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Mothur的安装: xbinbzy 2015-4-16 19:16; 第一、下载安装包安装 1、针对Mac OSX环境，须有c++编译器（1）安装包的下载（2）解压： unzip mothur.zip （3）进入目录： cd mothur （4）编译： make （5）验证编译是否成功： ./mothur 查看是否运行成功，用quit()退出 2、针对Linux环境，须有c++编译器（1）安装包的下载（2）解压： unzip mothur.zip （3）进入目录： cd mothur （4）编译： make （5）验证编译是否成功：./mothur 查看是否运行成功，用quit()退出在Linux的安装中，可能会遇到readline的问题，此时： 1）如果是编译时遇到readline的问题，可以尝试安装 ncurses and readline development librarie 对于ubuntu：sudo apt-get install libreadline-dev libreadline5-dev 对于 RedHat / Centos ：yum install readline-devel nucrses-devel 2）其他问题可参考http://www.mothur.org/wiki/How_to_Resolve_Readline_Issues 第二、GitHub上下载 https://github.com/mothur/mothur/releases 经mac测试，下载后直接可以用，不需要安装相关详细材料，可参考http://www.mothur.org/wiki/Installation; 个人分类: 工具mothur|11033 次阅读|0 个评论

[转载]WEKA如何下载安装并调试(Windows+NetBeans版): aaa0 2013-5-28 05:17; 1. 下载安装JDK环境 JDK的最新版是6.0了，在这个页面可以找到它的下载 http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp 点击JDK 6之后的Download按钮，转到下载页面。选择Accepct，过一会儿页面会刷新。我们需要的是这个 Windows Offline Installation, Multi-language jdk-6-windows-i586.exe 53.16 MB ，点击它下载。也可以右键点击它上面的链接，在Flashget等工具中下载。安装它和一般软件没什么区别。不过中间会中断一下提示你安装JRE，一并装上。安装的默认位置，JDK是C:\Program Files\Java\jdk1.6.0，JRE是C:\Program Files\Java\jre1.6.0。使用JDK当然还需要它的文档。回到刚才的页面，点击Java SE 6 Documentation之后的Download按钮，进入下载页面。同样Accept，页面刷新后下载 Java(TM) SE Development Kit Documentation 6 jdk-6-doc.zip 52.36 MB 这个文件下好后可以放在JDK的安装目录备用。【m:好像这个Documentation没什么用。。。】当然你也可以使用5.0或者1.4.2等版本的JDK。 2. 下载安装WEKA软件【me:这个是关键】前面安装JDK时会提示安装一个JRE，因此我们只需要安装不带JRE的WEKA即可。下载地址在 http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/index_downloading.html 找到Developer version - Windows的 Click here to download a self-extracting executable without the Java VM (weka-3-5-4.exe; 14,521,861 bytes) 点那个here进入下载页面。注意这一步打开的还是一个网页文件，不要直接放进下载软件中下载。打开该网页后过一段时间才会有一个下载exe文件的提示弹出来，让你下载。如果想和Data Mining: Practical Machine Learning Tools and Techniques (Second Edition)一书的WEKA保持一致，则找到Book version - Windows的【m:这本书不错】 Click here to download a self-extracting executable without the Java VM (weka-3-4-9.exe; 10,327,113 bytes) 进行下载。如果上述网页打不开，直接点击这两个的链接试试看： 3.5.4版 3.4.9版安装它和一般软件没有什么区别。