# 编者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz Median networks In the median-network approach, sequences are first converted to binary data and constant sites are eliminated. Each split is encoded as a binary character with states 0 and 1. Sites that support the same split are grouped in one character, which is weighted by the number of sites grouped. This leads to the representation of haplotypes as 0–1 vectors. Median or consensus vectors are calculated for each triplet of vectors until the median network is finished. For 30 haplotypes, the resulting median networks are impractical to display, owing to the presence of high-dimensional hypercubes. Fortunately, the network can be reduced (i.e. some loops can be solved) using predictions from coalescent theory (Box 2). All the most parsimonious trees are guaranteed to be represented in a median network. Although mainly aimed at mtDNA data, median networks can be estimated from other kinds of data, as long as the data are binary or can be reduced to binary data. 中值网络 在中值网络方法中，先将序列转换为二进制数据，然后消除保守位点。每个拆分都被编码为具有状态 0 和 1 的二进制字符。支持相同拆分的站点被分组为一个特征，该特征由分组的位点数加权。这导致单倍型的表现为 0-1 向量。对每三组向量计算中值向量或一致向量，直到中值网络完成。对于大于 30 个单倍型，由于存在高维超立方体，因此产生的中值网络无法显示。幸运的是，可以使用溯祖理论（框注 2 ）的预测来减少网络（即可以解决一些循环）。所有最简约的树都可以用中值网络表示。尽管中值网络主要针对线粒体 DNA 数据，但只要数据是二进制的或可以简化为二进制数据，就可以从其他类型的数据中估计出中值网络。 Posada D , Crandall K A . Intraspecific gene genealogies: trees grafting into networks . Trends in Ecology and Evolution, 2001, 16(1):0-45.
close()关闭文件对象 flush()刷新文件的缓冲区。缓冲区包含等待写入或文件中读取的信息。“刷新“就是执行实际的读取或写入操作 isatty()如果文件对象是tty(终端）设备，就返回1 read( ) 从文件中读取数据。 readline( )从文件中读取一行 readlines( ) 从文件中读取多行 seek(offset ) 使文件位置移动offset个字节。如果没有指定location,文件位置从文件起始处移动。如是指定了location,就从指定位置移动。 tell()返回文件的当前位置 truncate( ) 删除文件中的数据。如果没有指定size,就删除所有数据；如果指定了size,就最多只删除指定的字节数。 write(output) 将字符串output写入文件 writeline(outputlist) 将outputlist中的每个字符串写入文件 writelines() 写入多行数据 转自: http://www.ibm.com/developerworks/cn/opensource/os-python8/ 简介： 在这篇文章中，将学习如何处理文件。首先，回顾一种使用 Python 输出数据的简单方式，然后学习文件对象，Python 程序用它从文件读取数据和把数据写入文件。将演示打开文件的不同模式，最后将显示如何读取和写入二进制文件。 读取、写入和 Python 在 “ 探索 Python ” 系列以前的文章中，学习了基本的 Python 数据类型和一些容器数据类型，例如 tuple 、 string 和 list 。其他文章讨论了 Python 语言的条件和循环特性，以及它们如何与容器数据类型进行协作来简化编程任务。编写程序的最后一个基本步骤就是从文件读取数据和把数据写入文件。阅读完这篇文章之后，可以在自己的 to-do 列表中加上检验这个技能学习效果的任务。 简单输出 贯穿整个系列，一直用 print 语句写入（输出）数据，它默认把表达式作为 string 写到屏幕上（或控制台窗口上）。清单 1 演示了这一点。清单 1 重复了第一个 Python 程序 “Hello, World!” ，但是做了一些小的调整。 清单 1. 简单输出 print "Hello World!" Hello World! print "The total value is = $", 40.0*45.50 The total value is = $ 1820.0 print "The total value = $%6.2f" % (40.0*45.50) The total value = $1820.00 myfile = file("testit.txt", 'w') print myfile, "Hello World!" print myfile, "The total value = $%6.2f" % (40.0*45.50) myfile.close() 正如这个示例演示的，用 print 语句写入数据很容易。首先，示例输出一个简单的 string 。然后创建并输出复合的 string ，这个字符串是用 string 格式化技术创建的。 但是，在这之后，事情发生了变化，与代码以前的版本不同。接下来的一行创建 file 对象，传递进名称 "testit.txt" 和 'w' 字符（写入文件）。然后使用修改过的 print 语句 —— 两个大于号后边跟着容纳 file 对象的变量 —— 写入相同的 string 。