨中-欧时期倡导（The positive and synthetic thoughts）的生物系统研究结合这两个方面的方法。在国际上，“合成生物学”术语是1910年和2000年的化学与生物分子概念，以及1974年和1980年的基因重组概念，而目前的实际概念是建立在系统生物学基础上的工程生物系统，即，1994年在中国提出和1996年在国际上倡导的系统生物工程概念。在核心方法上，系统与合成生物学，也是建立在1991年-1996年在中国提出的细胞分子生物系统与细胞通讯层面的1）图论-网络拓扑学和2）太阳能-生物电子学方法，并在理论上解决了中西医学的理论基础问题。参见 - 1983年-1993年BjZeng《结构论》的部分内容（ http://www.360doc.cn/article/238678_426822911.html ）等。简单地说：系统生物学，术语是1968年美国西保留地大学提出系统论方法的生物学（R.Rosen与Mesarovic D.编辑的1968年《系统论与生物学》论文集）研究，1992年-1996年在中国重新定义为在这基础上的理论、计算（Bioinformatics）与实验（Biotech.）生物学结合。2000年西雅图（Biotech.）和东京（Bioinformatics）分别建立了研究所与举办国际会议。也就是说：系统生物学术语是MesarovicD在1968年提出（实际上是理论生物学概念），合成生物学术语是1910年Leduc S.提出（实际上是化学合成和1974年DNA分子重组概念） - 1991年-1996年在中国两者的概念交叉了，并提出理论（计算）与实验（技术）生物学整合的生物系统（网络）研究 - 实际上的系统生物学。目前的合成生物学，则实际上是系统生物工程，即，人工生物系统的工程设计（包括，生物系统科学与工程BSSE）。注 - 术语： 1- 合成生物学词汇，1910年Leduc S.提出， 2- 系统生物学词汇，1968年Mesarovic D.提出， 3- 生物信息学词汇，1970年Hogeweg P.和Hesper B.提出（ https://en.m.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics ）， 4- 精准医学词汇，出现在1977年的3P医学（Predictive,Preventive,Precisionmedicine，参见Wei LY. Science in advance acupuncture. AmJ.Chin.Med.1979:7:53-57）， 4- 系统医学与药物学词汇，1992年BjZeng提出 – 建立在系统与合成生物学基础上的医药科学， 5- 系统遗传学和系统生物工程词汇，1994年BjZeng提出， 6- 输卵管生物反应器词汇，1994年BjZeng提出， 7- 个体化医学词汇，2003年BennerS.提出等。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2211 次阅读|0 个评论

人类文明的大转型: benlion 2016-11-6 13:09; 科学探险精神的传统，可以追溯到郑和下西洋与哥伦布大航海时代。（1996年BjZeng在这里组织11月第1届国际转基因动物学术研讨会与筹备国际转基因学会，在国际上发起系统生物工程的研究，并从1996年到1999年-2003年阐述生物系统理论和实验生物学与计算生物学结合的生物系统研究，即，理论与分子生物学转换到系统与合成生物学偶合 - 生物系统科学与工程的方法体系。）（欧洲系统医学协会，国际转基因技术学会，国际系统生物学学会，国际合成生物学协会） 20 世纪到本世纪，人类走向外太空与行星际文明的大转型时期（在英国写的《星际情殇》和2004年预言诗，以及2011年-2012年在千人网的4次科技与4次工业革命）：预言诗 http://blog.sciencenet.cn/blog-286952-641803.html 与工业革命 http://www.1000plan.org/superblog/884/202 等。国际上经济危机，往往伴随科技与产业革命，夕阳产业转移或更新换代，科技研究领域也是范式和模式转换，在这个过程，必然导致大型实验室和大型企业的国际化转移，或建立大量新的实验室和新兴企业的新陈代谢现象。在国内的现象是形成： 1 ）50年代之前建立的实验生物医学； 2 ）90年代之前的理论与分子生物学（改革开放之后的留学回国人才）； 3 ）本世纪刚兴起的系统与合成生物学（1999-2007年国际上）。 2007 年欧美已经出台的措施 - 面临科技革命而提出与论证了教育-科技与产业的体制改革。 - 注：图片（仅供教学与学术交流之用）来自互联网，博文和评论，均为备忘录（2011-2016年），请勿转载，谢谢！-; 个人分类: 科学与历史|1152 次阅读|0 个评论

