本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小丫 来源： 嘉因 有位小伙伴儿问：JASPAR里预测转录因子结合的strand-1是不是没有意义？ 搜到好多论坛上都说strand-1无意义，只看strand+1就好。是这样吗？ 下图清晰的描述了两种情形： a) 基因上游存在某一TF的motif，推测该TF可能结合到这里，调控该基因转录。 b) 基因上游互补链上存在TF的motif，这个TF还能调控这个基因的转录吗？ 认为strand-1无意义，估计是考虑到如果motif的方向反了，TF的方向也跟着反了，调控的不就是相反方向的基因了？ 事实上是这样的吗？ 高中物理老师告诉我们：你想的都是错的，只有算过才是对的。 2016年发表在BMC Genomics上的文章已经算过了。 The orientation of transcription factor binding site motifs in gene promoter regions: does it matter? 开篇那个模式图就是这篇文章的Figure 1。感谢羊咩咩同学搜到这篇文章。 作者分析了拟南芥293个非回文序列（non-palindromic）转录因子结合位点、10个核心启动子motif的方向对基因表达调控的影响。 结论：方向不重要，结合才重要。 Conclusions : Our results suggest that for the motifs considered here, either no specific orientation rendering them functional across all their instances exists with orientational requirements instead depending on gene-locus specific additional factors, or that the binding orientation of transcription factors may generally not be relevant , but rather the event of binding itself. 回复20180117，直达文章链接。 更有趣的：核受体NR，以二聚体形式结合DNA，motif是各种方向的回文序列： 上图出自：Martin, Luc Tremblay, Jacques J.. (2010). Nuclear Receptors in Leydig Cell Gene Expression and Function. Biology of reproduction. 83. 3-14. 10.1095/biolreprod.110.083824. 补充技能： 在线预测转录因子结合位点，用JASPAR2016，入口在这里： http://jaspar2016.genereg.net/cgi-bin/jaspar_db.pl 从主页搜索感兴趣的转录因子，进入如下页面，在motif左侧的小方框内打钩，然后把DNA序列粘贴到右下角的大方框里，scan。 2016版本的这个在线工具只能上传20000bp以内的DNA序列。 JASPAR2018考虑到现在实验猫都会写代码了，就省掉了在线分析工具。如果想在更长的序列内查找更多的motif，就用 TFBSTools这个R包，包治百病。 总之，预测一个基因启动子区是否有某个转录因子的结合位点时，看到strand+1，意味着motif跟基因同向；strand-1，意味着motif在互补链上。无论motif在哪条链上，这个转录因子都有可能调控你的基因。 转录调控研究策略： 转录因子调控了谁？ 哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？ 用ATAC-seq找关键转录因子、研究转录因子-靶基因 变异会影响转录？SNP影响转录因子结合？RegulomeDB non-coding区的SNP影响了转录？HaploReg
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