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PETSc并行计算库: 热度 2 plasmascience 2018-7-24 10:38; PETSc 在好几个托卡马克大规模模拟程序（如XGC, GTC)中用到，变得越来越流行。 PETSc的官方文档里说学习PETSc有很陡的学习曲线，一下子吓走很多人。 PETSc库的一个主要目的是让用户测试各种并行算法变得更容易。只要懂基本的并行概念，做过基本的偏微分数值解，用PETSc一点不难。我花了一周时间，读了PETSc 文档及程序例子，做了一个二维泊松方程的并行数值解，验证了结果的正确性，写了一个文档记录： http://theory.ipp.ac.cn/~yj/research_notes/computational_physics.pdf PETSc基本的东西算学会了，后面打算往正在开发的电磁全粒子程序和GEM里加，改进现有的场求解器。; 12283 次阅读|4 个评论

deal.II链接PETSc过程记录: qlearner 2016-9-29 19:41; 首发： qixinbo.info 简介在学习deal.II的Step17和18时，需要用到PETSc。 PETSc，全称Portable-Extensible-Toolkit-for-Scientific-Computation，是美国能源部ODE2000支持开发的20多个ACTS工具箱之一，由Argonne国家实验室开发的可移植可扩展科学计算工具箱，主要用于在分布式存储环境高效求解偏微分方程组及相关问题。PETSc所有消息传递通信均采用MPI标准实现，见百度百科介绍。默认安装deal.II时没有与PETSc集成，那么就需要重新编译。注：这里链接PETSc的过程也同样适用于Trilinos、SLEPc等第三方软件。提前准备这里链接的是deal.II的8.4.1版本和PETSc的3.5.4版本。还额外需要MPI库，这里用的是Open MPI的1.6.3版本。还需要hypre，用的是2.9.0版本。 openmpi和hypre之前都安装过，分别安装在/usr/local/openmpi和/usr/local/hypre。这两个的具体安装过程不再详述。安装过程编译PETSc 解压下载的安装包，得到petsc-3.5.4文件夹，然后进入，执行以下命令： 1 2 3 4 export PETSC_DIR=`pwd` export PETSC_ARCH=x86_64 # or any other identifying text for your machine ./config/configure.py --with-shared-libararies= 1 --with-x= 0 --with-mpi= 1 --with-mpi-dir=/usr/local/openmpi --with-hypre= 1 --with-hypre-dir=/usr/local/hypre make all test 要点：这里没有指定prefix路径，也就是在当前安装文件夹下编译。环境变量PETSC_DIR是指定PETSc的安装文件位置，环境变量PETSC_ARCH是指定配置名字，比如x86_64或gnu_intel等等，这样可以生成不同名字的目录，方便切换版本。 configure的第一个参数是生成动态链接库，这样在lib下就能生成libpetsc.so。一定要使用MPI，并且指定好它的路径，否则跟deal.II不对应也不行。这里务必注意！一定使用hypre，并且指定好路径。否则step17还是不能编译。编译好PETSc后，将那两个环境变量写入.bashrc中，让其能够始终有效： 1 2 3 export PETSC_DIR=/home/qixinbo/program/petsc- 3.5 .4 export PETSC_ARCH=x86_64 export LD_LIBRARY_PATH=$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib:$LD_LIBRARY_PATH 这样同时将PETSc的lib路径加入了全局的动态链接库路径中。编译deal.II 解压下载的tar包，得到dealii-8.4.1文件夹，进入，然后执行以下命令： 1 2 3 4 5 mkdir build cd build cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/dealii -DDEAL_II_WITH_PETSC=ON -DDEAL_II_WITH_MPI=ON .. sudo make install make test 要点：用-DDEAL_II_WITH_PETSC=ON来指明链接PETSC 一定要指明用MPI，与前面的PETSc相对应 Step17编译运行成功最后附上一张Step17编译运行成功的靓照：参考文献 Interfacing deal.II to PETSc Installation instructions and further information on deal.II PETSc:Documentation: Installation; 个人分类: 编程学习|7518 次阅读|0 个评论

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