科学、艺术与工业: benlion 2016-11-2 11:10; BjZeng 的学术探索与思考： 1 ）1983-1986年结构论，1992年城市群理论、系统医学与图论-网络拓扑分析，1994年系统遗传学与生物工程、细胞仿生学与生物电子技术设计，1995年禽类输卵管生物反应器等； 2 ）1996年1stICTA和生物系统理论，1997年抗药细胞系筛选方法，1999年Biosystem network与BSSE的实验、计算与工程方法，2003年非线性细胞发生动力学等； 3 ）2003-2006年印度教-希腊神话和犹太教-儒家*的文化起源，2009-2010年细胞纳米机器设计等。（Artech.）其中， 1983-1986 年结构论 - 自然与社会（天然与人工生物系统的科学与工程）和城市群（“产学研”）的文化创造与传播。 2003-2006 年社会论 - 精神与知识（犹太-基督教与儒释道）和行星际文明（显现绘画与幻象诗歌）与道德经济学。 2013-2016 年4世界与4轴心时代 - 人类与机器（文化范式与社会模式）和科技与工业革命（人工智能与生物制造）。注* ，模型论 - 轴心时代文化模式，构成人文精神与科学方法的模型系统等。 - （2011年-2016年BjZeng网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1900 次阅读|0 个评论

系统与工程医学的历程: benlion 2016-10-28 18:21; 系统医学的发展，经历了1987年中西医学比较与系统观念的形成到1992年发表系统医学与药物学的概念、模型，1994年到2003年的生物系统科学与工程 - 系统与合成生物学方法与技术的科学范式建立，而后，医疗实践的转化、个体化与精准（合成生物学的工程细胞治疗）模式发展时期。 -（2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2012 次阅读|0 个评论

