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conda安装本地格式为zip包: suviu 2020-5-3 18:19; 最近在台式机上安装了windows版本下的Miniconda，遇到了一个问题，如何安装本地的zip格式的包。从PyPI上下载的包格式为：.zip 第一步：列出虚拟环境 condainfo--envs 第二步：切换到包所在目录 cd路径第三步：安装包解压缩包，里面有一个setup.py文件 pythonsetup.pyinstall; 个人分类: python|6406 次阅读|0 个评论

Racon安装（基因组组装）: ljxue 2019-5-13 22:24; 答案： conda install -c bioconda racon Racon是一个基于minimap和miniasm的，构建一致性序列（consensus）的一款软件，速度快是其特点。一般这样就可以了。 # Install minimap and miniasm (requiring gcc and zlib) git clone https://github.com/lh3/minimap (cd minimap make) git clone https://github.com/lh3/minimap2 (cd minimap2 make) git clone https://github.com/lh3/miniasm (cd miniasm make) # Install Racon (requiring gcc 4.8+ or clang 3.4+, and cmake 3.2+) git clone --recursive https://github.com/isovic/racon.git racon cd racon mkdir build cd build cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. make 不知道从什么时候其Github也开始不能稳定访问了，折腾了一圈，得到类似的错误。 /tmp/ccXiHDpV.s:5338: Error: no such instruction: `vpbroadcastd %xmm0,%ymm0' /tmp/ccXiHDpV.s:5486: Error: no such instruction: `vpbroadcastd %xmm0,%ymm0' /tmp/ccXiHDpV.s:6477: Error: no such instruction: `shlx %r9,%r15,%rax' /tmp/ccXiHDpV.s:6489: Error: no such instruction: `shlx %r10,%r15,%r14' /tmp/ccXiHDpV.s:6582: Error: no such instruction: `vpbroadcastq %xmm1,%ymm0' /tmp/ccXiHDpV.s:6616: Error: no such instruction: `shlx %rbx,%rsi,%rdx' /tmp/ccXiHDpV.s:6634: Error: no such instruction: `shlx %rdx,%r8,%rcx' 搜索提示是intel的新指令。最后，得到了 conda install -c bioconda racon 这个解决方案。感谢conda，感谢google，预祝conda持续成长。; 个人分类: Bioinformatics|8938 次阅读|0 个评论

生物信息学软件安装2：使用Bioconda管理生信软件: yjjh143 2017-11-15 23:37; 在苹果操作系统上，我们可以从App Store下载各种软件。Linux操作系统有没有一个类似于App Store的平台，可以使我们非常方便的下载各种软件，而不用考虑各种依赖包的问题呢？答案当然是肯定的，就是我们今天要介绍的Bioconda。要介绍 Bioconda 首先得介绍一下Anaconda： Anaconda指的是一个开源的Python发行版本，而Bioconda是Anaconda中专门用来管理生物信息学相关软件的channel。目前，Bioconda已经支持安装 2700 多种生物信息学相关的包。 1.安装conda 要使用Bioconda，必须先安装conda，有两个版本可供我们选择：miniconda和anaconda。miniconda的体积较小，但是能满足正常的生物信息学使用，如果你的网速较慢或者硬盘空间较小，可以优先选择此版本。进入 miniconda 的下载页面，选择合适的版本进行下载和安装，此处以Python3.6版本为例： # cd进入你的软件安装目录 cd / mnt / h / Workspace / Biosoft / # 下载miniconda安装包 wget https : //repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装miniconda bash Miniconda3 - latest - Linux - x86_64 . sh 安装完成后，重新登录或者 source ~/.bashr ,并将conda添加到环境变量PATH。 2.配置Chanels 在conda的迷人配置中，并不包含生物信息学软件源，所以需要把生物信息学相关的chanels添加到conda中： conda config -- add channels r conda config -- add channels defaults conda config -- add channels conda - forge conda config -- add channels bioconda 3.添加国内源，解决下载慢的问题 Bioconda默认的chanel都在国外，下载软件非常缓慢，我们可以添加国内的chanel，以提高下载速度： conda config -- add channels https : //mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config -- add channels https : //mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config -- add channels https : //nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 4.使用bioconda管理生物信息学软件 # 此处以软件bwa为例 # 安装bwa，默认安装最新版本 conda install bwa # 查找bwa的所有版本 conda search bwa # 安装特定版本的bwa conda install bwa = 0.7 . 12 # 查看conda中已经安装过的软件 conda list # 升级软件 conda update bwa # 卸载软件 conda remove bwa 或者 conda unistall bwa; 个人分类: Linux学习笔记|7578 次阅读|0 个评论

中国科大开源镜像站的bioconda新镜像申请: zd200572 2017-8-2 15:49; 我在中国科大开源镜像站的github上提交了bioconda新镜像申请，现在处于投票阶段，大家快去投票。地址在这： https://github.com/ustclug/mirrorrequest/issues/125 请在 Github Issue 页面使用 Emoji 表情来投票。请参考这里的使用说明。还有管理员说没有找到可靠的同步方法。希望能由bioconda用户想办法找寻一个同步方案。已经将其标记为 hard to sync 大神们赶紧去献策啊！; 个人分类: IT|2585 次阅读|1 个评论

Conda - 多平台软件管理平台: michael0214 2017-7-4 03:06; 在做生物计算时，往往需要安装很多软件包，例如目前比较流行的python包。但是很多时候不同软件存在dependence,安装起来较为繁琐。 Conda是一个可用于多平台(Windows, Linux, Mac)的软件管理系统（不仅包含python包的管理），相关简介见： https://conda.io/docs/intro.html 。它比较类似mac下的homebrew, linux中yum等软件管理工具 (或更加类似docker?? Command line版的Galaxy)。Conda 包括两种模式： Anaconda 和 Miniconda。前者的起始安装包含150个包，如果不需要那么多起始包，建议使用 Miniconda。两者详细区别参见： https://conda.io/docs/download.html。这里介绍Miniconda在linux中的使用（其他安装参见： https://conda.io/docs/install/quick.html#id1 ）： 1）Miniconda的安装：下载链接： https://conda.io/miniconda.html 选择合适版本下载后：bash Miniconda3 - latest - Linux - x86_64 . sh 安装过程可以自行选择路径（尤其适合非root用户),并提示将其目录下/bin/ 文件夹加入.bash_rc (也可自行edit 添加至.bash_profile,需要重新登录生效)。之后软件安装所有的可执行性文件都会在这个文件夹中生成。 2）新软件安装 Conda的软件安装命令十分简单： https://conda.io/docs/using/pkgs.html。安装过程会同时下载相应的依赖软件包。所有下载包被放置于minicoda目录下的pkgs文件夹中，可执行文件放于bin文件夹中，因此可以直接运行使用。 3）常用channel的使用： channel 的添加： conda config --add channels defaults conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda 其中最常用的当属bioconda: https://bioconda.github.io/index.html . Bioconda consists of: a repository of recipes hosted on GitHub ( Very useful ) a build system that turns these recipes into conda packages a repository of 1500 bioinformatics packages ready to use with conda install 软件包的查询： https://bioconda.github.io/recipes.html 例如之前破费周折的CPATpython包可以直接一个命令安装： conda install cpat; 6096 次阅读|0 个评论

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