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生物系统与数学模型
benlion 2014-8-6 15:30
现代系统与合成生物学,或生物系统的科学与工程( science and engineering of biosystems ),实际上是在系统科学与实验科学结合层面重新提出与定义的概念,从计算机数学建模、人工智能、微电子技术和基因组设计到代谢工程、基因工程、转基因生物技术等方法综合的细胞设计与合成,包括,系统理论、数学模型和实验生物技术、计算生物学等方法。理论、数学生物学与技术、工程生物学整合的生物系统与人工生物系统研究,为揭示生命现象的本质规律和医学与工业应用提供原理和依据。 源自于 20 世纪 80 年代的实证科学与系统科学探讨,实证方法是实验与理论的结合,系统不是整体而是介于整体与部分之间,系统论的方法不等于整体论的方法而是分析与综合渗透(透视)研究方法,系统研究是建立在精细实验、逻辑分析基础上,在分析、精细化之后和归纳、演绎逻辑的严谨化之后的方法整合。 20 世纪的系统理论,在心理与行为学、生理与生物化学、形态发生与遗传学等层次建立,包括,一般系统论、控制论、信息论、博弈论、耗散结构论、协同论、突变论、混沌理论、分形几何和非线性系统动力学等。 20 世纪 70 年代艾根提出生物信息分子进化的超循环论,热物理学的负熵理论对应自组织化系统的信息论等,构成物理化学与生物医学研究的交叉衔接,从进化论到系统论,然后,系统的综合理论建立结构模型的研究方法,结构是数学意义上的关系( connectivity )集合。 从心理、生物学和进化论等科学哲学与系统哲学思考, 20 世纪 80 年代曾邦哲提出生物系统的结构论( structure theory 或 structurity ) - 泛进化理论, 90 年代在心身( psychosomatic )医学、拓扑学和图论与中西医学比较研究,从系统思维方法和分子医学的生物技术结合,生物信息进化的基因与蛋白质分子相互作用等,发现中医理论的网络系统概念和控制论稳态模型等,即,从分子、细胞到器官、个体生物系统的时间节律与形态转换振荡子( oscillator )模型。 “ 分子相互作用超循环 - 细胞发生周期与通讯调控 - 代谢器官相互作用和生理稳态调控 ” 等层次之间的衔接,构成开放系统模型,包括,代谢与发育、繁殖与进化、应激与行为的自组织化系统。 - (系统生物学简史 Systems Medicine – Systems Genetics Biotechnology ) -
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