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PSRChive 在WSL中的安装: zhangyanyun 2020-4-13 23:48; 0. 说明此处的WSL为通过远程桌面连接实现的图形界面，与通过配置X Server 实现图形界面不同。 1. 配置环境变量 vim~/.bashrc 在末尾添加以下以下文本： #exportDISPLAY=127.0.0.1:0.0#对远程桌面连接的图形界面不需要 exportPSRHOME=$HOME/Pulsar exportPGPLOT_DIR=/usr/lib/pgplot5 exportPGPLOT_FONT=$PGPLOT_DIR/grfont.dat exportTEMPO2=$PSRHOME/tempo2 exportPSRCAT_FILE=$PSRHOME/psrcat/psrcat.db exportPATH=${PATH}:$PSRHOME/bin:$TEMPO2/bin 重启或： wsl@WIN:~$source~/.bashrc 2. 安装库 wsl@WIN:~$sudoaptautoremove wsl@WIN:~$sudoaptinstall-yautotools-devautoconflibtoolmakeg++gfortran wsl@WIN:~$sudoaptinstall-ycshlibfftw3-devpgplot5libcfitsio-devgit 3. 安装PSRChive wsl@WIN:~$mkdir$HOME/Pulsar wsl@WIN:~$cd$HOME/Pulsar wsl@WIN:Pulsar$gitclonegit://git.code.sf.net/p/psrchive/codepsrchive wsl@WIN:Pulsar$cdpsrchive/ wsl@WIN:psrchive$./bootstrap#对新版的psrchive可以省略 wsl@WIN:psrchive$./configure# wsl@WIN:psrchive$make wsl@WIN:psrchive$makecheck wsl@WIN:psrchive$makeinstall 4. 报错当 ./configure运行失败，并报错为缺失一些安装包 wsl@WIN:psrchive$cdpackagesmakecd-#添加可执行权限 wsl@WIN:psrchive$./packages/fftw.csh#若缺失fftw第2步已安装 wsl@WIN:psrchive$./packages/cfitsio.csh#若缺失cfitsio第2步已安装 wsl@WIN:psrchive$./packages/pgplot.csh#若缺失pgplot第2步已安装 wsl@WIN:psrchive$./packages/epsic.csh#缺失epsic此处需要安装 wsl@WIN:psrchive$./packages/tempo2.csh#缺失tempo2此处需要安装 wsl@WIN:psrchive$./packages/psrcat.csh#缺失psrcat此处需要安装 wsl@WIN:psrchive$./configure wsl@WIN:psrchive$make wsl@WIN:psrchive$makecheck wsl@WIN:psrchive$makeinstall 5. Python调用若需要在Python中调用，则需要安装必要的模块( SWIG 和 NumPy )，并在运行 ./configure 时添加共享选项 ./configure--enable-shared 参考自： http://psrchive.sourceforge.net/download.shtml; 个人分类: 菜鸟一号|3606 次阅读|0 个评论

WSL 通过远程桌面连接实现图形界面: zhangyanyun 2020-4-13 03:28; 1. WSL 安装命令行配置： dism.exe/online/enable-feature/featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux/all/norestart dism.exe/online/enable-feature/featurename:VirtualMachinePlatform/all/norestart 或控制面板配置：控制面板 - 程序和功能 - 启用或关闭Windows功能 - 勾选“适用于Linux的Windows子系统”和”虚拟机平台“- 确定安装：通过Microsoft Store搜索“linux”选择任意一款linux发行版（eg: Ubuntu）获取，然后在开始菜单启动刚获取的Linux系统使其自己完成WSL安装（期间需要填写WSL的用户名和密码）。 2. 桌面安装给WSL安装桌面 wsl@WIN:~$sudoapt-getupdate wsl@WIN:~$sudoapt-getupgrade wsl@WIN:~$sudoaptinstallxfce4 wsl@WIN:~$sudoapt-getinstallxorg wsl@WIN:~$sudoapt-getinstallxrdp wsl@WIN:~$sudoechoxfce4-session~/.xsession wsl@WIN:~$sudoservicexrdpstart或restart ...Testingifxrdpcanlistenon0.0.0.0port3333.(此处3333为端口号，可手动修改) Win10远程桌面链接在windows系统打开“远程桌面连接”应用（命令：mstsc），点击“显示选项”-显示 - 根据需要调整窗口大小（如：800x600）；常规 - 计算机：localhost或127.0.0.1:3333，输入用户名，勾选“允许我保存凭据”，保存，连接。 3. 注意连接远程桌面前应确保WSL中的xrdp在运行，每次Win10重启后需要在WSL中启动xrdp PSC:\\Users\\Uwsl#在win10命令行启动WSL wsl@WIN:~$sudoservicexrdpstart#在WSL中启动xrdp 然后才可以连接成功。; 个人分类: 菜鸟一号|9869 次阅读|0 个评论

