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[转载]ASCIIGenome：一个命令行基因组浏览器: chinapubmed 2019-5-30 08:59; 当前的基因组浏览器都是通过图形用户界面（graphical user interfaces，GUIs）工作，虽然直观，但是不适合在终端操作，并因此难以整合到脚本中。为了规避这些限制，ASCIIGenome仅通过命令行界面运行，以直接在终端窗口显示基因组数据。 ASCIIGenome容易地与命令行整合，包括数据的批处理，因此能够高效探索数据。支持一些常见基因组数据类型，并且也可以访问远程ftp服务器上的数据。速度和内存占用与常见基因组浏览器可比或更好。左边是2个ChIP-Seq峰。右边是比对结果下载： https://github.com/dariober/ASCIIGenome 语言：Java 时间：20170113 参考： ASCIIGenome: a command line genome browser for console terminals; 个人分类: 软件|1434 次阅读|0 个评论

linux命令行操作百度云盘记录: chinapubmed 2018-12-5 22:52; Background：服务器上堆了一堆数据，原来要下到本地，然后上传到百度云给客户，太慢，且传来传去文件有损坏。 Methods：直接在服务器上安装python包bypy（https://github.com/houtianze/bypy），使用命令行(+脚本)上传文件到百度云。 Results：能够批量上传，并且一个命令搞定，省去了本地这个中间环节，节省了时间。 Conclusion：使用bypy能够方便地解决linux操作百度云，提高了效率，值得在广大数据分析人员中推广。 1，pip install bypy 2，bypy info获得访问百度云的key 3，写脚本上传。问题1：locate设置把下面3行加到bashrc中，然后$ source ~/.bashrc export LC_ALL=en_US.UTF-8 export.UTF-8 export LANGUAGE=en_US.UTF-8 问题2：报certpath错误直接改用python 2.7.13 问题3：创建的目录在？百度云/我的应用数据/bypy; 个人分类: 生物信息|2913 次阅读|0 个评论

Linux:在终端上用Geany或Sublime Text打开文本文件: haibaraxx 2017-8-30 15:49; 方法一：在终端中输入： $ open -a Geany $ open -a /Applications/Geany .app Sublime Text $ open -a /Applications/Sublime\ Text .app 注：空格的表示法为 \空格。方法二： 1. 在.bashrc文件中添加如下路径并保存。 # Geany export geany=/Applications/Geany.app/Contents/MacOS export PATH=\$geany:\$PATH # Sublime Text export subl=/Applications/Sublime\ Text.app/Contents/SharedSupport/bin export PATH=\$subl:\$PATH 2. 重新打开一个终端，输入如下命令就可以用对应的编辑器打开文本文件了。 $ geany $ subl; 个人分类: Linux|5557 次阅读|0 个评论

[原][Matlab][03] 定时运行+完成计算后发送邮件: nwang1986 2015-10-4 15:05; 曾想要是能让Matlab在某时刻自动运行，运行某个计算或获取信息，结束时把结果发邮件或短消息给自己就好了。查阅文献然后试验，发现结合windows的计划任务schtasks命令，matlab的命令行启动方式，以及自带的sendmail函数可以实现。第一步，添加计划任务写3个m文件分别用于添加任务，查看任务和删除任务，放在matlab路径文件夹中。 -------------------添加计划任务 addtotask.m---------------------- function addtotask(taskname,runfile,frequency,starttime) %frequency: MINUTE, HOURLY, DAILY, WEEKLY, MONTHLY, ONCE, ONSTART, ONLOGON, ONIDLE, ONEVENT. %starttime: HH:mm (24 hour time) system( ); return; -------------------查看计划任务 checktask.m---------------------- function checktask(taskname) system( ); return; -------------------删除计划任务 deltask.m---------------------- function deltask(taskname) system( ); return; 在Matlab命令行窗口输入以下句子，意思为建立名为“matlab_daily_task”的计划任务，执行“dailytask.bat”里的内容，执行频率为每天，执行时间为07:00。也可以根据喜欢将频率每天'daily'设置为每小时'Hourly'或只执行一次'Once'。 addtotask('matlab_daily_task','dailytask.bat','daily','07:00'); 随时也可以输入函数checktask或deltask查看这个任务的状态或删除它。 checktask('matlab_daily_task'); deltask('matlab_daily_task'); 第二步，设置matlab命令行启动格式建立dailytask.bat批处理文件，内容如下。意思为启动matlab并运行其中的MyTask.m文件。dailytask.bat和MyTask.m要在路径文件夹下。 -------------------批处理 dailytask.bat----------------- matlab -nosplash -nodesktop -r MyTask 创建MyTask.m文件并将自己想要实现的功能或计算输入，之后调用mysendmail函数把结果发给自己。然后最后一行要写上 exit; 用于程序执行完毕后关闭matlab。第三步，创建mysendmail.m文件用于发邮件 ------------------发邮件 mysendmail.m------------------- function mysendmail(emailaddress,topic,content,file) MailAddress = 'XXXX@gmail.com'; password = '123456'; setpref('Internet','E_mail',MailAddress); setpref('Internet','SMTP_Server','smtp.gmail.com'); setpref('Internet','SMTP_Username',MailAddress); setpref('Internet','SMTP_Password',password); props = java.lang.System.getProperties; props.setProperty('mail.smtp.auth','true'); props.setProperty('mail.smtp.socketFactory.class','javax.net.ssl.SSLSocketFactory'); props.setProperty('mail.smtp.socketFactory.port','465'); sendmail(emailaddress,topic,content,file); return; 其中MailAddress为发件人邮箱地址，password为发件人邮箱密码，emailaddress为收件人邮箱地址，topic为主题，content为正文，file为附件。content正文为单行字符串类型，换行要采用的方式，所以不是很方便。另外content不支持html格式的代码，所以功能有些弱。至此，定时运行+进行计算+发送邮件的任务完成。如果是发到139邮箱就可以收到短信提示。休假或周末的时候让电脑算着东西并随时将结果发给自己，工作休息两不误，出现问题也能及时补救。; 个人分类: [原创]|9796 次阅读|0 个评论

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