但是这一次，数据不是在屏幕上显示。很自然的问题是：数据去哪儿了？而且，这个 file 对象是什么？ 第一个问题很容易回答。请查找 testit.txt 文件，并像下面那样显示它的内容。 % more testit.txt Hello World! The total value = $1820.00 可以看到，数据被准确地写入文件，就像以前写到屏幕上一样。 现在，请注意清单 1 中的最后一行，它调用 file 对象的 close 方法。在 Python 程序中这很重要，因为在默认情况下，文件输入和输出是 缓冲的 ；在调用 print 语句时，数据实际未被写入；相反，数据是成批写入的。让 Python 把数据写入文件的最简单方式就是显式地调用 close 方法。 文件对象 file 是与计算机上的文件进行交互的基本机制。可以用 file 对象读取数据、写入数据或把数据添加到文件，以及处理二进制或文本数据。 学习 file 对象的最简单方法就是阅读帮助，如清单 2 所示。 清单 2. 得到 file 对象的帮助 help(file) Help on class file in module __builtin__: class file(object) | file(name ]) - file object | | Open a file. The mode can be 'r', 'w' or 'a' for reading (default), | writing or appending. The file will be created if it doesn't exist | when opened for writing or appending; it will be truncated when | opened for writing. Add a 'b' to the mode for binary files. | Add a '+' to the mode to allow simultaneous reading and writing. | If the buffering argument is given, 0 means unbuffered, 1 means line | buffered, and larger numbers specify the buffer size. | Add a 'U' to mode to open the file for input with universal newline | support. Any line ending in the input file will be seen as a '\n' | in Python. Also, a file so opened gains the attribute 'newlines'; | the value for this attribute is one of None (no newline read yet), | '\r', '\n', '\r\n' or a tuple containing all the newline types seen. | | 'U' cannot be combined with 'w' or '+' mode. | | Note: open() is an alias for file(). | | Methods defined here: ... 正如帮助工具指出的，使用 file 对象很简单。用 file 构造函数或 open 方法创建 file 对象， open 是 file 构造函数的别名。第二个参数是可选的，它指定文件的使用方式： 'r' （默认值）表示从文件读取数据。 'w' 表示要向文件写入数据，并截断以前的内容。 'a' 表示要向文件写入数据，但是添加到当前内容尾部。 'r+' 表示对文件进行读写操作（删除以前的所有数据）。 'r+a' 表示对文件进行读写操作（添加到当前内容尾部）。 'b' 表示要读写二进制数据。 这篇文章的第一个代码清单向文件写入数据。现在，清单 3 显示如何把这个数据读入 Python 程序，并解析文件的内容。 清单 3. 从文件读取数据 myfile = open("testit.txt") myfile.read() 'Hello World!\nThe total value = $1820.00\n' str = myfile.read() print str myfile.seek(0) str = myfile.read() print str Hello World! The total value = $1820.00 str.split() str.split('\n') for line in str.split('\n'): ... print line ... Hello World! The total value = $1820.00 myfile.close() 要读取数据，首先要创建合适的 file 对象 —— 在这个示例中，文件对象打开 testit.txt 文件，并用 read 方法读取内容。这个方法把整个文件读入一个 string ，然后在程序中把这个字符串输出到控制台。在对 read 方法的第二个调用中，试图把值分配给 str 变量，结果返回一个空的 string 。这是因为第一个 read 操作读入了整个文件。当试图再次读取内容时，已经到了文件末尾，所以什么也读不到。 这个问题的解决方案也很简单：让 file 对象返回文件的开头。回到开头要通过 seek 方法进行，它接受一个参数，表示要从文件中的什么位置开始读取或写入（例如， 0 代表文件开头）。 seek 方法支持更复杂的操作，但是可能会有危险。对于目前来说，我们还坚持采用简单方式。 现在回到了文件的开始之处，可以把文件内容读入 string 变量并对 string 做适当地解析。请注意，在文件中，行之间用新行（或行结束）字符区分。如果试着在 string 上调用 split 方法，它会在空白字符（例如空格）处进行拆分。为了让方法根据新行字符拆分各行，必须显式地指定新行字符。然后可以拆分 string 并在 for 循环中对文件的行进行迭代。 看起来仅仅从文件中读取和处理一行内容都有许多工作要做。 Python 要让简单的事情变容易，所以您可能想知道这个任务有没有快捷方式可用。如清单 4 所示，答案是 yes 。 清单 4. 