使用Windows做生信 | WSL生信分析环境的搭建: yjjh143 2018-8-15 17:40; 以前练习linux都是安装虚拟机，不过现在微软发布了Windows子系统（WSL），使我们可以非常方便地获得linux环境，进行Linux系统的练习甚至用于实际的工作和生产中。下面，就让我们一起来看一下，如何在WSL中搭建生物信息学分析环境吧。在服务器中，可以按照相同的方法进行生信环境的搭建。 1.WSL的安装安装WSL可参考我的博文《安装Ubuntu on Windows子系统》进行系统的下载和安装。 2.WSL的美化打开安装好的ubuntu系统，默认的系统界面比较丑陋：不过我们可以对系统界面进行一些修改，在上面的标题栏电击鼠标右键，选择属性进行设置，根据个人的偏好进行设置即可：另外，如果你想进行更多个性化的设置，也可以选择安装 cmder （所谓颜值也是生产力，推荐使用！O(∩_∩)O哈哈~ ）： Cmder is a software package created out of pure frustration over the absence of nice console emulators on Windows. It is based on amazing software, and spiced up with the Monokai color scheme and a custom prompt layout, looking sexy from the start. 下载完cmder解压皆可使用，不过cmder并不默认打开WSL，需要我们进行相应的设置。点开右下角绿色的加号，选择 Setup tasks ，然后选择 Startup ，勾选 Command line ，在里面输入如下命令，选择save settings就可以了： %windir%\\system32\\bash.exe~-cur_console:p:n 设置好后，每次启动cmder时，就会自动进入ubuntu系统: 另外，如果对cmder的界面不满意，还可以在 Setup tasks 中进行更多个性化的设置： 3.系统的基本设置（1）设置vim配置，使其支持语法高亮和行号在home目录下创建.vimrc文件，在文件中输入如下代码，保存即可： filetypeon syntaxon setnu setcindent settabstop=4 setsofttabstop=4 setexpandtab setshiftwidth=4 setruler setbackspace=indent,eol,start 为ubuntu添加国内下载源 ubuntu系统默认为国外下载源，下载速度比较慢，可以添加国内的下载源以加快下载速度： #进入下载源文件存储文件夹 cd/etc/apt #备份原sources.list文件（需要管理员权限） sudomvsources.listsources.list.bak #打开sources.list文件 vimsources.list #在sources.list文件中添加阿里云的下载源，保存文件 debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenialmain deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenialmain debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-updatesmain deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-updatesmain debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenialuniverse deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenialuniverse debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-updatesuniverse deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-updatesuniverse debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-securitymain deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-securitymain debhttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-securityuniverse deb-srchttp://mirrors.aliyun.com/ubuntu/xenial-securityuniverse #更新源 aptupdate 更新成功后，我们就可以从阿里云的镜像中下载软件了。举个例子： #下载R aptinstall-yr-base 安装成功： 3.安装bioconda 为什么安装bioconda以及bioconda的安装方法见我的另一篇博文《使用Bioconda管理生信软件》。由于bioconda的镜像在国外，下载速度非常慢且不稳定，可以按照《使用Bioconda管理生信软件》中的方法安装清华大学的镜像。另外，基因课最近也做了一个 bioconda镜像，现在正在公测，可以通过如下方法安装：使用方法一【推荐】：直接修改 ~/.condarc 文件，内容如下 channels: -http://mirror.genek.tv/conda/bioconda/ -http://mirror.genek.tv/conda/conda-forge/ -http://mirror.genek.tv/conda/r/ -defaults 使用方法二： condaconfig--addchannelshttp://mirror.genek.tv/conda/bioconda/ condaconfig--addchannelshttp://mirror.genek.tv/conda/conda-forge/ condaconfig--addchannelshttp://mirror.genek.tv/conda/r/ 大多数生物信息学软件都可以通过bioconda进行安装。值得注意的是，有些软件在bioconda中的名字会改变，和原来名字不一样。遇到这种情况时，可以到bioconda官网中进行检索，看看有没有名字修改的情况。比如，我们要安装sra-toolkit,无法在conda中检索到该软件：这时，我们可以到bioconda官网，使用关键词进行检索，看看是否有名字改变的情况出现：发现有个sra-tools，是个什么东东，点开看一下：原来这就是sra-toolkit啊，让我找的好苦，o(╥﹏╥)o 以后，就可以使用conda轻松安装各种生物信息学软件了。; 个人分类: 生物信息学|6004 次阅读|0 个评论

Windows Subsystem for Linux （WSL）挂载移动硬盘U盘: sunqing3020590 2018-1-15 07:13; From: https://blogs.msdn.microsoft.com/wsl/2017/04/18/file-system-improvements-to-the-windows-subsystem-for-linux/ WSL想通过移动硬盘处理一些数据，结果进去了无法发现移动硬盘，于是搜了好久也没有一个正确的解决办法，终于找到一个，现在贡献出来与大家共享。 WSL比起linux挂载硬盘简单一些。而且windows本身自己的硬盘位ntfs格式，所以移动硬盘感觉挂载要比单纯的linu下ntfs挂载更加稳定一些。个人感觉而已....无法验证。假设你的移动硬盘在windows下显示为 G:\\ 1. 新建文件夹g sudo mkdir /mnt/g 2. 挂载盘符g sudo mount -t drvfs G: /mnt/g 3.大功告成。进入/mnt/g即可与windows下一摸一样。 4.弹出移动硬盘，这样才能在windows下正常弹出，否则是会一直占用的。 sudo umount /mnt/g 下一次重新重新挂载直接进行步骤2即可。; 22317 次阅读|0 个评论

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