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fqng1008 2020-10-16 17:03

一、微生物学的萌芽时期我国早在春秋战国时期，就发现用微生物分解有机物质，用来沤粪积肥，使农作物变得更加茁壮。微生物在医学中也有应用，公元2世纪的《神农本草经》中就有关于白僵蚕治病的记载。公元6世纪的《左传》中也有用麦曲治腹泻病的记载，10世纪的《医宗金鉴》中有关于种痘方法的记载。公元6世纪北魏的贾思勰《齐民要术》中也有关于微生物应用的资料，如谷物制曲、酿酒、制酱、造醋、腌菜等。在古希腊留下来的石刻上也有酿酒的操作记录。虽然古人还不知道是微生物在发挥作用，但是他们通过日积月累的生活实践，已经学会巧妙地利用微生物来改善自己的生活。二、微生物学的初创时期微生物的初创期是17世纪下半叶到19世纪中叶。詹森制成世界上第一台显微镜，罗伯特·胡克把昆虫等较小事物在显微镜下的具体形态发表在《显微制图》中，列文虎克用自制的显微镜观察到微生物，并详细地描述了微生物的形态，打开了微生物研究的大门。在列文虎克死后，微生物的研究一度进入低谷，“自然发生论”开始成为热点话题。1748年，尼达姆（John Needham）用“干草等浸泡在烧瓶中会产生微生物”的实验证明“自然发生论”。后来，许多科学家投入到微生物研究中来，为微生物的发展打下了基础。1765－1776年，斯帕兰让尼（Lazaro Spallanzani）又用密封加热实验反驳“自然发生论”。1826年，施旺（Theodor Schwann）提出乙醇发酵由酵母菌引起，在1837年，他又提出微生物引起发酵和腐败。1838—1839年，施旺和施莱登（Mathias Schleiden）分别提出细胞学说，1853年，巴谢（Agostino Bassi）首次实验证明由白僵菌引起家蚕的“白僵病”，并认为许多疾病是由微生物引起的。1845年，伯克利（M.J.Berkeley）首次证明是霉菌引起爱尔兰土豆枯萎病。1846年，塞麦尔维斯（Lgnaz Semmelweis）发现产褥热是由医生传播的，提出使用防腐剂预防的方法。1849—1854年，斯诺（John Snow）对伦敦流行的霍乱开展流行病学研究。1850年，达望（CasimirJoseph Davaine）在患炭疽病的家畜中发现炭疽细菌，同年，米切利斯（Eihardt Mitscherlich）发现是细菌引起马铃薯褐变。1853年，德巴利（Heinrich Anton De Bary）提出禾谷类锈病是由寄生真菌导致的。三、微生物学的奠基时期巴斯德对微生物生理学的研究为现代微生物学奠定了基础。巴斯德（Louis Pasteur）在1857年提出乳酸发酵的微生物学原理；1860年提出酵母菌在乙醇发酵中的作用；1864年彻底驳斥了自然发生论；1866年发明低温灭菌法；1880年和斯坦伯格（George Sternberg）同时从唾液中分离和培养肺炎球菌；1881年和鲁克斯（Pierre·Paul·Emile Roux）用炭疽菌进行免疫实验并研制炭疽疫苗；1885年研制出狂犬病疫苗，在被疯狗咬伤的9岁小孩身上首次试用并获成功。科赫对新兴的医学微生物学做出了巨大贡献。1876年，分离并鉴定了炭疽热病原菌——炭疽杆菌；1878年鉴别了葡萄球菌；1881年研究了细菌的纯培养方法，并用减毒炭疽杆菌进行动物免疫；1882年发现肺结核的病原菌——肺结核分枝杆菌，并因此获得1905年诺贝尔奖；1883年鉴定了霍乱的致病因子——霍乱弧菌（vibrio cholerae）；1884年，首次发表科赫定理。下面再来看一下其他众多科学家的成就。1858年，魏尔啸（Rudolf Virchow）提出“每一个细胞都来自另一个细胞”。1859年，达尔文（Charles Robert Darwin）发表《物种起源》。1865年，孟德尔（Gregor Johann Mendel）发表孟德尔遗传法则。1867年李斯特（Joseph Lister）正式发表了他的外科消毒术。1880年拉瓦拉（Alphonse Laveran）鉴定了疟原虫在感染者红细胞中的生活史，1907年获诺贝尔奖。1884年梅契尼柯夫（Elie Metchnikoff）发现吞噬作用，1908年获诺贝尔奖。1890年贝林格（Emil Adolf von Behring）和北里柴三郎（Kitasato Shibasaburo）发现抗毒素，用毒素使动物免疫，制备白喉和破伤风抗毒素，1901年获诺贝尔奖。由于科学成果很多，这里不一一列举。四、微生物学的发展时期 20 世纪以来，生物化学和生物物理学向微生物学渗透，加上电子显微镜的发明和同位素示踪原子的应用，推动了微生物学向生物化学的发展。下面只介绍一些获得诺贝尔奖的微生物学家。 1897 年爱尔里希（Paul Ehrilich）阐明抗体形成的侧链理论，1908年获诺贝尔奖。1897年，罗斯（Ronald Ross）证明了疟疾是由蚊子传播给人，1902年获诺贝尔奖。1901年博尔德（Jules Bordet）和根高（O.Gengou）确定百日咳杆菌（Bordetella pertussis）是百日咳的病原菌并发展了补体结合试验，1919年获诺贝尔奖。1902年波蒂尔（Paul Portier）和瑞切（Charles Richet ）首次发现过敏现象和提出过敏症（anaphylaxis）的名称，1913年获诺贝尔奖。1902年兰德斯特尔（Karl Landsteiner）发现人的血型，1930年获诺贝尔奖。1909年，尼古拉（Charles J H Nicolle）证实人虱是流行性斑疹伤寒的传染媒，1928年获诺贝尔奖。1911年，劳斯（Peyton Rous）发现一种引起小鸡结缔组织生癌的病毒，1966年获诺贝尔奖。1932年鲁斯卡（Ernst Ruska）和克诺尔（Max Knolland）设计了最初的透射电子显微镜，1986年获诺贝尔奖。1932年塞尔尼克（P.Zernike）发明相差显微镜和论证相衬法，1953年获诺贝尔奖。1935年多马克（Gerhard Domagk）发现白浪多息（偶氮磺胺）的抗菌作用，1939年获诺贝尔奖。1940 年弗莱明（Alexander Fleming）、弗洛里（H.W.Florey）和钱恩（Ernst Boris Chain）用精制的青霉素成功地进行了动物实验和人体试验，并实现深层发酵，1945年获诺贝尔奖。1943年德尔布鲁克（Max Delbruck）、卢里亚（Salvador Edward Luria）和赫尔希（A.D.Hershey）研究细菌和噬菌体的突变以及核酸再病毒传递和复制时的作用，1969年获诺贝尔奖。1944 年瓦克斯曼（Selman Waksman）和斯卡兹（Albert Schatz）发现链霉素，1952年获诺贝尔奖。1949年恩德斯（John Enders）、威乐（Thomas Weller）和罗宾斯（Frederick Robbins）成功地在非神经细胞中培养出脊髓灰质炎病毒，1954年获诺贝尔奖。五、微生物学的成熟时期 20 世纪50年代，微生物的研究更加深入，电子显微镜的不断改进使人们可以看到更加微小的东西，原子和分子结构都可以清楚地观察到。下面简单介绍一些重大成果。 1951 年麦克林托克（Barbara McClintock）发现能跳动的基因（现称“转座子”），1983年获诺贝尔奖。蒂勒（Max Theiler）因开发黄热病疫苗获1951年诺贝尔奖。1953年沃森（James Watson）、克里克（Francis Crick）和威尔金斯（Maurice Hugh Frederick Wilkins）提出DNA双螺旋结构，1962年获诺贝尔奖。1955年杰尼（Niels K.Jerne）提出了抗体形成的自然选择理论，1984年获诺贝尔奖。1957年博韦特（Daniel Bovet）第一个发现并合成抗组胺。1958年莱德伯格（J. Lederberg）、比德尔（G.W.Beadle）和塔坦（E.L.Tatum）发现细菌遗传物质和基因重组现象及基因的调控。1959年伯内特（Frank Macfarlane Burnet）在1955年杰尼理论的基础上，提出克隆选择理论，1960年获诺贝尔奖。1959年颇特尔（Rodney Robert Porter）和埃德尔曼（Gerald Edelman）确定免疫球蛋白的结构，1972年获诺贝尔奖。1959年雅娄（Rosalyn Yalow）和本桑（Solomon Bernson）建立放射免疫检测技术，1977年获诺贝尔奖。1959年奥乔亚（Severo Ochoa）和科恩伯格（Arthur Kornberg）发现RNA和DNA的生物合成机制。 1961 —1966年雷仑伯格（Marshall Nirenberg）、霍利（Robert W.Holley）、马特哈伊（John Matthaei）和科拿那（Gobind Khorana）等破解64个遗传密码，1968年获诺贝尔奖。1965年雅各布（Francois Jacob）、勒沃夫（André Lwoff）、莫诺（Jacques Monod）发现微生物基因的调控机制。1968—1970年阿尔伯（Werner Arber）、内萨恩斯（Daniel Nathans）和史密斯（Hamilton Smith）发现限制性核酸内切酶及其在分子遗传学方面的应用，1978年获诺贝尔奖。1969年梯明（Howard Temin）、巴尔迪摩（David Baltimore）和德尔贝克（Renato Dulbecco）发现反转录病毒和反转录酶，1975年获诺贝尔奖。 1972 年伯格（P.Berg）猿猴病毒DNA与λ噬菌体DNA体外重组成功，1980年获诺贝尔奖。1975年柯勒（Georges J.F. K hler）和米尔斯坦（César Milstein）在杰尼（Niels K.Jerne）的理论基础上，建立单克隆抗体制备技术，1984年获诺贝尔奖。1976年利根川进（Susumu Tonegawa）发现抗体多样性的遗传学原理，1987年获诺贝尔奖。1976年布鲁姆伯格（B.Blumberg）和盖达塞克（D.C. Gajdusek）发现传染性疾病起源和传播的新机制。1977年桑格（Frederick Sanger）和吉尔伯特（Walter Gilbert）分别建立DNA序列分析技术，1980年获诺贝尔奖。 1980 年贝纳塞拉夫（Baruj Benacerraf）、斯内尔（George D.Snell）和多塞（Jean Dausset）发现细胞表面调节免疫反应的遗传基础。1981年宾宁（G. Binnig）和罗雷尔（H. Rohrer）发明扫描隧道显微镜，1986年获诺贝尔奖。1981年布鲁希纳（Stanley prusiner）发现朊病毒，1997年获诺贝尔奖。1982年史密斯（Michael Smith）以M13噬菌体为载体，在任一段DNA片段上定点突变，1993年获诺贝尔奖。1982年切赫（T.R.Cech）和奥尔特曼（S.Altman）发现催化性RNA，1998年获诺贝尔奖。1983年莫里斯（Kary Mullis）发现聚合酶链式反应（PCR），1993年获诺贝尔奖。1988年戴森霍弗（Johann Deisenhofer）、胡伯尔（Robert Huber）和米歇尔（Hartnut Michel）研究光合作用反应，揭示了膜结合的蛋白质配合物的结构特征。1989年毕晓普（J. Michael Bishop）和瓦慕斯（Harold E. Varmus）发现逆转录病毒原癌基因（oncogene）在细胞中的产生机理。 1993 年罗伯茨（Richard J. Roberts）和夏普（Phillip A. Sharp）发现断裂基因（split genes）。2005年马歇尔（Barry J. Marshall）和沃伦（J. Robin Warren）发现幽门螺杆菌及其致病机理。2008年文特尔（J. Craig Venter）宣布合成生殖支原体（Mycoplasma genitalium）的完整基因组。

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[转载]微生物学发展简史

fqng1008 2020-10-16 16:30

微生物学发展简史 1. 史前时期人类对微生物的认识与利用在 17 世纪下半叶，荷兰学者吕文虎克（Antony van Leeuwenhook）用自制的简易显微镜亲眼观察到细菌个体之前，对于一门学科来说尚没形成。这个时期称为微生物学史前时期。在这个时期，实际上人们在生产与日常生活中积累了不少关于微生物作用的经验规律，并且应用这些规律，创造财富，减少和消灭病害。民间早已广泛应用的酿酒、制醋、发面、腌制酸菜泡菜、盐渍、蜜饯等等。古埃及人也早已掌握制作面包和配制果酒技术。这些都是人类在食品工艺中控制和应用微生物活动规律的典型例子。积肥、沤粪、翻土压青、豆类作物与其它作物的间作轮作，是人类在农业生产实践中控制和应用微生物生命活动规律的生产技术。种痘预防天花是人类控制和应用微生物生命活动规律在预防疾病保护健康方面的宝贵实践。尽管这些还没有上升为微生物学理论，但都是控制和应用微生物生命活动规律的实践活动。 2. 微生物形态学发展阶段 17 世纪 80 年代，吕文虎克用他自己制造的，可放大 160 倍的显微镜观察牙垢、雨水、井水以及各种有机质的浸出液，发现到了许多可以活动的“活的小动物”，并发表了这一“自然界的秘密”。这是首次对微生物形态和个体的观察和记载。随后，其他研究者凭借显微镜对于其它微生物类群进行的观察和记载，充实和扩大了人类对微生物类群形态的视野。但是在其后相当长的时间内，对于微生物作用的规律仍一无所知。这个时期也称为微生物学的创始时期。 3. 微生物生理学发展阶段在 19 世纪 60 年代初，法国的巴斯德（Louis Pasteur）和德国的柯赫（Robert Koch）等一批杰出的科学家建立了一套独特的微生物研究方法，对微生物的生命活动及其对人类实践和自然界的作用作了初步研究，同时还建立起许多微生物学分支学科，尤其是建立了解决当时实际问题的几门重要应用微生物学科，如医用细菌学、植物病理学、酿造学、土壤微生物学等。在这个时期，巴斯德研究了酒变酸的微生物原理、探索了蚕病、牛羊炭疽病、鸡霍乱和人狂犬病等传染病的病因、有机质腐败和酿酒失败的起因，否定了生命起源的“自然发生说”，建立了巴氏消毒法等一系列微生物学实验技术。柯赫在继巴斯德之后，改进了固体培养基的配方，发明了倾皿法进行纯种分离，建立了细菌细胞的染色技术，显微摄影技术和悬滴培养法，寻找并确证了炭疽病、结核病和霍乱病等一系列严重传染疾病的病原体等。这些成就奠定了微生物学成为一门科学的基础。他们是微生物学的奠基人。在这一时期，英国学者布赫纳（E.Buchner）在1897 年研究了磨碎酵母菌的发酵作用，把酵母菌的生命活动和酶化学相联系起来，推动了微生物生理学的发展。同时，其他学者例如俄国学者伊万诺夫斯基（Ivanovski）首先发现了烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV），扩大了微生物的类群范围。 4. 微生物分子生物学发展阶段在上一时期的基础上，本世纪初至 40 年代末微生物学开始进入了酶学和生物化学研究时期，许多酶、辅酶、抗生素以及许多反应的生物化学和生物遗传学都是在这一时期发现和创立的，并在 40 年代末形成了一门研究微生物基本生命活动规律的综合学科——普通微生物学。 50 年代初，随着电镜技术和其他高技术的出现，对微生物的研究进入到分子生物学的水平。1953年华特生（J.D.Watson ）和克里克（F. H. Crick）发现了细菌基因体脱氧核糖核酸长链的双螺旋构造。1961年加古勃（F.Jacab）和莫诺德（J. Monod）提出了操纵子学说，指出了基因表达的调节机制和其局部变化与基因突变之间的关系，即阐明了遗传信息的传递与表达的关系。 1977年，C. Weose 等在分析原核生物16S rRNA 和真核生物18S rRNA序列的基础上，提出了可将自然界的生命分为细菌、古菌和真核生物三域（domain），揭示了各生物之间的系统发育关系，使微生物学进入到成熟时期。在这个成熟时期，从基础研究来讲，从三大方面深入到分子水平来研究微生物的生命活动规律：① 研究微生物大分子的结构和功能，即研究核酸、蛋白质、生物合成、信息传递、膜结构与功能等。② 在基因和分子水平上研究不同生理类型微生物的各种代谢途径和调控、能量产生和转换，以及严格厌氧和其他极端条件下的代谢活动等。③ 分子水平上研究微生物的形态构建和分化，病毒的装配以及微生物的进化、分类和鉴定等，在基因和分子水平上揭示微生物的系统发育关系。尤其是近年来，应用现代分子生物技术手段，将具有某种特殊功能的基因作出了组成序列图谱，以大肠杆菌等细菌细胞为工具和对象进行了各种各样的基因转移、克隆等等开拓性研究。在应用方面，开发菌种资源、发酵原料和代谢产物，利用代谢调控机制和固定化细胞、固定化酶发展发酵生产和提高发酵经济的效益，应用遗传工程组建具有特殊功能的“工程菌”，把研究微生物的各种方法和手段应用于动、植物和人类研究的某些领域。这些研究使微生物学研究进入到一个崭新的时期。我国微生物学的发展与贡献我国是认识和利用微生物历史最为悠久、在应用成果获得最为优秀的国家之一。酒、酱油、醋等微生物饮料和调味品的制作，豆科植物与非豆科植物的轮作间作，种痘预防天花等方面都有卓越的实践与记载。现在我国的微生物学事业得到了长足发展。现代化的发酵工业、抗生素工业、生物农药和菌肥的研究和应用以及微生物学基础研究逐步形成一定规模。应用现代微生物学分子生物学手段在基因水平、分子水平和后基因组水平尚的研究业已广泛展开。在世界上有影响的研究成果正不断出现，在某些领域进入了国际先进水平。我国微生物学的发展进入了一个新的时期。然而差距仍十分明显。

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[转载]微生物学发展史上重要科学家及其成就

fqng1008 2020-10-16 16:21

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奠基细菌学的双雄——科赫与巴斯德

gaoguanzhong 2020-3-24 17:37

0125 科赫在实验室 0126 科赫肖像 0127 路易·巴斯德 0128 巴斯德研究所作者高关中（德国汉堡） 2020/3/21 在抗击新冠肺炎的关键时刻，3月21日晚德法联营的电视台ARTE放映了一部纪录片《科赫和巴斯德》（Koch und Pasteur）。说是纪录片（Dokumentarfilm），很多场景还是由演员来演，这样更直观，更生动，效果很不错，给人的印象很深刻。这部纪录片介绍两位在细菌病毒研究领域的大科学家，一位是法国人巴斯德，另一位是德国人科赫，他们相互竞争，力争上游，都为微生物学、为抗击传染病做出了巨大的贡献，被誉为“微生物学的奠基人”。所以纪录片有个副题叫“ 微生物研究的决斗 ”（ Duell im Reich der Mikroben ）。如今法国有巴斯德研究所（ Institut Pasteur ），德国有罗伯特·科赫研究所（ Robert Koch-Institute, 简称RKI），都是所在国研究细菌病毒等微生物防治传染病的最高机构，德国科赫研究所的所长就是德国联邦政府的首席防疫顾问，在抗击新冠肺炎方面发挥着至关重要的参谋作用。本文通过电影内容，结合他们的传记，对两位大科学家的人生和功绩做一些介绍。巴斯德由化学转攻微生物学影片先介绍路易·巴斯德（ Louis Pasteur ），他1822年12月27日生于法国汝拉省的小镇多勒（ Dole ），是拿破仑军队一名职业士兵（后为皮鞋匠）的儿子。四岁那年，全家迁往不远的阿尔布瓦（Arbois）。说来奇怪，巴斯德在学校里并不是优秀生，但是，他确实具有在科学上取得成功所必需的两点品质——好奇心和耐性。他在十几岁时写道：“词典中最重要的词是决心、工作和成功”。他考进了巴黎师范学院，25岁获博士学位。1848年起相继担任第戎中学、斯特拉斯堡和里尔大学等高校的化学教授，45岁转任法国最高学府巴黎大学（索邦）教授。巴斯德是一位著名的化学家和微生物学家。他有一句名言：“在观察领域里，机遇总是偏爱那些有准备的人”。他的科学发现正是如此。1854年他在里尔大学任教授，把兴趣放在研究发酵方面。他听到一位酒厂老板说，葡萄酒和啤酒存放时间长了，酒质就会变酸，造成数百万法郎的损失。巴斯德就用显微镜进行观察，找原因。他把未变质的葡萄酒的沉淀物和变酸葡萄酒的沉淀物进行了比较，从而发现了存在一种使葡萄酒变酸的特殊酵母。他做了新的实验，取了几瓶葡萄酒，将其中一些加热，另一些不加热，三个月后打开酒瓶一看，加过热的酒质量很好，而没有加过热的酒却发酸了。这一实验，解决了酒变酸的问题。现在牛奶低温杀菌，正是采用了用缓慢加热（60-65摄氏度）杀死微生物的“巴氏消毒法”。通过研究酒变酸的实验，巴斯德得出结论：发酵和腐烂都是微生物的作用。 1860 年代，法国南部闹蚕病，每年造成生丝产业一亿法郎的损失。巴斯德迎战这个棘手的问题，他在显微镜中观察到桑叶上有一种寄生虫。他忠告养蚕人要抛弃有病的桑叶，去除病卵，使用健康的蚕和桑叶，蚕病就不会发生了。果然，这个办法挽救了法国的养蚕业。巴斯德的研究成果对医学界也产生了影响。这些重要的发现，为近代消毒、防腐提供了科学根据。英国外科医生、手术消毒创始人利斯特就是根据巴氏消毒法用石炭酸对伤口进行消毒，首创“无菌手术”。手术后死亡率下降了2/3。巴斯德的成就为他带来了世界性的学术声誉，1862年被选为法兰西科学院院士，后来还当选为英国皇家学会会员。1871爆发了普法战争（又叫德法战争），法国一败涂地，皇帝拿破仑三世投降，被德国人俘虏。最后法国割让了阿尔萨斯等大片土地。巴斯德的儿子也在战争中丧生。国事家事使巴斯德忧心忡忡，再加上疾病缠身，遂萌生退意，50多岁的他申请提前退休。正在这时传来了一个消息，使巴斯德顿时退意全消，精神抖擞，进入新的研究领域。科赫：乡村医生首战炭疽告捷新的消息来自德国的一位乡村医生，叫罗伯特·科赫（ Robert Koch ），比巴斯德年轻21岁。科赫1843年12月11日生于汉诺威附近的克劳斯塔尔。父亲当过矿工，热爱大自然。科赫幼年喜欢收集植物、矿物标本。就读哥廷根大学后，先学了一年半自然科学，然后转而学医，23岁获博士学位。就在那年，他在汉堡当见习医生，亲眼看到了传染病霍乱造成的危害。在普法战争时期，他曾到野战医院作军医。1872年29岁的科赫来到普鲁士沃尔施泰因（ Wollstein ，今波兰波兹南以西75公里的沃尔什滕）乡村医院工作。科赫始终对科学研究充满强烈兴趣，即使到乡间工作也不改初衷。他在诊室专门隔出一间小实验室，还倾其所有，买了一台显微镜。一边行医，一边研究细菌学。科赫在研究工作中表现出非凡的天才，他像巴斯德一样，对调查研究工作的兴趣也是在遇到困难时激发出来的。当时炭疽热（ Milzbrand 或 Anthrax ）在他工作的普鲁士部分地区蔓延，牛羊大批死亡，而且反复发生。炭疽热是一种出现在牛羊身上的传染病，可通过感染动物的皮或肉传染给人类，因此炭疽对人类也有很大的危害。科赫于是深入研究，并成功地在病羊血液中发现了该病菌。他对该病原微生物进行培养。观察其生命周期，而且弄清楚了关于炭疽热发作及持续的有关问题。1876年，科赫分离出炭疽热的杆菌，证明它是炭疽热的元凶。他发现炭疽杆菌能形成休眠的孢子，干燥孢子在外界可保持多年活力，在适当条件下再发育成杆状菌而致病。因此他建议农民要及时处理因炭疽致死的病畜，以免炭疽反复发生。这年科赫应邀在布雷斯劳大学宣布并图示了炭疽菌的生活周期，首次证明了某种微生物与相应疾病的确切因果关系。一石激起千层浪。科赫的成功刺激了巴斯德，他是微生物学的权威，决不甘心让一个乡村医生超过，况且那人是与法国敌对的德国人。于是1877年巴斯德开始观察研究炭疽热和鸡霍乱。1879年偶然发现，在一定条件下生长的鸡霍乱菌不复致病，但可诱发免疫力。不久他制备出减毒炭疽疫苗，即先把病原菌加热到42度，降低其发作的毒性，然后给羊接种，之后再给羊注射有毒的病原菌时，炭疽热便不会发作。他用牛羊实验证明效力甚好。1881年春天，巴斯德邀请记者和公众，当众演示了这个实验。该实验用了48只羊，其中24只已被注射低毒菌株而获得免疫，而另外24只羊没有免疫。然后给所有羊注射毒性炭疽热菌。48小时后，没有免疫的羊群中有22只死亡，而所有免疫羊都存活完好。这是巨大的成功。在1881年伦敦举行的国际会议上，巴斯德介绍了自己研制炭疽病疫苗的成果，但丝毫未提及科赫的研究。与会的科赫极为生气，没有与巴斯德深入交流就打道回国。科赫主攻结核菌，巴斯德巧治狂犬病巴斯德和科赫都憋了一口气，要做出更大的成绩来证明自己，为自己的国家争光。 1880 年37岁的科赫进入柏林的帝国卫生署工作。有了国家的支持，他建立了一个设备良好的细菌研究室，并有几位能干的助手帮助，研究工作更上层楼。这次，他把研究重心放在结核病（ Tuberkulose ）上。当时每7人就有一人死于此病。而中古世纪的欧洲，结核病更是造成了三分之一以上人口死亡的可怕传染病。19世纪的欧洲，人们普遍认为结核病是遗传性疾病，但科赫坚信结核病是由某种病原体引发的传染性疾病。为此首先要设法分离培养出纯的结核菌。然而结核菌与其他细菌不同：它拥有光滑的外壳，很难被染色，同时又不易培养。科赫不但发明了染色的新方法，使人们可以在显微镜下更清楚地看到细菌的模样；而且引入了用固体培养基培养细菌的新方法，从而使细菌学的发展向前推进了一大步。早先科赫用肉汤培养细菌，在这样的液体中长出的细菌很杂，要想分离成单一的菌种非常困难。这确实是一个大难题，科赫苦思冥想，总是没有结果。有次忽然听到妻子在厨房里尖叫：“真奇怪，土豆上怎么长出这么多红点和白点来了！”科赫跑进厨房一看，大喜过望。在显微镜下，科赫发现红色的圆点内全是球形细菌，白色的圆点内全是杆状细菌。这确实是一种分离单一纯种细菌的好方法。但是土豆上的营养太少，很多细菌不能在它上面生长。这下难住了科赫，吃不下饭，睡不着觉。“也许做一点可口的饭菜会引起他的食欲。”妻子于是做了一盘洋菜胶，摆到桌上。科赫呆呆地望着，忽然来了灵感。就用带肉汤的洋菜胶（ Agar ，也叫琼脂，是从海藻植物中提取的胶质），作为固体培养基，科赫第一次培养出单一纯种的细菌菌落。直到今天，世界上还有许多细菌试验室仍在应用这种“固体培养基”。1882年，科赫成功分离培养出结核菌，还把他的观察结果写出一篇名为“科赫假想”的论文，发表在《柏林生理协会》上。他认为结核病由结核杆菌引起，肺结核患者的痰可传播结核菌。后来他培养出结核菌素，可用来诊断结核病。这些成果是对结核病防治的重大贡献。 1883 年，埃及爆发大范围霍乱（ Cholera ）传染。法德等国都派人到疫区调查疫情。巴斯德年迈体弱，派他最能干的助手，代表法国去埃及调查，这位助手不幸受到霍乱感染牺牲。较巴斯德年轻20多岁的科赫则亲自率领医药专家，作为德国霍乱调查委员会的成员来到埃及调查。他们了解到霍乱来源于印度，于是科赫又亲赴印度研究霍乱病理。当时，印度霍乱猖獗，科赫不惧危险，深入到灾区，发现了致病的微生物，即霍乱弧菌。他还研究了霍乱通过水、食物和衣服用品的传播感染途径及预防方法。现在霍乱的预防方法就是他首先提出来的。从此，科赫又成了热带传染病研究权威。1885年他受聘为柏林大学卫生学、细菌学教授。其间，尽管身体衰弱，巴斯德仍然继续他的研究工作。他的最后一项重大科研成果就是发现了一种能够治疗狂犬病（ Tollwut ）的方法。1881年他着手研究狂犬病。对患病的狂犬做观察后他发现，狂犬病毒不仅存在于唾液中，在患病动物的神经系统中也有活动。他还发现可以通过脊髓干燥法降低其毒性。他用染病犬的神经组织悬浮液给健康动物注射，使这些动物获得了狂犬病免疫力。但这种方法还有待于人体实验，以检验其效果。正在这时，即1885年的夏天，一位妇人带着她九岁的儿子来找巴斯德就诊，她的儿子两天前被狂犬咬伤。如果不治，在3-6星期内必死无疑。孩子妈恳求他注射尚未进行临床试验的疫苗，这是最后的希望。经反复考虑后，7月16日，也就是孩子前来就医的第11天，巴斯德开始给孩子注射疫苗。那个孩子终于健康地活了下来。巴斯德的这个成就轰动了全世界。连美国的狂犬病患者都闻讯越洋赶来巴黎求救。微生物学两位奠基人各有千秋巴斯德攻克了治疗狂犬病的难题，在世界上引起很大的反响，人们增强了科学能战胜各种疾病的信念，纷纷捐款支持他的科研事业，1887年在巴黎成立了巴斯德研究所，专门供他继续开展防治疾病研究工作，以寻找并培养更多种类的病原菌剂，生产更多的新抗病疫苗。巴斯德在该研究所不知疲倦地工作，培养了一批知名的学生。该所在19世纪至今的微生物学发展中起到了重大的作用，如今在全世界有32家分支机构。共有8位科学家于巴斯德研究所获得诺贝尔生理医学奖。 1895 年9月28日，73岁的巴斯德在巴黎郊区离开了人世，法国为他举行了国葬。他先后在化学、微生物学和免疫学中做出卓越贡献，他对科学和人类的贡献得到了世界范围的广泛承认和尊重。科赫对这位科研对手也是惺惺相惜，发来了唁电表示沉痛的悼念。巴斯德深信，一切传染病都是由于细菌引起的，这无疑是历史上最伟大的发现。只有这样，人类才能对疾病进行有组织的讨伐，人类寿命才能不断地延长。他为战胜各种传染病指出了研究方向，从而奠定了工业微生物学和医药微生物学的基础。看到法国成立了巴斯德研究所，德国也不甘落后，1891年成立了柏林传染病研究所，由科赫担任所长。以后，科赫指导他的学生们进行了各种实验，研究了疟疾、麻风、牛瘟、鼠疫以及其他热带疾病。19世纪末，欧洲牛瘟闹得厉害，科赫和助手们深入南非研究牛瘟病原和病理，终于扑灭牛瘟病，被世人誉为“绝症克星”。这个研究所，就是今天的科赫研究所。以他命名的罗伯特·科赫奖是德国医学最高奖。科赫和巴斯德一样，是细菌学、现代微生物学的奠基人。他是第一个从结核病的传染和隔绝来研究结核病的治疗方法的专家，因研究结核病，发现结核杆菌与结核菌素于1905年获得诺贝尔生理学及医学奖。他奠定了许多细菌学研究的原则，设计了多种技术：悬滴标本检查法、显微镜新光源，显微镜新光源和油渍法、显微镜摄影术、组织切片染色法，琼脂培养基等。他为讨伐病菌而奋斗到生命的最后一刻。1910年5月27日科赫在巴登巴登去世。微生物学这两个主要奠基人，各有所长。发明纯培养法的科赫生物学造诣深，在微生物的形态研究及其分类方面贡献很大。他还提出三条准则，即“科赫准则”，作为判断某种微生物是否为某种传染病的准则。这三条准则是：微生物应在所有同类病例中出现；所有症状应能用体内微生物的分布和数量解释；每例创口感染应有形态特征明显的微生物存在。巴斯德毕生献身科学，为人固执自信，好与人争发明先后，但他却是个优秀的实验工作者，在具体工作中头脑清晰，坚毅顽强。巴斯德原学化学，他更重视由功能角度研究研究微生物，在免疫学上迈出了主要的一步。两人长处的互补，使此后的微生物学得以沿着平衡的道路发展下去。

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美国University of Oklahoma微生物学及相关方向招收博士生

lizhang12 2019-7-20 11:40

University of Oklahoma Prospective Ph.D. Students in Microbiology Position Description Dr. Chongle Pan invites applications for the Microbiology Ph.D. program at the University of Oklahoma at Norman (OU) ( http://www.ou.edu/cas/mpbio/graduate ). The University of Oklahoma at Norman is a Carnegie-R1 comprehensive public research university. The Department of Microbiology and Plant Biology at OU ( http://www.ou.edu/cas/mpbio ) is committed to excellence in research and graduate education in the areas of microbiology, microbial ecology, and plant biology. Dr. Pan is an Associate Professor with joint appointments in the School of Computer Science ( http://www.ou.edu/coe/cs/people/pan ) and the Department of Microbiology and Plant Biology ( http://www.ou.edu/cas/mpbio/people/faculty/pan ). The prospective students will be mentored by Dr. Pan to conduct cutting-edge research in metaproteomics, metagenomics, mass spectrometry, and microbial ecology. Students may take courses from the School of Computer Science to enhance their research capabilities in bioinformatics and data science. Financial aid will be provided through Research Assistantship or Teaching Assistantship. International students should submit their application by September 1 st for the Spring admission and by March 1 st for the Fall admission. Preliminary inquiries may be directed to cpan@ou.edu with a CV and transcripts. Admission Requirements • A B.S. degree in biological sciences or a related field is required. A Master degree is preferred. • Satisfactory TOFLE or IELTS scores. GRE is not required • Good undergraduate GPA relevant research experience

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[转载]甄橙：微生物学的辉煌年代——19世纪的细菌学

fqng1008 2019-3-20 16:48

（转载自《生物学通报》 2007.9）文艺复兴为世界的现代文明迎来了开端，经过18世纪的产业革命，19世纪中叶以后英国、法国、德意志、美国、日本等主要资本主义国家都发展迅速。伴随着经济进步，科技也在腾飞。在医学领域中，19世纪取得的成果很多，其中一个突出的特点就是细菌学的巨大成功。 1 时代造就细菌学家 19世纪后半期是医学史上细菌学收获的年代，其中法国的微生物学家巴斯德和德国的微生物学家科赫最为著名，他们是众多微生物学家中的代表。巴斯德 1.1 巴斯德巴斯德（L.Pasteur，1822-1895）生在法国的一个小乡村，1847年毕业于巴黎师范大学，毕业后到斯特拉斯堡任化学教授，以后曾担任里尔科学院院长、索尔本大学的化学教授等职。1857年回到巴黎师范大学从事微生物学研究，领导并成立了著名的巴斯德研究所。巴斯德在科学上的贡献很多。他最初研究化学，致力于酒石酸盐结晶和葡萄酸盐结晶的光线问题，推动了有机化合物旋光性的研究，为立体化学的建立提供了理论基础，他也因此成为一名著名的化学家，但他最杰出的成就还是在微生物学方面。法国的葡萄酒和啤酒世界闻名，但在销往国外的过程中，常常出现酒变质的问题，严重影响了法国的出口创汇，巴斯德受命解决这个问题。关于酒发酵变质的现象，德国化学家李比希（J.Liebig，1503-1872）认为这是一个化学过程。巴斯德用了or余年的时间证实酒发醉不是纯化学问题，而是微生物作用的结果。最初巴斯德采取加热的办法防止酒发酵，但是酒在100℃时已挥发，于是改为把酒加热到50-60℃左右，时间延长20~30min。这样既杀死了致发酵的微生物，又不使酒挥发，这种方法被后人称作“巴氏消毒法”。19世纪60年代巴斯德向法国科学院提交了数篇关于发酵的论文，1879年又完成了著作《发酵生理学》，阐明了发酵过程、厌氧现象和厌氧微生物性质等问题，为近代消毒防腐提供了科学依据，同时也为工业微生物学和医学微生物学奠定了基础。除了酿酒业以外，蚕丝业也是法国的支柱产业。由于蚕病的发生造成蚕成批死亡。巴斯德认为蚕病也是微生物所致，他认为隔离病蚕与健康蚕可控制此病。据说，仅这2项工作巴斯德就为法国节约了50万法郎，这个数目刚好是普法战争中，法国向德国的赔款。因此巴斯德在法国人民的心目中占有极高的地位。巴斯德是一位坚贞的爱国者。普法战争中，他对德国的人侵行为极为愤慨，毅然把德国波恩大学给他的名誉学位证书退了回去。他的名言“科学是无祖国的，但科学家是有祖国的”更是家喻户晓，激励了千百万人的爱国热情。生物学上关于自然发生学的研究曾有很多不同的观点，巴斯德用实验证实生物不是凭空而来的，推翻了当时盛行的自然发生说。1879年巴斯德首先发现并命名了葡萄球菌和链球菌，以后又发现了疥癣、旋毛虫病的病原。他还首先发现了厌氧菌的特性，提示动物发热与致病菌有关。他的诸多发现和他成功研制的微生物疫苗，使他当之无愧地成为19世纪优秀的微生物学家。科赫 1.2 科赫科赫（R.Koch，1843-1910）出生在德国，父亲是1名矿山职员。1862年中学毕业后人哥廷根大学就读，学习过植物学、物理学和数学，后来转而学习医学。大学毕业后开业行医，普法战争中曾任军医。1850年受聘到柏林卫生研究所，1885年任柏林大学卫生学和细菌学教授，1891年担任柏林大学传染病研究所所长，1897年被选为英国皇家学会会员，1902年当选为法国科学院外籍院士。普法战争结束后妻子送给他一架显微镜，从此科赫就在显微镜下进行单调的观察。1876年他开始研究炭疽杆菌，以及炭疽杆菌与牛羊和人类的关系，揭示出在动物体外经过多代培养的炭疽杆菌仍然可引起动物的炭疽病。这一观点遭到许多学者的反对，但因得到巴斯德的支持，最后为人们所接受。1877-1878年科赫主要研究细菌学技术，改进了细菌在玻璃片上的干燥方法，发明了细菌鞭毛和组织切片的染色方法，建立了悬滴标本检查法，创立了显微摄影技术等。1881年完成了用动物胶平皿培养细菌的方法，这个方法使细菌纯培养成为可能。1882年是科赫受世界瞩目的一年，因为他利用抗酸染色法发现了隐藏在显微镜下的结核杆菌，使人类从白色瘟疫的长期困扰中挣脱出来，为日后治疗结核病提供了明确的目标。1883年科赫被推选为德国霍乱委员会委员，访问埃及和印度，调查霍乱流行情况，并发现了人的霍乱弧菌，同时发现了人的结膜炎杆菌。1884年科赫公布了判定某种微生物是否为致病微生物的标准，即“科赫原则”。这一标准虽然并非完美，却为判定疾病的病原体提供了依据。科赫因细菌学研究而扬名一时，1890年在柏林举行的国际医学科学大会上他宣布发现了可以治疗结核病的药物结核菌素。全世界为之振奋，但是几年以后，人们发现结核菌素仅能作为诊断结核病用，不具备治疗作用，科赫的名气因此一落千丈。但是直到去世，科赫始终不渝地坚持细菌学研究。由于他的成就，科赫获得了1905年诺贝尔生理学和医学奖。 2 细菌学的丰硕成果自巴斯德、科赫以后，各种致病细菌陆续被发现。首先是欧洲学者获得了许多新发现。 1825年法国的布雷托尼奥（P.F.Bertonneau，1778-1862）区别出猩红热和白喉是2种性质不同的疾病；1838年艾伦贝格（G.Ehernberg，1795-1876）将单细胞生物、隐性旋毛虫和弧菌的分类写入生物著作中；1872年科恩（F.Cohn，1828-1898）发现枯草杆菌；1873年奥波美尔（Obermaier）发现回归热螺旋体；1875年汉森（A，Ha-nsen，1841-1912）发现麻风杆菌；1879年奈瑟（A.L.S.Neisser）发现淋球菌。1880年卡尔（.EKalr）在伤寒病人尸体的脾脏和肠管内发现伤寒杆菌；1881年克雷布斯（.EKlebs，1534-1913）发现伤寒杆菌，1883年又观察到白喉杆菌；1882年奥格斯顿（A.ogston）发现金黄色葡萄球菌；1884年科赫的学生勒夫勒（F.助mer，1852-1915）将白喉杆菌进行体外培养获得成功，并区别出白喉与假白喉；1884年尼科莱尔（A.Nicoilaer）发现破伤风杆菌；1886年弗伦克尔（A. Fraenkel）发现肺炎双球菌；1892年菲费尔（R. Pfeiffer）发现流感杆菌；1897年奥加塔（M.Ogata）提出鼠疫借助跳蚤传播；1900年肖特穆勒（Shcolttmuller）区别出伤寒与副伤寒是不同的微生物所致……在欧洲科学家为细菌学做出贡献的时候，亚洲科学家也取得了可喜的成就，不过他们的成果大多是在欧洲取得的。1889年日本学者北里柴三郎（S.Kitasato，1856-1931）在体外培养了破伤风杆菌，制造出破伤风动物模型；1894年鼠疫在香港大流行，北里柴三郎发现了鼠疫杆菌，并完成了鼠疫杆菌纯培养和动物感染的试验；1898年日本人志贺（Shiga）发现痢疾杆菌，使人们终于弄清痢疾的原因。北里柴三郎 3 细菌学对医学的影响 3.1 促成免疫学建立人们在生病以后，大多会首选药物来治疗，而许多疾病如果预先采用免疫接种的办法则可防患于未然，这就是免疫学的功能。所谓免疫学是指研究生物机体的免疫性、免疫应答、免疫应答规律、免疫学方法和技术的生物科学。一般认为免疫学的发展经历了4个时期：即经验免疫学时期、经典免疫学时期、近代免疫学时期和现代免疫学时期。其中18世纪至20世纪中叶为经典免疫学时期，这一时期免疫学的发展与微生物学发生了密切关系。随着细菌学的发展，科学家在创立细菌分离培养技术的基础上，通过系统地研究，利用物理、化学，以及生物学方法获得了减毒菌苗。如巴斯德利用毒力减弱的细菌预防鸡霍乱的传染；把毒力减弱的炭疽杆菌注射给羊，预防羊炭疽病；用狂犬病毒在兔体内经连续传代的方法制备狂犬病疫苗。这些是主动免疫的开始。1890年贝林（E.von.Behirng，1854-1917）和北里柴三郎完成白喉抗毒素的研究，贝林因此获得首届诺贝尔生理学和医学奖。这是被动免疫的开始。减毒疫苗和抗毒血清的发明不但为实验免疫学打下了基础，也为疫苗的开发开辟了道路，推动了19世纪以后治疗学的新发展。 3.2 促进消毒法诞生无菌操作是现代手术成功的一项重要的保障措施。19世纪以前的各个历史时期，虽然都有大大小小的手术，但手术是在野蛮状态下实施的，而且手术后感染是造成病人死亡的常见原因。直到巴斯德、科赫等科学家发现显微镜下肉眼看不到的微生物，才揭开术后感染的谜底。李斯特（J.Lister，1827-1912）是19世纪英国著名的外科医生。据李斯特记载，在截肢术的病人中约有1/2患者死于术后感染。当李斯特获悉巴斯德发现发酵的原因后，他得到启发，猜想术后感染也是微生物造成的。于是李斯特借鉴巴斯德发明的消毒方法，寻找适合的消毒物质。他试用过氯化锌，最后发现石碳酸最理想。1865年8月12日，李斯特第1次把石碳酸应用在复杂的骨折手术中，获得成功。2年以后，李斯特把他的成功经验总结成论文，发表在著名的《柳叶刀》杂志上。自从麻醉法、特别是石碳酸消毒法发明以后，许多复杂的手术都得以实施。李斯特不仅用石碳酸清洗伤口，而且还用石碳酸消毒手术台、手术室，这些措施大大减少了因手术感染的死亡率。然而至此伤口感染的问题并没有得到彻底解决，1886年德国人贝格曼（E.von.Bergmann，1536-1907）发明高压蒸气灭菌法才迎来医学史上真正的无菌时代。无论是石碳酸消毒法，还是高压蒸气灭菌法，其最终的目的都是使自然界中的细菌失去毒力。设想如果没有微生物学家的贡献，人们依然会生活在术后感染的混沌时代。 3.3 推动微生物学发展文艺复兴以后医院这种医疗形式在西方逐渐普遍，医院成为挽救生命的地方，但有时也会出现不被理解的现象，比如为什么在医院中分娩的妇女的死亡率会比家庭中分娩的妇女的死亡率还要高?19世纪细菌学的研究成果使人们认识到这是细菌造成的。为了寻找更多的疾病原因，许多科学家投身到细菌学领域中，并由此推动了20世纪微生物学的进一步发展。 1905年肖丁（F.R.Sehaudinn，1871-1906）和霍夫曼（E.Hoffinann，1868-?）在梅毒性下疮的分泌物中发现了梅毒螺旋体。1911年日本人野口英世（1576-1928）完成了梅毒螺旋体的人工培养，以后他又在麻痹狂患者尸体的脑脊妞组织液中发现螺旋体，从而揭示出麻痹狂的致病因素也是螺旋体。最早发现病毒的人是俄国的伊凡诺夫，1892年他在研究烟叶黑斑病的过程中发现了滤过毒。1898年勒夫勒和弗拉奇（P.Frosch，1860-1928）发现口蹄疫病毒。由于病毒必须寄生在其他生物体上，体外培养非常困难，直到1931年才有人将口蹄疫病毒在鸡卵内培养成功。 “立克次体”最先是由巴西学者罗沙-利马（Rocha-LimaDa）命名的，为了纪念为研究斑疹伤寒而献身的美国科学家立克次（H.T.Rieketts1871-1910）和捷克科学家普劳沃泽克（Prowazek von），1916罗沙-利马提出用“普氏立克次体”（Rickettsia porwazekii）命名流行性斑疹伤寒的病原体。1921年沃尔巴奇（Wolbach）等人研究证实欧洲流行性斑疹伤寒的病原体也是普氏立克次体。同时鼠型斑疹伤寒也开始引起人们的注意，1931年蒙蒂洛（Monteior）建议用Riekesttia Mooseir来命名，以明确鼠型斑疹伤寒的病原体与欧洲流行性斑疹伤寒的病原体是不同的。 20世纪医学微生物学的成就超过了19世纪。借助电子显微镜的帮助，比细菌更小的病毒也已经被发现，而且凭借越来越丰富的研究方法，如生物化学方法和免疫学方法，可以更深人地研究病原微生物的性质和致病的机理，征服疾病的道路看似明朗。 3.4 指明药物学方向微生物学的发展使人们相信病原微生物制造了疾病，于是人们积极寻找杀灭这些微生物的办法，化学药物和抗生素就是在这样的背景下被研制出来的。人们期待能有一种药物，可以杀死细菌而不会对人身体造成伤害。德国化学家埃利希（P.Ehirhc，1854-1915）经过多次试验，于1910年研制出Salvasran散，即606。最初以为满足了人们的心愿，但后来发现606并不能杀死细菌，却对梅毒螺旋体有杀伤力。后来又将606改进成914，成为治疗梅毒的有效药物。沿着化学药物的研究方向，1935年德国化学家多马克（.GDO-magk，1895-1964）发现一种红色染料，即对氨基苯磺酸的衍生物，俗称百浪多息（Protosil），能够杀死链球菌、肺炎双球菌、脑膜炎双球菌、淋球菌等多种球菌。磺胺类药物的出现开辟了人工合成药物的新途径。抗生是指2种微生物之间存在对抗的关系，早在巴斯德时代已有抗生概念的萌芽，那时已知道空气中的某些细菌能够抑制炭疽杆菌的生长，但是没有引起人们的注意。1922年英国细菌学家弗莱明（A.Fleming，1881-1955）发现溶菌现象。1928年弗莱明培养的葡萄球菌被青霉菌污染，青霉菌周围葡萄球菌的菌丝变得透明，甚至溶解。他断定起杀菌作用的物质是青霉菌在生长过程中产生的代谢物，他称之为青霉素。以后弗莱明研究证实青霉素具有杀死链菌等细菌的功能，对人和动物的毒性很小，而且不会影响人体内的白细胞。弗莱明 1943年青霉素第1次成功地用于治疗病人，临床证实青霉素对猩红热、梅毒、白喉、脑膜炎、淋病等传染病都有明显的治疗效果。青霉素诞生以后，链霉素、金霉素、四环素、土霉素等抗生素陆续被发现并用于临床，针对细菌的有效药物不断被发现。 4 小结与后记在巴斯德、科赫这样伟大的细菌学家的带领下，细菌学开始建立、发展、并迅速渗透到医学的各个领域。人们从微观世界里认识了炭疽杆菌、霍乱弧菌、结核杆菌、肺炎球菌等病原微生物，找到了许多疾病的原因。细菌学成为19世纪医学领域中最重要的学科。 19世纪细菌学的丰硕成果较好地解释了一些疾病的原因来自体外微生物，打破了鬼神致病的谬论，使人类对疾病的认识大大地前进了一步。从此，人类征服瘟疫的梦想成为现实。从细菌开始，病毒、衣原体、螺旋体、立克次体等一些更小的微生物的面纱被逐渐揭开，由此开始了微生物学的全盛发展时期。与之相关的病毒学、现代免疫学、抗生素药理与治疗学等新兴学科，也得以迅猛发展。科学家们发明了许多对付这些病原微生物的方法和手段，例如物理高温灭菌、紫外线照射消毒、各种疫苗、抗生素药物等。虽然这些方法的效果并非十分完美，但人类从此摆脱了瘟疫的大规模周期性爆发流行。诸如鼠疫、霍乱、白喉、痢疾、肺结核、败血症、伤口化脓感染等已然不再是严重威胁人类生命的疾病。对于那些现在或将来仍然会出现的新发感染性疾病，如SARS和艾滋病，人类即使暂时不能找到制服它们的良药，但知道如何通过阻断其传播途径来规避大规模感染的爆发流行。此外，微生物学也在不断产生与普通人日常生活密切相关的研究成果，用于诸如面包发酵、酿酒技术、环境保护、能源开发等方面。因此，19世纪细菌学的出现是医学史上的巨大飞跃，不仅对医学产生了巨大影响，而且也改变了整个世界。主要参考文献 1 R.瓦莱里-拉多（法）著. 陶亢德，董元骥译.巴斯德.北京：科学出版社，1985. 2 程之范. 中外医学史. 北京：北京医科大学出版社. 3 管成学，王渝生. 世界五千年科技故事丛书.廖果编著.疫影擒魔——科赫的故事.广东：广东教育出版社，2004. 4 陆德源.医学微生物学.北京：人民卫生出版社，2001. 5 Arturo Castiglioni. A History of Medicine. Translated from the ltalian and Eidted by. E.B.Krumbhaar NewYOrk ：Alfred A. Knopf.1947. 6 Jan Klein. Immuniology The science of self-Nonself Discrimnation. NewYork：John WileySons.1982.

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中国11所高校进入ESI微生物学全球前1%（2017年1月）

wanyuehua 2017-2-24 09:12

基本科学指标数据库（ EssentialScienceIndicators ，简称 ESI ），是衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具， ESI从引文分析的角度，将全部科学分为 22个学科。 2017 年 1 月 15 日 ESI公布了根据全球研究机构于 2006 年 1 月 1 日至 2016 年 10 月 31 日在 WebofScience 数据库的 SCI 、 SSCI 收录期刊上发表的论文，统计分析出共有5361个研究机构进入ESI全球前1%。其中微生物学学科共有 411 个研究机构进入 ESI 全球前 1% ，本期中国大陆（不含港澳台）共有 11 所高校进入 ESI 微生物学全球前 1% 。中国11所高校（不含港澳台）进入ESI微生物学全球前1% 说明 :Top 论文是包括热点论文和高被引论文国内排名全球排名学校名称论文数总被引频次篇均被引频次 Top 论文篇数 1 236 浙江大学 882 9018 10.22 7 2 249 中国农业大学 860 8700 10.12 4 3 311 中国医学科学院北京协和医学院 600 6453 10.76 9 4 318 中山大学 723 6379 8.82 0 5 345 复旦大学 539 5781 10.73 5 6 380 上海交通大学 545 5228 9.59 8 7 387 北京大学 390 5037 12.92 4 8 405 华中农业大学 609 4771 7.83 2 9 406 中国科学院大学 554 4755 8.58 4 10 409 南京农业大学 622 4728 7.6 1 11 411 云南大学 520 4688 9.02 2

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“四个八零后学生的故事”附议：病毒免疫肿瘤信息4专业教育培训

ericmapes 2016-12-19 19:36

“四个八零后学生的故事”附议：病毒免疫肿瘤信息4个专业跨学科教育培训经历我1980年考大学上经济动物专业，由国家外贸部交国家医药管理总局，即现在的国家食品药品监督管理总局后，侧重药用动物学，强调并开设实验动物学课程，有2个北大生物系本科毕业生是我们的专业教师，但还是觉得科技水平不够领先。 1981年暑假我免修通过大学英语考试(即直到毕业都不再上英语课了)后，找日本细菌战专家韩有库教授，他是牧医系主任兼兽医微生物学教研室主任，得到首肯安排我一直地下学习兽医本科理论与实验课程，特别是兽医微生物学（含免疫学）与传染病学、病理解剖学与病理生理学课程，实验重点是兽医微生物学与传染病学随班系统完整操作，在现在就是第二学位课程。 1984年本科毕业同时跨学科考取殷震教授（后来工程院士）动物病毒学硕士研究生的。这是第一次跨学科：从经济动物学到病毒学。硕士毕业是当年学校唯一分配到北京工作的。1992-93年在侯云德教授（后来工程院士）病毒基因工程国家重点实验室从事分子病毒学及反义基因治疗客座研究。 1997-99年在第四军医大学（后来成立肿瘤生物学国家重点实验室）从事致癌毒理与肿瘤病理研究获得中国农业大学博士学位。这是第二次跨学科研究：从病毒学到肿瘤学。 1999-2000年作为田波院士973项目课题高级访问学者在中国科学院分子病毒与生物工程实验室工作。末了录取为中国科学院生物物理所生物信息学组陈润生研究员（后来科学院士）博士后，因故去北大医学部免疫学系马大龙教授北大人类疾病基因研究中心完成分子免疫与生物信息学博士后。2000-2002年实现第三次跨学科研究：从肿瘤学到免疫学与生物信息学。随后去清华信息科学与技术国家实验室（筹）李衍达院士实验室完成生物信息学与系统生物学或模式识别与智能系统专业第二站博士后研究。2002-2005年实现第四次跨学科研究：从免疫学与生物信息学到系统生物学与模式识别智能系统。我接受教育培训大的方面4次跨学科：经济动物学到病毒学；病毒学到肿瘤学；肿瘤学到免疫学；免疫学到信息学。就这样，从事了病毒免疫肿瘤信息4个专业的跨学科交叉研究。附上：四个八零后学生的故事刘庆生 http://blog.sciencenet.cn/blog-673617-1021668.html 那是 10 多年前的往事，我承担学校第四届（ 98 级）“国家地质学理科基地班”的“地球物理学概论”课程。国家地质学理科基地班是由国家自然科学基金委资助，分别在北京大学、南京大学、西北大学和中国地质大学各设一个班，学生基础比较好。当年这个班有 26 人，其中有四个学生的求学经历很有意思。用现代教育理念看，他们是凭自己的兴趣学习的典范，且目前都学有所成，值得一说。这儿用他们名字的字母代表分别为： YJ,ZJJ,ZYJ 和 XY 。先说 YJ ，他的故事比较多。他是班里同学们公认的考霸，当然由于当年我的“地球物理概论”课程是以“通过和不通过”为标准，所以，记不清楚他的具体考试情况了。我至今记得 1998 年他们入学军训结束检阅时他代表全体新生发言。我正好路过操场，听到他那铿锵有力的口号式结束语：今日我们以地大为荣，明日地大以我们为荣。当年他从湖南以高分考入中国地质大学（武汉）并被选入“基地班”。然而，毕业时他决定尝试研究生阶段大跨度学科交叉学习，报考中科院电子研究所的硕士研究生。据说他的笔试成绩名列前茅（也有说第一名），但是面试时人家以他的学科跨度太大恐难适应研究生学习而没有录取，并给他推荐两个攻读硕士学位单位：一个是地质学科的研究所（与本科一致）；另一个是北京一个市属大学的电子工程学科（满足他的交叉学科愿望）。他在北京给我打电话，要我给他出主意。我告诉他，如果他决心从事电子工程专业，就先到这个市属大学攻读硕士学位，并力争以优异的成绩硕士毕业，再报考名牌大学（或中科院）的电子工程专业博士研究生，实现自己的“名校博士梦”。果然，他听从了我的建议，在这个市属大学的自动化专业硕士毕业后，如愿以偿考上清华大学自动控制专业博士研究生。毕业后先在深圳海关工作，后来参加政府公务员考试，又发挥了一次考霸功能，被录取在深圳市一个与科技相关的管理机构工作。显然， YJ 同学在大学本科期间除了要正常完成地质学专业课程外，还要花费大量时间学习电子工程专业的基础和专业课程知识，可见他的大学生活既忙碌又充实。从现在结果可以看出，他当年的自学能力何以了得，名副其实一个“学霸”和“考霸”。 ZJJ 和 ZYJ 两位同学与 YJ 风格不同。两位同学在班上表现很是默契，关系很铁，步调一致，除了出色完成“地质学”专业课程外，两人同时对应用数学感兴趣。所以，他们利用大量业余时间去本校和隔壁的华中科技大学蹭课，听数学相关课程。毕业时两人都同时拿到了学校的“地质学”和“应用数学”两个学士学位，这在当年实属不易。本科毕业后， ZYJ 考上北京大学的数学专业硕士研究生，毕业后在上海江南造船厂工作了两年后，自我感觉硕士知识不能满足他的求知欲望，决定再次报考北京大学数学专业博士研究生，并如愿以偿“金榜题名”，博士毕业后留在北京大学医学部（原来的北京医学院）医用理学系从事生物数学研究和教学。 ZJJ 本科毕业的第二年考上上海大学的数学专业硕士研究生，然后再接再厉，考上中山大学数学博士研究生，毕业后做了一轮博士后研究留校任教，目前已是副教授。 XY 的经历与上述三位稍有不同。当年他在“地质学理科基地班”学习一年半后，发现自己对以形象思维为特色的地学学科没有“怦然心动”的感觉，而对以数学物理交叉学科为特色的通讯专业感兴趣，并且在业余时间阅读了大量与无线通信相关资料。他没有采取 YJ,ZYJ,ZJJ 同学一边继续完成“地质学”专业学习，一边利用“业余时间”苦学电子工程和数学的做法，而是决定申请转到学校“信工学院”的“通信工程”专业学习。虽然，当年学校尚未正式出台转专业的相关政策，转专业时遇到一点困难，但是最终学校满足了他的愿望，来到学校相对薄弱的“通信专业”，开始新的求学征程。其实，在“通信专业”他受益最大的是数学物理等基础课程学习，期间他也和 ZJJ,ZYJ 一起到华中科技大学蹭课。当然，他蹭的课中有与通信学科密切相关的“信号处理”。 XY 同学在“通信专业”学习如鱼得水，他非常注重阅读通信领域英文方面的文章，包括各类最新电信产品发布资讯，并在“电脑爱好者杂志”、“电脑报”和“电脑商情报”发表 10 多篇“情报类”文章，赚了“不菲”的稿费。为此，他获得学校“创新人才”项目支持（每一届全校只有 50 名）。然而， XY 同学在硕士研究生考试中不很顺利，期间他也到深圳相关电子企业试水工作，但是总觉得自己似乎命中注定要走学术之路。直到本科毕业三年后被香港科技大学录取为“电子工程”专业硕士研究生，后来又在新加坡南洋理工大学（ NTU ）博士毕业，然后一直在欧美国家多所大学从事博士后研究，在通信领域学术舞台上尽情施展才华，已经是一名 IEEESeniorMember 。目前在美国一所知名大学的电子与计算机工程系从事认知无线电方向研究，小有成就。这四个八零后学生的求学经历可以给当下年轻人有一点很好启示。他们虽然都没有从事当年大学本科专业方向工作，但是他们都很认真选择自己的学业和工作。这种“不怨天地”，“勤奋努力”的务实态度既是对自己负责，也是对社会和家庭负责。干自己感兴趣的事情是硬道理，条条大路通罗马，这些我们耳熟能详的“大话”在他们身上表现为实实在在的传递社会正能量的行动。困难和曲折对他们而言只是经历与积累，并成为他们前进道路上的催化剂，我衷心祝福他们。 2016 年 12 月 19 日上午提交科学网