系统医学 - 范式与模式: benlion 2016-10-24 09:54; 个人分类: 系统医学与药物学|1814 次阅读|0 个评论

系统与工程生物学 - 细胞纳米机器: benlion 2016-10-3 09:58; 系统与合成生物学，揭示生物系统机理与设计人工生物系统的科学与工程偶合研究，20世纪90年代BjZeng开始于系统与合成这两个概念，核心方法是图论与网络拓扑学分析、太阳能-生物电子学设计原理和计算机软件模拟、进化与发育的基因调控表达谱 - 细胞分子层面的生物系统网络等。纳米生物化学机器，从人工合成生物分子和基因重组技术，到细胞纳米机器的生物系统工程，信息与通信技术的编码、程序与传输、释义及其编程、系统设计与建构或组织化与装配的概念的应用 - 1910年法国和1974年波兰的合成生物学概念转换到1994年中国的系统生物工程概念和体系。简单说，系统与合成生物学是视生物体为有机体机器的观念，进行生物系统的机理分析与工程原理设计，生物信息学发展到计算生物学和分子生物学发展到组学生物学，而系统生物学的实验技术和计算机方法，则是采用仪器和软件来研究生物体。一个学科不仅是词汇，尤其是概念和方法及其原理等作为一个体系的范式提出，才是一个学科建立的关键内容，分辨90年代之后的系统生物学和合成生物学范式与方法，并不同于之前词汇的概念定义与描述。即，理论生物学的系统生物学与DNA分子重组的合成生物学转换到生物系统的科学与工程（BSSE）的偶合模式–1996年在国际上阐述生物系统理论与系统生物工程，到1999年倡导计算生物学与实验生物学结合的天然与人工生物系统研究等。 1999 年到2003年系统与合成生物学学术共同体和系统理论与实验技术、计算机模拟与工程设计方法的学派形成，2003年到2007年系统生物科学与工程的体系建立，2007年瑞士ETH成立D-BSSE系统与合成生物学研究中心，也就进入了常规科学时期。一个新学科的创建时期，实际上是哲学到科学的转换和传统学科转换到新的领域，以及交叉其它学科和综合其它技术的一个过程，中医药理论自成体系– 即，学术范式和医疗模式，具有自洽的完备性，突破就往往就会是新的学科体系了，也就是说系统医学是系统与合成生物学的应用和偶合模式。附、系统医学的结构论原理 1983-1993 年结构论，2003-2014年4世界与4轴心时代理论，包括，系统医学、城市群和道德经济学等理论，以及李约瑟-钱学森问题的探讨。 1992-1994 年系统医药学 - 系统遗传学与系统生物工程，系统与综合哲学的结构论原理 - 图论与网络拓扑分析方法，系统科学与人工智能、基因工程 - 太阳能-生物电子技术设计，发育的基因与神经双向调控的细胞分子生物系统模型，转基因禽类生物反应器和细胞仿生工程。 1996-1999 年组织国际会议与筹备国际协会，建立生物系统科学与工程的biosystem network网站，阐述系统、计算机、纳米与生物科学的交叉，实证分析与系统综合的生物系统理论，系统生物工程 - 计算生物学、生物信息技术与计算机辅助设计，实验生物学、分子生物技术与表达谱分析，耐药细胞系的连续突变与筛选方法。 1999-2003 年仿生学与转基因技术 - 细胞通讯的分子电路设计，细胞发生动力学与自动化细胞模块设计 - 细胞通讯的信号传导、基因调控与代谢网络和进化-发育的系统遗传学。 2008-2012 年成立系统生物工程研究所ltd.，开发细胞分析与合成芯片技术 - 序列标志片段显示分析，细胞纳米机器设计与原则，阐述纳米、信息、电子与生物（Nieb）技术、第4次科学与技术革命和生物工业革命等。 - （1996年-2016年20周年纪念，BjZeng）-; 个人分类: 中国科学与工业|5388 次阅读|2 个评论

结构论 - 系统与合成生物学理论: benlion 2016-9-2 15:07; 李约瑟1984年到厦门大学讲演和林惠祥的人类学观点，影响了bjZeng对科学与人文的历史与哲学探索与思考。 1983 年-1993年结构论 1992 年-2003年系统医学 - 系统遗传学与系统生物工程 - 图论与网络拓朴学、太阳能-生物电子学 - 城市群的文化创造与传播 - 输卵管生物反应器和细胞仿生工程 - 细胞连续突变筛选、基因片段组装合成 - 生物系统的理论与实验、计算生物学 - 基因组智能与工程方法的人工生物系统 - 细胞发生动力学与自动化细胞 2003 年-2006年道德经济学 - 印度教-希腊神话、犹太教-儒家 - 论社会和精神论与知识论 - 星际情殇 - 幻象诗与显现绘画 2007-2015 年4世界与4轴心时代 - 4 次科学与技术革命和工业革命 - 李约瑟-钱学森问题 - 序列标志片段显示分析 - 细胞分析与合成芯片 - Nieb 技术、细胞纳米机器与机器论 - 生物制造工业和工业5.0 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1932 次阅读|0 个评论

