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R语言本地blast结果文件整理成表格: Bearjazz 2014-3-1 11:05; 熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 本地blast因为不需要联网，且运算数据较快而受到欢迎，但是，操作上有诸多不便，其中之一就是结果为文本结果，手动转化成表格形式较为繁琐，也不利于大数据情况下的操作，因此我们撰写了R语言函数LBlastF2Tab以方便这一转化，使用方法如下 #使用方法首先预装R函数LBlastF2Tab 函数源代码地址http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7041661 LBlastF = AB043889 # AB043889 为本地 blast 产生的结果文件名 outfile = AB043889.csv #设置生成表格的文件名 LBlastF2Tab(LBlastF,outfile) #调用已经预装的函数 LBlastF2Tab; 个人分类: 我的研究|6284 次阅读|0 个评论

批量复制GAMIT的结果文件O文件至指定目录: zhangyong1361 2012-12-31 21:16; 利用GAMIT解算完数据后，往往要利用其结果文件o文件进行基线重复性检验，如果天数少，受到把o文件复制出来到指定目录便可，如果用于大量的数据，如1年的，那么手动复制便不大现实，可采用bash语言编程自动提取o文件，复制到指定目录下。代码如下：（不是本文保密，传图片，是因为复制源代码，网页编辑器会解析代码，显示会出错，如需要源码，按下面邮箱联系本人）新建一个空白文件，把代码复制粘贴后保存名为 “o”,(取名o是为了后面执行输入方便) 然后配置其中的参数 expt= js10 输入自己的工程名，用于生成复制o文件的目标文件夹 doy=100 开始的年积日 ndays= 11 持续天数然后在工程文件夹下执行 “bash o” 会把每个单日解文件夹下的 o文件（a结尾的--验后估计）复制到 oexpt（注：此处expt为上面输入的工程名）目录中。代码为本人所写，因本人能力有限，不足之处望指教。邮箱：zhangyong1361@qq.com 张勇 2012-12-31; 个人分类: GAMIT/GLOBK|4767 次阅读|0 个评论

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