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云南师范大学微生物学研究代表之一黄遵锡教授

jinhejiang 2016-4-28 10:27

黄遵锡，男，汉族，1964年3月生，民盟盟员，云南师范大学生命科学院副院长，教授。2015年10月被评为第二批“云岭学者”。 1981~1985安徽师范大学生物系学习，获学士 1985~1988第三军医大学分子生物学专业学习，获硕士 1994~1997无锡轻工大学生物工程学院学习，获博士 1998~2000 北京大学生命科学院博士后 2001美国TEXUS大学访问学者 2002年至今在云南师范大学从事教学科研工作 1. Characterization of a Glycoside Hydrolase Family 27 alpha-Galactosidase from Pontibacter Reveals Its Novel Salt-Protease Tolerance and Transglycosylation Activity 作者: Zhou, Junpei; Liu, Yu; Lu, Qian; 等. JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY 卷: 64 期: 11 页: 2315-2324 出版年: MAR 23 2016 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 2. The 340-cavity in neuraminidase provides new opportunities for influenza drug development: A molecular dynamics simulation study 作者: Han, Nanyu; Mu, Yuguang; Miao, Huabiao; 等. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 卷: 470 期: 1 页: 130-136 出版年: JAN 29 2016 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 3. Molecular and Biochemical Characterization of a Novel Xylanase from Massilia sp RBM26 Isolated from the Feces of Rhinopithecus bieti 作者: Xu, Bo; Dai, Liming; Li, Junjun; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 26 期: 1 页: 9-19 出版年: JAN 2016 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 4. Identification and Characterization of a New 7-Aminocephalosporanic Acid Deacetylase from Thermophilic Bacterium Alicyclobacillus tengchongensis 作者: Ding, Jun-Mei; Yu, Ting-Ting; Han, Nan-Yu; 等. JOURNAL OF BACTERIOLOGY 卷: 198 期: 2 页: 311-320 出版年: JAN 2016 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 5. Characterization of two glycoside hydrolase family 36 alpha-galactosidases: Novel transglycosylation activity, lead-zinc tolerance, alkaline and multiple pH optima, and low-temperature activity 作者: Zhou, Junpei; Lu, Qian; Zhang, Rui; 等. FOOD CHEMISTRY 卷: 194 页: 156-166 出版年: MAR 1 2016 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 6. Molecular and biochemical characterizations of a new low-temperature active mannanase 作者: Zhang, Rui; Zhou, Junpei; Gao, Yajie; 等. FOLIA MICROBIOLOGICA 卷: 60 期: 6 页: 483-492 出版年: NOV 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 7. A large-scale screen reveals genes that mediate electrotaxis in Dictyostelium discoideum 作者: Gao, Runchi; Zhao, Siwei; Jiang, Xupin; 等. SCIENCE SIGNALING 卷: 8 期: 378 文献号: ra50 出版年: MAY 26 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 8. Characterization of an exo-inulinase from Arthrobacter: A novel NaCl-tolerant exo-inulinase with high molecular mass 作者: Shen, Jidong; Zhang, Rui; Li, Junjun; 等. BIOENGINEERED 卷: 6 期: 2 页: 99-105 出版年: MAR-APR 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 9. Kinetic and thermodynamic characterization of a novel low-temperature-active xylanase from Arthrobacter sp GN16 isolated from the feces of Grus nigricollis 作者: Zhou, Junpei; Liu, Yu; Shen, Jidong; 等. BIOENGINEERED 卷: 6 期: 2 页: 111-114 出版年: MAR-APR 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 10. Properties of a Newly Identified Esterase from Bacillus sp K91 and Its Novel Function in Diisobutyl Phthalate Degradation 作者: Ding, Junmei; Wang, Chaofan; Xie, Zhenrong; 等. PLOS ONE 卷: 10 期: 3 文献号: e0119216 出版年: MAR 6 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 11. Cold-active and NaCl-tolerant exo-inulinase from a cold-adapted Arthrobacter sp MN8 and its potential for use in the production of fructose at low temperatures 作者: Zhou, Junpei; Lu, Qian; Peng, Mozhen; 等. JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 卷: 119 期: 3 页: 267-274 出版年: MAR 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 12. Metagenomic analysis of the Rhinopithecus bieti fecal microbiome reveals a broad diversity of bacterial and glycoside hydrolase profiles related to lignocellulose degradation 作者: Xu, Bo; Xu, Weijiang; Li, Junjun; 等. BMC GENOMICS 卷: 16 文献号: 174 出版年: MAR 12 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 13. Characterization of Sphingomonas sp JB13 exo-inulinase: a novel detergent-, salt-, and protease-tolerant exo-inulinase 作者: Zhou, Junpei; Peng, Mozhen; Zhang, Rui; 等. EXTREMOPHILES 卷: 19 期: 2 页: 383-393 出版年: MAR 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 14. Molecular and Biochemical Characterization of a Novel Multidomain Xylanase from Arthrobacter sp GN16 Isolated from the Feces of Grus nigricollis 作者: Zhou, Junpei; Shen, Jidong; Zhang, Rui; 等. APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 175 期: 1 页: 573-588 出版年: JAN 2015 出版商处的全文查看摘要被引频次: 5 (来自所有数据库) 使用次数 15. Biochemical Characterization of a GDSL-Motif Esterase from Bacillus sp K91 with a New Putative Catalytic Mechanism 作者: Ding, Junmei; Yu, Tingting; Liang, Lianming; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 24 期: 11 页: 1551-1558 出版年: NOV 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 16. A novel low-temperature-active exo-inulinase identified based on Molecular-Activity strategy from Sphingobacterium sp GN25 isolated from feces of Grus nigricollis 作者: Zhou, Junpei; Gao, Yajie; Zhang, Rui; 等. PROCESS BIOCHEMISTRY 卷: 49 期: 10 页: 1656-1663 出版年: OCT 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 5 (来自所有数据库) 使用次数 17. A thermo-halo-tolerant and proteinase-resistant endoxylanase from Bacillus sp HJ14 作者: Zhou, Junpei; Wu, Qian; Zhang, Rui; 等. FOLIA MICROBIOLOGICA 卷: 59 期: 5 页: 423-431 出版年: SEP 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 2 (来自所有数据库) 使用次数 18. Two new flavones from the twigs and leaves of Cephalotaxus lanceolata 作者: Zhang, Yun-Mei; Zhan, Rui; Chen, Ye-Gao; 等. PHYTOCHEMISTRY LETTERS 卷: 9 页: 82-85 出版年: SEP 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 2 (来自所有数据库) 使用次数 19. Enhancing lipid productivity by co-cultivation of Chlorella sp. U4341 and Monoraphidium sp. FXY-10 作者: Zhao, Peng; Yu, Xuya; Li, Junjun; 等. JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 卷: 118 期: 1 页: 72-77 出版年: JUL 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 5 (来自所有数据库) 使用次数 20. Endosymbiotic association between methanogens and hydrogen-producing organisms-Hydrogen Hypothesis 作者: Yin, Fang; Zhang, Wudi; Liu, Shiqing; 等. 编者: Yu, L; Guo, J; Yi, G; 等. 会议: 3rd International Conference on Chemical Engineering and Advanced Materials (CEAM 2013) 会议地点: Guangzhou, PEOPLES R CHINA 会议日期: JUL 06-07, 2013 会议赞助商: Guangdong Univ Technol; Guangdong Petrochem Res Inst; Guangzhou Univ ADVANCES IN CHEMICAL ENGINEERING III, PTS 1-4 丛书: Advanced Materials Research 卷: 781-784 页: 1302-1307 出版年: 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 21. Cloning and Characterization of a Novel alpha-Amylase from a Fecal Microbial Metagenome 作者: Xu, Bo; Yang, Fuya; Xiong, Caiyun; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 24 期: 4 页: 447-452 出版年: APR 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 2 (来自所有数据库) 使用次数 22. The effect of dietary protein levels on the expression of genes coding for four selected protein translation initiation factors in muscle tissue of Wujin pig 作者: Liu, L. Y.; Wang, J.; Huang, Y.; 等. JOURNAL OF ANIMAL PHYSIOLOGY AND ANIMAL NUTRITION 卷: 98 期: 2 页: 310-317 出版年: APR 2014 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 23. Heterologous expression and characterization of a malathion-hydrolyzing carboxylesterase from a thermophilic bacterium, Alicyclobacillus tengchongensis 作者: Xie, Zhenrong; Xu, Bo; Ding, Junmei; 等. BIOTECHNOLOGY LETTERS 卷: 35 期: 8 页: 1283-1289 出版年: AUG 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 4 (来自所有数据库) 使用次数 24. Production and Characterization of Ethanol- and Protease-Tolerant and Xylooligosaccharides-Producing Endoxylanase from Humicola sp Ly01 作者: Zhou Junpei; Wu, Qian; Zhang, Rui; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 23 期: 6 页: 794-801 出版年: JUN 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 25. Cloning, expression and characterization of a lipase from Bacillus subtilis strain I-4 with potential application in biodiesel production 作者: Xie, Zhenrong; Zhang, Xuelin; Ding, Junmei; 等. 编者: Tang, X; Chen, X; Dong, Y; 等. 会议: International Conference on Sustainable Energy and Environmental Engineering (ICSEEE 2012) 会议地点: Guangzhou, PEOPLES R CHINA 会议日期: DEC 29-30, 2012 会议赞助商: Guangdong Univ Business Studies ADVANCES IN ENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY, PTS 1-4 丛书: Applied Mechanics and Materials 卷: 291-294 页: 243-248 出版年: 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 26. Optimized enzymatic production of waste oil to biodiesel 作者: Zhang, Xuelin; Li, Junjun; Tang, Xianghua; 等. 编者: Tang, X; Chen, X; Dong, Y; 等. 会议: International Conference on Sustainable Energy and Environmental Engineering (ICSEEE 2012) 会议地点: Guangzhou, PEOPLES R CHINA 会议日期: DEC 29-30, 2012 会议赞助商: Guangdong Univ Business Studies ADVANCES IN ENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY, PTS 1-4 丛书: Applied Mechanics and Materials 卷: 291-294 页: 284-289 出版年: 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 27. Interspecies H-2 transfer of syntrophic microbes in co-fermentation with properties of biochemical materials for hydrogen and methane production 作者: Yin, Fang; Zhang, Wudi; Liu, Jing; 等. 编者: Zhang, H; Jin, D; Zhao, XJ 会议: 3rd International Conference on Engineering Materials, Energy, Management and Control (MEMC2013) 会议地点: Wuhan, PEOPLES R CHINA 会议日期: JAN 19-20, 2013 会议赞助商: ISER Assoc; Beijing Gireida Educ Res Ctr; VIP Informat Conf Ctr ADVANCED RESEARCH ON MATERIAL, ENERGY AND CONTROL ENGINEERING 丛书: Advanced Materials Research 卷: 648 页: 147-152 出版年: 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 28. Metagenomic Analysis of the Pygmy Loris Fecal Microbiome Reveals Unique Functional Capacity Related to Metabolism of Aromatic Compounds 作者: Xu, Bo; Xu, Weijiang; Yang, Fuya; 等. PLOS ONE 卷: 8 期: 2 文献号: e56565 出版年: FEB 15 2013 出版商处的全文查看摘要被引频次: 15 (来自所有数据库) 使用次数 29. Cloning, Heterologous Expression, and Characterization of Novel Protease-Resistant alpha-Galactosidase from New Sphingomonas Strain 作者: Zhou Junpei; Dong, Yanyan; Li, Junjun; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 22 期: 11 页: 1532-1539 出版年: NOV 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 3 (来自所有数据库) 使用次数 30. Characterization of a family 3 polysaccharide lyase with broad temperature adaptability, thermo-alkali stability, and ethanol tolerance 作者: Zhou, Junpei; Dong, Yanyan; Gao, Yajie; 等. BIOTECHNOLOGY AND BIOPROCESS ENGINEERING 卷: 17 期: 4 页: 729-738 出版年: AUG 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 31. De novo sequencing and analysis of the termite mushroom (Termitomyces albuminosus) transcriptome to discover putative genes involved in bioactive component biosynthesis 作者: Yang, Fang; Xu, Bo; Zhao, Sanjun; 等. JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 卷: 114 期: 2 页: 228-231 出版年: AUG 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 6 (来自所有数据库) 使用次数 32. A novel xylanase with tolerance to ethanol, salt, protease, SDS, heat, and alkali from actinomycete Lechevalieria sp HJ3 作者: Zhou, Junpei; Gao, Yajie; Dong, Yanyan; 等. JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY BIOTECHNOLOGY 卷: 39 期: 7 页: 965-975 出版年: JUL 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 12 (来自所有数据库) 使用次数 33. Novel low-temperature-active, salt-tolerant and proteases-resistant endo-1,4-beta-mannanase from a new Sphingomonas strain 作者: Zhou, Junpei; Zhang, Rui; Gao, Yajie; 等. JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 卷: 113 期: 5 页: 568-574 出版年: MAY 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 5 (来自所有数据库) 使用次数 34. Molecular and Biochemical Characterization of a Novel Intracellular Low-Temperature-Active Xylanase 作者: Zhou Junpei; Dong, Yanyan; Tang, Xianghua; 等. JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 22 期: 4 页: 501-509 出版年: APR 2012 出版商处的全文查看摘要被引频次: 3 (来自所有数据库) 使用次数 35. CHEMICAL COMPOSITION OF THE ESSENTIAL OIL OF Cephalotaxus lanceolata FRESH LEAVES 作者: Zhang, Yun-Mei; Chen, Ye-Gao; Huang, Zun-Xi CHEMISTRY OF NATURAL COMPOUNDS 卷: 48 期: 1 页: 147-148 出版年: MAR 2012 出版商处的全文被引频次: 0 (来自所有数据库) 使用次数 36. Lupane-type Triterpenoids from the Leaves of Heteropanax fragrans 作者: Zhao, Sanjun; Huang, Zunxi; Gao, Jing BULLETIN OF THE KOREAN CHEMICAL SOCIETY 卷: 32 期: 4 页: 1368-1370 出版年: APR 20 2011 出版商处的全文被引频次: 2 (来自所有数据库) 使用次数 37. Study of fecal bacterial diversity in Yunnan snub-nosed monkey (Rhinopithecus bieti) using phylogenetic analysis of cloned 16S rRNA gene sequences 作者: Wu, Changfei; Yang, Fang; Gao, Runchi; 等. AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 卷: 9 期: 38 页: 6278-6289 出版年: SEP 20 2010 查看摘要被引频次: 4 (来自所有数据库) 使用次数 38. Phylogenetic Analysis of the Fecal Flora of the Wild Pygmy Loris 作者: Xu Bo; Huang Zun-xi; Wang Xiao-yan; 等. AMERICAN JOURNAL OF PRIMATOLOGY 卷: 72 期: 8 页: 699-706 出版年: AUG 2010 出版商处的全文查看摘要被引频次: 7 (来自所有数据库) 使用次数 39. Enhanced bio-hydrogen production from sweet sorghum stalk with alkalization pretreatment by mixed anaerobic cultures 作者: Shi, Xiang-Xing; Song, Hong-Chuan; Wang, Chun-Ren; 等. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENERGY RESEARCH 卷: 34 期: 8 页: 662-672 出版年: JUN 25 2010 出版商处的全文查看摘要被引频次: 23 (来自所有数据库) 使用次数 40. Culture-independent analysis of microflora in Gayals (Bos frontalis) feces 作者: Gao Run-chi; Huang Zun-xi; Wu Chang-fei; 等. AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 卷: 9 期: 19 页: 2774-2788 出版年: MAY 10 2010 查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 41. Characterization of 6 Bacillus subtilis beta-mannanases and their genes 作者: Xu Bo; Duan Lei; Tang Xiang-hua; 等. AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 卷: 8 期: 18 页: 4316-4324 出版年: SEP 15 2009 查看摘要被引频次: 1 (来自所有数据库) 使用次数 42. Isolation and characterization of a new keratinolytic bacterium that exhibits significant feather-degrading capability 作者: Xu, Bo; Zhong, Qiaofang; Tang, Xianghua; 等. AFRICAN JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 卷: 8 期: 18 页: 4590-4596 出版年: SEP 15 2009 查看摘要被引频次: 8 (来自所有数据库) 使用次数 43. Cloning and overexpression of gene encoding the pullulanase from Bacillus naganoensis in Pichia pastoris 作者: Xu Bo; Yang, Yun-Juan; Huang, Zun-Xi JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 卷: 16 期: 8 页: 1185-1191 出版年: AUG 2006 查看摘要被引频次: 12 (来自所有数据库) 使用次数

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中国5所高校进入ESI微生物学全球前1%

热度 2 wanyuehua 2016-4-4 08:08

汤森路透（ Thomson Reuters ）基本科学指标数据库（ Essential Science Indicators ，简称 ESI ）， 2016 年 3 月 18 日公布了根据全球研究机构于 2005 年 1 月 1 日至 2015 年 12 月 31 日在 Web of Science 数据库的 SCI 、 SSCI 收录期刊上发表的论文，统计分析出共有 5134 个研究机构进入 ESI 全球前 1% ，本期中国大陆（不含港澳台）共有 174 所高校进入 ESI 全球排名。 ESI 是衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具， ESI 从引文分析的角度，将全部科学分为 22 个学科。微生物学学科共有 397 个研究机构进入 ESI 全球前 1%，中国有 5 所高校（不含港澳台）进入 ESI 微生物学全球前 1%。中国 5 所高校（不含港澳台）进入 ESI 微生物学全球前 1% 学校名称国内排名 ESI 微生物学全球排名论文数总被引频次篇均被引频次高被引论文数热点论文浙江大学 1 250 829 8,028 9.68 6 0 中国农业大学 2 260 794 7,725 9.73 6 1 中山大学 3 333 646 5,706 8.83 0 0 北京协和医学院 4 366 512 5,110 9.98 7 0 复旦大学 5 371 479 5,038 10.52 6 0

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中国高校免疫学与微生物学领域科研产出数据对比（2010-2014）

idmresearch 2016-1-31 23:43

2015 年4月，里瑟琦智库采集了SciVal数据库（其底层数据库为Scopus数据库）816所高校2010-2014年的文献数据。这816所高校是QS、THE、ARWU和USNEWS四大主流世界大学排名至少上榜过1次的高校。此次推出的是根据总被引频次排序的免疫学与微生物学数据，其中7所中国高校（含港台地区高校，占58所高校的12%）进入总被引频次前200名，但没有中国高校进入TOP100。从文献总被引的数据来看，免疫学与微生物学属于中国高校表现比较一般的学科，表现最好的上海交通大学位列第117位，总被引8669次，只有哈佛大学的8.7%，中国其余高校总被引均在8000次以下；有2所高校总被引进入全球前150名，分别是浙江大学7840次，135位；香港大学7731次，137位。此外，中山大学、国立台湾大学、北京大学、复旦大学四校进入TOP 200。总体来说：与港澳台地区相比，大陆高校排名略有优势；大陆高校内部，上海交大的竞争优势比较明显；几所医科大学在该领域的表现一般。篇均被引方面，海外高校的篇均被引高达十几甚至二十几次（加州理工28.8次），中国高校的竞争力稍弱。中国高校表现最好的是香港大学，以10.5次位居全球243位，这也是中国唯一一所篇均被引10次以上的高校，另外一所篇均被引进入前300名的高校为香港科技大学9.9次，283名。大陆表现最好的华东师范大学以8.4次位列全球第387名，国内第4名。总体来说港台地区的高校在篇均被引方面优势相当明显：篇均被引6.0次以上的18所中国高校中港台高校有10所，且7所位于中国前10名。归一化影响因子方面，免疫学与微生物学学科的归一化影响因子普遍不高，除极少数高校外，816所高校的归一化影响因子普遍在3.0以下。58所中国高校只有22所高校达到世界平均水平，其中只有香港大学一所机构的归一化影响因子（为1.74）排名进入前200，排在全球第187位，中国其余高校的归一化影响因子排名均在300名之后。归一化影响因子进入全球前400名的4所中国高校除了第355名的华东师范大学，其余3所均为香港高校；南京医科大学、首都医科大学、协和医科大学三所医学类院校以及浙大、武大等重点建设高校都未达到世界平均水平。综合篇均被引和FWCI来看，香港大学均位列中国首位；大陆地区的高校表现明显不及港台地区高校，其中排名最后10位的不乏大陆多所“985工程”大学。进一步结合作者数据（指文献被统计为该学科学术成果的作者数），就会清楚地发现：免疫学与微生物学领域中大陆高校的作者数一般。816所高校中哈佛大学的作者数最多，达到了8107人，甚至超过了排名第二、三名高校的作者数量之和。中国高校作者数最多的浙江大学3130人（位居全球第3），约为哈佛大学作者数的39%。大陆高校免疫学与微生物学学科所表现出来的比较一般的总被引频次，一定程度上可能也是受到作者数量不高的影响。免疫学与微生物学学科是非常基础的医学学科之一，其研究水平的高低很大程度上会影响到临床医学等学科的发展水平；同时，免疫学与微生物学也与生物学、化学、动植物科学、环境科学等多个学科有着非常紧密的联系，因此也是非常容易开展交叉协同的学科领域，其文献产出基本上可以非常好的体现出学术研究成果。结合中国高校在篇均被引和归一化影响因子上的不佳表现，建议中国高校应对该学科的文献产出和文献质量给予足够的重视。下表是具体的数据，请大家批评指正。国际排名中国排名大陆排名院校名称文献数文献增长% 总被引频次作者数篇均被引 FWCI 117 1 1 上海交通大学 1375 51 8669 3076 6.3 1 135 2 2 浙江大学 1499 33.2 7840 3130 5.2 0.91 137 3 - 香港大学 735 41.9 7731 1053 10.5 1.74 177 4 3 中山大学 1079 57 6140 2656 5.7 0.91 196 5 - 国立台湾大学 886 0 5681 1465 6.4 0.93 197 6 4 北京大学 798 30.2 5668 1620 7.1 1.19 199 7 5 复旦大学 980 91 5597 2183 5.7 1.04 203 8 6 中国农业大学 1070 21.1 5454 2144 5.1 0.93 243 9 7 山东大学 954 85 4415 2128 4.6 0.86 289 10 8 清华大学 492 65.8 3457 763 7 1.32 303 11 9 四川大学 834 23.8 3219 2136 3.9 0.65 318 12 - 香港中文大学 356 -9.5 3018 491 8.5 1.15 322 13 - 国立阳明大学 444 72.5 2966 681 6.7 0.98 325 14 10 吉林大学 886 52.9 2932 2046 3.3 0.65 341 15 11 华中科技大学 556 51.7 2639 1537 4.7 0.73 344 16 12 中南大学 561 116.2 2610 1459 4.7 0.85 353 17 - 国立成功大学 386 6.1 2516 665 6.5 0.91 356 18 13 华东理工大学 469 -3.4 2477 718 5.3 1.04 365 19 14 武汉大学 563 111.6 2329 1385 4.1 0.76 372 20 15 南京大学 420 29 2222 960 5.3 0.83 377 21 16 南开大学 336 3.1 2125 616 6.3 1.12 381 22 17 厦门大学 479 62.2 2087 941 4.4 0.79 383 23 18 首都医科大学 533 104.2 2072 1366 3.9 0.68 394 24 - 国立中兴大学 460 10.2 2015 597 4.4 0.81 395 25 19 南京医科大学 501 146.3 1991 1325 4 0.78 399 26 20 华南理工大学 305 97.2 1943 489 6.4 1.19 423 27 21 西安交通大学 397 78.4 1733 948 4.4 0.76 430 28 22 中国科技大学 206 100 1622 323 7.9 1.32 432 29 23 同济大学 363 210.3 1605 862 4.4 1.02 447 30 - 亚洲大学 258 14.9 1496 298 5.8 1.06 477 31 - 台北医科大学 312 47.7 1216 417 3.9 0.66 490 32 - 香港科技大学 106 13.3 1049 205 9.9 1.55 509 33 24 华东师范大学 112 56.3 939 253 8.4 1.45 510 34 - 国立清华大学 140 22.2 938 221 6.7 1.01 512 35 25 哈尔滨工业大学 228 128 922 391 4 0.83 514 36 26 天津大学 227 90.3 917 413 4 0.91 530 37 27 大连理工大学 210 80 854 342 4.1 0.79 537 38 28 兰州大学 177 -2.9 822 462 4.6 0.78 566 39 29 北京师范大学 97 41.7 619 172 6.4 1.06 573 40 30 东南大学 162 30 578 436 3.6 0.65 594 41 31 中国地质大学 104 70.6 480 170 4.6 0.81 615 42 - 香港理工大学 78 110 403 118 5.2 1.08 622 43 32 上海大学 92 200 357 170 3.9 0.86 628 44 - 香港城市大学 44 100 338 62 7.7 1.22 640 45 - 国立交通大学 71 55.6 295 133 4.2 0.7 662 46 - 香港浸会大学 53 100 206 94 3.9 1.44 663 47 33 北京理工大学 55 55.6 206 88 3.7 0.67 665 48 - 国立中山大学 61 100 202 70 3.3 0.58 672 49 - 国立台湾师范大学 26 60 188 29 7.2 1.3 680 50 - 国立中央大学 38 42.9 174 58 4.6 0.86 703 51 - 澳门大学 26 - 108 41 4.2 1.01 705 52 34 北京航空航天大学 29 700 105 53 3.6 0.95 724 53 - 国立台湾科技大学 16 - 54 16 3.4 1.24 735 54 35 人民大学 11 - 39 11 3.5 0.58 738 55 36 武汉理工大学 11 200 33 9 3 0.77 739 56 - 国立政治大学 5 200 32 7 6.4 0.96 749 57 - 台北科技大学 10 100 22 22 2.2 0.47 760 58 37 协和医科大学 5 -50 10 12 2 0.28 注：文献增长率的对比时间区间是2004-2009年。数据库说明： Scopus 收录了来自于全球5000余家出版社的22,245种期刊，包含5,830余万条数据。Scopus 的数据每日更新，收录包括： ·包括105个国家40种语言内容 ·包括3,780种开放存取期刊 ·超过700万篇会议论文 ·超过94,900种图书 ·收录5000多种期刊的在编文章（Article in Press, 早于正式出版1-4个月） ·亚洲地区的期刊包括2102种，中国期刊包括594种（作者：于鲁江，同济大学发展规划研究中心规划专员）

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年度环境微生物学讲座在线观看

WileyChina 2014-12-29 01:01

Wiley和应用微生物学协会向您诚挚推荐由 Professor Jim Prosser 主讲的第六届环境微生物学专题讲座： Unimaginable, unprecedented’ microbial diversity: whence, so what,and can we learn from nitrifiers ? 讲座介绍主讲人： Professor Jim Prosser 阿伯丁大学生物与环境科学学院此次讲座日期为2014年10月13日，地点为英国伦敦，由科学家、政策决策人以及记者等重要精英团体参加。讲座内容：讲座讨论了在氨氧化剂群落生态学中分子技术是如何投入使用的，以及它如何与传统方法结合推进基础微生物问题研究的。包括具有微生物重要意义的新氨氧化剂的发现，酸性土壤中硝化作用悖论问题的解决办法，系统发育多样性、生理多样性和生态系统功能之间联系的建立以及后续的处理，以及关于“为何会如此多样”问题的微生物和进化生物学的研究。在讲座中，成功和失败的研究方法都会涉及，以便展示氨氧化剂群落多样性的通用意义，它和其他微生物群的关联，以及氨氧化剂群落多样性在解决关于硝化作用的经济和环境问题中的作用。点击这里在线观看讲座更多推荐 Jim Prosser教授的更多研究： Relationship between assemblages of mycorrhizal fungi and bacteria on grass roots Brajesh K. Singh, Naoise Nunan, Karyn P. Ridgway, Jim McNicol, J. Peter W. Young, Tim J. Daniell, James I. Prosser and Peter Millard Stable isotope probing analysis of the influence of liming on root exudate utilization by soil microorganisms J. Ignacio Rangel-Castro, Ken Killham, Nick Ostle, Graeme W. Nicol, Ian C. Anderson, Charlie M. Scrimgeour, Phil Ineson, Andy Meharg and Jim I. Prosser Flux and turnover of fixed carbon in soil microbial biomass of limed and unlimed plots of an upland grassland ecosystem J. Ignacio Rangel-Castro, Jim I. Prosser, Nick Ostle, Charlie M. Scrimgeour, Ken Killham and Andy A. Meharg 点击这里查看Environmental Microbiology更多信息

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当今世界上最有影响的24位生物学和医学科学家

热度 7 duke01361 2014-8-8 22:24

当今世界上最有影响的24位生物学和医学科学家偶然看到一家网站上评选出了当今世界上最有影响的50位科学家的名录及简介，大致看了一下，觉得很好玩。由于本人的领域跨越生物化学、遗传学、分子生物学、微生物学和循环系统转化医学研究，所以数了一下其中究竟会有多少位同行位列这个名单。真是不看不知道，一看吓一跳！共有24位生物学家、生物医学科学家上了榜！几乎占了所有上榜人数的一半！可见当今生物、医学有多大的影响！这24位上榜科学家分别是：加州理工学院的病毒学家， David Baltimore, 目前主要从事艾滋病、癌症的转化医学研究麻省大学的Craig C. Mello，RNA干扰现象的发现者波士顿大学进化生物学家， John Tyler Bonner，主要贡献是 Dictyostelium discoideum 成了模式生物之一上海交通大学的免疫学家，Luc Montagnier ，HIV的发现者剑桥大学的分子生物学家，Dennis Bray，神经生长和细胞运动索尔克生物研究所的遗传学家，Sydney Brenner ，遗传密码破解和线虫遗传学赛特斯集团（Cetus Corporation)的生物化学家（DNA化学家），Kary B. Mullis ，发明了PCR扩增技术法国斯特拉斯堡大学高等研究院的遗传学和发育生物学家，Pierre Chambon，主要贡献细胞核受体德国马克斯普朗克发育生物学研究所的发育生物学家，Christiane Nüsslein-Volhard ，主要贡献动物发育过程中基因活动美国神经科学研究所的创建者、神经科学家，Gerald M. Edelman，免疫、脑的发育索科尔生物研究院的分子生理学家，Ronald M. Evans，主要贡献肌肉运动、炎症、代谢性疾病和肿瘤方面的研究加利福尼亚大学的分子生物学家，Stanley B. Prusiner ，朊病毒的发现者国立变态病、感染疾病研究所的传染病学家，Anthony S. Fauci，主要是感染机制，HIV的免疫学研究斯坦福大学医学院的病理学和遗传学家，Andrew Z. Fire，主要贡献在于RNA干扰的发现斯坦福大学的生物化学家，Thomas C. Südhof ，主要在于神经递质方面的贡献加州伯克里大学的有机化学家，Jean M.J. Fréchet ，功能分子材料哈佛医学院的分子生物学家，Jack W. Szostak ，端粒结构研究国立癌症研究所的分子生物学家，Harold E. Varmus ，癌基因基因组研究所创建者，人类遗传学家，Craig Venter ，主要私人DNA测序美国冷泉港实验室主任，分子生物学家，James D. Watson ，DNA双螺旋的提出者系统生物学研究所创建者，加州理工学院的系统生物学家，Leroy Hood，DNA自动测序等哥伦比亚大学的脑科学家，Eric R. Kandel ，神经生物学、脑科学，神经系统内的信号传导加利福尼亚圣地亚哥大学附属格拉斯通研究所的干细胞生物学家，Shinya Yamanaka，体细胞的区分化的发现哈佛大学昆虫生物学家，Edward O. Wilson ，主要研究蚂蚁生物学以上24位生物学家/生物医学家被人为是当今世界上最有影响的生命科学口里的自然科学家。

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汤飞凡本有望获得中国第一个诺贝尔奖

热度 87 bioxncai 2014-2-13 22:08

1980年6月，中国眼科学会收到国际眼科防治组织(IOAT)的一封短函：由于汤博士在关于沙眼病原研究和鉴定中的杰出贡献，IOAT决定向他颁发沙眼金质奖章。希望能够得到他的通讯地址，以便发出正式邀请，参加1982年第25届国际眼科学大会。可是IOAT不知道，他们预备推荐申报诺贝尔奖的学者，被以为最有希望获得诺贝尔奖的中国人(中华人民共和国公民)，早已不在人世了。今天国际上最权威的微生物学教科书 Bacterial infections of humans: epidemiology and control （ Alfred S. Evans, Philip S. Brachman 编著），病理学教科书 Robbins and Corton Pathologic Basis of Disease, Professional Edition, 8th ed (Kumar 等编著），任何关于衣原体的综述，都写到 Dr. Tang, 一个必须写在世界医学史上的中国人。以此旧文，纪念汤飞凡先生逝世56周年。文中颇有不全之处，但已无昔日激情，恕不修改。一、心中萦绕的名字猴年马月的北京出人意料地凉爽，不寻常的天气似乎预示会有不寻常的事情发生。果然在六月下旬，卫生系统流言四起，以至于国家卫生部不得不召开新闻发表会，就今年萨斯实验室事故答记者问。新上任的主管副部长声明：请大家容许我保密两天。两天后，七月一日，中国共产党建党 83 周年。卫生部召开大会，宣布追究领导责任，从国家疾病控制中心，到病毒所，最后是腹泻病毒研究室，从上到下一口气摘了五顶乌纱。尘埃落定，相关报道充斥报刊网络，中国卫生防疫系统的声誉到了历史最低点。去年萨斯时曾经风云一时的人物而今成了街头巷尾的谈资，天气骤然转为闷热。望着乌蒙蒙的北京，心中猛然想起一个名字，萦绕在心中二十年的名字。当中国人渐渐开口说出真话的时候，开始听到这个名字，以及这个名字背后的故事。一个又一个故事所勾画出的豪情和悲伤，使这个名字深深印在心中。以为网络信息爆炸的今天，搜索一下这个名字，会有千百条详细的资料。不料查询之下，仅仅是有限的干巴巴的几条。相比之下，那些所谓的英雄所谓的风流人物，充斥于网络，被人一遍又一遍地提起讨论，翻来覆去地争议，来来往往地探讨。这些如雷贯耳的有几个比得上这个名字对民族对人类的贡献？人们缘何钟情于沾满鲜血的双手而无视救苦救难的心肠？几十年过去，这个名字已经获得了原本属於他的名誉和地位。但无情的岁月和我们这个善於向前看、乐于健忘的民族使这个名字渐渐沉入历史的泥沙中，再一次渐渐被遗忘了。有的名字是不应该被遗忘的！是不能被遗忘的！洗清历史长河中的污泥浊水，这名字将永远如金子般闪亮。这个名字叫：汤飞凡。二、英雄慧眼近代中国是湖南人的舞台，从曾国藩到毛泽东，湖南人最终成为中国的主宰。光绪二十三年 (1897年) ，湖南大旱，“百姓咽糠茹草，至有饿毙自尽者。” 7月23日汤飞凡出生于湖南醴陵。汤家在当地是个旺族，到汤飞凡出生时家道早已中落，父亲设馆教书维持家计。汤飞凡行三，五岁启蒙，父亲遵循易子而教的古训，送他到二十里外的东岗就读于何家义塾。何家与汤家为通家之好，年轻博学的何家少爷素有大志。年幼的汤飞凡勤奋好学且意志坚毅，一入其眼界便十分钟爱，除了为他课外辅导外，还教他算术自然等新学。何少爷连得三女后，向汤家提出将其中一女许配给汤飞凡，而且可以等汤飞凡成人后自己选择。世事难料，爱汤飞凡如己出、誉之为天下英才的乡野书生居然成了一代枭雄。辛亥革命后，何少爷弃文学武，入保定军官学校，毕业后入湘军，从排长干起，一步一步成为湖南霸主，后来更因为毛泽东的一首蝶恋花的角注，成为除蒋介石外不做第二人想的大名鼎鼎的国民党反对派：何键。总角时便入英雄慧眼的汤飞凡所走的却是一条截然不同道路。汤飞凡 12岁入长沙城南小学堂，三年后毕业，追随二哥考入甲种工业学校。虽然学工，但他从小目睹家乡父老贫病交迫，一直有志悬壶济世，两年后湘雅医学院成立，汤飞凡从甲种工业学校退学，成为湘雅医学院的首届学生。七年寒窗，湘雅医学院第一届招收的 30名学生，1921年毕业时只剩下10人。这十人中出现了两名中国医学届的泰斗，除了汤飞凡外，另一位是毕业时名列第一、与汤飞凡同岁的内科名宿张孝骞。七年的医学训练，不仅磨炼了汤飞凡坚韧刻苦的精神，也使他对济世有了新的认识。 19世纪与20世纪的世纪之交的二、三十年，正是微生物学的黄金时代，以巴斯德(Pasteur) 和寇霍(Koch) 为代表的一代细菌学和传染病学天骄，陆续发现了大部分重要传染病的致病菌。寇霍的学生日本人北里柴三郎发现了鼠疫和破伤风的病原菌，人称东方寇霍。年轻气盛的汤飞凡曾言：“日本能出东方的寇霍，中国为什么不能出东方的巴斯德？” 从湘雅医学院毕业后，汤飞凡立志研究细菌学和传染病，申请到协和医学院细菌系进修。当同学邀请一道开业行医时，汤飞凡说出毕生意愿：“当一个医生一辈子能治好多少病人？如果发明一种预防方法却可以使亿万人不得传染病” 。何键此时已为湘军团长，见汤飞凡医学院毕业，向汤家重新提亲。汤飞凡在何家三千金中选中 15岁的二小姐何琏。以何键之意，女儿随军东奔西跑极不安定，希望能立即成亲。汤飞凡因为要去北京进修而无法养家，最后只是订婚。汤飞凡在协和医学院一年后兼任助教，三年中全面掌握了细菌学理论和实验技术，经系里和学校推荐，汤飞凡获得美国哈佛大学医学院奖学金，准备赴美深造。兵荒马乱的湖南，局势复杂多变。这次何键不再迁就，汤飞凡与何琏成亲后，一起到了美国。年轻的汤飞凡走的是一条科学之路。三、拓荒者的回归二十世纪二十年代是病毒学的拓荒时代，汤飞凡所进修的哈佛医学院细菌系的研究重点此时正转向比细菌更小的微生物，拓荒者的首要任务是找到新的方法。作为投身病毒学研究的第一个中国人，在哈佛的三年里，他的工作主要是研究病毒学实验方法。他与同事们在病毒学发展的早期重要的贡献包括用物理方法证明了病毒是可过滤、能离心沉淀、能自我复制、有生命的寄生于细胞内的微生物。他们还研制成第一代微孔滤膜，用于测定出各种病毒的大小。三年的时间很快过去了，导师强烈要求汤飞凡留在哈佛。优厚的生活条件，得天独厚的研究条件，以及病毒学研究刚刚掀开的无比宽阔的视野，吸住了汤飞凡的心，他决定留下了。这时一封信来自大洋彼岸，写信人是他的老师颜福庆。出身基督教牧师家庭、毕业于耶鲁医学院的颜福庆是中国现代医学教育的先驱和领袖。汤飞凡就读湘雅医学院时，颜福庆任院长。离开湘雅后颜福庆就任协和医学院副院长。鉴于当时国内几所较好的医学院都是外国人创办的，颜福庆矢志创建中国自己的医学教育体系。乘国民政府成立第四中山大学的机会，颜福庆倡议设立医学院。南京政府批准此议，医学院与 1927年9月于上海开学。次年颜福庆辞去协和职务，专任此时已经改为中央大学医学院的院长。医学院虽然设立，可是经费靠中华教育文化基金会和中国红十字会资助，十分困难，师资尤为缺乏，开学时只有教师 8人。百废待兴的颜福庆想起了人在美国的汤飞凡。颜福庆在信中，没有天花乱坠的许诺，只是如实地列出办中国人自己的医学院的困难，和对学生的殷切希望。正是因为这种开诚布公，使汤飞凡骤然生出天将降大任于斯人的豪情，当即决定归国。 1929年春，汤飞凡携夫人归上海，任中央大学医学院细菌系副教授。所谓中央大学医学院，其实只有 29个预科学生，以及极少的教职员。汤飞凡任教的细菌系压根就没有，颜福庆给汤飞凡的第一项任务是筹备开始细菌学的课程。汤飞凡认为理论必需联系实际，细菌科的重点在实习。到上海后立即着手建立实验室，在教学之余开始利用极其简陋的设备进行研究，于1930年开始陆续发表论文。从此，中国有了自己的病毒学研究。 1932年，中央大学医学院独立，改名为国立上海医学院，汤飞凡升正教授，同时受聘为英国在上海的雷氏德研究所细菌系主任，可以利用该所齐全的设备进行复杂的实验。1935年汤飞凡到英国国家医学研究所进行短期协作，与1937年初归国。从 1929到1937的八年中，汤飞凡在所研究的病毒的本质及有关的方法学，牛胸膜炎的病原学，以及后文着重介绍的沙眼病原学等方面，均有重大进展，所发论文许多篇被权威性专著或教科书引为经典文献，可以说短短几年内硕果累累。如果再给汤飞凡几年时间，以他对科学的执着、严谨和敏感，以及病毒学研究的历史机遇，实现东方巴斯德的梦想不是没有可能的。可是爆发于 1937年的抗战，彻底的改变了一切。许多年后，与人谈到这个少年时的梦想。有人说这是命运，汤飞凡的回答是：“不是命运，是我自己的选择。” 在民族存亡的关头，汤飞凡作出了自己的选择，一个中国人的选择。四、一个中国人的选择 1937年，不仅汤飞凡的命运，整个中华民族的命运也到了转折关头。命运没有给汤飞凡另一个八年的研究时间，给予他以及中国人的是八年炼狱般的民族兴亡。 8月13日，中日于淞沪会战。按今天的叫法，汤飞凡不仅是海归，还是国际知名科学家、外企高级主管、太子党，名符其实的社会精英和既得利益者。对一个一直在象牙塔内从事科学研究的知识分子，没有人苛求他在民族救亡中做什么。对一个无缚鸡之力的书生，即使他愿意为抗日出力，象当时的知识分子一样，能做的只有呐喊助威。汤飞凡的确象其他的知识分子一样，放下手中的科研工作，走出安静的实验室，投身抗日救亡的洪流。他要做的不是上街示威游行，不是有钱出钱有力出力，而是真正的匹夫有责。汤飞凡动员夫人参加红十字会的后勤支援，自己报名参加了上海救护委员会的前线医疗救护队，随上海医学院的师生组成的医疗队驻扎宝山。在他多次强烈要求下，汤飞凡被分配到第一线救护站，对伤员进行初级创伤处理，救护站离火线只有几百米。几百米，救护站在日本人炮火的覆盖下，几次几乎被击中，数人相继受伤。就在炮火中，汤飞凡有生以来第一次感受到了超越生死的激情。三个多月中日夜工作，中间只回家两次。夫人十分担心日军的炮火，身高一米六零的汤飞凡有自己的主见：“因为我目标小，炮火打不中我，所以我干这个最合适。” 三个月中，医疗队转战宝山、闸北、苏州河南岸，直到上海沦陷，称得上出生入死。在那一代科学家中，不记得是否还有别人象汤飞凡一样直接参战。即便汤飞凡在 1937年后一事无成，以他火线救护之举，足以算得上英雄了。上海沦陷后，汤飞凡回到雷氏德研究所。租界虽然一切依旧，但山河破碎，汤飞凡已无心研究。此时接英国通知，要求准备撤往英国。对汤飞凡来说，到英国继续工作是理所当然也是最好的选择。还是颜福庆，又一次改变了汤飞凡的人生。时任国民政府卫生署长的颜福庆鉴于战争期间瘟疫猖獗，以为重建中央防疫处为当务之急，能当此重任非汤飞凡莫数。一封书信自武汉至上海，请汤飞凡到长沙重建中央防疫处。正在自惭无为、于无奈中打算再一次去国的汤飞凡接信后精神为之一振。当即辞去月薪六百两银子的雷氏德研究所的职务，携家眷返乡。颜福庆的这封信，使科学界少了一位巴斯德，中国多了一位民族英雄。在国难当头时，许多中国人没有选择，他们肩负保家卫国的担子，他们只能浴血沙场，用大刀步枪以及自己的生命与日寇搏斗。有些中国人只有两种选择，要么忍辱偷生，做汉奸当亡国奴，要么挺身而出，随时准备为国家流尽最后一滴热血。许许多多的中国人义无反顾地选择了站着死，象那些英勇不屈的将士，和那些“生在湖南、死在山东” 的学生，以及那些“一寸山河一寸血、十万青年十万兵” 的青年。还有些人象汤飞凡有更多的选择，他可以出国而不必当亡国奴，何况他不是为了逃避而是为了继续研究，何况他已经为抗战尽力了。汤飞凡象许许多多中国人一样作出了选择。汤飞凡不是完人，不是圣人，他身上有这样那样的缺点，但是有一点，熟悉他的人，包括他的敌人，都承认他是一个真正的中国人。中央防疫处始建于 1919年，因为东三省鼠疫流行，北洋政府决定在北平设中央防疫处，制备血清、疫苗以及指导全国防疫工作。1935年奉命迁南京，北平总处改为北平制造所。1936年正式迁往南京，尚未来得及修建新址，战争爆发。中央防疫处再迁长沙。 1938年汤飞凡到长沙时，中央防疫处如一盘散沙。办公地点是暂借的，职工包括从北平撤来以及本地招的一共20来位，没有一个高级技术人员。从北平运出的设备原本不多，一路散失，只剩可怜的几个，充其量能制备狂犬疫苗。日常靠出售从北平带来的牛痘苗和抗毒素维持。更要命的是，日军连日空袭，处长陈宗贤不在长沙，人心涣散，一半职工成了白天踢球晚上喝酒的混混。汤飞凡的到来，使防疫处的工作恢复正常，很快提高了技术水平，更重要的是建立了感情，有了一批死心塌地跟随他献身中国卫生防疫的手下。陈宗贤回长沙后，两人开始防疫处重建工作。可是此时武汉告急，政府已迁重庆，根本无力顾及建设卫生防疫机构，只是命令防疫处迁移。往哪里迁？陈宗贤主张迁往重庆，汤飞凡认为重庆过於拥挤而且交通不便，建议迁往昆明，便於同外界联系。两人争持不下，只好一道去重庆请示。到重庆时颜福庆已提出辞职，卫生署长人选未定，主意无人愿拿。汤飞凡与陈宗贤都是牛脾气，扬言如果自己的建议不被接受就辞职，重庆因此出现一场小小的风波。已任防疫处长九年之久的陈宗贤在政府内人脉甚广，在卫生届也甚有人缘，相比之下汤飞凡只是上海一书生。可是汤飞凡有陈宗贤没有的背景，除了原任卫生署长颜福庆是他的老师外，内政部长何键是他的岳父，这在官场已经足够了。卫生署的决定公布了，陈宗贤调离，汤飞凡接任防疫处长，防疫处迁昆明，卫生界一片议论。时人之议也好，千夫所指也罢，历史证明汤飞凡的选择是明智而且是至关重要的。中国官场任人唯亲的传统这一次的结果不是昏庸和灾难，而是绿洲，生命的绿洲。五、生命的绿洲新任中央防疫处处长汤飞凡回到长沙，带来了卫生署的命令，政府财政困难，没有搬迁费。要求一切自筹，员工除北平旧人外一律就地遣散，仪器装备就地处理以节省运输费。汤飞凡觉得，到昆明再从头开始，不知要到何年何月才能恢复生产。他心里隐隐约约感到，尽快恢复防疫处的日常工作至关重要。宣布了卫生署的决定后，他声明不照办。愿意去昆明共赴国难的一道去，必需设备装车运往昆明。汤飞凡是个说干就干的急脾气，一改政府机关的拖拉作风，雷厉风行地在短短几天内卖掉了从北平带来的全部疫苗和抗毒素，筹集了 2000大洋，除了几件一时运不走的大件设备留在长沙外，其余设备装车出发。中国这支小得可怜的国家防疫队伍，押运着那为数不多而又非常重要的设备，跋涉到了昆明。汤飞凡的急脾气挽救了中国防疫事业。防疫处离开长沙两星期后，日军逼近长沙，国军焦土抗战，是为历史上有名的长沙大火。长沙成了鬼域，防疫处的房舍全毁，所留仪器也只剩了一个旧锅炉。殿后的两名职工费尽千辛万苦，终於把这台锅炉运到昆明。就是这台劫后余生的锅炉，日后为抗战立下了汗马功劳。昆明成了大后方，许多机构迁到昆明，防疫处不过是个小衙门，汤飞凡怀里的 300银元，就是防疫处的全部资产。可是汤飞凡怀里还有几件别人没有的东西，那就是岳父何键知道他此去困难重重，特意写给云南政要的几封信。正是这千金难买的几封信，使防疫处在昆明借到了房舍，从银行贷到了款，于1939年初开始生产狂犬疫苗、牛痘苗等几种简单的菌苗疫苗和诊断试剂，收入除维持日常开支外尚有盈余。但汤飞凡绝不就此满足，他下一个任务是尽快建立防疫处的新址。日军的轰炸使他下定决心火速在郊区兴建，他看中了西山滇池外一块地方，不料被地方恶霸把持，先是不给，后来在高官的协调之下松了口，以为读书人好欺负，狮子大开口高出市价十倍。汤飞凡牛劲上来，搬动了云南王龙云，硬是以市价的五分之一要下了这块地。地有了，可是没钱，汤飞凡三上重庆，卫生署还是无钱可拨。就在汤飞凡无计可施之际，一位金融界的朋友给他出了一条锦囊妙计：倒空卖空，就是迄今仍被人广泛用来盗窃国有资产的手法。他以所谓防疫处全部资产做抵押，从惠滇银行贷了一笔低息长期信用贷款，再由该银行做担保，从几家私人银行借现金贷款，拆东墙补西墙加上透支。汤飞凡冒着随时被关进监狱的风险，于 1940年春建成了防疫处新址。新址虽然没有日寇的轰炸，可是远离市区，防疫处首先要做的是安排好职工生活。处里设医疗室，从汤飞凡起，所有医学院毕业生轮流值班，小的内外科均能自己动手，而且还能接生。所内还办子弟小学。随着昆明人口的日益增加，物价飞涨，职工的日子越发艰难。所幸汤飞凡所选新址有的是地，防疫处借本钱给职工，在汤夫人的带领下，养猪养鸡、种菜种花，除了自己用，每周日防疫处安排一条小船，满载自力更生的产品，到昆明市场销售。职工们在战乱中能安居，防疫处的业务得以恢复。在汤飞凡之前，防疫处的主要任务是制造疫苗和血清，汤飞凡认为，防疫处不能只生产不研究，而且在抗战时，中国已经没有一个机构进行微生物研究，防疫处应当承担这个责任。出於这个目的，汤飞凡广泛罗织人才。到 1942年，防疫处发展到近百人，其中大学毕业生15人，这批中国防疫事业的先驱，经过汤飞凡的调教，很多人后来成为新中国卫生防疫事业的骨干。绿洲建好了，汤飞凡开始实现他早在长沙时为防疫处绘画的蓝图。汤飞凡心中的防疫处，应该象美国纽约州卫生研究所 (New York State Health Laboratories) ，着眼于控制传染病，他认为中国应该有同样的中央机构。然而在中国，疫苗、血清的供应一直处於无政府状态，除防疫处外，许多私人办的实验室也在生产。由於利润高制造容易，大家蜂拥而上，大多数产品质量很差，事故频繁而无人过问。即便是中央防疫处本身的水平也不高。汤飞凡完全改造旧的结构，设立了检定室，对所有产品进行质量监督和控制；设立培养基和消毒室，统一供应实验用培养基和消毒器材；设立动物室，并分设菌苗、疫苗和血清室。此外，参考国外，汤飞凡建立了技术管理制度。在产品上，停止生产无效或副作用大的老产品，增加当时防疫需要的新产品，改进了各种菌种。经过一段时间，防疫处的生物制品质量达到欧美同类产品水平。正是因为这次整顿，为日后支持盟军滇湎作战奠定了基础。中国现代生物制品业在抗日烽火中诞生于昆明西山。在防疫处各项工作进入正轨时，汤飞凡的下一个目标是生产国产青霉素。青霉素可以说是二十世纪的一大发明，自弗莱明发现后， 1941年研究出了提纯方法，使青霉素得以临床应用。虽然一系列关于提纯的论文被发表，但具体生产工艺属於军事机密。更重要的是，不同菌种青霉素的产量相差悬殊，高产株如稀世珍宝，外人根本无法拿到。加上防疫处简陋的条件，许多人认为生产青霉素压根就是天方夜谭。这些困难汤飞凡心里知道，可是前方的负伤将士正在因为伤口发炎而死去，后方的民众因为疾病流行而丧生。在汤飞凡心中，有些事终归是要有人去做的，哪怕只有万分之一的希望和可能，哪怕是知其不可而为之。在汤飞凡的感召下，防疫处上上下下掀起了寻霉热，全体职工及家属从早到晚到处寻找绿毛，找到后拿去分离。一次又一次的分离，一次又一次的失败，可是汤飞凡依然十分执着。终於有一天，技正卢锦汉发现自己的皮鞋上有一团绿毛，拿到实验室，从中分离出一株能产生青霉素的菌种。这支从旧皮鞋上分离出来的菌种被用于国产青霉素的生产，后来汤飞凡从美国、印度等地要到了其他一些菌种，加上国内的一共 30株，比较的结果，还是来自旧皮鞋的那株产量最高。一只普普通通的旧皮鞋，穿在普普通通的人的脚上，做着不普通的事业。六、中国不亡有了菌株，汤飞凡带领大家进行生产工艺的研制。一个步骤是一段艰辛的故事，一个步骤是一段奋斗的历程，终於生产出每毫升 200-300单位、每瓶两万单位的国产青霉素。多少抗日将士因为它起死回生，多少中国人因为它度过难关。中央防疫处因此名扬全国，国际上也知道在中国昆明有一个 NEPB(National Epidemic Prevention Bureau) 。科学(Nature) 杂志1943年专门介绍中央防疫处，文章用惊奇的口吻介绍了青霉素生产车间：没有自来水，只有一台又旧又漏、而且每天用完后都要修理的锅炉；用过的琼脂要回收使用，回收的设备是一只破木船，放在湖里进行透析；没有商品蛋白栋供应，完全自己制造，胃酶用完了，用从自己养的猪的胃。。。。。。多少年后提倡的自力更生、土法上马，实际上是抗战时期中国卫生防疫系统的写照。这些勇于担当责任的中国防疫勇士就是这样一步一步地作出了不可能的事情。 1942年，在中国战场作战的盟军中发现天花病例，调查得知他们种过牛痘苗但未发痘，因此怀疑是牛痘苗失效。当时盟军所用疫苗均运自英美，唯独牛痘苗因无法长途运输，所以就近采用印度的疫苗。事情发生后，盟军对印度的痘苗失去信心，他们了解到，中央防疫处刚刚完成对中国用的牛痘苗天坛株的重新筛选并研究出了新的生产方法，於是用印度苗与中国苗进行比较。比较结果，中国苗比印度苗毒力稳定，而且发痘率高。盟军因此注意到远在昆明的中央防疫处，派专人考察，给予防疫处很高的评价。防疫处不仅产品质量获得国际好评，而且实验室的技术水平也得到承认。防疫处检定室被选为美军指定临床化验室。经过考察，盟军决定，不仅牛痘苗采用中国株，而且其他疫苗和血清也不再越洋运来，改由防疫处供应。中央防疫处的任务和责任骤然加重，不仅要生产高质量的疫苗和血清，供给在滇湎泰作战的盟军，还要及时发现诊断该地区的传染病，并且尽快制备防疫用品，事关盟军的战斗力。此外防疫处生产的疫苗和血清还要供应大后方的防疫需要，甚至支援陕甘宁边区。正是由於汤飞凡制定的严格的生产规范，和改进的生产程序，中央防疫处提供给盟军的疫苗万无一失。以狂犬疫苗为例，国外的疫苗接种后有万分之一到三千分之一出现严重反应，其中四分之一死亡。使用了中央防疫处用中国天坛株制备的狂犬疫苗的盟军，没有发生一起意外。云南一向流行斑疹伤寒，对在缅甸和泰国边境的盟军也是一种威胁。中央防疫处于 1943年制成了中国最早的斑疹伤寒，并用于盟军免疫。 1945年，在滇缅边境战场上，盟军中发生了一种不明热的流行，严重威胁着部队战斗力。美国组织了一个以哈佛大学专家为主的斑疹伤寒考察团对此进行调查，但一直未能搞清病因，只好求助于中央防疫处。汤飞凡派助手魏曦赴现场，通过调查和实验证实其实是恙虫病。采用了针对恙螨的防制措施后，不明热得到控制。魏曦因而获得美军“战时功绩荣誉勋章” 。除了以上工作外，作为中国唯一的防疫机构，防疫处还有一项秘密任务：对付日寇细菌战。这是一条看不见的战线，每一个举措都事关重大。汤飞凡率领着那一小批防疫工作的先驱们，一次又一次挫败了日寇的阴谋。试验室如战场，疫情就是命令。有人前线流血，有人后方抗敌，安静的滇池关系着连天的烽火，昆明西郊那一百多人足顶十万甲兵。 1945年8月15日，汤飞凡拿起电话，对方驻昆明的美军军医。他们提前得到日本投降的消息，第一个想要通知的，是他们心目中一位真正的中国人。胜利的消息在西山传开，胜利的喜悦和笑容在每一个防疫人脸上。汤飞凡宣布放假，当晚在家中小客厅举行酒会。大家尽情地狂欢。小客厅装不下几百人，大家索性在湖边狂欢。而汤飞凡却离开人群，回到书房，默默的背诵起少年时记下的、令每一个湖南人读罢怒发冲冠、热血沸腾的“湖南少年歌” ： “若道中华国果亡，除非湖南人尽死。” 七、再一次选择抗战胜利了，防疫处要再一次搬迁。卫生署让汤飞凡在三个城市中选择：上海、南京或北平。南京是首都，但汤飞凡不喜好官场气息，而且昆明这几年的经验让他体会到天高皇帝远的自由。上海的繁华和纷乱让他却步，而北平的文化气氛和悠然的生活节奏使他下决心搬回北平防疫处原址。而且他知道，经过日本人的经营，天坛旧址已经发展到相当大的规模，有极其完备的疫苗和血清制造设施，相当大的实验动物室，完全可以用于大规模的科研和生产。此时的汤飞凡野心勃勃，憧憬着创建全国性防疫和生物制品系统，因此除昆明设分处外，在上海也设立了分处。可是等汤飞凡赶到北平天坛，大吃一惊。在中国接收人员到达以前，日方在一周内破坏了全部设备，将器材用坦克压碎，菌种血清销毁，动物杀死后深埋地下，留给汤飞凡的是破烂不堪的、空荡荡四面漏风的几栋建筑物。抗战结束了，可汤飞凡心中的中日交锋还没有结束，怒火中烧的汤飞凡决定在这里建设一座更大更好的研究生产基地。几年后，日本人所作所为的真正原因开始大白于天下。 1949年初，汤飞凡的学生钟品仁来到封存了四年的地下冷库，在满地的垃圾之中，发现了六支写有日本女人名字的试管。经过培养实验后，发现前5个试管是毒性鼠疫杆菌，另一支试管的毒性已经消失。这些由於日本人的疏忽而没有来得及毁灭的证据，证明日军在此进行长达七年的细菌战的研究，汤飞凡这时才知道他的对手、侵华日军细菌战的大本营原来就在中央防疫处旧址。日本人在这里研究策划细菌战的时候，一定不止一次咬牙切齿地诅咒中央防疫处这个令他们夜不能寐的名字，和汤飞凡这个令他们恨之入骨的中国人。 1995年，侵华日军投降50周年之际，原西村部队(1855部队)卫生兵伊藤影明和其他一些老兵来到北京，到北京天坛等处指证日军的犯罪遗址。北京市崇文区地方志编纂委员会根据这些最新线索，花了两年时间收集采访，使日寇细菌战的研究真相大白。除了用俘虏进行惨无人道的人体试验外，他们还发现1943年北平的大规模霍乱流行是日本人故意散布的。他们用全北平人作他们的细菌实验对象，夺去了两千条人命。汤飞凡决定重建天坛总所，可是依然没有经费。吉人天相，汤飞凡这次有了别的办法，他在昆明结识的美国人谢拉曼此时担任美国救济善后总署中国分署北平办事处负责人，拨给汤飞凡几批救济面粉。当时市场粮价爆涨。汤飞凡用面粉支付了施工和设备费用，于 1947年元旦建成了万余平方米的中央防疫实验处总处。这几批面粉后来却给汤飞凡带来了大麻烦。汤飞凡利用美国医药援华基金会捐赠的一套小型青霉素制造设备，建立了中国第一个抗生素生产车间，于 1948年生产出堪比进口产品的每支20万单位的青霉素。汤飞凡认为，除青霉素外，将来还要开发生产其他抗生素，所以命名为抗生素室。这个室后来发展成为中国医学科学院抗生素研究所。当时中国没有实验动物业，汤飞凡在北京西郊建立实验动物饲养场，能够饲养繁殖实验动物，并且培养了中国第一代实验动物人才。在新址修建过程中，防疫处于1946年春已经开始恢复生物制剂的生产。一天，马海德带来一位客人，是军事调解处军事执行部中共代表团的苏井观，请求汤飞凡紧急支援十万支牛痘苗，以扑灭张家口一带暴发流行的天花。汤飞凡领人加班加点按时完成了订货，为扑灭天花流行起了决定性的作用。他超越党派的科学态度给共产党人留下了很深的印象。汤飞凡虽是国民党高官贵婿，政府官员，可是他从骨子里是个学者，对政治毫无兴趣。抱负远大的中共开始注意汤飞凡这位知名学者。抗战胜利后的短短几年里，防疫处除了旧有产品外，还生产了用于预防结核的卡介苗，和用于麻疹和肝炎的丙种球蛋白。按汤飞凡的计划，等卡介苗的生产达到一定规模后，将进行全国性推广接种，但是内战使该计划成为泡影。 1948年11月辽沈战役结束，淮海战役正在进行，北平党政机关或撤走或瘫痪，卫生署电令汤飞凡于广州设分处以备南迁。一封电报后再无其他指示，汤飞凡屡次催问，皆石沉大海。他只能亲赴南京，于 11月中旬离开北京。到南京后一无所成，心灰意冷的汤飞凡来到上海租界，决定接受哈佛的聘请，举家移居美国。时间已经是 1949年4月5日，中国人民解放军的百万雄师就要横渡长江，汤家的大件行李已经运往香港，几个小时后全家飞往纽约。夜不能寐的汤飞凡最后一次巡视各个房间，走到书房时，汤飞凡突然改变了注意。去国离乡寄人篱下，他不甘心。这一次是汤飞凡自己选择了人生最后的道路。汤飞凡在上海等待北平的消息，北平也在等他。北平解放后，已任华北军区卫生部长的苏井观来到防疫处，命令保护汤飞凡住宅，一切保持原状。上海解放后，北平立即要求上海军管会打听汤飞凡的消息，得知人仍在上海，军委卫生部正式去函，欢迎汤飞凡回来主持防疫处工作。 7月平沪线修复通车，上海军管会安排汤飞凡乘第一班火车回到北平。 1949年的中国共产党人朝气蓬勃，从上到下真心实意充满信心地建设新中国。这种前所未有的热潮也感染了汤飞凡。1950年防疫处改名为中央政府卫生部生物制品研究所，汤飞凡任所长。1951年兼任新成立的中央生物制品检定所所长。建国伊始，卫生部门最紧迫的任务是控制传染病流行，保障疫苗供应。汤飞凡集中精力组织大规模生产和解决各种技术问题，在全所努力下 1951年产量比1949年增加7倍，1952年又比上年增加13倍。建国后，根据汤飞凡等专家的建议，卫生部在全国范围内普遍种痘，生物制品检定所承担了牛痘苗的生产任务，经过十几年的努力，中国于 1961年消灭了天花，比全球消灭天花早16年。 1954年，汤飞凡的心中有一股再也按捺不住的冲动，他要做一件中断了将近二十年的事情，他的毕生之役。八、两个人的轨迹在各项工作进入正轨以后，汤飞凡申请卸去日常事务，回到实验室重新进行中止近二十年的沙眼病原体的研究。卫生部批准了这一申请。今天的人们已经不知道何为沙眼了，可是在 1954年，沙眼流行极广。世界卫生组织估计全球六分之一的人患沙眼，高发区因此失明的占人口总数1%，视力严重受损的占10%。在中国沙眼发病率55%，致盲率5%，边远农村患病率达80-90%，所谓十眼九沙。研究沙眼病原体，从而找到预防治疗的方法，在当时的确是一项非常有意义的工作。但汤飞凡研究沙眼病原体，还有另外一个原因。在国家嬴弱中成长起来的那一代知识分子，许多人都把日本当做奋斗的目标。特别是英美派的汤飞凡，一直对日本微生物学家的一举一动密切关注，从心里暗暗下定赶超日本人的决心。正因为这样，他对日本微生物学家的成果也比别人多了一些怀疑和保留。战前的日本人在微生物领域除了北里柴三郎这位大师外，还有一位翘楚，而这个人的名字在很长一段时间内在日本被人为的遗忘了。日本名作家渡边淳一年轻时就读于北海道札幌医科大学，一次偶然的机会，他发现日本战前除了北里柴三郎外，还有一位国际知名的细菌学家野口英世。野口英世一直在美国从事研究，在血清学、小儿麻痹、狂犬病，防治梅毒等方面都取得过显著的成绩。 1928年赴非洲研究黄热病，不幸感染此病身亡，成为第三个因为研究此病而献身的科学家。但在日本的细菌学教材中却没有他的名字，如此知名的人物肯定不会漏掉，而是因为某种原因被删除了。难道是因为野口英世一直在美国的缘故？野口英世这个名字一直留在渡边淳一心中，成名后，渡边淳一历时八年之久收集材料，于 1979年完成的长篇巨著《遥远的落日》，荣获日本第十四届吉川英治文学奖。这篇巨著使野口英世在日本被重新发现，并受到了极高的尊重，许多日本人，特别是青少年将其作为学习的楷模。渡边淳一并没有如实地写出为什么日本细菌学教材删除了野口英世，使他难以启口的故事涉及一个中国人，一个让日本人不得不从心里佩服的中国人。这位叫汤飞凡的人生轨迹与比他大 20岁的野口英世的人生轨迹在沙眼病原体的研究上会合在一起。沙眼是一种非常古老的疾病，公元前 1500年古埃及的纸草书中就有记载。更有人认为根据“黄帝内经”，公元前2600年中国便有此病，但世人还是将埃及称做沙眼的故乡。正因为沙眼历史悠久、流传广泛危害巨大，自现代微生物学创立始，沙眼病原便极受重视，七十年间始终没有定论，成为微生物的一个老大难问题。科学家所争议的是沙眼病原为细菌病原还是病毒病原？ 1887年，微生物学创始人之一寇霍从埃及沙眼病人中分离出一株杆菌，称为寇-魏氏杆菌，宣布发现了沙眼的病原，开始了沙眼细菌病原说。但该杆菌很快被证明是引起埃及流行的另外一种病：眼结膜炎的罪魁祸首。按照这个思路，在以后的几十年里，30多种细菌曾被冠以沙眼病原，又被一一否决了。沙眼的病毒病原说开始抬头，从二十世纪初在沙眼病人眼里发现包涵体，到二十世纪二十年代证明沙眼材料滤掉细菌仍有感染性，沙眼的病毒病原说似乎站了上风。就在这时，野口英世的一篇论文引起了轰动。 1928年野口英世在北美印第安人中分离到沙眼病原菌，并能在猕猴眼结膜上引起类似人类沙眼的颗粒性病变，故称为颗粒杆菌。微生物界不少人对此表示怀疑，包括当时人在美国的汤飞凡。一直从事实验技术创新的汤飞凡认为野口并没有用与传统方法有多少不同的分离方法，就解决了微生物学三十多年的难题，轻而易举得令人难以置信。当时一些细菌学家用野口英世的方法并没能重复结果，野口英世是位伟大的科学家，但也有他本身的缺点，如由残疾而引发的自卑心理、好大言等等。沙眼病原体的发现不被肯定，野口英世受到的打击很大，他迫切希望在黄热病研究中作出成绩。到非洲后不久，野口从一个病人血中分离出钩端螺旋体，在未能重复的情况下断然宣布是黄热病的病原。野口英世再一次失误了，很快查明，给他提供病理材料的医生误诊，野口英世拿到的实际上是一个出血性黄疸的样品。此后不久，野口英世死于黄热病。盛传是因为连续的两次失误使野口英世羞愧万分，自卑心理占了上风，故意使自己感染上黄热而自杀。 1929年春，刚回到上海的汤飞凡在实验室草创，能够按自己的意愿开展研究后，所做的第一件事竟然是重复野口的实验。一个中国人出於怀疑的动机，重复一个以身殉职的日本巨人的工作，汤飞凡捅了一个大大的马蜂窝。上海的沙眼病人有的是，他和著名眼科医生周诚浒合作，选出 24个症状典型的病例，严格按野口的论文分离细菌。经过七个月的实验，分离出各种常见细菌中只有一次是野口所说的颗粒杆菌。用这株杆菌接种家兔和猴子，没有产生沙眼症状。汤飞凡的结果发表后，激怒了以野口英世而自豪的日本人，恰巧这时一些细菌学家包括美国洛克菲勒研究所的专家发表文章，相继证实了野口关于沙眼病原的工作，汤飞凡一下子置身风口浪尖，他所要捍卫的已经不仅仅是个人的荣誉，也是中国人的尊严。科学本应是超乎世俗的，但往往被世俗所累。科学家本应超乎民族国界的，但每每要背负祖国的责任。真正的科学家是敢於担当这种责任的，汤飞凡正是这种人。从 1932年到1935年三年内，汤飞凡进行了系统的实验，比较了各种菌种包括野口的原始株，甚至亲自参加人体实验，把颗粒杆菌接种到自己眼中，终於证明该杆菌无致病性。汤飞凡于1935年发表的论文，彻底推翻了野口的细菌病原说。汤飞凡的结果得到国际上的公认，日本人无话可说，野口英世就这样从日本细菌学教材中消失了。 1937年初从英国进修回来后，汤飞凡打算继续研究，寻找沙眼的真正病原。他不愿做一个批判家和验证人，日本人没有办到的事，中国人要办到。可是恰恰是日本人使汤飞凡不得不中断沙眼研究，从抗战开始，到汤飞凡重新研究沙眼病原体，一晃就是将近二十年。1954年，经过抗战磨炼的汤飞凡，已经不能再等待了，他要结束心中的中日战争，了结二十多年前的恩怨，让日本人心服口服。 1954年，汤飞凡57岁。野口英世着手分离沙眼病原体时也是57岁。两人生命的轨迹在此碰撞，一个因此堕入深渊，一个因此步入了辉煌。九、少年有梦野口英世的惨痛教训使汤飞凡决定亲自采取样品，采样地点选在以眼科著名的北京同仁医院。他找到眼科主任张晓楼，张晓楼答应得十分痛快，只有一个条件，项目两人合作。沙眼病原体的研究完全是实验室项目，没有临床观察内容，根本不需要同临床合作。况且早已被称为汤老的汤飞凡在卫生系统一言九鼎，没有商量的必要。但汤飞凡出於合作愉快的考虑，还是答应下来。这一决定在汤飞凡身后风波了几十年，耗尽了汤夫人余生精力。汤飞凡从研究包涵体开始，花了整整一年时间，每周带助手在同仁医院沙眼门诊工作半天，采集了 200例典型病例样品，对沙眼病程和包涵体有了较为清楚的认识。同时，汤飞凡用恒河猴作沙眼的动物模型，在世界上头一次成功地在动物身上发现包涵体。此时，病毒分离的工作也在紧张进行。经过一年的分离，采用当时各种病毒分离技术，结果无一成功。失败的情绪在研究所内蔓延，毕竟过去的七十多年，全世界的科学家进行了无数次研究，无一成功。汤飞凡丝毫没有放弃的念头，经过一年的探索，他认识到，不能再重复别人的病毒分离方法，一定要走自己的路。根据他对沙眼病毒的了解，决定采用鸡卵黄囊分离病毒，并意识到分离病毒的关键是如何抑制病人样品中的细菌，在没有可靠数据的情况下，他决定同时使用青霉素和链霉素。新的分离方法建立后，开始分离试验。 1955年8月10日取来的标本是新方法的第八次分离试验，传了三代后成功地分离出病毒。20多年的心愿终於实现，汤飞凡成为世界上发现重要病原体的第一个中国人，也是迄今为止的唯一一个中国人。这株病毒就是著名的TE8。兴冲冲赶来的张晓楼建议马上发表，因为世界上许多实验室都在进行沙眼病原体的研究，不能被别人抢在前头。汤飞凡断然拒绝了，因为之前有多家实验室声称发现沙眼病毒，可是都不能重复。因为野口英世的前车之鉴，绝对不能让日本人看笑话。一定要能重复分离，能体外传代，能在动物中引起病变。又经过一年的时间，汤飞凡完成了上述工作，于 1956年10月发表论文。为了进一步确定所分离的病毒就是沙眼病原体， 1958年元旦，汤飞凡命助手私下将沙眼病毒滴入自己的眼睛，造成了沙眼。在其后的40天内坚持不做治疗，收集了可靠的临床资料，彻底的解决了七十余年关于沙眼病原的争论。一直处於低潮的沙眼病毒研究因为汤飞凡的成功，一下子成为热点。用汤飞凡的毒株，英国首先证实了汤飞凡的工作，从此沙眼病毒被称为汤氏病毒。接下来，他们用汤飞凡的方法成功地分离出沙眼病毒，从此，各国不断分离出沙眼病毒。对沙眼病毒的致病性也有新的认识，发现除沙眼外，还能在眼部以外引起许多炎症。 1970年，国际上将沙眼病毒和其他几种介于病毒和细菌之间的、对抗菌素敏感的微生物命名为衣原体，汤飞凡是名符其实的衣原体之父。汤飞凡的发现，使人们认识到沙眼的传播特性，寻找到了治疗的药物。一度危害全球的沙眼以惊人的速度减少，迄今世界上许多地区沙眼已经基本绝迹。以上海为例， 1959年沙眼发病率为84%，两年以后降到5.4%。汤飞凡心里的中日战争终於以中国的最后胜利而告终。以汤飞凡为代表的一代中国科学家在那个因陋就简的年代里，曾经取得世界一流的科研成果。同西方国家比，他们所用的仪器设备非常简陋，条件非常艰苦。在那种情况下，他们却取得了今人所不能取得的成就。今天，中国的科研条件已经接近国际水平，无论从人才设备、研究经费还是国际交流上，都是汤飞凡们想都不敢想的。然而我们的科学家再也拿不到那种成果。不是什么动乱的影响，也不是什么体制的因素。而是现代的科学工作者没有了老一辈人的赤诚，没有老一辈人的责任感，没有老一辈人的铁肩道义。科研如同绘画写诗，讲究意境。只有无私的人、以拯救民生、为民族争光的战士才能永不放弃，才能大放光彩。每个少年都有过盖世无双的梦，都有过气吞山河的豪言壮语。当岁月在眉间心头留下痕迹以后，所有的梦和豪言壮语便成了少年不知愁滋味的记忆。但是有一个 107年前出生于湖南的矮小少年，牢牢记住少年时的梦和豪言壮语，用一生追逐这个梦想，于花甲之年实现了当年的诺言。 “发明一种预防方法使亿万人不得传染病” 。湖南少年的梦，湖南少年的豪言壮语，湖南少年的非凡人生。十、士可杀不可辱依照汤飞凡的计划，下一步在已有病毒株的基础上重新研究沙眼的感染、诊断、预防、治疗和免疫，研究毒株的分型以及与其他相似病毒的关系。但是当时的情况不容许他踏踏实实地集中于沙眼的研究，他的论断一个接一个地被外国科学家所证实，包括因为研究同源性而诞生了衣原体这一微生物种类。上世纪五十年代中期，正是汤飞凡进行科学研究的黄金时代，他以他敏锐的思路、完善的计划，带领中国生物制品业走在世界的前列，是中国生物制品的擎天一柱。中国的现状使科研计划不能以个人的意愿而转移，而对於立志救死扶伤的汤飞凡来说，这一点正是他心甘情愿的，放弃个人的名利，为疾苦大众福利，正是他人生的选择。在分离出沙眼病毒后，根据上级指示的放弃学术问题、为人民服务的要求，汤飞凡的研究重点转移到麻疹和脊髓灰质炎的预防问题上。当时中国麻疹广泛流行，几乎每个孩子都出疹子，冬春之际，发病率和死亡率极高。俗称小儿麻痹的脊髓灰质炎发病率超过万分之一，常有暴发流行。汤飞凡很快分离出麻疹病毒和脊髓灰质炎病毒，制备出的麻疹活疫苗很快开始在北京的幼儿园内试用。如果命运在给汤飞凡几年时间，中国肯定会提前消灭麻疹和脊髓灰质炎，其他一些传染病也能提前得到控制。只可惜天妒英才。 1956年的反右运动，正在忘我地分离沙眼病毒的汤飞凡并没有受到冲击。一方面中共中央有一份保护名单，其中包括汤飞凡、张孝骞等中国医学界的泰山北斗。另一方面，汤飞凡对政治素无兴趣，只是一门心思搞科学。1958年夏天，反右结束，他的学生中也有人被划为右派，使他十分恼火，埋怨学生不该乱说乱道，搞科学的管什么政治？可惜不管政治的人，政治要管他。完成反右运动的毛泽东，心里有着另一个计划。在他眼里，每一个中国的知识分子都必须接受水与火的考验，在群众运动中脱胎换骨。革命不是请客吃饭，不是做文章，不是绘画绣花，不能那样雅致，那样从容不迫，文质彬彬，那样温良恭俭让。。。。。。 1958年9月，拔白旗开始了。在医学界，要拔的白旗都是反右运动中受保护的一流学者，卫生部机关党委统一部署，各单位拔白旗。生物制品所要拔掉时任所长、学部委员、中国微生物学会理事长和卫生部生物制品委员会主任委员的汤飞凡这面大白旗。 9月下旬的一个下午，所党委书记和副书记来到汤飞凡的办公室，表情严肃，一看就不是来请客吃饭的。组织上要汤飞凡检查资产阶级思想，听取群众批判。 9月26日，研究所召开小型会议，听取汤飞凡的自我检查，大家认为水平太低，全是鸡毛蒜皮的小事，可是这个检查已经是汤飞凡的违心之举了。研究所于 28、29日召开全体党团员大会，要汤飞凡继续检查和听取群众批判。为了帮助汤飞凡，组织上私下进行了动员，安排了发言。中国人的扒粪文化，中国人的嫉妒，中国人的阴暗心理，中国人的小人得志狗仗人势又一次得到了宣泄。大会气氛从缓和到紧张，发言从和风细雨到狂风暴雨。第一天汤飞凡是坐着回答问题，第二天便失去了分辨的权利，如同挨批斗一样，一会儿“站起来低头！” ，一会儿“坐下好好记！” 汤飞凡的待遇也逐日提高，第一天是资产阶级学术权威、插在社会主义阵地上的一面大白旗，第二天就升级为民族败类、国民党反对派的忠实走狗、美国特务、国际间谍。他骑在人民头上，他的反动派岳父，他冒充大科学家，他向洋人讨面粉丢了中国人的骨气，他把沙眼病毒送给外国人把分离方法告诉外国人、出卖国家利益。更为无中生有、让汤飞凡受到极大刺激的是，有的人根据想当然的推理，诬蔑汤飞凡与实验室技术员有不正当男女关系。散会时，主持人对着规规矩矩站在那里的汤飞凡咆哮：坦白交代低头认罪才有出路，不然死路一条。我们说到做到，可以马上把你这个国际间谍抓起来。明天继续开会，而汤飞凡已万念俱灰。 1958年9月30日晨，汤飞凡自尽。中南海里有人知道打碎了什么。周恩来闻讯后勃然大怒，处理了有关人员，亡羊补牢终止了刚刚开始的拔白旗运动，以至该运动今天鲜为人知。名将可以靠百战，名臣可以靠历练。然而无双的国士要靠上天的赐予，是百年不遇的国之瑰宝。对此，就象那些年代里许多许多类似的情况一样，后人只能发出一声长长的叹息。十一、身后那些事没有通知亲友，没有举行葬礼，何琏一个人伴随遗体火化，悄悄地捧回骨灰，放在自己的卧室。完成了汤飞凡在遗书中的交代：把桌上的六本书还给谢少文。然后是漫长寂寞的岁月，二十年。曾经与世界先进水平并驾齐驱的中国防疫生物制品业自毁长城，每况愈下，加上十年动乱，与先进国家的距离越来越大。这些年来人心涣散，私欲横行，以至在萨斯流行期间大失国人所望，甚至发生实验室感染的重大事故。连汤飞凡生前所取得的举世瞩目的成就，也因为人的私欲而长期被剽窃。汤飞凡死后，中国的沙眼病毒的基础研究渐渐终止，与汤飞凡合作的眼科专家张晓楼站出来理所当然地包揽了各种荣誉，也包括靠重覆汤飞凡在自己眼里做的人体试验而发表的那篇论文。汤飞凡属於自绝于人民，他的名字不能被提起，文革中更成了国民党残渣余孽、反动学术权威、漏网大右派，於是这个名字消失了。人民画报上是张晓楼灿烂的笑容，报刊上一篇又一篇的介绍这位沙眼病毒发现者的先进事迹。写文章做报告接受采访，更为可笑的是，写论文时不得不引用当年的论文，他居然把第一作者汤飞凡免去。在黑白颠倒的年代，因为政治的需要，也是可以理解的。但是拨乱反正后反而变本加厉，岂止是利欲熏心？拨乱反正以后，本来汤飞凡没有戴帽子，不属於平反之列。但医学界的呼声太大，卫生部于 1979年6月为汤飞凡举行追悼会，给予汤飞凡高度评价。中国在重新发现汤飞凡，外国人一直没有忘记他。 1980年6月，中国眼科学会收到国际眼科防治组织(IOAT)的一封短函：因为汤博士在关于沙眼病原研究和鉴定中的杰出贡献，国际眼科防治组织决定向他颁发沙眼金质奖章。希望能够得到汤博士的通信地址，以便向他发出正式邀请，参加1982年11月在旧金山举行的第25届国际眼科学大会。沙眼防治的最高荣誉终於属於汤飞凡，可是 IOAT不知道，这世上早已没有汤飞凡。颁奖仪式后来改在 1981年5月的全法眼科学大会上举行，卫生部决定由汤飞凡的学生王克乾代为领奖，并明确通知了一起与会的时任中华医学会眼科学会主任委员的张晓楼。发奖前一天下午，中国驻法使馆一位官员突然通知王克乾，组织决定明天改由张晓楼领奖。大会上张晓楼满面春风地接过奖章和奖金，并发言。令人不解的是，发言中没有一次提到汤飞凡的名字，均以“我们”代替。等大家看到奖章，才发现原来颁发给汤飞凡奖章改刻了两个名字，第一名居然是张晓楼。誉满京华的通天名医居然能够施展乾坤大挪移，周旋于使馆和 IOAT之间，两天之内偷天换日。奖章拿回来，又是一轮报道采访，张晓楼正式成为沙眼病毒的第一发现人，国际金奖的获得者。可是有一个难题，原来奖章是发给一个人的，虽然临时刻上两个名字，奖章还是一个。张晓楼没有被难倒，他用原本属於汤飞凡的奖金复制了两枚镀金奖章，自己留一枚，交给汤家一枚，原件上交卫生部，一个圆满的结局。人道青天不可欺，善恶人尽知。张晓楼的做法引起公愤，当年 12月政协会议上，不少委员就提议严肃处理这种剽窃行为。国际上也有不少疑问，汤飞凡夫人和学生们从一开始就强烈要求卫生部澄清。但是名医的能量无法估量，一件原本简单的事情一拖就是五年。总是说要顾全大局，维护中国科学界的声誉，始终没有解决。何琏骨子里的将门血气终於暴发了，于 1986年8月写信到IOAT，要求一个公正。四个月后 IOAT回信：经了解，沙眼金质奖章是授予汤飞凡的，为了澄清起见， IOAT将复制一枚新的奖章。不久汤家收到新奖章，旧奖章自动作废。新奖章的后面只刻着一个名字：汤飞凡。汤家除了新奖章外，依旧保存那枚私自复制的旧奖章，作为近代中国科学史上一大丑闻的见证。 1992年，国家发行中国现代科学家(第三组) 邮票，里面包括汤飞凡。三年后，为夺回本应属于自己丈夫的成果和名誉而耗尽精力的何琏在北京逝世。十二、渐渐远去第一次听说汤飞凡是在车上，一位很敬重的老师突然大发感慨：如果汤飞凡不死，肯定能获诺贝尔奖。中国居然有这般人物？从此这个名字长留心中。汤飞凡的弟子告诉我，老师把沙眼病毒接种在自己眼睛里，冒着失明的危险证明了病毒的致病性，成为卫生系统为科学献身的典范。汤飞凡的下属告诉我，汤老每天戴着白手套在实验室里到处摸。当时大家就是用鸡毛掸子打扫，怎么能过得了关？就在汤飞凡一次又一次的严厉训斥下，中国生物制品标准化水平提高了。听过汤飞凡课的前辈回忆，当时什么都不懂，竟然问那种肤浅的问题。汤先生居然认认真真的回答，使他对科学产生了真正的兴趣。见过汤飞凡的老职工讲，由於夫人比自己高出一个头，汤所长与夫人出行时一定先行两步，高高地挺起胸脯，给人一种威严。卫生界的朋友议论，汤飞凡的最大功绩在于建设了中国的防疫队伍，这只队伍不仅仅经历了抗战，而且在十年动乱中也经受了考验。而中国防疫系统近年来的衰落，包括应付萨斯的拙笨，也因为这批汤家军日益凋零，因为汤飞凡的过早辞世。所谓成者萧何败者萧和，中国卫生防疫系统因为衣原体而名扬天下，也因为衣原体而臭不可闻。去年那令人哭笑不得的萨斯病原为衣原体的诊断让人再一次想起汤飞凡，这位衣原体之父，这位严谨的科学家，这位为国为民的英雄。人们已经不敢期望防疫工作者们能作出汤飞凡般的成就，现在连做好本职工作都成了奢望。那些继承者们何以面对汤飞凡的在天之灵？朝代更迭之际，中国的许多科学家，义无反顾地选择了新中国，同时也选择了风风雨雨。在卫生系统，一批曾经受国民政府器重、在国民政府中担任过要职的学者也作出这样的选择，如汤飞凡，如颜福庆，以及接替颜福庆担任卫生署长的金宝善等等等等，他们在新中国建国后的遭遇令人惋惜。这些人称得上是国士，可惜无人以国士待之。汤飞凡和野口英世，两人在科学上的造诣不相上下，然而比起对民族对国家的贡献，则有天地之别。野口英世一直在美国从事研究，死后也葬在那里。汤飞凡为中国现代医学教育而归国，为了祖国防疫事业多次放弃出国定居，在抗战中立下卓越功勋。可是现在又如何？野口英世经渡边淳一重新发现，成了日本的国宝，他在纽约的墓地成了日本人旅游的圣地，新版日圆上印上了野口英世的头像。而我们那？昙花一现的对科学家的崇拜再一次变成对武夫的敬仰，我们的渡边淳一们在粉饰太平，添帝王将相的屁股超过了无耻的程度。野口英世在日本人人皆知，汤飞凡在中国除了卫生系统一些老人外几乎无人知晓。相比之下，岂止是一个惭愧了得！离我们渐渐远去的除了时间以外，还有一种东西叫做：魂魄。谨以此文纪念汤飞凡先生诞辰 117周年民国37年中央防疫实验处职员签到单。有国之瑰宝“汤飞凡”微生物学家等人的亲笔签名3页 “汤飞凡”签名见右一：来源： http://baike.baidu.com/link?url=UrSQEc7QMNGW4D26YE3tBRJbcEmvcgyUoXDAjkLDwDmlkcBrSL00fQWmTZBa13yR http://blog.sina.com.cn/s/blog_4bd08c4501019oso.html http://book.kongfz.com/item_pic_5655_68979469/ 后记：以前并不知道汤飞凡，当我第一次看到京虎子的题为“国之瑰宝”的文章时，就被文中主人公的事迹深深地感动了。汤飞凡的成果是诺贝尔奖级别的，却罕有他的事迹的介绍，中国除了极少数业内人士外几乎没有人知道，这是很不应该的！于是将京虎子的文章和从百度百科、孔夫子网搜集来的资料编辑成此文，利用科学网这个平台扩大宣传。其后，科学网的王守业博主对汤飞凡的学术成就和学术地位又做了非常好的考证：“不该忘却的纪念：非凡的汤飞凡教授”，链接为： http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=563591do=blogid=767893 。汤飞凡的故事足以拍成一部很好的电视剧，在此呼吁文艺界人士不要放过如此好的题材！最后特别向京虎子以及百度百科、孔夫子网尚不知道名字的作者致敬和感谢！本博文在一开始就已经附了资料出处，特别向关注知识产权的人士说明一下。