读取和解析行 myfile = open("testit.txt") for line in myfile.readlines(): ... print line ... Hello World! The total value = $1820.00 myfile.close() for line in open("testit.txt").readlines(): ... print line ... Hello World! The total value = $1820.00 for line in open("testit.txt"): ... print line ... Hello World! The total value = $1820.00 清单 4 演示了读取和解析文本文件行的三种技术。首先，打开文件并把它分配给变量。然后调用 readlines 方法，把整个文件读入内存并把内容拆分成 string 列表。 for 循环在 string 列表上进行迭代，一次输出一行。 第二个 for 循环通过使用 file 对象的隐式变量（也就是说，变量不是显式创建的），对这个过程稍做了点儿简化。打开文件和读取文件内容一次完成，生成的效果与第一个显式示例相同。最后一个示例进一步做了简化，并演示了直接在 file 对象上进行迭代的能力（请注意，这是 Python 的一个新特性，所以在您的计算机上可能无法工作）。在这个示例中，创建隐式 file 对象，然后 Python 做余下的工作，允许对文件中的全部行进行迭代。 但是，有些时候，在从文件读取数据时，可能想要更好的控制级别。在这种情况下，应当使用 readline 方法，如清单 5 所示。 清单 5. 读取数据 myfile = open("testit.txt") myfile.readline() 'Hello World!\n' myfile.readline() 'The total value = $1820.00\n' myfile.readline() '' myfile.seek(0) myfile.readline() 'Hello World!\n' myfile.tell() 13L myfile.readline() 'The total value = $1820.00\n' myfile.tell() 40L myfile.readline() '' myfile.tell() 40L myfile.seek(0) myfile.read(17) 'Hello World!\nThe ' myfile.seek(0) myfile.readlines(23) myfile.close() 这个示例演示了如何在文件中移动，一次读取一行，或者显式地用 seek 方法移动文件位置指示器。首先，用 readline 方法在文件行中移动。当到达文件末尾时， readline 方法返回一个空的 string 。在过了文件末尾之后，如果还用这种方式继续读取，并不会造成错误，只会返回空的 string 。 然后返回文件开始的地方，并读取另一行。 tell 方法显示出在文件中的当前位置（应当在第一行文本之后） —— 在这个示例中，在第 13 个字符位置。通过使用这个知识，可以向 read 或 readline 方法传递一个参数，控制读取的字符数。对于 read 方法，这个参数（在这个示例中是 17 ）是要从文件中读取的字符数。但是 readline 方法在读入指定数量的字符后，还会继续读取，直到行尾。在这个示例中，它读取第一行和第二行文本。 写入数据 迄今为止的示例都侧重于读取数据，而不是写入数据。但是如清单 6 所示，一旦了解了使用 file 对象的基础知识，写入也很容易。 清单 6. 写入数据 mydata = myfile = open('testit.txt', 'w') for line in mydata: ... myfile.write(line + '\n') ... myfile.close() myfile = open("testit.txt") myfile.read() 'Hello World!\nThe total value = $1820.00\n' myfile.close() myfile = open("testit.txt", "r+") for line in mydata: ... myfile.write(line + '\n') ... myfile.seek(0) myfile.read() 'Hello World!\nThe total value = $1820.00\n' myfile.close() myfile = open("testit.txt", "r+a") myfile.read() 'Hello World!\nThe total value = $1820.00\n' for line in mydata: ... myfile.write(line + '\n') ... myfile.seek(0) myfile.read() 'Hello World!\nThe total value = $1820.00\nHello World!\nThe total value = $1820.00\n' myfile.close() 要把数据写入文件，必须先创建 file 对象。但是，在这情况下，必须用 'w' 模式标记指定要写入文件。在这个示例中，把 mydata list 的内容写入文件，关闭文件，然后重新打开文件，这样就可以读取内容了。 但是，通常情况下，想要同时读取文件和写入文件，所以这个示例的下一部分用 'r+' 模式重新打开文件。因为能够写入文件，而不是添加，所以文件会被截断。首先，把 mydata list 的内容写入文件，然后把文件指针重新定位到文件开头，并读入内容。然后这个示例关闭文件，并用读取和添加模式 "r+a" 重新打开文件。正如示例代码所示，文件内容现在是两个写入操作的结果（文本是重复的）。 处理二进制数据 前面所有的示例都处理文本数据或字符数据：写入和读取字符 string 。但是，在某些情况下，例如在处理整数或压缩文件时，需要能够读取和写入二进制数据。在创建 file 对象时，通过把 'b' 添加到文件模式中，可以很容易地用 Python 处理二进制数据，如清单 7 所示。 清单 7. 处理二进制数据 myfile = open("testit.txt", "wb") for c in range(50, 70): ... myfile.write(chr(c)) ... myfile.close() myfile = open("testit.txt") myfile.read() '23456789:;=?@ABCDE' myfile.close() 在这个示例中，创建一个合适的 file 对象，然后用从 50 到 69 的 ASCII 值写入二进制字符。使用 chr 方法，把 range 方法调用创建的整数转变成字符。在写完所有数据之后，关闭文件并重新打开文件进行读取，还是使用二进制模式标记。读取文件可以证明没有把整数写入文件，相反，写的是字符值。 在读取和写入二进制数据时，必须小心，因为不同的平台用不同的方式保存二进制数据。