装好后从开始菜单里点击运行，应该能顺利打开WEKA。注意3.5.4版本的界面和以前版本的界面是不一样的。 3. 下载安装开发环境这里我们用NetBeans作为Java的开发环境。当然你也可以选择Eclipse甚至JCreator。如果你发现你的机器跑NetBeans时慢到不可忍受，可以尝试换用JCreator，它是用C++写的，非常快，不过不能迁移到linux等平台。最新的NetBeans 5.5在 http://www.netbeans.info/downloads/index.php 下载，这里你还可以选择一个你喜欢的语言版本。下面假设我们安装的是中文版。运行下载得到的netbeans-5_5-windows.exe文件进行安装，其中有一步是选择JDK。如果你没有装过其它的JDK，则只有刚才安装的JDK 6.0 可供选择。装好后打开NetBeans，选择“工具”菜单 - “Java平台管理器”，缺省的Java平台应该是JDK 1.6。点击“Javadoc”选项卡，“添加ZIP/文件夹”，找到刚才下载的jdk-6-doc.zip添加进去。可以在在工具栏中点右键，“定制……”，把“编译文件”和“运行文件”两个按钮添加到工具栏。 4.测试开发环境为了测试开发环境，我们把WEKA重新编译一次。在某处新建一个WEKA-Rebuild目录，在它下面建一个目录叫src。在WEKA的安装目录中找到weka-src.jar，用winrar之类的解压缩软件打开，并把其中的目录weka解压缩到刚才建立的src目录下。【m:这步是个细心活，weka这个目录是在weka-src\src\main\java中，即你解压weka-src.jar到weka-src文件夹，依次到里面找src-main-java，才发现weka。。】现在的目录结构应该是 WEKA-Rebuild - src - weka - associations, attributeSelection, ... 打开NetBeans，“文件”菜单 - “新建项目” - 选择“常规”中的“基于现有源代码的Java项目” - “下一步”。“项目文件夹”选择WEKA-Rebuild目录，“项目名称”写weka-rebuild，“下一步”。在“源包文件夹”那里“添加文件夹”，找到src目录“打开”，“完成”。现在NetBeans左上方项目那一栏应该有粗体的“weka-rebuild”，这就是我们要编译的weka项目。右键点它，“生成项目”。下方会出现很多警告，不用管，不出意外的话最后会提示你生成项目成功。仍然右键点击“weka- rebuild”，“运行项目”。会弹出一个对话框让你设置主类。WEKA 3.5.4的主类可设置成weka.gui.Main，之前版本的只能设置成weka.gui.GUIChooser。选中合适的主类后“确定”，不一会儿WEKA的界面就会出现在你面前，和开始菜单里运行的WEKA效果一样。我们来给WEKA做一点点小小的修改。点击左上方“项目”里的“源包”，找到“weka.gui”，点左边的小加号打开它，找到“Main.java”，双击打开这个文件。在左中部“导航”的“成员试图”里找到函数main(String[] args)，双击它跳到这个函数的位置。注释掉这个函数的第一行 LookAndFeel.setLookAndFeel(); 。按一下“F9”编译这个文件（或者点击工具栏相应按钮），然后按一下“Shift+F6”运行这个文件。看看是不是有了些变化？现在的界面是Java Swing的风格。【m:本段对源代码的修改针对于3.5.4版本, 对于之前的版本没有Main.java文件，取而代之的是GUIChooser.java。我试了下，结果如图上图是LookAndFeel.setLookAndFeel(); 的作用，下图是注释掉LookAndFeel.setLookAndFeel(); 后的结果。不用计较于这一段，关键是要从其中得到启发：我们自己完全可以正确修改WEKA代码，完成自己的任务】; 4704 次阅读|0 个评论

[转载]Boost下载安装编译配置使用指南: aaa0 2013-4-18 11:34; Boost下载安装编译配置使用指南（含Windows和Linux） ——更新于2011/7/19，目前我已对boost的安装和使用有了新的认识，因此也会对两年前写的这篇文章做大幅修改，网上转载版本泛滥，请以本文为准。理论上，本文适用于boost的各个版本，尤其是最新版本1.47.0；适用于各种C++编译器，如VC6.0（部分库不支持），VS2003，VS2005，VS2008，VS2010，gcc，C++ Builder等。先总结一下Windows系统。一、下载首先从boost官方主页 http://www.boost.org/ 下载最新版boost安装包，或者使用Subversion获取最新版本，地址是： http://svn.boost.org/svn/boost/trunk 。