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Illumina测序总结: zxy5139 2017-6-10 17:12; 关于Illuminate测序过程一直不明白，这是自己总结的关于Illumina测序的知识，花了好几天的时间，总算理清了。我觉得应该不存在问题。网上搜集的资料鲜有对Illuminate测序过程讲解较清楚的文档，本着知识共享的理念，这里分享自己整理的文档（见附件），希望起到抛砖引玉的作用。我整理的文档比较容易懂，但是测序过程各种各样的引物，而且每个引物的叫法没有统一标准，容易混乱，要真想弄清楚，还是要花些时间（我的文档有些引物的名字是按照我的理解命名的，确保文档从前到后理解方便，只有知道测序原理，才能知道引物来干什么）。该文档着重讲解 RNA测序 DNA直接测序区分链（链特异性 strand specific）测序不区分链（非链特异性 nonstrand specific）测序单端测序（single end sequencing，SE sequencing）双端测序（pair end sequencing, PE sequencing） Index等内容，并给出了一套测序的引物。不同测序过程不同，引物碱基组成不一样，但是模式一样。搞懂引物做什么和引物的碱基组成对明白测序过程很重要（这里面涉及很多关于序列的知识反向互补反向互补等）。这些引物包括如下 TruSeq Universal Adapter TruSeq Indexed Adapter PCR Primer 1.0 PCR Primer 2.0 flow cell 锚定 TruSeq Universal Adapter flow cell 锚定 TruSeq Indexed Adapter Read 2 Sequencing Primer Multiplexing Index Read Sequencing Primer Read 1 Sequencing Primer Illumina测序.rar; 6598 次阅读|0 个评论

应用RNA测序揭示稻属种间三倍体杂种的转录组冲击现象: WileyChina 2016-6-14 10:14; 作者： Ying Wu, Yue Sun, Xutong Wang, Xiuyun Lin, Shuai Sun, Kun Shen,Jie Wang, Tingting Jiang, Silin Zhong, Chunming Xu and Bao Liu 原文链接： http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jipb.12357/full 摘要：种间杂交是高等植物基因组进化及物种形成的重要驱动力之一。种间杂交经常会导致全基因组范围内的即刻基因表达变化，这种现象被统称为 “ 转录组冲击 ” 。尽管转录组冲击已在多种植物和动物物种中有所报道，但是冲击所诱导的基因表达变化的程度及模式往往具有很强的特质性，因此需要更多的研究探寻一般性的规律。本研究中，我们使用亚洲栽培稻 Oryza sativa , ssp. japonica (2n = 2x = 24, 基因组 AA) 和野生稻 O. punctata 的四倍体细胞型 (2n = 4x = 48, 基因组 BBCC) 作为亲本，配制了一套种间三倍体 F1 杂种植株。通过 RNA 测序对杂种植株及其亲本进行了转录组分析。我们分别从部分同源基因的偏倚表达（ homeolog expression bias ）和每个基因总体表达水平 (total expression level) 两个角度分析了杂交植株相对于 “ 模拟杂种植株 ” （亲本按基因组构成比例的机械混合）的转录差异。我们发现在 F1 杂种植株叶片组织表达的 16,112 个基因中有 16% （ 2541 ）的基因表现出非加性表达，并且这些基因特异的富集在光合作用相关的途径上。有趣的是，母本来源的部分同源基因表达的改变（包括非随机性沉默）是导致 F1 杂交植株中部分同源基因相对表达比例改变的主要原因。本文研究结果为探讨种间杂交所诱导的转录组响应与杂种优势的可能关系提供了新的信息。作者：东北师范大学植物分子表观遗传学实验室 Chunming Xu; Bao Liu; 个人分类: Life Science|2 次阅读|0 个评论

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