科学范式与管理模式: benlion 2016-8-9 10:25; 科学研究的方法体系是学术范式，科学建制的行为组织是管理模式。在医学上，从实验医学到系统医学是医学科学（medical science）的范式发展，而转化、个体化与精准医学，则是医疗（medicine）模式。在医学体系上，尤其体现出创新研究与实践应用的紧密相关，需要严谨和严格的实验研究、临床试验和实践经验的复杂过程，才能成为医疗手册的规范操作。医学与医疗，从研究到应用的交流模式，必须是交流的信息全面而详尽，如同工业产品的操作说明书和故障排除手册。科学和技术的发现和发明，就是为了提供有效和可遵循的原理和方法，比如，工业制造的标准等。 “ 没有完全相同的两片树叶”，这是自然界的复杂多样性，尤其是生物，发展系统生物学的起因，就是源于这个生物学现象，即系统的整体性现象。由于构成和环境的细微差异，从而导致不存在简单重复的生物结构或形态，必然在医学上的概念外延，就是针对病人和医患关系的个体化医学与精准医学。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1523 次阅读|0 个评论

结构论30周年纪念: benlion 2016-6-29 11:04; - 4 世界与4轴心时代理论 1983-1986 年写成《结构论》，之后才读到贝塔朗菲的《一般系统论》和艾根的《超循环论》等系统科学理论，以及科学哲学与方法论等。《结构论》的核心思维是生物系统进化与发育的图论与拓扑学分析，在1987年中西医学理论比较、心身医学与行为遗传学，以及内分泌激素与基因表达调控和细胞发生学等，导致了系统医药学和生物计算机等探索。并于1991-1992年论述2维度的科学方法论和太阳能-生物电子技术、城市群分析等，以及1992-1994年发表系统医药学 - 系统遗传学与系统生物工程等。而在1996-1999年整合分子生物技术和生物信息技术等方法，包括，计算机辅助设计和转基因生物技术、细胞信号传导和基因差异表达谱分析，以及生物控制论和人工神经网络计算等。同时于1996-2006年探索了中西文化与哲学、绘画艺术，而在2004-2005年写成《星际情殇》和论述道德经济学等，在2014-2015年探讨《4世界与4轴心时代》和工业5.0与企业管理模式。因而，实际上系统与合成生物学的理论基础，综合了而又不同于系统科学，而在于分子细胞生物系统的图论与网络拓扑学和生物电子学设计方法，以及认知科学与遗传学、图灵和诺伊曼计算机等可操作的方法。也就是说，20世纪90年代是在医学和数学、艺术和哲学的东西方思维比较研究，直接导致形成了不同于以往的思维模式 - 即，整合了实证分析与综合集成的科学方法。 - （1986-2016年《结构论》30周年纪念）-; 个人分类: 系统生物学|1805 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学奠基: benlion 2016-6-19 14:44; 系统与合成生物学奠基于1992-2003年。其中，1992-1999年中国Bjzeng提出系统医学-系统遗传学与系统生物工程术语和概念、结构论原理与方法-图论与网络拓扑分析、太阳能-生物电子技术，阐述天然与人工生物系统的理论与实验、计算与工程方法–即，系统与合成生物学概念。在biosystemnetwork网站上列出的2000-2003年国际上23位系统与合成生物学开拓者名单： 1StanislasLeibler -2MichaelBElowitz -UriAlon（以色列） EricT.Kool 3JamesCollin AdamArkin OlafWolkenhauer（德国） HiroakiKitano（日本） 4GeorgeChurch LeroyHood*+ -TreyIdeker RuediAebersold（瑞士） 5JensNielsen（瑞典） 6JayKeasling 7vanOudenaarden（荷兰） TomKnight -RonWeiss -DrewEndy+ ChrisVoigt DenisNobel*（英国） MarcKirschner* 8BernhardPalsson 9Albert-LászlóBarabási 其中，*为之前已经是院士，数字为已知2006-2016年新任院士，+为奥巴马总统科技顾问。 2007年英国RI.Kitney院士和Bjzeng分别提出系统与合成生物学-生物系统的科学与工程将导致第3次工业革命，2014年Bjzeng阐述第3次工业革命为工业5.0制造技术-即，细胞纳米机器与生物工业。 -（2011-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1935 次阅读|1 个评论