如果必须处理二进制数据，最好是使用来自 Python 库的合适对象（或者来自第三方开发人员的对象）。 回页首 读取和写入：最有趣的地方 这篇文章讨论了在 Python 程序中如何从文件读取数据和写入数据到文件中。总体来说，过程很简单：创建合适的 file 对象，然后按照需要读取和写入。但是，在使用写入模式创建 file 文件，向文件写入数据时，必须注意文件的截断。如果需要向文件中添加数据，应当在创建 file 对象时，使用添加模式。 参考资料 学习 您可以参阅本文在 developerWorks 全球站点上的 英文原文 。 请阅读 developerWorks “ 探索 Python ” 系列的全部文章。 如果已经有了可以工作的 Python 解释器， Python tutorial 是开始学习该语言的好地方。 请访问 developerWorks 开放源码专区 获得全面的 how-to 信息、工具和项目更新，帮助您用开放源码技术进行开发，并把它们用于 IBM 的产品。 获得产品和技术 请下载 Python 。 请用 IBM 试用软件 革新您的下一个开放源码开发项目，可以下载或在 DVD 上得到。 讨论 参与 developerWorks blogs ，加入 developerWorks 社区。 关于作者 Robert J. Brunner 是国家超级计算应用中心的研究科学家和伊利诺斯 Urbana-Champaign 大学的助理天文学教授。他出版了多部著作
特别说明：由于大家在 I/O 存取上以 txt 文件为主，且读取比存储更麻烦（存储的话 fwrite, fprintf 基本够用），因此下面的讨论主要集中在“txt 文件的读取”上。除了标注了“转”之外，其余心得均出于本人经验之 结果 ，欢迎大家指正、补充。 一. 基本知识： --------------------------------------------------转---------------------------------------------------- 1. 二进制文件与文本文件的区别： 将文件看作是由一个一个字节(byte) 组成的， 那么文本文件中的每个字节的最高位都是0，也就是说文本文件使用了一个字节中的七位来表示所有的信息，而二进制文件则是将字节中的所有位都用上了。这就是两者的区别；接着，第二个问题就是文件按照文本方式或者二进制方式打开，两者会有什么不同呢？其实不管是二进制文件也好，还是文本文件也好，都是一连串的0和1，但是打开方式不同，对于这些0和1的处理也就不同。如果按照文本方式打开，在打开的时候会进行translate，将每个字节转换成ASCII码，而以按照二进制方式打开的话，则不会进行任何的translate；最后就是文本文件和二进制文件在编辑的时候，使用的方式也是不同的。譬如，你在记事本中进行文本编辑的时候，你进行编辑的最小单位是字节(byte)；而对二进制文件进行编辑的话，最小单位则是位(bit)，当然我们都不会直接通过手工的方式对二进制文件进行编辑了。 从文件编码的方式来看，文件可分为ASCII码文件和二进制码文件两种： ASCII文件也称为文本文件，这种文件在磁盘中存放时每个字符对应一个字节，用于存放对应的ASCII码。例如，数5678的存储形式为： ASCII码： 00110101 00110110 00110111 00111000 ↓ ↓ ↓ ↓ 十进制码： 5 6 7 8 共占用4个字节。ASCII码文件可在屏幕上按字符显示，例如源 程序 文件就是ASCII文件，用DOS 命令 TYPE可显示文件的内容。由于是按字符显示，因此能读懂文件内容。 二进制文件是按二进制的编码方式来存放文件的。例如，数5678的存储形式为：00010110 00101110 只占二个字节。二进制文件虽然也可在屏幕上显示，但其内容无法读懂。C 系统 在处理这些文件时，并不区 分类 型，都看成是字符流，按字节进行处理。 输入 输出 字符流的开始和结束只由程序控制而不受物理 符号 (如回车符)的控制。因此也把这种文件称作“流式文件”。 2. 文本模式(textmode)和二进制模式(binarymode)有什么区别? 流可以分为两种类型：文本流和二进制流。文本流是解释性的，最长可达255个字符，其中回车/换行将被转换为换行符“\n”，（如果以"文本"方式打开一个文件，那么在读字符的时候，系统会把所有的"\r\n"序列转成"\n"，在写入时把"\n"转成"\r\n" ）。二进制流是非解释性的，一次处理一个字符，并且不转换字符。 注： \n一般会操作系统被翻译成"行的结束"，即LF(Line-Feed) \r会被翻译成"回车"，即CR(Cariage-Return) 对于文本文件的新行，在UNIX上，一般用\n(LF)来表示，Mac上用\r(CR)来表示， Windows上是用\n\r(CR-LF)来表示。 通常，文本流用来读写标准的文本文件，或者将字符输出到屏幕或打印机，或者接受键盘的输入；而二进制流用来读写二进制文件(例如 图形 或字处理文档)，或者读取鼠标输入，或者读写调制解调器。如果用文本方式打开二进制文件，会把“0D 0A”自动变换成“\n”来存在内存中。写入的时候反向处理。而二进制方式打开的话，就不会有这个过程。但是，Unicode/UTF/UCS 格式 的文件，必须用二进制方式打开和读写。 --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 上述 基础 其实大可以略过， 简言之，对用户来说： 在 matlab 中存储成为二进制还是文本文件取决于fopen的方式，如果用wt，则存储为文本文件，这样用记事本打开就可以正常显示了；如果用w则存储为二进制文件，这样用记事本打开会出现小黑方块，要正常显示的话，可以用写字板或UltraEdit等工具打开。 二. Matlab的I/O文件操作使用技巧和总结: 1. Matlab 支持的I/O文件（对应“取/存”操作）类型： （所有文件I/O程序不需要特殊的 工具箱 ） http://www.mathworks.com/support/tech-notes/1100/1102.html （注：从上表可以看到，matlab不支持doc格式的文档存取（因为doc文档包含很多格式控制符），请改用txt或者dat格式） 2. Matlab 的I/O文件指南： http://www.mathworks.com/support/tech-notes/1600/1602.html 以下是部分对应的中文译文： --------------------------------------------------------------转---------------------------------------- 本技术支持指南主要处理：ASCII, binary, and MAT files. 