科学网 › 标签 › DGGE

标签: DGGE

相关帖子	版块	作者	回复/查看	最后发表

没有相关内容

相关日志

如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析: 热度 2 zhangjiachao 2013-7-23 00:59; 第 1 步， DGGE 图谱数据的整理简单明了些，将 Quantityone 或者类似软件分辨匹配后得出的 DGGE 条带的相对百分亮度数据整理到 excel 表格中。格式如下图，即纵向从上往下为样品编号，条带编号则在第一行从左往右，表格中填入对应条带的相对百分亮度值。比如，条带 3 在泳道 1 中的亮度为 0.591841. 此表是本人某论文的原始数据的一部分。第 2 步， DGGE 图谱数据的导入。使用 Canoco 软件进行相关分析。 Canoco 在不少论坛，比如普兰塔等，都有破解版下载。大家运行的时候只要调整下电脑系统时间到 2002 年以前即可（最新破解版似乎不需要这么麻烦了）。 Canoco 不能直接识别 excel 格式的数据。必须将 DGGE 图谱的条带数据转化为能识别的 .dta 后缀的文件才可以进行后续的 PCA 等相关分析。具体操作如下：在 excel 表格中，将条带数据连同样品编号和条带编号一起鼠标选择， Ctrl + C 拷贝。然后“开始” - “程序”下找到 Canoco 的子程序 WcanoImp ，这个子程序是专门导入数据的。程序会弹出如下对话框：如果你的条带矩阵数据有很多 0 值，可以将最后的“ Save in Condensed Format ”勾上，至于为什么，没有太深究。不过不勾上，似乎不影响分析结果。点击“ Save ”，弹出如下对话框：这个时候，要自己选择条带数据矩阵的保存路径，并给该文件命名。如，我将此文件保存到“ PCA 教程”文件夹下，命名为 spe.dta ，注意这个“ spe.dta ”是我自己打出来的。点击“保存”，弹出如下对话框：点击“ OK ”，系统会提示你成功生成文件。这个文件就是我们后续 PCA 分析所需要的 Canoco 软件可识别的条带组成数据。这个 spe.dta 文件就保存在 PCA 教程”文件夹下。当然，我们还可以对理化因子数据进行同样的操作。如果对物种生存环境对生物的影响方面的研究感兴趣，可以进行 RDA ， CCA 等分析，这个就需要物种和环境两个数据矩阵了。第 3 步， Canoco 软件进行 PCA 数据分析。接下来我们就可以使用 Canoco 软件对我们的 spe.dta 文件记性 PCA 分析了。在“开始” - “程序”下找到 Canoco for Windows 4.5 ( 当然你我版本可能不同 ) 。 Close Canoco 软件弹出的小广告。就进入 Canoco 的分析界面：点击最左边的符号“ ”，弹出如下对话框：我们只有条带（即物种 species ）数据，所以只能选择最上面的“ Only species dataavailable ”。如果你有物种数据、物种所在环境的理化参数数据或者其他辅助数据，可以选择对应的选项。不同的选项，后续的操作略有不同，可以进行不同的分析。比如，“ Species and environmental data available ”，我们可以进行计算不同环境因子对物种组成影响的 RDA ， CCA 等分析。感兴趣，可以查阅下文献。选择“下一步”： “ Browse ”，浏览选择上步生成的“ spe.dta ”数据。如下：然后在“ Canoco solution file name ”一栏中，将“ spe.dta ”数据的保存路径复制过来。举例，我这次就将下图的蓝色选择部分复制，然后拷贝到“ Canoco solution file name ”下面，自己再后面键盘敲进去将来要生成的 solution 文件的名称，比如 PCA.sol ，注意后缀一定是 .sol 。这一步比较重要。选择“下一步”：选择“ Linear ”线性的分析模式下的 PCA ，“下一步”：默认，下一步：如果你的不同条带数据差异巨大，比如，最大的 100 ，最小的 0.1 ，你可以选择开平方处理下。默认，下一步：默认，下一步：默认，下一步：选择“完成”， OK ， Canoco 软件分析完成了。弹出如下对话框：在“文件名”一栏中，敲进去“ PCA.con ”。如下图。当然，名字你随便起，后缀最好是 .con 。下面就要看分析结果和绘图了。第 4 步， Canoco PCA 数据分析结果及绘图。上一步在选择“保存”后，弹出如下对话框：选择“ Analyze ”对数据进行分析我们可以看到 PCA 的大体分析结果，如下图，我们可以看到第一轴解释了 31.3% 的物种组成变化，第二轴解释了 46.9-31.3=15.6% 的物种组成。这个时候该绘图了！选择“ CanoDraw ”按钮，弹出如下对话框，命名 PCA.cdw 然后“保存”。然后就可以输出图了，先关掉如下的 Canoco 小广告。我们可以看到这样的操作界面：在“ Create ”菜单下选择“ Scatter plots ”—“ samples ”或者“ species ”，就可以得到样点或者物种组成的 PCA 图了。如下图：这个图是最原始的图，我们可以进行相关的编辑。比如，鼠标右键，可以调整 PCA 图的轴大小。我觉得第一轴，即水平轴的右边范围太大了，可以适当缩小，由 2.5 更改为 2.2. 得出新图，如下：我们可以用鼠标拖动上面的数字，因为有重叠之类的问题，不太好看。拖动后，如下图，这样好看一点哦。另外，鼠标右键有几项命令，比如 zoom ，可以放大图谱，使我们看的更清晰些。我们还可以对样点的显示符号、文字及大小进行编辑。比如，本 PCA 图，样品 1-12 ， ,1-24, 25-36 分别为 3 个处理。我想用不同的符号来直观的区别他们，可以，操作是这样的：按着 Ctrl 键，依次选择 13-24 号对应的圈圈符号，然后按 F5 ，就可以打开“ Properties ”对话框，可以对颜色、线条、填充及符号类型及大小进行编辑。当然，只要你选择了任何对象，都可以 F5 ，对其特性进行编辑。修改后的 13-24 号样点的符号类型就更改为如下图：同样的方法可以对其他的样点进行编辑，如下图所示。如果满意，我们就可以输出图片了。“ File ”菜单下“ Export ”，大家根据需要选择输出图片的格式及分辨率 DPI 。这样就 OK 了。最后，感谢西北农林科技大学的李龙博士的原始数据支持。感谢大家的支持。有问题请进入 DGGE 交流群 87203673 或者加 QQ1142553379 ，我们共同探讨。; 20688 次阅读|4 个评论

更多...

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

标签: DGGE

相关帖子

相关日志

关闭安全验证