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[转载]【从磺胺到反应停】--看世界药品监管史【转载，值得一读】

ljs123 2013-12-23 23:10

这个故事叫做从磺胺到反应停 1937年，夏，美国阿拉巴马州塔尔萨。医生詹姆斯·斯蒂文森发现本地不少人患有同一种病，以肚子疼为主，严重者停止排尿，昏迷，然后死亡，而且都是儿童，已经连续死了6人，在本地算很严重的医学事件了。作为当年本地医学学会的负责人，斯蒂文森马上通知本地所有医生。大家先怀疑是某种细菌感染。但病例到处都有，病人彼此之间没什么接触，和病人密切接触者也没事，病人大多是年轻人和儿童，有男有女，有住在镇里的，也有住在乡下的，不像是传染病。又怀疑是中毒，比如饮水中有毒，可是真要如此，怎么可能就这么少的人生病？无奈之下，斯蒂文森只好去翻阅医学杂志，希望能有所启发，或者找到类似病例的报告。当时所有的美国医学杂志上刊登的文章都是关于一种药的研究和治疗，这种药叫磺胺。磺胺来自一个梦想，Zauberkugeln（魔球）。微生物学出现之后，在预防和治疗上，有了疫苗和抗血清等方法，但还是无法控制细菌感染，因此有人梦想有朝一日发明一种能够在体内杀死细菌的药物，此人是科赫之后德国微生物学领军人物保罗·埃尔利希。埃尔利希让自己的哥们冯·贝林摆了一道，既没从抗血清中获得经济实惠，也没能共享第一届诺贝尔生理学和医学奖，还得了一场疟疾。但埃尔利希的才华得到公认，1908年终于因为在血清学和免疫学领域的成就和梅契尼科夫共享诺贝尔生理学和医学奖，功成名就之后，埃尔利希并没有一丝的自满，在科赫门下时，他就梦想研究出魔球，尽管别人不相信，可是他坚定不移地相信，并为此进行着疯狂的研究。德国庞大的化工业给了埃尔利希这种信念和经济支持，埃尔利希在研究细胞染色时发现染料对于不同的细胞是有选择的，有些细胞被染色，有些细胞不被染色，他相信会有一种染料专门染被微生物感染的细胞，这样就能将之杀死。他选择昏睡病作为对象，这种病使得欧洲殖民者不敢深入南撒哈拉内陆。如果能找到对付昏睡病的办法，会大大帮助德国在非洲的殖民事业，因此得到德国政府和德国化工业的大力支持。从能够对细胞进行染色的染料开始，改变染料的结构，看看新产品对动物和细菌有什么效果。试验了上百种氨基苯胂酸钠的变种，所有的变种都依次编号，到了418号的时候，埃尔利希对外宣布，他找到了治疗昏睡病的药物。可惜他高兴得太早了，418号还是毒性太大，无法在人身上使用，埃尔利希团队只好继续埋头研究。他认为梅毒螺旋体和昏睡病的病原体相似，便改用梅毒模型来研究昏睡病，这个假设后来被证明是错误的，却因此发现606号不能治昏睡病，但能治梅毒。1910年他们宣布了这个发现。德国政府有些丧气，但德国化工业大喜过望。梅毒是欧洲人400多年来的一个噩梦，在此之前，治疗梅毒的只有水银，赫希斯特药厂很快用撒尔佛散为名销售这种药物。撒尔佛散开创了合成药物的时候，赫希斯特药厂因为这个药成为德国最大的药厂。但此药有一个大问题，就是副作用和毒性还是很严重，只能一周用一次，不能肌肉注射，否则会导致肌肉损伤，只能进行静脉注射，注射撒尔佛散时很疼很痒，还会伤害肝脏，长期使用有生命危险，有一些病人因此而死，很多病人被副作用吓怕了，拒绝完成疗程。埃尔利希又研究出毒性弱的非撒尔佛散。正因为这种副作用和毒性，人们认为撒尔佛散不是魔球而是魔弹，等于警察在人群中向罪犯开枪，打死一个，伤及众多无辜。埃尔利希心里明白，继续疯狂地研究，但在此之后他研究的所有药物都失败了，很多同行因为撒尔佛散的副作用和毒性而指责他，埃尔利希为此而酗酒，1915年死于心脏病，葬于法兰克福犹太人墓地，他的墓地后来被纳粹所毁。埃尔利希之死，标准着德国药业第一次辉煌的完结。一战开始后，敌对国家由于得不到德国的化工产品，只能自力更生，导致各国的化工业快速发展。战后，战胜国对德国化工业大肆掠夺，尤其是专利和商标。美国一家公司低价收购了拜耳公司在美国所有的资产，包括著名的拜耳阿斯匹林品牌，今天，美国的拜耳牌阿斯匹林不是德国拜耳公司出的，而是美国斯特林公司生产的。但是由于通货膨胀，德国的产品在其他国家便宜得不可思议，使得德国化工业卷土重来，不仅能够盈利，居然连以前的债务都还清了。到1924年，除去通货膨胀因素，德国化学工业总值为战前的三倍。经过合并，IG法本公司成立，这是德国有史以来最大的公司，也是欧洲最大的公司和世界上最大的化学公司，按雇员数量是全球第三大企业，仅在美国的标准石油公司和GM公司之下。由于染料和化工原料的市场已经开始萎缩，而药物的利润极大，IG法本公司旗下的拜耳公司把目标锁定在制药上，希望能够找到另一个像撒尔佛散那样摇钱树。拜耳公司的新药研究以埃尔利希的头号助手威廉·罗勒为首，1923年研究出治疗昏睡病的药物日耳曼宁，1927年研究出抗疟疾药物扑疟奎宁，这两种药为拜耳公司带来巨额利润。拜耳公司加大研究投入，用工业化手段开发新药。罗勒继续负责寄生虫药物的研究，重金聘请一名细菌学和药物性方面的专家，负责细菌药物的研究。诺贝尔奖在望的罗勒继续改进抗疟疾药，1929年在死于链球菌感染后的败血症，年仅48岁。于是，魔球之梦就落在被拜耳公司从蒙斯特大学挖来的格哈德·多马克肩上。多马克比罗勒晚一代，一战开始的时候，他是一名医学生，在战场上受伤，然后改做医护人员，战地救护中见到数不清的伤口细菌感染，让他下定了决心：成为一名细菌学家，发现一种办法，能够阻止细菌感染。战后多马克完成了学业，然后在学院中追求自己的梦想，直到拜耳公司药物研究项目的负责人海因里希·赫连前来猎头。赫连受命建造一座新的研究大楼，包括一座最现代化的病理学实验室，配备技术人员和大量的实验动物，和世界上最优秀的化学家合作化学药研究，寻找一位年轻、有天赋的、在医学和动物实验上都有经验的科学家出任实验病理学主管。多马克同意了，原因是钱。大学的那点薪水自打他结婚以后就穷得像教堂里的耗子一样，月月光，剩下的薪水至多能买一瓶葡萄酒，又接连生了两儿一女，一咬牙，卖给拜耳了。赫连以化学家进拜耳，因为研究出镇静剂鲁米那而跻身管理层，他为多马克配备了两名优秀的化学家约瑟夫·克莱尔和发现新型疟疾药阿的平的弗里茨·米奇，加上埃尔利希和罗勒留下的一整套新药研究和检测的办法，打算在十年内找到一种抗菌药物。经过几年摸索之后，他们转向偶氮染料。偶氮染料中的锥虫红能在老鼠身上对抗昏睡病，但在人体上则效果很弱。另外发现这类染料的抗菌作用，可是毒性也很大。克莱尔先合成了700多个偶氮染料化合物，后来在赫连的建议下加硫侧链，用的是对氨基苯磺酰胺，这种简称磺胺的东西已经被使用了20年。磺胺于1909年由维也纳化学家保罗·盖尔莫申报专利，此时专利期已过，价格非常便宜，关键是磺胺比其他化学原子容易和偶氮染料结合。很快发现编号Kl695的含磺胺偶氮染料成功地在小鼠身上杀死链球菌，经过进一步改进，Kl730以Streptozon为名申报专利，距多马克到拜耳仅五年多，又花了一年多时间，研制出可溶性的Streptozon。多马克发表论文，Streptozon专利批准后改名Prontosil（百浪多息）上市。百浪多息在欧洲各国的使用情况非常好，而且很安全，这是第一个抗菌药物，埃尔利希的魔球之梦终于实现了。以染料为后盾，德国微生物界再一次创造辉煌，也使得德国药业进入第二次辉煌。从煤焦油到染料再到药物，德国人证明这条化学合成药之路是可行的。但是，他们忘了还有巴斯德人。昔日巴斯德与科赫两位大师几度论剑，使得微生物学成为显学，带动了现代医学的整体飞跃。科赫身后，埃尔利希、罗勒、多马克三代人在化学合成药物上成绩辈出，以百浪多息登上顶峰。巴斯德身后，只留下巴斯德研究所，以蚂蚁对大象的勇气，对抗庞大的德国微生物界和药业。多马克的文章发表了三个月后，巴斯德研究所化学治疗实验室就复制成功，并提供给法国药厂，以Rubiazol为名上市。我擦，知识产权怎么讲？对不起，这是法国专利法的一个大漏洞，只要换个名字就可以。赫连恨得咬牙切齿，可又无可奈何，因为他的对手欧内斯特·富尔诺不是第一次干这种事了。富尔诺和巴斯德不一样，巴斯德是一名彻头彻尾的爱国者，他所作的一切都是为了法国的利益，也因此特别痛恨德国，去世前让家人反复念拿破仑战记，在拿破仑伟大的辉煌中走向天堂。富尔诺是德国迷，曾在德国学习三年，师从未来的诺贝尔奖获得者埃米尔·菲舍尔和理查德·维尔斯泰特。他喜好德国的一切。在法国药厂就职期间，引进德国模式引进法国，研究出一种可卡因的合成物，用于麻醉。使得拜耳的老板杜伊斯堡对他另眼相看，高薪聘请他主持拜耳公司设在法国的研究中心。没想到富尔诺拒绝了，反而就职巴斯德研究所，因为他和巴斯德一样，在骨子里是法国人。和德国相比，法国制药业处于几乎不存在的状况，所用的东西都来自德国，或者由设在法国的德国工厂出产，一旦法国厂家试图靠自己的产品和德国人争市场时，德国人都会打价格战，直到把法国厂家搞破产。富尔诺认为有两条路，一是走在德国人前头，发现新药并尽快进入市场。这是法国制药业一直在干的，可是，往往刚有苗头就被德国人抢先一步，或者一上市，德国人就研制出相同的药物，法国药厂在销售上一败涂地，连本钱都无法收回来。二是利用法国专利法的漏洞，仿冒德国药，在德国人还没有收回本钱，也就是无法杀价的时候上市，这样用不着花大钱搞研发，只要能够破解德国人的药物成分就成。富尔诺认为，只能走第二条道路。于是他除了睡觉，每天花18小时工作，阅读所有的相关文献，建立了一套德国制药档案，所谓度假就是去参加德国科学会议和展览。就这样，从日耳曼宁到百浪多息，拜耳公司在法国市场上遇到仿制药的强烈竞争。赫连对此无可奈何，只能找富尔诺这个小偷面谈，结果一无所获，只好自认倒霉，放弃了法国市场。没想到富尔诺还有杀手。每年七月到十一月是巴斯德研究所的假期，但1935年夏天，富尔诺实验室非常忙碌，他们认真研究百浪多息，终于发现了被有染料情节的德国人所忽视的：德国人花了八年时间研制出来的世界上第一个抗菌化学药物并非他们所想象的是偶氮染料，药效居然来自普通得不能再普通的磺胺。巴斯德研究所沸腾了，这一次他们不是小偷，而是杀手，让德国人最伟大的药物专利变得一文不值。手下把准备发表的论文草稿交给富尔诺，论文的第一作者是富尔诺，这是巴斯德留下的惯例。富尔诺从桌上拿起笔，面带微笑，轻轻地划掉了自己的名字。他所追求的不是科学上的名声，而是祖国的利益，用磺胺的奥秘粉碎了德国人染料的神话，他已心满意足，别无所求。磺胺水落石出，拜耳公司因之险些出现内讧，但德国人果然厉害，临危不乱，仗着拜耳的牌子和销售能力，尤其可溶性百浪多息是唯一的可溶解的磺胺类药物，决定继续在市场上强推百浪多息，同时研制磺胺类药物，统统取和百浪多息相近的名字，让人们联想到百浪多息。这个策略很成功，一年多期间，百浪多息及其姐妹药物成为拜耳公司第二个最赚钱的药物，仅次于阿斯匹林。多马克后来承认磺胺的药效，但丝毫不悔，因为1935年底，他女儿得了细菌感染，生命垂危，是他用百浪多息救活的。让拜耳公司恨之入骨的富尔诺居然于1936年奥运会时，大摇大摆地来到柏林，而且很受欢迎，得到纳粹政权的款待，成了戈林的座上客，之后尽力加强法德两国在科学技术上的合作。这是因为希特勒的态度，他认为科研这东西是犹太人的勾当，对化工业和药业没有什么好印象。拜耳公司的百浪多息占据了除了法国以外的全部欧洲市场，销售势头良好，但在美国市场则一直没有上市，这是因为美国专利申请的周期太长。拜耳公司于1933年在美国申报了专利，直到1937年夏天才被批准。 1936年罗斯福总统之子链球菌感染，病情急剧恶化，靠拜耳公司提供的磺胺治好了，此事被媒体广泛报道，引起了美国的磺胺热。拜耳公司利用小罗斯福事件大肆宣扬，准备一举占领美国市场，没想到有问题了。拜耳公司在美国的代理商提供给小罗斯福治疗用的磺胺以Prontylin为商品名，按美国有关规定，药物上市必须得到发现者的许可，美国人认为磺胺是富尔诺发现的，因此拜耳公司在美国卖磺胺类药物必须得到富尔诺的批准。拜耳公司傻眼了，赫连只好厚着脸皮写信求富尔诺。这次富尔诺态度出奇地好，很抱歉地说他已经把磺胺相关的一切转让给法国药厂罗纳-普朗公司，让赫连得去找罗纳-普朗公司去。赫连彻底傻了，美国市场在最需要磺胺类药物的时候竟然无药可卖，抱着损人不利己态度的法国罗纳-普朗公司不批准德国人在美国卖磺胺，可是对美国药厂的请求一概批准，1937年上半年，所有美国大药厂都制出了自己的磺胺。小药厂也开始进入这个领域，到年底消费者可以在药房买到二十多个品牌的磺胺。美国的磺胺热持续不退，美国前10大药厂加起来每周生产10吨磺胺，但还是供不应求。连塔尔萨都有十几种磺胺药，在药店里随便买。回到开篇的那位斯蒂文森医生，他把各杂志上磺胺的文章一目十行地读了一通，只有10月2日美国医学会刊的一篇文章值得他读一遍，这是一篇编者按，警告说一种新药这么快在这么大的人群中使用会出现问题，磺胺并非没有副作用，尽管已知的副作用都不严重，但是磺胺治疗根本没有剂量一说，因此医生们要谨慎从事。斯蒂文森突然想起同行们说过，其中几位病人因为咽喉炎服用了磺胺，他马上问了一下，果然所有的病人都有一个相同之处：服用了麦森吉尔公司生产的磺胺药。 10月11日，斯蒂文森给芝加哥的美国医学会办公室发了电报，对方回答正在联系厂家，并让他火速把药寄来。美国医学会同时要求在田纳西的麦森吉尔公司提供配方。麦森吉尔公司老板塞缪尔·麦森吉尔接到电报后，找来磺胺药的首席化学家哈罗德·沃尔金斯，一看配方，很简单：将58磅磺胺溶于6加仑二甘醇中，再适量加水，加一些染色剂和提味剂。提味剂以覆盆子为基础，加1磅糖精，因为黑人和小孩都喜欢吃甜味的药物。两人反复看了几遍，认为不可能把人吃死，唯一问题在二甘醇上，因为磺胺很难溶解，用酒精效果不好，只能用二甘醇。虽然这是一种工业溶剂，但在护肤产品和药膏中常用。两人感觉有可能在生产过程中污染了砷、毒物或者重金属等等，麦森吉尔下令马上进行检测，然后把配方电报给美国医学会，要求他们严格保密，声明本公司并没有做过磺胺药的毒性试验，不过塔尔萨的事件可能是别的药造成的，因为病人通常会同时服用几种药。生产药物居然不做毒性试验，还供认不讳？这是因为大家都不做，美国当年药物管理基本上等于没有，欧洲国家也一样，药物和食物一样放任自流。 FDA干嘛去了？事情发生后，斯蒂文森不通知FDA，而是找美国医学会，美国医学会也没有通知FDA，他们都认为根本没有那个必要。美国联邦政府的药品保护法可以追溯到1813年，国会通过《接种法案》，因为牛痘苗问世后，出现了很多假货，于是第十二届国会通过该法案，由联邦政府官员负责生产牛痘苗，并邮送给任何需要的美国公民，免收邮费。1821年，北卡出现天花流行，一查，原来是负责生产和保存天花疫苗的联邦官员约翰·史密斯医生的问题，他的疫苗让天花病毒污染了。次年国会废除此法案，由各州负责牛痘苗接种。一朝被蛇咬，十年怕井绳，一直到1883年，农业部设化学局，因为要检测食物中的有毒化合物，1902年通过《生物控制法案》，1906年通过《食品和药品法案》，1927年改名为食品、药品和杀虫剂管理局，3年后简化成食品和药品管理局（FDA）。但是，国会在FDA头上放了一个紧箍咒。《食品和药品法案》侧重于食品，30年间几乎没有改变，该法案并不要求药物在销售之前在动物或者人身上进行安全性检测，不要求药厂提供有效证据。除尼古丁外，任何药物都可以自由买卖，不需要医生处方，药物的标签上不必列出成分、剂量和副作用，唯一的管制是关于药品广告的。法案禁止在包装上有不实之词。但这只适用于包装，厂家在报纸和广播里做广告时可以任意说。 1912年国会通过了《食品和药品法案》的一条修正案：如果FDA认为药厂有虚假广告行为的话，比如某药厂宣称它的某种药能治某种肿瘤，FDA不能靠证明这个药有没有效来做决定，而是要靠证明这个药确实无效来做决定。对于FDA来说，做到这一点几乎是不可能的。这条紧箍咒使得FDA能做的只能管一管食物运输。在药品方面，只能检查一下药品的标签是否准确，或者是否符合药物标准。美国当年和中国今日有几分相似，不同的是中国叫中药，美国叫专利药物。药厂研制出新药后申请专利，拿到专利后就开始广告攻势。美国人自己给自己治疗，自己决定买什么药。结果美国药物市场什么都有，包括一些有毒的药物。 19世纪30年代，美国卫生保健费用的十分之一用在专利药上，平均到每个美国人足够每年买3到4瓶药。药物是美国第四大产业，其中一半产值来自专利药，每年上十亿美元，这还是在大萧条时期。因为太赚钱了，专利药物行业势力非常庞大，在国会雇用了庞大的游说集团，把FDA压死在地。 1937年FDA在全美各地加起来只有250人，美国医学会只能挺身而出，于1906年开始建立了自己的实验室，对药物进行检测，发表自己的推荐药物，只有美国医学会推荐的药物能够在医学杂志上做广告，这样对药物市场进行有限的控制和监督。虽然大家都没有通知FDA，三天之后一位FDA工作人员从一位医生那里得知这个消息，很快就上报给局长沃尔特·坎拜耳。坎拜耳觉得是个天大的机会。坎拜耳一直想扩大FDA职权，罗斯福总统上台后大搞新政，坎拜耳找到罗斯福的智囊之一、农业部副部长雷克斯福德·特格韦尔，特格韦尔很快向国会提出加强药物管理的《特格韦尔提案》，遭到药厂、零售商、广告公司的反对，因为专利药厂总部大多在南部，来自南部州的议员们群起反对，很多选民也反对，因为这样一来就侵犯了他们自我治疗的权利。支持《特格韦尔提案》的包括消费者、妇女团体和一些医生，最后该提案无疾而终，特格韦尔也愤然辞职，回大学继续当经济学家去了。坎拜耳马上又找到另来自纽约的参议员罗夫·科普兰。科普兰是医生出身，学的是替代疗法，虽然不是主流，但他干得很出色，在报纸上有自己的专栏，有自己的广播节目，他的主张是提倡多吃面包和牛奶，出名后把名字给药厂做广告而赚了大钱。他虽然是民主党，但在观点上更接近于共和党，以至连任时没有获得罗斯福的支持。坎拜耳和科普兰是在几年前一起食品污染事件中成了朋友，当时科普兰是纽约市卫生局长，他很圆滑地处理了事件，赢得了FDA和厂家的赞扬。科普兰的医学背景、和专利药物业的关系、在广告界的关系，加上保守派观点，使得他是唯一能够使各方面坐在一起的人。可惜经过几年努力，科普兰还是不能对现有法案进行丝毫的改革。坎拜耳决定亲自负责塔尔萨事件。派一位FDA住阿拉巴马州工作人员到塔尔萨，走访了斯蒂文森，证实了他所说的一切。同时派两位FDA人员来到麦森吉尔总部。 FDA已经查了麦森吉尔和沃尔金斯的记录，发现沃尔金斯在做一种减肥护肤品的时候曾经发过垃圾邮件，麦森吉尔的公司曾经两次在商标上违法，但很快改正了。对于一家经营了几十年的公司来说，这个记录非常干净。FDA请麦森吉尔停止磺胺药的生产和销售，尽管他们无权这样做，麦森吉尔愿意这样合作，向客户发电报，请他们退货，由公司负责所有费用，但只能追踪到供销商，至于买走药物的顾客，麦森吉尔公司无从知晓。坎拜耳希望在全国范围内行动，但他没有相关法律的支持，灵机一动找到一个办法，麦森吉尔公司的磺胺药品牌叫elixir，意味着里面有酒精，可是麦森吉尔公司的磺胺没有酒精，用的是二甘醇，这样FDA就可以用标签有错来停止它的销售。 10月17日，FDA下令各地的工作人员封存麦森吉尔公司的磺胺药，这时候沃尔金斯改口了，说自己在豚鼠上做过毒理实验，可是拿不出实验记录。干脆说过去几天来，他既吃自己公司的药，也喝二甘醇，你们看看是否一点事都没有？ 18日，美国医学会的检验报告出来了，结果表明磺胺没有毒，是二甘醇造成的毒性反应。 11月25日，国会就此事举行听证会，353位服用麦森吉尔公司elixir磺胺的人，至少73人死亡，还有20多例死亡正在调查中，死亡总数肯定会超过100人，如果不是FDA采取果断行动，240顿磺胺药会毒死至少4500人。 FDA成功地回收了总数为240加仑药物的99%。这件事导致美国的磺胺热迅速降温，以至到了美国医学会不得不大力吹嘘磺胺的程度。这件事引起美国人对于药品安全的重视，由于死亡基本上发生在南方，南方议员面临选民巨大的压力，转而支持政府加强药品管理，一些大药厂也支持政府严格管理药物，因为这样可以帮他们减少竞争对手。科普兰全力以赴修改自己的提案，前几年所有的妥协和让步都不算数了，厂家必须提交安全数据和所含成分，新药销售必须经FDA批准。 1938年6月2日，国会通过了新的《食品、药品和化妆品法案》，从这时起，药物上市之前必须检测其安全性，标签上必须列举所有的有效成分和警告。如果发现药品对健康有影响，FDA有权禁止其销售。三周后，罗斯福总统在法案上签字使之生效，这是罗斯福新政最后的一项。FDA终于有了药品监督的实权。可是科普兰没有看到那一天，因为长期过度工作和承受巨大的压力，一周前他因为心脏衰竭去世，用自己的生命让美国人开始享有安全的药品。《食品、药品和化妆品法案》迫使有实力的药厂扩大研究规模，从而使得美国的药物研究取代德国，占据世界首位。专利药厂被挤出药品领域，只能生产非处方药，美国的药品市场由乱而治。 1938年6月，麦森吉尔受到起诉，因为事件发生在新法生效之前，只能用旧法定罪，罪名是标签有错。麦森吉尔公司交了一笔自1906年以来最大的罚款，26000美元，合每位死者250美元。麦森吉尔公司继续运营，于1971年被人收购。磺胺事件的几年后，失业的沃尔金斯对着自己的脑袋开了一枪，成为磺胺事件的第108位死者。 1939年，多马克获得诺贝尔生理学和医学奖，因为1935年诺贝尔和平奖授予了正在纳粹集中营里的卡尔·奥西茨基后，希特勒禁止德国人接受诺贝尔奖。多马克因此进了盖世太保的牢房，出来后被迫宣布放弃。德军占领巴黎后，富尔诺并没有跑路，因为他在纳粹中很有人脉，继续在巴斯德研究所进行他的研究工作。 1942年5月底，希特勒爱将、希姆莱的副手莱因哈德·海德里希遇刺，医生们马上进行了手术，希姆莱闻讯后派自己的私人医生卡尔·吉布哈特等人前往布拉格，认为还需要做一次手术，术后进行输血及磺胺治疗，几天后海德里希体温突然升高，出现感染，医生们加大磺胺用量，但还是不能控制血液感染。6月4日，海德里希去世。还在悲伤之中的希特勒听自己的私人医生说，负责抢救海德里希的吉布哈特过于依赖手术、没有给予足够的磺胺治疗而导致病人死亡，如果使用磺胺得当的话，是能够救海德里希的命的。希特勒大怒，招吉布哈特质问，吉布哈特否认，为了证明自己的清白，由他负责，开展了一项新的医学研究项目。同时德军开始配备磺胺。吉布哈特和党卫军的医学总管恩斯特·格拉维茨来到拉文斯布吕克集中营中，用关押在这里的波兰妇女进行人体试验。盟军到达前，德国人尽可能地杀死所用试验品，集中营的人们尽可能将她们藏起来，最后有50多位活了下来，在纽伦堡审判中，其中两位出庭作证，揭示纳粹用活人做试验的罪行。吉布哈特被吊死，格拉维茨于战争结束前在柏林自杀。这些波兰妇女大多数是犹太人，被德国人从波兰押送到拉文斯布吕克集中营。在海德里希遇刺期间，一组德国军医正在波兰进行医学实验，其中一位名叫海因里希·穆克特尔（Henrich Mückter） 1944年法国光复后，富尔诺接到巴黎警察局的信，通知说他被定性为叛国者，要他马上到附近的警察局自首，这次富尔诺知道大事不妙，很可能被匆匆定罪然后吊死，立即跑路，东躲西藏了两个月，和官方谈妥条件后自首，因为在占领期间和德国人合作而受审，巴斯德研究所的很多同事出面为他作证，三个月后他被无罪释放，但不能再回巴斯德研究所，余生作为一个独立研究人员，没有任何贡献。多马克后来一直从事结核药物研究，1964年死于细菌感染。老天给多马克开了一个玩笑，让他实现了自己的梦想，研究出第一个抗菌药物，但最终还是死于细菌感染。磺胺事件中，FDA请芝加哥大学药学系主任尤金·盖林协助，研究磺胺的毒理，盖林的一位女助手叫弗朗西丝·奥尔德姆（Frances Oldham）。奥尔德姆生在加拿大，在麦吉尔大学获得学士和药学硕士后，在教授的强烈建议下，写信给盖林，申请做他的助手。盖林当即回信，接受了她的申请，奥尔德姆高兴之余发现盖林把她的名字读成Francis，以为她是个男的，因此在回信上写：亲爱的奥尔德姆先生。奥尔德姆小时候上的是男子私立学校，因为她的父母希望她可以像她哥哥那样接受教育。那个时候。如果女人出去工作，会被认为是剥夺了一个男子养育妻子和孩子的能力。她打算回信告诉盖林，自己是个女的，但教授说：“别傻了，接受这份工作，签上你的名字并在后名的括号里加上MISS”。就这样，她阴差阳错来到芝加哥大学，参加了磺胺事件的调查后，于1938年获得博士学位，之后在芝加哥大学任教，又获得了医学博士学位，1943年嫁给同事弗里蒙德·凯尔西，贯夫姓改名Frances Oldham Kelsey。 1960年8月，弗朗西丝·凯尔西加入FDA，当时FDA负责审查药物的只有7名全职医生和四名兼职医生。刚到FDA一个月，她便接手了理查森·梅里尔公司的申请，这是一份为商品名Kevadon进入市场提交的常规申请书。这是德国药业研制出的一种新药，Thalidomide（沙利度胺），这是西德格兰泰药厂（Chemie Grunenthal）研制出来的，因为研制此药而获得20倍年薪奖励的发明者正是1942年在波兰做医学实验的原纳粹军医穆克特尔。沙利度胺还有一个非常出名的名字：反应停。 1960年，弗朗西丝·凯尔西46岁，有两个女儿。1954年她离开芝加哥大学，去南达科他大学任教，三年后离开，在当地行医。当凯尔西打开反应停的卷宗时，并不知道她已经度过的46个春秋只是为这一刻所准备的。穆克特尔的老板是二战时在IG法本公司为纳粹生产毒气的奥托·安布罗斯（Otto Ambros）。沙利度胺并不是他们研制出来的，1954年，格兰泰药厂获得沙利度胺专利，其最初合成者有人说是英国科学家，有人说是安布罗斯当年研究的毒气解药。格兰泰药厂希望在沙利度胺的基础上发现另外一种合成抗菌素，但发现此药有镇静和止痛作用，于是于1957年上市，宣称是一种可治失眠、咳嗽、感冒和头痛的神奇药物，很快又发现可以治孕妇晨起呕吐和恶心，又宣传为孕妇的理想选择，这样一来反应停风靡欧洲、加拿大、日本、澳大利亚等国，成为德国药业研究出来的又一个神奇药物。梅里尔公司获得许可，打算在美国市场上全力推出反应停。 FDA虽然有了药监实权，但还是没有多少力量，新药申请还特多，从1938年到1962年，FDA接受了13000多种新药的申请，负责审查药物的FDA官员就那么几个人，工作量这么大，很难从严把关。 1951年，国会通过了达勒姆-汉弗莱修正案，制定了处方药和非处方药的分类，进一步确定了药物的安全原则，同时FDA对虚假药效进行打击，将无效的药物撤市。1959年，参议员埃斯蒂斯·基福弗(Estes Kefauver)希望进一步修改法律，加大FDA的权限，在药效上严格管理，但遇到巨大的阻力。凯尔西看了一遍梅里尔公司的申请，发现他们以治孕妇晨起呕吐和恶心为名申请上市，突然想起快20年前的一件往事。当年她和丈夫合作研究抗疟疾药物，在实验用兔子身上发现药物可以通过胎盘，为此她一直关注孕妇用药的安全性，对这个申请格外慎重。 1957年底，已经出现酗酒母亲生下畸形婴儿的病例报道，但医学界还是不相信药物能够通过胎盘，故而在孕妇用药上和成人毫无分别。反应停上市后，很快发现婴儿出生缺陷，追踪发现母亲都吃了反应停。1959年底，发现服药后导致末梢神经炎，于是反应停不再是非处方药。 1961年2月，凯尔西在一份英国医学杂志上读到关于服用反应停和末梢神经炎的一份医生来信，对反应停的安全性更加怀疑，要求梅里尔公司提供更多的动物试验数据和所有临床试验数据，证明该药真正安全后才能批准。梅里尔公司早就恨死FDA新雇的这个固执的官僚了，这种常规申请本来就是走过场，一种已经在国外使用了几年的药物在美国上市，FDA一贯很痛快地批准，没想到这一次遇见这位较真的，只能自认倒霉，一方面把自己做的欧洲那边的动物试验和临床试验数据送过去，另一方面在美国大规模试用，这是合法的，梅里尔公司在全美找了1200名医生，分发了250万片反应停，服用者超过2万人，造成很大的声势。凯尔西对他们的数据还是不满意，并且认为反应停可能会影响到胎儿。这样一来她承受着巨大的压力，来自药厂、来自游说集团的、来自妇女界的、来自痛恨联邦官僚的，但凯尔西还是坚持，她只要一个字：安全。 1961年12月，澳大利亚产科医生威廉·麦克布里德在英国《柳叶刀》杂志上发表文章，指出反应停可致婴儿畸形。这是一种四肢发育不全对出生缺陷，因为短如海豹的鳍足而被称为海豹肢症。海豹肢症原本很罕见，这几年突然增多，母亲在怀孕期间都服用过反应停，麦克布里德认为是反应停导致海豹肢症。德国儿科医生维杜金德·伦兹也得出相同的结论。一场大风暴来临，各国纷纷将反应停强行下架。大约有1万到2万名海豹肢症婴儿诞生。梅里尔公司火速收回发出的药品，美国还是出现了17位海豹肢症婴儿。海豹肢症婴儿控告格兰泰公司的诉讼一直到2012年7月才赢了第一桩官司，一个月后格兰泰公司经过50年的沉默后才为反应停事件正式道歉，对于那些已经死去的受害者来说、对于当时还健在的5000多么受害者来说，这个道歉来得太晚了。 1962年7月15日，《华盛顿邮报》的一篇文章报道了凯尔西在反应停申请中的表现，认为如果不是她的坚持和勇气，会有成千上万的美国婴儿出生缺陷。一夜之间，凯尔西从默默无闻成为美国英雄，当年被授予优异联邦公民服务总统奖。反应停事件，使得基福弗的提案获得广泛支持，1962年10月，肯尼迪总统签署基福弗-哈瑞森修正案，规定新药上市必须向FDA提交有效性和安全性数据，上市药物一旦出现问题，必须尽快找回。 1963年，凯尔西出任FDA药物调查处处长。1968年升任科学调查办公室主任。由于处理反应停上市申请时，弗朗西丝·凯尔西表现出的慎重、毫不妥协和勇气，让FDA真正地成为一块金字招牌。从此，安全性成为药物监督的基本原则，尤其是儿童和孕妇用药，在安全性上没有商量的余地。从约翰·霍普金斯医学院建立，到反应停事件，美国的医学现代化终于完成。医学现代化不仅包括医学教育、医疗设备和技术、卫生防疫，也包括药品监督，没有一个安全的药物市场，就不能算现代医学。药物监督之重在于孕妇和儿童用药，不能随随便便地减量，更不能信口开河地酎减，必须有十全把握，证明药物不会危害儿童、不会导致出生缺陷，对于那些对胎儿和儿童有害的药物，哪怕只有几例，也不能慎用，一定要尽快召回。反应停事件表明，严重的药物不良反应，特别是导致出生缺陷的不良反应，是没有亡羊补牢的可能的。儿童是一个国家和民族的未来，如果不能为儿童从孕育开始提供一个安全的用药环境，这个国家、这个民族就没有未来。反应停成了历史了，沙利度胺并没有退出历史舞台。由于一度用的人多，很快就发现沙利度胺的其他效果，1964年以色列科学家发现对麻风性结节性红斑有效，但因为正处于反应停事件的余波中，谁也不敢批准这个药以其他用途重新上市。 1991年，美国科学家发现沙利度胺能抑制肿瘤坏死因子α，对多发性骨髓瘤有治疗效果。这样一来，苦于没有多少有效的抗肿瘤药的医学界对沙利度胺的态度又来了一次180度大转弯，支持沙利度胺上市。 1998年，FDA批准CELGENE公司用沙利度胺治疗麻风性结节性红斑，但直到2006年才批准沙利度胺用于治疗多发性骨髓瘤。此外沙利度胺还被用于晚期艾滋病病人的安慰治疗。尽管批准沙利度胺上市，但FDA给CELGENE公司下了一条严令：不许出现一起出生缺陷。为此，CELGENE公司建立了一套药品管理系统，包括追踪每一片药、如果病人死亡后回收所有剩余的药片、服用沙利度胺的病人必须采取避孕措施等，由于沙利度胺专利期已过，CELGENE公司为这套系统申请了专利。这套系统发挥了作用，沙利度胺每年的销售量超过3亿美元。从灾难到希望，沙利度胺转型成功，其抗其他肿瘤的效果正在研究中，从二十世纪三大药物灾难之一变成人类对抗肿瘤的一个有力武器。沙利度胺在美国上市是药品监管非常出色的例子。广义上来说，没有一种药物是绝对安全的，按中国人的话叫做是药三分毒。但是不能因为普遍存在的药物毒性而无所作为，必须搞清药物的不良反应和副作用，尤其是严重的副作用，在没有搞清楚之前，是不能上市的。中国的药品审查，尤其是中药类，绝大部分在副作用和不良反应还不清楚的情况下上市，包括孕妇和儿童用药，根本没有安全剂量，在这一点上，中国的药品监督是不合格的。药品是用来治病的，能治病或者控制疾病固然好，但底线是不能因为想治疗一种病结果吃药吃出另外一种病。在安全性和疗效上是要权衡，但除非到了生死攸关的时候，疗效不能凌驾在安全性之上，尤其是孕妇和儿童用药，像中草药这类疗效不明确的药物更应该把安全性放在首位。在药品市场上没有既成事实，没有历史包袱，不管用了多少年，一旦出现严重的不良反应，必须召回。在这一点上，中国的药品监督也是不合格的。反应停没有进入中国，但沙利度胺已经进入中国。2010年，CFDA分别给丹东医药创业有限责任公司、常州制药厂有限公司、江苏长征—欣凯制药有限公司共发放了5个沙利度胺的批准文号。其中，常州制药厂的三张批文中，一张为原料药批文，另两张批文的适应症为“皮肤病治疗药，用于控制瘤型麻风反应症”，江苏长征—欣凯制药所获批文适应症与此相同。这里可以看到中国药品监督和美国的差距，美国只批了一家药厂，而中国批了三家。对于沙利度胺这种有严重副作用，必须严格控制的药品，生产的厂家多，就难于控制。 CFDA的批文适应症是瘤型麻风反应症，但常州制药厂生产的沙利度胺的适应症已悄然扩展到抗肿瘤方面，而且已在医院作为抗肿瘤药物使用，主要用于骨髓瘤的治疗。按相关法律，一个药物要增加新的适应症，有一套专门的文件和表格，必须经过CFDA严格的审批。可是常州制药厂的行为并没有受到处理，从这个事件上看，中国药品监督快到了形同虚设的程度。这个药在中国使用时，医生会嘱咐患者在未来一段时间内不能要小孩，否则小孩可能是畸形婴儿。也就是说，靠医嘱。这样能够保证万无一失吗？巴西是瘤型麻风反应症最高发的国家，因此从1965年开始就用沙利度胺治疗瘤型麻风反应症病人，到1994年共出现61例海豹肢症婴儿，其中63.6%的病例在开处方时，医生并没有告诉病人要避孕。之后开始严格控制，但海豹肢症婴儿至今时有发生。控制沙利度胺造成的出生缺陷，不能把责任放在医生身上，必须像美国那样，有一套高效严格的管理系统。中国的情况和巴西当年相似，是不可能避免出现海豹肢症婴儿的。从磺胺到反应停，是一部药品安全的历史。美国已经吸取了教训，把安全放在药品监督的首位，而中国没有吸取过去的教训，所以药品市场才有太多的“毒”药，才有太多的病人因为服药而生病甚至死亡，包括人生才刚刚开始的儿童。中国药监离金字招牌的距离何止十万八千里！成为传奇人物的弗朗西丝·凯尔西为FDA服务45年后，2005年以90高龄退休。凯尔西依然健在，7月24日是她99岁寿辰。上天这一次是公平的。

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《自然综述微生物学》——肠道菌群与肥胖：从相关到因果

热度 1 lpzhao 2013-8-5 17:21

本人 2013年8月5日，应邀为《自然综述微生物学》撰写观点述评，论述了肠道菌群作为致病因素在肥胖病发生、发展中的地位和作用，并提出了进一步深入研究该问题的策略。肥胖在全球大流行，由肥胖引起的糖尿病、冠心病、中风和部分癌症也进入流行状态，已经成为严重的公共卫生问题。为了提高医学界和全社会对肥胖及其危害的认识，遏制相关慢性病流行的趋势，美国医学会在今年的年会上更是通过决议，将肥胖定义为一种“疾病”。长期以来，虽然高热量的膳食过度摄入和身体运动的缺乏被看作是导致肥胖的最重要的因素，但是，从这些因素出发最终如何形成肥胖的各种症状，尚缺乏系统、深入的分子机理的认识。到目前为止，虽经大量研究，依然没有找到肥胖发生必须经过的分子病理过程。这种肥胖发生的关键病理过程可以认为是一种“哨卡”(checkpoint)，不从这里经过，肥胖就不能发生。只有找到这样的分子“哨卡”，我们才能把它作为靶标去进行有效干预。自2004年以来，越来越多的论文发表，提示与人体共生的肠道菌群可能是肥胖发生必不可少的一个致病因素，有可能会成为我们一直在寻找的肥胖病发生必须经过的“哨卡”，从而为肥胖症及其相关的糖尿病、冠心病和部分癌症的预防和治疗带来全新的思维模式和技术方法。本人 2013年8月5日在线发表在《自然综述微生物学》杂志网站的观点述评文章，借用研究传染病致病因素的“科赫法则”作为理论框架，对涉及到菌群与肥胖关系的研究论文进行了对比、分析、归纳和整理，提出了肠道菌群就是肥胖病发生必须经过的“哨卡”的观点，特别指出：肠道菌群中的一些内毒素产生菌是肥胖的致病菌，而肥胖可以被看作是这类肠道细菌引起的疾病。为了进一步深入研究证实这个观点，本人提出了通过：1）全微生物组关联分析寻找关键细菌种类；2）分离出这些功能菌，在无菌动物模型中复制疾病以及，3）阐明从肥胖致病菌到疾病各种症状的出现之间的分子机制，这样三者合一，探究肠道细菌在肥胖病发生、发展中的地位和作用的研究策略。这种策略也可以应用于肠道菌群与其他慢性病的关系研究，对于深入认识人体慢性病的发病机制，开发新的疾病诊断、预防和治疗的新技术、新方法具有重要的意义。 http://www.nature.com/nrmicro/journal/vaop/ncurrent/abs/nrmicro3089.html

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[转载]中国微生物学会第十四届微生物学教学和科研及成果产业化研讨会

wmy9039 2013-7-24 11:09

来源南京师范大学网页 http://www.njnu.edu.cn/kxyj/20130722115600_69707_7641.htm 由中国微生物学会基础微生物学专业委员会、农业微生物学专业委员会、普及与教育工作委员会主办，我校和江苏省微生物学会共同承办的“第十四届微生物学教学和科研及成果产业化研讨会”于7月19日-22日在我校仙林宾馆报告厅举行。中国微生物学会理事长邓子新院士，我校田立新副校长，江苏省科协学会部刘德颜副部长，江苏省微生物学会理事长唐家琪研究员，中国微生物学会基础微生物学专业委员会主任李越中教授，农业微生物学专业委员会副主任孙明教授，普及与教育工作委员会主任陈向东教授以及来自全国高校、科研院所和企业的150余名专家和代表参加了会议。今年会议的主要议题是在国家精品开放课程建设背景下的微生物学教学改革和课程建设，微生物学学科建设及研究生培养，微生物学科学研究进展，微生物技术成果产业化，教学、科研、产业化相互促进及教师队伍培养。 20 日上午会议举行了隆重的开幕式。在开幕式上，邓子新理事长、田立新副校长、刘德颜副部长分别代表中国微生物学学会、南京师范大学和江苏省科协致辞。李越中教授、孙明教授和陈向东教授代表主办方对参加会议的代表表示热烈的欢迎。开幕式由江苏省微生物学会副理事长兼秘书长、我校生命科学学院袁生教授主持。开幕式结束后，上海交通大学邓子新院士、武汉大学沈萍教授、山东大学李越中教授、武汉大学陈向东教授、华中农业大学孙明教授、我校袁生教授、华中农业大学陈雯丽教授、中山大学刘玉焕教授、浙江工业大学裘娟萍教授、山东大学刘巍峰教授、武汉大学彭方教授、浙江大学吕镇梅副教授、湖南师范大学陈作红教授、南开大学严冰高工和武汉大学屈三浦高工等15位代表分别就合成生物学、功能微生物菌株及其应用，微生物学教材编写，微生物学国家精品资源共享课建设、申报和升级，微生物学教学体系改革和创新人才培养，微生物学资源共享课程平台建设，微生物教学和科研用菌株的保藏和知识产权保护等内容作了大会特邀报告。西南大学谢建平研究员等17位代表分别就微生物学教学实践与改革、教材建设、微生物资源开发利用和产业化等内容进行了大会报告和学术交流。微生物学教学和科研及成果产业化研讨会每两年举行一次，是中国微生物学会举办的学术会议中唯一一个由三个专业委员共同举办的，主要针对微生物学教学和人才培养、学科与师资队伍建设以及研究成果产业化等议题开展的学术会议。当前，我校正在不断推进“厚生育才”战略，深化教育教学改革，提高人才培养质量和坚持协同创新，主动为经济建设和社会发展作贡献。此次会议的召开对我校生命科学相关学科的教育教学改革、创新人才培养体系的建设和产学研工作的拓展必将产生积极的推动作用。