要得到 MATLAB 中可用来读写各种文件格式的完全 函数 列表，可以键入以下命令： help iofun MATLAB中有两种文件I/O程序：high level and low level. High level routines: 包括现成的函数，可以用来读写特殊格式的数据，并且只需要少量的 编程 。 Low level routines: 可以更加灵活的完成相对特殊的任务，需要较多的额外编程。 High level routines 包括现成的函数，可以用来读写特殊格式的数据，并且只需要少量的编程。 举个例子，如果你有一个包含数值和字母的文本文件（text file）想导入MATLAB，你可以 调用 一些low level routines自己写一个函数，或者是简单的用 TEXTREAD 函数。 使用high level routines的关键是：文件必须是相似的（homogeneous）， 换句话说，文件必须有一致的格式。下面的段落描述一些high level file I/O routines并给出一些例子帮助理解概念。 LOAD/SAVE 主要的high level file I/O routines 是 LOAD 和 SAVE 函数。LOAD 可以读MAT-file data或者用空格间隔的格式相似的ASCII data. SAVE可以将MATLAB 变量 写入MAT-file格式或者空格间隔的ASCII data。大多数情况下，语法相当简单。下面的例子用到数值由空格间隔的ASCII file sample_file.txt ： 1 5 4 16 8 5 43 2 6 8 6 8 4 32 1 90 7 8 7 6 5 9 81 2 3 Example: 用 LOAD and SAVE 读写数据 CODE: % Load the file to the matrix, M : M = load('sample_file.txt') % Add 5 to M : M = M +5 % Save M to a .mat file called 'sample_file_plus5.mat': save sample_file_plus5 M % Save M to an ASCII .txt file called 'sample_file_plus5.txt' : save sample_file_plus5.txt M -ascii UIGETFILE/UIPUTFILE UIGETFILE / UIPUTFILE 是基于图形用户 界面 （ GUI ）的。会弹出对话框，列出当前目录的文件和目录，提示你选择一个文件。 UIGETFILE 让你选择一个文件来写（类似Windows ‘另存为’选项？）。用 UIGETFILE ，可以选择已存在的文件改写，也可以输入新的文件名。两个函数的返回值是所选文件名和路径。 Example: 用 UIGETFILE 从当前目录选择一个 M-file CODE: % This command lists all the M-files in the current directory and % returns the name and path of the selected file = uigetfile('*.m','Sample Dialog Box') 注意: UIGETFILE 一次只能选择一个文件。 UIIMPORT/IMPORTDATA UIIMPORT 是一个功能强大，易于使用的基于GUI的high level routine，用于读complex data files。文件也必须是homogeneous。 IMPORTDATA 形成 UIIMPORT 的功能，不打开GUI。可以将IMPORTDATA用于函数或者脚本中，因为在函数或者脚本中基于GUI的文件导入机制并不理想。下面的例子用到包含几行文件头和文本、数值数据的文件 'sample_file2.txt' ： This is a file header. This is file is an example. col1 col2 col3 col4 A 1 4 612.000 B 1 4 613.000 C 1 4 614.000 D 1 4 615.000 Example: Using IMPORTDATA to read in a file with headers, text, and numeric data CODE: % This reads in the file 'sample_file2.txt' and creates a % structure D that contains both data and text data. % Note the IMPORTDATA command specifies a white space % as the delimiter of the file, but IMPORTDATA can usually % detect this on its own D = importdata('sample_file2.txt','')% 原文有误？ D = importdata('sample_file2.txt') 可以通过访问结构D的数据和文本域，来看结构D中的真实值，例如输入： data = D.data text = D.textdata 可以用UIIMPORT读同一个文件并得到同样的结构. 注意: 对于 ASCII data, 你必须检验导入向导正确的识别了列分隔符。 TEXTREAD/STRREAD TEXTREAD 是一个强大的动态high level routine， 设计 用来读ASCII格式的文本和/或数值数据文件。 STRREAD 除是从字符串而不是文件读以外，类似于 TEXTREAD 。 两个函数可以用许多 参数 来改变其具体的工作方式，他们返回读入指定输出的数据。他们有效的提供给你一个 “两全其美”的方法，因为他们可以用一个命令读入混合的ASCII和数值数据（high level routines的做法），并且你可以改变他们以匹配你特定的 应用 （如同low level routines做到的）。