欠了好久的文章，今天晚上跟大哥吃饭，终于决定写下来，不管能不能写成连 续的字句，能让自己几年后看到，还记起有些事情没有做，这才重要。 首先，是德英同志聊起来北大生物系的学生工作，我知道此事由来已久，算是北大成就一两个有名的岳武穆而牺牲掉百十个无名的岳武穆的顽疾。我上大学那会儿，学校就流传着每年必阵亡两个的传言。刚出国前几年，想来北大并未教会学生怎样寻幸福，只是告诉你要成功，母校会以你为荣。于是痛心疾首，大呼幸福教育，然而没有什么响应，只能按照一个师妹的说法，自己以为自己的高级。于是我在牛津的老巷子里去寻找所谓的幸福，没找到，但我看到了学习的快乐。我所怀念是在学院食堂里吃饭，跟不同国家，不同背景，不同专业的人们聊天，从中学到一点皮毛，沾沾自喜，洋洋得意。离开牛津之后，就没有这样的闲情，生活渐渐的左右了我的发言权，博士后，教职，移民，绿卡，这些年下来，有点，累。然后回国，继续作物理，做产业。好久没有那样无时间感的闲着聊天。朋友们也家常里短，说些生活的事情。而我曾经很认真地以为，这就是生活了。 最近德英兄又提起了这件事情，我觉得，聊天最好，或者静休。我脑子里有点只言片语的感悟，也许需要别的力量让它孵化，而这孵化，多少需要外在的力量。罗丹说那些作品本来都掩藏在石头里面，我只是把它们挖出来。有些东西孕育在那里，你不去发掘它，它尚且就埋没了。而一个人的力量，又往往为自己的视野和经历所局限，旁敲侧击的，旁征博引的，也许这事便成了，这东西便出来了。 最近学做管理，管理的东西尚未入门，便被一种修行方式所打动。 MIT 的几个教授，每几个月聚在一处咖啡馆，或者某家的客厅，去聊这几个月来的心灵成长，寻求一种所谓的对自身的参悟。我并不是因此要笃信某某宗教，只是，人类除了与自然，与他人相处之外，尚要懂得自己，给自己以心灵的平静与成长的快乐。几个谈得来的朋友问我信什么，因为我身边的博士们或信道教，或信了耶稣，于是我只好抬出来我博客上的话， I am a communist and my writing is a communist writing. But if I were a physicist, Royalist or Communist or anything else, I would not necessarily align my laser in any special way to show my politics. 这话不是我原创的，毕加索说过类似的，他说自己是共产党，但苏联人不认，说你没有组织，没有组织的不是共产党。毕加索的理由是，我是我自己的共产党，我信仰共产主义，我自己就是我的组织。其实于宗教，人们总在寻找内心的平静，怎样与自己相处，而我所笃信的主义，却没看到这一点。那经济学的原理，本来无法从第一性原理出发去验证，宣讲这理论的，自己底子也还没有深厚，照本宣科，说服力多少有些勉强，多少无异于基督教里和佛教里的神棍，你不去说它，它自己就破了。 我在牛津时与一个牧师过从甚密。牧师努力的说服我去相信圣经，并且单独给我开了导读课。每周四下午，我在他家里喝茶聊天，从大爆炸到量子力学，从创世纪到摩西十诫。然而我最终觉得那不是我所信服的路，我所信服的，恐怕早就植根于我思想的深处。这些年下来，想起那些谈话却有启示，譬如圣父的诠释便是大自然，圣经所谈论的是人与自然，即与圣父，人与社会，即圣子，而圣灵便是人与自己的内心世界。而这三者又不可孤立去看，所谓三位一体。 再写下去，要被人说作妖妄了，不过姑且信马由缰，看看我能走多深，叫作悬置观点。因为有说人的童年都是天才，能接受不同的思维，而年长些就被先置的判断左右。所谓到底是我们的思维左右了我们，还是我们左右着思维。 世博会临近结束的时候，我被请到人民大会堂去讲讲人类未来，因为我写过一些作文来讲人与自然的东西。然而组织方为了填充词藻，大量的把我写的东西借用，我恰恰因为偷懒，也抄了我同一篇的东西。轮到我发言，慷慨激昂的句子刚刚出自别人之口，我不得不现攒一些东西来讲。按说相声的讲法，这叫现挂。于是我说起了人类文明，说起了中国文化为人类的进程所做的种种尝试。于科学，这三百年来是几何级数的增长，因为科学本身可以创造新的科学，然而于人类的内心世界的成熟，人之于自身的喜怒哀乐，三百年是个短暂的过程；于人与社会，与自然的接纳，三百年也远远的不够。而人类又由于这样那样的人祸，导致族群的灭亡。四大文明之中，只有中国文化延绵下来而不断，历练而日新，这样于未来世界的借鉴，不得不说时瑰宝。那些一将功成万骨枯的惨烈，千万人头落地的悲哀，和喜怒哀乐悲欢离合的尝试，在这个文明中有了太多的实验而尤为珍贵。而这个文明之所以传延至今，于它文化中关于自然，社会与内心世界的讨论有莫大的关系。存在之谓合理，于科学，我们老实交待，中国人贡献不大，但于人与自然，人与人，人和内心的三位一体问题，我们传下来这些经验会有些贡献。 说起来，台湾错失了好的机会。本来台湾的偏安一隅，让它躲过了浪潮的洗礼，最有资格代表大中华文化而借此做文化创意性产业的事。但马政府却困于岛内斗争。大陆的文化作品，作假的多，浮夸的多，以至于牛津的一位汉学家笑称，除了地名是真的以外，别的都是假的。台湾没有抓到这个机会，而让韩国走在了前面。我若说到这两年里真正的静休，居然是在首尔的庙里坐的那几个小时，偌大国土，竟没有一个可以独处的境地。想来，是件遗憾的事情。 大哥抱着喜儿的画面，好温暖。
