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不想学数学的生物学家不是好医生
热度 1 sunon77 2013-9-11 06:56
不想学数学的生物学家不是好医生 核物理的奠基人卢瑟福曾经不无骄傲的宣称,做非定量科学研究的工作就像收集邮票,只是事实性知识的积累,远没有物理学那样高屋建瓴,简洁而深刻。虽然生物的定量化研究已经是大势所趋,但是现在物理学对生物研究的贡献还仅仅是提供像 X 光, MRI 这样的工具。如何让生物学家慢慢适应定量化研究的思考方式,美国国立癌症研究中心在这方面下了很大的功夫。首先是在全美建立了九个癌症物理研究中心,然后举办了大量的关于生物定量化研究的讲座,培训,并且支持建立了不少在线资源。 David Liao 的工作是这一方向一个很好的尝试,他试图建立有关生物定量化研究的颇为全面的系统,从数,代数,微分,偏微分,随机过程,动力系统到博弈论以及癌症定量化研究的实例,用简短的动画和 PPT 一一涵盖,简单而实用,丰富而有趣,对想进入定量化研究的生物学家是一个不可多得的福音。 网站: http://qbio.lookatphysics.com/
个人分类: SystemsBiology-系统生物学|6426 次阅读|2 个评论
系统与合成生物学,生物信息学等定量生物学领域的牛人介绍
bigdataage 2013-4-9 15:52
系统与合成生物学,生物信息学等定量生物学领域的牛人介绍 The Top 50 Researchers of Quantitative Biology ----Systems and Synthetic Biology, Bioinformatics, Biomathematics etc. 彭勇 这是我在读博之前的一个总结,以便自己能较快进入系统生物学这个领域。硕士期间学的生物信息学,就是因为准备不足,什么都不知道,快毕业了才入门。这次在正式开学之前就看了100多篇论文,总结了系统生物学的发展历史和一些牛人,希望在进入实验室以后能很快上手。 “ 系统生物学的发展历史 简介”: 从分子到细胞,再到种群,在生命科学的各个层次、各个领域都在进入定量时代,利用理论和计算来研究生命系统,纵观科学技术的发展史,可以发现这是必然的,时机很快就会成熟。极大、极小、极复杂,前两个方向都有了自己的较为成型的理论,比如相对论、量子力学、量子场论、有争议的超弦理论等,现在该轮到“极复杂”了。以前没有足够的数据,不可能彻底了解复杂系统,无论多努力、无论IQ多高都没用,爱因斯坦再NB,若生活在中世纪,也不可能提出相对论。现在不同了,技术的进步使得积累的数据越来越多,“大数据时代”是真的,不是吹的,有了足够多的数据,而且有其它学科的理论和技术作为基础,可以解密生命科学和社会科学中的各种复杂系统了。 虽然关注社会、经济、商业、管理等领域的定量化和“Big Data”的人比较多,但生命科学中产生的数据不亚于社会科学,特别是第三代测序技术成熟以后更可怕,复杂系统科学和数据科学与生物学结合产生的影响不会比定量社会科学差,意义也应该更重要,不过二者应该很有关联,毕竟人也是生物,社会也是由生物构成的,个人认为。 言归正传,在定量生物学领域做出好工作的人不少,以下50位是自己了解到的一部分,不过主要集中在系统生物学(分子水平)与合成生物学,也包括系统神经生物学(细胞水平),生态网络(种群水平),进化动力学,生物信息学(计算生物学),神经信息学(计算神经科学),免疫信息学,生态信息学,生物数学,生物物理等。其中的每一个人,我至少看了其一篇代表作才评论的。 说一下我知道这些的方法,一是直接在百度或谷歌搜“系统生物学牛人”,这样可以收到几个红得发紫的;二是看CNS上的相关文章都是谁发的,主要是看通讯作者;三是用Google搜索是可以发现相关的人;四是在维基百科看相关的词条(一定要看英文的),比如: quantitative biology,systems biology, synthetic biology, bioinformatcs, biomathematics, biophysics, computational biology 主要还是来自看CNS上的论文和 Google搜索提供的相关人 。 以下内容均来源于网络,若有侵犯隐私和其它权利的地方,表示歉意,请及时联系本人,我会立刻删除。 本人并没有牛人情结,也不崇拜任何一位大神,只是想向他们学习,顺便了解一下相关领域的历史和发展趋势。各个牛人如下(排名不分先后):
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定量生物学领域的大牛和研究机构总结
热度 1 bigdataage 2012-12-8 19:26
定量生物学领域的大牛和研究机构总结 (第5次修改) 新生物学时代 ( A New Biology for the 21st Century ) 主要表现为生命科学内部各个分支学科的交叉,以及生命科学和数学、物理学、化学、计算机科学、信息科学、数据科学、复杂系统科学以及工程技术等各个学科的交叉。 从定性走向定量! 定量生物学包括生物数学、生物物理、生物信息学、计算生物学、系统生物学、合成生物学、计算神经科学、理论生态学、计算生态学、免疫信息学、信息生态学等BIO-X学科,在21世纪必定会得到大发展。 本人主要关注 bioinformatics, systems biology and synthetic biology: 1. Uri Alon , Weizmann Institute of Science http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/ 2. Trey Ideker , University of California, San Diego (UCSD) http://idekerlab.ucsd.edu/Pages/default.aspx 3. Leroy Hood , Institute for Systems Biology (Seattle, WA, USA). https://www.systemsbiology.org/hood-group 4. Hiroaki Kitano , the Systems Biology Institute (SBI) http://www.sbi.jp/members.htm 5. Chao Tang(汤超) , University of California, San Francisco (UCSF) Peking University (PKU), Center for Quantitative Biology (CQB) Tsinghua University - Peking University Center for Life Sciences (CLS) http://tang.ucsf.edu/ http://cqb.pku.edu.cn/tanglab/ http://www.cls.edu.cn/PrincipalInvestigator/pi/index1578.shtml 6. Michael B. Elowitz , California Institute of Technology (CalTech) http://www.elowitz.caltech.edu/ 7. Albert-László Barabási , Northeastern University's Center for Complex Network Research (CCNR) the Center of Cancer Systems Biology (CCSB) at the Dana Farber Cancer Institute, Harvard University. http://www.barabasi.com/ 8. Marc Kirschner , the Department of Systems Biology at Harvard Medical School. http://kirschner.med.harvard.edu/ 9. James Collins , Biomedical Engineering at