例子： CODE: Example 1: Using TEXTREAD to read in an entire file into a cell array % This command reads in the file fft .m into the cell array, file file = textread('fft.m','%s','delimiter','\n','whitespace',''); CODE: Example 2: Using STRREAD to read the words in a line % This command uses the cell array created in Example 1 to % read in each word of line 28 in 'file' to a cell array, words words = strread(file{28},'%s','delimiter','') CODE: Example 3: Using TEXTREAD to read in text and numeric data from a file with headers % This command skips the 2 header lines at the top of the file % and reads in each column to the 4 specified outputs = textread('sample_file2.txt','%s %s %s %s','headerlines',2) CODE: Example 4: Using TEXTREAD to read in specific rows of text and numeric data from a file % This command reads in rows B and C of the file. The 'headerlines' % property is used to move down to the desired starting row and the % read operation is performed 2 times = textread('sample_file2.txt',... '%s %s %s %s',2,'headerlines',4) CODE: Example 5: Using TEXTREAD to read in only the numeric data from a file containing text and numbers % This command reads in only the numeric data in the file. The % 'headerlines' property is used to move down to the first row % of interest and the first column of text is ignored with the % '*'operator = textread('sample_file2.txt','%*s %d %d %f','headerlines',3) DLMREAD/DLMWRITE/CSVREAD DLMREAD 和 DLMWRITE 函数能够读写分隔的ASCII data，而不是用low level routines。他们比low level routines容易使用，Low level routines用几行 代码 实现的功能可以用DLMREAD/DLMWRITE简化成一行。 CSVREAD 用来读分隔符是逗号的文件，是 DLMREAD 的特殊情况。当读空格和Tab分隔的电子数据表文件时， DLMREAD 特别有用。以 'sample_file.txt' 为例： CODE: Example 1: Using DLMREAD to read in a file with headers, text, and numeric data % This reads in the file 'sample_file2.txt' and creates a matrix, D, % with the numeric data this command specifies a white space as the % delimiter of the file D = dlmread('sample_file.txt','') CODE: Example 2: Using DLMREAD to extract the first 3 columns of the last 3 rows % This reads in the first 3 columns of the last 3 rows of % the data file 'sample_file.txt'into the matrix, D_partial. % 读文件 'sample_file.txt' 前3列后3行，到 矩阵 D_partial. D_partial = dlmread('sample_file.txt','', ) CODE: Example 3: Using DLMWRITE to write a comma delimited file % This creates a file called 'partialD.txt' that consists of % the first 3 columns of the last 3 rows of data where each % element is separated by a comma dlmwrite('partialD.txt',D_partial,',') 注意: 保证DLMREAD and DLMWRITE指定范围的指标从0开始，而不是从1开始。 WK1READ/WK1WRITE WK1READ 用来读Lotus123 电子数据表文件的数据； WK1WRITE 用来写矩阵到Lotus123 电子数据表文件。 XLSREAD XLSREAD 用来读 Excel 的数值和文本数据。 --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 三. 具体例子分析： Matlab网站用两个例子非常详尽地介绍了各个命令的基本用法，实际中，面对手头上的数据，如何选用合适的命令呢？以下结合几个示例给出一些总结，大家举一反三就可以了： 1. 纯数据（列数相同）： 源文件： CODE: 0 3866.162 2198.938 141.140 1 3741.139 2208.475 141.252 2 3866.200 2198.936 141.156 3 3678.048 2199.191 141.230 4 3685.453 2213.726 141.261 5 3728.769 2212.433 141.277 6 3738.785 2214.381 141.256 7 3728.759 2214.261 141.228 8 3748.886 2214.299 141.243 9 3748.935 2212.417 141.253 10 3733.612 2226.653 141.236 11 3733.583 2229.248 141.223 12 3729.229 2229.118 141.186 解答 ：对于这个txt文件，由于各行列数相同，故简单地使用load,importdata均可。 2.