第4轴心时代 - 细胞纳米机器: benlion 2016-6-3 00:18; 系统医学，在于解决中西医学的争论，突破现有西方医学的发展瓶颈和转换中国传统医学到现代科学的体系。系统医学，不仅是科学体系，而且是医疗体系，前者是范式的探索，经历了1983年-2003年（1983年-1993年科学的历史与哲学）的历程，后者是模式的探讨，经历了2003年-2013年（包括文化哲学和文献考证）的过程，而在2013年-2015年历史的逻辑分析和理论体系化。演化论思维，哲学源于道家，科学开启于康德星云假说，而到达尔文自然选择进化论。从一般系统论到自组织化理论、分数维几何学和混沌理论，以及耗散结构论、超循环理论和非线性系统科学等。结构论是系统综合理论，提出了图论与网络拓扑学和太阳能-生物电子学的生物系统科学与工程研究，并整合生物信息学与计算机模拟、纳米生物学与生物技术等方法，开展细胞分析、人工设计与合成等。 1992-2003 年《结构论》与系统医学等，2003-2006年道德经济学和《星际情殇》与绘画艺术，2006-2015年系统生物技术等。 2009 年-2029年规划 - 纳米细胞机器的人工智能与合成生物设计。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 科学与历史|2693 次阅读|0 个评论

科学起源的思想基础: benlion 2016-5-24 12:38; 中国神话的特征是工匠模式，犹太教的模式是创造设计，而在中国艺术的形神合一，则是给创造物注入精神的模式。希腊神话体现出的是人神合一，哲学上为思辨的逻辑推理和艺术想象，反映出来在中世纪神学的柏拉图哲学和政教一体的体制。基督教的发展，恰是对印度和希腊的多神论批驳，欧洲13世纪的经验主义神学、英国大宪章革命，却恰是转向近现代文明发展的转折点。洋务运动到辛亥革命，为何能够涌现一批诺贝尔科学奖和菲尔兹数学奖得主? 恰是中西两个传统结合或交融的产物，包括犹太-基督教传统与儒家文化传统的结合，也包括从齐白石到毕加索西方现代绘画风格的形成这类模式。 20 世纪90年代在中国参加科学哲学会议，当时，BjZeng已经总结整理了系统科学等诸多理论，并提出结构论的系统与合成生物学理论基础，21世纪的这类似的哲学基础分析，却是对已经建立和发展起来的科学理论分析。同样的现象是在中医药，90年代BjZeng在中西医学比较研究与现代化的发展，提出了系统医药学并脱胎于传统医学，成为了现代医学科学的体系，也把系统理论形态的系统生物学转换到了现代的概念和方法；然而，传入国内时，却又有返回到之前的形态，这则是科学传播的现象了。在近代科学的建立，奠基于培根的实验方法与归纳逻辑和笛卡尔数学的坐标系与演绎逻辑，恰都是开启于批驳亚理士多德的3段论逻辑。以及近代科学建立在机器运行的自然观、仪器技术与操作和数学的符号运算等基础上，当代更是发展到计算机方法和互联网模式。 -(2011 年-2016年网络日记)-; 个人分类: 中国科学与工业|2053 次阅读|0 个评论

生物技术与工业制造: benlion 2016-2-3 19:48; 中国的分子生物学和生物技术，开始于北京-上海轴线，并向广州-厦门海岸发展。中科院中关村，最早开始分子与转基因生物技术，引进第1个质粒DNA、第1台DNA合成仪和测序仪、第1台蛋白质测序仪和第1台mRNA差异显示分析仪等，也是第1家开始基因合成和测序、PCR商务设计的技术中心平台。中国生物技术产业，发展的路径是PCR诊断（达安）分析、基因测序（华大）和表达谱（复旦）分析芯片到微流控芯片（博奥）技术，以及干细胞和转基因小鼠模型（赛业）等过程。 20 世纪90年代，从基因工程、转基因技术、发酵工程、生物信息技术和生物传感器技术等，在国际上率先发起系统生物科学与工程的学科体系，则是走向原创和开拓的转折点。 20 世纪发展了实验与分子生物学，而到本世纪全面向系统与合成生物学的范式和模式转换。计算机辅助设计、转基因生物反应器和合成生物技术等，发展的方向是生物医学治疗和生物工业制造的路径。 - （02/03/2016网络日记）-; 个人分类: 中国科学与工业|1765 次阅读|0 个评论