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[转载]方心芳――我国现代工业微生物学的开拓者

yangsk 2013-7-2 15:57

方心芳――我国现代工业微生物学的开拓者 2006-12-07 　　作者:程光胜　查看评论　进入光明网BBS 　手机看新闻有 7 人参与　　方心芳，微生物学家。我国现代工业微生物学开拓者和应用现代微生物学的理论和方法研究传统发酵产品的先驱者之一。从３０年代初期开始终生从事食品发酵微生物学研究，在酿酒、烷烃发酵生产等方面做出显著成绩。毕生重视微生物菌种的收集、研究、应用和开发。５０年代后组织和指导建立了我国现代微生物学的一些新兴分支学科，培养了一批高级专业人才，为我国微生物学和现代微生物产业的发展做出了重要贡献。　　方心芳，１９０７年３月１６日出生于河南省临颖县石桥乡方庄的一个知识分子家庭。父亲方殿铭是清代的末科秀才，河南开封师范讲习所毕业，做过小学校长和县教育局长。　　方心芳于１９１３年入本村国民小学，成绩优良。在临颖县第一高等小学学习两年毕业后，１９２２年到卫辉府（今河南汲县）法文学校学习３年半取得毕业证书。随即在上海中法工业专科学校附中补习１年，于１９２７年１０月考入上海劳动大学农学院农艺化学系，１９３１年毕业。上海劳动大学是一所免费的大学，强调“双手万能”、“劳动创造世界”，因而注重亲自动手和联系生产实际，这为方心芳后来一生不忘解决生产和人民生活需要的问题奠定了深厚的基础。由于他的毕业论文得到导师、我国近代工业微生物学奠基人之一魏?寿的赏识，毕业后便被推荐到设在天津塘沽的黄海化学工业研究社（简称“黄海”）发酵与菌学研究室任助理研究员。“黄海”是一个以工业救国为宗旨，为振兴中国工业打基础的私营学术研究机构，十分重视用现代科学技术解决实际问题。这使方心芳在一踏上工作岗位就获得了一个极好的锻炼机会。　　１９３５年，他在著名实业家范旭东和化学家孙颖川等的关怀和支持下取得“庚款”资助，到比利时鲁文（Ｌｏｕｖａｉｎ）大学的酿造专修科学习，获酿造师称号。１９３６年分别在荷兰菌种保藏中心和法国巴黎大学研究根霉和酵母菌分类学，１９３７年在丹麦哥本哈根卡斯堡研究所研究酵母菌的生理学。游学两年，走访４国，他遇到过像Ａ．Ｊ．克鲁维（Ｋｌｕｙｅｒ）、Ａ．季也蒙（Ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄ）和Ｊ．娄德（Ｌｏｄｄｅｒ）等国际上第一流的微生物学家。他时刻记住，他是为了解决祖国发酵工业中的微生物学问题出国的，与其停在一个学校取得学位，不如多到几个实验室学会更多的本领。在国外不长的时间内，他发表了从国内带去的菌种的研究结果，发现了一些根霉和酵母菌新种。　　抗日战争爆发时，方心芳正在丹麦，当从报纸上得知这一消息后，他立即中断了在国外的访问研究，匆匆赶回祖国，参加伟大的全民抗日救亡斗争。１９３８年１月他奉范旭东之命到了重庆，一面为“黄海”内迁作准备，一面开展用甘蔗糖蜜生产酒精作为汽车能源的研究。１９３８年８月，“黄海”在四川五通桥市建址，方心芳即举家来此居住。１９４０年他受乐山中央技艺专科学校聘请为农产制造科兼任教授，１９４６年兼任科主任，１９４７年得到当时的教育部颁发的教授证书。　　中华人民共和国成立后，方心芳的生活掀开了新的一页。１９４９年底，他迁家于北京，在位于北京芳家园的“黄海”任研究员兼副社长，并领导该社的发酵研究室。１９５２年１月，“黄海”由重工业部接管，１９５３年２月发酵研究室并入中国科学院的菌种保藏委员会。１９５７年中国科学院北京微生物研究室成立，方心芳任研究员、副主任。他吸引了一批高级研究人员充实研究队伍，在工业微生物学方面开展了选种、分类、酶学及生理学方面的工作。１９５９年中国科学院微生物研究所成立，他被任命为副所长兼工业微生物学研究室主任。他领导了酵母菌分类、遗传育种和青霉、曲霉、根霉、白地霉、乳酸菌、醋酸菌等的分类研究，选育出大批优良菌种应用于工业生产，还开展了丙酮丁醇、氨基酸、调味核苷酸的发酵生产研究，创立了烷烃发酵生产长链二元酸的生产工艺。他主持的科学研究成果先后获得全国科学大会奖、国家发明三等奖、中国科学院重大科技成果奖。在他的倡议和组织下，５０年代在我国建立了地微生物学（包括石油微生物学和细菌浸矿等）、霉腐微生物学、甾体微生物转化等新的分支学科和领域，对我国微生物学的发展具有深远意义。１９５５年他曾率领微生物学代表团访问日本，为两国微生物学家之间建立友好联系做了大量工作。１９７９年方心芳被任命为中国微生物菌种保藏管理委员会主任委员，同年被选为中国微生物学会副理事长。１９８０年当选为中国科学院学部委员。　　８０年代后，方心芳年事已高，但仍然孜孜不倦地为我国的工业微生物学培养人才，规划未来的学科发展，对我国的酿造工业提出过不少重要建议，指导过不少工厂的新产品开发和生产。对登门拜访者或信访者，从来是有问必答，来者不拒，他说过：“我虽然年老体弱，但能为社会主义四化建设发挥余热，感到踏实，精神愉快。”１９９２年３月２４日，在他临终前几小时，他还在和他家乡酒厂负责人研究产品质量改进，真可谓“鞠躬尽瘁，死而后已”。对我国传统发酵产业的贡献　　方心芳早年就立志献身于工业微生物学。他的大学毕业论文便是“中国酱醪中之数种酵母菌”。参加工作后在“黄海”社长孙颖川指导下，他的第一项研究工作是改良高粱酒的酿造方法。他们用高薪招聘酿酒师傅，在社内建立实验工厂进行试验。通过化学分析，找到了酿造高粱酒时原料利用率太低的主要原因是大曲中的有用微生物活性太低。针对这个问题，选出了糖化力强的米曲霉和发酵力强的酵母菌做成麸皮曲，并加入酒母来代替原有的大曲，结果既提高了出酒率，又节约了制曲用的粮食原料。１９３２年创建了威海酒厂，他亲自参加生产劳动，到唐山和山西汾酒厂做考察，写出了关于我国制曲酿酒的第一批科学论文。这些成果至今仍对我国的酿酒行业有重要参考意义。山西汾酒厂在６０年代总结传统工艺时，方心芳的“汾酒酿造情况报告”就被作为重要文献资料使用。抗日战争期间，方心芳和同事们一起，成功地用人尿代替硫酸铵以糖蜜为原料发酵生产出了酒精，为缓解大后方汽车能源困难做出了贡献。在四川乐山全华酿造厂，他进行改造酿酒用大曲的试验，在大曲中接种曲霉、根霉和酵母菌，提高了大曲的糖化和发酵效率。同时对制曲的场所曲房进行了改造，实现了一年四季生产大曲。可惜在当时未能推广。中华人民共和国成立后，随着人民生活的改善，节约酿酒用粮成为突出的问题。１９５１年方心芳在轻工业部召开的酒精生产会议上，根据自己过去的成功试验，重新提出了改造大曲的主张，得到了政府主管部门的支持。１９５２年，方心芳带领一批科技人员在北京酿酒厂开展工作，将用大曲酿制二锅头酒的传统生产方法改为用麸皮曲生产。这项工作对后来在全国普遍推广的“烟台酿酒操作法”的形成有重要影响。１９６０年，他到酒乡茅台实地调查，并派人常住酒厂进行大曲和酒醅中微生物的分离，同时组织力量在北京的实验室中开展鉴定工作。这项工作虽然因为种种原因未进行得很深入，但通过这项工作，一方面获得了一批在后来研制白酒新产品常采用的纯种，同时提出了茅台酒酿制过程中特有风味主要来自耐高温细菌的立论，在７０年代易地仿制茅台酒时，这些研究成果起了重要作用，证明他的看法是正确的。７０年代我国对浓香型白酒的研究取得了重要突破，方心芳怀着满腔热情给予支持和提倡，并指导人们在自己的故乡研制了一种优质浓香型白酒。他曾对我国３０年来酿酒技术的发展做了如下的概括：“５０年代主要是提高淀粉利用率，６０年代是提高白酒质量，７０年代是试验和推广浓香型白酒的酿造方法，８０年代将是试验推广茅台酒曲型特高温酒曲，在各地生产茅台酒型白酒的时期。”的确，如他所预料，８０年代我国从南到北出现了一批风味与茅台酒类似的酱香型白酒。　　除酿酒外，方心芳对山西陈醋、四川麸醋、豆瓣酱、腐乳、泡菜等，都进行过认真的研究。在他对中国传统发酵食品进行实验研究的过程中，对祖国应用微生物的历史也作了深入的钻研，发表过“曲蘖酿酒的起源和发展”等一系列论文，为总结和发扬我国应用微生物学的卓越技术作出了贡献。１９８６年他应约与国外学者一起发表了题为“中国发酵食品史”的专著。对建立我国现代工业微生物产业的贡献　　早在抗日战争时期，方心芳在四川即用霉菌发酵法从当地盛产的五倍子生产出没食子酸，为同事们提供了合成染料和药物的原料。到中国科学院工作是方心芳实现自己理想和展示自己才能的好机会。他领导开展了大量的工业生产用菌种的筛选，获得了一批优良的生产菌种，为国家节约了大量粮食。１９６０年他在化学家黄鸣龙的启示下，领导开展了微生物转化甾体化合物的工作，为我国今天的甾体转化工业的建立奠定了基础。他领导开展的氨基酸发酵研究，为此后我国的氨基酸发酵工业的建立和发展迈出了决定性的一步。１９６４年方心芳听说有的国家认为中国没有能力生产调味核苷酸，他很不服气，为此他在中国科学院微生物研究所组织了一个班子，分工合作，利用微生物所保藏的雄厚菌株，在一年多的时间内就筛选出了优良菌株，并建立了一整套发酵、提取工艺，在我国最先实现了用酶解法生产核苷酸。１９６９年，尽管“文化大革命”严重地干扰着科学研究，方心芳考虑到今后石油发酵的发展趋势，不顾当时的种种困难，组织了烷烃代谢研究组。通过收集、鉴定发酵烷烃的微生物菌种，选出了优良菌株，并采用诱变育种技术创立了烷烃发酵生产长链二元酸的新工艺，为合成麝香、香料、热焙粘合剂和工程塑料提供了重要原料。组建菌种保藏机构，培养微生物学科技人才　　方心芳一生为我国的菌种保藏付出了大量的心血。从大学毕业开始，他始终注意收集、保藏各类微生物菌种。１９３７年在荷兰菌种保藏中心工作期间，由于方心芳对菌种保藏事业的积极投入和认真精神，被Ｊ．韦斯特・迪克（ＷｅｓｔｅｒＤｉｊｋ）聘请为该中心的国际赞助委员会委员。在抗日大后方，为躲避日本飞机轰炸，他总是想方设法把菌种保护好，使其避免损失。１９５０年冬，当美国侵略军把战火燃烧到鸭绿江边时，中国科学院竺可桢副院长到“黄海”征询如何转移保藏在大连科学研究所内的微生物菌种时，方心芳提出了设立全国性菌种保藏机构的建议。这个建议得到了采纳，１９５１年中国科学院成立了全国性的菌种保藏委员会，委员会就菌种的收集、保藏和各有关单位的分工合作等提出了有益的建议。１９５３年初，菌种保藏委员会成为具有实体的科研机构，在方心芳的具体领导下着手积极开展菌种收集、保藏和研究工作。１９７９年，方心芳被任命为中国微生物菌种保藏管理委员会主任委员。经过多年努力，今天中国科学院微生物研究所的菌种保藏库已用当代最先进的手段保藏着近万株菌种，每年向国内外提供菌种数万株，对我国微生物生产领域和微生物学的科研、教学发挥了重要作用。对于方心芳为菌种保藏事业所做出的贡献，１９８２年他的老朋友、日本著名微生物学家、世界菌种保藏联合会前副主席饭冢广教授在访问方心芳后，曾在日本杂志上著文专门作了介绍。　　为使我国工业微生物学事业得到更加广泛和深入的发展，并能解决我国有关生产上提出的越来越多的新问题，方心芳十分注意培养人才。当中国科学院北京微生物研究室成立时，他就积极推荐了一批优秀的大学毕业生到国外学习，这些人现在已经成为我国微生物学各有关领域的学术带头人。１９６２年，党中央在科技界贯彻“科技十四条”，提出科技界要“出成果，出人才”时，他组织研究室的全体同志进行基本功训练，他提出下面的口号：“自学好，教人好，才是学习好；研究有成果，方是完成任务。”３０多年来，他在工业微生物学的各分支领域设法物色合适人才，亲自为他们确定专业方向，提供尽可能的便利条件，要求他们在实践中努力奋斗十几二十年后成为本行业的专家。对于青年，在他们开始工作最初几年，方心芳并不把他们的工作范围定得过于狭窄，而是强调基本功训练，特别是识别各类微生物的能力，注意培养他们解决实际问题的能力。３０多年来，尽管受到种种干扰，到今天，他亲手培养的高级研究人员有数十位，有的已经成为中国科学院的学部委员。　　方心芳在他６０多年的科学生涯中，自觉地克服一切困难，为国家、为人民解决实际问题。在选定科研课题时，始终把国家和人民的急需作为他的主要出发点。他在解决某些重大的课题中作出过自己的贡献，对关系到千家万户日常生活的小问题，也同样兢兢业业去研究。当总结从事工业微生物学研究５０年的时候，他的结论是：人民的需要就是方向，国家需要工业微生物学为发展农副产品加工工业服务。需要就是催他出征的战鼓。在他上百篇的著作中，我们可以看到他那种锲而不舍的钻研精神和百折不挠的毅力。正如我国民族化学工业的拓荒者范旭东所说：“方心芳先生心目中的微生物，决不比一条牛小，他是一个忠实的牧童。”他为了祖国的需要，为认识、应用、驾驭和改造微生物付出了毕生的心血。他对我国工业微生物学发展做出了巨大的贡献。　　(作者：程光胜)

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推荐：微生物学杂志网站汇总

热度 1 陈文峰 2013-4-18 06:22

微生物学杂志网站汇总： Electronic Sites of Microbiology Journals： http://www.e-journals.org/microbiology/

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《微生物细胞工厂》（Microbial Cell Factories）热点论文

zhpd55 2013-3-16 10:40

《微生物细胞工厂》（ Microbial Cell Factories ）是一种开放存取、同行评议的网络版杂志,涵盖了以微生物细胞作为重组蛋白和天然产品生产者涉及的任何相关主题，包括开发、使用和微生物细胞研究等,或作为企业感兴趣的生物转换催化剂。《微生物细胞工厂》也是一种世界领先的杂志，2011年影响因子3.35，主要专注于应用微生物学研究。该杂志是下列数据库的收录期刊： Biological Abstracts BIOSIS CAS Citebase Embase EmBiology Google Scholar Index Copernicus MEDLINE OAIster PubMed PubMed Central Science Citation Index Expanded SCImago Scirus Scopus SOCOLAR Zetoc 下面摘录《微生物细胞工厂》发表的部分高访问论文（ ),供大家参考。 Review Strategies for successful recombinant expression of disulfide bond-dependent proteins in Escherichia coli de Marco A Microbial Cell Factories 2009, 8 :26 (14 May 2009) Review Biofilm reactors for industrial bioconversion processes: employing potential of enhanced reaction rates Qureshi N, Annous BA, Ezeji TC, Karcher P and Maddox IS Microbial Cell Factories 2005, 4 :24 (25 August 2005) Research Efficient recombinant expression and secretion of a thermostable GH26 mannan endo-1,4-β-mannosidase from Bacillus licheniformis in Escherichia coli Songsiriritthigul C, Buranabanyat B, Haltrich D and Yamabhai M Microbial Cell Factories 2010, 9 :20 (11 April 2010) Review Soluble expression of recombinant proteins in the cytoplasm of Escherichia coli S?rensen HP and Mortensen KK Microbial Cell Factories 2005, 4 :1 (4 January 2005) Research Genome-wide identification of Saccharomyces cerevisiae genes required for tolerance to acetic acid Mira NP, Palma M, Guerreiro JF and S?-Correia I Microbial Cell Factories 2010, 9 :79 (25 October 2010) Commentary Why and how protein aggregation has to be studied in vivo Ami D, Natalello A, Lotti M and Doglia SM Microbial Cell Factories 2013, 12 :17 (15 February 2013) Review Potential and utilization of thermophiles and thermostable enzymes in biorefining Turner P, Mamo G and Karlsson EN Microbial Cell Factories 2007, 6 :9 (15 March 2007) Research Recombinant protein expression in Pichia pastoris strains with an engineered methanol utilization pathway Krainer FW, Dietzsch C, Hajek T, Herwig C, Spadiut O and Glieder A Microbial Cell Factories 2012, 11 :22 (13 February 2012) Review Microalgal biofactories: a promising approach towards sustainable omega-3 fatty acid production Adarme-Vega TC, Lim DKY, Timmins M, Vernen F, Li Y and Schenk PM Microbial Cell Factories 2012, 11 :96 (25 July 2012) Research Re-annotation of the CAZy genes of Trichoderma reesei and transcription in the presence of lignocellulosic substrates H?kkinen M, Arvas M, Oja M, Aro N, Penttil? M, Saloheimo M and Pakula TM Microbial Cell Factories 2012, 11 :134 (4 October 2012) Research New insights into Escherichia coli metabolism: carbon scavenging, acetate metabolism and carbon recycling responses during growth on glycerol Mart?nez-G?mez K, Flores N, Casta?eda HM, Mart?nez-Batallar G, Hern?ndez-Ch?vez G, Ram?rez OT, Gosset G, Encarnaci?n S et al. Microbial Cell Factories 2012, 11 :46 (18 April 2012) Research Identification and physiological characterization of phosphatidic acid phosphatase enzymes involved in triacylglycerol biosynthesis in Streptomyces coelicolor Comba S, Menendez-Bravo S, Arabolaza A and Gramajo H Microbial Cell Factories 2013, 12 :9 (29 January 2013) View more articles

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医学家与医学史 3月12日

xupeiyang 2013-3-12 10:24

1. 1851年3月12日，法国微生物学家Charles Chamberland（1851.3.12-1908.5.2）出生。他在1884年发明了一种滤过除菌的过滤器，其滤孔的直径小于细菌的直径，因此可以将液体中俄细菌出去，被称为Chamberland氏烛形滤器。 2. 1967年3月12日，著名病理学家、医学教育家侯宝璋（1893.5—1967.3.12）去世。侯宝璋，安徽省利辛县阚疃集人。侯宝璋年轻时在安徽怀远县一所叫民康的教会医院化验室做帮工，由于工作优异，于1916年被医院保送至北平协和医学校学习，1918年分班入齐鲁大学医学院，1920年毕业后留校工作。1926年，侯宝璋先后到美国芝加哥大学和德国柏林大学深造。在柏林大学，他在Ludwig Pick的领导下，接受了极为严格的病理学训练。1934年侯宝璋发表我国第一部《病理组织学图谱》，同年获得罗氏基金会资助，在伦敦大学热带病研究所工作一年，回国后出任齐鲁大学医学院病理学系教授和系主任，直至1937年抗日战争全面爆发。卢沟桥事变后，侯宝璋负责组织齐鲁大学医学院师生转移到四川成都华西协和大学借读办校。太平洋战争时期，侯宝璋出任华西齐鲁联合大学病理系教授和系主任，并一度代理齐鲁大学医学院院长和兼任中央大学医学院病理系教授。1938年侯宝璋赴贵阳参加贵阳医学院的筹建工作，并负责病理学教学，同年被国民政府教育部任命为部聘教授。从1948年起侯宝璋任香港大学战后复校第一任中国籍的病理学教授兼病理学系主任，并一度代理院长之职。侯宝璋还是一位杰出的医学史学家，是用现代医学观研究中国医学史的第一人。1942年先后发表《为司马相如的病下一诊断（中国糖尿病史）》、《医史丛话》、《中国解剖学史》，1943年发表《中国牙医史》，1954年曾相继发表《中国天花病史》、《疟疾史》、《杨梅疮考》。李约瑟在《中国科学技术史》序言中指出：“侯宝璋是本书作者当时在中国巡回研究中国科技史所尊重和倚靠的病理学家、解剖学家和医学史学家。” 1962年侯宝璋取到澳门，在马万祺的帮助下回国，被任命为北京中国医科大学副校长（即现在的中国医学科学院北京协和医学院），兼病理解剖教研室主任，中华医学会总会理事，中华病理学杂志副总编辑，第四届全国政协委员。侯宝璋的归来对海外侨胞和国际医学界产生了积极的作用和广泛的影响。回到北京后，周恩来、邓颖超接见了侯宝璋及家人。周恩来尊称其为“侯老”；总理说：“侯老，对你们在这个困难时期回来，我十分饮佩！”“我们闭关自守多年，对外面科技发展、进步很少了解，侯老这次回来可以引进医学新科技，引进人才。”侯宝璋归来时为我国订购了一批先进的科研仪器设备，带回了多年收集的珍贵的实验标本及数百份图片资料，他还一手建立起了当时国内先进的分子病理学实验室。侯老还收藏了大量流散海外的陶瓷、书画、善本古籍等珍贵文物，他从香港回北京后将其钟爱之物先后分五批尽赠国家故宫博物院珍藏。 1967年3月12日，侯宝璋因急性心肌梗死病逝，骨灰存放于北京八宝山革命公墓。逝世后，CANCER、英国医学杂志等均在显著位置发表了悼念文章。 3. 1971年3月12日，美国病理学家Eugene Lindsay Opie（1873.7.5-1971.3.12）逝世，他对结核病的病因，传染途径和诊断研究做出了重要的贡献，对疟疾、肿瘤和糖尿病的病因亦有研究，他的研究工作一直延续到90高龄。 4. 1991年3月12日，瑞典生理学家Ragnar Arthur Granit（1900.10.30-1991.3.12）逝世，1940年由于苏联的入侵Granit前往瑞典的斯德哥尔摩定居。Granit因对光刺激下眼的电生理及化学变化研究而与George Wald和Haldan Hartline分享了1967年诺贝尔生理学或医学奖。他首次发现了单独的视网膜神经纤维可以区分不同波长的光线。 5. 2003年3月12日，世界卫生组织发出全球警示，称急性呼吸窘迫综合症（SARS）已在广东、河内和香港蔓延。

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中国农业科学院生物技术研究所微生物酶工程研究室招聘启事

talentblog 2013-3-4 22:40

中国农业科学院生物技术研究所微生物酶工程研究室因科研工作需要，现向国内外公开招收博士后研究人员2-3名。该博士后将以实验室已有实验材料为基础，主要开展：1）微生物酶工程；2）微生物重要功能基因挖掘方面的研究工作。一、招聘条件 1. 具有生物化学与分子生物学或微生物学相关专业博士学位，具有良好的分子生物学基础，熟练的分子生物学、生物化学和微生物学实验操作技能；具有微生物酶工程方面研究经验者优先。 2．对科学研究具有浓厚的兴趣，有事业心与责任感，工作踏实勤奋，富于团队精神与组织协调能力；有较强的学习和环境适应能力。 3. 具有较强的中英文写作能力。 4．具有较强的科研能力，在国际学术刊物发表过研究论文。二、岗位职责能独立申请并开展课题研究，协助课题组负责人指导研究生和带领研究团队。三、应聘材料投递有意应聘者请将本人研究工作经历、发表论文情况等体现本人科研水平的相关资料和2-3名推荐人的姓名和联系方式发至： tianjian3721@163.com ，符合条件者通知面试。资格审查未通过者，不再另行告知。四、应聘答辩按招聘条件和岗位职责对报名人员进行资格审查，并通知初审合格者进行竞聘报告和答辩；资格审查未通过者，不再另行告知。五、待遇在中国农业科学院博士后待遇相关规定的基础上，工作表现突出者待遇从优。

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[转载]用心灵和激情工作的人—记著名兽医微生物学及分子病毒学家崔治中

zhangheng198771 2013-2-22 08:45

用心灵和激情工作的人 ——记著名兽医微生物学及分子病毒学家崔治中教授本报记者刘群英　　初识崔治中教授，我便被他风风火火的工作节奏所感染。和他进一步接触，并通过他周围人的了解，我确信，他是一位用心灵和激情工作的人。在这位已逾６旬的著名的兽医微生物学及分子病毒学科学家身上，你看不到一丝的倦怠和老迈，你能感受到的是他的朝气、活力和激情，以及他对工作、对事业、对国家的那份职责。朴素的爱国情怀　　１９９０年１月６日，美国底特律国际机场，崔治中和妻子来到海关出境口，稍作犹豫，还是递出了他们的Ｉ－９４卡。他知道，这次交出Ｉ－９４卡，就意味着向即将自然获取“绿卡”的美国正式告别了。　　１９８３年９月，在通过了农业部派出人员英语选拔考试后，崔治中来到美国北达可他州立大学畜牧系做访问学者。经过了一年近似打工的重复性工作后，１９８４年９月，崔治中又应邀来到位于密西根州立大学内的美国农业部禽病和肿瘤学研究所，在方竹生博士的实验室既做访问学者又从事家禽病毒病特别是肿瘤病毒的研究。这个实验室是世界上该领域权威的研究机构。经过４年的潜心攻读和研究，崔治中不仅于１９８８年的６月获得美国密西根州立大学禽病毒博士学位，而且在事业上取得突破性进展。他成功鉴定并得到了一个与马立克病肿瘤细胞相关的３８ｋｄ磷蛋白基因，使他所在的研究所不仅在马立克病研究方面继续领先于国际水平，也为该所创造了巨大的经济效益。　　与此同时，纽约的Ｗｉｓｔａｒ研究所要聘用他，明尼苏达大学禽病研究基金会主席夏玛尔博士也主动邀请他去做博士后研究，而他的导师方竹生也希望他留在自己的研究所里继续工作。　　１９８９年春夏之交，中国北京发生了“政治风波”，美国总统布什宣布所有在美中国人的居留签证要自动延长５年，许多人为此欢欣鼓舞，并竭立表现自己的“斗士风采”。但崔治中是冷静的，他认为，此时在美国的大喊大叫对中国社会的进步没有任何积极作用，中国虽然在许多方面落后于西方发达国家，但正因为如此，中国才需要一大批受过现代教育，特别是对外部世界有所了解的知识分子，在中国这块土地上为社会的进步和发展尽职尽责。在他的另一位导师张光先教授的家庭宴会上，许多与他同去美国的访问学者、研究生大为不解地问他：“像你这样有‘不良家庭’政治背景、充满个性又不隐瞒自己观点的人，回国会有什么好处呢？”崔治中回答：“我不期待任何好处，但我相信我能作为一个保持自我人格的人在中国正常地生活下去。” 　　１９９０年初，在完成了博士后研究后，崔治中毅然踏上了回国的旅程。　　崔治中坦率地告诉记者是：“回答‘为什么要回国？’我觉得这既是一个问题，又不是一个问题。因为这应该去问不回来的人为什么不回来，而不应该问已回来的人为什么回来。就好像下班了，人们自然而然要回家，不会问为什么要回家，只有不回家的人，才会有人问他为什么不回家。” 忘我的工作激情　　崔治中１９４４年５月生于江苏省江阴市?１９６６年于原江苏农学院?现扬州大学?牧医系兽医专业五年制本科毕业，１９８０年１０月?经国家教委批准，提前一年从江苏农学院兽医微生物专业３年制硕士研究生毕业。　　在崔治中本科毕业到读研究生的十几年间，他曾在河北省邯郸地区最穷的馆陶县柴堡公社兽医站工作，后调到县兽医站。在那个“群众斗群众”的年代里，崔治中却不去理会那些翻来覆去的运动。他知道，别人是不会去斗他这个既无现职，将来也不会有政治前途的人的。他除了读俄语书、自学英语外，便是潜心研究他钟爱的动物兽医学，在他自己建立的实验室里做他感兴趣的工作。他坚信，现在最没有用的知识和技术，到一定时期将是社会最缺乏最有用的；生命在社会的动乱中白白流失我们无法改变，但我们可以设法使它的价值少损失一点。　　回国后，虽然功成名就，但崔治中依然保持着忘我的激情，每天要工作十几个小时。在他心里，要做的事情太多，要解决的技术难题太多，失去的时间，必须靠忘我的工作去补回来。　　谈到崔治中的忘我工作激情，就不能不谈他的敢于向自我挑战的精神。在扬州大学工作时，崔治中主要从事的是“动物病毒分子生物学”的基础研究，１９９９年，他作为重点引进的拔尖人才，来到山东农业大学工作。山东是一个畜牧大省，许多生产实践中的问题亟待解决。针对这种情况，崔治中在继续原来研究的基础上，主动调整研究的主攻方向，广泛开展了动物病毒分子流行病学、家禽肿瘤病的鉴别诊断和流行病学、免疫抑制病病毒多重感染及其与宿主的相互作用机制、动物性疫苗的开发性研究、动物疫病诊断试剂及试剂盒开发性研究等多种应用性研究。面对挑战是需要勇气的，尤其对一位已经５５岁的科研人员来说，一切几乎从零开始。要建全新的研究室，要购买实验仪器设备，要对设备进行安装调试，等等。但崔治中不畏挑战，在学校的大力支持下，他身先士卒，带领科研人员和研究生很快就将研究室建成了，并立刻投入到实验中。　　在崔治中忘我工作激情的激励下，短短５年时间，这个研究室已先后主持或完成国家自然科学基金重点项目１项，国家自然科学基金面上项目３项，山东省科技攻关项目１项，国际合作项目１项，农业部畜牧兽医总站下达项目１项，横向联合项目３项，另获国家专利１项。这些项目的开展，不仅很好地解决了山东乃至全国某些动物病毒病问题，也使他们取得了多项在国内外有影响的研究进展。　　在完成大量科学研究的基础上，崔治中本人也发表了８０余篇论文，其中ＳＣＩ文章５篇，《中国科学》、《微生物学报》、《病毒学报》等一级刊物上３５篇，在《中国兽药杂志》等二级刊物上４０余篇；主编了２部教材。　　崔治中忘我不懈的努力，也带动了一个学科的发展，他所在的研究室现已成为山东省畜禽疫病防治工程技术研究中心、山东农大学预防兽医学专业博士点、山东农业大学兽医专业博士后流动站。崔治中当然地成为这个学科的中坚。严谨的治学态度　　在崔治中的实验室里，记者见到了他的博士生丁家波。这位在扬州大学就追随崔治中读硕士的江苏籍学生说：“我是被崔老师强烈的人格魅力和严谨的治学态度所吸引，才来到山东农业大学的，在他这里能学到真东西。”崔治中的另一位硕士生张纪元也说：“崔老师对我们的要求非常严格，每项实验记录必须有详实可信的数据，不能有大概、或许、可能等模糊概念。” 　　自１９９９年以来，崔治中的研究室已培养博士研究生３人，硕士研究生５人；与其它高校和单位合作培养博士研究生３人，硕士研究生２人，研究室现有在读博士生９人，硕士生１５人。他给研究生上课有自己的方法，他认为，本科教育是知识性的，而研究生教育则是能力性的。因此，除固定的课时外，每周他必定拿出一定的时间上一堂讨论课，由学生对自己一周来完成的工作进行叙述，而后大家边评边议，他则进行点评，意在培养学生的独立思考能力、创新能力和团队精神。　　在对学生的教育方面，他的身教胜于言教。崔治中是他所在领域公认的大家，“读书破万卷”自不在话下，但他同时认为，对书本知识要学习、要相信，但不能盲从，现实最丰富，要在读书的基础上，更多地到实践中去观察，去动手做，从而找出新的想法、观点和发现。　　丁家波就说：“崔老师的知识非常渊博，许多观点可以引领世界的方向，我感到，那是他善于观察和发现的结果。他对实验中的每一个细节都非常了解，使你不敢在实验中偷懒掺假。” 　　采访中记者得知，每当学生在实验中有重要结果报告给崔治中时，他总要亲眼看着学生将实验过程再作一遍，保证有绝对的把握。学生的实验做完要写论文，崔治中也会逐字逐句的改，包括一个标点符号也不漏过。在他的指导下，学生论文投稿的命中率相当高，已有１篇论文被ＳＣＩ收入。积极的人生态度　　崔治中是一个受过很多挫折的人，在他还不满１０岁时，便因父亲的问题而沦为“黑五类子女”，这个阴影一直伴随着他的求学之路。但他的心灵是敞亮的，人生目标是明确的，就是自信、诚实、奋斗，这个目标激励着他一步步走上了今天的科学高峰。　　崔治中现担任着中国畜牧兽医学会禽病分会副理事长、兽医生物技术学会副理事长、畜禽传染病分会副理事长、《病毒学报》副总编辑等职，是学界的顶尖人物，但他从不以这些作为与组织、与同事争功摆好的资本。　　崔治中所在学院党总支书记王树迎说：“崔老师是撑起学院和学科这片蓝天的栋梁，但在崔老师那里，从来听不到埋怨和牢骚，他也从不以权威的口吻向学院提条件。相反，如果学院有事找到他，他总是爽快答应，积极支持。为了学院和学校，他有使不完的劲，干不完的活。” 　　王树迎称赞说，崔老师在做人上高风亮节，从不计较个人得失，他所想的，除了学科的发展外，就是尽快培养青年教师成长。在崔治中的实验室里，有一位青年教师因种种原因尚未攻读博士学位，崔治中便想方设法创造条件，帮助该教师解决困难，以使他更好地服务于教学、科研和学科建设。　　丁家波、张纪元也说，在他的学生面前，崔老师从不摆权威的架子，总是平等地与大家讨论交流，对于学生的每一点创新想法，即使不是他所要求的，他也会大力支持去做。　　主持大量的科研项目，崔治中手中掌握着几百万的科研经费，但他从不为自己花一分钱，他对自己的生活要求很简单，粗茶淡饭也能对付，但对实验室所需用品，即使再贵也舍得花钱。他手中的钱，全部用在了学生的成长、成才和学科快速发展上了。　　在张纪元的眼里，崔老师既有长者之尊，又有朋友之谊。他说，崔老师与我们开玩笑时，笑容是那样的灿烂和纯真，俨然没有了实验室里的严肃。在繁忙的工作空间，崔老师除了游泳、跑步，还经常组织博士生和硕士生两个队打篮球，他自任博士队队长。他这种热爱生活的热情，已潜移默化地影响了我们。　　丰硕的科研成果，正确的教育方法，高尚的师德和积极的人生态度，使崔治中得到了学生们的普遍赞誉。在学生自发开展的第二届“心目中的十大优秀教师”评选中，崔治中光荣当选。他认为，这是广大学生对他的最高奖赏。

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关于口罩是否能阻止病毒传播问题答读者

micliu68 2013-1-30 00:18

昨天发表的博文“ 口罩，国民抵抗呼吸道传染病的无奈选择 ”，承蒙不少读者阅读并发表高见，在此深表谢意。当然，也有几位读者质疑。我只是一名微生物学与免疫学的教师，本人并未做过口罩的拦截试验，但有国内权威机构早在“非典”时期就已经做过并发布了结果（读者可去查《新快报》 2003 年 6 月 6 日 A5 版）。我看到这条消息后又写了一篇帖子发表在网易论坛上。现在也一字不改附于后面，作为对质疑读者的答复。我想说的是，个人在没有更好的办法时，戴口罩作为一种心理安慰，我不想说三道四。但作为政府机构或官方媒体，如果用口罩误导大众，这就太不应该。口罩不能防 SARS 病毒！（刘琥琥）我 5 月 23 日在论坛上发表了“口罩，可靠吗？”的文章（序号： 37659 ），在文章中，我根据文献资料和一些间接数据，明确推断口罩（尤其是纱布口罩）防护 SARS 病毒不可靠。今天（ 6 月 6 日）“新快报” A5 版报道：经国家食品药品监督管理局用进口“过滤材料试验机”测定， 16 层和 24 层纱布口罩均无阻挡病毒的作用，即使是 N95 口罩，也不是百分白可靠。这证实我的推断是正确的。但是我一点也高兴不起来。为什么？因为我的文章实际上是 4 月 25 日写好的。当时正是抗击“非典”最紧张的时候，我看到那么多医护人员感染病倒甚至牺牲，感到非常痛心！同时我看到某些专家在电视上或报纸上认真严肃地告诉大家戴 12 层或 18 层口罩可以防“非典”，感到非常愤怒！觉得有责任提醒有关行政机关注意医护人员的防护问题，有责任提醒大家注意口罩的不安全性，不要过于依赖。于是开夜车赶写了这篇文章。谁知这篇文章先后投了广东三家大报社，费时一个月，竟是泥牛入海。特别是有一家报社，我专门打电话告诉编辑我投了稿，而且他也告诉我收到了稿子，但最终没有发表。后来我问他原因，他说一是文章太专业，二是太长。但我觉得他是在搪塞我，因为若是愿意发表，可以让我把文章改通俗点改短一点。我真不敢妄加猜想，是报社对我这无名之辈竟敢与某些专家唱反调觉得可笑之至？还是怕人们知道口罩不能防 SARS 病毒可能引起混乱？还是有更深层次的原因？我真不愿意以小人之心去度君子之腹，只是觉得要说大老实话可真难！但我今天仍然要问那些认真告诉大家戴纱布口罩可以防“非典”的某些专家，你们在发布这些指导时参考了什么文献？做了什么实验？难道你们不知道病毒只有纳米大小吗？现在你们是否能站出来再说点什么？最后，我要谢谢网友“瘪三”，他在我的文章上论坛当天就回复并写下了赞赏之词。（注：此文于 2003 年 6 月 7 日发表于网易论坛，序号 44588 ）

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[转载]Science：免疫细胞的自杀式报警

crossludo 2013-1-25 15:24

来自北卡罗来纳大学医学院的研究小组发现，巨噬细胞有一套自杀报警系统，可通过这一信号通路检测逃离至细胞溶质中的细菌。这一信号激活了一种叫做caspase-11的酶，其启动了巨噬细胞中的自我毁灭程序。免疫系统中的巨噬细胞通常通过吞噬入侵细菌，将它们纳入液泡中，来杀死并消化它们。有一些细菌会竭力阻挠这一效应，撕开液泡，然后逃至巨噬细胞富含营养物质的细胞溶质区室中，在那里它们进行分裂，最终继续侵染其他细胞。然而来自北卡罗来纳大学医学院的研究小组发现，巨噬细胞有一套自杀报警系统，通过这一信号通路检测逃离至细胞溶质中的细菌。这一信号激活了一种叫做caspase-11的酶，其启动了巨噬细胞中的自我毁灭程序。研究的资深及通讯作者、北卡罗来纳大学微生物学和免疫学助理教授Edward Miao 博士说：“这几乎就像一个悄悄溜进房中，却对警报一无所知的小偷离开时撞倒了墙，这将导致他被警察抓住。在巨噬细胞中，通过这种称作pyroptosis的细胞死亡方式将细菌排除出细胞，让其暴露于其他的免疫防御机制。” 这一研究报告在线发表在1月24日的《科学》（Science）杂志上。 Edward Miao说，这些新发现证实小鼠通过这一检测通路避免了液泡逃逸伯霍尔德杆菌属：B. thailandensis和B. pseudomallei引起的致命性感染。尽管这两种细菌是近亲，但它们的致命性却存在差异。B. pseudomallei是一种潜在的生物武器。用在喷雾剂中，可通过气溶胶途径感染人群，引起疾病和死亡。此外，它还可能会进入潜伏期，“转变为肺脏中的‘休眠者’，在此潜伏数十年，” Edward Miao解释说。相比之下，B. thailandensis与B. pseudomallei共同具有许多特征，但通常却不能够引起任何疾病或感染。 Edward Miao说，这些环境细菌普遍存在于东南亚，若不是caspase-11信号防御系统，世界的这一地区可能不再适合居住。在本研究中明显地显示出这种严峻的可能性。缺乏caspase-11检测信号通路的小鼠不仅易受到B. pseudomallei感染，对正常无危险的B. thailandensis也是如此。因此，caspase-11对于存活于普遍存在这些病原体的环境中至关重要。 Edward Miao指出，其他的研究发现感染性休克的患者中这一信号通路有异常激活。“我们确定了这一信号应该要做什么，这或许有助于找到在危重病症患者体内抑制它的途径。关于生物恐怖，研究人员说，或许有可能利用已经上市的某些药物就能安全地诱导这一caspase-11信号。“因为这一信号通路需要干扰素细胞因子进行预刺激，有可能用干扰素药物预先治疗人们，就能改变生物恐怖事件。这对于伯霍尔德杆菌属这种情况可能是非常重要的，因为这些细菌天然地可以抵抗许多的抗生素。 “但是首先我们必须弄清楚，它们是否能在动物模型中起作用，并考虑干扰素囤积的物流问题，因为当前干扰素的费用非常的高昂。”

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[转载]关注微生物群落的社会生物学

热度 1 hongkuan15 2013-1-2 11:57

美国医学研究所报告关注微生物群落的社会生物学 2012年12月10日，美国医学研究所（IOM）发布了题为“微生物群落的社会生物学”报告。该报告是IOM微生物威胁论坛2012年3月6—7日召开的研讨会总结。 19世纪提出疾病微生物学理论至20世纪的大部分时间，微生物一直被认为是孤立、单细胞、致病的生物。长期以来，微生物学领域只将致病菌作为研究对象，并开发了应对这些致病微生物的抗生素疗法，而忽视了微生物与宿主及与相关微生物群落之间的动态关系，目前的研究表明，只有很少的微生物是致病的。大部分微生物生活在稳定的、复杂的环境中，群落与群落之间以及与有生命宿主和无生命宿主环境之间充满了竞争、合作，形成相互作用关系。事实上，微生物群落与地球上所有生物生态系统错综复杂地交织在一起——从人体肠道的极端环境到深海热泉、南极洲平原。该报告认为，尽管科学家们已经对微生物群落开展了许多研究，但是目前对影响微生物群落的形成、稳定性及其功能发挥的因素和过程却知之甚少。为此，需要彻底改变目前微生物领域只研究致病微生物、只针对微生物的研究方式，转向研究多样化、复杂的微生物群落，了解形成群落间相互关系的力量，了解微生物与其他有机物、相邻群体的相互作用属性，包括与多细胞宿主之间的相互作用。 IOM微生物威胁论坛探讨了新兴学科—— 微生物群落的“社会生物学”，讨论了一系列广泛的主题，包括：1）影响微生物群落形成、功能发挥和稳定性的生态、进化和遗传因素；2）微生物群落如何适应和应对环境刺激；3）推动该新兴领域发展的理论和实验方法；4）微生物群落研究获得的知识，对人类、动物、植物和生态系统的健康以及对深入了解微生物多样性和进化的潜在应用前景。黄菲整理自： http://www.nap.edu/catalog.php?record_id=13500 4 原文题名：The Social Biology of Microbial Communities -Workshop Summary 检索日期：2012年12月21日

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微生物学学科中国学者SCI国际合作：2002-2012

wanyuehua 2012-12-31 06:46

2002-2012 年 SCI 收录至少有一位中国学者（不包括台湾地区）发表的论文 1,153,028 篇（截至到 2012 年 12 月 29 日按出版年统计），其中微生物学 (Microbiology) 学科论文 9,932 篇，包括学术论文 9344 篇、通讯 214 篇、综述 197 篇、会议摘要 73 篇、会议论文 69 篇、更正 55 篇、社论 49 篇、丛书 3 篇等。近十年中国学者发表的 9,755 篇微生物学 (Microbiology) 学科 SCI 论文（统计学术论文、综述、通讯、会议论文）和 98 国家与地区进行国际合作，其中美国是合作发文排名第一的国家与地区共计 1173 篇，占总文章量 12.025 % ；英格兰是合作发文排名第二的国家与地区共计 328 篇，占总文章量 3.362 % ，日本是合作发文排名第三的国家与地区共计 305 篇，占总文章量 3.127 % ，德国是合作发文排名第四的国家与地区共计 205 篇，占总文章量 2.614 % ，韩国是合作发文排名第五的国家与地区共计 221 篇，占总文章量 2.266 % 。近十年微生物学学科中国和美国合作发文最多的机构为中国科学院 143 篇、复旦大学 67 篇、香港大学 59 篇、浙江大学 55 篇、中国农业大学 46 篇、中国疾病预防控制中心 35 篇、中国医学科学院 33 篇、北京大学 33 篇、上海交通大学 32 篇、南京农业大学 30 篇、山东大学 30 篇。近十年微生物学学科美国和中国合作发文最多的机构为美国疾病控制中心 63 篇、马里兰大学 50 篇、俄克拉荷马大学 50 篇、加州大学洛杉矶分校 42 篇、威斯康星大学 32 篇、哈佛大学 30 篇。近十年微生物学学科中国和英国合作发文最多的机构为中国科学院 74 篇、中国海洋大学 73 篇、华南师范大学 24 篇。近十年微生物学学科英国和中国合作发文最多的机构英国自然历史博物馆 76 篇、李斯特大学 36 篇表 1 近十年中国学者微生物学学科 SCI 国际合作情况排名国家与地区发文量占总文章量的百分比（ % ） 1. USA 1173 357.622 % 2. ENGLAND 328 100.000 % 3. JAPAN 305 92.988 % 4. GERMANY 255 77.744 % 5. SOUTH KOREA 221 67.378 % 6. AUSTRALIA 213 64.939 % 7. CANADA 175 53.354 % 8. FRANCE 141 42.988 % 9. NETHERLANDS 109 33.232 % 10. SAUDI ARABIA 86 26.220 % 11. MEXICO 78 23.780 % 12. RUSSIA 67 20.427 % 13. AUSTRIA 61 18.598 % 14. DENMARK 59 17.988 % 15. INDIA 56 17.073 % 16. SPAIN 56 17.073 % 17. SINGAPORE 55 16.768 % 18. THAILAND 51 15.549 % 19. SWITZERLAND 46 14.024 % 20. BELGIUM 42 12.805 % 21. BRAZIL 40 12.195 % 22. SWEDEN 40 12.195 % 23. SOUTH AFRICA 38 11.585 % 24. ITALY 37 11.280 % 25. ISRAEL 34 10.366 % 26. SCOTLAND 30 9.146 % 27. FINLAND 27 8.232 % 28. NEW ZEALAND 26 7.927 % 29. PHILIPPINES 20 6.098 % 30. INDONESIA 18 5.488 % 31. PAKISTAN 18 5.488 % 32. POLAND 18 5.488 % 近十年微生物学学科 SCI 论文被引最多的论文为国际合作论文：标题 : Prevalence and clinical correlates of YMDD variants during lamivudine therapy for patients with chronic hepatitis B 作者 : Lai, CL (Lai, CL); Dienstag, J (Dienstag, J); Schiff, E (Schiff, E); Leung, NWY (Leung, NWY); Atkins, M (Atkins, M); Hunt, C (Hunt, C); Brown, N (Brown, N); Woessner, M (Woessner, M); Boehme, R (Boehme, R); Condreay, L (Condreay, L) 来源出版物 : CLINICAL INFECTIOUS DISEASES 卷 : 36 期 : 6 页 : 687-696 DOI: 10.1086/368083 出版年 : MAR 15 2003 被引频次 : 353 通讯作者地址 : Lai, CL ( 通讯作者 ),Queen Mary Hosp, Univ Dept Med, Rm 407,Professorial Block, Hong Kong, Hong Kong, Peoples R China . 地址 : 1. Queen Mary Hosp, Univ Dept Med, Hong Kong, Hong Kong, Peoples R China 2. Prince Wales Hosp, Dept Med Therapeut, Hong Kong, Hong Kong, Peoples R China 3. Massachusetts Gen Hosp, Gastrointestinal Unit, Med Serv, Boston, MA 02114 USA 4. Harvard Univ, Sch Med, Dept Med, Boston , MA USA 5. Univ Miami , Sch Med, Ctr Liver Dis, Miami, FL USA 6. GlaxoSmithKline, Res Triangle Pk, NC USA 7. GlaxoSmithKline, Greenford, Middx , England

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微生物学学科中国学者SCI十大发文机构：2002-2012

热度 1 wanyuehua 2012-12-30 09:17

2002-2012 年 SCI 收录至少有一位中国学者（不包括台湾地区）发表的论文 1,153,028 篇（截至到 2012 年 12 月 29 日按出版年统计），其中微生物学 (Microbiology) 学科论文 9,932 篇，包括学术论文 9344 篇、通讯 214 篇、综述 197 篇、会议摘要 73 篇、会议论文 69 篇、更正 55 篇、社论 49 篇、丛书 3 篇等。近十年中国学者发表的 9,755 篇微生物学 (Microbiology) 学科 SCI 论文（统计学术论文、综述、通讯、会议论文），共有 4141 个合作机构，其中发文量居前十位的机构见表 1、文量居前80位的机构见表 2、年发文量见表 3。表 1 2002-2012 年 SCI 收录中国学者微生物学学科论文发文量居前十位的研究机构排名机构名称发文量占总文章量的百分比（ % ） 1 中国科学院（ Chinese Acad Sci ） 1624 16.648 % 2 浙江大学（ Zhejiang Univ ） 478 4.900 % 3 香港大学（ Univ Hong Kong ） 473 4.849 % 4 中国农业大学（ China Agr Univ ） 435 4.459 % 5 云南大学（ Yunnan Univ ） 386 3.957 % 6 上海交通大学（ Shanghai Jiao Tong Univ ） 365 3.742 % 7 南京农业大学（ Nanjing Agr Univ ） 302 3.096 % 8 华中农业大学（ Huazhong Agr Univ ） 291 2.983 % 9 复旦大学（ Fudan Univ ） 281 2.881 % 10 中国农业科学院（ Chinese Acad Agr Sci ） 280 2.870 % 表 2 2002-2012 年 SCI 收录中国学者微生物学学科论文发文量居前 80 位的研究机构排名机构名称发文量占总文章量的百分比（ % ） 1. Chinese Acad Sci 1624 16.648 % 2. Zhejiang Univ 478 4.900 % 3. Univ Hong Kong 473 4.849 % 4. China Agr Univ 435 4.459 % 5. Yunnan Univ 386 3.957 % 6. Shanghai Jiao Tong Univ 365 3.742 % 7. Nanjing Agr Univ 302 3.096 % 8. Huazhong Agr Univ 291 2.983 % 9. Ocean Univ China or Ocean Univ Qingdao 289 2.962 % 10. Fudan Univ 281 2.881 % 11. Chinese Acad Agr Sci 280 2.870 % 12. Chinese Acad Med Sci 258 2.645 % 13. Shandong Univ 247 2.532 % 14. Chinese Univ Hong Kong 197 2.019 % 15. Peking Univ 184 1.886 % 16. Nankai Univ 177 1.814 % 17. Xiamen Univ 174 1.784 % 18. Sichuan Univ 173 1.773 % 19. Peking Union Med Coll 170 1.743 % 20. Chinese Ctr Dis Control Prevent 158 1.620 % 21. Wuhan Univ 156 1.599 % 22. State Ocean Adm 137 1.404 % 23. Sun Yat Sen Univ 132 1.353 % 24. Tsinghua Univ or Tsing Hua Univ 126 1.292 % 25. NW A F Univ 120 1.230 % 26. Jilin Univ 110 1.128 % 27. Jiangnan Univ 109 1.117 % 28. E China Univ Sci Technol 104 1.066 % 29. S China Agr Univ 94 0.964 % 30. Hong Kong Univ Sci Technol 93 0.953 % 31. China Med Univ 89 0.912 % 32. Jiangsu Univ 88 0.902 % 33. Cent S Univ 86 0.882 % 34. Minist Educ 83 0.851 % 35. Nanjing Univ 76 0.779 % 36. NE Agr Univ 76 0.779 % 37. Beijing Inst Microbiol Epidemiol 74 0.759 % 38. Ctr Dis Control Prevent 74 0.759 % 39. Third Mil Med Univ 74 0.759 % 40. Acad Mil Med Sci 72 0.738 % 41. Huazhong Univ Sci Technol 71 0.728 % 42. Capital Med Univ 69 0.707 % 43. Lanzhou Univ 67 0.687 % 44. Yangzhou Univ 67 0.687 % 45. SO Med Univ 66 0.677 % 46. S China Univ Technol 63 0.646 % 47. Shandong Agr Univ 61 0.625 % 48. Sichuan Agr Univ 61 0.625 % 49. Chongqing Med Univ 57 0.584 % 50. Jishou Univ 53 0.543 % 51. Fourth Mil Med Univ 51 0.523 % 52. Minist Agr 50 0.513 % 53. Nanjing Normal Univ 50 0.513 % 54. Tongji Univ 50 0.513 % 55. Univ Maryland 50 0.513 % 56. Tianjin Univ Sci Technol 48 0.492 % 57. S China Normal Univ 45 0.461 % 58. Nanjing Med Univ 44 0.451 % 59. Harbin Inst Technol 42 0.431 % 60. Mil Med Coll 2 41 0.420 % 61. Guangdong Inst Microbiol 40 0.410 % 62. Tianjin Univ 39 0.400 % 63. Dalian Univ Technol 38 0.390 % 64. Fujian Agr Forestry Univ 36 0.369 % 65. Anhui Med Univ 34 0.349 % 66. China Univ Geosci 34 0.349 % 67. Southwest Univ 34 0.349 % 68. Zhejiang Acad Agr Sci 34 0.349 % 69. Guangxi Univ 33 0.338 % 70. Henan Agr Univ 33 0.338 % 71. Zhengzhou Univ 33 0.338 % 72. Chinese Peoples Liberat Army Gen Hosp 32 0.328 % 73. Zhejiang Univ Technol 32 0.328 % 74. Hebei Univ 31 0.318 % 75. Hong Kong Polytech Univ 31 0.318 % 76. Tianjin Med Univ 31 0.318 % 77. Tuen Mun Hosp 31 0.318 % 78. Xinjiang Acad Agr Sci 31 0.318 % 79. Princess Margaret Hosp 30 0.308 % 表 3 2002-2012 年 SCI 收录中国学者微生物学学科论文年发文量出版年发文量占总文章量的百分比（ % ） 2012 1871 18.838 % 2011 1824 18.365 % 2010 1322 13.311 % 2009 1266 12.747 % 2008 940 9.464 % 2007 825 8.306 % 2006 559 5.628 % 2005 478 4.813 % 2004 381 3.836 % 2003 269 2.708 % 2002 197 1.983 %

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应用微生物学研究领域很有意义的基础工作

yangsk 2012-11-19 10:54

应用微生物学研究领域很有意义的基础工作杨顺楷四川成都中科院微生物所有关团队开展的的从我国天然源多种生境采样数千份样品，使用选择性分离方法，成功分离出大量酿酒酵母菌株 (Saccharomyces cerevisiae)，并对分离的 99 株代表性菌株进行了群体遗传学、分子核型和有性生殖隔离等方面的研究。这批野生型酿酒酵母菌株在工业微生物学及工业生物技术的遗传育种方面有很高的实用价值，正如国内一位资深工业微生物学家近期评论道：“以野生型菌株作为出发菌株进行诱变育种具有很大的可塑性，能够增强对诱变剂的敏感性，可以删除诱变育种过程中的复杂遗传背景，使诱变剂能够发挥其最大的正变效应；同时在一定程度上也能消除诱变剂的疲劳效应。”此外，这批野生型菌株在发展生物制造前沿技术——基因组学育种领域也有重要价值。在此，特将报道转载如下：微生物所在酿酒酵母生态和群体遗传学研究中获新进展来源：中科院微生物所日期 : 2012 年11 月12 日在发酵工业中广为应用的酿酒酵母 (Saccharomyces cerevisiae) ，也是一种在生命科学研究中常用的模式生物。由于其较清晰的遗传背景、相对较小的基因组、完善的基因组和功能基因组学研究积累、明确的有性生殖循环等优势，除分子生物学领域外，正在成为比较与进化基因组学、生物地理学、群体遗传学、生态学和物种形成与演化机制等研究领域的模式生物。然而，科学家对这种也许是被研究得最为透彻的真核微生物在自然界中的生态分布和群体结构仍然知之甚少。以前的研究主要基于实验室和人工环境菌株，真正的野生菌株很少涉及。因此，对酿酒酵母的遗传多样性、驯化群体的起源与演化及人工选择对其表型和基因组变异的影响等基本问题，很难进行充分的阐释。近几年来，中科院微生物研究所真菌学国家重点实验室的白逢彦研究组对 S. cerevisiae 在自然界的生态分布进行了大规模调查，从分布在不同气候带、人工干扰程度不同的环境，包括人迹罕至的原始森林中，采集了数千份样品，使用特殊的选择性分离方法，成功分离出大量酿酒酵母菌株。进而对 99 株代表性菌株进行了群体遗传学、分子核型和有性生殖隔离等方面的研究。结果表明， S. cerevisiae 在自然界中广泛分布，且存在明显的种群分化；与预想结果相反，树皮、森林土壤和腐木等样品的 S. cerevisiae 分离率均比各种果实样品的更高。野生 S. cerevisiae 存在清晰的群体结构，从测序的野生菌株中识别出了 8 个独立的演化谱系 (CHN I-VIII) 。来自原始森林的谱系 (CHN I-V) 位于演化树的底部，且已发生显著的遗传分化；而来自次生林、果园和果实的谱系 (CHN VI-VIII) 与工业应用 ( 驯化 ) 谱系一起，位于演化树的上部，且群体分化程度较低。这一结果显示了 S. cerevisiae 从原始森林，到次生林，人工环境，再到工业发酵过程的演化路径。原始森林谱系一般为自交群体，具有不同的分子核型，并已产生一定程度的生殖隔离；而人工环境谱系存在更多的遗传重组事件，人为因素促进了其群体间的杂交。与以前群体遗传和群体基因组学研究中应用的，被认为已代表了 S. cerevisiae 全球遗传多样性的一批菌株相比，我国菌株的遗传多样性指数高出近 1 倍。这一结果显示中国，或者东亚，可能是 S. cerevisiae 的起源中心。此外，该研究还在 S. cerevisiae 群体结构的塑造因素和葡萄酒及清酒驯化谱系的起源等方面，提出了新观点。上述研究已发表于 Molecular Ecology (21: 5404–5417, 2012) ，期刊并在同期为本篇论文配发了一篇评论。评论指出，这一研究大幅度地提高了我们对酿酒酵母菌多样性的认识水平，并将大大提升我们对其生态、驯化和演化等方面的研究能力。

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高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用

bioseq 2012-10-10 15:44

资源下载：高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用.pdf 高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用，来源于： www.seq.cn

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[转载]关于如何成为一名成功的博士生的一些思考

qlearner 2012-9-20 16:49

原作者：Bruce E. Rittmann 在亚利桑那州立大学环境工程专业攻读博士学位的研究生有着不同的经历、职业规划、工作习惯和能力。作为曾经的博士生、其他博士生的朋友和同事，以及博士生导师，我观察到了一些有助于博士生在该领域获得成功的品质和技巧。我认为分享我的观察能够对你们有所帮助，不管你将要完成你的学业，刚刚入学还是正在考虑攻读博士学位。（我注意到这篇文章的大部分内容同样适用于博士后研究员）。 1. 你攻读环境科学与工程专业博士学位的主要原因是获得从事该领域最高级别的科研和教学所必须的知识、技能、经验、信心和学历。 2. 当你即将结束你的研究生学习时（通常是进行论文答辩的时候），你应当成为你的研究领域的世界级专家。没有人（包括你周围的教授）会比你更了解你的论题。你还应该跻身于其他相关领域的世界级学术带头人，如微生物生态学和微生物建模。 3. 为了实现第一第二点所述的要求，你必须广泛地、积极地、批判性地阅读。广泛的阅读意味着阅读的书籍和期刊文献不仅仅局限于传统的环境工程学领域，比如微生物学、微生物生态学和化学工程。积极的阅读是指阅读大量的文献和书籍并且使这种阅读成为一种习惯。一个有效的经验法则是每天平均读一篇文献。批判性的阅读强调花一定时间进行思考来完整地理解文献，掌握它对你的研究和职业的影响，并发现它的优点和不足之处。一个好的方法是用自己的语言来总结每一篇高质量的相关文献中关键的创新点和概念。而在我看来，一个坏的习惯是用大量的照搬照抄来替代批判性的阅读。把文献放在抽屉里并不等于对作者的前提假设提出异议，跟随作者的思路，质疑实验数据的解释以及思考文献结果对你的研究的潜在帮助。阅读是你的研究和将来的职业的基础。它使得你能够跟踪近几年或近几十年的最新成果，并拓展你对科研的认识。虽然课程学习能够给你某个学术领域粗略的概述，但阅读能够帮助你成为与时俱进的专家。阅读还能让你了解撰写学术论文方法和标准。最后，阅读还能够产生新的想法，这有可能发展成为新的研究课题、计划和实践，如果你想在高层次科研中做出贡献。一旦你离开学校，你进行大量阅读的时间和权限将大大减少。所以现在就该多读、多读、多读！ 4. 为了从你的研究中获得最大的收益，你应该经常以书面或口头的方式展示你的研究成果。这种展示迫使你组织好你的思路，并将关键性的结论从不太重要的材料中提取出来。不管你是否需要为资助机构准备阶段性汇报，你都应该对每个阶段的研究工作进行诸如几个月一次的定期总结。如果你确实有新颖的、确凿的实验结果，你可以考虑撰写期刊论文或会议论文。当遇到口头报告会时（比如课题组组会和系里的研讨会），主动发表你的观点。要让组织者终止你的讲话，而不是让他们提请你发言。记住，你将来的成就和学术影响力直接决定于你能否有效地展示你和你的研究成果。 5. 为你和你的工作提出最高的要求。换句话说，做你自己最严厉的批判家。主动进行更为深入的思考、更为广泛的沟通和更加精确的分析，而不是仅仅完成你的导师所要求的标准或一般标准。时刻寻找你的错误，而不要等到别人指出你的错误（通常在令人难堪的场合）。当你发现错误时，不要害怕承认错误，因为只有这样你才能从错误中吸取教训。 6. 观察你周围的人，尤其是那些公认的成功人士。学习他们的长处并为己所用。但是记住，你是独一无二，与众不同的。 7. 分享你的想法、观点和知识。你身边的学生和同事会给予你最宝贵的经验、支持和鼓励，不管是现在还是将来。 8. 享受一个研究生所拥有的相对的自由。利用这段宝贵的时间去探求新的研究领域，结识各方豪杰。不要局限于你的研究，同时也要有社交和思考上的乐趣。 9. 别忘了，一个研究生的最终目标是不再成为一名研究生：简单的说，就是毕业。实现这个终极目标的最佳手段是采用专业化和业务化的方法。研究生学习是一份需要自律的工作。

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[转载]基因专利创造性判断的价值取向

liuxuxia126 2012-5-31 13:56

2011年8月1日，国家知识产权局专利复审委员会作出第34518号复审请求审查决定，涉及申请号为200810056041.7、发明名称为“一个与耐逆相关的水稻海藻糖合酶基因的克隆及应用”的发明专利申请，其申请日为2008年1月11日。　　2009年6月26日，国家知识产权局在进行实质审查后对该申请作出了驳回决定，理由是该申请不具备专利法第二十二条第三款所规定的创造性。　　驳回决定所针对的权利要求1如下：　　“1、来源于水稻的基因在培育耐逆性植物中的应用，所述基因编码的蛋白质的氨基酸序列为序列表中SEQIDNO：1N-端缺失第1至40位氨基酸残基的氨基酸序列或为SEQIDNO：1N-端缺失第1至130个氨基酸残基的氨基酸序列。” 　　驳回决定认为：权利要求1请求保护来源于水稻的基因在培育耐逆性植物中的应用。对比文件1（大肠杆菌海藻糖合成酶基因对提高烟草抗逆性能的研究，戴秀玉等，微生物学报，第41卷第4期，第427-431页，公开日为2001年8月）公开了大肠杆菌海藻糖合成酶基因提高烟草抗逆性的应用，权利要求1与对比文件1的区别在于：权利要求1采用水稻来源的海藻糖-6-磷酸合酶。对比文件2（NCBI数据库序列，登录号：EAY98715，公开日2007年02月09日）公开了一种来源于水稻的蛋白，该蛋白序列与本申请中SEQIDNO：1中第131-985位完全相同。同时对比文件2指出该蛋白4-478或4-469为海藻糖-6-磷酸合酶（即TPS）的结构域。虽然对比文件2并未公开该蛋白是海藻糖-6-磷酸合酶，但是由于其具有海藻糖-6-磷酸合酶结构域，因此本领域技术人员可以通过常规的技术手段检测该蛋白是否为海藻糖-6-磷酸合酶（如将该蛋白进行体外表达进行酶活检测），这对本领域技术人员而言是显而易见的。同时为了方便操作，将引物位置设置在起始密码子上游以保证蛋白的完整性，也是本领域惯用的技术手段。而选择其上游的390个核苷酸（即130个氨基酸）也没有给整个技术方案带来预料不到的技术效果。由此可知，在构建转基因耐逆植物时，本领域技术人员有启示采用常规技术手段扩增并且验证对比文件2中的蛋白是否为海藻糖-6-磷酸合酶，并将对比文件1中来源于大肠杆菌的海藻糖-6-磷酸合酶替换为对比文件2中的来源于水稻的海藻糖-6-磷酸合酶。因此在对比文件1的基础上结合对比文件2以及本领域的公知常识获得权利要求1的技术方案是显而易见的。因此权利要求1不具有突出的实质性特点和显著的进步，不符合专利法第二十二条第三款有关创造性的规定。　　申请人对驳回决定不服，向专利复审委员会提出复审请求，认为本申请具备创造性。　　合议组经审查认定的事实如下：对比文件1公开了大肠杆菌的海藻糖合成酶（其功能是催化UDP-葡萄糖和6-磷酸葡萄糖合成6-磷酸海藻糖）otsA基因通过植物转化的方法转入烟草中，提高烟草耐逆性的方法。权利要求1与对比文件1的区别在于，转入植物中的基因序列不同。权利要求1实际解决的技术问题是将水稻来源的基因进行转基因操作，诱导植物耐逆性。对比文件2公开了一种来自水稻的蛋白序列，共855个氨基酸，该序列与权利要求1中所述的Δ(1-130)的氨基酸序列相同，比权利要求1中所述的Δ(1-40)少90个氨基酸。对比文件2中对于包含855个氨基酸的完整序列的描述为“假定的蛋白”；对于其第4-478位氨基酸区描述为“海藻糖-6-磷酸合成酶；暂定的”；对于其第524-739位氨基酸区描述为“卤酸脱卤素酶样水解酶”。因此，权利要求1是否具备创造性的争议焦点在于，本领域技术人员是否有动机将对比文件2公开的蛋白序列的编码基因引入对比文件1的方法中，诱导植物耐逆性。　　对此合议组认为：首先，对比文件2公开的蛋白仅是推测蛋白，并没有明确验证其功能为“海藻糖-6-磷酸合成酶”；其次，对比文件2公开的推测蛋白的一部分暂定为“海藻糖-6-磷酸合成酶”，该推测的功能仅仅基于序列分析得出，蛋白中含有某功能区域并不意味着该蛋白必然有该功能，例如很多前体蛋白刚被分泌出来的时候没有功能，在去除一些氨基酸后才具备相应功能，而且，基于序列分析推测的功能的准确性很难确定，对比文件1中公开的是来源于大肠杆菌的“海藻糖-6-磷酸合成酶”，在缺乏植物来源“海藻糖-6-磷酸合成酶”的结构和功能研究的现有技术的情况下，本领域技术人员仅根据对比文件2很难确定该推测结构域功能的准确性；第三，对比文件2公开的推测蛋白还含有“卤酸脱卤素酶样水解酶”结构域，这些功能域之间也可能相互作用，影响完整蛋白的功能，也就是说，本领域技术人员更加难以确定该完整蛋白的功能。由于存在上述对基因功能的诸多推测和不确定性，本领域技术人员缺乏足够动机将该推测蛋白的编码序列导入植物诱导耐逆性。因此，驳回决定和前置审查意见认为权利要求1相对于对比文件1和对比文件2的结合不具备创造性的理由不能成立。　　案例评析　　本申请涉及基因专利申请的创造性判断。基因专利的一个特点在于，随着人类以及其它物种基因组图谱绘制的完成，要想提出一段完全新颖的基因序列（或其编码的蛋白序列）几乎不可能了。专利申请中的任何一段序列，经过在Genbank等数据库中检索，几乎都可以找到全部或部分相同的、或者具有一定同源性的序列。本领域的研究目标也从对于序列本身的探究进一步深入到了对于序列的表达、调控、定位、功能以及功能域的研究上来。虽然蛋白的高级功能由一级结构决定，而蛋白又由基因所编码，但人类根据基因的序列信息（其决定了蛋白的一级结构），还无法直接确定其所编码的蛋白的最终功能。因此，在目前的基因研究中，通过生化实验、细胞实验、动物实验测定基因的功能、表达、调控等仍旧是第一位的。其余计算机等工具，可以将待研究的序列与已知功能的序列进行对比，对其功能或功能域进行预测，但预测出的“功能域”往往和多种已知蛋白的结构域存在或高或低的同源性，而且同源性的高低也不直接决定最终的功能，这是因为有时一个关键位置的改变就可能导致蛋白功能的巨大变化。因此，计算机预测虽然有助于确定研究方向，但其终究还只能作为一个辅助手段，这使得基因学的研究仍属于典型的实验科学。　　由于实验科学具有高度不可预测性，因此，在涉及基因的发明创造性的判断中，应充分考虑到这种特点，对于创造性评述时的动机、效果等谨慎地考虑，这是在基因专利的创造性判断时很重要的一个价值取向。但是，由于审查员在评述发明的创造性时已经获悉了发明的内容，检索时是根据发明提供的技术方案逆向查找相关对比文件，不自觉地容易犯“事后诸葛亮”的错误。具体在本申请中，通过本申请检索到与SEQIDNO:1的基因可能比较容易，但要想到，在本申请完成以前，本领域技术人员所面对的是水稻中千千万万的基因或基因片段，要找到一个合适的基因并不是那么容易的。实际上，在科技发展的今天，几乎每项发明创造的完成都需要借鉴相关现有技术，往往完成发明创造付出的劳动和发明创造取得的实际效果是考察创造性时值得考虑的因素。正如本领域技术人员所知的那样，即使已经获得了一个“可能”具有某种功能的基因，要想确定该高等植物基因的功能也不是很容易的工作，特别是将该基因转入植物，验证转基因植物的功能通常需要花费大量、繁杂的试错和筛选。本申请实施例2-5成功将N端缺乏1-40和1-130个氨基酸的SEQIDNO：1的编码基因导入水稻，并验证了转基因水稻具有提高的耐逆性。因此，在现有技术对发明技术方案的得出存在诸多不确定性，并且发明技术方案的完成需要大量、繁杂的实验的情况下，本领域技术人员并没有动机将对比文件1公开的蛋白的基因应用到对比文件2中，得到权利要求1中涉及编码Δ(1-130)和Δ(1-40)的技术方案。　（韩世炜）

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投稿《微生物学通报》被退稿

wmy9039 2012-4-24 15:31

4月24，一个不吉利的数字，花了半年时间做出的论文，3月23日投稿《微生物学通报》，一个月后遭到退稿的厄运，悲剧呀！不要放弃，要迎难而上，当天晚上，稿件修改后，投到食品工业科技杂志，第二天上午，修改后重新通稿，相信这次肯定能成功！

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[转载]世界卫生组织简报 2012年4月第90期第4号

xuxiaxx 2012-4-19 16:51

特刊：流感社论世卫组织流感研究议程：两年之后新闻流感之迷近年来在微生物学和分子测序方面的进展，大大拓展了我们对人流感病毒如何进化和传播的理解。但若干悬而未决的问题仍然困扰着研究工作者。季节性流感信息传播世界范围的季节性流感宣传活动必须因地制宜，适应一国民众和文化的需要。但哪类活动效果最好，有什么障碍？研究 1 肯尼亚西部农村基于人口的流感相关住院负担，2007-2009 2 药物和非药物干预缓解蒙古流感病毒传播的可能效果 3 孟加拉国四个前哨地点 2009 年流感相关的死亡率 4 2003 年至 2008 年在中国温带及亚热带城市中流感引起的死亡率政策与实践 1 资源贫乏国家中通过免疫接种服务进行肺炎的综合防治实地的经验教训 1 印度尼西亚两个市场应用健康食品市场指导方针以减少“禽流感”传播 2 改善撒哈拉以南非洲的流感监测 3 流行病和干预建模 – 政策决策的基本科学原理？2009 年流感大流行的经验教训 4 制订 21 世纪欧洲传染病大流行应对准备:经验、演变和未来的措施来源： http://www.who.int/bulletin/volumes/90/4/zh/index.html

