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标签: NJ树

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在R语言中使用遗传距离矩阵构建简单的系统发育树: 热度 2 Bearjazz 2013-9-11 20:56; 熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 一般的遗传距离矩阵如下图对这样的矩阵稍作修改，删除标题行列，保存为“Fst.csv” library(ape) #需要用到ape程序包 M2 = read.csv(Fst.csv,head = F) #输入表格 dimnames(M2) - list(1:8, 1:8) #为表格设置行列名称 M2-as.matrix(M2) #将表格转化成矩阵格式 tr2 - bionj(M2) #构建NJ树 pl树ot(tr2, u) #输出系统发育; 个人分类: 我的研究|19086 次阅读|4 个评论

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GMT+8, 2024-5-23 11:27

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