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紫色文明: benlion 2016-12-28 11:17; - 工业5.0（人工智能与合成生物），决策科学-绘画艺术与生物技术（1995年基因片段组装合成、1997年细胞连续突变筛选）- 序列标记片段显示分析与人工细胞分子模块设计等。 1996 年举办北京国际转基因动物学术研讨会与筹备国际协会，1999年建立Biosystem Network网站与筹办系统生物科学与工程国际会议与协会，2008年成立Benjoe系统生物工程研究所Ltd.等。 -（2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1784 次阅读|0 个评论

科学范式与工程模式: benlion 2016-11-23 08:19; 系统医学 - 系统与合成生物学体系，1992年到2003年，而到2012年，已经在国际上建立了起来（包括协会和研究机构及期刊等），只是针对国内外有关存在的问题，在博文和评论进行了系列的探讨，也许将来等有足够时间整理一下。东西方文明自古以来就存在民族迁徙-文化交流和商品贸易，从马可波罗游记到哥伦布大航海，也是探索到东方的路径，最著名的是19世纪的工艺美术运动和新艺术运动，就是起因于东方工艺品和绘画风格等影响。阿拉伯帝国（7世纪-13世纪）起到一个希腊-罗马与中国-印度交流的桥梁作用，比如阿拉伯数字实际上是源于印度，化学实验有很大程度来自中国的炼丹，并在波斯北部的11世纪形成了中亚到中欧（匈牙利和捷克等）而到西欧的迁徙现象。道家在德国的影响，可能是通过瑞士（现在仍可见到水车）的途径，莱布尼兹到康德时代就已经形成了系统与演化的自然观（在当今是演生论），以及自然神学。而同时，德国自身的文化特别强调精细和精确的操作和规范，也是在康德的哲学思想与行为模式体现出来了。禅宗和佛教文化的影响，则是通过荷兰（通过海上与日本的贸易，在日本则是形成兰学）到法国的绘画艺术（典型代表是高更）影响。儒家的影响，主要代表是伏尔泰，导致了法国-英国（在纺织业上来自意大利而源于中国的技术）和美国引进中国的内阁和文官制度。中医理论强调心身与社会相关性，以及生理或器官功能的自身调整与辨证个体化，西医强调生物和物理化学因素，以及器质的物质构成和外在干预与统计概率，而现代医学从生物医学模式发展到社会-心理-生物医学模式，以及从循证到与个体化结合的当代医学。尤其系统与合成生物学，就是1）从上而下（top down），2）由下而上（bottomup)，3）横向的结构类比推理与模型的建构和4）个体与个体之间关系（relationship）或联通（connectivity）的方法，也包含了5）数学的演绎（欧几里德几何）逻辑和6）归纳（中国实践经验）与唯象模型等。系统生物学有5大学派，而其整体则是源自中西医学与哲学、科学史与科学哲学的思考和实验（包括分子与纳米生物技术）与理论（包括数学与计算生物学和生物信息学）生物学的方法结合，尤其是系统科学（系统-信息-控制-协同-突变-耗散-混沌-分维-非线性系统等）和生物系统网络（图论-网络拓扑-布尔代数-矩阵方程-排列组合等数学模型）。而且，随着技术的发展，生物科学认识到了细胞和分子层面，以及基因组学和计算机数据分析等层面，从而能够使得中西医学贯通形成了系统医学与药物学的全球发展。总之，近现代文明的构成要素是有东西方的传统，在思维模型上又形成了个体（individual）或要素（elements，比如五行）和个体或构件之间的相互关系或作用（比如调控），从而建立了与还原论和整体论有关而又不同的系统论和透视与模型（包括数学和工程模型等）方法。简单地说是系统-实验-计算-工程-生物系统（及人工）的多维度交叉与综合科学，最终目标是实现人工设计的工程生物体和智能机器人 - 即合成生物学-人工智能与系统生物工程。 -BjZ 于23/11/2016- - （2011年6月-2016年11月网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2151 次阅读|0 个评论