系统生物学体系形成: benlion 2016-1-21 12:28; 对生物学、心理学与物理学的范式探索与思考，走向了系统生物学的发展路径，关键突破是1992-1994年bjZeng提出图论与网络拓扑学、太阳能生物电子学的方法。而且，1996-1999年bjZeng对生物系统理论和工程生物系统的探讨，以及结合实验生物学与计算生物学、生物信息技术与分子生物技术等方法，包含，系统理论、软件模拟、生物网络、纳米技术和合成生物等方面。在1991年-2001年的阐述和引用文献里，包含了，提出系统生物学（1968）和合成生物学（1910）术语，以及网络（Pawson）、合成（Kool）和组学（Hafan）生物学方法的关键科学家，并且，1996年与Hood（组学芯片）和2000年与Tomita（软件模拟）、Seeman（纳米计算机）都有过通信和讨论。结构论，包括，4世界理论和城市群理论，阐述了人类文化发展的4个轴心时代，在科学体系，包含了知识、方法、建制和技术的4个维度，从而解答了李约瑟-钱学森问题，并提出了系统生物科学与工程的体系，包括，系统医学与药物学、系统遗传学与生物工程等术语、概念和方法。 - （2011-2016网络日记）-; 个人分类: 资料和文献|7059 次阅读|0 个评论

系统生物学简史: benlion 2015-12-4 03:33; 1 ）1910年S.Leduc提出合成生物学，1968年D.Mesarovic提出系统生物学 - 分别属于化学合成与理论生物学概念； 2 ）1992-94年BJ.Zeng提出系统医药学、系统遗传学和系统生物工程（及转基因禽类输卵管生物反应器、细胞仿生工程与太阳能-生物电子技术）等； 3 ）1996年BJ.Zeng组织第1届国际转基因动物学术研讨会和筹备国际转基因协会任秘书长，1999年建立Biosystem Network网站和筹备国际会议与协会，倡导系统生物科学与工程（BSSE）- 定义为结构理论*和实验、计算方法的生物系统与工程方法的人工生物系统研究（及微电子和转基因技术整合的细胞分子电路概念图）； 4 ）2007年BJ.Zeng阐述第3次工业革命，参加“春晖杯”创新创业大赛和“春晖计划”，2010年在加州国际Nano-expo提出机器人设计3原则。 5 ）1999-2003年国际系统与合成生物学的生物系统与人工生物系统研究概念形成，2001年分别O.Wolkenhauer论述系统理论和L.Hood实验技术（omics）、H.Kitano计算模拟（in silico）与AP.Arkin工程设计方法的论文发表； 6 ）2003年S.Benner发表个体化医学，2004年A-L.Barabási发表网络生物学等，2007年瑞士ETH建立D-BSSE研究中心，2008年美国NIH建立肿瘤的系统遗传学研究专项资金，2012年国际系统医学大会在爱尔兰召开。注*，图论与网络拓扑学分析方法，参考文献里含有1968年系统生物学、1910年合成生物学术语。宗教产生于个体和社会的心理与行为模式的组织化过程，科学源自于对机械和工程设计原理的定量模型建构过程，介于其间的是儒释道哲学，导致文化和认知发展的知识化社会，而最终是体制的实践和经济发展的应用。 - （06/2011-12/2015网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2327 次阅读|0 个评论