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2011年微生物学国际研究前沿

xupeiyang 2011-12-30 09:07

RESEARCH FRONTS RANKINGS IN MICROBIOLOGY Sorted by: Citations Papers Citations per Paper Mean Year Fronts 1 - 20 (of 192) Page 1 of 10 View Fronts Papers Citations Citations Per Paper Mean Year 1 2009 PANDEMIC INFLUENZA A(H1N1) VIRUS; RECEPTOR BINDING; PANDEMIC A(H1N1) 2009 INFLUENZA VIRUS; D222G HEMAGGLUTININ MUTANTS ISOLATED; VIRULENCE-ASSOCIATED SUBSTITUTION D222G; ALTERED RECEPTOR SPECIFICITY 2 17 8.50 2011.0 2 GENETICALLY ENCODED AMINO ACID PYRROLYSINE; UNIQUE ENERGY METABOLISM; METHANOGENIC ARCHAEA; COMPLETE BIOSYNTHESIS; SELENOCYSTEINE 2 13 6.50 2011.0 3 HEPATITIS C VIRUS NS2 PROTEIN; PROTEASE INHIBITOR-RESISTANT HEPATITIS C VIRUS MUTANTS; INFECTIOUS VIRUS; VIRUS ASSEMBLY; REDUCED FITNESS 2 15 7.50 2011.0 4 MICRORNA ANNOTATION DEEP-SEQUENCING DATA INTEGRATION; INNATE IMMUNE SYSTEM; HOST INTERACTIONS; PATHOGEN RECOGNITION 3 26 8.67 2011.0 5 TAX UBIQUITYLATION; HTLV-1 BZIP FACTOR INDUCES T-CELL LYMPHOMA; MURINE ADULT T CELL LEUKEMIA; SUPPRESSING HTLV-I TAX-MEDIATED TUMORIGENESIS; THERAPY-INDUCED SELECTIVE LOSS 4 22 5.50 2011.0 6 MALARIA PARASITE INVASION; ERYTHROCYTE INVASION PROCESS; HOST-ASSOCIATED INVASION COMPLEX; MOVING JUNCTION-DEPENDENT INVASION; AMA1 TRIGGERS TOXOPLASMA 5 43 8.60 2010.8 7 HUMAN DISTAL GUT MICROBIOTA REPEATED ANTIBIOTIC PERTURBATION INDIVIDUALIZED RESPONSES; DEVELOPING INFANT GUT MICROBIOME; HUMAN FECAL MICROBIOME; INFANT GASTROINTESTINAL MICROBIOTA; HUMAN MILK GLYCOBIOME 7 86 12.29 2010.7 8 TRIM5 ALPHA PROTEIN; HUMAN TRIM5 ALPHA; INNATE IMMUNE SENSOR; HIV-1 ACTIVATES ANTIVIRAL INNATE IMMUNITY; RETROVIRAL CAPSID RECOGNITION 4 45 11.25 2010.7 9 HUMAN UTERINE EPITHELIAL CELL SECRETIONS; DENDRITIC CELL DIFFERENTIATION; HIV-1 DIRECTLY IMPAIRS MUCOSAL EPITHELIAL BARRIER INTEGRITY ALLOWING MICROBIAL TRANSLOCATION; TLR LIGANDS; EXPOSURE; RESPONSES 2 29 14.50 2010.5 10 PSEUDOMONAS AERUGINOSA; BACTERIAL CHARITY WORK LEADS; STABILIZES COOPERATIVE SECRETIONS; POPULATION-WIDE RESISTANCE; MOLECULAR MECHANISM 2 32 16.00 2010.5 11 RNA EDITING ENZYME ADENOSINE DEAMINASE; CONTROLLING MEASLES VIRUS REPLICATION; RESTRICTION FACTOR; ADAR DEAMINASES; REQUIRED 2 27 13.50 2010.5 12 SECRETED BACTERIAL OUTER MEMBRANE VESICLES; IMMUNOMODULATORY ROLES; BIOLOGICAL FUNCTIONS; VIRULENCE; BIOGENESIS 2 31 15.50 2010.5 13 UNUSUAL TYPE IV-LIKE PILI; MASS SPECTROMETRY ANALYSES; ARCHAEON METHANOCOCCUS MARIPALUDIS; PRODUCING HOMOGENEOUS GLYCOPROTEINS; COMBINED METHOD 2 29 14.50 2010.5 14 PANDEMIC (H1N1) 2009 INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ ANTIGENIC STRUCTURE PREDICTION; A(H1N1) INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ; 1918 INFLUENZA PANDEMIC; HEMAGGLUTININ RECEPTOR BINDING AVIDITY DRIVES INFLUENZA; VIRUS ANTIGENIC DRIFT 6 118 19.67 2010.1 15 2009 PANDEMIC INFLUENZA; (H1N1) 2009 VIRUS; KEY OSELTAMIVIR RESISTANCE (H275Y) SUBSTITUTION; RAPID MOLECULAR ALGORITHM; (H1N1) VIRUSES 2 52 26.00 2010.0 16 ANTIBIOTIC RESISTANCE RESERVOIR; REVERSE RESISTANCE; LATERAL GENETIC TRANSFER; GENETIC EXCHANGE COMMUNITIES; FUNCTIONAL CHARACTERIZATION 3 98 32.67 2010.0 17 CROWDING PROTEIN STABILITY; MACROMOLECULAR CROWDING EFFECTS; DYNAMIC MOLECULAR MODEL; QUANTITATIVE COMPARISONS; BACTERIAL CYTOPLASM 3 86 28.67 2010.0 18 HELMINTH IMMUNOREGULATION; HELMINTH SECRETIONS INDUCE DE-NOVO T CELL FOXP3 EXPRESSION; PARASITE SECRETED PROTEINS; MODULATING HOST IMMUNITY; REGULATORY FUNCTION 2 56 28.00 2010.0 19 HEPATITIS C VIRUS GENOTYPE 1-7 CELL CULTURE SYSTEMS; HEPATITIS C VIRUS STRAINS; IMPAIRS VIRUS NEUTRALIZATION; HYPERVARIABLE REGION 1 DIFFERENTIALLY IMPACTS VIABILITY; GENOTYPES 1 2 62 31.00 2010.0 20 HIV-1 CENTRAL POLYPURINE TRACT FUNCTIONS; DEFINING APOBEC3 EXPRESSION PATTERNS; FULL APOBEC3 MRNA REPERTOIRE; HIV-1 RESTRICTION; HUMAN TISSUES 3 72 24.00 2010.0

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[转载]棒棒医生：《伤寒论》毫无临床价值

wliming 2011-12-29 21:38

《伤寒论》毫无临床价值　　作者：棒棒医生　　《伤寒论》是中医心目中无比高大不可动摇的经典，但是它的趣味性不强，引不起阅读快感。在趣味性上，它比著名的笑话大全《本草纲目》差的太远。　　研究一下《伤寒论》可知，古人原来是这样理解他们一筹莫展的传染病的，这其实很有趣。但是，现代医学发展到今天，尤其是微生物学、免疫学、流行病学、抗菌药物、检验技术的高度发达，人类对传染病已经有了强有力的手段，《伤寒论》的现实作用可以说同《本草纲目》一样，略等于零。它应该且只应该成为医学史家研究的对象。　　一、《伤寒论》产生的时代背景　　谈《伤寒论》产生的时代背景，必须先做一个假设，即作者张仲景的生平是可靠的，就是说他大约生于公元150～154年，死于215～219年。这当然是一个很不靠谱的假设，有较真的学者考证，就像扁鹊、华佗一样，张仲景很可能也不是历史上真实人物，《伤寒论》更可能是晋人王叔和的伪托之作。这些考证有理有据，可信度更高。　　根据张仲景是真实历史人物的假设，我们将镜头穿越到东汉末年。对于中华民族，尤其是草民们，这是一个不堪回首的恐怖时代。在这个时代里，人民不仅要承受频繁的战乱和自然灾害，更深重的苦难还有“瘟疫”。史家统计，公元 119至217年百年间（正是传说中张仲景生活的年代），发生过几十次大瘟疫。仅东汉末年短短三十年间，有明确记载的全国性大瘟疫就有十二次。那时的医学对于瘟疫的真正原因完全摸不着头脑，更谈不上有效的治疗，因此死亡之惨重尤胜于战争。尽管并没有可靠的统计数据，但留下的文字记载足以使人对其悲惨景象感同身受。　　曹植《说疫气》：“家家有伏尸之痛，室室有号泣之哀，或阖门而亡，或覆族而丧。”令人毛骨悚然。曹操《蒿里行》：“白骨露于野，千里无鸡鸣。生民百遗一，念之断人肠。”这并非是文学的夸张，实是苦难时代的素描。而据曹丕回忆录：“昔年疾疫，亲故多摧其灾。徐、陈、应、刘一时俱逝，痛可言邪!” 在建安二十二年的大瘟疫中，就连著名公知“建安七子”也难逃其厄，七个竟然一时死了四个。而“七子之冠冕”王粲据专家考证后来也死于瘟疫。　　“建安七子”七死五，蝼蚁平民复何如？东汉末年大瘟疫究竟死了多少人？是不是如著名老中医邓铁涛所说我中华民族在中医的护佑（忽悠）下，从无死亡超过百万的传染病发生？非也！根据官方记载，瘟疫爆发前的汉桓帝永寿三年（公元157年）时，全国人口为5650万；经过大瘟疫，仅仅八十年后晋武帝太康元年（公元280）时，全国人口仅存1600余万，锐减达四分之三。而在瘟疫最惨烈的中原地区，到三国末年，其人口仅及汉代的十分之一。除去战争和灾荒的原因，仅仅瘟疫所带来的人口减少至少也有2000万。　　医圣张仲景躬逢其时，亲临其境，亲受其灾。他的家族本是望族，人口众多，达两百余口，不到十年，三分之二死于瘟疫（他排除了战争和饥荒因素）。除了哀叹外，他做了怎样的研究和努力？他写的《伤寒论》是怎样认识“瘟疫”的？又提供了怎样的治疗方法？对后世瘟疫的治疗和控制产生了怎样的影响？　　二、伤于寒乎　　 19世纪后期，现代微生物学的诞生了。经过巴斯德、科赫等科学家艰苦卓绝的努力，人类终于逐渐弄明白了瘟疫的真正原因，随后才逐渐找到了有效的武器。根据历史记载，各种传染病如天花、鼠疫、白喉、猩红热、霍乱、斑疹伤寒、伤寒、肺结核、麻风、疟疾等都曾袭击过中国大地，一个也不少。古人对这些传染病的病因、传播途径、病理生理过程一无所知，只能在漫漫长夜中展开无可奈何、收效甚微的臆想。把所有的传染病一律笼统称之为“瘟疫”，表现出现代医学诞生前人类中国古人对疾病和死亡的原始恐惧。　　张仲景把东汉末年爆发的大瘟疫称为“伤寒”，这个名词实际上就是他的传染病病因学说。但这并非他的创新，《素问》说：“夫热病者，皆伤寒之类也。” 又说“人之伤于寒也，则为病热。”大凡传染性疾病，几乎都有发热的症状，古人想当然的推测，发“热”就是伤于“寒”。至张仲景则干脆把“伤寒”作为一切外感热病的总称（不仅包括鼠疫、霍乱，也包括痢疾、疟疾甚至更多的是普通感冒）。他凭什么？他是如何得出这个结论的？根据史料，没有发现他曾经有过实地调查、疾病观察、临诊研究的记载，他所作的仅仅是“勤求古训”、“用思精”。也就是说，张仲景不过是从《素问》等古书里得到启发，加上自己的苦思冥想而得到的结论。这正是中国传统医学在探索方法上最根本的方向性错误。士大夫长沙太守张仲景犯了脱离实际的方法错误，闭门造车的“伤寒”之论实际上还远不如蛮族匈奴人对瘟疫的朴素认识。　　早在西汉武帝时，匈奴人基于对瘟疫朴素的认识对汉军采取了史上最早的 “生化武器”：“匈奴闻汉军来，使巫埋羊牛，于汉军所出诸道及水源上，以诅汉军”。果然，汉军接触或饮用被牛羊尸体污染的水源后，就发生了瘟疫，连著名的军事家霍去病，也在远征匈奴大获全胜后，年仅二十四岁就病死了。这说明匈奴蛮族认识到瘟疫可以通过污染水源来传播，与医圣的“伤寒论”相比，这是多么了不起的见解！现代医学在千年之后，通过无比复杂的流行病学调查和微生物学研究才确定这一点。后人根据现代医学理论进行合理推测，汉军带回了匈奴人馈赠的瘟疫之源，在中原地区落地生根，并潜伏下来，一伺外界环境成熟，就大规模发作。病人排泄物通过老鼠及家畜向内地反复传播，由此引发自公元1世纪至4世纪前后数百年间在中原地区反复发作的“伤寒”瘟疫。作为始作俑者，匈奴人一样受到了“诅咒”，史料表明，随后百多年间，匈奴各部屡遭瘟疫，人口锐减。同时，在汉王朝的打击下被迫西迁，疫病随之“一路豪歌”蔓延并扩散，中亚、南亚、阿拉伯半岛、北非以及整个欧洲均不能幸免，对人类的历史产生了深远的影响。　　正如考古学可以探知现代人类疾病几乎都存在于古人甚至史前人类一样；根据现代医学理论，不仅可以合理推测东汉大瘟疫的起源和传播情形，也可以大致推测出其病原。根据其“发高热而苦寒，患者体有斑瘀，死亡率高”的临床特征和流行特点，这次瘟疫很可能是“流行性出血热”（1982年世界卫生组织统一定名为“肾综合征出血热”），这是一种由小型啮齿动物为主要传染源（也有部分家畜），由布尼亚病毒科的汉坦病毒属病毒引起的高死亡率烈性传染病。这种病与“风寒”无关，从这个意义上可以说，整本《伤寒论》失去了其赖以立足的根基。　　当然，我们不必苛求张仲景具有微生物的概念。但是，今天的中医在确凿的事实面前仍然拒不接受微生物学，顽固而又愚昧地用风、寒、暑、湿、燥、火等六淫外感之邪来解释传染病的病因，尽显其反科学和伪科学的丑恶嘴脸。用这种完全错误的理论去治疗传染病，近2000年一无所获，只留下“千村薜荔人遗矢，万户萧疏鬼唱歌”的悲惨景象。明代吴有性在《瘟疫论》中曾大胆猜测“温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”，并指出“瘟疫之邪”自口鼻而入。他这种敢于突破古人思维禁锢的创造性思想彻底否定了张仲景的错误理论，如果他有一台显微镜，很可能会早于列文虎克发现微生物。然而，吴有性的创新观点被食古不化的主流中医无情地排斥和打压，错失了在传染病研究上取得突破的机会。　　《伤寒论》对于传染病病因的认识在根本上是错误的，那么，在病理生理上的描述又如何呢？　　三、伤寒病理邪说　　法定传染病共39种，包括在历史上肆虐横行的如鼠疫、霍乱、疟疾、天花、流行性出血热等，《伤寒论》把这些外感热病统称之为伤寒。这几种可怕瘟疫的病原体分别是鼠疫杆菌、霍乱弧菌、疟原虫、天花病毒和汉坦病毒，既有细菌也有病毒和原虫，而《伤寒论》把这些可怕的微生物笼统“黑箱”为风寒之邪。几十种传染病的病原、侵袭途径、病理各异，但在张仲景看来却很简单：自然界之风之寒，吹拂于人体，其衣厚者无恙，衣薄者易病，如此而已。　　《伤寒论》把传染病也即外感热病归纳为六经病（太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴），无论何种外邪，都是自肌表，循六经，入脏腑，每一步都经历正邪交战。比如张仲景认为：风寒之邪，侵袭肌表，首当其冲者为太阳经，这叫太阳病经证（又分为中风、伤寒、温病三种）；若邪在太阳经不解而内传于膀胱或大肠，其所引起的病变叫太阳腑证（分蓄水和蓄血二证）；外邪进一步内侵，入里化热，成阳明病等。这看起来很有道理，实际上也是源于取类比象思维，仿佛攻城战，从城墙，循巷道，达首府，挡得住则胜王，挡不住则败寇。中医理论因为类比让人一听就觉得很好理解【专门欺骗愚昧大众啊】，它的迷惑性也在这里，如果不站在现代医学的高度以客观事实为依据是很难批判中医的。现代医学有确凿证据表明，不同的传染病有不同的传播传入途径，而不是遵循共同途径；“外邪”（病原微生物）侵入人体后致病的机制也各不相同。　　以腺鼠疫为例，人鼠间借蚤为媒介传播鼠疫杆菌。其侵入皮肤或呼吸道后，首先在局部繁殖，随后迅速经淋巴管至局部淋巴结繁殖，随后大量繁殖的病菌及毒素入血，引起全身感染、败血症和严重中毒症状，脾、肝、肺、中枢神经系统等均可受累。再如霍乱，霍乱弧菌进入人体的唯一途径是通过饮食由口腔经胃到小肠。经过胃时多数被胃酸杀死，少数通过胃酸屏障而进入小肠，粘附于小肠上皮细胞表面并繁殖，产生霍乱肠毒素。从而引起肠液的大量分泌，出现剧烈的腹泻和反射性呕吐。又如疟疾，受染的雌按蚊吮吸人血时，疟原虫子孢子随蚊唾液直接进入人体血循环，约半小时即全部侵入肝细胞，在肝细胞内裂体增殖，然后胀破肝细胞逸出成千上万的裂殖子进入血流并侵入红细胞，再发育成雌雄配子体。　　在现代医学没有揭示这些真相之前，也只好由得中医们胡思乱想、随意猜测。而现代中医们面对事实却往往辩解为不能用西医的思维和标准来理解中医。这其实根本不是什么西方和东方的问题，而是真假和是非的问题。中医的概念从经络到脏腑到六淫外邪全是虚拟的，关于外感热病的病理生理则全是想象臆测的，毫无事实根据。现代医学则完全是实证的结果，每一条结论都有板上钉钉般的证据。如疟原虫钻入红细胞的过程甚至可以用高分辨微镜技术进行拍摄，可谓铁证如山。现代医学与中医的可信度根本不可以相提并论。　　一种医学，如果它对疾病的病因、传播途径、病理生理等全然靠想象推测而得出，它会是可靠的吗？基本理论不可靠，以其为根本依据进行的临床“辨证” 会可靠吗？再以“辨证”为根据进行的“施治”会有效吗？　　四、辨证蒙治　　《伤寒论》最伟大的“成就”（其实毋宁说是罪过）是确立了“辨证论治” 的法则，并从外感热病扩展到一切疾病，成为万世不易的临床诊疗纲领。这种法则撇开了疾病的本质，使得后世中医不再费心费力去探索疾病真正的病因和病理，而是只需沉浸在“伟大、光荣、正确”的“法则”里，作纯粹主观的思辨玄想，使医学沦落为算命术。张仲景罪莫大焉！　　从历史事实看，《伤寒论》出现后对中国瘟疫的防治并没有起到任何实质影响。瘟疫依旧史不绝书，死亡依然触目惊心。从1500年至1911年不到500年中，共发生大疫238次，平均两年就有一次。尤其明末清初的大瘟疫，惨烈程度尤胜于东汉末年，死亡在2000万以上。从历史记载中，我们看不到在任何一次瘟疫流行中，有任何名医以神妙的医术大大降低过死亡率，更不曾有任何“上医”以传说中的“治未病”神术防止过瘟疫的发生。这种情况持续到现代医学进入中国才发生根本改变。　　 1910年12月，东北肺鼠疫大流行，吉林、黑龙江两省死亡达39679人。时俄、日均以保护侨民为由，以兵要挟，欲独揽防疫工作（对我中华上医的不信任）。清政府作出英明决策（说不定是他们作出的唯一英明的决策），派出纯正西医博士伍连德（剑桥出身）为全权总医官主持东北防疫工作。伍连德时年31岁，熟谙细菌学、流行病学与公共卫生学。他深入疫区调查研究，追索流行过程，采取了加强铁路检疫、控制交通、隔离疫区、火化鼠疫患者尸体、建立医院收容病人等多种防治措施，不久便控制了疫情。伍连德的成功说明，在抗生素和疫苗发明之前，面对大爆发的传染病，唯一有效的方法是控制传染源，切断传播途径。即使在今天，这仍然是非常有效的方法。　　假设没有现代医学，张仲景们对病人一个一个进行辨证再施治，就算治一个好一个，又到哪里去找那么多的能精确辨证的神医？清代温病学被奉为《伤寒论》的发扬光大，但是并无实质进步。如叶天士创立的以卫气营血作为辨证论治纲领的理论，与张仲景的六经辨证一样不知传染源和传播途径。古人想不到天地间还有一种看不见的“邪”叫做“微生物”，他们在病人身上用虚拟的经络、营卫、三焦辨来证去，不过是毫无意义的瞎折腾而已。折腾出再多的学说、再多的学派、再博大精深，还是一钱不值。而现代中医在科学证据面前仍然胡辨乱证，如果不是蓄意欺骗则只能视为愚昧至极。　　难道说《伤寒论》就一无是处？“辨证施治”虽然对瘟疫的整体控制无能，对患者个体的治疗难道也无效？　　根据推测，张仲景时代主要的“伤寒”很可能是流行性出血热，仅以此病为例进行如下分析。流行性出血热临床上表现为五期经过，即发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期和恢复期。但是并不必然经过这五期，有些病人前期表现轻微，仿佛直接进入多尿期；同在发热期也表现各异，并不都表现出全身酸痛、头痛、腰痛、眼眶痛。该病一个显著的特征是发热消退，给人以疾病康复的假象，而接下来的才是真正的危险，如休克、肾衰竭、电解质紊乱、继发消化道大出血、继发感染等等。第二个假象是休克、少尿期度过，似乎危险已经消除，但实际上死亡多发生于随后的多尿期。　　《伤寒论》的辨证基本就局限在发热期，这可谓本末倒置。《伤寒论》对重要的生命征象和指标无能顾及，却孜孜不倦地穷究于是有汗还是无汗，是脉缓还是脉急。有汗而脉浮缓者属太阳病中风的桂枝汤证；无汗而脉浮紧者，属太阳病伤寒的麻黄汤证；无汗、脉紧而增烦燥者，又属大青龙汤证等等。实际上这些看似不同的“证”，其本质上的原因都是由汉坦病毒感染导致的全身小血管和毛细血管的损伤，引起渗出、出血，造成各器官功能的异常。初期抗病毒治疗可能有效，退不退热，发不发汗，与疾病预后全不相干；后期则以生命支持技术为主，如少尿期的透析，消化道大出血时的止血和输血技术，多尿期的电解质紊乱调整，重症时的生命监护等等才是治疗的重要手段。　　任何事物的真相和本质都是基于客观事实的，疾病的病因和病理也是如此。虽然认识事物可以有不同的方法，但不代表结果可以脱离事实。任何方法得出的结论必须回归事实，必须以事实来验证是否正确。《伤寒论》采用了粗浅观察和无限想象的方法，没有认识到微生物与传染病的关系，也从未表现出任何有效的防治作用。在《伤寒论》的误导下，中医理论在错误的道路上越走越远。　　由于不知道传染病的根本病因和病理生理，《伤寒论》的所谓“辨证施治” 只能是“辨证蒙治”。 “辨证施治”的神奇效果和《本草纲目》中各种荒诞的 “效验如神”一样，全是自说自话，迄今没有一例能经过严苛的双盲对照实验的验证，其疗效永远都只能停留在中医支持者的嘴上。显然，《伤寒论》只有医学史的价值，没有临床实用价值。清人张志聪说“不明四书者不可以为儒，不明本论（《伤寒论》）者不可以为医。” 其后半句可以改为：不明《伤寒论》之谬者不可以为医。而明知其谬却仍以此为医者则不可以为人。 (XYS20111228)

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微生物学研究国际文献引证分析报告 2001-2010

xupeiyang 2011-12-28 15:19

每年出版的文献数每年的引文数找到的结果数: 9038 被引频次总计 : 104265 去除自引的被引频次总计 : 97163 施引文献 : 79866 去除自引的施引文献 : 76636 每项平均引用次数 : 11.54 h-index : 110 详细数据分析见： http://apps.webofknowledge.com/summary.do?product=UAsearch_mode=CitationReportqid=3SID=Y2klHDDmKBnLJLcC3k2page=1action=sortsortBy=TC.DshowFirstPage=1

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天津大学化工学院合成微生物学创新实验室招聘博士后

talentblog 2011-9-27 10:01

天津大学化工学院合成微生物学创新实验室招聘博士后　天津大学化工学院 “合成微生物学创新实验室”成立于2010年，由多名海外回国的中青年学者组建而成。实验室现有教授一名，副教授两名，在读研究生多名。实验室拥有从事微生物系统生物学和合成生物学所需的全套现代实验设备，主要从事工业微生物的合成生物学和系统生物学方向的创新性研究。博士后招聘的具体要求如下：一、招收博士后研究方向及专业要求研究方向及专业要求：微生物学，分子生物学和系统生物学，有以下研究经历者优先： 1）光合微生物生理和分子生物学 (具备光合蓝藻研究经验更佳) 2）转录组学，蛋白组学，代谢组学，系统生物学 3）工业微生物学（具备大型发酵研究经验更佳） 4）厌氧微生物的分子生物学研究课题：实验室现主持和参与两项科技部“973”重大项目的研究, 从事光合蓝细菌的分子生物学和合成生物学研究。实验室还承担一项国家基金研究项目，从事脱硫微生物和甲烷生产菌生理和遗传学研究。此外，实验室还有多项研究申请正在评审中。博士后将作为主要研究人员参与以上课题的研究，发表高水平研究论文。博士后工作期间还将有机会参与其他课题的申请和研究工作，并协助合作导师以及实验室其他老师指导在读的研究生。合作导师：张卫文教授。二、申请者基本条件 1、已获得或即将获得研究方向相关专业的博士学位，有志于科学研究和技术开发。 2、在相关SCI刊物上发表(或接收)论文1－2篇以上。 3、基础扎实，学风严谨，有独立工作能力。 4、身体健康，吃苦耐劳，有团队合作精神。三、待遇根据国家及学校博士后管理的相关政策，并根据个人具体情况进行协商。四、申请及联系方式申报者请将本人电子简历（Microsoft Word 或PDF文本)发送到天津大学化工学院张卫文教授邮箱。简历材料内容除介绍学习和工作经历外，还应包括专业课程、发表论文目录及发明专利等科研成果。提供 2-3份同行专家推荐信，其中一名推荐人为博士学位导师。联系人：张卫文教授，电子信箱： wwzhang8@tju.edu.cn 地址：天津市南开区卫津路92号，天津大学化工学院，邮编300072

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[转载]改良作物的基因组学和生物信息学资源焦传珍、谢兆辉/编译