本人现在一般都用svn，这样可以很方便的进行update和build，而不是每次都下载新的安装包并rebuild。二、安装如果是使用下载的安装包，那么请将boost安装包解压至本地目录，如：E:\SDK\boost；如果是用svn的，也可以将boost的代码checkout到这个目录。因为boost一部分类是需要编译成库才能使用的，所以我们还需要准备好boost专用的编译辅助工具bjam。在命令提示符（cmd.exe）中执行根目录下的bootstrap.bat，编译后的bjam.exe会自动拷贝到该目录下（bjam必须与boost-build.jam在同级目录）。三、编译接下来就是最重要的编译步骤了。需要打开命令提示符（cmd.exe）窗口并执行bjam，可以使用--help参数来查看命令帮助。这里详细讲解一下bjam的命令行参数，因为它非常重要。首先，它涉及到编程环境的搭建，你需要根据自己今后具体的使用环境来选择合适的命令行参数；其次，它影响到你的硬盘空间，完全编译的话据说在3G以上，如果你同时拥有2个以上的IDE（如VC6和VC9共存）而且都要用到boost，那么占用多少硬盘就自己算吧……虽说如今大家的硬盘空间都不成问题，但就像本人一样崇尚合理利用资源不习惯铺张浪费提倡节俭的童鞋应该大有人在，所以不需要的配置和不需要的库就可以不编译了。综合以上两点因素，本人使用的bjam命令如下： bjam stage --toolset = msvc- 9.0 --without-graph --without-graph_parallel --without-math --without-mpi --without-python --without-serialization --without-wave --stagedir = E:\SDK\boost\bin\vc9 link = static runtime-link = shared runtime-link = static threading = multi debug release 下面详细解释一下每个参数的含义： stage/install： stage表示只生成库（dll和lib），install还会生成包含头文件的include目录。本人推荐使用stage，因为install生成的这个include目录实际就是boost安装包解压缩后的boost目录（E:\SDK\boost\boost，只比include目录多几个非hpp文件，都很小），所以可以直接使用，而且不同的IDE都可以使用同一套头文件，这样既节省编译时间，也节省硬盘空间。 toolset：指定编译器，可选的如borland、gcc、msvc（VC6）、msvc-9.0（VS2008）等。 without/with：选择不编译/编译哪些库。因为python、mpi等库我都用不着，所以排除之。还有wave、graph、math、regex、test、program_options、serialization、signals这几个库编出的静态lib都非常大，所以不需要的也可以without掉。这可以根据各人需要进行选择，默认是全部编译。但是需要注意，如果选择编译python的话，是需要python语言支持的，应该到python官方主页 http://www.python.org/ 下载安装。查看boost包含库的命令是 bjam --show-libraries 。 stagedir/prefix： stage时使用stagedir，install时使用prefix，表示编译生成文件的路径。推荐给不同的IDE指定不同的目录，如VS2008对应的是E:\SDK\boost\bin\vc9，VC6对应的是E:\SDK\boost\bin\vc6，否则都生成到一个目录下面，难以管理。如果使用了install参数，那么还将生成头文件目录，vc9对应的就是E:\SDK\boost\bin\vc9\include\boost-1_46\boost,vc6类似（光这路径都这样累赘，还是使用stage好）。 build-dir：编译生成的中间文件的路径。这个本人这里没用到，默认就在根目录（E:\SDK\boost）下，目录名为bin.v2，等编译完成后可将这个目录全部删除（没用了），所以不需要去设置。 link：生成动态链接库/静态链接库。生成动态链接库需使用shared方式，生成静态链接库需使用static方式。一般boost库可能都是以static方式编译，因为最终发布程序带着boost的dll感觉会比较累赘。 runtime-link：动态/静态链接C/C++运行时库。同样有shared和static两种方式，这样runtime-link和link一共可以产生4种组合方式，各人可以根据自己的需要选择编译。一般link只选static的话，只需要编译2种组合即可，即link=static runtime-link=shared和link=static runtime-link=static，本人一般就编这两种组合。 