系统生物学简史: benlion 2014-8-6 11:48; 20 世纪 60 年代贝塔朗菲提出理论生物学和系统论、数学方法的生物系统研究，在生理学和生物化学（ MA.Savageau ）层面的系统论和控制论发展， D.Nobel 发表心脏起博（ pacemaker ）数学模型和 R.Rosen 发展了数学系统论。 1968 年 Mesarovic M. 在国际系统论与生物学（ systems theory and biology ）会议提出系统生物学（ systems biology ）词汇， 1993 年 Zieglgansberger W. 和 Tolle TR 提出将系统生物学方法用于神经疾病研究。 1910 年 Leduc S. 提出合成生物学（ synthetic biology ）词汇和化学合成生命形态的概念， 1974 年 Szybalski W. 和 1980 年 Hobom B. 等表述为 DNA 分子基因重组概念， 2000 年发表 XDNA 人工合成的 Kool E. 重新提出合成生物学。 1992 年曾邦哲（ BJ.Zeng ）提出系统医药学（ systems medicine pharmacology ）概念和词汇，以及分子、细胞系统的发生动力学模型，论述了经络网络是图论与拓扑学模型、神经 - 内分泌与免疫调控的机能整合，代谢（消化 - 呼吸与泌尿）、循环等器官平衡稳态、分子细胞生物系统的节律与形态转换的病理与药物学研究， 1994 年提出细胞仿生工程、禽类输卵管生物反应器（ oviduct bioreactor ）和系统生物工程 (systems bio-engineering 或 biotechnology) 等概念，论述基因系统与蛋白质、酶系统等对应表达调控的进化与发育遗传机制和细胞动力学等研究的系统遗传学（ systems genetics ）概念，从而仿造与改造生命合而为人工生物系统（ artificial biosystem ）概念。 1996 年 -1999 年曾邦哲论述结构论（ structure theory ）和系统生物科学与工程（ BSSE ） - 生物系统与人工生物系统的理论与实验、计算与工程方法研究， 1996 年在第 1 届国际转基因动物学术研讨会讲述了生物系统论（ bio-system theory ）和系统生物工程，应用系统论方法（ systems approach ）的进化、发育遗传学与转基因生物技术的机制等观点， 1999 年在德国筹备国际会议、协会和建立网站（ genbrain biosystem network ， 10 月 Nature 和 12 月 Kybernetes 等），倡导以分子生物技术、计算生物技术和转基因生物工程等方法，阐述从分子、细胞到器官等层面，从实证（ positive ）分析到系统综合（ synthetic ）的系统生物科学与工程研究，以及细胞基因组是类同计算机软件系统的基因组智能（ genomic intelligence ）可以设计和编程，包括转基因（ transgenics ）与仿生学结合的细胞通讯分子电路设计概念图等。 1998 年生物制造（ J.Bollinger ）的概念提出和 DJ.Watts 和 SH.Strogatz 发表小世界网络（ small-world networks ）理论， 1999 年 S.Leibler 的生物化学和代谢系统鲁棒性（ robustness ）理论，以及 M.Tomita （以及 Venter J.R. 研究组）的 E-cell 模型等，切奇（ GM.Church ）的组学芯片系统（ systematic ）方法， N.Seeman 和 T.Knight 组织国际 DNA 分子计算机会议与维斯（ R.Weiss ）发表活体生物分子计算机等研究。 2000 年 L.Hood 和 R. Aebersold 等建立系统生物学研究所， H.Kitano 和 M.Tomita 举办系统生物学国际会议。 2001 年 O.Wolkenhauer 、 T.Ideker 和 L.Hood 与 H.Kitano 等，分别从系统论和数学方法、组学高通量实验与生物信息或计算机模型（软件）等论述生物系统研究， AP.Arkin 发表合成细胞生物学的工程设计方法。 