演化生物学家迈克·林崎（Michael Lynch） 演化生物学家迈克·林崎（Michael Lynch） 美国科学院2009新科院士，演化生物学家迈克·林崎（Michael Lynch） Posted by cunyupeng on May 13th, 2009 Copyright Holder: Photo by: Indiana University 迈克·林崎（Michael Lynch）（1951，12，6－），印地安娜大学伯明顿分校生物系的杰出教授（Distinguished Professor）。迈克由于他在演化理论中的原创研究，被选为美国科学院院士(National Academy of Sciences fellow)。”迈克的研究方向是生物体的演化理论机器机制，他发展了重要的数学工具来研究演化生物学中的关键性问题。他用新的方法并结合新的发现来研究基因组结构的起源和演化这一非常复杂的难题。迈克在基因组演化的多个领域做出了杰出贡献，比如大尺度DNA片段和全基因组是如何组织的；大尺度 DNA 变化机制是如何影响自然选择和中性选择的演化过程。他的众多成就包括：基因／基因组倍增复制（gene/genome duplication）的遗传理论和理论模型（倍增复制的DDC模型，Force, et al, 1999）；在生态遗传学的一些列开创 性研究和 关于突变的“突变融合（mutational meltdown）”模型等。 迈克提出，演化是一个发生在群体层次上的过程，要研究演化理论，必须遵循这个原则：”离开群体遗传学研究演化是没有意义的（nothing in evolution makes sense except in the light of population genetics.）”。 这在Hartl和 Clark 2007的“Principles of Population Genetics. 4 ed.”也有类似的表述。 正如有了Wright、Frisher、Haldane等群体遗传学家的开创性工作，才使得达尔文的自然选择理论和孟德尔的遗传理论就很好地结合，完善了 演化理论的。木村资生的工作则是把分子理论引入群体遗传学，为演化理论的不足提供了一种非常强悍的理论解释（分子水平的中性演化学说）。群体遗传学在现代生物学中扮演了重要的角色, 充分理解、发展和运用群体遗传学理论在完善演化理论的同时，还可为生物和统计学的其它分支提供参考。 迈克写了近120多论文，单篇引用次数超过100次的有40多篇，他1999在《遗传学（Genetics）》上的文章提出基因倍增复制的DDC模型（Force， et al 1999），该篇的引用次数已超过3000多次！他在1998年和 Walsh合作完成的书《遗传学的数量形状极其分析 ( Genetics and Analysis of QuantitativeTraits）》已成为群体遗传分析的经典之作，引用次数也达到3000次以上！迈克虽然年近耳顺，但仍然奋战在科研的第一线，他的许多文章大都是他一个写的或作为第一作者写的！ 特别是他近几年关于基因组结构复杂性和起源问题的文章，特别的具有学科哲学性的探索（Catania, F., and M. Lynch. 2008，Lynch, M. 2007，Lynch, M. 2005. ，Lynch, M., and J. S. Conery. 2000）。 迈 克当过“分子生物学和演化学会”的主席（2009），美国遗传协会（American Genetic Association）的主席（2007），演化研究学会的副主席（1994－）和主席（2000－）。他还担任NCBI的科学顾问。他现在任职的学术杂志 有：Associate Editor, Genome Biology and Evolution, 2008 - present； Associate Editor, Conservation Genetics, 1999 - present。 迈克的研究主页：http://www.bio.indiana.edu/facultyresearch/faculty/Lynch.html 。迈克当选美国科学院士后，印地安娜大学伯明顿分校生物系的报道： Distinguished Professor of Biology Mike Lynch has been elected to membership in the National Academy of Sciences. He is the 5th current member of our department elected to membership in the National Academy, joining Charley Heiser, Thom Kaufman, Jeff Palmer, and John Preer. This is in addition to 12 past members of our department, including such luminaries as Nobel Laureate Herman Muller, Tracey Sonneborn, Marcus Rhoades, and Carl Eigenmann. 