threading：单/多线程编译。一般都写多线程程序，当然要指定multi方式了；如果需要编写单线程程序，那么还需要编译单线程库，可以使用single方式。 debug/release：编译debug/release版本。一般都是程序的debug版本对应库的debug版本，所以两个都编译。本人按以上方式分别编译了静态链接和动态链接两个版本后，整个E:\SDK\boost目录有1.28G。如果不打算将来再升级boost版本，那么可以将编译生成的中间文件bin.v2目录删除，这样整个目录（包括安装包解压缩文件和编译生成的库文件）会减小至不到800MB，如果runtime-link只选了一种方式，那么整个目录只有600MB。事实上编译完成后除了boost和bin目录之外其他目录和文件已经可以删除了，这样还可以腾出350MB的空间来。不过我又研究了一下，其实libs这个目录也很有用，它提供了所有Boost类的使用范例，平时可以作为参考；另外doc目录是一个完整的boost使用帮助文档，当然最好也不要删了。其他几个目录和文件加起来也就几十兆，索性都给它们留一条生路吧。呵呵，一个完整而又完美的boost目录就此诞生了。需要注意的是，如果使用VS2008编译boost（其他版本VC未作测试，可能也有类似问题），那么假如你调用boost的主程序添加了_BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION预定义宏来强制使用最新版本的Windows CRT库，那么你的boost也需要添加这个预定义宏来进行编译，否则会导致程序因为各模块使用的CRT库版本不统一而出现“在某些机器上运行提示‘由于应用程序配置不正确，应用程序未能启动’的问题”，关于该问题请参考我的另外一篇文章：【原】解决VS2008编译的程序在某些机器上运行提示“由于应用程序配置不正确，应用程序未能启动”的问题。添加该预定义宏的方法是：打开boost安装根目录下的boost\config\compiler\visualc.hpp，在最上面增加： // Added by terry, 2011/4/19, Force the linker to use the latest version of CRT/MFC/ATL dll #ifndef _BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION #define _BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION 1 #endif // _BIND_TO_CURRENT_VCLIBS_VERSION 这种方法修改了boost的源码，并非我所愿，但是无奈没有找到更好的方法，如果有人知道希望能够留言告诉我。如果图省事，不想了解这么多，那么有简单的方法，可以使用命令： bjam --toolset = msvc- 9.0 --build- type = complete 直接指定编译器以完全模式编译即可，这样可以满足今后的一切使用场合，但同时带来的后果是： 1、占用3G以上的硬盘空间 2、占用若干小时的编译时间 3、头文件和库文件存放于C:\Boost（本人非常反感） 4、生成的很多文件可以永远也用不上四、配置 include目录：E:\SDK\boost library目录：E:\SDK\boost\bin\vc9\lib 添加到IDE相应的路径下面即可。五、使用使用举例： #include boost\thread.hpp 此时，不用包含库文件，boost的auto-link机制将会自动帮我们包含对应的静态lib。也就是说，boost默认是以静态方式链接的，这样我们的工程属性最好也设为Multi-threaded (Debug)。如果想使用dll动态方式链接，需要预先定义宏： #define BOOST_ALL_DYN_LINK 同样，此时boost也会默认帮我们包含对应的lib。如果不想使用boost提供的auto-link机制，或者对它的自动链接不太放心的话（其实大可不必担心），可以预先定义宏： #define BOOST_ALL_NO_LIB 然后使用以下方法链接： #pragma comment(lib, boost_thread-vc90-mt-1_47.lib) 或 #pragma comment(lib, boost_thread-vc90-mt.lib) 这两个lib其实是一样的，实在不明白boost编译时为什么每个库都要复制一份，难道是因为后者在升级boost版本后不用改代码？另外还有一个比较有用的宏： #define BOOST_LIB_DIAGNOSTIC 它可以让VC在编译时的output窗口中输出程序具体链接了哪些boost库以及链接顺序。关于boost的auto-link机制，详细可以看看boost\config\auto_link.hpp里的代码，很容易可以读懂，并且值得我们学习。