火星计划 – 诺亚方舟与4色苹果: benlion 2016-10-14 16:13; 从郑和下西洋到哥伦布大航海，印度-希腊-罗马与中国-波斯-欧洲的2条文明发展路径交汇导致文化综合的全球化文明，横跨大西洋延伸到环太平洋。 1972 年的中西医学与儒学的影响，1978年-1981年光合作用仿生工厂、微电子遥控昆虫行为和纹理叠加的编织现象等思考，潜移默化导致了1983年-2015年对医学理论与工业模式的探索。 1992 年提出系统医学与药物学，到2003年国际上开始系统医学研究和2012年国际系统医学大会召开，1994年提出系统遗传学与生物工程，到2005年国际上论述系统遗传学与工程生物学，1996年-1999年阐述BSSE – 生物系统的理论与实验、计算生物学方法和工程设计的人工生物系统研究，到2007年瑞士ETH大学成立D-BSSE研究中心等，形成了理论与分子生物学转换到系统与合成生物学的奠基时期。包括，4个方面： 1 ）实验仪器技术与大数据分析，2）计算机软件模拟与生物信息技术，3）工程设计技术与化学分子合成，4）数学模型与生物系统理论等，而2）和4）的核心方法是图论与网络拓扑学，1）和3）的关键技术是太阳能-生物电子学设计等。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1970 次阅读|0 个评论

系统与工程生物学 - 细胞纳米机器: benlion 2016-10-3 09:58; 系统与合成生物学，揭示生物系统机理与设计人工生物系统的科学与工程偶合研究，20世纪90年代BjZeng开始于系统与合成这两个概念，核心方法是图论与网络拓扑学分析、太阳能-生物电子学设计原理和计算机软件模拟、进化与发育的基因调控表达谱 - 细胞分子层面的生物系统网络等。纳米生物化学机器，从人工合成生物分子和基因重组技术，到细胞纳米机器的生物系统工程，信息与通信技术的编码、程序与传输、释义及其编程、系统设计与建构或组织化与装配的概念的应用 - 1910年法国和1974年波兰的合成生物学概念转换到1994年中国的系统生物工程概念和体系。简单说，系统与合成生物学是视生物体为有机体机器的观念，进行生物系统的机理分析与工程原理设计，生物信息学发展到计算生物学和分子生物学发展到组学生物学，而系统生物学的实验技术和计算机方法，则是采用仪器和软件来研究生物体。一个学科不仅是词汇，尤其是概念和方法及其原理等作为一个体系的范式提出，才是一个学科建立的关键内容，分辨90年代之后的系统生物学和合成生物学范式与方法，并不同于之前词汇的概念定义与描述。即，理论生物学的系统生物学与DNA分子重组的合成生物学转换到生物系统的科学与工程（BSSE）的偶合模式–1996年在国际上阐述生物系统理论与系统生物工程，到1999年倡导计算生物学与实验生物学结合的天然与人工生物系统研究等。 1999 年到2003年系统与合成生物学学术共同体和系统理论与实验技术、计算机模拟与工程设计方法的学派形成，2003年到2007年系统生物科学与工程的体系建立，2007年瑞士ETH成立D-BSSE系统与合成生物学研究中心，也就进入了常规科学时期。一个新学科的创建时期，实际上是哲学到科学的转换和传统学科转换到新的领域，以及交叉其它学科和综合其它技术的一个过程，中医药理论自成体系– 即，学术范式和医疗模式，具有自洽的完备性，突破就往往就会是新的学科体系了，也就是说系统医学是系统与合成生物学的应用和偶合模式。附、系统医学的结构论原理 1983-1993 年结构论，2003-2014年4世界与4轴心时代理论，包括，系统医学、城市群和道德经济学等理论，以及李约瑟-钱学森问题的探讨。 1992-1994 年系统医药学 - 系统遗传学与系统生物工程，系统与综合哲学的结构论原理 - 图论与网络拓扑分析方法，系统科学与人工智能、基因工程 - 太阳能-生物电子技术设计，发育的基因与神经双向调控的细胞分子生物系统模型，转基因禽类生物反应器和细胞仿生工程。 1996-1999 年组织国际会议与筹备国际协会，建立生物系统科学与工程的biosystem network网站，阐述系统、计算机、纳米与生物科学的交叉，实证分析与系统综合的生物系统理论，系统生物工程 - 计算生物学、生物信息技术与计算机辅助设计，实验生物学、分子生物技术与表达谱分析，耐药细胞系的连续突变与筛选方法。 1999-2003 年仿生学与转基因技术 - 细胞通讯的分子电路设计，细胞发生动力学与自动化细胞模块设计 - 细胞通讯的信号传导、基因调控与代谢网络和进化-发育的系统遗传学。 2008-2012 年成立系统生物工程研究所ltd.，开发细胞分析与合成芯片技术 - 序列标志片段显示分析，细胞纳米机器设计与原则，阐述纳米、信息、电子与生物（Nieb）技术、第4次科学与技术革命和生物工业革命等。 - （1996年-2016年20周年纪念，BjZeng）-; 个人分类: 中国科学与工业|5400 次阅读|2 个评论