热度 1 syfox 2011-9-16 14:27

被认定为本世纪一门重要科学的基因组学极大改变了历史上较弱的实验生物学和理论生物学之间的联系。《细菌学杂志》发表有关计算生物学的内容则标志着上述两者关系的转折。本综述集中在细菌基因表达的计算生物学上，详述其作为广泛应用的生物信息学工具的相关内容，希望增加人们对基因表达的了解。全基因组序列注解和后来高通量基因解码表达方法论的发展，对基因表达研究影响很大。在基因组计划时代之前，大多数研究都集中在个体基因组系统，许多研究人员都致力于研究细菌的单个调节系统，如操纵子、调节子和启动子，以及它们对细胞的生理作用，这为我们最近对细胞的整体了解打下了坚实基础。基因组学为微生物学家在细胞整体背景下了解个别系统基因的表达提供了机会，这些综合知识也改变了研究基因表达进化的资料。基因组时代主要的挑战是如何在整体分子生物学水平处理大量的信息，以获得总的生物学知识。生物信息学则是在这方面取得进展所必需的，因为它为处理大量的信息提供了必要的条件，如数据库、形成基因组标准问题答案的算法、概述、导航和进行分析和验证分析结果的统计学方法。目前，关于原核生物基因表达调控的信息相当多，包括不断增加的全基因组序列数量和少数已经了解的细菌基因组信息。对于上述获得的全基因组序列，有的实验室工作还不多，如一些不能在实验室培养的生物和研究甚少的古细菌。图1以微生物为例，显示了已公布的基因表达知识的高度不均衡。人们首次详尽了解的一套调节启动子、它们相关的转录因子（TFS）和TFS的DNA结合位点（TFBSs）来自大肠杆菌K-12的120 δ70 和δ54 的启动子。这些资料和获得的信息现在是RegulonDB数据库的种质资源（ http://regulondb.ccg.unam.mx/ ），也是关于大肠杆菌K-12转录起始调控和操纵子组成的原始资料。它们包含目前任何一个自由生活的有机体主要的电子编码的调控网络。此外，EcoCyc数据库也存放了这些信息。EcoCyc是大肠杆菌模式生物数据库。除上述信息外，它还拥有涉及代谢和转运的相关信息（ http://ecocyc.org/ ），保守估计目前它收集了大约25％的全细胞转录起始调控网络的相互作用信息。RegulonDB不应被理解为一个数据库，而应被理解为基因组调节研究的环境，它与生物信息学中有益于分析基因上游区域的工具联系，同时也有数据集（Dataset）和微阵列分析的工具，并且，最近可以直接访问支持其信息的全部文件。我们不仅拓展最新的原始资料，而且还发起了“积极的注解”，来用Jean-Michelle Claverie’s 的术语，来通过利用高通量策略实验描绘更精确的启动子图。这篇小综述组织的时候，考虑到一个事实：即《细菌学杂志》的读者大多是实验者。本文以几个例子开始，是生物信息学中关于基因表达调节的，集中在启动子、及其定义和调节，以及操纵子结构等。第二部分总结了RegulonDB是如何有益于试验者的，以及它作为“黄金标准”，在提供生物信息学的预测方法、拓扑分析网络和提供细胞模型方面的作用。最后一部分叙述了一个关于细菌基因表达调节的生物信息学资源连接。我们说明了利用Textpresso可以获取支持大肠杆菌调节网络的2,400全文文献。谨记：这三部分的例子倾向于大肠杆菌和它的RegulonDB调节数据库。这种偏重是自然的，因为，首先我们的直接经验与RegulonDB相关；第二，尤其对细菌基因调控（图1），我们可以引述Fred Neidhardt 的话：“不是每个人都意识到了它，但所有细胞生物学家感兴趣的有两个：一是他们正在研究的，二是大肠杆菌的。图1 每种生物已公布的数量。我们通过关键词搜索了PubMed，这个关键词常被用来为RegulonDB搜集不同细菌信息。 Escherichia coli：大肠杆菌；Bacillus subtilis：枯草杆菌；pseudomonas aeruginosa: 铜绿假单胞菌；salmonella typhimurium:沙门氏菌；Vibrio cholerae：霍乱弧菌；Yersina pestis：鼠疫耶尔森氏菌； Caulobacter crescentus: 新月柄杆菌；Haemophilus influenzae：流感嗜血杆菌；Azotobacter vinelandii.好气性固氮菌；Shigella flexneri：弗氏志贺氏菌；Legionella pneumophila：嗜肺军团菌； Rhizobium etli：埃特里根瘤菌 1. 从基因调控的总体概观获得的知识：启动子的定义、RNA聚合酶δ70对邻近点（序列）的需求及操纵子的结构从历史上看，基因调控知识是从研究大肠杆菌的乳糖操纵子、它的顺式调控元件及变构作用的概念开始的。很快，这种基于阻遏的模式被拓展，延伸到更加精细的基因表达的正调节机制。自那时起，人们目睹了分子水平剖析基因表达机制的多样性知识被逐步延伸，也了解了决定细胞关键过程的丰富机制。大肠杆菌启动子的保守基序–10序列（也称Pribnow 框）的发现是一个引人注目的事件，这个有短短7个核苷酸残基的DNA序列仍然具调节功能的模式。这是早期生物信息学对研究基因调控的一个贡献。当然，鉴定出启动子区是结合RNA聚合酶（RNAP）的物理区域，是由于将研究转录起始的实验作图和模式识别结合在一起的原因，起初通过目测检查，现在则可以通过多序列比对完成。在某种意义上，可以说启动子的发现来自实验和生物信息学证据的结合。我们应该记住，收集大量的生物学数据不能保证我们可以弄懂它的意思，或新知识将出现。我们可以通过下面的事件来阐明，这就是我们从广泛的收集基因表达调解网络组分中学到了什么，那就是受调节的启动子和它到增强子或沉默子结合位点的距离。第二个例子揭示了一个简单的操纵子结构分析能够发展一种预测大肠杆菌操纵子的方法，然后延伸到其它任何细菌基因组。如上所述， 1991年，我们收集了大肠杆菌K-12大约120个左右的启动子信息，自那时起我们为持续增加数据集（ http://regulondb.ccg.unam.mx/html/Database_summary.jsp ）而努力搜集的最清楚明白教训之一是：在δ70全酶（Eδ70）背景下调节转录的起始，总是需要一个近侧 DNA位点（一个近侧 DNA位点是通过它到转录起点的相对位置来定义，以便可以推测转录因子和RNA聚合酶直接联系）。17年后，6.2 版本的RegulonDB（2008年7月）中有1,754个启动子。其中，697个是δ70启动子，421个至少有一个典型的转录因子结合位点。这个启动子集合有1,382相联系的结合位点和协调位点。在早期文章中，近侧位点的定义是从-65到+20，其中单激活和共激活被发现，它们来自有环磷酸腺苷受体蛋白（CRP）的-90位点。1991年以后，我们还了解到，RNA聚合酶的C-末端区域的可以灵活延伸到近端-100区，支持了它可以直接与CRP相互作用的观点。因此，在原则上，能够与RNA聚合酶直接联系的位置可设置在-95到+20之间。目前的研究表明，只有26个启动子（占总调节启动子的不到5.9％）在这个区间缺乏位点。所以原则上，没有启动子只受远端调控序列的调节，除了δ54的启动子之外。图2显示了这个区域内的近端位点分布，我们可以看到与1991年综述中的相同倾向，抑制蛋白分布在所有的近端区域，但从下游-30到上游+20之间是主要的分布区。抑制蛋白可以阻断RNAP与上游-30到下游+20之间近端区域的相互作用，也可阻断其与-40、-50和-60中心区激活蛋白的相互作用。purB基因与hflD基因共转录，可以被PurR沉默，只有一个操纵基因位于+892.5。它能够干扰转录的起始，或作为障碍阻碍转录聚合酶的转录过程。图2 转录因子DNA结合位点的分布。6.2版RegulonDB有697个δ70启动子，其中421至少有一个独特的转录因子结合位点。这张图展示了激活蛋白和抑制蛋白从–95到+20之间的DNA结合位点。启动子的百分率被激活蛋白和抑制蛋白DNA结合位点中心碱基的位置分开，间隔10bp，这张图可以与参考文献16的图2比较。如图2所示，所有的激活蛋白，不仅CRP，往往优先作用于附近-40和-70位点。RNA聚合酶δ-亚基的C -端区域结合于-50区，也可以解释激活蛋白在-50区结合减小的现象。另一方面，一些激活蛋白结合位点和启动子重叠，并可以结合在下游的+1位点。转录因子MerR家族激活转录，结合在启动子-35区和-10之间回文结构上。其它调节因子激活转录是通过-10和+20之间的附属结合位点。一个突出的、描述详细的例子是被IHF在+1848 区的激活，IHF可以使DNA弯曲而利于转录。认识基因调控需要对操纵子结构有一个详细了解。这多亏了Mary Berlyn的努力。1998年左右，Mary Berlyn等人利用最初一套推测的操纵子填入RegulonDB，这套操纵子已经被实验和基于从最初启动子学到的规则所拓展。图3显示了操纵子内基因间距离的分布（2002年的572 ，2008年的1,839) 和同向转录操纵子边界距离的对比（2002的346 个，2008的1,311个）。这种明确的操纵子内部短距离分布与操纵子上游基因间区域的对照是预测操纵子的基础，甚至可以预测大肠杆菌中那些还没有了解功能的基因，和以后的很多细菌基因组。如下提到的，高质量的策划语料库，像这一个，已经支持了生物信息学方法的发展，这些方法能够预测调节网络的很多方面。图3 转录单位边界和转录单位内部的基因间距离。这种巨大的距离差异能够用来预测完整大肠杆菌基因组的转录单位。我们回想启动子元件的定义如何成为了目前生物信息学方法基础，从而进行模式识别。在这里简单的讨论了两个例子，说明收集大量的个体资料在研究生物基因表达方面是富有成效的：第一个例子是启动子及其它们的调节，第二个例子是操纵子结构。虽然这类似于同一类型邮票的大集合，但事实是，正如我们以前说的，基因组的最大挑战是另外一件事，也就是需要将一个系统或基因、它的产品与受相似调节的基因的表达方式整合在一起。 2. 基因调控的电子资源如何对实验主义者大有用处在这里，我们说明研究基因表达的实验科学家和生物信息学学家，无论他们研究大肠杆菌，还是许多其它生物，都已经广泛利用RegulonDB来获得某些基因表达方面的信息。我们注意到，RegulonDB包含详细、准确和最新的关于操纵子组成、转录因子在DNA上的结合位点、启动子、终止子以及RNA调控元件的信息，这些RNA调节成分可能是实验获得的，也可能是假定的。上述这些元件组成了大肠杆菌已知的转录调节网络。这部分最初的信息资源来自于数据库使用者的问题，文献引用研究和RegulonDB的应用研究。我们相信这些问题也对其它他数据库，或其它细菌也适用。表1提供了自RegulonDB建立以来选取的一系列文章，强调了它们利用RegulonDB的目的。利用微阵列或蛋白质组学资料研究基因表达或调节子结构的人，已经开始考虑用大肠杆菌操纵子结构去理解实验资料，因为很多野生型或突变型菌株生长在不同的条件下。例如，在Yooseph等人的工作中，为了统计和鉴定同一操纵子的基因对，他们利用收集RegulonDB里的转录单位对7.7百万个全球海洋抽样调查序列进行了分析。RegulonDB也已经被用来鉴定调节因子的结合位点和测定这些信息如何与野生型或转录因子突变型菌株的基因表达相互联系。利用基因组策略（染色体免疫共沉淀，Chip-Chip）定位启动子和转录因子位点也依赖于这个数据库作为原始信息资源或蛋白质组学资源。在利用染色体免疫共沉淀定位基因组范围内RNA聚合酶结合位点过程中，RegulonDB鉴定出的961个启动子被用来确定26%的阴性检测率。基因表达信息的语料库（corpus）对基于生物信息学的多个过程是必要的。就像表1描述的，这个语料库为调节成分的预测和检验提供了方法，如启动子、转录因子和转录因子结合位点；转录因子和操纵子的全基因组表达方式；甚至是未辨别出的网络之间的联系。这个语料库也可以达到调解网络的动态建模和提出新生物学概念的目的，如Uri Alon报道的网路基序或Ravasz等描绘的分层次和模块化的网络概念。虽然直系同源关系推断存在风险，但注解的基因组和巧妙的知识转换方法，使我们仍然有能力判断不同生物之间不同的调节网络线路，尤其是细菌之间的网络线路。我们现在已经很清楚：细菌调节网络进化的起源依赖于基因的复制和分化，操纵子重组、结合位点德重复和水平的基因转移。 3. 研究细菌基因调控的生物信息资源及操作方案入门设计一张生物系统丰富多变的图谱，并将之编入正式的数据库管理系统，以及相关的资料收集和数据应用程序的维护是计算机生物学基本努力方向之一。如果你看一下本年度《核酸研究》（Nucleic Acids Research）的第一期，就很清楚了。这一期是数据库专刊。我们没有找到有关基因表达数据库和生物信息学工具的整合收集，所以，我们在这里精心选择了专一于细菌基因表达的资源。基于2008年Galperin收集的提纲，加上大肠杆菌Hub （ http://www.ecolicommunity.org/ ）和BIOPAX数据库，我们确认了大约100个（从240个当中）与原核生物基因表达调节有关的不同资源。我们的提纲主要在这些方面：转录因子和基因表达调节（例如，专一于AraC/XylR 家族或转录因子）、RNA、生物学过程和调解网络、微阵列数据库和一些其它的专题，如信号转导途径（ http://genomics.ornl.gov/mist/ ）、蛋白质与蛋白质之间的相互作用、基因组数据库、发表的文献和metadatabase等。使用者应该知道我们没有详细说明每种资源最后一次更新的日期，因为这是多变的。这个提纲对那些探查和分析细菌基因组调节特征的人，也该是一种很有用的资源。地址的名字、URL地址、简短的描述和工具列表现在可以在网站 http://regulondb.ccg.unam.mx/Additional_resources.jsp 上查到。图4 收集单个基因全部调控信息的流程图。图中显示了导航选项，并以基因melA或melR举例说明。图中还显示了MelR-CRP调控复合物。为了帮助使用者，一些资源上设计了容易执行的文件、指南和演示。另外，致力于数据库建设和维持的生物信息学家还努力设计和启用容易操作的界面。即使这样，对第一次使用的人来说，用最好的途径寻找他们感兴趣的问题时，遇到麻烦也是正常的。让我们以下面的问题为例：“如果我有一个基因，如何找到已知的它的调节信息和操纵子组成呢？”。这个简单的问题可以得到相当复杂和丰富的答案，包括序列、协调、每个单一转录因子的结合位点和这个基因全部启动子的调控作用以及它的操纵子组成等。图4是一个流程图，它揭示了如何通过几步导航步骤获得这方面的信息。这个例子中，所有一切都发生在RegulonDB范围内。很多其它的资源和数据库能够以不同方式展示同一个信息。例如，PRODORIC基因组浏览器（Genome Browser）就能够在DNA序列水平显示结合位点和启动子。RegulonDB与基因表达工具（GetTools）和调节序列分析工具（RSAT）相链接，并且包含一套预测和可利用的663个微生物和62个真核生物基因组调节区的工具。设计这些工具是用来回答一组可能共调控的基因的所涉及问题，这是一个研究小组完成微阵列实验，或完成染色体免疫共沉淀实验后，遇到的一个普遍问题。图5显示了一个特定基因利用LexA进行染色体免疫共沉淀实验的流程图，如果把基因作为投入，RSAT会生成一些上游序列，然而，RegulonDB中包含一个位点特异性矩阵，这个矩阵来自实验获得的转录因子结合位点（TFBS）的收集。为了预测基因组上游转录因子结合位点并在图中展示，这个矩阵可以被用来扫描序列。RSAT研究小组为了解释一些相似的问题，刚刚发表了几个计算机协议，这些解释性协议的主要目的就是说明和鼓励生物信息学资源的利用。Defrance等人的工作中，流程图和协议详细说明了如何发现转录因子的结合位点（TFBS），这些转录因子结合位点同RegulonDB中的调节子或其它数据库相同。RegulonDB中报告的大肠杆菌整个调解网络也可以被分析。如果给出普遍表达基因德一套名字，这些基因可以来自微阵列或任何细菌基因组的染色体免疫共沉淀实验，利用RSAT，人们既可以得到其上游序列，也可以搜索常见的基序、转录因子结合位点以及顺式作用元件。图5 染色体免疫共沉淀资料流程图和具有相似DNA结合位点基序的基因。这个例子来自利用LexA进行染色体免疫共沉淀实验的一个特定基因作为输入。假如染色体免疫共沉淀确定，RSAT用来获得上游序列。LexA的位点特异性矩阵（PSSM）通过选择下载→资料确定→矩阵调整，可以从RegulonDB主菜单上得到。以后，它被粘到RSAT去运行矩阵扫描。如果给出一个标准，这个程序将搜索基因组整个上游区域，寻找推测的位点，并且结果能够被自动获得，且通过利用特征映射程序展现在图中。 EcoCyc中还有很多收集到的图解显示和文本显示，包括一个利用基因本体（ontology）类别显示基因的基因组浏览器、操纵子和基因组某个区域调解基因表达的所有元件，且EcoCyc也可以提供一个调节关系的网络展示；另外，基于一个输入文件，Omics阅读器可以展示过程和调节网络。PRODONET工具（ http://www.prodonet.tu-bs.de/ ）能够图解展示几个基因组的一套基因。对很多细菌，如果给出一套基因，它们的功能分类也就能够获得（ http://www.jprogo.de/ ）。一些图解工具可以在基因组范围内显示一个基因在基因组上下文的关系，以及在几个相关基因组中这个基因的同源物的上下文关系，如GeConT或 http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi 。听起来有理的问题一定很多。我们邀请感兴趣的读者，通过浏览访问RegulonDB（ http://regulondb.ccg.unam.mx/Flow_charts.jsp .），来利用资源的提纲和观看附加的流程图。我们相信用户能够改变，并直觉地找到其它细菌数据库的相同用法。 4. 结论基因组学使研究的焦点从独立的个体系统转移到了对细胞整体的理解。研究基因调控以及其它几乎所有的现代分子生物学和细胞生物学问题，都需要利用生物信息学的工具和方法，来处理和分析海量的信息，以获得对细胞整体的理解和认识。总体分析转录因子的结合位点以及它们与转录起始的关系，阐明一个形象的个体系统细节与寻找统一的理解的结合，这是一个例子，也就是说基因组的将来可能是机遇，也可能是挑战。用Whitehead的话来说：基因表达调节的整合涉及认真的细节收集和理解的热情。微生物基因表达调节的生物信息学基础建设，需要付出很大的努力来维持和更新，以不断增加的这一方面的信息，这些信息来自于很多实验室常年实验的积累。新的方法论有助于用更加智能的方式管理获得的信息，如计算的方式查询特定的全文语料库，或在EcoliHub（ http://www.ecolicommunity.org/ ）范围内，科学界对EcoliWiki的分享，还有其它一些方面。细菌基因表达调节的研究无疑对将这个世纪的基因组学具有重大的贡献，如在分子水平了解生命体基本单位-细胞，以及其它潜在的工程学应用。最近，“组学”研究平台的创新及其开发应用，为推动模式植物和应用植物的研究提供了重要的资源。综合利用多种组学平台和它们的研究成果是当前一种有效的策略，它可以阐明分子系统的整体，提高作物产量。而且，模式植物和应用植物之间比较基因组学的进展，也能够使我们掌握每个物种的特征，并加快基因发现和基因功能分析的步伐。本文综述了植物“组学”研究平台、资源、相关数据库以及相关技术的最新进展。 1. 前言 2. 植物序列资源 3. 变异分析资源 4. 植物转录组资源 5. 植物蛋白质组学资源和平台 6. 代谢组学的平台与资源 7. 表现性状的突变分析 8. 植物比较基因组学和数据库 1. 前言持续稳定的农业生产是应对全球气候变化和人口增长的迫切需要。进一步说，最近不断增加的对生质燃料作物的需求为农产品开辟了一个新的市场。一个有潜力的解决方法是：在了解基因功能、抗逆性、发育和生长调解网络的基础上，设计植物以提高农作物产量。近来，基因组的研究进展已经可以使人类发现和分离重要的基因，并分析其调节作物产量和抗逆性的功能。拟南芥整个基因组测序计划完成于2000年（The Arabidopsis Genome Initiative 2000）。随后，美国国家科学基金会（NSF）的拟南芥2010计划启动。该计划的目的是确定拟南芥25,000个基因的功能。现在，每个组学领域的技术进展，已经成为研究影响表型变化相关基因的必不可少的资源。上述进展包括高通量分析大量基因表达谱的方法、鉴定修饰事件和植物基因组的相互作用的方法，以及测量许多代谢产物的方法。此外，大规模生物资源的收集，如大量制造的突变系、全序列cDNA克隆和它们相应的、一体化的数据库等，现在已经都可以为人们所用。粳稻（Japonica rice）基因组计划已于2005年完成。水稻基因组注解计划可以为水稻基因组提供准确注解（International Rice Genome Sequencing Project 2005）。与水稻基因组计划及相关基因组资源结合，作图群体和分子标记资源方面的研究进展可以令科研人员加速分离农艺重要的数量性状基因位点（QTLs）。最近，上述高通量技术的进步，为特定生物基于序列的资源收集和发展相关的资源平台提供了机会。以现在对拟南芥、水稻和大豆的可用性状况为例，图1是一个相关的组学资源示意图（图1）。每一种经高通量方法检测过的生物元素都通过对应的平面以概念的形式显示出来。其结构层次则从基因组到表型，这个模型称为“Omic Space”。这种综合的模型不仅可以为实验设计提供良好的起点，还能够在基于特定生物组学知识整合的基础上，产生假设或概念化。此外，不同生物Omic Space和数据的发展，也可以对组学的性能进行比较。进化上一些基因的功能比较保守，上述进展亦有希望为找到相关的间接证据，提供一个有效得途径。为了有效的发掘和整合生物学知识，生物信息学平台已经成为了存储组学数据必不可少的工具。本综述提供了植物组学研究可以利用的一些代表性资源，尤其是涉及农作物资源的进展。本文还涉及了序列相关的资源，如整个基因组、编码蛋白质和不编码蛋白质的转录物，也提供了最新的测序技术。文章在后面综述了基于遗传作图方法的资源、作图方法，包括QTL分析和群体研究。另外，文章也综述了转录组学、蛋白质组学和代谢组学等当前的资源和技术情况、每一组学领域的综合性程序，及它们们在研究特定生物系统中综合应用的实例，以及表现型研究中的突变资源等。本文最后介绍了植物组学之间的信息整合和比较基因组学的进展情况。图1 植物的组学空间和相关资源。每种组学资源以拟南芥、水稻和大豆为代表，它们分别是模式植物、模式单子叶和已经测序的农作物，以及作为最近完成测序的重要农作物。这些资源可以从下面的URL和引文中获得。 1. http://www.arabidopsis.org/ ； 2. http://www.gramene.org/ ； 3. http://soybase.org/ ； 4. http://nazunafox.psc.database.riken.jp ； 5. http://rarge.gsc.riken.jp/dsmutant/index.pl ； 6. http://signal.salk.edu/tabout.html ； 7. http://tilling.fhcrc.org/ ； 8. Kolesnik , T. , Szeverenyi , I. , Bachmann , D. , Kumar , C.S. , and Jiang , S. (2004) Establishing an effi cient Ac/Ds tagging system in rice: largescale analysis of Ds fl anking sequences. P lant J . 37: 301-314. 9. http://www.postech.ac.kr/life/pfg/risd/ ； 10. http://tos.nias.affrc.go.jp/ ； 11. http://www.soybeantilling.org/psearch.jsp ； 12. http://mulch.cropsoil.uga .edu/ parrottlab/Mutagenesis/acds/index.php ； 13. http://arabidopsis.org.uk/home.html ； 14. http://abrc.osu.edu/ ； 15. http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp ； 16. http://www .irri.org/grc/GRChome/home.htm ； 17. http://www.legumebase.agr.miyazaki-u.ac.jp/index.jsp ； 18. http://www.plantcyc.org:1555/ARA/server.html ； 19. http://pathway.gramene.org/gramene/ricecyc.shtml ； 20. http://www.plantcyc.org/ ； 21. http://mediccyc.noble.org/ ； 22. http://prime.psc.riken.jp/ ； 23. http://gmd.mpimp-golm.mpg.de/ ; 24. http://ppdb.tc.cornell.edu/ ； 25. http://phosphat.mpimp-golm.mpg.de/ ； 26. http://cdna01.dna.affrc.go.jp/RPD/main_en.html ； 27. http://proteome.dc.affrc.go.jp/Soybean/ ； 28. http://oilseedproteomics .missouri.edu/； 29. http://bioinfo.esalq.usp.br/cgi-bin/atpin.pl ； 30. http://atpid.biosino.org/ ； 31. http://suba.plantenergy.uwa.edu.au/ ； 32. http://proteomics.arabidopsis.info/ ； 33. http://www .brc.riken.go.jp/lab/epd/catalog/cdnaclone.html； 34. http://rarge.gsc.riken.jp/ ； 35. http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ ； 36. http://rsoy.psc.riken.jp/ ； 37. http://www.arabidopsis.org/portals/expression/microarray/ATGenExpress.jsp ； 38. https://www.genevestigator.com/gv/index.jsp ； 39. http://bioinformatics.med.yale.edu/riceatlas/ ； 40. http://bioinformatics.towson.edu/SGMD/Default.htm ； 41. http://soyxpress.agrenv.mcgill.ca/cgi-bin/soy/soybean.cgi ； 42. http://mpss.udel.edu/at/ ； 43. http://mpss.udel.edu/rice/ ； 44. http://signal.salk.edu/ ； 45. http://rapdb.dna.affrc .go.jp/ ； 46. http://rice.plantbiology.msu.edu/ ； 47. http://www.phytozome.net/ ； 48. http://walnut.usc.edu/ ； 49. http://www.oryzasnp.org/ ； 50. http://www.soymap.org/ ； 51. http://1001genomes .org/ ； 52. http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ ； 53. http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/ ； 54. http://datf.cbi.pku.edu.cn/ ； 55. http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ ； 56. http://grassius.org/ ； 57. http://soybeantfdb .psc.riken.jp ； 58. http://legumetfdb.psc.riken.jp/ 。全面地收集序列资源为加速在分子水平上了解生物性能，及提高这种序列资源的应用提供了必需的组学信息。最近，模式植物和农作物及家畜核苷酸序列的积累，为功能基因组学方面建立在序列基础上的研究应用提供了原始的信息。基于全基因组范围内的比较分析和模式植物的信息资源，物种特异性的核苷酸序列收集也为鉴定表型特征的基因组背景提供了机遇。这部分将综述最近植物序列资源的进展。 2.1 基因组测序计划第一个完成基因组测序的植物是拟南芥。现在它已经成为植物分子生物学研究的模式生物，原因是拟南芥体积小、繁殖时间短和转化效率高。拟南芥基因组序列计划是日本、欧洲和美国科学家共同合作完成的。拟南芥基因组测序计划于2000完成，并由Arabidopsis Genome Initiative（AGI）公布。水稻则是重要的主食性植物，也是单子叶植物的模式植物，粳稻和籼稻的基因组序列草图于2002公布。随后，粳稻基因组序列测定在2005年完成，并由国际水稻基因组测序计划（International Rice Genome Sequencing Project）公布。至今，涉及多种植物的基因组计划已经完成（表1）。表1 植物基因组计划通用名拉丁名测序组织网址双子叶植物鼠耳水芹 Arabidopsisthaliana consortium (AGI) http://www.arabidopsis.org/ 白杨 Populus trichocarpa JGI http://genome.jgi-psf.org/Poptr1_1/ Poptr1_1.home.html 拟南芥 Arabidopsis lyrata JGI http://genome.jgi-psf.org/Araly1/Araly1.home.html 荠菜 Capsella rubella JGI http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/3066.html 白菜 Brassica rapa consortium (MGBP) http://www.brassica-rapa.org/BRGP/index.jsp 番茄 Solanum lycopersicum consortium (ITGSP) http://solgenomics.net/ 马铃薯 Solanum tuberosum consortium (PGSC) http://www.potatogenome.net/index.php/Main_Page 苜蓿 Medicago truncatula consortium (IMGAG) http://www.medicago.org/genome/ Lotus japonicus Consortium http://www.kazusa.or.jp/lotus/ 猴面花 Mimulus guttatus JGI http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/3062.html 大豆 Glycine max JGI http://www.phytozome.net/soybean.php 棉花 Gossypium hirsutum JGI 木薯 Manihot esculenta JGI http://www.phytozome.org/cassava.php 葡萄 Vitis vinifera Consortium http://www.genoscope.cns.fr/externe/ GenomeBrowser/Vitis/ 耧斗菜 Aquilegia Formosa JGI http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/51280.html 巨桉 Eucalyptus grandis JGI http://bioinformatics.psb.ugent.be/genomes/ view/Eucalyptus-grandis 番木瓜 Carica papaya Consortium http://asgpb.mhpcc.hawaii.edu/papaya/ 蓖麻子 Ricinus communis 美国遗传学研究院(TIGR) http://castorbean.jcvi.org/ 黄鹰苜蓿 Triphysaria versicolor 单子叶植物粳稻 Oryza sativa japonica 国际水稻基因组测序计划consortium (IRGSP) http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/IRGSP/index.html 籼稻 Oryza sativa indica 北京基因组中心 http://rice.genomics.org.cn/rice/index2.jsp 玉米 Zea mays Consortium http://www.maizegdb.org/ 高粱 Sorghum bicolor JGI http://genome.jgi-psf.org/Sorbi1/Sorbi1.home.html Brachypodium distachyon JGI, Consortium (IBI) http://www.brachypodium.org/ 二穗短柄草 Brachypodium distachyon JGI whole genome shotgun 粟 Setaria italica JGI whole genome shotgun 小果野芭蕉 Musa acuminate Consortium 小麦 Triticum aestivum 国际小麦基因组测序协会consortium (IWGSC) http://www.wheatgenome.org/ 大麦 Hordeumvulgare 国际大麦测序联盟Consortium (IBSC) http://www.public.iastate.edu/~imagefpc/IBSC%20 Webpage/IBSC%20Template-home.html 其它小立碗藓 Physcomitrellapatens JGI http://genome.jgi-psf.org/Phypa1_1/ Phypa1_1.home.html 具芽的植物穗苔江南卷柏 Selaginella moellendorffii JGI http://genome.jgi-psf.org/Selmo1/Selmo1.home.html 红藻 Cyanidioschyzon merolae Consortium http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/ 植物基因组测序和注解获得了很多资助。Phytozome是一个可利用的网络信息资源。它提供了不同植物基因组的序列和注解信息。这个资源也是美国能源部联合基因组研究所（DOE-JGI）和综合基因组学中心联合的一个计划（ http://www.phytozome.net/Phytozome_info ）。它旨在促进各种绿色植物的比较基因组研究。Phytozome当前的版本（版本5.0，2010年1月）包含18种由美国能源部联合基因组研究所和其它生物测序计划测序的植物。Gramene是有关草种植物信息资源的门户网站，它可以提供很多种草本植物基因组的信息，包括基因组序列。Gramene当前的版本（版本30，2009年10月）提供了15种植物的资源，其中包括5种野生水稻基因组序列组装的信息。根据Entrez基因组计划数据库（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj ）提供的数据，到2009年11月，该数据库追踪了150多种绿色植物的基因组计划事件，其中包括一些重要的农艺作物，如提供主食的作物、果树、药用植物和绿色藻类等。随着新一代测序技术的不断创新，基因组测序信息公布的速度有望进一步加快。全基因组序列的信息，帮助我们揭示了一些重要基因组特征，包括确认蛋白质编码基因和非蛋白质编码基因，再如基因家族、调控元件、重复序列、简单重复序列（SSR）和GC含量等。上述数据集已经成为了以基因组序列为基础，进行平台设计的原始序列材料，如微阵列、tiling arrays或分子标记等，也成为了将组学元件整合入基因组序列的参考资料集。染色质水平比较鉴定基因协同的相似性，有助于相关物种中片断重复和串联重复文件的编制。全基因组比较鉴定染色质重复和相关物种保守的共线性，则为相关谱系分化的系统进化假说提供了证据。 2.2 表达序列标签和cDNA克隆的大规模收集表达序列标签（EST）是在随机选取的基因转录物反转录成cDNA后，进行一轮部分测序得到的。因为无论基因组多复杂，cDNA 和EST均可以收集，所以这种方法的应用已经扩展到了模式生物和一些基因组较大的植物，这些大的基因组或者是多倍体，或者是序列重复导致。到2009年11月，美国国家生物技术信息中心（the National Center for Biotechnology Information，NCBI）的DbEST数据库储存了6300多万个EST。DbEST是一个公共的EST数据库（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ ），它涉及了很多的植物（表2）。表2 植物EST和统一转录物的数量（2009年11月）植物 EST数量 (dbEST) 条目数(UniGene) 小立碗藓： Physcomitrella patens 382,584 18,870 白云杉： Picea glauca 299,455 22,472 北美云杉： Picea sitchensis 175,662 18,838 北美云杉： Pinus taeda 328,628 18,921 耧斗菜： Aquilegia formosa x Aquilegia pubescens 85,039 8,046 Arabidopsis thaliana 1,527,298 30,579 黄花蒿： Artemisia annua 85,402 9,462 甘蓝： Brassica napus 643,601 26,733 花椰菜： Brassica oleracea 59,946 5,617 冬油菜： Brassica rapa 44,570 14,497 辣椒： Capsicum annuum 116,541 8,868 莱门柚： Citrus clementina 118,365 9,123 脐橙： Citrus sinensis 208,909 15,808 大豆： Glycine max 1,422,604 33,001 陆地棉： Gossypium hirsutum 268,786 21,738 雷蒙德氏棉： Gossypium raimondii 63,577 3,297 向日葵： Helianthus annuus 133,682 12,216 莴苣： Lactuca sativa 80,781 7,940 百脉根： Lotus japonicus 195,385 14,493 栽培苹果： Malus x domestica 324,308 23,731 蒺藜苜蓿： Medicago truncatula 269,237 18,098 烟草： Nicotiana tabacum 317,190 24,069 欧洲山杨： Populus tremula 美洲山杨： Populus tremuloides 76,160 9,652 黑杨： Populus trichocarpa 89,943 14,965 紫叶桃： Prunus persica 79,203 7,620 野萝卜： Raphanus raphanistrum 164,119 18,788 萝卜： Raphanus sativus 83,034 17,649 番茄： Solanum lycopersicum 296,848 18,228 马铃薯： Solanum tuberosum 236,568 18,784 可可树： Theobroma cacao 159,320 24,958 豇豆： Vigna unguiculata 187,443 15,740 葡萄： Vitis vinifera 357,856 22,083 江南卷柏： Selaginella moellendorffii 93,806 8,810 大麦： Hordeum vulgare 501,614 23,595 水稻： Oryza sativa 1,249,110 40,978 柳枝稷： Panicum virgatum 436,535 20,973 甘蔗： Saccharum officinarum 246,892 15,594 高粱： Sorghum bicolor 209,814 13,899 小麦： Triticum aestivum 1,067,290 40,349 玉米： Zea mays 2,018,798 97,123 莱茵衣藻： Chlamydomonas reinhardtii 204,076 11,310 团藻： Volvox carteri 132,038 5,638 由于从一个特定生物cDNA文库中收集到的EST数据含有来自相同基因位点或转录单位的冗余序列，所以在进一步研究之前，有必要根据转录单位将EST数据进行分类和组装，以获得综合性的校准和每个转录物的典型序列。这些过程可以通过计算机实现。一个典型的工作流程包括碱基测定（base-calling），如通过转换测序仪输出的图形来鉴定核苷酸序列；下一步是清理，这一步涉及鉴定、去除被污染的序列以及去除来自克隆载体序列的掩蔽、同一序列的聚类和群组序列的排列等。这时得到的转录物的数据集可以作为统一的转录物数据来使用。其它有一些数据资源也可以提供植物数据，如NCBI-UniGene、植物基因组数据库（PlantGDB）和TIGR Plant Gene Index and HarvEST。全面和迅速的cDNA克隆积累，及它们海量的序列标签资料集已经成为了功能基因组学重要的资源。来自不同组织的EST，包括来自不同发育阶段的器官组织，或来自逆境胁迫条件下的组织，都能够大大促进基因的发现、基因结构的注解、大规模表达分析、物种内和物种间表达基因在基因组学水平的比较分析、针对基因的分子标记设计，以及微阵列探针设计等。 2.3 全长cDNA计划因为现在流行的制备cDNA文库的方法并不能提供全长cDNA克隆，所以虽然部分cDNA对迅速创建表达基因目录很有帮助，但它们对进一步研究基因的功能不太适合。于是大约10年前，Hayashizaki等人发展了生物素化Cap-trapper法，这个方法利用的是经海藻糖热稳定化的反转录酶，同时这个方法也是目前全长cDNA文库构建的最有效方法之一。全长cDNA文库和大规模的克隆序列数据集，已经成为了生命科学研究不同物种的宝贵资源。在基因组测序全部完成或构建基因组草图后，来自全长cDNA的序列资源也可以帮助鉴定基因组转录区。在拟南芥和水稻中，全长cDNA序列已用于识别基因组结构特征，如转录单位、转录起始位点和转录变异等。在已经绘出基因组框架图的物种中，如小立碗、大豆和杨树的全长cDNA克隆已经被测序，旨在帮助巩固基因组的基础结构研究，同时也有助于基因的发现（表3）。全长cDNA克隆也有助于鉴定原来用X射线晶体学和核磁共振光谱（NMR）技术得出蛋白质的三维结构，和有助于在蛋白质-配体、蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA相互作用的条件下对表达蛋白的功能进行生化分析。表3 植物中大规模收集的全长cDNA 植物数据库拟南芥： Arabidopsis thaliana http://rarge.gsc.riken.jp/ 柑橘属： Citrus species 日本柳杉： Cryptomeria japonica 中国大豆： Glycine max http://rsoy.psc.riken.jp/ 低植酸大麦： Hordeum vulgare http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/ 木薯： Manihot esculenta http://amber.gsc.riken.jp/cassava/ 普通野生稻： Oryza rufipogon 粳稻： Oryza sativa ( japonica ) http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ 籼稻： Oryza sativa ( indica ) http://www.ncgr.ac.cn/ricd 小立碗藓： Physcomitrella patens http://www.brc.riken.go.jp/lab/epd/ catalog/p_patens.html 杨树： Populus nigra http://rpop.psc.riken.jp/index.pl 毛果杨： Populus trichocarpa 盐芥： Thellungiella halophila 小麦： Triticum aestivum http://trifldb.psc.riken.jp/ 玉米： Zea mays http://www.maizecdna.org/ 此外，蛋白质组学的最新进展需要含完整长度氨基酸序列的全面数据资料集，以有助于将肽链组装到蛋白质中。这些进展也使功能注解成为必要，目的是为其它研究提供系统的信息，如为了已鉴定的蛋白和修饰残基（如磷酸化的残基），或为了物种间修饰事件比较分析的整合。全长cDNA文库也对在反向遗传系统中创建过表达系以进行功能分析很有益处。这种基于功能鉴定基因的方法的出现，为高通量鉴定影响表型变化的基因，提供了一个有效的方法，如全长 cDNA overexpressor（FOX）基因搜寻法，这个方法利用了转全长 cDNA的植物作为过表达的研究对象。最近，研究人员又建成了未测序作物和林业植物的全长cDNA文库，如小麦（Triticum aestivum）、大麦（Hordeum vulgare）、木薯（Manihot esculenta）、日本柳杉（Cryptomeria japonica）和云杉（Picea sitchensis）以及一些表现出特殊生物学特征的植物，如耐盐的盐芥（Thellungiella halophila）（表3）。通过与模式植物（如拟南芥、水稻和杨树）比较靶序列，这些全长cDNA文库已经被用于鉴定植物的生物学特征。这些文库也已经作为原始的序列资源，使人们得以设计微阵列探针和作为克隆资源，供改善作物效益的基因工程技术使用。由于全长cDNA文库资源在组学研究方面具有重要作用，有必要整合这些相关资源，以为这些资源提供入口，或整合从其它组学及物种研究得到的资料。 2.4 超高通量DNA测序在过去10年，桑格DNA测序方法已经被人们广泛利用来完成了一些微生物和较高等真核基因组的基因组测序。近年来，一些替代的DNA测序方法已被采用，如焦磷酸测序方法、大规模并行的DNA测序法或单分子DNA测序法。这种新的测序技术为我们在基因组整体水平进行比较基因组学、宏基因组学和进化基因组学等相关领域的研究提供了新的方法。 2.5 全基因组测序新一代测序技术，加上可供参考的基因组序列数据，使我们能够发现个体之间、菌株和/或种群之间的差异。通过对照序列片断和特定基因组的参考资源，很容易鉴定出核苷酸的多态性，而核苷酸多态性又在基因组研究中具有重要作用。旨在发现1001株拟南芥（后进入）全基因组变异的全基因组重测序计划将成为重要的基础知识资源，并促进将来的遗传学研究，以鉴定在整个物种范围内和整个基因组范围内，影响表型差异的等位基因（ http://1001genomes.org/ ）。通过利用Illumina Genome Analyzer测序方法得来的全基因组重测序资源和对重组群体进行高通量基因分型的方法在水稻中也已经得以应用。下一代测序技术中，最令人期待的创新之一，就是能够用来对整个基因组进行从头测序。虽然到目前为止，这种方法只在细菌基因组实现了，但为能够在更高等的物种应用这项技术，研究人员已经进行了若干的相关尝试。 2.6 综合寻找和发现小RNA 植物中，sRNA，包括微小RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）和反式作用的siRNA（ta-siRNA）都具有重要作用。它们可以充当表观遗传修饰的组分，也可以成为调节植物发育和动态平衡的基因网络的一部分。这些RNA分子应该是全面鉴定的重要目标，它们的表达情况应该利用下一代基因组技术进行分析。有人通过Illumina’s sequencing-by-synthesis（SBS）技术对玉米野生型和相同基因（mop1-1 l）功能丧失突变型个体的sRNA进行了序列测定分析，目的是发现玉米sRNA 的互补特征。人们利用高通量的Roche 454 焦磷酸测序技术在杨树的叶片和营养芽中也发现了sRNA，随后又鉴定出了miRNA基因家族，其中也包括一些新的miRNA基因家族。二穗短柄草（Brachypodium）的全基因组水平的进一步测序完成以后，人们得到了涉及低温胁迫的miRNA。植物miRNA数据库中，植物miRNA的有用资源（ http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ ）可以通过上述网址进入。最近DNA测序技术的创新、基因组和cDNA序列资源的迅速增长，使我们能够设计出多种类型，且能够覆盖整个基因组的分子标记。为了高通量的基因分型，人们已经开发了多种研究平台。这些平台曾经用于遗传图谱构建、分子标记辅助选择和多个分离群体的QTL克隆分析。这种基因分型系统也已经被用于后基因组计划，诸如遗传资源基因分型计划，如果再加入评估群体结构及其相关研究，就可以确定物种表型改变所涉及的基因位点。最近，这种在基因组水平分析处理多态性平台的扩展为植物“变异组学”研究提供了必要的信息资源。 3.1 分子标记可用的遗传标记的积累及它们饱和，有助于促进分子标记辅助遗传的研究，同时也是具广泛的应用范围的重要资源。设计广泛涵盖基因组的遗传标记，不仅可以通过利用QTL分析，识别涉及复杂性状相关的单个基因，还也可以探索与自然选择有关的遗传多样性扩增。随着不同物种基因组测序和大规模EST序列分析的进展，这些资料集已经成为了设计分子标记所需的重要资源。利用积累的数据集序列来设计多态性的分子标记在好几个物种中进行了尝试。基于粳稻和籼稻基因组序列的一些水稻（Oryza sativa）DNA多态性数据集已经构建完成。大规模EST数据集也是发现序列多态性的重要资源，尤其是将表达的基因定位到一张遗传图谱上。因此，为了鉴定序列标签位点（sequence-tagged site, STS），人们已在一些物种中进行计算以发现ESTbase单核苷酸多态性（SNP）和/或发现识别EST-SNP标记。目前这些研究已经在一些物种，如在大麦、小麦、玉米、西瓜、甘蓝、菜豆和向日葵等中取得了一些进展。有几个数据库可以提供关于植物的分子标志物的信息。PlantMarkers数据库是一个遗传标记数据库，其中包含来自不同物种的预测的分子标记，如单核苷酸多态性、SSR标记和保守的同源集（COS）标记。GrainGenes是麦类基因组学一个受欢迎的网站。它提供了有关小麦、大麦、黑麦和燕麦的遗传标记和连锁图谱数据。Triticeae Mapped EST database（TriMEDB）则提供了关于大麦及其同源小麦的cDNA标记图谱。 3.2 变异分析平台高通量基因多态性分析是一个重要的工具。它能够促进任何以遗传图谱为基础的研究方法。单核苷酸多态性以杂交为基础，到目前为止，建立在该法上的全基因组基因分型技术，已被用于分析具代表性拟南芥生态型和水稻品种，而包括每个品种全基因组预测变异的数据集也已经公布。以拟南芥1001计划为代表，基因组范围内变异的研究是一个关键的解析过程，这应该在一个特定参考株系的基因组计划完成后实施。所以，对高通量、且低本高效的变异分析（也称变异组学）平台的要求被迅速提高了。正如前面已经提到的，如果物种的参考基因组数据库可用，那么全基因组重测序方法就可作为变异分析的直接方法。基于微阵列平台（ http://www.diversityarrays.com/index.html ）开发的多态性芯片（Diversity array technology, DArT）是一种高通量的基因分型系统。在各种作物，如小麦、大麦和高粱中，DArT标记和传统的分子标记已经被用来构建密度更高的遗传图谱，和/或进行相关的研究。在大麦和小麦中，Affymetrix基因芯片已经用于分析单核苷酸多态性。Illumina基因芯片可以同时分析96个样品的1536个SNP。在一些作物，如大麦、小麦和大豆中，它已经被用于分离群体的基因型分析，以构建分布有SNP标记的遗传图谱。综合性和高通量的基因表达分析，又称为转录组分析，它是一个重要的分析方法，可以用来筛选候选基因、预测基因功能和寻找顺式调控元件。人们通过杂交方法，如微阵列和基因芯片分析，已获得了不同物种的大量的基因表达谱。最近，含大规模基因表达谱并快速积累的数据集，以及支持如此庞大信息可用性的相关数据库已经在公众域为我们提供了大量可用的信息资源。这些公共领域的数据对很多二级用户来说很有效也很宝贵，如共表达和比较分析的资源。此外，作为新一代DNA测序技术，小片段表达RNA的深入测序，包括sRNA测序正迅速成为有效应用工具。 4.1转录组学的序列标签平台大规模测序来自cDNA文库的EST，是早期获得转录组表达谱的方法。这种方法中，在无偏向性的cDNA文库里，随机测序得到的EST被利用序列聚类或/和序列组装的方法分成转录序列簇。然后，每种组织中转录物的丰度通过计算EST的数量来衡量。EST上含有每种基因组文库和/或每一个序列簇的识别标记。相同的原理已经以“body map”的方式用于分析人类和小鼠中来自不同器官的转录组。此外，这一原理也被用在数字差异显示（DDD）工具中，它是NCBI’s UniGene数据库的组分，也已经被用于包括植物在内的不同生物的大规模cDNA计划。虽然这种方法，可以偶联cDNA克隆资源，并促进了基因的发现和表达谱的分析，但它也有缺点，如成本高、受大规模的测序影响以及分辨率受到限制。基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expression, SAGE）是基于短可读cDNA标签深度测序技术（Deep Sequencing）的一种序列分析方法。SAGE可以鉴定组织中存在的大量转录物，并能够比较转录物的丰度。SAGE设计产生一些13到15 bp的大小的特异性标签，这些标签来自样品mRNA的3′末端。以后大于10 bp的标签被连成一串，并克隆形成SAGE文库。从SAGE文库中选取克隆进行测序，可以有效收集转录标签序列。基因组序列数据集和大规模的EST是鉴定对应于SAGE标签的基因时所必需的。一些的衍生的分型方法，如MAGE、SADE、microSAGE、miniSAGE、longSAGE、 superSAGE、deepSAGE和5′ SAGE等已经开发来提高和拓宽SAGE的实用性。例如，超级基因表达分析（SuperSAGE）就是SAGE的改进版本，从cDNA获得26 bp的片段标签的方法已经被用来同步定量分析水稻细胞及其它的真核病原体的基因表达谱。26 bp的superSAGE片段标签也被用来直接为寡聚微阵列设计探针。另一个以测序为基础的技术是大规模平行测序技术（massively parallel signature sequencing, MPSS）。MPSS采用独特的方法来定量测定基因的表达水平。它通过用“微球状阵列”（Microbead Array）新技术测序cDNA 3′端16-20 bp的核苷酸链。在每个文库中，它可以产生数以百万计的短序列标签。包含植物（如拟南芥、水稻、葡萄和稻瘟菌在内的MPSS数据库已经可以网上查询（ http://mpss.udel.edu ）。另外，MPSS方法也已经被用于进行在基因组规模上探索和谱剖析拟南芥和水稻sRNA的表达。CT-MPSS是最近研发的定量分析转录物5′末端的技术，同时又和全基因组克隆的cap-trapper法联系起来。该方法已应用于高密度定位拟南芥的转录起始位点（TSS），旨在基因组水平搞清楚植物的启动子。拟南芥CT-MPSS标签的数据集可以在ppdb（Plant Promoter Database）（ http://www.ppdb.gene.nagoya-u .ac.jp ）获得。ppdb是一个植物启动子数据库，它可用提供拟南芥和水稻的启动子注解。 4.2 转录组学的杂交平台 DNA微阵列的历史开始于1995年斯坦福大学P. O. Brown实验室的一份报告。从那时起，基因芯片和基因芯片相关技术有了长足的进步，其应用已扩大到生命科学的多种学科。DNA微阵列或基因芯片分析的原理是：通过与作为探针而置于玻璃或硅芯片上的大量DNA分子进行杂交，获得一个给定样品的全面数据集。 DNA芯片可以分为两种主要类型： (i) 点样型，这是在斯坦福大学开发的； (ii) 基于探针制备的“芯片上合成型”。点样型曾经广泛应用于转录组研究的最初几年，这种方法必需通过将cDNA溶液点在玻璃上来准备DNA微阵列。芯片上合成型是一种光导原位合成（light-directed synthesis）过程，它将固相化学合成和光引导化学合成技术结合起来。最初，这种方法只与Affymetrix公司制造的基因芯片阵列系统的结合。在Affymetrix公司的基因芯片系统中，一个已知的基因或潜在的表达序列以11~20个寡聚核苷酸探针呈现在芯片上，每个探针长25个碱基。Roche NimbleGen 和Agilent Technology提供平台，来合成高密度寡核苷酸微阵列，这些微阵列分别基于Roche专有的无掩膜的阵列合成器（maskless array synthesizer, MAS）和非接触式工业喷墨印制工艺，这两种方法也用于原位寡聚核苷酸的合成。随着在全基因组测序物种数量和/或大规模cDNA克隆数量的增加，人们开发出了很多DNA微阵列，并利用它对多种植物进行转录组分析。例如，Seki等人设计了常规DNA芯片。他用拟南芥7000个全长cDNA克隆作为探针，采用双色法扫描了与非生物胁迫相关的基因。随着商用DNA芯片的增加，许多实验室开始使用特定的DNA芯片设计获取转录组数据，旨在为特定物种的转录组积累更全面的资源。集多国力量于一体的AtGenExpress已经帮助人们揭示了拟南芥的转录组信息。AtGenExpress收集的信息数据集已经成为目前拟南芥转录组最全面的资源。 NCBI的GEO（Gene Expression Omnibus）数据库和欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute, EBI）的 ArrayExpress数据库在公共领域一直是转录组学主要的资料库。此外，还有一些更专一的数据库可以提供转录组预测资料和探针注解，且数据库具有容易使用的界面。ATTED-II是一个提供基因共表达分析资料的数据库，其资料来自于公众可利用的拟南芥ATH1芯片资料的预测。产生自全面收集转录组数据的共表达分析数据集已成为一个有效的资源，它可以促进发现表达方式密切相关的基因。Genevestigator（ https://www.genevestigator.com/gv/index.jsp ）是一个查询基因表达的数据库和荟萃分析（Meta-analysis）系统，它可以提供很多实验室关于不同植物研究的摘要信息和可解释的结果，其中植物包括拟南芥、大麦和大豆。电子荧光象形文字（EFP）浏览器可以提供从拟南芥、杨树、苜蓿、水稻和大麦搜集到的基因表达方式的资料，它在互联网有一个容易查询的界面（ http://www.bar .utoronto.ca/ ）。拟南芥基因表达数据库AREX可以提供高解析度的拟南芥根部基因的表达方式（ http://www.arexdb.org/index.jsp ）。RICEATLAS数据库则是一个涵盖水稻各类组织的转录组数据库。 Tiling array是覆盖某一生物整个基因组的高密度寡核苷酸探针，是分析整个基因组表达区域的平台；它也是发现新基因并阐明其结构的一种有效方法。Seki等人利用全基因组tiling array技术完成了拟南芥非生物胁迫条件下的转录组分析工作，并发现了一些胁迫诱导的反义转录物。At-TAX（A. thaliana Tiling Array Express）是拟南芥全基因组tiling array资源，它可用于研究拟南芥发育分析和转录物鉴定。tiling array平台通过偶联免疫方法而获得扩展。例如AGAMOU-Like15（AGL15）是一个有MADS结构域的转录调节因子，它可促进体细胞胚发生。研究人员利用染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, 简称ChIP）与拟南芥Affymetrix tiling array相结合从而鉴定出 AGL15的结合位点。这个方法发现了大约2,000 个相关位点。甲基化免疫沉淀（MCIP）与拟南芥Affymetrix tiling array相结合，构建了拟南芥基因组较全面的甲基化图谱。它可作为拟南芥甲基化数据集。使用新一代测序仪可以测序共沉淀的DNA和蛋白质。现在，染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）已经成为了一种可行的替代办法。因为一些生物的基因组测序计划已经完成，所以详细研究蛋白质功能、功能网络和3D结构的蛋白质组学越来越引起人们的关注。获得的大量蛋白质组学数据对研究细胞内的蛋白质功能非常重要，这些功能通过蛋白质在细胞内进行动态变化控制。上述功能又通过生长、发育和对环境的应激反应出细胞或组织的状态。功能蛋白质组学的初始目标是鉴定细胞或组织中的全部蛋白质，近来蛋白质研究中的技术进展（如蛋白质分离和纯化的方法、质谱技术的进展和蛋白质纯化的理论）已经能够使得我们进入了第二代功能基因组学，这包括定量蛋白质组、亚细胞蛋白质组学和鉴定蛋白质之间各种各样的相互作用等。网络可以利用的植物蛋白质组学数据库在多国拟南芥指导委员会（Multinational Arabidopsis Steering Committee，MASC）（ http://www.masc-proteomics.org/ ）可以获得，MASC则归在“蛋白质数据库和资源”里。 5.1蛋白质组剖析典型的蛋白质组剖析的实验工作流程可以概括为：蛋白质样品制备、分离、检测和鉴定。每一步的技术进步都大大提高了植物蛋白质组学的进展。样品制备是在任何蛋白质组学实验中都非常关键的一步。三氯乙酸（TCA）和丙酮是最常用的蛋白质沉淀试剂，另外苯酚和NH4OAC/MeOH也在植物组织试验中经常使用。样品分离有效地提高了蛋白质鉴定效果、减少了样品的复杂性，也增加蛋白质组的覆盖面。序贯增溶是基于溶解度、分子质量和等电点进行蛋白质样品分离的有效方法。通过利用不同的试剂系列分离溶解度不同的蛋白，可以减少蛋白质的复杂性。一维的SDS-PAGE已被广泛用于利用分子质量不同来分离复杂的蛋白质的实验中。双向凝胶电泳（2-DE）相对为一种高分辨率的蛋白质分离技术，它使用等电聚焦（isoelectric focusing，IEF）为第一维电泳，第二维电泳是SDS-PAGE电泳。此外，固相pH梯度等电聚焦（IPG-IEF）电泳作为第一维等电聚焦电泳后的发展，提高了实验的重复性和分辨率。双向电泳已被广泛应用于不同物种蛋白质组学的研究。目前人们已研发了存储2-DE电泳信息的数据库，如生物信息学瑞士研究所的2D-PAGE数据库（ http://au.expasy.org/ch2d/ ）和日本Kazusa DNA Research Institute`Cyano2Dbase （ http://bacteria .kazusa.or.jp/cyano_legacy/Synechocystis/cyano2D/ index .html ）。基于色谱层析基础的分离方法有凝胶过滤层析、离子交换层析和亲和层析分离，它们都是能够有效分离蛋白质的方法。为了鉴定样本中发现的每个蛋白质，肽质量指纹图谱已被广泛采用。目前最有效的方法可分为两个步骤：（1）酶消化分离蛋白质使之成小的肽；（2）使用质谱（MS）精确测量肽的质量。在凝胶消化方法中，2-DE已被广泛用于分离蛋白质样品。凭借这方面快速的技术进步，质谱（MS）将继续发挥其在蛋白质组学方面的重要作用。质谱设备由以下成分组成：电离的检测样品和质谱仪。后者可用于检测样品。在蛋白质组学，通常是基质辅助激光解吸电离（MALDI）方法或电喷雾电离（ESI）的方法被应用来电离样品肽。MALDI法通常结合飞行时间（TOF法）形成MALDI-TOF质谱；而电喷雾质谱法，通常是在与四极 (Q)和离子阱结合使用。最近，其它质谱技术，如Q – TOF质谱、IT-TOF 质谱或MALDI – TOF的应用都已经非常广泛。此外，离子碎片碰撞诱导解离（CID）使用的串联质谱，如Q-TOF质谱或源后衰变（PSD）使用的MALDI-TOF质谱已广泛应用于确定肽的氨基酸序列。除了传统的凝胶电泳分离，非凝胶分离方法也往往被使用，特别是在“鸟枪蛋白质组学”中。在非凝胶分离方法中，蛋白质混合物直接消化成肽并利用多维分离方法分离。多维分离方法是不同分离方法的组合，包括网上的多维蛋白质鉴定技术（MudPIT）。鸟枪法适合于分析2-DE难以分开的蛋白质，并适合于高通量的自动化分析仪器。傅立叶变换离子回旋共振质谱（FT-ICR MS）具有很多优点，如高分辨率、高灵敏度、高动态范围和测量质量的高精度。FT-ICR MS的高分辨率和质谱精度允许我们进行“自上而下的蛋白质组学”，也就是一个完整的蛋白质混合物无需经分离可直接分析。 5.2 定量蛋白质组学完整的蛋白丰度量化，对我们更好地了解在调节细胞的状态和响应环境变化时的蛋白质动力学非常重要。此外，蛋白质的定量对发现关键蛋白质的变化，包括表达、相互作用和蛋白质修饰等也有重要意义，这也对发现基因变异和表型变化有关。差异凝胶电泳技术（differencegel electrophoresis，DIGE）建立在双向电泳技术的基础上。它能够在同一块双向电泳胶中分离多种样品。Jonathan实验室最先使用这项技术，后来被 Amersham Biosciences 公司进一步优化并市场化。由于差异凝胶电泳技术可在同一块胶中进行两个蛋白质样品差异的检测与定量，从而避免了传统双向电泳技术胶与胶之间重复性差的缺陷。差异凝胶电泳是一种以在双向电泳前先对蛋白样品进行荧光标记为基础的荧光染料标记的方法。它分为两种：最小标记法和饱和标记法，其中最小标记法较为常用。同位素亲和标签ICAT（isotope coded affinity tag）技术、同位素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ）技术和稳定同位素氨基酸的体内标记（stable isotope labeling with amino acids in cell culture，SILAC）技术也已经广泛应用于蛋白质的定量分析。同位素标记相对和绝对定量技术是近年来最新开发的一种新的蛋白质组学定量研究技术。它具有较好的定量效果、较高的重复性，并可对多达四种不同样本同时进行定量分析。利用SILAC技术，研究人员可以对一个样品进行两种不同分子量的标记，并且进行同时分析，这样获得的数据就精确可靠多了，这种“质量标签”在质谱仪读出的数据中将实验组样品与对照组样品分离开来。近年来科学工作者提出了一种新的不依赖于同位素标记的基于液相色谱串联质谱的非标记定量技术（Label-free quantitative technology based on liquid chromatography tandem mass spectrometry, Label-free LC MS/MS），并被越来越多的研究者认可。现有的基于质谱的非标记定量技术主要有两种：基于一级质谱信息和基于二级质谱信息的技术。前者的依据是与一级质谱相关的肽段峰强度（Mass spectral peak intensity）、峰面积（Peak area）、液相色谱保留时间（LC retention time）等信息，后者的依据是与二级质谱相关的每个蛋白质鉴定到的肽段总次数（Peptide hits或Spectral counts）、所鉴定肽段的离子价位（Ion counts of identified peptides）等信息。 William M. Old等人比较了两类非标记定量技术的优缺点，但截止目前，label-free定量技术还在起步阶段。总的来说，非标记定量技术不需要同位素标签做内部标记，具有经济、高通量和省时省力等优点，在蛋白质组学领域开始兴起。然而这种技术比较依赖于仪器的状态、样品的复杂性以及一些未知因素，用这些非标记定量技术去有效分析实际样品差异的工作还不是很多。尽管如此，由于其特有的优势，科学工作者还是不断的发展和完善这些非标记定量技术，相信这些非标记定量技术将会得到越来越多的应用。 5.3 亚细胞蛋白质组学细胞器的大规模蛋白质组分析是必不可少的，这可以使我们了解细胞器的酶量、膜结构分割的代谢途径、蛋白质标记、转运和调节，以及在细胞器水平的蛋白质动力学。若干方法已适用于分析如叶绿体、质体（etioplasts）、淀粉体、杂色体（Chromoplasts）、线粒体、液泡、质膜、细胞核、过氧化物酶、核糖体、植物细胞的细胞壁或细胞器的亚细胞蛋白质组等。叶绿体、线粒体和进一步的分离的蛋白质组学分析已经开始，以确定亚细胞结构中的蛋白质。定量蛋白质组学，如上面提到的同位素亲和标记（ICAT）和同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术，都对获得在每个细胞器蛋白质组定量数据非常有用。有人已经对拟南芥、水稻和藻类的质膜蛋白质组差异进行了分析，以确定在应对环境因素，如冷驯化、盐胁迫和细菌时，蛋白质方面的差异。几个数据库提供了亚细胞蛋白质组的信息。水稻蛋白质组数据库（ http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/ ）是一种用于水稻2-DE图像的数据库。它包含来自不同组织的数据以及细胞器的数据。诺丁汉拟南芥联合中心（The Nottingham Arabidopsis Stock Centre，NASC）的蛋白质组学数据库（ http://proteomics.arabidopsis .info/ ）和拟南芥蛋白亚细胞定位数据库（SUBA）（ http://suba.plantenergy.uwa.edu.au/ ）提供了拟南芥亚细胞蛋白质组分的析数据。大豆蛋白质组数据库（ http://proteome .dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d_view_map.cgi ）也提供了各种组织的2 – DE数据。构成生物体的组织和细胞结构非常复杂，其内部的蛋白质组成种类繁多、性质多样、丰度差异大，常规方法有时不能够分离组织和细胞内的全部蛋白质，而利用蛋白质组学技术分离有时会丢失大量的蛋白质信号。因此，以亚细胞分级和蛋白质组学的融合而诞生的亚细胞蛋白质学在细胞生物学和分子生物学的研究中有着更深远的意义。 5.4 蛋白质翻译后修饰全面的探讨各种蛋白质翻译后修饰也是目前蛋白质组学研究的一个关键的内容。蛋白质翻译后修饰研究（也称为修饰组学研究）旨在确定修饰的蛋白质，并探讨和协调各功能修饰蛋白相关的生物事件。蛋白质磷酸化是信号网络中一个关键的调控步骤，是一个影响广泛的蛋白质修饰形式，它能够影响真核有机体最基本的细胞进程。磷酸化修饰本身所具有的简单、灵活、可逆的特性以及磷酸基团的供体ATP的易得性，使得磷酸化修饰被真核细胞所选择接受，成为一种最普遍的调控手段。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程，几乎调节着包括细胞的增殖、发育、分化、细胞骨架调控、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩、新陈代谢及肿瘤发生等生命活动的所有过程，并且可逆的蛋白质磷酸化是目前所知道的最主要的信号转导方式。以质谱技术为基础的进步，通过磷酸浓缩技术的辅助，使我们能够在体内大规模地进行高通量磷酸化位点测定。到目前为止，一些植物蛋白质组磷酸化的研究报告已经公布，例如，拟南芥体内蛋白质组范围内磷酸化位点图谱已经通过高精确度的LC-MS/MS和电场轨道阱回旋共振组合质谱（LTQ-Orbitrap）技术定位，拟南芥体内磷酸化位点网站数据库（PhosPhAt）提供了有关拟南芥磷酸化位点的信息（ http://phosphat.mpimp-golm.mpg.de/ ）。植物蛋白磷酸化数据库（P3DB）（ http://www.p3db.org/ ）则为植物磷酸化组学的信息资源，提供了一个多个植物蛋白磷酸化的数据资源。蛋白质的泛素化也是真核细胞中主要的发生翻译后的蛋白质修饰之一。蛋白泛素化是一个重要的调控机制，控制着蛋白质的丰度、定位和活性。在植物中，几个大规模泛素化蛋白研究已经公布。例如，在拟南芥，使用抗泛素抗体的亲和纯化和后期MS / MS分析已开始用于识别泛素化蛋白。 5.5结构蛋白质组学平台的进展蛋白质的大规模的三维结构数据集也对确立蛋白质功能和结构分析或蛋白质复合物分子之间的关系的非常重要。国际结构基因组组织（ The International Structural Genomics Organization, ISGO）（ http://www.isgo.org ）已经成立，以促进全球性的结构基因组学的研究工作。结构基因组学的研究中心一直是日本的结构基因组学/蛋白质组学计划（the RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative，RSGI），美国的蛋白质结构计划（PSI）和欧洲的结构基因组学中心。蛋白质3000计划：2002年由日本文部科学省启动，目标是了解3000个与新药开发相关蛋白质的结构和功能。蛋白质结构计划（PSI）：1999年由美国国家卫生研究院发起，在美国设立了九个结构基因组研究中心，目标是十年（2001年－2010年）解析10000个蛋白质的三维结构，目前第一期计划已结束，并于2006年开始第二期（PSI-2）。欧洲结构蛋白质组计划于2002年启动，第一轮计划（2002年－2006年）由欧盟第五框架计划资助，共完成了308个新的蛋白质结构的测定；第二轮计划由第六框架计划资助，致力于解析蛋白质复合物的三维结构。以确定蛋白质的结构为目的的国际努力对研究蛋白质结构做出了贡献。因此，解决蛋白结构的蛋白质数据库在过去十年里显著增加。如生物大分子结构数据集的最流行的资源PDB （ http://www.pdb.org/pdb/home/home.do ）。中国结构基因组计划于2002年由中科院启动，第一轮为“造血干细胞及血液系统疾病相关蛋白质的结构基因组学研究”，由中国科学技术大学牵头，中科院生物物理研究所、上海生命科学研究院参加；作为“人类肝脏蛋白质组计划”的重要组成部分，第二轮计划于2005年开始，在中科院生物物理研究所、中科院上海生命科学院、中国科学技术大学、清华大学和北京大学开展研究。虽然在方法上结构蛋白质组学依然存在瓶颈，但一些方法的进展在这一领域发挥了重要作用。该组学的主要瓶颈之一就是折叠和可溶性的蛋白质获得。大多数结构基因组学研究都利用来自中心大肠杆菌细胞的蛋白质。无细胞表达系统已成为重要的一种获得蛋白质的方式，这可以解决很多基于细胞带来的问题，如蛋白质的质量和数量，或整个组织。大肠杆菌无细胞系统已经应用到蛋白质的氨基酸选择性稳定同位素标记，以有利于核磁共振光谱分析。小麦胚芽无细胞系统亦已发展成为一个真核细胞的无细胞系统，具有生产多结构域蛋白的优点。小麦胚芽无细胞系统已经被纳入一个机器人自动化平台。利用细胞为基础的和无细胞系统，一种比较研究拟南芥96个开放阅读框（ORF）蛋白的结合已经于2005年开始。这项计划由结构基因组学中心（the Center for Eukaryotic Structural Genomics，CESG）主持。核磁共振光谱平台和技术也在结构蛋白质组学方面发挥了重要作用。大肠杆菌和小麦胚芽胚胎的无细胞系统和选择氨基酸标签结合，促进了核磁共振光谱在在研究蛋白质组学研究中的进展。此外，高分辨率多维交叉极化核磁共振和交叉极化（cross polarization，CP），魔角旋转核磁共振谱（magic angle spinning，MAS）和偶极去耦（dipolar decoupling，DD）也成为膜蛋白结构研究的核磁共振分析平台。此外，最近硬件-核磁共振探针的改善为利用核磁共振的方法筛选结合配体的特定的蛋白质提供机会。 X射线晶体学已被用来确定在近90% PDB（The RCSB Protein Data Bank）（ http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/pdb_statistics/index.html ）中蛋白质的三维结构。特别是第三代X射线同步加速器的光束线已成为大分子晶体学（macromolecular crystallography，MX）的基础。它是用来确定大分子的三维结构（如大型蛋白质和蛋白质复合体）。例如，日本独立行政法人理化研究所（RIKEN）的SPring-8同步加速器已经被用来确定重要的膜蛋白和超分子的蛋白质复合体结构，如Ca2+ -ATP酶，视紫红质和鞭毛。通过使用现有的结构蛋白质组学分析平台，许多有代表性的DNA结合结合域（DNA-binding domain，DBD）的结构，即AP2/ERF结构、NAC、WRKY类、B3和SBP等植物特有的转录因子的结构（TF）的家族已经被确定。 5.6 结构蛋白质组学的信息资源生物信息学及相关数据库也是推进结构蛋白质组学研究基本手段。蛋白质三维结构的计算预测方法主要分为两种：基于模板的建模（template-based modeling，TBM）和自由建模（free modeling，FM）。自由建模也被称为“从头”建模，是用来预测以前没有解决结构信息的蛋白质的三维结构。一个免费的Web服务器和基于模板的建模的模板最近研发成功，例如，网络服务器I-TASSER，就用于蛋白质结构预测。基于模板的建模方法是一种使用匹配的，进化过程中相关已知蛋白质结构为模板，并进行比较的方法。有许多相关的网络服务器和工具（例如瑞士生物信息学瑞士模型服务器研究院），以支持基于模板的建模。蛋白质的结构和功能（GTOP）数据库（ http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop.html ）提供了蛋白质结构和功能信息，这些信息通过各种计算工具和结构预测从氨基酸序列获得。基于结构的蛋白质分类数据库，如蛋白质分类数据库（CATH）（ http://www.cathdb.info/ ）和蛋白质结构分类（SCOP）数据库（ http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ ）提供了蛋白质结构之间的重要关系、蛋白质功能和蛋白质进化等方面的重要信息。基于保守结构域的蛋白质家族数据库，如Pfam结构域，超蛋白质家族和通过进化关系对蛋白质的分析信息是蛋白质家族分类的重要资源。这些类型的数据库通常用于蛋白质功能的预测和分类，例如，有关资源在全基因组范围内鉴定特殊转录因子的基因。代谢组学（metabonomics／metabolomics）是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。代谢组学的目的是采用全面和综合的方法了解代谢系统。这得益于各种测量仪器对代谢的研究。代谢物组学的方法使我们能够进行多种代谢产物的平行鉴定和定量分析，值得注意的是，植物代谢组代表着一个巨大的化学多样性系统，这是因为每个植物物种都有一套复杂的代谢物。因此，植物代谢组学会遇到一个大的分析挑战，如果解决了这个难题，代谢组学就能够阐明植物细胞系统。代谢研究能够允许我们进行分子育种，提高抗逆性，并能够生产药品、功能食品、生物材料和能源。 6.1 研究代谢组学的工具和设备最近研究代谢的仪器方面有了许多显着的技术进步，代谢组学实验开始于代谢指纹采集。采集方法有气相色谱、质谱、液质联用（LC-MS）法、傅立叶变换质谱、红外光谱和核磁共振等。样品分离的方法有气相色谱（GC）、高性能或超高效液相色谱（UltraPerformance LC）、毛细管电泳等。分离方法通常与各种质谱技术结合在一起使用。毛细管电泳-质谱联用（CE-MS）是一种特别有效的、高灵敏度的分离和分析样品中极化分子的方法。飞行时间质谱（TOF MS）和四级管质谱（qMS）也非常实用。经实验证实，前者的灵敏度和分辨率都高于后者，具有更好的应用前景。三重四极杆质谱（Triple-Q）质谱和四极杆-飞行时间串联质谱（Q-Tof）也经常使用。不涉及预分离样品的方法，如傅立叶变换离子回旋共振质谱仪（FT-ICR MS），也被使用。核磁共振为基础的方法也可用于代谢物组学分析。根据样品的溶解度，这些方法大致可分为溶液核磁共振和不溶性或固态核磁共振。使用高分辨率（hr）-MAS技术有可能从难溶样品和固态样品中获得代谢指纹。在一维核磁共振（NMR）中，质子（1H）通常被仔细观察（1H-NMR核磁共振氢谱）和更详细地分析，如代谢产物的鉴定或流量分析等，都可以在二维或多维核磁共振分析中通过1H与其它核，尤其是13C和15N相结合而获得。产生的指纹、质谱和核磁共振光谱要进行前处理，包括背景噪声抑制、峰值调整和选择高峰期。前处理数据集随后用于识别代谢物。这些化合物在数据库检索中分别对应每个频谱信号。在非目标分析中，包括对未知化合物的频谱数据集要进行统计分析，如多元分析以挖掘数据的生物学意义。在目标分析中，频谱数据，特别是相关的化合物集被用于进一步分析化合物代谢概况。数据分析在代谢组学中具有重要的生物学意义。统计分析采用多元分析，如主成分分析等法（PCA）、层次聚类分析（HCA）和自组织映射（SOM）分析等，这通常被用来区分样品和/或代谢物。关于代谢途径代谢的可视化图也常用，并与其它组学方法，包括基因表达谱，特别是参与代谢途径的酶基因表达谱相结合。 6.2 植物代谢谱系统收集代谢物是在代谢组学研究的第一步。这一步可以利用各种具有高通量特点的工具完成，如上面提到的那些工具。全面的代谢数据集可以帮助我们理解细胞针对内外环境的变化做出的反应。此外，与代谢相关的表达谱变化可以和基因差异联系在一起，从而鉴定与表型变化相关的基因。人们目前已经开始进行多种植物物种代谢谱的研究工作，并建立了一些相关的数据库。例如，在拟南芥方面，一个美国国家科学基金会（National Science Foundation，NSF）资助的项目最近已开始（ http://lab.bcb.iastate.edu/sandbox/pbais05/alpha/plantmetabolomics_trimmed/index.php ）。该计划旨在开发植物代谢组学数据库。茄科植物已经有几个可以利用的数据库。番茄的代谢组数据库（Metabolome Tomato Database，MoToDB）是基于液相色谱-串联质谱（LC-MS）分析为基础的代谢组数据库（ http://appliedbioinfor matics.wur.nl/moto/）。KOMICS（Kazusa-omics）数据库收集了由 LC-FT-ICR-MS质谱检测代谢物峰得到的信息，包含了番茄栽培品种Micro-tom。Micro-Tom番茄植株矮小、生长密度高、生命周期短、容易被高效转化，成为功能基因组学研究的新型模式植物。 Armec Repository计划提供了电喷雾质谱得到的马铃薯代谢组数据（ http://www.armec.org/MetaboliteLibrary/index.jsp ）。Golm代谢组数据库（GMD）提供了公众可以获取的代谢物的质谱特征，以及其它信息和相关工具（ http://csbdb.mpimp-golm.mpg .de/csbdb/gmd/gmd.html）。串联质谱光谱标签数据库（The MS/MS spectral tag，MS2T)提供了很多植物的光谱（ http://prime.psc.riken.jp/lcms/ms2tview/ms2tview.html ）信息。这些数据库作为信息资源具有重要作用。它们也可以作为工具，全面服务于从其它组学研究获得数据的分析或进一步整合 6.3 代谢组和其它组学资源的综合方法代谢组学方法也有助于我们理解细胞整体之间的关系，这些方法也和其它组学信息联系，如转录组学、蛋白质组学和基因变异等。结合许多其它组学资源，如目前存在的全基因组序列信息、大规模的转录组数据集、相关的共表达信息、突变体和全长cDNA克隆集合等生物资源，这些综合的方法已成功地体现在拟南芥的研究中。一种系统鉴定代谢相关分子网络的概念性提纲也被提了出来，这也充分利用了转录组和代谢组的分子网络资源信息。在硫和氮元素不足诱导胁迫条件下，利用BL-SOM（a batch-learning, self-organizing map）技术对拟南芥转录组和代谢组进行了分析，鉴定出了涉及葡萄糖苷生物合成的基因。整合代谢组和转录组分析的方法是分析标签激活突变体、过表达MYB转录因子和PAP1基因，以鉴定拟南芥中的涉及花色苷生物合成有关的基因。ATTED-II是一个基于反式因子、微阵列表达谱数据及顺式调控元件预测的针对拟南芥的共调控、共表达基因查询的数据库。该数据库的共表达网络是通过对58个公共可得的58个试验系的数据分析得到的，其中包括1388个微阵列芯片数据、从基因上游200bp区域中预测的调控因子数据，对每一个基因都有直观的表达模式描叙。从ATTED-II获得的拟南芥转录组共表达信息已经用于特定代谢途径相关基因的鉴定，然后又用到了目标基因的突变株代谢组分析。ATTED-II数据库被用来确定在脂代谢相关新基因时，发现了一种新基因-尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶（UDP glucose pyrophosphorylase，UGP3）。UGP3催化硫脂生物合成第一步。共表达分析，也可以用来确定有关黄酮类化合物的合成的基因，从而让人们进一步发现了两个黄酮合成基因-UGT78D3和RHM1。代谢组和转录组信息整合的方法也已经用来阐述调控网络。这些网络使植物对外界环境胁迫做出应激反应。拟南芥在寒冷和脱水条件下的代谢途径用代谢组方法进行了分析，具体方法是利用各种质谱技术结合微阵列技术分析过表达的两种转录因子DREB1A/CBF3和DREB2A的基因。另外，代谢组学信息也已经被用来鉴定野生拟南芥和敲出9-顺式环氧类胡萝卜素双加氧酶（9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase, NCED）基因突变体在脱水条件下的表型变化，从而发现了一种脱落酸依赖性的调节网络。代谢组学信息也已经被用来评估自然变异的化学表型变化或隔离群体的化学表型变化。综合运用代谢组和转录组信息，及其它们之间的联系将有助于我们分析涉及代谢变化的关键基因，还有助于我们找到代谢和表型变化之间的遗传关系。利用分离群体分析代谢的数量性状基因座（QTL）的方法已经用于多种植物，如拟南芥、白杨和番茄等。此外，随着包括再测序等高通量基因分型方法的利用，已经有很多全基因组范围内的变异数据库已经可以利用，这使人们对寻找表型变化和核苷酸序列变异之间的关系更加感兴趣，尤其是那些在进化过程中具有重要作用的基因。试图寻找代谢和基因组多样性之间关联模式的研究最近也被应用于芝麻和水稻等植物中。 6.4 代谢组学的信息资源代谢有关的各种信息资源，不仅在代谢组研究，而且在与其它组学数据的协同整合方面的也具有重要作用。位于美国斯坦福的拟南芥信息资源网站（The Arabidopsis Information Resource, TAIR）（ http://www.arabidopsis.org/portals/metabolome/index.jsp ）是国际上最为权威的拟南芥基因组数据库和拟南芥基因组注释系统，它具有丰富的数据资源和最新的注释信息。拟南芥转录因子数据库DATF的每个条目都有TAIR链接，可以直接查看最新更新信息。 KEGG是日本基因组学网络服务中最基础的数据库，对于更高层次地理解生命具有重大的意义。KEGG包括代谢路径数据库（PATHWAY database）（ http://www.genome.jp/kegg/pathway.html ），可用于进行研究代谢途径和化合物的分子反应网络。另外，KEGG还提供预测注释基因功能、代谢路径的功能。 GENES database提供产自基因组测序工程的大量的基因或蛋白序列信息。 LIGAND 数据库提供大量细胞活动涉及的化合物结构。除此之外，还有一些有限的源于试验的数据信息，如分别储存于EXPRESSION和 BRITE 数据库的微阵列基因表达谱数据和酵母双杂交数据。植物代谢网络（The Plant Metabolic Network，PMN）是一个合作项目，旨在建立植物代谢途径数据库（ http://www.plantcyc.org/ ）。PlantCyc是它的主要组成成分之一。它包含计算分析的基因信息、酵素信息、化合物信息、反应信息和初级、次级代谢产物的信息（ http://www.plantcyc.org:1555/PLANT/server.html ），并且可以使用可视化通路工具（ http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ ）。 AraCyc和PoplarCyc也是可以利用的植物调节网络网站（Plant Metabolic Network，PMN）。它们能够提供有关拟南芥和杨树代谢途径的信息。还有一些代谢途径数据库可以提供其它植物物种的代谢信息，这些数据库由PMN的合作者完成。 MapMan是PPDB（Plant Proteome Database）数据库（ http://ppdb.tc.cornell.edu/ ）所提供的一种工具。它按照蛋白质在生物体代谢途径和生物过程中的功能对基因进行分类，也涉及代谢途径和其它过程（ http://mapman.gabipd.org/web/guest ）。其原理与GO很相似，都是利用层次分类方式对基因产物进行功能分类。 KaPPA-View是另一个基于Web的分析工具，它可以将转录组和代谢组数据加到植物代谢途径图谱上（ http://kpv.kazusa.or.jp/kappa-view/ ）。 PRIMe是一个基于Web的服务器，它提供了多方面的代谢产物数据集，这些代谢产物来自核磁共振光谱、气相色谱质谱（GC/MS）或液相色谱-串联质谱（LC/MS/MS）和毛细管电泳-质谱（CE/MS）分析。突变体分析是研究基因功能的一个有效途径。全面的突变株收集也是反向遗传学的重要生物资源。如上所述，各种分析平台的迅速发展，使我们能够发现涉及特定表型变化的基因。随着这些分析平台的进展，对全面收集突变体及相关信息资源的需求也急剧增加，从而促进了植物的高通量分析和全基因组分析。 7.1 插入突变随着植物基因组测序的完成，插入突变的资源信息和注解插入位置的信息已成为十分有益的资源，这可以促进注解基因的功能分析。转基因标签（T-DNA标签系）和转座子标签系（transposon-tagged lines），已成为受欢迎的植物插入突变体资源。T-DNA标签突变体被看作一个受欢迎的资源，是由于它可以在拟南芥中短时间内获得大量的突变群体。玉米转座子系统-Activator(Ac)/Dissociation(Ds)系统也是一个非常受欢迎的系统，它可以导致转座子诱导的突变，并能够产生大量单一插入位点的群体。在水稻中，内源性反转录转座子Tos17可以在特殊条件下激活，也可用于研究粳稻和日本晴水稻（nipponbare）的插入突变体，提供有关的水稻Tos17突变体的网络资源在 http://tos.nias.affrc.go.jp/index.html.en 网址上。此外，玉米增强/抑制自主转座子（En/Spm）元件也已经被用来作为植物功能基因组学研究的有效工具。在增强子陷阱（ET）和基因陷阱（GT）的结构上加上的T-DNA和AC / Ds转座子有利于在研究临近启动子和增强子活性过程中俘获基因。 OryGenesDB（ http://orygenesdb.cirad.fr/ ）是一个用于水稻反向遗传学研究的工具；有水稻基因T-DNA以及Ds侧冀序列标签数据库和基因注释。 POSTECH是世界上独立分离侧翼序列最多的研究机构。研究人员运用反向PCR和TAIL-PCR技术分离到了80,259条可定位于水稻染色体的T-DNA侧翼序列，并完全投放到RiceGE数据库（Rice Functional Genomics Database）（ http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE ）。 RiceGE数据库内容十分全面，除了POSTECH自身分离的八万多条T-DNA侧翼序列外，还整合了其它多家科研单位的T-DNA、Tos17和Ac/Ds转座子的侧翼序列。该网站的电子检索系统可以通过基因号、基因功能、基因在基因组上位置等关键词进行检索，也可以用基因序列进行BLAST检索，使用十分方便。 7.2 激活标签法对于那些缺失，但不会导致明显表型变化的基因和缺失致死的基因，可以利用激活标签进行标记，产生功能获得性突变。激活标签（Activation tagging）技术的主要原理是使插入位点的基因过量表达或异位表达，导致基因的显性功能获得性突变。具体做法是在T-DNA或转座子上携带上多聚花椰菜花叶病毒CaMV35S增强子。T-DNA或转座子若插入基因内，则可能导致基因插入突变；若插入基因附近（上游或下游），则可能激活正常情况下不表达或表达极弱的基因的表达，得到显性功能获得突变；若反向插入到基因上游，有时会通过反义表达造成基因沉默。插入突变通常引起隐性突变，突变在当代不能表现出来。激活标签通过增强或激活标记基因的表达引起显性突变，可以在当代筛选想要的突变，甚至可以根据需要的性状直接筛选获得目的突变体。以上种种优点大大提高了激活标签的筛选效率。 7.3 福克斯狩猎系统（The FOX hunting system） FOX hunting system是近几年发展起来的又一种新型的分子生物学研究工具。在 2006年， FOX hunting system作为一种植物功能获得性基因筛选技术首次被提出，它可用于系统性阐明植物基因的功能。FOX hunting system可以在转基因植株中过量表达单个或有限数量的全长 cDNA。这些异常表达的全长cDNA 可能会导致显著的突变表型。根据研究目的对表型等方面发生改变的突变植株进行筛选和解析，可以推断出转基因突变植株中所携带外源基因的功能。 FOX hunting system的基本操作方法主要分为五步： (1) 创建目的植物均一化全长cDNA文库； (2) 将全长cDNA连接到植物表达载体并转化农杆菌，构建农杆菌 FOX文库； (3) 农杆菌通过浸染等方法转入拟南芥中，构建拟南芥FOX文库； (4) 监测 FOX转基因植株的表型和生理等方面的变化； (5) 克隆候选转基因植株中所携带的目的基因，转回拟南芥或原植物中检查表型是否相符，验证后解析基因功能。 7.4 化学诱变和物理诱变化学诱变剂，如甲基磺酸乙酯（EMS）、叠氮化钠和甲基亚（MNU）和物理诱变剂，如快速中子、伽玛射线和离子束照射，许多年来都被用来产生了各种植物的遗传学突变群体。定向诱导局部基因组突变技术（Targeting Induced Local Lesions IN Genomes, TILLING）是由美国Fred Hutchinson癌症研究中心发展起来的一种全新的反向遗传学研究方法。TILLING技术借助高通量的检测手段，快速有效地从由化学诱变剂诱变过的突变群体中鉴定出点突变。由于高通量TILLING技术可以进行快速和低成本的化学诱变，目前已被应用于多种生物的研究中。EcoTILLING技术不同于TILLING技术之处在于 EcoTI LLI NG检测的是自然群体中的等位基因的多态性。目前EcoTI LLI NG技术已经成为一种筛选自然变异突变体中SNP的较为廉价和快速的常用技术。该技术不需要将多个DNA混合进行筛选，因此与TILING相比更容易直接找出突变植株。水稻、番茄和拟南芥的TILLING计划已在美国加州大学戴维斯基因组中心（ http://tilling.ucdavis.edu/index.php/Main_Page ）完成。大豆突变数据库提供大豆诱变处理的品系和表型资料（ http://www.soybeantilling.org/index.jsp ）数据。该数据库是为了TILLING（Forrest and Williams82）的大豆诱变突变体第二代库工程而开发的。在约翰英尼斯中心的RevGenUK（ http://revgenuk.jic.ac.uk/about.htm ）提供苜蓿、百脉根和芜菁的TILLING服务。UTILLdb数据库（ http://urgv.evry.inra.fr/UTILLdb ）则包括了在不同发育阶段的每种突变植株，并且包含了植株的数字图像。UTILLdb含有突变基因的表型和序列信息，并且能够搜索感兴趣的TILLING等位基因。 7.5 基因沉默技术虽然插入突变是产生功能失活突变体的有效方法，但是它也有局限性——存在多余基因或致死突变。为了克服这些限制，阻断基因表达的方法已开发，并已经应用于植物基因功能分析。RNA干扰（RNAi）是一种RNA介导的序列特异性沉默，由基因的同源双链RNA（dsRNA）引发，也被称为转录后基因沉默（post-transcriptional gene silencing，PTGS）。一个含内含子序列，且有自我互补发夹结构的RNA（ihpRNA）组成型表达，一直是沉默植物中靶基因的有效方法。随着条件性沉默靶基因的要求，使用化学诱导的Cre / loxP重组系统，或使用热休克诱导基因启动子的限制性的RNA干扰系统最近发展起来。由于拟南芥是目前植物基因组资源研究最深入的植物种类，所以RNAi 技术在植物功能基因组中的研究主要体现在拟南芥功能基因组的研究上。 CATMA（Complete Arabidopsis transcrip2tiome microarray）计划以及AGRIKOLA （Arabidopsis genomic RNAi knock – out line analysis）（ http://www.agrikola.org/index.php?o=/agrikola/html/index ）都在应用RNAi技术进行大规模的拟南芥功能基因组的分析。现在CATMA计划已经开始设计和生产高品质的基因特异性序列标签（gene-specific sequence tag，GST），这些标签涵盖大部分拟南芥基因（ http://www .catma.org/）。苜蓿RNA干扰的数据库（ https://mtrnai.msi.umn.edu/ ）也是基于RNA干扰沉默基因的方法建立起来的网络信息资源。病毒诱导的基因沉默（Virus-induced gene silencing，VIGS）是一种RNAi的衍生方法，它利用的是植物RNA干扰介导的抗病毒防御机制。VIGS系统已经被用于诱导评估近5000个随机 cDNA片段在抵抗疾病中的作用。研究转录因子功能时，如果某个转录因子缺失表达，由于转录因子同源家族基因功能的补偿，使得表型很难辨别，但是嵌合阻遏基因沉默技术（The chimeric repressor silencing technology，CRES-T）能解决这个问题。CRES-T系统也为调控基因沉默带来了新的技术手段。CRES-T利用转录因子和一个植物特异性抑制结构域（EAR）融合的优点，可以成为转基因植物重要的抑制子，并且抑制目标基因的表达。CRES-T系统已经被用于拟南芥转录因子的注解，FioreDB便是一个可利用的数据库（ http://www.cres-t.org/fiore/public_db/index.shtml ）。最近，农作物和家畜核苷酸序列的积累，使我们能够在全基因组范围内比较分析模式生物的基因和发现新的涉及表型的相关基因。从不同物种得来的基因组的整合信息，如大规模收集的cDNA和全基因组测序计划的数据将有利于我们共享关于模式生物和应用生物基因功能的信息，也将加速重要农艺性状相关的分子水平的研究。在网络上可以访问的一些植物基因组学的信息资源已经出现，另外还有一些适当的分析工具。表4是植物基因组一些个综合数据库的网址。表4 植物综合数据库数据库植物网址 TAIR 拟南芥 http://www.arabidopsis.org/ SIGnAL 拟南芥 http://signal.salk.edu/ RARGE 拟南芥 http://rarge.psc.riken.jp/ Rice Genome Annotation Project 水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/ RAP-DB 水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ SOL genomics network 茄科 http://solgenomics.net/ Gramene 禾本科 http://www.gramene.org/ GrainGenes 麦类作物 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml SoyBase 大豆 http://www.soybase.org/ MazieGDB 玉米 http://www.maizegdb.org/ CyanoBase 蓝细菌 http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/ GDR (Genome Database for Rosaceae) 蔷薇科 http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/ Brassica Genome Gateway 芸苔 http://brassica.bbsrc.ac.uk/ Cucurbit Genomics Database 葫芦科 http://www.icugi.org/ Phytozome 植物 (全基因组信息) http://www.phytozome.net/ PlantGDB 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.plantgdb.org/ EnsemblPlants 植物(全基因组信息) http://plants.ensembl.org/index.html ChloroplastDB 植物(叶绿体基因组) http://chloroplast.cbio.psu.edu/ KEGG PLANT 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.genome.jp/kegg/plant/ 8.1 植物门户网站信息资源 TAIR是位于美国的拟南芥信息资源网站（The Arabidopsis Information Resource, TAIR）（ http://www.arabidopsis.org/ ），也是国际上最为权威的拟南芥基因组数据库和拟南芥基因组注释系统。它具有丰富的数据资源和最新的注释信息。拟南芥转录因子数据库DATF的每个条目都有TAIR链接，可以直接查看最新更新信息。Salk研究所基因组分析实验室（The Salk Institute Genomic Analysis Laboratory，SIGnAL) 也主要是一个涉及拟南芥的信息资源（ http://signal.salk.edu/ ），它整合了各种组学数据。RIKEN植物科学研究中心的基因组的百科全书（The RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia，RARGE）能够提供关于拟南芥的各种组学信息（ http://rarge.gsc.riken.jp/db_home.pl ）。上述这样的门户网站都提供了获取组学综合数据的生物资源，还设有注解基因的数据，如基因的全长cDNA克隆、基因突变、基因表达模式和基因组中的同源基因Gramene 是谷类比较图谱的资源网站。它是一个协助性的、以网络为基础的公开性数据资源，致力于稻科植物的比较基因组分析。Gramene的目标是使用公用工程信息促进交叉物种的同源关系研究。这些公用工程信息包括基因组、EST序列、蛋白质结构和功能分析、遗传学和物理图谱、生物化学通路的阐述、表型特征和突变的QTL定位及描述。作为一个信息源，Gramene可以在公共资源中提供更多有价值的资料，便于研究者利用。随着基因组测序计划的实施，分享组学进展成果和整合相关资源的门户网站也相继推出。其中包括番茄基因组测序计划的基因组信息资源门户网站（ http://solgenomics.net/ ）。 SoyBase是大豆基因组研究资源的门户网站，它公布全基因组序列数据（ http://soybase.org/ ）。MaizeGDB是关于玉米生物信息社会的数据库，包括遗传和基因组数据集和相关信息（ http://www.maizegdb.org/ ）。Sol 基因组网络是茄科植物基因组的门户网站，包含有番茄基因组计划的信息资源（ http://solgenomics.net/ ）。此外还有大豆数据库SoyBase（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ），它是一个全面的大豆遗传学和基因组学的信息资源库。玉米基因组的网站在（ http://www.maizegdb.org/ ），该数据库包括玉米所有遗传学、基因产物、功能分析以及相关文献查阅等的信息。 8.2 植物种间基因组尺度比较随着一些植物物种基因组测序的完成，基因组规模的比较分析开始能够被用来开发数据和发布数据集，以识别植物物种之间保守或特殊的性质。人们已经利用从模式生物基因组测序推导出的蛋白质组数据集，完成了若干项尝试，目的是建立平台，以验证基因和阐明基因重复和种间基因功能的多样化。全面基因家族的数据集通常利用计算机程序来完成，包括进先行一次所有的序列相似性搜索，然后是聚类蛋白质家族，方法如马尔可夫聚类（Markov Clustering，MCL）或蛋白质结构域分析等。物种间基因的排列以及相关的染色体定位也被称为同线性或共线性，这已经成为从共同祖先基因推导到一个相关的物种的重要方法。植物基因组复制数据库（The plant genome duplication database，PGDD）能够提供植物全基因组序列和基因组同线性关系（ http://chibba .agtec.uga.edu/duplication/ ）。 8.3 植物基因组学重点数据库序列特异性DNA结合结构域是关键的分子开关，它能够控制或影响许多生物过程，例如发育或对环境的变化反应等。在植物中，拟南芥全基因组范围内，鉴定编码转录因子基因的实验最早实施和公布，这些信息与其它生物比较，揭示了一些植物特有转录因子的特点。在过去的十年中，通过完整的基因组序列信息的利用，人们已经能够在一些生物中汇编描述转录因子调节系统和功能的组织结构网络。有很多数据库可以提供植物编码转录因子基因的信息，这些信息通常是基于计算机方法的预测，如序列的相似性搜索或/和隐含马尔可夫搜索保守的DNA结合结构域（表5）。表5 植物转录因子数据库 Database URL Species RARTF http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ 拟南芥 AGRIS, AtTFDB http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ 拟南芥 DATF http://datf.cbi.pku.edu.cn/ 拟南芥 DRTF http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ 水稻 DPTF http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ 白杨 TOBFAC http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/ 烟草 SoybeanTFDB http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ 大豆 PlantTFDB http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 22种植物 PlnTFDB http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ 20种植物 GRASSIUS, GrassTFDB http://grassius.org/grasstfdb.html 玉米、水稻、高粱、甘蔗 LegumeTFDB http://legumetfdb.psc.riken.jp/ 大豆、百脉根、蒺藜苜蓿 DBD http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home 多于700物种最近，深入的转录因子编码基因数据库整合已经完成，从而建立了一个综合性的、基于转录因子信息的比较基因组学转录因子数据库。 GRASSIUS迈出了建立一个全面信息平台的第一步，这个平台能够整合信息、工具和植物比较基因组学的调控资源。GRASSIUS 的禾草类转录因子数据集（The Grass Transcription Factor Database，GrassTFDB）整合了玉米转录因子数据库（MaizeTFDB）、水稻转录因子数据库（RiceTFDB）、高粱转录因子数据库（SorghumTFDB）和甘蔗转录因子数据库（CaneTFDB）（ http://grassius.org/grasstfdb.html ）。GRASSIUS的豆科植物转录因子数据集（GrassTFDB）提供了豆科植物预测的转录因子编码基因，这些基因来自豆科3个主要品种（大豆、益母草和截型苜蓿）的基因组注解（ http://legumetfdb.psc.riken.jp/ ）。这个数据库是SoybeanTFDB（ http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ ）的扩展版本，目的是整合豆科植物转录因子的知识，并提供豆科植物的公共资源，并用于豆科植物、非豆科植物或其他植物转录因子的比较基因组学。

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中国免疫学和微生物学文献计量分析报告 H指数92 1996-2010年

xupeiyang 2011-9-1 10:48

SCOPUS数据库 1996-2010 H指数 H Index 92 总文献量 Documents 23.657 可引文献量 Citable Documents 22.856 总被引文献量 Citations 156.980 自引文献量 Self Citations 54.645 篇均引用次数 Citations per Document 6,64 全部分析结果 http://www.scimagojr.com/countrysearch.php?area=2400country=CNw =