和印地安娜大学伯明顿分校的新闻稿：IU Distinguished Professor Michael Lynch named a National Academy of Sciences fellow 。感觉很平静，没有我们的那种热烈。平淡点好，热闹多了，麻烦也就多了。 我是做基因倍增复制（gene duplication）的理论模型研究的，在基因倍增复制的问题上曾向迈克请教，他是一个非常友好的科学家，不仅给我释疑还给了我比较有建设性的改进意见。祝愿迈克健康长寿，出更多的有思想的工作。 迈克的近期主要著作： Papers Catania, F., and M. Lynch. 2008. Where do introns come from? PLoS Biology Lynch, M., W. Sung, K. Morris, N. Crown, C. R. Landry, E. B. Dopman, W. J. Dickinson, K. Okamoto, S. Kulkarni, D. L. Hartl, and W. K. Thomas. 2008. A genome-wide view of the spectrum of spontaneous mutations in yeast. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 9272-9277. Omilian, A. R., D. G. Scofield, and M. Lynch. 2008. Intron presence-absence polymorphisms in Daphnia. Mol. Biol. Evol. 25: 2129-2139. Lynch, M., A. Seyfert, B. Eads, and E. Williams. 2008. Localization of the genetic determinants of meiosis suppression in Daphnia pulex. Genetics 180: 317-327. Lynch, M. 2008. Estimation of nucleotide diversity, disequilibrium coefficients, and mutation rates from high-coverage genome-sequencing projects. Mol. Biol. Evol. 25: 2421-2431. Lynch, M. 2008. The cellular, developmental, and population-genetic determinants of mutation-rate evolution. Genetics 180: 933-943. Lynch, M. 2008. The cellular, developmental, and population-genetic determinants of mutation-rate evolution. Genetics 180: 933-943. Lynch, M. 2007. The evolution of genetic networks by nonadaptive processes. Nature Reviews Genetics 8: 803-813. Lynch, M. 2007. The frailty of adaptive hypotheses for the origins of organismal complexity. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104 (Suppl.): 8597-8604. Lynch, M. 2006. The origins of eukaryotic gene structure. Mol. Biol. Evol. 23: 450-468. Snoke, M. S., T. U. Berendonk, D. Barth, and M. Lynch. 2006. Large global effective population sizes in Paramecium. Mol. Biol. Evol. 23: 2474-2479. Paland, S., and M. Lynch. 2006. Transitions to asexuality result in excess amino-acid substitutions. Science 311: 990-902. Lynch, M., B. Koskella, and S. Schaack. 2006. Mutation pressure and the evolution of organelle genome architecture. Science 311: 1727-1730. Lynch, M. 2005. Intelligent design vs. intelligent evolution. Nature 435: 276. Lynch, M., and J. S. Conery. 2003. The origins of genome complexity. Science 302: 1401-1404. Lynch, M. 2002. Intron evolution as a population-genetic process. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99: 6118-6123. Lynch, M., and J. S. Conery. 2000. The evolutionary fate and consequences of duplicate genes. Science 290: 1151-1154. Force, A., M. Lynch, B. Pickett, A. Amores, Y.-L. Yan, and J. Postlethwait. 1999. Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations. Genetics 151: 1531-1545. Books: Lynch, M., and J. B. Walsh. 1998. Genetics and Analysis of Quantitative Traits. 980 pp. Sinauer Assocs., Inc., Sunderland, MA. Lynch, M. 2007. The Origins of Genome Architecture. Sinauer Assocs., Inc., Sunderland, MA.
从小到大，我感性思维多一些，不善于读书。 85 至 89 年在清华生物系读本科期间，从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在 1986 年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的《生物英语》系列讲座，隐隐约约记得蒲先生让我们阅读一些诸如 DNA 双螺旋发现之类的科普性英文文章，很有意思。但时间较短，暑假过后也没有养成读英文文章的习惯。二是《生物化学》这门课。与现在的清华生命学院形成鲜明对比，我上大学期间的所有基础课和专业课都是采用中文教材、中文讲课，只有郑昌学老师讲授的《生物化学》采用了 Lehninger 的《 Principles of Biochemistry 》，而且郑老师要求我们每个学生每次课后阅读 10-20 页教材。我们同学大多感觉到专业英文阅读有所提高。 1990 年 4 月至 7 月初，我在依阿华州 Ames 小镇的 Iowa State University 度过了初到美国的前三个月，其中大部分时间在 Herbert Fromm 教授的实验室做轮转（ rotation ），跟随刘峰和董群夫妻两人做研究（刘峰现在 University of Texas Health Science Center 做教授）。当时感觉最困难的就是读专业论文。有一次， Fromm 教授要求我在组会上讲解一篇《 Journal of Biological Chemistry 》的文章，我提前两天开始阅读，第一遍花了足足六个小时，许多生词只能依靠英汉词典，文章中的有些关键内容还没有完全读懂，当时的感觉是 JBC 的文章怎么这么长、这么难懂？！真有点苦不堪言。为了能给 Fromm 教授和师兄师姐留下好印象，第二天又花了好几个小时读第二遍，还做了总结。第三天我在组会上的表现总算没有给清华丢脸。但是，前前后后，真搞不清楚自己为了这一篇文章到底花了多少时间！ 90 年 7 月我转学到约翰霍普金斯大学以后，与本科来自北大的虞一华同在 IPMB program 。虞一华大我一岁，来巴尔地摩之前已经在夏威夷大学读了一年的研究生，对于科研论文的阅读比我强多了。他常常在 IPMB 的办公室里拿着《科学》和《自然》周刊津津有味地阅读，看得我很眼馋，也不理解其中那些枯燥的文章有什么意思。他告诉我：他在读很有意思的科学新闻。科学新闻能有什么意思？虞一华给我讲了好几个故事：洛克菲勒大学校长诺贝尔奖得主 David Baltimore 如何深陷泥潭、人类基因组测序如何争辩激烈、 HIV 病毒究竟是谁发现的，等等。我还真没有想到学术期刊上会有这么多我也应该看得懂的内容！从那时起，每一期新的《科学》和《自然》一到，我也开始尝试着阅读里面的新闻和研究进展介绍，这些内容往往出现在“ News Comment ”“ Research News ”“ News Views ”“ Perspectives ” 等栏目，文笔平实，相对于专业的科研论文很容易读懂。有时，我还把读到的科研新闻讲给我的同事朋友们听，而同事的提问和互动对我又是更好的鼓励。除了《科学》和《自然》，我也常常翻看《科学美国人》 ( “ Scientific American ” ) 。 与《细胞》 (Cell) 、《生物化学期刊》（ JBC ）等非常专业的期刊不同，《科学》和《自然》里面有相当一部分内容是用来做科普教育的。《科学》周刊的“ Perspectives ”和 《自然》周刊的 “ News Views ” 栏目都是对重要科学论文的深入浅出的介绍，一般 1-3 页，读起来比较通俗易懂，较易入门。读完这些文章后，再读原始的科学论文，感觉好多了！而且可以把自己的体会与专家的分析比较一下，找找差距，有时甚至也能找回来一点自信！ 