标签: PhyloBayes

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如何使用PhyloBayes快速构建系统发育树: 热度 7 Bearjazz 2012-5-6 10:43; 如何使用 PhyloBayes 快速构建系统发育树熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz PhyloBayes 算是贝叶斯方法软件的后起之秀，替代模型更为丰富，主要用于基于氨基酸序列的系统发育树构建。下载地址 www.phylobayes.org 下载之后，解压即可，不需安装，里面有适合各种系统平台的程序包，如 windows 平台的程序包在文件夹… \phylobayes3.3b\exe_win 中。程序包中有11不同的程序，功能有所不同，其中pb.exe是主要的马尔科夫蒙地卡罗（MCMC）抽样程序。输入格式为 .phy 格式如何开始建树将下面的代码复制到纯文本文件中保存为 bat 文件“ bear.bat ” pb -d sequence.phy -nchain 2 100 0.3 50 rnapo4 其中， sequence.phy 为比对好的氨基酸序列， rnapo4 为输出文件名 sequence.phy 、 bear.bat 和 pb.exe 放同一文件夹，双击 bear.bat 及开始运算。结果中“ rnapo4.con.tre ”就是最终树文件，带有支持率。; 个人分类: 我的研究|17580 次阅读|14 个评论

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