字段名（中、英文字段均可）+数据： 源文件： CODE: CH0 CH1 CH2 CH3 0.000123 0.000325 0.000378 0.000598 0.000986 0.000256 0.000245 0.000698 解答 ：由于是记录的形式，因此各行列数必相同（缺少部分列时请自行在文件中补上 Inf 或 NaN），故直接使用 importdata 便可。 3.注释（含有独立的 数字 串）+数据（列数相同）： 问题 ：这个文件有4列,但前6行是文字说明,4列数字是从第8行开始的.现在我想把这个文件的前2列和文字说明提出来组成一个新的dat文件 源文件： CODE: Group 212.02.2006 Limei Samples of datas: 50000 CH0CH1CH2CH3 0.0001230.000325 0.000378 0.000598 0.0009860.000256 0.000245 0.000698 目标文件： CODE: Group 2 12.02.2006 Limei Samples of datas: 50000 CH0 CH1 0.000123 0.000325 0.000986 0.000256 解答 ：由于注释中含有独立的数字串，且注释部分没有明显的格式，这时候用importdata, load等高级命令直接读取会失败，用 textread, dlmwrite 等格式化命令也不太合适，因此只能使用低级命令进行读取。（当然了，可以跳过注释部分直接用高级命令读取数据，即： = textread(filename,'%f %f %f %f','headerlines',4); ）。一个简单的、非通用的包含注释的读取方法如下： -------------------------------------转 --------------------------------------------------------------------------------------- CODE: clc;clear; fid = fopen('exp.txt', 'r'); fid_n=fopen('ex.dat','w'); while ~feof(fid) tline=fgetl(fid); if ~isempty(tline) if double(tline(1))=48 double(tline(1))=57%数值开始 a=strread(tline); a(3:4)= =strread(tline,'%s %s %s %s'); b= ; fprintf(fid_n,'%s\n',b); clear b b1 b2 b3 b4; else fprintf(fid_n,'%s\n',tline); end else fprintf(fid_n,'%s\n',tline); end end fclose(fid); fclose(fid_n); --------------------------------------------------------------------------------- 4. 注释（不含独立的数字串）+数据（列数相同）： 源文件： CODE: 你好 abc 欢迎来到 我们 振动论坛 vib.hit.edu.cn 1 11 111 1111 2 22 222 2222 3 33 333 3333 4 44 444 4444 5 55 555 5555 解答： 直接用 importdata 便可 注： 有时候注释中含有独立的数字串也可以 importdata 成功，不过得到的结果有可能不正确，建议这时候使用第3种情形的读取方式。 5. 注释与数据混排： 对此当然只能自己编程，举例： 源文件 ： CODE: 1 11 111 1111 你好 2 22 222 2222 欢迎来到 3 33 333 3333 振动论坛 4 44 444 4444 vib.hit.edu.cn 5 55 555 5555 解答： --------------------------------------------转-------------------------------------- CODE: function =distilldata(infile) %功能说明： %将 保存 数据的原始文件中的数值数据读入到一个data变量中 %使用说明： % infile——原始数据文件名; % data=数据变量 tmpfile='tmp2.mat'; fidin=fopen(infile,'r'); % 打开原始数据文件（.list） fidtmp=fopen(tmpfile,'w'); % 创建保存数据文件（不含说明文字） while ~feof(fidin) % 判断是否为文件末尾 tline=fgetl(fidin); % 从文件读入一行文本（不含回车键） if ~isempty(tline) % 判断是否空行 =size(tline); flag=1; for i=1:n %判断一行中有没有字符（＋－.Ee和空格键除外） if ~(tline(i)==' '|tline(i)=='-'|tline(i)=='.'|tline(i)=='E'... |tline(i)=='e'|tline(i)=='+'... |(double(tline(i))=48double(tline(i))=57)) flag=0; break; end end if flag==1 % 如果是数字行，把此行数据写入文件 fprintf(fidtmp,'%s\n',tline); end end end fclose(fidin); fclose(fidtmp); data=textread(tmpfile); delete(tmpfile); --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 另外，如果要求不高，也可以使用 textread 函数跳过注释部分进行读取，不过前提是需要事先知道文件内容的结构（即哪行是数据、哪行是注释） 6.各列数据的分离： 源文件： CODE: 0 +47038.7 1.0509:26:07C 2 +46477.7 1.0309:28:38C 4 +44865.7 1.0409:28:48C 6 +41786.4 1.0309:28:56C 8 +39896.0 0.9709:29:03C 10 +37518.4 0.9309:29:15C 12 +35858.5 0.9209:29:30C 14 +46105.0 1.0309:30:21C 16 +46168.6 6.8909:30:30C 18 +48672.3 4.3309:30:40C 20 +49565.7 0.4909:30:48C 22 +49580.7 0.5309:30:55C 24 +49602.3 0.8409:31:03C 26 +49582.5 1.5109:31:11C 28 +49577.0 1.3909:31:19C 30 +49589.3 0.6109:31:27C 32 +49578.3 1.0609:31:29C 34 +49512.5 1.7709:31:38C 解答： 直接用 =textread(yourfilename,'%d %c %f %f %s %c'); 便可 四. 