标签: 特定类群

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R语言去掉系统发育树的特定类群tip: Bearjazz 2014-5-2 19:48; R 语言去掉系统发育树的特定类群 tip # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 生物信息学上构建系统发育树通常分析多个类群的关系。而当辛辛苦苦把系统发育树建好之后，我们往往在特定的研究中想知道去掉某些特定的类群（ Tip ）之后，系统发育树会发生什么样的变化。下面是 R 语言 ape 包中的一个简单例子 library(ape) intree = exampleTree2.nwk Otr - read.tree(intree) # 读入系统发育树 plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F) Otr = drop.tip(Otr,sp5) # 去掉 sp5 plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F); 个人分类: 我的研究|6608 次阅读|0 个评论

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