Boston University, Howard Hughes Medical Institute http://www.bu.edu/abl/index.html 10. Bernhard Ø. Palsson , University of California, San Diego (UCSD). http://systemsbiology.ucsd.edu/Home 11. Alexander van Oudenaarden , MIT. http://web.mit.edu/biophysics/ 12. Ruedi Aebersold , Eidgenössische Technische Hochschule Zürich (ETH Zurich). http://www.imsb.ethz.ch/researchgroup/rudolfa 13. Ernst Hafen , ETH. http://www.imsb.ethz.ch/researchgroup/hafene 14. Markus Stoffel , ETH. http://www.imsb.ethz.ch/researchgroup/stmarku 15. Uwe Sauer , ETH. http://www.imsb.ethz.ch/researchgroup/sauer 16. Xiaole (Shirley) Liu (刘小乐), Harvard University http://liulab.dfci.harvard.edu/ 17. Martin Nowak , Harvard (哈佛大学数学系的,也是哈佛进化动力学中心的主任,一个搞理论的, 能在Nature和Science上发那么多文章,古今中外估计就他一个人能做到。 但我认为他的成果就对人类社会的影响而言, 不如Albert-László Barabási.) http://www.ped.fas.harvard.edu/people/faculty/ 18. Eran Segal , (Weizmann Institute of Science) http://genie.weizmann.ac.il/ 19. James J. Collins , Boston University http://www.bu.edu/abl/ 20. Peter Swain , University of Edinburgh http://swainlab.bio.ed.ac.uk/ 21. Stanislas Leibler , Rockefeller University http://lab.rockefeller.edu/leibler/ 被誉为天才级的人物, Micheal Elowitz,Uri Alon,Peter Swain 这三个牛人都是他的学生。 22. Aviv Regev , Broad Institute of MIT and Harvard http://www.broadinstitute.org/history-leadership/leadership/scientific-leadership/core-members/aviv-regev 犹太 美女科学家。 23. Bing Ren(任兵) , UCSD http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/rentrac/ 24. Eduardo D. Sontag , Rutgers University http://www.math.rutgers.edu/~sontag/ 25. Michael Q. Zhang(张奇伟) , University of Texas at Dallas, Tsinghua University http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/member/mzhang/ http://cb.utdallas.edu/zhanglab/index.htm 26. Badal Joshi , Postdoctoral Research Fellow School of Mathematics, Universityof Minnesot http://math.umn.edu/~joshi/ 27. Carsten Wiuf , Department of Mathematical Sciences, University of Copenhagen http://www.math.ku.dk/~pbx512/ 28. Arjan van der Schaft , University of Groningen http://www.math.rug.nl/~arjan/ 29. Peter J. Park , Harvard Medical School http://compbio.med.harvard.edu/index.html 30. Department of Systems Biology , Harvard Medical School. https://sysbio.med.harvard.edu/ 31. Computational and Systems Biology at MIT http://csbi.mit.edu/ 32. Computational Biology Group , Stanford Computer Science Department http://compbio.stanford.edu/index.html 33. Lior Pachter , Departments of Mathematics, Molecular Cell Biology and Electrical Engineering Computer Science; University of California, Berkeley http://math.berkeley.edu/~lpachter/ 34. Manolis Kellis (Kamvysselis), MIT http://web.mit.edu/manoli/ 35. Laboratory for Mathematical and Computational Biology , led by Lior Pachter at UC Berkeley http://bio.math.berkeley.edu/ 36. 北京大学 定量生物学中心 http://cqb.pku.edu.cn/ 37. 合成与系统生物学中心 , 清华大学 信息科学与技术国家实验室 http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/CSSB/web/ 38. Steven Salzberg's Center for Computational Biology , at the Institute of Genetic Medicine at Johns Hopkins University http://ccb.jhu.edu/ 39. Barbara Wold's lab at Caltech http://woldlab.caltech.edu/ 40. Michael N. Hall , University of Basel http://www.biozentrum.unibas.ch/research/groups-platforms/overview/unit/hall/ 41. Peng Yin , Harvard Medical School. http://molecular-systems.net 42. Liaofu Luo( 罗辽复 ), Inner Mongolia University 我国理论生物物理学的开拓者之一。 43. Joseph DiStefano III , UCLA http://www.cs.ucla.edu/people/faculty/joseph-distefano-iii
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