从 1998 年在普林斯顿大学任职到现在清华大学做教授，我总是告诉自己实验室的所有年轻人（包括本科生、硕士生、博士生、博士后）下面这几点读科研论文的体会，也希望我的学生跟我学： 1． 请每位学生每周关注《科学》和《自然》。（生命科学界的学生还应该留心《细胞》）。如果时间有限，每周花一个小时读读这两种周刊里的 文章标题 以及与自己研究领域相关的科研论文的 abstract , 即可！这样做可以保证一个学生基本上能够跟踪本领域最重要的发现和进展，同时开阔视野，大概知道其它领域的动态。 2． 在时间充足的情况下，可以细读《科学》和《自然》里的新闻及科研论文。如果该科研论文有 “ News Views ” 或“ Perspectives ”来介绍，请先读这些文章，这类导读的文章会提炼问题，就好比是老师事先给学生讲解一番论文的来龙去脉，对学生阅读原始论文有很大帮助。 3． 在读具体的科研论文时，最重要的是了解文章的 主线逻辑 。文章中的所有 Figures 都是按照这个主线逻辑展开描述的。所以，我一般先读“ introduction ”部分，然后很快地看一遍 Figures 。大概知道这条主线之后，才一字一句地去读“ results ”和“ discussion ”。 4． 当遇到一些实验或结果分析很晦涩难懂时， 不必花太多时间深究 ，而力求一气把文章读完。也许你的问题在后面的内容中自然就有解答。这与听学术讲座非常相似！你如果想每个细节都听懂，留心每一个技术细节，那你听学术讲座不仅会很累，而且也许会为了深究一个小技术环节而影响了对整个讲座逻辑推理及核心结论的理解。 5． 对个别重要的文章和自己领域内的科研论文，应该精读。对与自己课题相关的每一篇论文则必须字斟句酌地读。这些论文，不仅要完全读懂，理解每一个实验的细节、分析、结论，还必须联想到这些实验和结论对自己的课题的影响和启发，提出自己的观点。 6． 科学论文的阅读水平是循序渐进的。每个人开始都会很吃力，所以你有这种感觉不要气馁。坚持很重要，你一定会渐入佳境。当你有问题时或有绝妙分析时，应该与师兄师姐或找导师讨论。 7． 科研训练的一个重要组成部分就是科研论文的阅读。每一个博士生必须经过严格的科研论文阅读的训练。除了你自己的习惯性阅读外，你应该在研究生阶段选修以阅读分析专业文献为主的一至两门课，在实验室内也要有定期的科研论文讨论（ Journal Club ）。如果你的实验室还没有这种讨论，你们学生可以自发地组织起来。 8． 前面几条都是讨论如何提高科研论文的阅读能力，但是一旦入了门，就要学会 critical reading 。不要迷信已发表的论文，哪怕是发表在非常好的期刊上。要时刻提醒自己：该论文逻辑是否严谨，数据是否可靠，实验证据是否支持结论，你是否能想出更好的实验，你是否可以在此论文的基础上提出新的重要问题？等等。 天外有天，读科研论文是一件很简单、但也很深奥的事情。一般的学生常常满足于读懂、读透一篇好的论文，优秀的学生则会举一反三、通过查找 references 纵深了解整个领域的历史、现状，并展望该领域未来的可能进展。 我从 1990 年对学术论文一窍不通到 96 年博士后期间的得心应手，还常常帮助同事分析，自以为水平了得。但是有一件事让我看到了自己的严重不足，颇为羞愧。 1996 年，是 SMAD 蛋白发现及 TGF- b 信号转导研究的最激动人心的一年，哈佛医学院的 Whitman 实验室在十月份的《自然》杂志上以“ Article ”的形式发表了一篇名为“ A transcriptional partner for MAD proteins in TGF- b signaling ” 的文章。读完之后，正好遇到 TGF- b 领域的著名学者 Joan Massague, 我对 Joan 评论说： I’m not so sure why this paper deserves a full article in Nature. They just identified another Smad-interacting protein, and the data quality is mediocre. 完全出乎我的意料， Joan 马上回应我： I disagree! This paper links the cytoplasmic Smad protein into the nucleus and identifies a transcription factor as its interacting protein. Now the TGF- b signaling pathway is complete. It is a beautiful Nature article! 这件事对我触动极大：原来大师的视野和品位远远在我之上。从那以后，我也开始从整个领域的发展方面来权衡一篇文章的重要性，这件事对我今后为国际重要学术期刊审稿、自己实验室选择研究课题都起到了相当重要的作用。 如今，我阅读一篇本领域内的科研论文，非常顺利，而且常常可以看出一些作者没有想到或分析到的关键点。回想从前，感慨万千，感谢蒲慕明、郑昌学、虞一华、 John Desjarlais 、 Jeremy Berg 、 Joan Massague 等一批老师和同事对我的帮助。我很留心，也很用心。 希望所有的学生也能通过努力和坚持对英文科研论文的阅读得心应手！
标签: 生物系