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[转载]近十年植物与动物、微生物学、环境/生态科学等领域论文发表前20

charles08 2011-8-2 10:36

中国植物与动物科学论文总被引次数排名第 10 位、论文数排名第 8 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录植物与动物科学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有106个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的植物与动物科学论文数超过8.89千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国植物与动物科学领域论文的总被引次数1,524,368次和论文数152,338篇均排名第1位、篇均被引次数10.01排名在第14位，中国植物与动物科学领域论文的总被引次数 134,335 次排名在第 10 位、论文数 25,626 篇排名在第 8 位、篇均被引次数 5.24 未进前 20 名（第 60 位），中国台湾地区植物与动物科学领域论文的总被引次数 31,948 次排名在第 31 位、论文数 4,718 篇排名在第 33 位、篇均被引次数 6.77 未进前 20 名（第 39 位）。详细情况见表一 2000-2010年植物与动物科学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年植物与动物科学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年植物与动物科学领域论文按篇均被引次数排名。表1 2000-2010 年植物与动物科学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 152,338 1,524,368 10.01 2 ENGLAND 30,347 390,092 12.85 3 GERMANY 36,714 371,921 10.13 4 JAPAN 38,200 297,262 7.78 5 CANADA 31,555 286,858 9.09 6 FRANCE 26,664 271,089 10.17 7 AUSTRALIA 26,194 239,899 9.16 8 SPAIN 22,020 176,216 8.00 9 NETHERLANDS 12,242 139,781 11.42 10 PEOPLES R CHINA 25,626 134,335 5.24 11 ITALY 17,711 123,135 6.95 12 SCOTLAND 9,806 112,546 11.48 13 SWEDEN 9,493 107,671 11.34 14 SWITZERLAND 8,898 101,221 11.38 15 BRAZIL 23,953 85,118 3.55 16 BELGIUM 9,123 82,412 9.03 17 DENMARK 7,292 79,909 10.96 18 NEW ZEALAND 7,702 62,657 8.14 19 NORWAY 6,563 61,953 9.44 20 INDIA 19,866 60,956 3.07 表2 2000-2010 年植物与动物科学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 152,338 1,524,368 10.01 2 JAPAN 38,200 297,262 7.78 3 GERMANY 36,714 371,921 10.13 4 CANADA 31,555 286,858 9.09 5 ENGLAND 30,347 390,092 12.85 6 FRANCE 26,664 271,089 10.17 7 AUSTRALIA 26,194 239,899 9.16 8 PEOPLES R CHINA 25,626 134,335 5.24 9 BRAZIL 23,953 85,118 3.55 10 SPAIN 22,020 176,216 8.00 11 INDIA 19,866 60,956 3.07 12 ITALY 17,711 123,135 6.95 13 NETHERLANDS 12,242 139,781 11.42 14 POLAND 11,141 37,446 3.36 15 TURKEY 10,023 24,703 2.46 16 SCOTLAND 9,806 112,546 11.48 17 SWEDEN 9,493 107,671 11.34 18 MEXICO 9,274 42,729 4.61 19 BELGIUM 9,123 82,412 9.03 20 SWITZERLAND 8,898 101,221 11.38 表3 2000-2010 年植物与动物科学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 MONACO 79 1,076 13.62 2 ENGLAND 30,347 390,092 12.85 3 WALES 2,349 27,380 11.66 4 SCOTLAND 9,806 112,546 11.48 5 NETHERLANDS 12,242 139,781 11.42 6 SWITZERLAND 8,898 101,221 11.38 7 SWEDEN 9,493 107,671 11.34 8 DENMARK 7,292 79,909 10.96 9 ISRAEL 4,938 53,886 10.91 10 PHILIPPINES 1,086 11,319 10.42 11 FRANCE 26,664 271,089 10.17 12 GERMANY 36,714 371,921 10.13 13 NORTH IRELAND 988 9,902 10.02 14 USA 152,338 1,524,368 10.01 15 PANAMA 626 6,104 9.75 16 LUXEMBOURG 185 1,778 9.61 17 LATVIA 162 1,549 9.56 18 ICELAND 526 4,967 9.44 19 NORWAY 6,563 61,953 9.44 20 AUSTRALIA 26,194 239,899 9.16 近十年微生物学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年中国微生物学论文总被引次数排名第 15 位、论文数排名第 7 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录微生物学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有89个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的微生物学论文数超过2.17千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国微生物学领域论文的总被引次数1,176,608次和论文数53,741篇均排名第1位、篇均被引次数21.89排名在第7位，中国微生物学领域论文的总被引次数 53,952 次排名在第 15 位、论文数 6,748 篇排名在第 7 位、篇均被引次数 8.00 未进前 20 名（第 71 位），中国台湾地区微生物学领域论文的总被引次数 18,796 次排名在第 25 位、论文数 1,644 篇排名在第 23 位、篇均被引次数 11.43 未进前 20 名（第 52 位）。详细情况见表一 2000-2010年微生物学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年微生物学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年微生物学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年微生物学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,741 1,176,608 21.89 2 GERMANY 14,791 273,780 18.51 3 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 4 FRANCE 11,588 212,933 18.38 5 JAPAN 13,563 170,595 12.58 6 CANADA 6,442 110,335 17.13 7 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 8 SPAIN 7,428 97,196 13.09 9 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90 10 ITALY 5,340 67,514 12.64 11 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 12 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 13 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 14 SWEDEN 3,054 54,130 17.72 15 PEOPLES R CHINA 6,748 53,952 8.00 16 DENMARK 2,170 46,054 21.22 17 SOUTH KOREA 6,022 43,203 7.17 18 BRAZIL 4,647 38,585 8.30 19 INDIA 4,530 29,942 6.61 20 AUSTRIA 1,593 28,593 17.95 表22000-2010 年微生物学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,741 1,176,608 21.89 2 GERMANY 14,791 273,780 18.51 3 JAPAN 13,563 170,595 12.58 4 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 5 FRANCE 11,588 212,933 18.38 6 SPAIN 7,428 97,196 13.09 7 PEOPLES R CHINA 6,748 53,952 8.00 8 CANADA 6,442 110,335 17.13 9 SOUTH KOREA 6,022 43,203 7.17 10 ITALY 5,340 67,514 12.64 11 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90 12 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 13 BRAZIL 4,647 38,585 8.30 14 INDIA 4,530 29,942 6.61 15 RUSSIA 3,398 22,834 6.72 16 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 17 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 18 SWEDEN 3,054 54,130 17.72 19 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 20 DENMARK 2,170 46,054 21.22 表32000-2010 年微生物学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 BERMUDA 7 1,204 172.00 2 BARBADOS 18 759 42.17 3 COSTA RICA 59 1,519 25.75 4 BOTSWANA 23 560 24.35 5 ZAMBIA 52 1,251 24.06 6 MALAWI 36 827 22.97 7 USA 53,741 1,176,608 21.89 8 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 9 DENMARK 2,170 46,054 21.22 10 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 11 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 12 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 13 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 14 GERMANY 14,791 273,780 18.51 15 VIETNAM 230 4,249 18.47 16 FRANCE 11,588 212,933 18.38 17 NORTH IRELAND 423 7,647 18.08 18 AUSTRIA 1,593 28,593 17.95 19 BANGLADESH 177 3,174 17.93 20 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90 近十年环境/生态学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010 中国环境 / 生态学论文总被引次数排名第 10 位、论文数排名第 4 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录环境/生态学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有101个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的环境/生态学论文数超过4.17千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国环境/生态学领域论文的总被引次数1,222,939次和论文数85,082篇均排名第1位、篇均被引次数14.37排名在第16位，中国环境 / 生态学领域论文的总被引次数 110,475 次排名在第 10 位、论文数 16,345 篇排名在第 4 位、篇均被引次数 6.76 未进前 20 名（第 70 位），中国台湾地区环境 / 生态学领域论文的总被引次数 26,188 次排名在第 25 位、论文数 3,239 篇排名在第 27 位、篇均被引次数 8.09 未进前 20 名（第 60 位）。详细情况见表一 2000-2010年环境/生态学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年环境/生态学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年环境/生态学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年环境/ 生态学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 85,082 1,222,939 14.37 2 ENGLAND 17,704 290,386 16.40 3 CANADA 18,823 244,376 12.98 4 GERMANY 15,722 209,759 13.34 5 AUSTRALIA 13,186 177,284 13.44 6 FRANCE 12,246 159,854 13.05 7 SWEDEN 7,525 125,444 16.67 8 SPAIN 10,916 123,497 11.31 9 NETHERLANDS 7,393 112,791 15.26 10 PEOPLES R CHINA 16,345 110,475 6.76 11 SWITZERLAND 5,319 90,967 17.10 12 JAPAN 10,021 90,414 9.02 13 ITALY 8,195 85,673 10.45 14 SCOTLAND 4,388 70,568 16.08 15 FINLAND 4,469 64,160 14.36 16 DENMARK 4,174 63,865 15.30 17 BELGIUM 4,189 57,516 13.73 18 NEW ZEALAND 3,885 53,923 13.88 19 NORWAY 3,795 51,889 13.67 20 BRAZIL 6,177 51,045 8.26 表22000-2010 年环境/ 生态学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 85,082 1,222,939 14.37 2 CANADA 18,823 244,376 12.98 3 ENGLAND 17,704 290,386 16.40 4 PEOPLES R CHINA 16,345 110,475 6.76 5 GERMANY 15,722 209,759 13.34 6 AUSTRALIA 13,186 177,284 13.44 7 FRANCE 12,246 159,854 13.05 8 SPAIN 10,916 123,497 11.31 9 JAPAN 10,021 90,414 9.02 10 ITALY 8,195 85,673 10.45 11 SWEDEN 7,525 125,444 16.67 12 NETHERLANDS 7,393 112,791 15.26 13 INDIA 7,065 43,215 6.12 14 BRAZIL 6,177 51,045 8.26 15 SWITZERLAND 5,319 90,967 17.10 16 FINLAND 4,469 64,160 14.36 17 SCOTLAND 4,388 70,568 16.08 18 POLAND 4,357 24,413 5.60 19 BELGIUM 4,189 57,516 13.73 20 DENMARK 4,174 63,865 15.30 表32000-2010 年环境/ 生态学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 PANAMA 496 14,156 28.54 2 NETH ANTILLES 26 665 25.58 3 SWITZERLAND 5,319 90,967 17.10 4 BERMUDA 41 692 16.88 5 SWEDEN 7,525 125,444 16.67 6 REP OF GEORGIA 47 776 16.51 7 ENGLAND 17,704 290,386 16.40 8 ECUADOR 241 3,885 16.12 9 SCOTLAND 4,388 70,568 16.08 10 ICELAND 226 3,586 15.87 11 PERU 240 3,726 15.53 12 COSTA RICA 341 5,280 15.48 13 DENMARK 4,174 63,865 15.30 14 NETHERLANDS 7,393 112,791 15.26 15 WALES 1,444 20,895 14.47 16 USA 85,082 1,222,939 14.37 17 FINLAND 4,469 64,160 14.36 18 VENEZUELA 347 4,966 14.31 19 NEW ZEALAND 3,885 53,923 13.88 20 BELGIUM 4,189 57,516 13.73 近十年免疫学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年中国免疫学论文总被引次数排名第 18 位、论文数排名第 12 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录免疫学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有92个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的免疫学论文数超过1.5千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国免疫学领域论文的总被引次数1,444,725次和论文数53,267篇均排名第1位、篇均被引次数27.12排名在第2位，中国免疫学领域论文的总被引次数 28,889 次排名在第 18 位、论文数 3,618 篇排名在第 12 位、篇均被引次数 7.98 未进前 20 名（第 87 位），中国台湾地区免疫学领域论文的总被引次数 12,334 次排名在第 27 位、论文数 1,146 篇排名在第 25 位、篇均被引次数 10.76 未进前 20 名（第 75 位）。详细情况见表一 2000-2010年免疫学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年免疫学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年免疫学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年免疫学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,267 1,444,725 27.12 2 ENGLAND 10,953 264,538 24.15 3 GERMANY 10,149 233,935 23.05 4 JAPAN 9,706 230,692 23.77 5 FRANCE 8,107 186,692 23.03 6 ITALY 6,046 125,721 20.79 7 CANADA 5,363 115,736 21.58 8 AUSTRALIA 4,795 107,662 22.45 9 NETHERLANDS 4,757 104,888 22.05 10 SWITZERLAND 3,663 103,246 28.19 11 SWEDEN 4,130 72,414 17.53 12 SPAIN 3,445 55,823 16.20 13 BELGIUM 2,087 43,782 20.98 14 DENMARK 1,948 37,010 19.00 15 SCOTLAND 1,577 36,694 23.27 16 ISRAEL 1,664 33,582 20.18 17 AUSTRIA 1,578 31,881 20.20 18 PEOPLES R CHINA 3,618 28,889 7.98 19 BRAZIL 2,398 28,288 11.80 20 FINLAND 1,255 23,544 18.76 表22000-2010 年免疫学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,267 1,444,725 27.12 2 ENGLAND 10,953 264,538 24.15 3 GERMANY 10,149 233,935 23.05 4 JAPAN 9,706 230,692 23.77 5 FRANCE 8,107 186,692 23.03 6 ITALY 6,046 125,721 20.79 7 CANADA 5,363 115,736 21.58 8 AUSTRALIA 4,795 107,662 22.45 9 NETHERLANDS 4,757 104,888 22.05 10 SWEDEN 4,130 72,414 17.53 11 SWITZERLAND 3,663 103,246 28.19 12 PEOPLES R CHINA 3,618 28,889 7.98 13 SPAIN 3,445 55,823 16.20 14 BRAZIL 2,398 28,288 11.80 15 BELGIUM 2,087 43,782 20.98 16 DENMARK 1,948 37,010 19.00 17 SOUTH KOREA 1,843 21,605 11.72 18 INDIA 1,732 14,314 8.26 19 ISRAEL 1,664 33,582 20.18 20 AUSTRIA 1,578 31,881 20.20 表32000-2010 年免疫学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 SWITZERLAND 3,663 103,246 28.19 2 USA 53,267 1,444,725 27.12 3 IRELAND 606 15,947 26.32 4 ENGLAND 10,953 264,538 24.15 5 JAPAN 9,706 230,692 23.77 6 SCOTLAND 1,577 36,694 23.27 7 GERMANY 10,149 233,935 23.05 8 FRANCE 8,107 186,692 23.03 9 AUSTRALIA 4,795 107,662 22.45 10 NETHERLANDS 4,757 104,888 22.05 11 INDONESIA 100 2,166 21.66 12 CANADA 5,363 115,736 21.58 13 BELGIUM 2,087 43,782 20.98 14 MOZAMBIQUE 35 734 20.97 15 ITALY 6,046 125,721 20.79 16 GABON 95 1,953 20.56 17 AUSTRIA 1,578 31,881 20.20 18 ISRAEL 1,664 33,582 20.18 19 UGANDA 363 7,315 20.15 20 COTE IVOIRE 125 2,500 20.00 近十年分子生物学与遗传学领域论文发表前20名国家与地区排名中国分子生物学与遗传学论文总被引次数排名第 15 位、论文数排名第 8 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录分子生物学与遗传学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有90个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的分子生物学与遗传学论文数超过3.7千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国分子生物学与遗传学领域论文的总被引次数 4,083,746 次和论文数 121,281 篇均排名第1位、篇均被引次数33.67排名在第8位，中国分子生物学与遗传学领域论文的总被引次数 114,285 次排名在第 15 位、论文数 10,862 篇排名在第 8 位、篇均被引次数 10.52 未进前 20 名（第 80 位），中国台湾地区分子生物学与遗传学领域论文的总被引次数 31,267 次排名在第 28 位、论文数 2,344 篇排名在第 25 位、篇均被引次数 13.34 未进前 20 名（第 59 位）。详细情况见表一 2000-2010年分子生物学与遗传学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年分子生物学与遗传学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年分子生物学与遗传学领域论文按篇均被引次数排名。表1 2000-2010 年分子生物学与遗传学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 121,281 4,083,746 33.67 2 ENGLAND 24,402 834,522 34.20 3 GERMANY 26,637 773,575 29.04 4 JAPAN 25,174 588,065 23.36 5 FRANCE 18,412 506,872 27.53 6 CANADA 14,529 385,559 26.54 7 ITALY 12,273 266,572 21.72 8 SWITZERLAND 6,729 234,243 34.81 9 NETHERLANDS 7,857 224,343 28.55 10 AUSTRALIA 7,270 185,749 25.55 11 SPAIN 8,183 171,162 20.92 12 SCOTLAND 4,668 162,232 34.75 13 SWEDEN 5,702 161,930 28.40 14 ISRAEL 3,842 127,624 33.22 15 PEOPLES R CHINA 10,862 114,285 10.52 16 DENMARK 3,197 105,151 32.89 17 BELGIUM 3,790 98,166 25.90 18 AUSTRIA 2,804 95,002 33.88 19 FINLAND 2,768 78,023 28.19 20 SOUTH KOREA 4,887 64,348 13.17 表22000-2010 年分子生物学与遗传学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 121,281 4,083,746 33.67 2 GERMANY 26,637 773,575 29.04 3 JAPAN 25,174 588,065 23.36 4 ENGLAND 24,402 834,522 34.20 5 FRANCE 18,412 506,872 27.53 6 CANADA 14,529 385,559 26.54 7 ITALY 12,273 266,572 21.72 8 PEOPLES R CHINA 10,862 114,285 10.52 9 SPAIN 8,183 171,162 20.92 10 NETHERLANDS 7,857 224,343 28.55 11 AUSTRALIA 7,270 185,749 25.55 12 SWITZERLAND 6,729 234,243 34.81 13 RUSSIA 6,109 45,917 7.52 14 SWEDEN 5,702 161,930 28.40 15 SOUTH KOREA 4,887 64,348 13.17 16 BRAZIL 4,705 38,935 8.28 17 SCOTLAND 4,668 162,232 34.75 18 ISRAEL 3,842 127,624 33.22 19 BELGIUM 3,790 98,166 25.90 20 INDIA 3,740 34,135 9.13 表3 2000-2010 年分子生物学与遗传学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 IRAQ 7 581 83.00 2 ICELAND 198 12,946 65.38 3 NIGERIA 95 5,864 61.73 4 SWITZERLAND 6,729 234,243 34.81 5 SCOTLAND 4,668 162,232 34.75 6 ENGLAND 24,402 834,522 34.20 7 AUSTRIA 2,804 95,002 33.88 8 USA 121,281 4,083,746 33.67 9 ISRAEL 3,842 127,624 33.22 10 DENMARK 3,197 105,151 32.89 11 IRELAND 1,149 35,915 31.26 12 SUDAN 31 921 29.71 13 GERMANY 26,637 773,575 29.04 14 NETHERLANDS 7,857 224,343 28.55 15 SWEDEN 5,702 161,930 28.40 16 FINLAND 2,768 78,023 28.19 17 COSTA RICA 75 2,091 27.88 18 ALGERIA 63 1,743 27.67 19 ESTONIA 268 7,396 27.60 20 FRANCE 18,412 506,872 27.53 近十年生物学与生物化学领域论文发表前20名国家与地区排名中国生物学与生物化学论文总被引次数排名第 13 位、论文数排名第 6 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录生物学与生物化学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有99个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的生物学与生物化学论文数超过7.3千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国生物学与生物化学领域论文的总被引次数4,681,070次和论文数196,060篇均排名第1位、篇均被引次数23.88排名在第4位，中国生物学与生物化学领域论文的总被引次数 213,218 次排名在第 13 位、论文数 28,834 篇排名在第 6 位、篇均被引次数 7.39 未进前 20 名（第 69 位），中国台湾地区生物学与生物化学领域论文的总被引次数 62,951 次排名在第 25 位、论文数 6,385 篇排名在第 23 位、篇均被引次数 9.86 未进前 20 名（第 46 位）。详细情况见表一 2000-2010年生物学与生物化学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年生物学与生物化学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年生物学与生物化学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年生物学与生物化学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 196,060 4,681,070 23.88 2 ENGLAND 38,895 867,894 22.31 3 JAPAN 58,574 867,311 14.81 4 GERMANY 43,341 849,894 19.61 5 FRANCE 32,994 562,519 17.05 6 CANADA 26,267 500,638 19.06 7 ITALY 23,504 336,882 14.33 8 AUSTRALIA 15,095 276,030 18.29 9 SWITZERLAND 10,216 255,439 25.00 10 SWEDEN 13,112 253,649 19.34 11 NETHERLANDS 11,893 239,632 20.15 12 SPAIN 16,167 228,569 14.14 13 PEOPLES R CHINA 28,834 213,218 7.39 14 SCOTLAND 7,196 167,233 23.24 15 DENMARK 7,948 158,512 19.94 16 SOUTH KOREA 14,356 149,784 10.43 17 BELGIUM 7,326 135,653 18.52 18 ISRAEL 6,562 126,316 19.25 19 INDIA 14,488 108,288 7.47 20 FINLAND 4,983 91,206 18.30 表22000-2010 年生物学与生物化学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 196,060 4,681,070 23.88 2 JAPAN 58,574 867,311 14.81 3 GERMANY 43,341 849,894 19.61 4 ENGLAND 38,895 867,894 22.31 5 FRANCE 32,994 562,519 17.05 6 PEOPLES R CHINA 28,834 213,218 7.39 7 CANADA 26,267 500,638 19.06 8 ITALY 23,504 336,882 14.33 9 SPAIN 16,167 228,569 14.14 10 AUSTRALIA 15,095 276,030 18.29 11 INDIA 14,488 108,288 7.47 12 SOUTH KOREA 14,356 149,784 10.43 13 SWEDEN 13,112 253,649 19.34 14 NETHERLANDS 11,893 239,632 20.15 15 BRAZIL 11,173 84,774 7.59 16 RUSSIA 10,493 83,019 7.91 17 SWITZERLAND 10,216 255,439 25.00 18 POLAND 8,973 74,325 8.28 19 DENMARK 7,948 158,512 19.94 20 BELGIUM 7,326 135,653 18.52 表32000-2010 年生物学与生物化学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 BERMUDA 18 534 29.67 2 PANAMA 237 6,294 26.56 3 SWITZERLAND 10,216 255,439 25.00 4 USA 196,060 4,681,070 23.88 5 SCOTLAND 7,196 167,233 23.24 6 ENGLAND 38,895 867,894 22.31 7 NETHERLANDS 11,893 239,632 20.15 8 DENMARK 7,948 158,512 19.94 9 GERMANY 43,341 849,894 19.61 10 SWEDEN 13,112 253,649 19.34 11 ISRAEL 6,562 126,316 19.25 12 CANADA 26,267 500,638 19.06 13 BELGIUM 7,326 135,653 18.52 14 FINLAND 4,983 91,206 18.30 15 AUSTRALIA 15,095 276,030 18.29 16 URUGUAY 416 7,331 17.62 17 FRANCE 32,994 562,519 17.05 18 NORWAY 3,387 57,595 17.00 19 IRELAND 2,147 35,861 16.70 20 NEW ZEALAND 2,826 46,954 16.62 近十年农业科学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年中国农业科学论文总被引次数排名第 11 位、论文数排名第 8 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年6月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录农业科学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有98个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的农业科学论文数超过2.6千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国农业科学领域论文的总被引次数402,118次和论文数42,458篇均排名第1位、篇均被引次数9.47排名在第14位，中国农业科学领域论文的总被引次数 42,119 次排名在第 11 位、论文数 8,514 篇排名在第 8 位、篇均被引次数 4.95 未进前 20 名（第 57 位），中国台湾地区农业科学领域论文的总被引次数 18,192 次排名在第 25 位、论文数 2,361 篇排名在第 22 位、篇均被引次数 7.71 未进前 20 名（第 25 位）。详细情况见表一 2000-2010年农业科学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年农业科学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年农业科学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年农业科学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 42,458 402,118 9.47 2 SPAIN 12,695 104,875 8.26 3 ENGLAND 7,704 86,528 11.23 4 FRANCE 9,000 83,984 9.33 5 GERMANY 11,137 80,031 7.19 6 CANADA 8,168 72,892 8.92 7 JAPAN 12,108 64,995 5.37 8 ITALY 7,399 62,412 8.44 9 AUSTRALIA 7,746 59,151 7.64 10 NETHERLANDS 4,497 50,143 11.15 11 PEOPLES R CHINA 8,514 42,119 4.95 12 INDIA 11,428 35,412 3.10 13 BRAZIL 10,963 32,242 2.94 14 DENMARK 2,838 31,956 11.26 15 BELGIUM 3,045 31,100 10.21 16 TURKEY 4,958 27,034 5.45 17 SOUTH KOREA 4,924 25,613 5.20 18 SWEDEN 2,164 24,553 11.35 19 SWITZERLAND 2,600 24,379 9.38 20 FINLAND 1,889 23,028 12.19 表22000-2010 年农业科学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 42,458 402,118 9.47 2 SPAIN 12,695 104,875 8.26 3 JAPAN 12,108 64,995 5.37 4 INDIA 11,428 35,412 3.10 5 GERMANY 11,137 80,031 7.19 6 BRAZIL 10,963 32,242 2.94 7 FRANCE 9,000 83,984 9.33 8 PEOPLES R CHINA 8,514 42,119 4.95 9 CANADA 8,168 72,892 8.92 10 AUSTRALIA 7,746 59,151 7.64 11 ENGLAND 7,704 86,528 11.23 12 ITALY 7,399 62,412 8.44 13 TURKEY 4,958 27,034 5.45 14 SOUTH KOREA 4,924 25,613 5.20 15 NETHERLANDS 4,497 50,143 11.15 16 BELGIUM 3,045 31,100 10.21 17 MEXICO 2,938 15,196 5.17 18 NEW ZEALAND 2,893 22,417 7.75 19 DENMARK 2,838 31,956 11.26 20 ARGENTINA 2,617 16,814 6.42 表32000-2010 年农业科学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 SCOTLAND 1,716 22,447 13.08 2 ICELAND 126 1,613 12.80 3 FINLAND 1,889 23,028 12.19 4 SWEDEN 2,164 24,553 11.35 5 DENMARK 2,838 31,956 11.26 6 ENGLAND 7,704 86,528 11.23 7 NETHERLANDS 4,497 50,143 11.15 8 NORTH IRELAND 556 6,070 10.92 9 SINGAPORE 249 2,691 10.81 10 ISRAEL 1,115 11,978 10.74 11 NORWAY 1,589 16,533 10.40 12 WALES 564 5,857 10.38 13 BELGIUM 3,045 31,100 10.21 14 USA 42,458 402,118 9.47 15 IRELAND 2,235 21,032 9.41 16 SWITZERLAND 2,600 24,379 9.38 17 FRANCE 9,000 83,984 9.33 18 CANADA 8,168 72,892 8.92 19 GREECE 2,339 20,453 8.74 20 ITALY 7,399 62,412 8.44 近十年化学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年中国化学论文总被引次数排名第 4 位、论文数排名第 2 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年6月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录化学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有93个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的化学论文数超过1万篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国化学领域论文的总被引次数3,924,661次和论文数218,262篇均排名第1位、篇均被引次数17.98排名在第3位，中国化学领域论文的总被引次数 1,101,485 次排名在第 4 位、论文数 168,238 篇排名在第 2 位、篇均被引次数 6.55 未进前 20 名（第 53 位），中国台湾地区论文的总被引次数 168,817 次排名在第 18 位、论文数 18,917 篇排名在第 15 位、篇均被引次数 8.92 未进前 20 名（第 33 位）。详细情况见表一 2000-2010年化学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年化学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年化学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年化学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 218,262 3,924,661 17.98 2 JAPAN 111,113 1,251,861 11.27 3 GERMANY 92,087 1,228,831 13.34 4 PEOPLES R CHINA 168,238 1,101,485 6.55 5 FRANCE 62,953 776,484 12.33 6 ENGLAND 53,205 770,443 14.48 7 SPAIN 44,359 528,387 11.91 8 ITALY 40,466 482,167 11.92 9 CANADA 31,849 413,014 12.97 10 INDIA 60,787 405,769 6.68 11 SOUTH KOREA 34,452 325,267 9.44 12 NETHERLANDS 17,920 317,069 17.69 13 SWITZERLAND 17,651 298,671 16.92 14 AUSTRALIA 17,971 214,757 11.95 15 SWEDEN 14,116 207,111 14.67 16 RUSSIA 59,038 201,015 3.40 17 POLAND 28,082 190,419 6.78 18 TAIWAN 18,917 168,817 8.92 19 BELGIUM 12,528 151,502 12.09 20 BRAZIL 19,527 143,149 7.33 表22000-2010 年化学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 218,262 3,924,661 17.98 2 PEOPLES R CHINA 168,238 1,101,485 6.55 3 JAPAN 111,113 1,251,861 11.27 4 GERMANY 92,087 1,228,831 13.34 5 FRANCE 62,953 776,484 12.33 6 INDIA 60,787 405,769 6.68 7 RUSSIA 59,038 201,015 3.40 8 ENGLAND 53,205 770,443 14.48 9 SPAIN 44,359 528,387 11.91 10 ITALY 40,466 482,167 11.92 11 SOUTH KOREA 34,452 325,267 9.44 12 CANADA 31,849 413,014 12.97 13 POLAND 28,082 190,419 6.78 14 BRAZIL 19,527 143,149 7.33 15 TAIWAN 18,917 168,817 8.92 16 AUSTRALIA 17,971 214,757 11.95 17 NETHERLANDS 17,920 317,069 17.69 18 SWITZERLAND 17,651 298,671 16.92 19 IRAN 14,469 87,280 6.03 20 SWEDEN 14,116 207,111 14.67 表32000-2010 年化学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 COSTA RICA 128 2,866 22.39 2 NORTH IRELAND 1,367 28,645 20.95 3 USA 218,262 3,924,661 17.98 4 NETHERLANDS 17,920 317,069 17.69 5 SWITZERLAND 17,651 298,671 16.92 6 DENMARK 6,854 112,765 16.45 7 ISRAEL 8,401 125,805 14.98 8 SWEDEN 14,116 207,111 14.67 9 ENGLAND 53,205 770,443 14.48 10 WALES 2,447 32,882 13.44 11 GERMANY 92,087 1,228,831 13.34 12 CANADA 31,849 413,014 12.97 13 IRELAND 3,178 40,339 12.69 14 SINGAPORE 7,001 86,499 12.36 15 FRANCE 62,953 776,484 12.33 16 BELGIUM 12,528 151,502 12.09 17 SCOTLAND 7,960 96,040 12.07 18 AUSTRIA 8,217 98,818 12.03 19 AUSTRALIA 17,971 214,757 11.95 20 ITALY 40,466 482,167 11.92 近十年材料科学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年中国材料科学论文总被引次数排名第 2 位、论文数排名第 1 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年6月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录材料科学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有81个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的材料科学论文数超过5千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国材料科学领域论文的总被引次数808,275次排名在第1位、论文数69,131篇排名在第2位、篇均被引次数11.69排名在第4位，中国材料科学领域论文的总被引次数 375,706 次排名在第 2 位、论文数 80,401 篇排名在第 1 位、篇均被引次数 4.67 未进前 20 名（第 53 位），中国台湾地区论文的总被引次数 73,665 次排名在第 12 位、论文数 11,465 篇排名在第 10 位、篇均被引次数 6.43 未进前 20 名（第 32 位）。详细情况见表一 2000-2010年材料科学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年材料科学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年材料科学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年材料学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 69,131 808,275 11.69 2 PEOPLES R CHINA 80,401 375,706 4.67 3 JAPAN 50,779 347,425 6.84 4 GERMANY 32,418 272,048 8.39 5 ENGLAND 20,046 189,964 9.48 6 FRANCE 22,237 179,537 8.07 7 SOUTH KOREA 24,623 152,626 6.20 8 INDIA 20,250 104,937 5.18 9 CANADA 11,192 84,765 7.57 10 SPAIN 11,302 83,676 7.40 11 ITALY 10,561 78,805 7.46 12 TAIWAN 11,465 73,665 6.43 13 NETHERLANDS 4,959 61,023 12.31 14 AUSTRALIA 7,642 56,188 7.35 15 SINGAPORE 5,290 54,537 10.31 16 SWITZERLAND 4,812 53,817 11.18 17 SWEDEN 6,083 48,588 7.99 18 RUSSIA 16,285 45,217 2.78 19 BELGIUM 4,020 36,051 8.97 20 BRAZIL 6,460 32,249 4.99 表22000-2010 年材料学领域论文按论文总数排名近十年SCI收录中国学者综述论文统计分析 2001-2010年SCI共收录至少有一位中国（PEOPLES R CHINA ）作者（不包括台湾）的综述论文（ Review ） 11,856 篇（截至到2010年8月16日按出版年统计），其中英文10,910篇（92.0209 %），中文940篇（7.9285 %），日文3篇，加泰罗尼亚语1篇，德文1篇，法文1篇。学科涉及到194个，近十年SCI期刊收录中国学者综述论文发文量居前十位的学科见表一。表一 2001-2010 年SCI 期刊收录中国学者综述论文发文量居前十位的学科排名学科名称发文量占总文章量的百分比（ % ） 1. 生物化学与分子生物学 1172 9.8853 % 2. 化学（多学科） 1099 9.2696 % 3. 药理学及药剂 903 7.6164 % 4. 材料科学（多学科） 708 5.9717 % 5. 多学科科学 457 3.8546 % 6. 物理化学 451 3.8040 % 7. 细胞生物学 430 3.6269 % 8. 肿瘤学 398 3.3570 % 9. 无机化学与核化学 362 3.0533 % 10. 生物物理学 350 2.9521 % 2001-2010年SCI 中国学者发表的 11,856篇综述论文，涉及到 2610 种期刊，发文量居前四位的期刊均是中国出版的期刊，见表二近十年中国学者发表综述论文涉及最多的期刊。表二 2001-2010 年SCI 期刊收录中国学者综述论文发文量居前十位的期刊排名期刊名称发文量占总文章量的百分比（ % ） 1 CHINESE SCIENCE BULLETIN《科学通报》中国 223 1.8809 % 2 PROGRESS IN CHEMISTRY《化学进展》中国 173 1.4592 % 3 PROGRESS IN NATURAL SCIENCE《自然科学进展》中国 172 1.4507 % 4 RARE METAL MATERIALS AND ENGINEERING 《稀有金属材料与工程》中国 154 1.2989 % 5 COCHRANE DATABASE OF SYSTEMATIC REVIEWS 《考科蓝系统评论数据库》 138 1.1640 % 6 PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS《生物化学与生物物理进展》中国 134 1.1302 % 7 WORLD JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY《世界胃肠病学杂志》中国 102 0.8603 % 8 CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY《当代医药化学》 99 0.8350 % 9 PROGRESS IN ORGANIC COATINGS《有机涂料进展》 99 0.8350 % 10 RESEARCH ON CHEMICAL INTERMEDIATES 《化学中间体研究》 98 0.8266 % 2001-2010年SCI 中国学者发表的 11,856篇综述论文，每年的出版情况见表三。表三 2001-2010 年SCI 期刊收录中国学者综述论文发文量排名出版年发文量占总文章量的百分比（%） 1 2009 2595 21.8877 % 2 2008 1848 15.5870 % 3 2010 1553 13.0989 % 4 2007 1535 12.9386 % 5 2006 1205 10.1636 % 6 2005 907 7.6501 % 7 2004 736 6.2078 % 8 2003 620 5.2294 % 9 2002 459 3.8715 % 10 2001 399 3.3654 % 2001-2010年SCI 中国学者发表的 11,856篇综述论文，共有 5510 个合作机构，其中近十年中国学者发表综述论文最多的 10 所研究单位见表四。表四 2001-2010 年SCI 期刊收录中国学者综述论文发文量居前十位的研究机构排名机构名称发文量占总文章量的百分比（%） 1 CHINESE ACAD SCI中国科学院 2296 19.3657 % 2 UNIV HONG KONG香港大学 740 6.2416 % 3 CHINESE UNIV HONG KONG香港中文大学 593 5.0017 % 4 PEKING UNIV北京大学 519 4.3775 % 5 ZHEJIANG UNIV浙江大学 444 3.7449 % 6 SHANGHAI JIAO TONG UNIV上海交通大学 395 3.3316 % 7 FUDAN UNIV复旦大学 312 2.6316 % 8 SICHUAN UNIV四川大学 310 2.6147 % 9 UNIV SCI TECHNOL CHINA中国科技大学 284 2.3954 % 10 NANJING UNIV南京大学 281 2.3701 % 2001-2010 年 SCI 中国学者发表的 11,856篇综述论文，共有 118个合作国家与地区，其中近十年中国学者发表综述论文最多的 10个合作国家与地区见表五。表五 2001-2010 年SCI 期刊收录中国学者综述论文发文量居前十位的合作国家与地区排名国家发文量占总文章量的百分比（%） 1 USA 2041 17.2149 % 2 ENGLAND 497 4.1920 % 3 GERMANY 441 3.7196 % 4 JAPAN 407 3.4329 % 5 AUSTRALIA 402 3.3907 % 6 CANADA 376 3.1714 % 7 FRANCE 266 2.2436 % 8 SINGAPORE 180 1.5182 % 9 ITALY 170 1.4339 % 10 NETHERLANDS 153 1.2905 % 近十年中国学者和美国学者合作发表综述论文2041篇，涉及到3126个合作单位，其中中国学者和美国学者合作发表综述论发文量居前十位的研究机构见表六。表六近十年中国学者和美国学者合作发表综述论发文量居前十位的研究机构排名机构名称发文量占总文章量的百分比（%） 1 CHINESE ACAD SCI中国科学院 389 19.0593 % 2 UNIV HONG KONG香港大学 120 5.8795 % 3 PEKING UNIV北京大学 118 5.7815 % 4 HARVARD UNIV哈佛大学 80 3.9196 % 5 CHINESE UNIV HONG KONG香港中文大学 79 3.8707 % 6 ZHEJIANG UNIV浙江大学 73 3.5767 % 7 UNIV CALIF LOS ANGELES 加州大学洛杉矶分校 63 3.0867 % 8 FUDAN UNIV复旦大学 61 2.9887 % 9 SHANGHAI JIAO TONG UNIV上海交通大学 59 2.8907 % 10 UNIV ILLINOIS 伊利诺伊大学 51 2.4988 % 近十年中国学者和美国学者合作发表综述论文2041篇，涉及到1097种期刊，其中中国学者和美国学者合作发表综述论发文量居前十位的期刊见表七。表七近十年中国学者和美国学者合作发表综述论文发文量居前十位的期刊排名期刊名称发文量占总文章量的百分比（%） 1 ASTROPHYSICAL JOURNAL《天体物理学杂志》 34 1.6659 % 2 CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY《当代医药化学》 27 1.3229 % 3 CELL RESEARCH《细胞研究》 25 1.2249 % 4 ACTA PHARMACOLOGICA SINICA《中国药理学报》 18 0.8819 % 5 MONTHLY NOTICES OF THE ROYAL ASTRONOMICAL SOCIETY《皇家天文学会月报》 17 0.8329 % 6 FRONTIERS IN BIOSCIENCE《生物科学新领域》 16 0.7839 % 7 JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY《美国化学会志》 16 0.7839 % 8 CURRENT CANCER DRUG TARGETS《当代癌症药靶》 15 0.7349 % 9 CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN《当代药物设计》 15 0.7349 % 10 PROGRESS IN NATURAL SCIENCE《自然科学进展》 15 0.7349 % 中国学者和美国学者合作发表综述论文大部分是发表在高水平国际期刊上，2001-2010年中国学者和美国学者合作发表综述论文 2041 篇共被引用 55941 次（其中2006年4998次，2007年6852次，2008年9649次，2009年13906次，2010年10794次，平均引用次数/年为5594.10次），平均引用 27.41 次， H 指数为 92 （有92篇文章每篇文章最少被引用92次）。近十年中国学者（至少有一位中国作者）在影响因子20以上发表综述论文的期刊见表八（均是国际合作论文）。表八近十年中国学者在影响因子20 以上发表综述论文的期刊排名期刊名称 2009年影响因子发文量 1 New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》 47.050 4 2 Nature Reviews Molecular Cell Biology《自然评论：分子细胞生物学》 42.198 6 3 Physiological Reviews《生理学评论》 37.726 1 4 Chemical Reviews《化学评论》 35.957 36 5 Nature《自然》 34.480 6 6 Cell《细胞》 31.152 1 7 Lancet《柳叶刀》 30.758 14 8 Science《科学》 29.747 9 9 Nature Reviews Cancer《自然评论：癌症》 29.538 4 10 Nature Materials《自然材料》 29.504 1 11 Nature Reviews Drug Discovery《自然评论：药物发现》 29.059 1 12 JAMA- Journal of the American Medical Association《美国医学会志》 28.899 3 13 Nature Reviews Genetics《自然评论：遗传学》 27.822 4 14 Nature Medicine《自然医学》 27.136 1 15 Nature Immunology《自然免疫学》 26.000 1 16 Cancer Cell《癌细胞》 25.288 1 17 Progress in Polymer Science《聚合物科学进展》 23.753 17 18 Annual Review of Plant Biology《植物生物学年评》 23.460 7 19 Chemical Society Reviews《化学会评论》 20.086 63 近十年中国学者以通讯作者在影响因子20以上发表发表综述论文的期刊见表九（香港的大学发文较多）。表九近十年中国学者以通讯作者在影响因子20 以上发表综述论文的期刊排名期刊名称 2009年影响因子发文量 1 Nature Reviews Molecular Cell Biology《自然评论：分子细胞生物学》 42.198 1 2 Physiological Reviews《生理学评论》 37.726 1 3 Chemical Reviews《化学评论》 35.957 30 4 Nature《自然》 34.480 2 5 Cell《细胞》 31.152 1 6 Lancet《柳叶刀》 30.758 2 7 Science《科学》 29.747 4 8 Nature Reviews Cancer《自然评论：癌症》 29.538 2 9 Nature Materials《自然材料》 29.504 1 10 JAMA- Journal of the American Medical Association《美国医学会志》 28.899 1 11 Nature Reviews Genetics《自然评论：遗传学》 27.822 3 12 Nature Medicine《自然医学》 27.136 1 13 Nature Immunology《自然免疫学》 26.000 1 14 Cancer Cell《癌细胞》 25.288 1 15 Progress in Polymer Science《聚合物科学进展》 23.753 13 16 Annual Review of Plant Biology《植物生物学年评》 23.460 6 17 Chemical Society Reviews《化学会评论》 20.086 55 2001-2010年SCI收录中国学者发表的 11,856篇综述论文，被引用最多的 10 篇综述论文前 4 篇均为国际合作论文（不是以中国作者为通讯作者），近十年中国学者以通讯作者发表综述论文被引用最多为中国科学院遗传研究所在 2002 年《科学》期刊发表“ A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp indica)”论文被引用1235次。近十年中国学者（至少有一位中国作者的合作论文）在 SCI 数据库被引最多的 10 篇综述论文： 1.标题: Initial sequencing and analysis of the human genome 作者: Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. 来源出版物: NATURE 卷: 409 期: 6822 页: 860-921 出版年: FEB 15 2001 被引频次: 7,763 通讯作者地址: Lander, ES, Whitehead Inst Biomed Res, Ctr Genome Res, 9 Cambridge Ctr, Cambridge, MA 02142 USA 2.标题: Review of particle physics 作者: Amsler C, Doser M, Antonelli M, et al. 来源出版物: PHYSICS LETTERS B 卷: 667 期: 1-5 页: 1-+ 出版年: SEP 18 2008 被引频次: 2,154 通讯作者地址: Caso, C, Univ Genoa, Dipartimento Fis, Via Dodecaneso 33, I-16146 Genoa, Italy 3.标题: A haplotype map of the human genome 作者: Altshuler D, Brooks LD, Chakravarti A, et al. 来源出版物: NATURE 卷: 437 期: 7063 页: 1299-1320 出版年: OCT 27 2005 被引频次: 2,123 通讯作者地址: Altshuler, D, Harvard Univ, Broad Inst, 1 Kendall Sq, Cambridge, MA 02139 USA 4.标题: The ERA-40 re-analysis 作者: Uppala SM, Kallberg PW, Simmons AJ, et al. 来源出版物: QUARTERLY JOURNAL OF THE ROYAL METEOROLOGICAL SOCIETY 卷: 131 期: 612 页: 2961-3012 子辑: Part B 出版年: OCT 2005 被引频次: 1,314 通讯作者地址: Simmons, AJ, European Ctr Medium Range Weather Forecasts, Shinfield Pk, Reading RG2 9AX, Berks, England 5.标题: A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp indica) 作者: Yu J, Hu SN, Wang J, et al. 来源出版物: SCIENCE 卷: 296 期: 5565 页: 79-92 出版年: APR 5 2002 被引频次: 1,235 通讯作者地址: Yuan, LP, Chinese Acad Sci, Inst Genet, Beijing 100101, Peoples R China 6.标题: A review on polymer nanofibers by electrospinning and their applications in nanocomposites 作者: Huang ZM, Zhang YZ, Kotaki M, et al. 来源出版物: COMPOSITES SCIENCE AND TECHNOLOGY 卷: 63 期: 15 页: 2223-2253 出版年: NOV 2003 被引频次: 1,029 通讯作者地址: Huang, ZM, Tongji Univ, Dept Engn Mech, 1239 Siping Rd, Shanghai 200092, Peoples R China 7.标题: Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution 作者: Hillier LW, Miller W, Birney E, et al. 来源出版物: NATURE 卷: 432 期: 7018 页: 695-716 出版年: DEC 9 2004 被引频次: 781 通讯作者地址 : Wilson, RK, Washington Univ, Sch Med, Genome Sequencing Ctr, Campus Box 8501,4444 Forest Pk Ave, St Louis, MO 63108 USA 8.标题: The BABAR detector 作者: Aubert B, Bazan A, Boucham A, et al. 来源出版物: NUCLEAR INSTRUMENTS METHODS IN PHYSICS RESEARCH SECTION A-ACCELERATORS SPECTROMETERS DETECTORS AND ASSOCIATED EQUIPMENT 卷: 479 期: 1 页: 1-116 出版年: FEB 21 2002 被引频次: 756 通讯作者地址: Luth, V, Stanford Univ, Stanford Linear Accelerator Ctr, Mailstop 95, Stanford, CA 94309 USA 9.标题: Experimental and theoretical challenges in the search for the quark-gluon plasma: The STAR Collaboration's critical assessment of the evidence from RHIC collisions 作者: Adams J, Aggarwal MM, Ahammed Z, et al. 来源出版物: NUCLEAR PHYSICS A 卷: 757 期: 1-2 页: 102-183 出版年: AUG 8 2005 被引频次: 742 通讯作者地址: Hallman, TJ, Brookhaven Natl Lab, Upton, NY 11973 USA 10.标题: Formation of dense partonic matter in relativistic nucleus-nucleus collisions at RHIC: Experimental evaluation by the PHENIX Collaboration 作者: Adcox K, Adler SS, Afanasiev S, et al. 来源出版物: NUCLEAR PHYSICS A 卷: 757 期: 1-2 页: 184-283 出版年: AUG 8 2005 被引频次: 711 通讯作者地址 : Zajc, WA, Abilene Christian Univ, Abilene, TX 79699 USA. 近十年中国学者以通讯作者在 SCI 数据库被引最多的 10 篇综述论文（其中香港城市大学2篇，中国科学院、同济大学、东华大学、北京大学、上海交通大学、香港理工大学、厦门大学、国家纳米科学中心各1篇）： 1.标题: A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp indica) 作者: Yu J, Hu SN, Wang J, et al. 来源出版物: SCIENCE 卷: 296 期: 5565 页: 79-92 出版年: APR 5 2002 被引频次: 1,235 通讯作者地址: Yuan, LP, Chinese Acad Sci, Inst Genet, Beijing 100101, Peoples R China 2.标题: A review on polymer nanofibers by electrospinning and their applications in nanocomposites 作者: Huang ZM, Zhang YZ, Kotaki M, et al. 来源出版物: COMPOSITES SCIENCE AND TECHNOLOGY 卷: 63 期: 15 页: 2223-2253 出版年: NOV 2003 被引频次: 1,029 通讯作者地址: Huang, ZM, Tongji Univ, Dept Engn Mech, 1239 Siping Rd, Shanghai 200092, Peoples R China 3.标题: Some asymptotic methods for strongly nonlinear equations 作者: He JH 来源出版物: INTERNATIONAL JOURNAL OF MODERN PHYSICS B 卷: 20 期: 10 页: 1141-1199 出版年: APR 20 2006 被引频次: 666 通讯作者地址: He, JH (通讯作者), Donghua Univ, Coll Sci, Shanghai 200051, Peoples R China 4. 标题: Ionic liquids: applications in catalysis 作者: Zhao DB, Wu M, Kou Y, et al. 来源出版物: CATALYSIS TODAY 卷: 74 期: 1-2 页: 157-189 出版年: MAY 15 2002 被引频次: 545 通讯作者地址: Kou, Y (通讯作者), Peking Univ, Coll Chem Mol Engn, Beijing 100871, Peoples R China 5、标题: Bulk metallic glasses 作者: Wang WH, Dong C, Shek CH 来源出版物: MATERIALS SCIENCE ENGINEERING R-REPORTS 卷: 44 期: 2-3 页: 45-89 出版年: JUN 1 2004 被引频次: 542 通讯作者地址: Shek, CH (通讯作者), City Univ Hong Kong, Dept Phys Mat Sci, Kowloon, Hong Kong Peoples R China 6、标题: Hyperbranched polymers: from synthesis to applications 作者: Gao C, Yan D 来源出版物: PROGRESS IN POLYMER SCIENCE 卷: 29 期: 3 页: 183-275 出版年: MAR 2004 被引频次: 509 通讯作者地址: Gao, C (通讯作者), Shanghai Jiao Tong Univ, Coll Chem Chem Engn, 800 Dongchuan Rd, Shanghai 200240, Peoples R China 7、标题: Recent progress of molecular organic electroluminescent materials and devices 作者: Hung LS, Chen CH 来源出版物: MATERIALS SCIENCE ENGINEERING R-REPORTS 卷: 39 期: 5-6页: 143-222 出版年: DEC 1 2002 被引频次: 487 通讯作者地址: Hung, LS (通讯作者), City Univ Hong Kong, Dept Phys Mat Sci, Tat Chee Ave, Kowloon, Hong Kong Peoples R China 8、标题: Recoverable catalysts for asymmetric organic synthesis 作者: Fan QH, Li YM, Chan ASC 来源出版物: CHEMICAL REVIEWS 卷: 102 期: 10 页: 3385-3465 出版年: OCT 2002 被引频次: 484 通讯作者地址: Chan, ASC (通讯作者), Hong Kong Polytech Univ, Dept Appl Biol Chem Technol, Kowloon, Hong Kong Peoples R China 9、标题: Surface-enhanced Raman scattering: From noble to transition metals and from rough surfaces to ordered nanostructures 作者: Tian ZQ, Ren B, Wu DY 来源出版物: JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 卷: 106 期: 37 页: 9463-9483 出版年: SEP 19 2002 被引频次: 399 通讯作者地址: Tian, ZQ (通讯作者), Xiamen Univ, State Key Lab Phys Chem Solid Surfaces, Xiamen 361005, Peoples R China 10、标题: Bioinspired surfaces with special wettability 作者: Sun TL, Feng L, Gao XF, et al. 来源出版物: ACCOUNTS OF CHEMICAL RESEARCH 卷: 38 期: 8 页: 644-652 出版年: AUG 2005 被引频次: 398 通讯作者地址: Jiang, L (通讯作者), Natl Ctr Nanosci Technol, Beijing 100080, Peoples R China Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 PEOPLES R CHINA 80,401 375,706 4.67 2 USA 69,131 808,275 11.69 3 JAPAN 50,779 347,425 6.84 4 GERMANY 32,418 272,048 8.39 5 SOUTH KOREA 24,623 152,626 6.20 6 FRANCE 22,237 179,537 8.07 7 INDIA 20,250 104,937 5.18 8 ENGLAND 20,046 189,964 9.48 9 RUSSIA 16,285 45,217 2.78 10 TAIWAN 11,465 73,665 6.43 11 SPAIN 11,302 83,676 7.40 12 CANADA 11,192 84,765 7.57 13 ITALY 10,561 78,805 7.46 14 POLAND 8,824 32,152 3.64 15 AUSTRALIA 7,642 56,188 7.35 16 UKRAINE 7,095 14,310 2.02 17 BRAZIL 6,460 32,249 4.99 18 TURKEY 6,086 24,510 4.03 19 SWEDEN 6,083 48,588 7.99 20 ROMANIA 5,867 11,950 2.04 以上博文转自：SCI茶室-http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=57081 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 ETHIOPIA 14 419 29.93 2 ICELAND 49 622 12.69 3 NETHERLANDS 4,959 61,023 12.31 4 USA 69,131 808,275 11.69 5 SWITZERLAND 4,812 53,817 11.18 6 ISRAEL 2,358 26,120 11.08 7 SRI LANKA 81 864 10.67 8 DENMARK 1,550 16,459 10.62 9 SINGAPORE 5,290 54,537 10.31 10 SCOTLAND 1,686 17,285 10.25 11 IRELAND 1,379 13,469 9.77 12 ENGLAND 20,046 189,964 9.48 13 BELGIUM 4,020 36,051 8.97 14 URUGUAY 52 460 8.85 15 LIECHTENSTEIN 102 888 8.71 16 AUSTRIA 3,510 30,388 8.66 17 GERMANY 32,418 272,048 8.39 18 FRANCE 22,237 179,537 8.07 19 SWEDEN 6,083 48,588 7.99 20 CANADA 11,192 84,765 7.57

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在新奥尔良微生物学年会上（照片）

热度 3 SNPs 2011-5-28 02:52

这是开会的季节，刚刚去过旧金山开分子诊断的Tri Meeting, 又去Daytona Beach开了临床病毒学年会，然后再去旧金山开免疫学年会，接下来就是刚刚在新奥尔良开的微生物学年会。很遗憾没有带上我的单反相机，用iPhone胡乱拍些：微生物年会是法国生物默里艾公司主攻的会议，其他会议没有看到他们这么卖力气。细菌培养鉴别诊断是他们的强项。我们的展台和中央情报局的展台毗邻，所以他们帮我们拉来了不少流量。CIA是来会议上雇用微生物方面的专家的。到了新奥尔良当然要吃当地特产，这是用鳄鱼肉做的香肠。这是著名的Cafe Du Monde, 全年二十四小时营业，爆满。主要时去吃他们的炸面饼和咖啡，两块钱一客。更不能忘了吃新鲜的Oyster. 当然是生吃。熟的oyster,油炸好了放在面包中间做成三明治，叫Poboy, 也是美味。这几天密西西比河发大水，一条悬河挂在新奥尔良头上。

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非预期实验结果不等于实验失败

wanxq10 2011-5-15 19:06

套餐式的验证性实验，好处是使实验教学模式化、简单化，坏处是让教学工作变得重复、单调和乏味。所以，在验证性实验中加入一些不定因素，可使教师和学生都变得更加主动和积极。当然，在这个过程中，教师和学生都会面临非预期实验结果的解释问题。我个人即喜欢看到学生做出典型的实验结果，也非常喜欢学生出现一些五花八门的非预期实验结果。典型结果验证理论，有成功感；非预期结果潜伏着机遇，更有挑战。比如，按医学微生物学的套餐实验，一般按理论教学的顺序，先开细菌的形态学试验，再开细菌的培养、生化鉴定、药敏试验等，我们做一个小小的调整，先开设细菌的培养，再开出细菌形态学检查、细菌鉴定技术（包括生化、血清学、噬菌体、分子等鉴定技术）、药敏试验等。让学生自带标本，要求2人1组，其中一人自带粪便，粪便接种SS平板，要求分离和鉴定大肠杆菌；另一人以手指皮肤涂抹接种普通琼脂平板，要求分离和鉴定葡萄球菌到种，2人都需分析所分离细菌的耐药状况和对已知噬菌体的敏感状况。一路下来，学生通过自身标本分离鉴定出两种细菌，不仅掌握了细菌学检验的基本实验技术，还通过对两种常见人体内细菌的分离鉴定，加深了对所分离细菌以及相关细菌的认识，且熟悉了微生物学检查的基本程序。由于实验标本来自学生自带的标本，所以，常常出现一些预期不到的实验结果，对此，教师在纠正学生实验失败看法的同时，要积极带领学生寻找可能出现实验结果偏差的原因，并设计新的实验证实。让学生真实感受到，非预期的实验结果不仅不等于实验失败，相反，常常是一种更好的学习机会，甚至是一次发现错误、有所创新的机遇。例1，有同学的粪便标本在SS平板上长出的菌落，通过形态染色大都不是革兰阴性杆菌，而是革兰阳性球菌（白色假丝酵母），从而解决了该学生长期治疗无效的腹泻难题。例2，IMViC试验时，出现大肠杆菌+---、产气杆菌---+，结果发现实验准备人员葡萄糖蛋白胨水的配制问题。例3，葡萄球菌血平板上出现透明溶血环，但甘露醇发酵试验阴性，引出甘露醇试验的相关注意事项。例4，SS平板上半边红半边黄，一个菌落染色后发现有2种染色性不同的菌，同学们学会了观察迁徙状生长现象。例5，一株噬菌体裂解多株不同来源的同种细菌，发现宽噬噬菌体。学生实验

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2000-2010年高被引期刊: 微生物学(Microbiology)

rensl 2011-4-7 07:18

根据 ESI(Essential Science Indicators, 基本科学指标库 ) 统计， 2000 年 1 月 1 日至 2010 年 12 月 31 日， SCI 检索的微生物学期刊有 84 种 . 84 种期刊在 11 年间平均发表论文数为 1837 篇，刊均被引次数为 30968 ，篇均被引次数为 20.3 。下表中 “ 平均被引 ( 次数 )” 位居前 20 位的期刊基于 “ 总被引 ( 次数 )” 居前 40 位的期刊选取。排序期刊名称论文数总被引平均被引 1 Nature 342 52,851 154.54 2 Science 400 52,628 131.57 3 Microbiol Mol Biol Rev 316 29,832 94.41 4 Annu Rev Microbiol 261 22,521 86.29 5 Clin Microbiol Rev 417 34,172 81.95 6 Proc Nat Acad Sci USA 2,148 118,384 55.11 7 Nat Rev Microbiol 577 31,015 53.75 8 Fems Microbiol Rev 423 21,127 49.95 9 Curr Opin Microbiol 866 30,945 35.73 10 Trends Microbiol 774 25,973 33.56 11 Mol Microbiol 5,223 148,624 28.46 12 J Virol 14,503 369,531 25.48 13 Trends Parasitol 826 18,207 22.04 14 Appl Environ Microbiol 10,565 228,631 21.64 15 Cell Microbiol 1,459 30,845 21.14 16 Antimicrob Agents Chemother 7,617 155,897 20.47 17 J Bacteriol 9,632 191,852 19.92 18 Int J Parasitol 1,695 29,616 17.47 19 Virology 5,324 85,763 16.11 20 J Gen Virol 3,973 63,811 16.06 附： 84种微生物学期刊清单.xls 相关阅读 : 基于 ESI 统计的高影响力期刊 (6): 微生物学 (Microbiology)

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从Bishop－Varmus共同实验室想到的

pathologysmu 2011-3-28 04:19

Bishop和Varmus都是大牛人，两个人因为在逆转录病毒癌基因方面的工作分享了1989年的诺贝尔医学与生理学奖。前一阶段读完了Harold Varmus写的《科学的艺术和政治》一书之后，现在在读 Michael Bishop写的《如何赢得诺贝尔奖》的自传体报告，原来两个都有着非常有趣的故事。两个人都与哈佛有缘，Varmus想读哈佛医学院但是遭到了哈佛的拒绝，而Bishop当年很受到哈佛医学院的欢迎。两个人都是大胡子，只是现在Varmus已经不留大胡子了，但是Bishop依然如此，只是胡子越来越白了。Varmus当了很久NIH的头，现在又做NCI的头，Bishop则当了加州大学旧金山分校的校长将近10年，两个人同时都是出类拔萃的管理者。 Varmus之间还存在着师生的关系， 1969年Varmus到加州大学旧金山分校（UCSF）作Bishop的博士后，Varmus在1972年成为该校微生物学及免疫学系的正式成员，1979年升为正教授。Varmus在UCSF工作近20年，大部分工作与Bishop合作完成，他们分享共同的实验室，共同指导研究生及博士后，共同使用课题经费。Bishop在他的书中写到，Varmus的到来改变的我的生活和学术生涯。他们关系很快就演变成平等的伙伴，他们的实验室也被业界认为“Bishop－Varmus”实验室。两个人合作的非常愉快，毫无芥蒂，并且两个人在学术上也非常的互补。他们最重要的工作也就是在这个时候完成的。他们似乎没有受到文章署名之类的纠纷。不像中国的那一对国宝，共同拿到了诺贝尔奖之后还是要争得不可开交。在中国相互之间的合作是非常缺乏的，可以共患难但是不能共享福。在中国的历史上这样的事情还是非常多的。等坐上了皇帝，把一起打天下的哥们杀得不剩什么的例子太多。合作是要讲究平等的，没有平等谈何合作，中国长期以来太长的封建统治，相互之间民主平等的意思还很淡，因而大部分的合作是一次性合作，并且都是一次利用性的合作，利用完了就可以甩了，好在中国人多，利用了这个还可以利用那个，甩了这个还有那个。在美国，有的时候两个老板相互之间的合作是由学生之间促成的，老板之间可能都没有见过面，实验室有一个博士生和麻省总医院的一个小组合作，两个老板也没有见过面，只是学生之间相互联系，两个人就做起来，好像也没有签什么协议，也没有说文章怎样署名。因为大家都有共同的规则，你在文章的贡献如何就怎样署名，如果不想只是一次性合作如果不想在这个行业内让大家知道你的恶名，你只有遵守共同的规则。

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2010年度总结

wmy9039 2011-3-7 20:38

本年度，在学院领导的关心和支持下，我顺利地完成了各项工作，现总结如下：政治思想方面。坚持正确的政治方向，拥护中国共产党的领导，关心国家时事，认真学习先进的政治理论，努力提高贯彻落实科学发展观的能力，积极参加“创先争优”活动。认真贯彻党和国家的教育路线、方针和政策，不断提高自己的思想觉悟，真正做到以言传道，以行垂范，努力培养学生的职业素质和职业技能。教学业务方面。承担《生物化学》、《酒精和白酒生产技术》、《微生物学》和《病原生物与免疫学》4门课程的教学任务，合计授课504学时。在教学过程中，充分利用多媒体，网络课程等教学手段，采取启发式教学方法，取得较好的学习效果，在学校督导室组织的学生教学测评中，满意率为100%，获学院“优秀教师”荣誉称号，并作为代表在教师节表彰大会上发言。指导3名学生参加在淄博职业学院举行的“齐都药业”杯全国生物技术技能大赛，获得“发酵工”团体三等奖，本人被评为“优秀指导教师”荣誉称号。教研科研方面。积极从事教科研工作，主持省教育厅教学研究项目1项，教育厅自然科学研究项目1项，校级自然科学研究项目1项。公开发表论文1篇，出版教材2本，获安徽省职业与成人学会优秀科研成果一等奖1项，安徽省教育厅教学成果三等奖1项。培训进修方面。先后赴长春职业技术学院参加、漳州职业技术学院参加教育部骨干教师培训班；赴安徽医科大学参加病原生物诊断技术培训班；赴海口参加教育部高等学校师资培交流北京中心举办的高校质量工程项目建设与总结工作研讨会。学生管理方面。担任08微生物（1）、（2）和08食品三个毕业班的辅导员工作，和学院领导一起为学生联系顶岗实习单位，全体学生均在在实习单位进行顶岗生产。此外，还担任生化工程学院团总支书记和学生第二党支部书记职务，组织了丰富多彩的第二课堂活动，发展了40名预备党员，获得“优秀党务工作者”荣誉称号。

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xupeiyang 2011-3-7 14:34

1. !-- /a-- Emergence of a new antibiotic resistance mechanism in India, Pakistan, and the UK: a molecular, biological, and epidemiological study • Article The Lancet Infectious Diseases, Volume 10, Issue 9, September 2010, Pages 597-602 Kumarasamy, K.K.; Toleman, M.A.; Walsh, T.R.; Bagaria, J.; Butt, F.; Balakrishnan, R.; Chaudhary, U.; Doumith, M.; Giske, C.G.; Irfan, S.; Krishnan, P.; Kumar, A.V.; Maharjan, S.; Mushtaq, S.; Noorie, T.; Paterson, D.L.; Pearson, A.; Perry, C.; Pike, R.; !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (65) 2. !-- /a-- Biodiesel from microalgae • Review article Biotechnology Advances, Volume 25, Issue 3, May 2007, Pages 294-306 Chisti, Y. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (452) 3. !-- /a-- MicroRNA-155 Promotes Autoimmune Inflammation by Enhancing Inflammatory T Cell Development • Article Immunity, Volume 33, Issue 4, October 2010, Pages 607-619 O\'Connell, R.M.; Kahn, D.; Gibson, W.S.J.; Round, J.L.; Scholz, R.L.; Chaudhuri, A.A.; Kahn, M.E.; Rao, D.S.; Baltimore, D. !-- Bookmark article/a -- 4. !-- /a-- The role of biochemical engineering in the production of biofuels from microalgae • Article Bioresource Technology, Volume 102, Issue 1, January 2011, Pages 2-9 Costa, J.A.V.; de Morais, M.G. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (1) 5. !-- /a-- Hydrolysis of lignocellulosic materials for ethanol production: a review • Article Bioresource Technology, Volume 83, Issue 1, May 2002, Pages 1-11 Sun, Y.; Cheng, J. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (677) 6. !-- /a-- In Vivo Imaging of Partially Reversible Th17 Cell-Induced Neuronal Dysfunction in the Course of Encephalomyelitis • Article Immunity, Volume 33, Issue 3, September 2010, Pages 424-436 Siffrin, V.; Radbruch, H.; Glumm, R.; Niesner, R.; Paterka, M.; Herz, J.; Leuenberger, T.; Lehmann, S.M.; Luenstedt, S.; Rinnenthal, J.L.; Laube, G.; Luche, H.; Lehnardt, S.; Fehling, H.J.; Griesbeck, O.; Zipp, F. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (3) 7. !-- /a-- The Mammalian Target of Rapamycin: Linking T Cell Differentiation, Function, and Metabolism • Review article Immunity, Volume 33, Issue 3, September 2010, Pages 301-311 Powell, J.D.; Delgoffe, G.M. !-- Bookmark article/a -- 8. !-- /a-- Human CD14^d^i^m Monocytes Patrol and Sense Nucleic Acids and Viruses via TLR7 and TLR8 Receptors • Article Immunity, Volume 33, Issue 3, September 2010, Pages 375-386 Cros, J.; Cagnard, N.; Woollard, K.; Patey, N.; Zhang, S.Y.; Senechal, B.; Puel, A.; Biswas, S.K.; Moshous, D.; Picard, C.; Jais, J.P.; D\'Cruz, D.; Casanova, J.L.; Trouillet, C.; Geissmann, F. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (2) 9. !-- /a-- Next-generation DNA sequencing techniques • Review article New Biotechnology, Volume 25, Issue 4, April 2009, Pages 195-203 Ansorge, W.J. !-- Bookmark article/a -- 10. !-- /a-- @c@d T Cells Enhance Autoimmunity by Restraining Regulatory T Cell Responses via an Interleukin-23-Dependent Mechanism • Article Immunity, Volume 33, Issue 3, September 2010, Pages 351-363 Petermann, F.; Rothhammer, V.; Claussen, M.C.; Haas, J.D.; Blanco, L.R.; Heink, S.; Prinz, I.; Hemmer, B.; Kuchroo, V.K.; Oukka, M.; Korn, T. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (1) 11. !-- /a-- Cultivation, photobioreactor design and harvesting of microalgae for biodiesel production: A critical review • Article Bioresource Technology, Volume 102, Issue 1, January 2011, Pages 71-81 Chen, C.Y.; Yeh, K.L.; Aisyah, R.; Lee, D.J.; Chang, J.S. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (3) 12. !-- /a-- Designing Vaccines Based on Biology of Human Dendritic Cell Subsets • Review article Immunity, Volume 33, Issue 4, October 2010, Pages 464-478 Palucka, K.; Banchereau, J.; Mellman, I. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (4) 13. !-- /a-- Biodiesel production: a review • Article Bioresource Technology, Volume 70, Issue 1, October 1999, Pages 1-15 Ma, F.; Hanna, M.A. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (1160) 14. !-- /a-- Alternative Activation of Macrophages: Mechanism and Functions • Review article Immunity, Volume 32, Issue 5, May 2010, Pages 593-604 Gordon, S.; Martinez, F.O. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (12) 15. !-- /a-- Renewable fuels from algae: An answer to debatable land based fuels • Article Bioresource Technology, Volume 102, Issue 1, January 2011, Pages 10-16 Singh, A.; Nigam, P.S.; Murphy, J.D. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (2) 16. !-- /a-- Mechanism and challenges in commercialisation of algal biofuels • Article Bioresource Technology, Volume 102, Issue 1, January 2011, Pages 26-34 Singh, A.; Nigam, P.S.; Murphy, J.D. !-- Bookmark article/a -- 17. !-- /a-- Essential oils: their antibacterial properties and potential applications in foods-a review • Review article International Journal of Food Microbiology, Volume 94, Issue 3, August 2004, Pages 223-253 Burt, S. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (754) 18. !-- /a-- An overview of the recent developments in polylactide (PLA) research • Review article Bioresource Technology, Volume 101, Issue 22, November 2010, Pages 8493-8501 Madhavan Nampoothiri, K.; Nair, N.R.; John, R.P. !-- Bookmark article/a -- 19. !-- /a-- The potential of sustainable algal biofuel production using wastewater resources • Article Bioresource Technology, Volume 102, Issue 1, January 2011, Pages 17-25 Pittman, J.K.; Dean, A.P.; Osundeko, O. !-- Bookmark article/a -- 20. !-- /a-- Biodiesel from algae: challenges and prospects • Review article Current Opinion in Biotechnology, Volume 21, Issue 3, June 2010, Pages 277-286 Scott, S.A.; Davey, M.P.; Dennis, J.S.; Horst, I.; Howe, C.J.; Lea-Smith, D.J.; Smith, A.G. !-- Bookmark article/a -- Cited by SciVerse Scopus (6) 详细信息请见 http://top25.sciencedirect.com/subject/immunology-and-microbiology/14/archive/30/

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免疫学和微生物学高被引论文前20篇( 2007 - 2011)

xupeiyang 2011-3-6 13:32

1. Infectious Diseases Society of America/American Thoracic Society Consensus Guidelines on the management of community-acquired pneumonia in adults Mandell, L.A. (2007), Clinical Infectious Diseases, Volume 44, Issue SUPPL. 2, Pages S27-S72 Cited by: 835 2. Inference of Macromolecular Assemblies from Crystalline State Krissinel, E. (2007), Journal of Molecular Biology, Volume 372, Issue 3, Pages 774-797 Cited by: 621 3. Generation of induced pluripotent stem cells without Myc from mouse and human fibroblasts Nakagawa, M. (2008), Nature Biotechnology, Volume 26, Issue 1, Pages 101-106 Cited by: 572 4. IL-17 family cytokines and the expanding diversity of effector T cell lineages Weaver, C.T. (2007), Annual Review of Immunology, Volume 25, Issue null, Pages 821-852 Cited by: 546 5. Epidemiology of invasive candidiasis: A persistent public health problem Pfaller, M.A. (2007), Clinical Microbiology Reviews, Volume 20, Issue 1, Pages 133-163 Cited by: 512 6. Development, cytokine profile and function of human interleukin 17-producing helper T cells Wilson, N.J. (2007), Nature Immunology, Volume 8, Issue 9, Pages 950-957 Cited by: 495 7. A functionally specialized population of mucosal CD103+ DCs induces Foxp3+ regulatory T cells via a TGF-β -and retinoic acid-dependent mechanism Coombes, J.L. (2007), Journal of Experimental Medicine, Volume 204, Issue 8, Pages 1757-1764 Cited by: 483 8. The family of five: TIR-domain-containing adaptors in Toll-like receptor signalling O'Neill, L.A.J. (2007), Nature Reviews Immunology, Volume 7, Issue 5, Pages 353-364 Cited by: 480 9. Interleukins 1β and 6 but not transforming growth factor-β are essential for the differentiation of interleukin 17-producing human T helper cells Acosta-Rodriguez, E.V. (2007), Nature Immunology, Volume 8, Issue 9, Pages 942-949 Cited by: 477 10. TH-17 cells in the circle of immunity and autoimmunity Bettelli, E. (2007), Nature Immunology, Volume 8, Issue 4, Pages 345-350 Cited by: 468 11. IL-6 programs TH-17 cell differentiation by promoting sequential engagement of the IL-21 and IL-23 pathways Zhou, L. (2007), Nature Immunology, Volume 8, Issue 9, Pages 967-974 Cited by: 466 12. Surface phenotype and antigenic specificity of human interleukin 17-producing T helper memory cells Acosta-Rodriguez, E.V. (2007), Nature Immunology, Volume 8, Issue 6, Pages 639-646 Cited by: 446 13. Allergic Rhinitis and its Impact on Asthma (ARIA) 2008 update (in collaboration with the World Health Organization, GA2LEN and AllerGen) Bousquet, J. (2008), Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology, Volume 63, Issue SUPPL. 86, Pages 8-160 Cited by: 445 14. Getting to the site of inflammation: The leukocyte adhesion cascade updated Ley, K. (2007), Nature Reviews Immunology, Volume 7, Issue 9, Pages 678-689 Cited by: 426 15. The biology of NKT cells Bendelac, A. (2007), Annual Review of Immunology, Volume 25, Issue null, Pages 297-336 Cited by: 425 16. Cooperation of Toll-like receptor signals in innate immune defence Trinchieri, G. (2007), Nature Reviews Immunology, Volume 7, Issue 3, Pages 179-190 Cited by: 416 17. Phenotypic and functional features of human Th17 cells Annunziato, F. (2007), Journal of Experimental Medicine, Volume 204, Issue 8, Pages 1849-1861 Cited by: 412 18. Next-generation DNA sequencing Shendure, J. (2008), Nature Biotechnology, Volume 26, Issue 10, Pages 1135-1145 Cited by: 396 19. Treatment of aspergillosis: Clinical practice guidelines of the infectious diseases society of America Walsh, T.J. (2008), Clinical Infectious Diseases, Volume 46, Issue 3, Pages 327-360 Cited by: 387 20. Small intestine lamina propria dendritic cells promote de novo generation of Foxp3 T reg cells via retinoic acid Sun, C.-M. (2007), Journal of Experimental Medicine, Volume 204, Issue 8, Pages 1775-1785 Cited by: 380 http://www.info.sciverse.com/topcited/

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近十年微生物学领域论文发表前20名国家与地区排名：2000-2010年

wanyuehua 2010-12-17 07:28

中国微生物学论文总被引次数排名第 15 位、论文数排名第 7 位、篇均被引次数未进前 20 名检索汤森路透（Thomson Reuters）基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI），根据各个国家和地区于2000年1月1日至2010年8月30日在Web of Science数据库的SCI、SSCI收录微生物学领域期刊上发表的论文，统计分析出前20名国家和地区排名（共有89个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的微生物学论文数超过2.17千篇，排名参照指标为总被引次数（Citations）、文章数（Papers）和篇均被引次数（Citations Per Paper）。美国微生物学领域论文的总被引次数1,176,608次和论文数53,741篇均排名第1位、篇均被引次数21.89排名在第7位，中国微生物学领域论文的总被引次数 53,952 次排名在第 15 位、论文数 6,748 篇排名在第 7 位、篇均被引次数 8.00 未进前 20 名（第 71 位），中国台湾地区微生物学领域论文的总被引次数 18,796 次排名在第 25 位、论文数 1,644 篇排名在第 23 位、篇均被引次数 11.43 未进前 20 名（第 52 位）。详细情况见表一 2000-2010年微生物学领域论文按总被引次数排名，表二 2000-2010年微生物学领域论文按论文总数排名，表三 2000-2010年微生物学领域论文按篇均被引次数排名。表12000-2010 年微生物学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,741 1,176,608 21.89 2 GERMANY 14,791 273,780 18.51 3 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 4 FRANCE 11,588 212,933 18.38 5 JAPAN 13,563 170,595 12.58 6 CANADA 6,442 110,335 17.13 7 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 8 SPAIN 7,428 97,196 13.09 9 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90 10 ITALY 5,340 67,514 12.64 11 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 12 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 13 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 14 SWEDEN 3,054 54,130 17.72 15 PEOPLES R CHINA 6,748 53,952 8.00 16 DENMARK 2,170 46,054 21.22 17 SOUTH KOREA 6,022 43,203 7.17 18 BRAZIL 4,647 38,585 8.30 19 INDIA 4,530 29,942 6.61 20 AUSTRIA 1,593 28,593 17.95 表22000-2010 年微生物学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 53,741 1,176,608 21.89 2 GERMANY 14,791 273,780 18.51 3 JAPAN 13,563 170,595 12.58 4 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 5 FRANCE 11,588 212,933 18.38 6 SPAIN 7,428 97,196 13.09 7 PEOPLES R CHINA 6,748 53,952 8.00 8 CANADA 6,442 110,335 17.13 9 SOUTH KOREA 6,022 43,203 7.17 10 ITALY 5,340 67,514 12.64 11 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90 12 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 13 BRAZIL 4,647 38,585 8.30 14 INDIA 4,530 29,942 6.61 15 RUSSIA 3,398 22,834 6.72 16 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 17 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 18 SWEDEN 3,054 54,130 17.72 19 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 20 DENMARK 2,170 46,054 21.22 表32000-2010 年微生物学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 BERMUDA 7 1,204 172.00 2 BARBADOS 18 759 42.17 3 COSTA RICA 59 1,519 25.75 4 BOTSWANA 23 560 24.35 5 ZAMBIA 52 1,251 24.06 6 MALAWI 36 827 22.97 7 USA 53,741 1,176,608 21.89 8 ENGLAND 11,721 252,400 21.53 9 DENMARK 2,170 46,054 21.22 10 SWITZERLAND 3,193 66,211 20.74 11 NETHERLANDS 4,728 97,946 20.72 12 SCOTLAND 3,077 63,436 20.62 13 BELGIUM 3,019 57,104 18.91 14 GERMANY 14,791 273,780 18.51 15 VIETNAM 230 4,249 18.47 16 FRANCE 11,588 212,933 18.38 17 NORTH IRELAND 423 7,647 18.08 18 AUSTRIA 1,593 28,593 17.95 19 BANGLADESH 177 3,174 17.93 20 AUSTRALIA 4,775 85,470 17.90