注意事项： 1. 请在 matlab 中保持当前路径在该数据文件对应的目录下进行存取，否则，存取时请给出该数据文件的具体路径。 2. 存取时，请给出该数据文件的全称（包括后缀名，读取mat文件时可省略） 3. load data.txt和A=load(‘data.txt’)的区别请参阅精华贴： 写给学习 matlab 的 新手 们 4. 请根据读写需要来打开文件，即根据你的需要来指定 fopen 的 permission 属性为读或写。如果只用 a 进行写入，就不能用 fread 读取。此时应该写完关闭文件，然后用 r 打开读取，或者直接用 a+ 进行同时读写操作。否则，会产生莫名其妙的问题！以下代码是一个 错误 的例子： CODE: filename='e.dat'; fid=fopen(filename,'a'); if fid0 error('fopen error'); end s= ; fwrite(fid,s,'float32') =fread(fid,inf,'float32');％把t中的数据全部读出，即s矩阵。 fclose(fid); 此时得到的dd, ll 是错误且无意义的！ 五. 其他相关问题： 1. 连续读取多个文件的数据，并存放在一个矩阵中： (1) 首先是如何读取文件名： 方法一： filename=dir(‘*.jpg’); 那么第i个文件的文件名就可以表示为 filename(i).name 文件数量为：length(filename) 方法二： 先在Windows的 MSDOS（命令行）中使用以下命令生成一个list.txt文件： dir path\folder /on /b /s path\list.txt 举例：dir d:\test /on /b /s d:\list.txt 然后在 matlab 中使用： filename = textread(sFileFullName,'%s'); 把所有文件名读取到list细胞矩阵中，最后对filename{i}便可得到各文件名。 (2) 然后是读取文件名的数据并存储： 假设每个文件对应的数据是m*n的，则： CODE: k = length(filename); Data = zeros(m,n,k); for ii = 1:k Data(:,:,ii) = yourreadstyle(filename{ii}); %yourreadstyle是对应的文件读取方式的函数 end 2. 连续读取多个文件的数据，并存放在多个矩阵（以文件名命名）中： 假设每个文件对应的数据是m*n的，则以上述第二种文件名读取方法为例： CODE: k = length(filename); for ii = 1:k D = yourreadstyle(filename{ii}); eval( ); end 3. 文件名命名问题： 文件名为 abc00001,abc00002,... abc00009,abc00010,... abc00099,abc00100,...abc00879.准备把这些文件名给放到一个 数组 里面去。 解答： CODE: a=cell(879,1); for k=1:879 a{k} = sprintf('%.5d',k); end 4. 上述各种文件格式、类型自动识别问题 ：可以利用正则表达式来处理，使之通用性较强。例如使用以下代码可以自动处理上面提到了例1到例5各种情形，不过由于存在自动判断，对某些例子（如例1）效率自然要低一点，而对于另外的例子（如例3、例5）效率估计要高一点（少用了一个循环）。 CODE: function =distilldata_eight(infile) %功能说明： %将保存数据的原始文件中的数值数据读入到一个data变量中（自动判断数据行） %使用说明： % infile——原始数据文件名; % data=数据变量 tmpfile='tmp2.mat'; fidin=fopen(infile,'r'); % 打开原始数据文件（.list） fidtmp=fopen(tmpfile,'w'); % 创建保存数据文件（不含说明文字） while ~feof(fidin) % 判断是否为文件末尾 tline=fgetl(fidin); % 从文件读入一行文本（不含回车键） if ~isempty(tline) % 判断是否空行 str = ' '; %正则表达式为：该行中是否包含除 - . E e 数字 和 空白字符 外的其他字符 start = regexp(tline,str, 'once'); if isempty(start) fprintf(fidtmp,'%s\n',tline); end end end fclose(fidin); fclose(fidtmp); data=textread(tmpfile); delete(tmpfile) 5. 大量数据的读取问题： 可以考虑使用循环分批读取（特别是在各数据是独立的时候），或者使用稀疏矩阵来实现（对此可以参阅本版精华贴： 提高matlab 运行 速度和节省空间的一点心得（之三） ）。另外，也可参考《深入浅出MATLAB 7_X 混合编程 》一书第一章 6. 读取整个txt文件的内容（获得文件中的所有字符）： CODE: f = fopen('yourfilename.txt','rt'); % t 属性根据需要可省略 x = fread(f,'*char'); fclose(f); 7. 把维数不同的矩阵及其变量名保存到一个 txt 文件中，例如 a1 = 123; a2 = ，希望得到的 txt 文件如下： QUOTE: a1： 123 a2： 1 2 3 4 5 6 如果写入的时候简单一点，则可以采用以下方式，不过读取的时候比较麻烦： CODE: a1=123; a2= ; fid = fopen('myfile.txt', 'wt'); for i=1:2 fprintf(fid, '%s: \n %s\n', , mat2str(eval( ))); end fclose(fid); 相反，如果写入的时候复杂一点，则读取的时候会简单一点： CODE: a1=123; a2= ; fid = fopen('myfile.txt', 'wt'); for i=1:2 fprintf(fid, '%s: \n', ); b = eval( ); fprintf(fid, , b'); end fclose(fid);
标签: 二进制
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