系统生物学世纪: 热度 1 benlion 2016-2-22 10:25; 自1983年到2015年的32年学术探索，划分为4个阶段： 1 ）1983-1993年科学哲学，2）1991-2004年系统与合成生物学 - 生物系统机理与工程生物系统，3）2003-2006年文化哲学与绘画艺术，4）2006-2015年工程技术等。地球文明 - 经历了神权的欧洲中世纪、中国的君权到工业文明的商权，而后民权社会，形成了工业1.0到4.0的发展，而将进入工业5.0的世纪。人类“衣食住行传”的发展，材料、能源和信息技术构成手工业和工业化的基础。在达芬奇时代，技术和艺术的发展，在建筑学领域形成工程师的职业，瓦特和西门子的动力机发明，形成机械化和电气化的工业1.0-2.0，以及交通和航空业的发展。在爱迪生和贝尔时代，通讯设备和计算机的发明，导致了自动化和信息化的工业3.0-4.0的发展。然而，构成机器设计的原理和工业制造的材料，来自化学工程和生物工程技术。从冶炼、精细化工到生物技术的发展，反应器和传感器等，将带来纳米机器和生物制造的工业5.0时代。系统与合成生物学，涉及学科概念、原理、方法等，以及技术解决方案 - 细胞分析与人工合成的微流控芯片实验室，应用于遗传分析、生物治疗、药物筛选和工程制造等领域。 - （2011/06-2016/02网络日记）-; 个人分类: 资料和文献|1983 次阅读|1 个评论

系统医学的范式与模式: benlion 2016-1-17 15:12; 系统医学与生物工程，不同于系统与合成生物学，在于临床医学实践和工程设计与制造，涉及到医疗诊断、治疗与预防、康复，以及医疗器械、生物制造、能源工业和物种繁殖、机器设计等。也就是，包含方法与研究范式、组织与运作模式，以及知识转化与技术产权、投资与股权交易等。管理与商业模式，包括，1）制造业，细胞分析与合成生物技术的芯片设计与制造，2）合成生物技术平台与天然药物组学计划，3）系统医学与药物学论坛、学术会议和技术展览，4）创意、绘画与艺术设计沙龙等。 1983 年，在厦门大学形成结构论纲领 - 系统与合成生物学的哲学基础，1984年，因李约瑟的讲演，开始探讨中西科学史 - 范式和模式，而又因人类博物馆，影响到2003年在英国研究中西文化史。系统与合成生物学的偶合，就是转化科学概念，应用于医学与药物学，则是系统医学的范式及其转化医学模式。 - （01/17/2016网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1991 次阅读|0 个评论

生物分子与细胞设计与合成: benlion 2016-1-14 01:43; -（2011-2016网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|3341 次阅读|0 个评论

科学与人文的哲学历程: benlion 2015-9-16 18:36; 自1983年在厦门形成结构论纲领，1984年李约瑟到厦门讲演，经历了30多年的海内外探索与思考过程；然而，从2013年50周年生日以来，陷入了人生与社会的重新思考。（相片来自同学14/09/2015拍摄）学术年表： 1991 年28岁 - 太阳能-生物电子技术； 1992 年29岁 - 系统医学与药物学，城市群； 1993 年30岁 - 系统综合的结构论整合、稳态与建构规律； 1994 年31岁 - 系统遗传学与系统生物工程，输卵管生物反应器； 1996 年33岁 - 转基因动物学术研讨会与筹备国际协会，绘画展览； 1999 年36岁 - 生物系统网络，生物系统与人工生物系统的理论与实验、计算与工程方法，细胞通讯分子电路； 2003 年40岁 - 轴心时代文化的起源，国际遗传学大会； 2004 年41岁 - 显现绘画与幻象诗歌，预言2009年到2016年危机； 2007 年44岁 - 第3次工业革命，“春晖杯”创新创业大赛和春晖计划； 2008 年45岁 - 系统生物工程研究所，国际遗传学大会，世界哲学大会； 2010 年47岁 - 纳米机器设计3原则，国际系统生物学会议，国际纳米技术与博览会； 2012 年49岁 - 国际系统医学大会等。 29 岁是1992年，提出系统医学与系统药物学，却经历了1983年以来科学与科学史和医学与科学哲学的研究，而后，1996年以来人文与美术史和工程与技术哲学的探索，到2012年欧盟CASyM和国际大会是20周年。 - （2011-2015网络日记）-; 个人分类: 国际化社会|1877 次阅读|0 个评论

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