2003 年国际形成系统生物学的理论和实验（ omics ）、计算（ in silico ）方法研究生物系统的概念共识， 2003 年个体化医学（ S.Benner ）和转化医学（ FM.Marincola ）等概念发表， 2003 年 -2005 年 T.Knight 和 J.Collins 等论述工程方法和人工设计的合成生物学概念， 2005 年 D.Endy 论述为工程生物学的人工生物系统研究。 2007 年瑞士 ETH 建立系统生物科学与工程（ D-BSSE ）研究中心，英国 RI.Kitney 提出系统与合成生物学偶合，曾邦哲论述不仅是生物医药而且是制造工业，将导致第 3 次工业革命。 - （ Systems Medicine – Systems Genetics Biotechnology ） -; 个人分类: 历史|3016 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学,生物信息学等定量生物学领域的牛人介绍: bigdataage 2013-4-9 15:52; 系统与合成生物学,生物信息学等定量生物学领域的牛人介绍 The Top 50 Researchers of Quantitative Biology ----Systems and Synthetic Biology, Bioinformatics, Biomathematics etc. 彭勇这是我在读博之前的一个总结，以便自己能较快进入系统生物学这个领域。硕士期间学的生物信息学，就是因为准备不足，什么都不知道，快毕业了才入门。这次在正式开学之前就看了100多篇论文，总结了系统生物学的发展历史和一些牛人，希望在进入实验室以后能很快上手。 “ 系统生物学的发展历史简介”：从分子到细胞，再到种群，在生命科学的各个层次、各个领域都在进入定量时代，利用理论和计算来研究生命系统，纵观科学技术的发展史，可以发现这是必然的，时机很快就会成熟。极大、极小、极复杂，前两个方向都有了自己的较为成型的理论，比如相对论、量子力学、量子场论、有争议的超弦理论等，现在该轮到“极复杂”了。以前没有足够的数据，不可能彻底了解复杂系统，无论多努力、无论IQ多高都没用，爱因斯坦再NB，若生活在中世纪，也不可能提出相对论。现在不同了，技术的进步使得积累的数据越来越多，“大数据时代”是真的，不是吹的，有了足够多的数据，而且有其它学科的理论和技术作为基础，可以解密生命科学和社会科学中的各种复杂系统了。虽然关注社会、经济、商业、管理等领域的定量化和“Big Data”的人比较多，但生命科学中产生的数据不亚于社会科学，特别是第三代测序技术成熟以后更可怕，复杂系统科学和数据科学与生物学结合产生的影响不会比定量社会科学差，意义也应该更重要，不过二者应该很有关联，毕竟人也是生物，社会也是由生物构成的，个人认为。言归正传，在定量生物学领域做出好工作的人不少，以下50位是自己了解到的一部分，不过主要集中在系统生物学（分子水平）与合成生物学，也包括系统神经生物学（细胞水平），生态网络（种群水平），进化动力学，生物信息学（计算生物学），神经信息学（计算神经科学），免疫信息学，生态信息学，生物数学，生物物理等。其中的每一个人，我至少看了其一篇代表作才评论的。说一下我知道这些的方法，一是直接在百度或谷歌搜“系统生物学牛人”，这样可以收到几个红得发紫的；二是看CNS上的相关文章都是谁发的，主要是看通讯作者；三是用Google搜索是可以发现相关的人；四是在维基百科看相关的词条（一定要看英文的），比如： quantitative biology,systems biology, synthetic biology, bioinformatcs, biomathematics, biophysics, computational biology 主要还是来自看CNS上的论文和 Google搜索提供的相关人。以下内容均来源于网络，若有侵犯隐私和其它权利的地方，表示歉意，请及时联系本人，我会立刻删除。本人并没有牛人情结，也不崇拜任何一位大神，只是想向他们学习，顺便了解一下相关领域的历史和发展趋势。各个牛人如下（排名不分先后）：; 0 个评论

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标签: 系统与合成生物学

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