六、Linux下编译与配置的区别：我的Linux与Windows使用了共享目录，将Windows下的E:\SDK目录映射成了Linux下的/mnt/hgfs/sdk目录。所以我的boost源文件根目录就是/mnt/hgfs/sdk/boost，cd进去。首先需要编译bjam： ./ bootstrap . sh 编译完成后，会在当前目录下生成bjam，接下来开始编译boost： ./ bjam stage --toolset = gcc --with-date_time --with-thread --with-filesystem --with-program_options --stagedir = /mnt/hgfs/sdk/boost/bin/gcc link = static runtime-link = static threading = multi debug release 这些参数的意义与Windows下完全一样，只不过编译器改成gcc，其他选项根据自己的需要进行设置。生成的库文件就在bin/gcc/lib目录下，与vc9编译的一样。如果将来不会再升级boost版本，那么可以把中间文件全部删掉，包括bin.v2目录和tools/jam/stage目录。关于boost库的使用，为了不用每次写makefile都把boost的头文件和库文件的路径带着，而且为了让跨平台程序公用一套代码，可以将boost的头文件和库文件路径加到Linux的环境变量中。打开/etc/profile，加入以下gcc环境变量： CPLUS_INCLUDE_PATH =$ CPLUS_INCLUDE_PATH: /mnt/hgfs/sdk/boost export CPLUS_INCLUDE_PATH LIBRARY_PATH =$ LIBRARY_PATH: /mnt/hgfs/sdk/boost/bin/gcc/lib export LIBRARY_PATH 这样就可以直接使用boost的头文件和库文件了，并且与Windows共用一套代码，非常方便。七、可参考的网上流行的几篇文章：白话C++之安装boost： http://www.d2school.com/bhcpp_book/2_5.php Windows VC6编译安装Boost库： http://blog.csdn.net/weekly123/archive/2007/11/23/1899188.aspx boost编译步骤： http://blog.csdn.net/aheroofeast/archive/2009/03/22/4015458.aspx boost 1.35.0 Visual Studio 2008编译指南： http://blog.csdn.net/benjiamen/archive/2008/07/12/2643705.aspx VS2008下安装boost: http://www.cnblogs.com/xdotnet/archive/2008/03/22/boost_install_config.html; 3343 次阅读|0 个评论

读博的日子（10）: 热度 2 whm669 2012-11-17 22:40; 笔记本出了故障，写出的东西被锁定，变成了不是只读文件的只读文件，写不进内容也删不除内容，工具栏几乎全是灰色不能用。我花了两个小时，删除原有的 office 软件，下载安装新软件，先后试了 office2010 ， office2007 ， office2000 ，不是安装出故障，就是仍然不能用。在我即将崩溃时，强按耐住性子，最后试了 office2003 ，终于打开了我的论文，可以编辑修改了。这是今天最值得记的事情，给我增添了战胜更大困难的信心。人的耐心是有限的，这样的事情把我磨练得更有耐心了。但是这样的效率太低，简直是在碰运气，我仍然不明白为什么 word 会锁定我的文件，是否还有更简捷的解决方法。早晨去新校区替张老师通知硕士生不上课，然后折回雁塔校区听博士开题报告会。感受颇多，总结如下： 1 一定要扬长避短，找自己擅长的领域解决迫切性很大的问题； 2 所研究内容要在理论上有创新和突破，在实践中有应用推广价值； 3 要在了解别人的观点基础上提出自己的观点； 4 注意政府的作用，法律的依据不容忽视； 5 每一个概念都界定清楚； 6 参考书一定要阅读理解，其基本观点要明确，不是用来凑数的； 7 框架结构的逻辑性要强； 8 要有问题意识，有问题存在我才去研究； 9 问题要明确，你究竟要解决什么核心问题？ 10 加强文献占有量，国内谁是专家要清楚； 11 个人价值取向是多元的还是单一的，具体是什么要清楚； 12 证据从哪里来要具体化； 13 研究方法和思路要清晰，可行性强； 14 要明白自己观点的特殊性在哪里？ 15 点明自己研究的是范式方法还是内容？; 个人分类: 观点|1874 次阅读|4 个评论

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