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winbugs: 热度 1 jiaojiaojing 2009-3-19 20:02; 最近发现研究了metapopulation以后，涉及到了Gibber抽样和MCMC方法，这不，就涉及到了安装winbugs与R嵌合使用的问题，我研究了一个winbugs最经典的例子，但是winbugs好像很慢的，这个好奇怪啊，点了R后，R一直在运行状态，实在等不及了，就关掉了winbugs，然后报错了，说是什么找不到错误路径，想一个问题，是不是R和winbugs连用的时候，运行时间很久啊。我先把我的程序发上来吧，大家帮着看看。先把这个程序用winbugs写好，保存在R软件运行的路径。以txt形式。 model{ for(jin1:J){ y ~dnorm(theta ,tau.y ) theta ~dnorm(mu.theta,tau.theta) tau.y -pow(sigma.y ,-2) } mu.theta~dnorm(0.0,1.0E-6) tau.theta-pow(sigma.theta,-2) sigma.theta~dunif(0,1000) } install.packages(arm) install.packages(BRugs) install.packages(Matrix) install.packages(lme4) 然后再把一个schools.txt的文件也保存好，最后在R里面调用。程序为： library(arm) schools-read.table(schools.dat,header=T) J-nrow(schools) y-schools$estimate sigma.y-schools$sd data-list(J,y,sigma.y) inits-function() list(theta=rnorm(J,0,100),mu.theta=rnorm(1,0,100), sigma.theta=runif(1,0,100)) parameters-c(theta,mu.theta,sigma.theta) inits1-list(theta=y,mu.theta=0,sigma.theta=1) inits2-list(theta=y,mu.theta=0,sigma.theta=10) inits3-list(theta=y,mu.theta=0,sigma.theta=100) inite-list(inits1,inits2,inits3) schools.sim-bugs(data,inits,parameters,schools.txt,n.chains=3,n.iter=3,debug=TRUE) 然后运行好久，没结果，我就把winbugs窗口关了，出来这个结果：错误于bugs.run(n.burnin,bugs.directory,WINE=WINE,useWINE=useWINE,: Lookatthelogfileand tryagainwith'debug=TRUE'tofigureoutwhatwentwrongwithinBugs. 请问，我是运行过程有问题，还是说我过程没问题，仅仅是要再等等别关就好了啊，比较迷茫ing！; 个人分类: 未分类|12736 次阅读|2 个评论

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