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微生物学优秀国际论文 by F1000 Factor

xupeiyang 2010-8-18 09:00

详细信息见 http://f1000biology.com/browse/MICROBIOL 国际生物学专家按F1000 Factor评出的微生物学国际优秀论文，你可以选择查阅近一周至近五年发表的优秀论文。可按以下分类进行检索查阅： Microbiology Applied Microbiology Cellular Microbiology Pathogenesis Environmental Microbiology Medical Microbiology Microbial Evolution Genomics Microbial Growth Development Microbial Physiology Metabolism Parasitology Virology

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杂气学说能够发展成现代微生物学吗

fqng1008 2010-4-1 09:45

本刊 1988 年第 8 期推出了常存库、刘兴旺的两篇文章，他们从科学蒙难角度剖析了中医体系拒绝杂气学说的种种原因，读后让人无限惋惜，似乎进化机制再多情一些，夭折的杂气学说会长成现代微生物学的大树，不同凡响的吴又可能成为中国的巴斯德。真是这样吗？一、他已经踩着了近代医学的门槛就当时而言，杂气学说是十分独特的，它不约而同地孕育着与西方近似的奇想，这种奇想在西方带来了近代医学，在中国却没有落脚之地。从这一点看，我们说吴又可已经踩着了近代医学的门槛。 1 ．不自觉地摆脱着有机自然观有机自然观是古代科学的基本特征，它对中医学的突出影响是使其人体观、生命观、疾病观、治疗观等人格化。自然化，即以自然现象、社会伦理来解释医疗事实的内在机制。吴又可的著作《温疫论》基本上避开了类似说法，他根据自己的体会，还对某些说法进行了一定的批判。他认为，杂气不可以年月四时为拘，亦非五运六气所能定，其为病最多，然举世皆误认为六气（《温疫论杂气论》）。他对六气致疫提出异议，夫寒热温凉，乃四时之常，因风雨阴晴，稍微损益，假令秋热必多晴，春寒必多雨，较之亦天地之常事，未必多疫也（《温疫论原病》）。对这个问题，他从三方面进行剖析：其一，寒热温凉受风雨阴晴的影响，稍有变化是其常事，而且，温暖乃天地中和之气，能使万物发育，气血融合，不足为病（见《温疫论诸家温疫正误》）；其二，有时气候正常，却仍有疫疬流行则无法解释（见《温疫论伤寒例正误》）；其三，从疾病的反应说来，二三月或八九月天气温凉，亦有病重者大热不止，失治而死的；五六月气候炎热，亦有病轻热微，不药而愈者（同前条），不能简单对应。当然，吴氏批判六气说是为杂气说开辟市场，他不可能以我们今天的高度去认识有机自然观，也没有全面系统地考察中医学体系。 2 ．朦胧的白箱化要求中医学虽在早期有过白箱化需求，后来由于文化背景的作用，一直热衷于经验的黑箱调节。吴又可在批判伏寒说时指出，肌为肌表，肤为皮之浅者，其间一毫一窍，岂是留邪之所？似乎有疾病定位的想法，但其邪伏膜原说又退回到思辨玄想的茫途。他对何等中而即病？何等中而不即病？反复设问，有穷究原委的理性思维倾向，他的以物制气，一病只有一药之到病已，不烦君臣佐使、品味加减之劳的见解以及莫知何物能制之的感叹，对中医研究提出了要知物的新要求。这代表吴氏朦胧的白箱式思维取向，与传统中医援物比类、以象测脏有较大的差异。 3 ．初步悟出感觉比经典更可靠西方医学革命以维萨里向盖仑挑战，研究人体解剖，帕拉塞尔苏斯批判四元液学说，引进化学方法为起点，吴又可被认为离经叛道、创异说以欺人，也是因为他跳出了注经式著作方式，如王清任所称：皆独出心裁，并未引古经一语。他呼吁守古法不合今病，以今病简古法，原无明论，导致夭亡者不死于病，乃死于医，不死于医，乃死于圣经之遗亡也。力求对历代温疫之论以正时误。他相信自己的经验和感受，在此基础上总结的杂气说，把病原微生物的某些重要特性完全揭示了出来，如杂气的多样性、特异性定位和种属感受性等等，特别是与外科感染性疾病联系起来，具有十分重要的理论和实践意义。二、问题是他无法迈出关键的两步要跨入近代医学的殿堂，有两个重要的前提，一是构造性自然观，二是受控实验。中国的贤哲没有走上这两步，因而近代科学包括近代医学也就没有在中国产生。的确，任何杰出的人物，任何超脱的思想，总是一定时代的产物，与其身后的文化背景休戚相关。翻开《温疫论》，那种闪灼着东方传统的思维方式跃然纸上。吴氏对于他所孜孜以求的杂气也表现出言其所当然，而不复强求其所以然的洒脱风格。他虽然在与温疫作斗争的长期临床过程中，总结了许多杂气致病的特点和规律，但从方法学上并没有跳出六淫外感说的朴素本体论模式，因为杂气毕竟是直观合理外推的产物，他没有想到要去证实自己的想法，也不知道该怎么证实。然而，当吴又可主观地认为杂气无形可求，无象可见，况无声复无臭，何能得睹得闻，以不可知的神秘色彩草率了结之后不久，荷兰科学家列文虎克就已经开始在显微镜下研究一个微小的新世界。那么，如果此时有一架显微镜，吴氏是否会成为中国的巴斯德呢？人们一定会抱怨，科学发现寓寄了太多的偶然性，我们的祖先很早就通过控制窖内温度和氧化还原时间来制造瓷器，却一直没想到用它来制造玻璃，而公元一世纪的罗马哲学家 Seneca 就发现，无论怎样小和难以辨认的字母，都能通过装满水的玻璃球或玻璃杯放大而看得更清楚。其实，这种抱怨大可不必。要知道，当时的吴又可能否就把显微镜下的生物与神秘的杂气挂上钩呢（这种联系在西方也延搁了近两个世纪）？他能够把我们最陌生的受控实验运用于杂气的研究中吗？既然如此，那种莫知何物能制之的感叹和希冀就只能永远停留在传统医学的史册上。其次是重实用轻理性的传统。我们可以看出，同绝大多数古代医籍相似，《温疫论》中没有逻辑型结构体系，除源病、杂气论、论气盛衰、论气所伤不同等极少数几篇中，以一种挟叙挟议的手法阐述自己的理论见解外，其余 90% 以上篇幅均是临床用药的经验体会。由于传统文化的重用轻理倾向和形式逻辑的欠缺，吴氏《温疫论》中的杂气学说也显得含混零乱。其一是概念不清，没有严格定义和划分的意识。就连其最重要的概念杂气，既没有具体确切的内涵，也没有层次分明的外延。其二是理性程度低，缺少必要的科学抽象。因为重用轻理，对于事物规律的形式研究，吴氏同样无法深入，再加上归纳、演绎等逻辑方法的缺憾，仅采用挟叙挟议方式，用具体的事例代替理论陈述以及事物规律的抽象，则无法构成严密的公理化体系。其三是可控实验的无知，不能实现对理论的鉴别和清晰化作用。基于上述，要使杂气学说发展成为现代微生物学，有着难以逾越的巨大屏障。三、这段历史给我们留下了什么启示过去的已经成为历史，历史反衬着现实。中医学体系为什么要排斥杂气学说？杂气学说为什么不能成长为现代微生物学？这些问题既是事实，又发人深省。的确，微生物学和近代医学的发现权已经属于了别人，但科学是全人类的，如果我们中医要走向世界，对现代科学做出贡献，就必须认清自己的现实，站在现代科学的高度，张开新的视角。因此，笔者认为： 1 ．突破中体西用，更新科学观念中体西用是我国近代以来的学术思潮之一。为了发展中医，我们在这条道路上率勤跋涉，几更旗号，先后经历了中西医汇通、国医科学化、中医现代化、多学科研究等多种形式，为什么最终要退回到保持特色的境地上呢？中西医结合为什么能在应用上时有建树，理论上结合却不伦不类、貌合神离呢？为什么与中医学有着共同基础的传统科学都不能中体西用，却只能改弦易辙？中医学能保留至今，是因为博大精深的理论体系，还是因为颇有实用的临床疗效呢？我们在自然哲学的迷宫里已经耽误得太久，儒家的合理外推，道家的神秘主义，以及烦琐考证、重用轻理传统，已把我们捆绑得够苦，我们今天首要的是思想觉醒，突破中体西用，更新科学观念。 2 ．抓住经验事实，探讨具体机制医疗事实一旦被确认是医学研究的主要对象，我们就要广泛搜集中医各科临床的经验信息，尤其是现代难治疾病的多种疗法。不仅从汗牛充栋的古代医籍、现代期刊文献中，还要从经验的活载体名老中医和民间草医中搜集。我们的原则是：搜集要广，分类要精，去伪存真，去粗取精。然后遵循正确的科研程序，严格地把握样本大小、对象选择、对照设置、指标制定、资料分析等原则，有效地开展临床研究。在前人基础上（包括以理论形式存在的经验事实），进一步取得有代表性、可比性、精确性、可重复性的资料和数据，以期得出客观的结论和解释。同时，密切配合基础研究，提出假说，设计实验，形成理论 = 实验、应用研究 = 基础研究的双重大循环。我们坚信，中医事实以一个个新理论的面貌出现之日，就是中医升华为未来科学之时。发表于《医学与哲学》 1989 （ 3 ）： 27

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H指数高的免疫学、微生物学期刊

xupeiyang 2009-9-7 15:23

建议你在这个平台上查看详细的分析结果：信息分析平台： http://www.scimagojr.com/countrysearch.php?area=1600country=CNw = 数据来源： Data source: Scopus Title SJR H index Total Docs. (2007) Total Docs. (3years) Total Refs. Total Cites (3years) Citable Docs. (3years) Cites / Doc. (2years) Ref. / Doc. Country 1 Journal of Experimental Medicine 6,131 256 319 1.051 13.148 14.185 1.004 14,46 41,22 UNITED STATES 2 Journal of Immunology 1,951 211 1.825 5.806 48.136 33.471 5.601 5,73 26,38 UNITED STATES 3 Immunity 7,572 203 195 521 8.097 7.045 496 13,50 41,52 UNITED STATES 4 Nature Biotechnology 2,042 184 416 1.381 5.837 9.361 886 9,78 14,03 UNITED STATES 5 Journal of Virology 1,248 172 1.458 4.458 70.974 24.039 4.334 5,49 48,68 UNITED STATES 6 Annual Review of Immunology 18,624 168 27 84 4.591 3.736 84 44,80 170,04 UNITED STATES 7 Nature Immunology 9,621 167 236 695 7.942 9.982 522 18,82 33,65 UNITED STATES 8 Arthritis and Rheumatism 1,152 155 584 1.724 17.701 11.918 1.414 8,03 30,31 UNITED STATES 9 Clinical Infectious Diseases 0,803 155 818 2.777 19.461 13.054 1.831 7,01 23,79 UNITED STATES 10 Journal of Molecular Biology 1,288 152 1.126 2.950 55.762 13.652 2.903 4,47 49,52 UNITED KINGDOM 11 Applied and Environmental Microbiology 0,436 147 1.069 3.298 42.506 14.225 3.257 4,04 39,76 UNITED STATES 12 Journal of Infectious Diseases 0,995 136 642 1.891 19.399 9.593 1.594 6,37 30,22 UNITED STATES 13 Journal of Allergy and Clinical Immunology 1,109 135 567 1.517 15.959 9.294 1.113 8,36 28,15 UNITED STATES 14 Nature Reviews Immunology 7,059 131 191 417 8.958 6.989 366 15,92 46,90 UNITED KINGDOM 15 AIDS 0,859 130 606 1.377 14.412 6.747 1.008 6,39 23,78 UNITED KINGDOM 16 Journal of Clinical Microbiology 0,543 129 815 3.223 19.609 12.600 3.020 4,03 24,06 UNITED STATES 17 Journal of Bacteriology 0,833 126 1.077 3.018 47.578 11.837 2.917 3,95 44,18 UNITED STATES 18 Bioinformatics 1,225 125 701 2.153 16.686 11.899 2.088 5,43 23,80 UNITED KINGDOM 19 European Journal of Immunology 1,442 120 378 1.119 16.168 4.776 1.058 4,50 42,77 GERMANY 20 Infection and immunity 0,799 120 694 2.826 31.488 11.300 2.771 3,98 45,37 UNITED STATES 21 Current Opinion in Immunology 2,709 116 111 348 5.458 2.596 305 9,13 49,17 UNITED KINGDOM 22 Clinical Microbiology Reviews 2,261 115 32 123 7.142 1.956 119 17,26 223,19 UNITED STATES 23 Immunological Reviews 4,044 106 112 370 13.309 3.850 355 10,43 118,83 UNITED KINGDOM 24 Virology 0,710 99 567 1.492 25.944 5.530 1.468 3,79 45,76 UNITED STATES 25 Annual Review of Microbiology 4,038 96 28 74 2.854 1.053 71 14,34 101,93 UNITED STATES 26 Journal of Rheumatology 0,338 96 493 1.597 12.556 4.595 1.247 3,54 25,47 CANADA 27 Journal of Leukocyte Biology 0,996 95 359 880 17.978 3.718 856 4,10 50,08 UNITED STATES 28 Trends in Microbiology 1,431 92 79 309 4.490 2.038 290 6,98 56,84 UNITED KINGDOM 29 Journal of Antimicrobial Chemotherapy 0,466 88 514 1.403 11.874 5.371 1.165 4,67 23,10 UNITED KINGDOM 30 Journal of General Virology 0,541 87 415 1.203 16.220 3.993 1.200 3,21 39,08 UNITED KINGDOM 31 FEMS Microbiology Reviews 1,469 86 41 128 5.578 1.220 122 9,52 136,05 NETHERLANDS 32 Annals of the rheumatic diseases 0,528 83 391 1.365 10.905 6.291 1.174 5,59 27,89 UNITED KINGDOM 33 Microbiology 0,524 83 420 1.187 19.234 3.731 1.129 3,16 45,80 UNITED KINGDOM 34 Trends in Immunology 3,126 82 91 327 5.332 3.192 307 9,47 58,59 UNITED KINGDOM 35 Current Opinion in Microbiology 1,876 81 102 310 4.279 2.207 280 7,73 41,95 UNITED KINGDOM 36 Clinical and Experimental Allergy 0,515 80 231 730 8.402 2.856 663 4,16 36,37 UNITED KINGDOM 37 GLIA 0,803 79 158 490 9.017 2.564 478 5,68 57,07 UNITED STATES 38 Journal of Neuroimmunology 0,502 79 277 828 12.075 2.502 803 3,01 43,59 NETHERLANDS 39 Vaccine 0,416 79 1.119 2.300 39.832 7.278 2.209 3,28 35,60 UNITED KINGDOM 40 Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology 0,433 76 282 853 7.984 3.430 769 4,46 28,31 UNITED KINGDOM 41 International Immunology 1,156 76 139 516 6.229 1.817 513 3,14 44,81 UNITED KINGDOM 42 Stem Cells 1,348 76 386 647 18.285 4.935 611 7,66 47,37 UNITED STATES 43 Biotechnology and Bioengineering 0,313 75 400 1.112 14.684 3.649 1.102 3,02 36,71 UNITED STATES 44 Applied Microbiology and Biotechnology 0,220 71 654 1.185 24.946 3.117 1.171 2,44 38,14 GERMANY 45 Journal of Immunological Methods 0,426 71 173 669 5.055 1.528 654 1,97 29,22 NETHERLANDS 46 American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 0,317 69 465 1.148 14.215 2.831 1.083 2,29 30,57 UNITED STATES 47 Molecular Plant-Microbe Interactions 0,765 69 150 420 8.646 1.797 412 4,37 57,64 UNITED STATES 48 Nature reviews. Microbiology 3,124 69 131 595 8.564 4.013 287 13,51 65,37 UNITED KINGDOM 49 Clinical and Experimental Immunology 0,509 68 282 891 11.060 2.532 855 2,82 39,22 UNITED KINGDOM 50 Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes 0,611 68 346 1.025 10.064 4.278 857 4,85 29,09 UNITED STATES

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cwhm 2009-9-6 14:27

Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 1 to 50 (of 397) Page 1 of 8 Name Institution Country Category Aaronson, Stuart A. Mount Sinai School of Medicine United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Adachi, Akio University of Tokushima Graduate School of Medicine Japan Microbiology Adams, Mark D. Case Western Reserve University United States Microbiology Molecular Biology Genetics Alexander, Martin Cornell University United States Ecology/Environment Microbiology Engineering Almond, Jeffrey William Sanofi Pasteur France Microbiology Amann, Rudolf I. Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie Germany Microbiology Andrews, Jenny M. City Hospital NHS Trust England Microbiology Appelbaum, Peter C. Penn State Milton S. Hershey Medical Center United States Microbiology Ausubel, Frederick M. Massachusetts General Hospital United States Plant Animal Science Microbiology Baba, Masanori Kagoshima University Japan Microbiology Babiuk, Lorne A. University of Alberta Canada Microbiology Bailey, James E. Switzerland Microbiology Baltimore, David California Institute of Technology United States Molecular Biology Genetics Microbiology Immunology Balzarini, Jan Katholieke Universiteit Leuven Belgium Microbiology Pharmacology Baquero, Fernando Ramón y Cajal Hospital Spain Microbiology Barbour, Alan G. University of California Irvine School of Medicine United States Microbiology Barr, P. J. United States Microbiology Barrell, Bart G. Wellcome Trust Genome Campus England Microbiology Barry, A. L. Clinical Microbiology Institute United States Microbiology Beckwith, Jonathan R. Harvard Medical School United States Microbiology Berger, Edward A. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Beveridge, Terrance J. University of Guelph Canada Microbiology Biggin, Mark D. Lawrence Berkeley National Laboratory United States Microbiology Bishop, David H.L. University of Oxford England Microbiology Bishop, John Michael University of California, San Francisco United States Molecular Biology Genetics Microbiology Blattner, Frederick R. University of Wisconsin United States Microbiology Blobel, Günter Rockefeller University United States Molecular Biology Genetics Microbiology Böttger, Erik C. University of Zurich Switzerland Microbiology Braun, Volkmar Eberhard Karls Universität Tübingen Germany Microbiology Brenner, Don J. Centers for Disease Control and Prevention United States Microbiology Brinster, Ralph L. University of Pennsylvania United States Molecular Biology Genetics Microbiology Broder, Christopher C. Uniformed Services University United States Microbiology Bush, Karen Johnson Johnson Pharmaceutical Research Development United States Microbiology Cao, Yunzhen Aaron Diamond AIDS Research Center United States Microbiology Capon, Daniel J. Genetic Information Systems, Inc. United States Microbiology Chakrabarty, Ananda M. University of Illinois at Chicago College of Medicine United States Microbiology Chang, Nancy T. Tanox, Inc. United States Microbiology Chang, Yuan University of Pittsburgh United States Microbiology Chanock, Robert M. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Chen, Irvin S. Y. University of California, Los Angeles, School of Medicine United States Microbiology Cheng-Mayer, Celia Aaron Diamond AIDS Research Center United States Microbiology Chesebro, Bruce National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Choo, Qui-Lim Chiron Corporation United States Microbiology Clayton, Rebecca A. University College London England Microbiology Clements, Janice E. Johns Hopkins University School of Medicine United States Microbiology Clewell, Don B. University of Michigan School of Dentistry United States Microbiology Coen, Donald M. Harvard Medical School United States Microbiology Cohen, Gary H. University of Pennsylvania United States Microbiology Cole, Stewart T. école Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) Switzerland Microbiology Collins, M. Dave University of Reading England Microbiology Results 1 to 50 (of 397) Page 1 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 51 to 100 (of 397) Page 2 of 8 Name Institution Country Category Collins, Peter L. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Colwell, Rita R. Canon U.S. Life Sciences, Inc. United States Microbiology Conrad, Ralf Max-Planck-Institut für Terrestrische Mikrobiologie Germany Ecology/Environment Microbiology Cornelis, Guy R University of Basel Switzerland Microbiology Costerton, John William Fisher Montana State University - Bozeman United States Microbiology Cotton, Matthew D. The Institute for Genomic Research United States Microbiology Courvalin, Patrice Institut Pasteur France Microbiology Cullen, Bryan Richard Duke University Medical Center United States Microbiology Cunningham, Bruce A. Neurosciences Institute United States Microbiology Curran, Tom St. Jude Children's Research Hospital United States Neuroscience Molecular Biology Genetics Microbiology Davison, Andrew John MRC Virology Unit Scotland Microbiology De Bont, Jan A. M. Microbiology De Clercq, Erik Katholieke Universiteit Leuven Belgium Microbiology Pharmacology De Vos, Willem Meindert Wageningen University Netherlands Microbiology DeLey, Jozef Belgium Microbiology Delong, Edward F. MIT United States Microbiology Desmyter, Jan Katholieke Universiteit Leuven Belgium Microbiology Desrosiers, Ronald Charles Harvard Medical School United States Microbiology Dewhirst, Floyd E. The Forsyth Institute United States Microbiology Dodson, Robert J. The Institute for Genomic Research (TIGR) United States Microbiology Doern, Gary V. University of Iowa College of Medicine United States Microbiology Domingo, Esteban Universidad Autónoma de Madrid Spain Microbiology Doms, Robert W. University of Pennsylvania School of Medicine United States Microbiology Dougherty, Brian A. The Institute for Genomic Research United States Microbiology Dubey, Jitender P. USDA Agricultural Research Service United States Plant Animal Science Microbiology Edelman, Gerald M. Scripps Research Institute United States Microbiology Molecular Biology Genetics Ehrlich, Stanislav Dusko INRA/CNRS France Microbiology Eisen, Jonathan A. University of California, Davis United States Microbiology Eisenberg, Roselyn J. University of Pennsylvania United States Microbiology Eliopoulos, George M. BIDMC Division of Infectious Disease United States Microbiology Emerman, Michael Fred Hutchinson Cancer Research Center United States Microbiology Emini, Emilio A. Merck Research Laboratories United States Microbiology Erlich, Henry A. Roche Molecular Systems United States Immunology Microbiology Molecular Biology Genetics Errington, Jeffery Newcastle University England Microbiology Estes, Mary Clarke Kolb Baylor College of Medicine United States Microbiology Evans, Ronald M. Salk Institute for Biological Studies United States Biology Biochemistry Microbiology Molecular Biology Genetics Falkow, Stanley Stanford University School of Medicine United States Immunology Microbiology Felber, Barbara K. National Cancer Institute at Frederick United States Microbiology Feng, Yu Microbiology Fenyö, Eva Maria Lund University Sweden Microbiology Fiechter, Armin ETH Zürich Switzerland Microbiology Finlay, Brett Barton University of British Columbia Canada Microbiology Fleckenstein, Bernhard Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg Germany Microbiology Fleischmann, Robert David Institute for Genome Research United States Microbiology Flores, Jorges National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Franchini, Genoveffa National Cancer Institute, NIH United States Microbiology Fraser-Liggett, Claire M. University of Maryland School of Medicine United States Microbiology Fritchman, J. L. Institute for Genomic Research United States Microbiology Fukuda, Y. Japan Microbiology Galan, Jorge E. Yale University School of Medicine United States Microbiology Results 51 to 100 (of 397) Page 2 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 101 to 150 (of 397) Page 3 of 8 Name Institution Country Category Gallo, Robert C. University of Maryland United States Immunology Microbiology Clinical Medicine Ganem, Donald University of California, San Francisco United States Microbiology Gelfand, David H. Innovative Biosensors Inc. United States Microbiology Gendelman, Howard Eliot University of Nebraska Medical Center United States Microbiology Gibson, Toby J. EMBL Germany Microbiology Biology Biochemistry Gillis, Monique Ghent University Belgium Microbiology Giovannoni, Stephen J. Oregon State University United States Microbiology Gissmann, Lutz Deutsches Krebsforschungszentrum AND King Saud Univ, Riyadh Saudi Arabia Germany Microbiology Glass, Roger I. Center for Disease Control United States Microbiology Glodek, Anna Celera Genomics United States Microbiology Gocayne, Jeannine D. Celera Genomics United States Microbiology Goff, Stephen P. Columbia University College of Physicians Surgeons United States Microbiology Gonda, Matthew A. TransMolecular, Inc. United States Microbiology Goodfellow, Michael University of Newcastle upon Tyne England Microbiology Goudsmit, Jaap Crucell Netherlands Microbiology Immunology Greenberg, Everett Peter University of Iowa United States Microbiology Greenberg, Harry B. Stanford University School of Medicine United States Microbiology Greenberg, Michael Eldon Children's Hospital United States Neuroscience Molecular Biology Genetics Microbiology Grimont, Patrick A. D. Institut Pasteur France Microbiology Hacker, Jörg University of Würzburg Germany Microbiology Hahn, Beatrice H. University of Alabama at Birmingham United States Microbiology Hanafusa, Hidesaburo Rockefeller University United States Molecular Biology Genetics Microbiology Hancock, Robert E. W. University of British Columbia Canada Microbiology Harlow, Edward E. Harvard Medical School United States Molecular Biology Genetics Microbiology Haseltine, William A. Human Genome Sciences, Inc. United States Microbiology Hayward, Gary S. Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns Hopkins United States Microbiology Henderson, Louis E. NCI at Frederick United States Microbiology Hickey, Erin K. The Institute for Genomic Research United States Microbiology Higgins, Christopher Francis Imperial College School of Medicine England Microbiology Higuchi, Russell Gene Roche Molecular Systems, Inc. United States Microbiology Hijikata, Minako International Medical Center of Japan Japan Microbiology Ho, David D. Rockefeller University United States Microbiology Clinical Medicine Immunology Hoch, James A. Scripps Research Institute United States Microbiology Hooper, David C. Massachusetts General Hospital United States Microbiology Hopp, T. P. Microbiology Hopwood, David Alan John Innes Centre England Microbiology Horikoshi, Koki Japan Marine Science Technology Center Japan Agricultural Sciences Biology Biochemistry Microbiology Horn, Glenn T. Integrated Genetics United States Microbiology Horzinek, Marian C. Utrecht University Netherlands Microbiology Hoshino, Yasutaka National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Houghton, Michael Chiron Corporation United States Microbiology Clinical Medicine Howley, Peter M. Harvard Medical School United States Microbiology Molecular Biology Genetics Hunter, Eric Emory University United States Microbiology Hunter, Tony Salk Institute for Biological Studies United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Iglewski, Barbara University of Rochester, School of Medicine and Dentistry United States Microbiology Ingram, Lonnie O'Neal University of Florida Institute of Food and Agriculture Sciences United States Microbiology Inoue, Makoto Nagoya City University Japan Microbiology Inouye, Masayori University of Medicine Dentistry of New Jersey United States Microbiology Inouye, Sumiko University of Medicine Dentistry of New Jersey United States Microbiology Ito, H. Japan Microbiology Results 101 to 150 (of 397) Page 3 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 151 to 200 (of 397) Page 4 of 8 Name Institution Country Category Jacobs, Michael R. Case Western Reserve University United States Microbiology Jacobs, William R. Albert Einstein College of Medicine United States Microbiology Jacoby, George A. Lahey Clinic United States Microbiology Johnson, David C. Oregon Health and Science University United States Microbiology Johnson, Russell C. University of Minnesota United States Microbiology Jones, Ronald Norman JONES Group/JMI Laboratories United States Microbiology Josephs, Steven F. United States Microbiology Kado, Clarence I. University of California, Davis United States Microbiology Kandler, Otto Microbiology Kaper, James B. University of Maryland School of Medicine United States Immunology Microbiology Kapikian, Albert Z. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Kaplan, Samuel UT-Houston Medical School United States Microbiology Kawaoka, Yoshihiro University of Tokyo Japan Microbiology Kelley, Jenny M. National Cancer Institute United States Microbiology Kennedy, Paul E. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Kerlavage, Anthony R. Celera Genomics United States Microbiology Kersters, Karel Universiteit Gent Belgium Microbiology Ketchum, Karen A. United States Microbiology Khoury, George Microbiology Kieff, Elliott D. Harvard Medical School United States Microbiology Kimura, A. Japan Microbiology Kirk, T. Kent University of Wisconsin - Madison United States Microbiology Kirkness, Ewen F. The Institute for Genomic Research United States Microbiology Kirschner, Marc W. Harvard Medical School United States Molecular Biology Genetics Microbiology Kjelleberg, Staffan Lars Åke University of New South Wales Australia Microbiology Klaenhammer, Todd R. North Carolina State University, College of Agriculture and Life Sciences United States Microbiology Klenk, Hans-Dieter Philipps-Universität Marburg Fachbereich Medizin Germany Microbiology Knackmuss, Hans-Joachim Universität Stuttgart Germany Microbiology Kok, Jan University of Groningen Netherlands Microbiology Kolter, Roberto Harvard Medical School United States Microbiology Konings, Wil N. University of Groningen Netherlands Microbiology Koonin, Eugene V. National Library of Medicine, NIH United States Microbiology Biology Biochemistry Molecular Biology Genetics Koup, Richard A. National Institutes of Health United States Microbiology Kwok, Shirley Roche Molecular Systems, Inc. United States Microbiology Lai, Michael Ming-Chiao National Cheng Kung University Taiwan Microbiology Lamb, Robert Andrew Northwestern University United States Microbiology Landau, Nathaniel R. Salk Institute for Biological Studies United States Microbiology Larder, Brendan A. RDI Ltd England Microbiology Lautenberger, James A. National Cancer Institute, NIH United States Microbiology Leder, Philip Harvard Medical School United States Molecular Biology Genetics Microbiology Lerner, Richard A. Scripps Research Institute United States Microbiology Letvin, Norman Lee Beth Israel Deaconess Medical Center United States Immunology Microbiology Levine, Arnold J. United States Molecular Biology Genetics Microbiology Levine, Michael University of California, Berkeley United States Molecular Biology Genetics Microbiology Levinson, Arthur D. Genentech United States Microbiology Levy, Jay A. University of California, San Francisco, School of Medicine United States Microbiology Immunology Levy, Stuart Tufts University United States Microbiology Lifson, Jeffrey D. SAIC-Frederick, Inc. United States Microbiology Lipman, David J. National Center for Biotechnology Information United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Littman, Dan R. New York University School of Medicine United States Microbiology Immunology Results 151 to 200 (of 397) Page 4 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 201 to 250 (of 397) Page 5 of 8 Name Institution Country Category Livermore, David M. Central Public Health Laboratory United Kingdom Microbiology Losick, Richard Harvard University United States Microbiology Lovley, Derek R. University of Massachusetts Amherst United States Microbiology Lowy, Douglas R. National Cancer Institute, NIH United States Microbiology Luciw, Paul A. University of California, Davis Medical Center United States Microbiology Ludwig, Wolfgang Technische Universität München Germany Microbiology Magasanik, Boris Massachusetts Institute of Technology United States Microbiology Maniatis, Thomas Harvard University United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Martin, Malcolm A. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Mayumi, Makoto Jichi Medical School Japan Microbiology McGeoch, Duncan James University of Glasgow Scotland Microbiology McKenney, Keith National Institute of Standards and Technology United States Microbiology Mekalanos, John Joseph Harvard Medical School United States Microbiology Mettenleiter, Thomas C. Federal Research Centre for Virus Diseases of Animals Germany Microbiology Miedema, Frank University Utrecht Netherlands Immunology Microbiology Miller, A. Dusty Fred Hutchinson Cancer Research Center United States Microbiology Miller, Lois K. United States Microbiology Minor, Philip David National Institute for Biological Standards and Control England Microbiology Miyakawa, Yuzo Miyakawa Memorial Research Foundation Japan Microbiology Mocarski, Edward S Stanford University School of Medicine United States Microbiology Moellering, Robert C. Beth Israel Deaconess Medical Center United States Microbiology Molin, Søren Technical University of Denmark Denmark Microbiology Montagnier, Luc World Foundation for AIDS Research and Prevention France Microbiology Immunology Moore, John P. Cornell University United States Microbiology Moore, Patrick S. University of Pittsburgh United States Microbiology Moss, Bernard National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Immunology Müller, Rolf Philipps University Germany Microbiology Mullins, James I. University of Washington School of Medicine United States Microbiology Mullis, Kary B. Microbiology Münger, Karl Brigham and Women's Hospital/Harvard Medical School United States Microbiology Murata, Kousaku Kyoto University Japan Microbiology Murphy, Brian R. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Murray, Barbara E. University of Texas Medical School at Houston United States Microbiology Mushahwar, Isa K. Abbott Park United States Microbiology Musser, James M. Baylor College of Medicine United States Microbiology Narayan, Opendra University of Kansas Medical Center United States Microbiology Nelson, Jay A. Oregon Health and Science University United States Microbiology Nelson, Karen E. Stanford University School of Medicine United States Microbiology Nes, Ingolf F. The Norwegian University of Life Science Norway Microbiology Nester, Eugene W. University of Washington United States Microbiology Neu, H. C. Microbiology Nikaido, Hiroshi University of California, Berkeley United States Microbiology Normark, Staffan Karolinska Institutet Sweden Microbiology Odds, Frank C. Institute of Medical Sciences United Kingdom Microbiology Okamoto, Hiroaki Jichi Medical University School of Medicine Japan Microbiology Oldstone, Michael B.A. Scripps Research Institute United States Microbiology Olsen, Gary J. University of Illinois at Urbana-Champaign United States Microbiology Omura, Satoshi Kitasato University Japan Microbiology Oroszlan, Stephen Frederick Cancer Research and Development Center United States Microbiology Osterhaus, Albert Erasmus Medical Centre Netherlands Microbiology Results 201 to 250 (of 397) Page 5 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 251 to 300 (of 397) Page 6 of 8 Name Institution Country Category Pace, Norman R. University of Colorado at Boulder United States Microbiology Palese, Peter Mount Sinai School of Medicine United States Microbiology Palmiter, Richard D. University of Washington United States Molecular Biology Genetics Microbiology Paoletti, Enzo State University of New York at Albany United States Microbiology Papas, Takis S. Microbiology Parkhill, Julian The Sanger Institute United Kingdom Microbiology Paster, Bruce J. The Forsyth Institute United States Microbiology Patarca, Robert University of Miami United States Microbiology Paulsen, Ian T. Macquarie University Australia Microbiology Pauwels, Rudi Tibotec Group N.V. Belgium Microbiology Pavlakis, George N. National Cancer Institute at Frederick United States Microbiology Pearson, William R. University of Virginia United States Biology Biochemistry Microbiology Pedersen, Neils C. University of California, Davis United States Plant Animal Science Microbiology Persing, David H. Cepheid United States Microbiology Peterson, Jeremy D. The Institute for Genomic Research United States Microbiology Petteway, Stephen Robert Bayer Health Care United States Microbiology Pfaller, Michael A. University of Iowa College of Medicine United States Microbiology Phillips, Cheryl A. Institute for Genomic Research United States Microbiology Pierschbacher, Michael D. Integra LifeSciences United States Microbiology Poolman, Bert University of Groningen Netherlands Microbiology Popovic, Mikulas University of Maryland United States Microbiology Pot, Bruno Institut Pasteur de Lille France Microbiology Ptashne, Marc Memorial Sloan-Kettering Cancer Center United States Molecular Biology Genetics Microbiology Pugsley, Anthony P. Institut Pasteur France Microbiology Pühler, Alfred Universität Bielefeld Germany Microbiology Purcell, Robert H. National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH United States Microbiology Rainey, Frederick A. Louisiana State University United States Microbiology Raoult, Didier Université de la Méditerranée France Microbiology Rappuoli, Rino Chiron Srl Italy Microbiology Ratner, Lee Washington University in St. Louis United States Microbiology Reddy, E. Premkumar Temple University School of Medicine United States Microbiology Rice, Charles M. Rockefeller University United States Microbiology Richman, Douglas D. University of California, San Diego United States Clinical Medicine Microbiology Immunology Rickinson, Alan B. University of Birmingham England Microbiology Rinaldi, Michael G. University of Texas Health Science Center at San Antonio United States Microbiology Roizman, Bernard University of Chicago United States Microbiology Rose, John K. Yale University School of Medicine United States Microbiology Rosen, Craig A. Human Genome Sciences, Inc. United States Microbiology Rosenberg, Martin Elitra Pharmaceuticals United States Microbiology Rossmann, Michael G. Purdue University United States Microbiology Rowe, Martin University of Birmingham United Kingdom Microbiology Ruoslahti, Erkki Burnham Institute United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Rutter, William J. University of California, San Francisco United States Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Sahm, Hermann University Düsseldorf Germany Microbiology Saier, Milton H. University of California, San Diego United States Microbiology Saiki, Randall K. Celera Diagnostics United States Microbiology Salzberg, Steven L. University of Maryland United States Microbiology Sarngadharan, Mangalasseril G. Advanced BioScience Laboratories Inc. United States Microbiology Schaffer, Priscilla Ann Harvard Medical School United States Microbiology Scharf, Stephen J. Cetus Corporation United States Microbiology Results 251 to 300 (of 397) Page 6 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 301 to 350 (of 397) Page 7 of 8 Name Institution Country Category Schiller, John Todd NIH, NCI United States Microbiology Schinazi, Raymond Felix Emory University of Medicine United States Microbiology Schink, Bernhard University of Konstanz Germany Microbiology Schleifer, Karl-Heinz Technische Universität München Germany Microbiology Schols, Dominique Rega Institute Belgium Microbiology Scolnick, Edward M. Merck Research Laboratories United States Microbiology Selander, Robert K. Pennsylvania State University United States Microbiology Semler, Bert Lawrence University of California, Irvine, School of Medicine United States Microbiology Setlow, Peter University of Connecticut Health Center United States Microbiology Sharp, Phillip A. Massachusetts Institute of Technology United States Molecular Biology Genetics Microbiology Shaw, George M. University of Alabama at Birmingham School of Medicine United States Microbiology Shenk, Thomas Princeton University United States Microbiology Shimotohno, Kunitada Kyoto University Japan Microbiology Shinnick, Tom M. Centers for Disease Control and Prevention United States Microbiology Silver, Simon University of Illinois at Chicago United States Microbiology Simmonds, Peter University of Edinburgh Medical School Scotland Microbiology Skehel, John James National Institute for Medical Research England Microbiology Small, K. V. United States Microbiology Smith, Geoffrey L. Imperial College London United Kingdom Microbiology Smith, Hamilton O. Institute for Biological Energy Alternatives United States Microbiology Snoeck, Robert Katholieke Universiteit Leuven Belgium Microbiology Sodroski, Joseph G. Dana-Farber Cancer Institute United States Microbiology Soll, David R. The University of Iowa United States Microbiology Sonenberg, Nahum McGill University Canada Microbiology Molecular Biology Genetics Spear, Patricia G. Northwestern University Medical School United States Microbiology Spratt, Brian Geoffrey Imperial College London England Microbiology Stackebrandt, Erko Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturem GmbH Germany Microbiology Stahl, David Allan University of Washington United States Microbiology Steigerwalt, Arnold G. Centers for Disease Control and Prevention United States Microbiology Steinbüchel, Alexander Universteit Münster Germany Microbiology Stetter, Karl Otto Universität Regensburg Germany Microbiology Stinski, Mark F. University of Iowa United States Microbiology Stoffel, Susanne Cetus Corporation United States Microbiology Strauss, James H. California Institute of Technology United States Microbiology Summers, Max D. Texas AM University United States Microbiology Sutton, Granger J. Craig Venter Institute United States Microbiology Swaminathan, Bala Centers for Disease Control and Prevention United States Microbiology Takeuchi, Tomio Microbiology Temin, Howard Martin Microbiology Tenover, Fred C. Centers for Disease Control and Prevention United States Microbiology ter Meulen, Volker Universität Würzburg Germany Microbiology Tersmette, M. St. Antonius Ziekenhuis Nieuwegein Netherlands Microbiology Thiel, Heinz-Jürgen Justus-Liebig-Universität Germany Microbiology Thornsberry, Clyde Focus Technologies, Inc. United States Microbiology Tiedje, James M. Michigan State University United States Microbiology Ecology/Environment Timmis, Kenneth Nigel Gesellschaft für Biotechnologische Forschung Germany Microbiology Tiollais, Pierre Institut Pasteur France Microbiology Tjian, Robert Howard Hughes Medical Institute United States Molecular Biology Genetics Microbiology Biology Biochemistry Tomasz, Alexander Rockefeller University United States Microbiology Tomb, Jean-Francois E.I.DuPont De Nemours Co. Inc. United States Microbiology Results 301 to 350 (of 397) Page 7 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI Browse Results by CATEGORY - MICROBIOLOGY Home Browse Results Results 351 to 397 (of 397) Page 8 of 8 Name Institution Country Category Tonegawa, Susumu Massachusetts Institute of Technology United States Immunology Microbiology Molecular Biology Genetics Tramper, Johannes Wageningen University Netherlands Microbiology Trono, Didier école Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) Switzerland Microbiology Trust, Trevor J. AstraZeneca RD Boston United States Microbiology Tsuda, Fumio Toshiba General Hospital Japan Microbiology Ullrich, Axel Max-Planck-Institut für Biochemie Germany Molecular Biology Genetics Biology Biochemistry Microbiology Clinical Medicine Umezawa, Hamao Microbiology Utterback, Teresa R. Institute for Genomic Research United States Microbiology Van Damme, Pierre University of Antwerp Belgium Microbiology Van Dijken, J. P. Delft University of Technology Netherlands Microbiology van Embden, Jan D.A. RIVM (National Institute of Public Health and Environment Netherlands Microbiology Varmus, Harold E. Sloan-Kettering Institute United States Molecular Biology Genetics Microbiology Venema, Gerard Groningen University Netherlands Microbiology Venter, J. Craig Center for the Advancement of Genomics United States Biology Biochemistry Microbiology Molecular Biology Genetics Verhoef, Jan University Utrecht Netherlands Microbiology Verma, Inder M. Salk Institute for Biological Studies United States Molecular Biology Genetics Microbiology Vogt, Peter K. Scripps Research Institute United States Microbiology Wagner, Edward K. University of California, Irvine United States Microbiology Wainberg, Mark A. McGill AIDS Centre Canada Microbiology Walker, Graham C. Massachusetts Institute of Technology United States Microbiology Ward, David C. Yale University School of Medicine United States Molecular Biology Genetics Microbiology Webster, Robert G. St. Jude Children's Research Hospital United States Microbiology Weidman, Janice F. Institute for Genomic Research United States Microbiology Weinberg, Robert A. Massachusetts Institute of Technology United States Molecular Biology Genetics Microbiology Clinical Medicine Weiner, Amy J. Chiron Corporation United States Microbiology Weiss, Robin A. University College London England Microbiology White, David C. University of Tennessee United States Microbiology White, Owen University of Maryland School of Medicine United States Microbiology Wiley, Don C. Immunology Microbiology Williams, Paul University of Nottingham England Microbiology Wilson, Ian A. Scripps Research Institute United States Microbiology Wimmer, Eckard State University of New York at Stony Brook United States Microbiology Winans, Stephen C. Cornell University United States Microbiology Wise, Richard City Hospital England Microbiology Witholt, Bernard ETH-Zurich Switzerland Microbiology Woese, Carl R. University of Illinois at Urbana-Champaign United States Microbiology Wolinsky, Steven Mark Northwestern University United States Microbiology Wong-Staal, Flossie University of California, San Diego United States Microbiology Wyatt, Richard NIH United States Microbiology Yamanishi, Koichi Osaka University Japan Microbiology Yap, Peng Lee Microbiology Young, Lawrence S. University of Birmingham School of Medicine United Kingdom Microbiology Zachara, John M. Pacific Northwest National Laboratories United States Ecology/Environment Microbiology Zehnder, Alexander Jakob Boris ETH Zürich Switzerland Microbiology Zeikus, J. Gregory Michigan State University United States Microbiology Ziff, Edward B. New York University School of Medicine United States Microbiology zur Hausen, Harald Deutsches Krebsforschungszentrum Germany Microbiology Results 351 to 397 (of 397) Page 8 of 8 function goToLinkHelp() { win_browser = window.open("http://hcr3.isiknowledge.com/help.cgi?h=hover.htm", "HCR_help", "width=665,height=475,toolbar=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,resizable=yes"); win_browser.focus(); } = " Highly cited researcher " Copyright © 2008 Thomson ISI

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全球免疫学和微生物学文献计量分析结果

xupeiyang 2009-8-25 10:29

信息分析平台: http://www.scimagojr.com/countryrank.php? Subject Area: Immunology and Microbiology Period: 1996-2007 Country Publications Citable Publications Citations Self-Citations Citations per Publication H index 1 United States 191.384 181.799 4.365.696 2.255.671 23,66 389 2 United Kingdom 57.884 53.414 1.086.146 262.491 19,12 225 3 Japan 43.409 42.488 660.421 186.039 15,33 202 4 Germany 42.333 40.736 842.580 210.750 20,60 217 5 France 37.350 35.404 667.751 149.862 18,03 189 6 Italy 23.931 22.118 376.497 82.056 16,58 167 7 Canada 22.300 21.250 421.873 75.610 20,23 169 8 Spain 20.756 19.462 282.474 71.300 14,66 130 9 Netherlands 18.814 17.867 390.811 68.078 21,82 170 10 Australia 17.075 16.284 315.875 60.190 19,89 156 11 China 13.857 13.483 70.539 21.208 8,50 74 12 Sweden 13.826 13.434 254.679 45.422 18,62 135 13 Brazil 13.340 12.906 110.760 39.529 10,02 82 14 Switzerland 13.304 12.636 338.938 45.964 26,46 182 15 Korea, Republic Of 12.760 12.532 91.873 27.504 8,55 79 16 India 12.760 12.038 77.084 26.315 7,54 70 17 Belgium 9.648 9.138 175.636 27.236 19,52 131 18 Denmark 8.609 8.327 153.017 26.580 18,48 113 19 Russian Federation 7.487 7.431 43.973 10.160 5,58 70 20 Israel 6.141 5.856 103.494 16.044 17,43 101 21 Taiwan, Province of China 5.705 5.515 58.976 13.347 12,54 72 22 Austria 5.627 5.384 108.752 16.488 20,94 113 23 Finland 5.479 5.273 96.287 17.555 18,05 99 24 Poland 5.472 5.333 39.313 9.264 7,49 66 25 Mexico 4.499 4.329 47.547 9.665 11,98 73 26 Argentina 4.390 4.265 40.905 8.591 10,05 62 27 Norway 4.354 4.213 72.083 12.503 17,23 93 28 Turkey 4.138 3.752 28.380 6.899 9,05 54 29 Czech Republic 3.926 3.846 30.626 7.230 8,24 62 30 South Africa 3.821 3.533 44.199 7.799 13,84 74 31 Greece 3.671 3.402 41.980 6.002 13,61 73 32 Thailand 3.611 3.444 40.732 8.245 14,58 67 33 Ireland 2.843 2.687 54.859 6.760 22,46 93 34 Portugal 2.829 2.711 32.528 6.009 14,02 61 35 Hungary 2.668 2.536 25.610 4.143 10,28 61 36 New Zealand 2.572 2.472 37.651 5.709 16,22 70 37 Hong Kong 1.902 1.782 27.319 4.844 16,38 65 38 Kenya 1.820 1.755 26.417 5.411 16,64 62 39 Singapore 1.755 1.668 21.774 3.111 15,64 55 40 Slovakia 1.599 1.506 11.118 2.724 6,90 38 41 Iran, Islamic Republic Of 1.542 1.465 5.649 1.639 6,94 27 42 Egypt 1.413 1.381 9.728 1.416 7,85 36 43 Nigeria 1.287 1.229 6.214 1.468 5,43 29 44 Cuba 1.176 1.146 5.689 1.629 6,13 32 45 Colombia 1.052 1.017 11.058 1.839 12,41 43 46 Chile 1.000 968 10.099 1.774 11,61 42 47 Malaysia 954 911 7.262 1.139 9,00 35 48 Tanzania, United Republic Of 939 903 10.548 2.045 13,62 42 49 Uganda 930 870 11.845 2.079 15,96 48 50 Venezuela 912 868 8.641 1.389 9,94 37 51 Bulgaria 887 861 5.247 827 6,24 27 52 Slovenia 741 698 8.001 1.318 13,74 38 53 Saudi Arabia 716 667 5.825 728 8,46 34 54 Senegal 707 674 8.831 1.268 13,26 44 55 Tunisia 703 675 3.854 835 9,20 26 56 Cameroon 684 659 7.172 1.307 11,62 37 57 Indonesia 682 665 7.934 924 13,24 40 58 Viet Nam 669 654 8.097 1.032 16,97 40 59 Bangladesh 614 582 5.643 1.155 10,81 31 60 Peru 609 588 6.568 885 14,43 35 61 Croatia 606 563 7.080 897 13,34 37 62 Ukraine 601 593 3.006 486 4,92 22 63 Pakistan 589 562 4.785 1.009 9,73 31 64 Ghana 589 567 5.702 986 11,00 31 65 Ethiopia 523 501 4.655 829 10,57 30 66 Malawi 487 455 7.742 1.036 17,89 40 67 Philippines 485 465 4.372 493 10,62 31 68 Zimbabwe 464 451 4.468 698 10,08 30 69 Gambia 443 425 8.032 810 18,55 47 70 Iceland 426 420 6.084 628 15,25 37 71 Burkina Faso 425 410 4.426 794 12,84 32 72 Cote D'ivoire 407 386 4.710 776 11,61 32 73 Uruguay 403 395 4.279 627 11,44 32 74 Kuwait 402 392 4.437 667 11,82 29 75 Estonia 394 387 4.770 551 14,18 31 76 Morocco 390 368 3.085 373 8,67 24 77 Zambia 389 370 4.528 644 14,43 33 78 Belarus 376 375 1.143 133 2,89 17 79 Lithuania 370 359 3.358 559 12,51 26 80 Puerto Rico 362 343 4.728 429 16,05 34 81 Sudan 361 345 3.542 678 11,32 27 82 Gabon 343 333 4.075 739 13,50 30 83 Sri Lanka 298 294 3.074 367 12,46 26 84 United Arab Emirates 275 261 2.206 284 8,69 19 85 Lebanon 265 242 2.222 250 10,18 22 86 Jordan 257 249 1.563 185 6,64 20 87 Romania 251 244 3.314 171 15,09 31 88 Nepal 243 226 1.979 261 8,19 24 89 Costa Rica 243 236 2.778 345 13,33 26 90 Bolivia 224 220 2.433 360 11,20 25 91 Luxembourg 217 205 2.641 339 13,03 27 92 Madagascar 209 199 1.873 322 10,51 22 93 Mali 193 189 2.044 239 13,17 23 94 Latvia 187 187 1.984 228 10,77 25 95 Papua New Guinea 187 184 2.428 311 14,17 26 96 Ecuador 177 172 1.861 229 11,55 24 97 Congo 174 168 1.091 116 8,16 16 98 Cambodia 160 143 959 160 6,20 15 99 French Guiana 147 141 1.265 181 10,33 19 100 Mozambique 147 140 1.322 149 12,11 18 101 Benin 139 132 1.411 133 17,08 21 102 Georgia 134 133 1.082 52 7,81 17 103 Algeria 129 123 863 78 10,46 15 104 Oman 129 115 727 65 5,67 13 105 Trinidad and Tobago 128 126 1.022 123 8,49 17 106 Botswana 116 109 1.684 111 14,70 18 107 Guadeloupe 107 102 1.595 149 15,61 24 108 Guatemala 105 104 1.410 74 15,26 22 109 Guinea-Bissau 104 99 1.325 249 14,84 20 110 Niger 99 94 828 99 9,84 15 111 Lao People's Democratic Republic 96 92 650 146 12,90 16 112 New Caledonia 96 92 660 137 11,54 14 113 Jamaica 95 90 1.074 81 10,42 17 114 Central African Republic 92 89 998 70 11,91 17 115 Uzbekistan 87 87 418 35 6,85 12 116 Rwanda 83 74 877 70 13,72 16 117 Panama 78 75 863 61 15,27 16 118 Armenia 76 75 227 63 3,39 9 119 French Polynesia 71 67 935 110 12,13 18 120 Nicaragua 68 68 937 68 13,63 19 121 Togo 67 66 626 39 11,09 14 122 Paraguay 67 65 579 31 11,06 12 123 Serbia 65 62 238 5 50,43 4 124 Bahrain 61 58 313 44 5,99 10 125 Haiti 61 59 610 67 16,86 14 126 Mongolia 60 60 487 82 9,39 12 127 Cyprus 59 58 596 45 12,09 14 128 Kazakhstan 59 57 354 36 7,13 12 129 Honduras 55 53 537 47 11,19 14 130 Myanmar 55 52 864 24 15,70 17 131 Barbados 55 48 757 32 18,50 16 132 Libyan Arab Jamahiriya 55 54 325 24 8,22 10 133 Qatar 54 49 338 25 8,89 8 134 Syrian Arab Republic 54 51 266 15 7,88 10 135 Malta 53 47 1.099 44 36,90 13 136 Palestinian Territory, Occupied 52 51 276 32 8,24 11 137 Iraq 51 46 307 24 8,70 9 138 Albania 42 38 297 31 9,02 10 139 Congo, The Democratic Republic Of The 41 40 862 56 13,45 16 140 Guinea 37 37 471 18 15,49 13 141 Martinique 34 32 243 16 8,56 10 142 Burundi 33 30 375 31 7,93 11 143 Angola 31 31 254 11 9,71 10 144 Namibia 30 28 177 3 6,78 8 145 Dominican Republic 30 29 291 16 9,93 10 146 Yemen 29 29 265 25 10,07 10 147 Fiji 27 27 156 8 9,04 7 148 Chad 27 25 207 8 10,34 7 149 Guyana 26 25 256 7 10,52 8 150 Bosnia and Herzegovina 24 19 152 15 7,90 5 151 Equatorial Guinea 22 22 199 16 7,45 7 152 Mauritania 20 19 166 11 8,58 9 153 Mauritius 20 18 57 6 3,22 3 154 Sierra Leone 20 19 253 4 12,59 8 155 Eritrea 19 18 176 18 8,91 10 156 Azerbaijan 19 19 63 1 6,43 4 157 Macedonia, The Former Yugoslav Republic Of 18 18 235 12 19,22 7 158 Djibouti 18 17 77 1 5,71 6 159 El Salvador 17 15 91 2 5,22 7 160 Moldova, Republic Of 16 15 121 1 16,73 4 161 Sao Tome and Principe 16 16 82 19 5,85 5 162 Grenada 15 15 175 6 12,14 8 163 Solomon Islands 15 15 92 5 7,91 6 164 Monaco 14 13 102 15 11,26 6 165 Afghanistan 13 13 72 6 6,50 5 166 Suriname 11 11 125 3 14,50 5 167 Vanuatu 11 11 102 12 15,50 4 168 Bermuda 11 10 289 26 25,67 6 169 Brunei Darussalam 11 8 86 2 6,53 3 170 Netherlands Antilles 11 8 198 13 20,21 7 171 Comoros 10 10 30 4 3,07 4 172 Reunion 10 10 16 0 2,50 2 173 Liberia 10 10 90 4 11,07 5 174 Kyrgyzstan 10 10 112 5 12,00 5 175 Swaziland 9 8 41 1 6,44 3 176 Tajikistan 9 9 98 1 15,13 3 177 Greenland 9 9 51 10 7,20 5 178 Mayotte 8 8 19 2 3,50 3 179 Seychelles 8 8 212 6 33,88 6 180 Samoa 7 7 20 2 3,20 3 181 Macao 7 7 13 1 1,75 2 182 Belize 7 7 82 9 14,11 4 183 Guam 6 6 95 2 16,00 3 184 Saint Kitts and Nevis 6 6 24 0 6,00 3 185 Falkland Islands (Malvinas) 5 5 6 2 1,67 1 186 Andorra 5 4 73 7 12,67 2 187 Somalia 4 4 47 0 11,75 4 188 Bahamas 4 4 40 1 13,00 3 189 Cook Islands 3 3 7 0 2,75 2 190 Dominica 3 3 32 1 8,50 2 191 Virgin Islands, U.S. 3 3 29 1 9,67 3 192 Micronesia, Federated States Of 3 3 26 0 8,67 2 193 Antigua and Barbuda 3 3 13 0 3,75 2 194 Lesotho 3 3 12 1 6,00 2 195 American Samoa 3 3 1 0 1,00 1 196 Faroe Islands 2 2 25 0 25,00 1 197 Marshall Islands 2 2 11 0 5,50 1 198 Palau 2 2 6 0 3,00 1 199 San Marino 2 2 12 0 6,00 2 200 Tonga 2 2 8 1 4,00 2 201 Liechtenstein 2 2 13 0 13,00 1 202 Montenegro 2 2 4 0 2,00 1 203 Tuvalu 1 1 1 0 1,00 1 204 Niue 1 1 3 0 3,00 1 205 Timor-Leste 1 1 0 0 0,00 0 206 Turkmenistan 1 1 2 0 2,00 1 207 Kiribati 1 1 5 0 5,00 1 208 Saint Lucia 1 1 6 0 6,00 1 209 Wallis and Futuna 1 1 0 0 0,00 0 210 Maldives 1 1 0 0 0,00 0 211 Gibraltar 1 1 0 0 0,00 0 212 Nauru 1 1 3 0 3,00 1 213 Northern Mariana Islands 1 1 15 0 15,00 1 214 Cayman Islands 1 1 0 0 0,00 0 215 United States Minor Outlying Islands 1 1 16 0 16,00 1 216 Saint Vincent and The Grenadines 1 1 3 0 3,00 1 217 Cape Verde 1 1 0 0 0,00 0

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发酵原理的29篇专稿发稿完毕（附发稿目录和网址）

biozhang 2009-7-18 13:35

张星元：发酵原理的29篇专稿发稿完毕（附发稿目录和网址）《发酵原理》这本书（国家级十五规划教材）2005年由科学出版社出版，《发酵原理》第二版（国家级十一五规划教材）正在撰写中。为了让读者对我们的改革和对这本书、这门课程有所了解，最近我重温了从1998年级开始每一届研究生和本科同学参加发酵原理课程讨论会的PPT和WORD文稿，本从2002年级的本科生和2003级的研究生（他们是第一批以《发酵原理》为课本的学生）参加课堂讨论会的PPT和WORD文稿中，摘编了其中一些同学的发言，并以我的名义推荐发稿，供生物学界、生物工程学界有兴趣的学子选阅。从7月12日至17日，共发稿29篇，其中研究生6篇，本科生23篇。在编时保持研究生的稿子的完整性，考虑到版面本科生的稿子一般限于说明一个问题；特别提请读者注意，本科生的文稿中，也不乏真知灼见。附：关于发酵原理的29篇专稿的目录和发稿的网址研究生评发酵原理 ⑴肯定的意见研究生朱××：好风凭借力，送我上青云（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243167）研究生李××：从系统论角度重新构建发酵工程学问（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243209）研究生邵×：解读微生物生命活动的三个基本假说（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243251）研究生孟××：解读微生物自身的“经济管理原则” （http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243274） ⑵商榷意见研究生孙×：读这门课的过程中所想到的（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243319）研究生赵××：关于“生物机器”和“生物工厂”的讨论（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243345）大学生评发酵原理对发酵原理这本书的看法 1. 李××同学：发酵原理这本书的领航作用（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243672） 2. 邱××同学：这本书的独特风格（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243677） 3. 孙×同学：发酵原理这本书的内容（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243767） 4. 周×同学：知识结构的提升（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243769） 5. 徐××同学：从原来的“不识”到如今的（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243772）对发酵学科和发酵理论的看法 1. 杨×同学：发酵学科和发酵原理课程（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243830） 2. 金×同学：发酵学科是一门与生命打交道的学科（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243833） 3. 杨×同学（另一位）：从来没有听过、见过、想过的理论（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243834） 4. 赵××同学：对发酵理论创新的认识（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243836） 5. 许××同学：对发酵原理理论框架的思考（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243841）对三个基本假说的看法 1. 于×同学：微生物是工业发酵的灵魂（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243988） 2. 石×同学：工业微生物在人心目中的地位的变化（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243992） 3. 任××同学：对微生物生命活动的三个基本假说的理解（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243997） 4. 成×同学：从三个不同的角度来分析同一个问题（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243998） 5. 顾×同学：三个基本假说是相互联系不可分割的整体（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243999）对三个基本假说的解读 1. 杨××同学：发酵学三假说的研究起点（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244074） 2. 侯×同学：发酵学关于动态研究的观点（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244077） 3. 王×同学：工业微生物的代谢通道（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244079） 4. 孙××同学：细胞机器和代谢工程（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244083） 5. 刘××同学：微生物的经济性及信息流的问题（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244087） 6. 卢×同学：细胞是一个经济体（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244090） 7. 张×同学：细胞经济管理原则不能动摇（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244092） 8. 冯×同学：细胞机器的工作模式（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=244093）

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【专稿】细胞机器的工作模式

biozhang 2009-7-17 19:26

【专稿】细胞机器的工作模式前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布冯×同学的《细胞机器的工作模式》，请指正。冯×同学：细胞机器的工作模式很荣幸，能够成为《发酵原理》这本书的第一批学习者中的一员。在拜读完张教授编著的这本书后，我想通过以下几方面来谈一下我学《发酵原理》的粗浅感受。本书分为原理篇和基础篇两部分，由于基础篇是为原理篇的学习提供服务的。因此，我只想重点谈一下对原理篇的学习心得。纵观整个原理篇，可以分为这样几个部分：细胞机器，发酵学的三个假说和发酵学基本理论框架。细胞机器：细胞机器这个概念是相对于生产机器这个概念提出的。我觉得这个概念的提出，使得发酵学中微生物细胞的作用更加形象化。特别是微生物细胞机器工作模式的提出，应该是整个发酵原理的灵魂之所在。微生物细胞机器的工作模式（http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=255894 ）的提出，把工业发酵的研究纳入研究微生物生命活动的轨道。研究工业发酵首先要研究微生物的生命活动，找出其规律，并应用这些规律对工业发酵进行再认识，从而对未来的工业发酵做出科学的预测。

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【专稿】细胞经济管理原则不能动摇

biozhang 2009-7-17 19:19

【专稿】细胞经济管理原则不能动摇前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布张×同学的《细胞经济管理原则不能动摇》，请指正。张×同学：细胞经济管理原则不能动摇学习发酵原理这门课最让我感到惊讶和神奇的是“细胞经济假说”。老师竟然能把微生物的生命活动和经济运作相联系在一起，把经济规律运用到解释微生物代谢的规律上去，真实巧妙的联系。经过千万年物竞天择而幸存下来的微生物，其细胞代谢规律，即细胞经济管理原则是不以人的意志为转移的，这不正和市场经济中的价值规律一样吗？对典型工业发酵的微生物细胞（即发酵工厂的“细胞机器”）而言，天然的细胞经济结构（代谢的三个子系统，取决于细胞的遗传物质与细胞所处的环境）已根据人们的意愿被人为地局部调整或干扰，但细胞经济管理原则（细胞的遗传根据对整体代谢的支持和制约）不变。微生物细胞“整体协调，维持生计”的经济管理原则既束缚细胞机器的生产力，又为细胞机器的生产力提供保障。如果没有这个管理原则，生命活动就难以持续。工业生产过程中细胞机器的经济运行状况可以改变，但细胞的“整体协调，维持生计”的细胞经济管理原则不会改变。细胞生产关系和细胞生产力都可以改变，但细胞经济管理原则（反映微生物生命本质）不能变。细胞经济管理原则，如经济学中的价值规律一样，按细胞经济的价值取向（生命保障）来协调细胞的新陈代谢；发酵生产的价值取向（获取经济实惠）不能动摇细胞经济管理原则。人们根据自己的需要更改或调节微生物的代谢，只能遵循细胞经济原则进行适当的调节，而不能违背原则。对微生物的代谢的硬性操作，意味着微生物的生命的终结，什么产物也得不到了。人与微生物合作并取得“双赢”意味着工业发酵的成功，“双赢”必须建立在细胞经济管理原则（细胞经济规律）之基础上。

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【专稿】细胞是一个经济体

biozhang 2009-7-17 19:13

【专稿】细胞是一个经济体前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布卢×同学的《细胞是一个经济体》，请指正。卢×同学：细胞是一个经济体在张教授的所有观点中我印象最为深刻且十分赞同的是微生物细胞是一个独立的个体，它并不是天生为人们工作的，它在维持自生最低生活需要的前提下才会生产相应的产物，对它而言人类所需要的产物往往不过是它生存的副产物而已，细胞是一个经济体，它总是力求消耗最低，以最低的原料生产最适合自己生长需要的东西，细胞虽小但他的生存却揭示了自然界升值的宇宙中最根本的原理，细胞是经济的，同样世界也应该是经济的，任何破坏规律的行为到最后只会伤害到自己，就像我们现在才意识到环境保护和可持续发展是如何重要一样，这就是张老师的经济假说带给我的启示。

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【专稿】微生物的经济性及信息流的问题

biozhang 2009-7-17 19:05

【专稿】微生物的经济性及信息流的问题前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布刘××同学的《微生物的经济性及信息流的问题》，请指正。刘××同学：微生物的经济性及信息流的问题在我们极其关注的生物信息方面，微生物细胞在处理生物信息流时是智能的、不定向的、趋利的。在一定程度上人可以改变信息流的流向，但细胞经济性是不可能打破的。作为细胞信息的一部分，在本质上，微生物细胞信息流主要是遗传信息流。我们对于信息流的把握是我们与微生物展开的直接对话，这一个过程越便利、越准确，对于我们控制微生物的物质流、能量流就越有利。之所以说生物在处理生物信息流是智能的，因为“ 微生物生物机器（细胞机器）”有它长期进化而获得的辨别“好”与“坏”的能力，趋利是它辨别后的选择。而信息流的不定向性是建立在细胞对外来环境压力和直接的人工改造有改变自身信息流的可能，这也恰是细胞经济性的一种佐证。生物信息在发酵工程的未来是重要的，不光是我们的微生物小兄弟懂得细胞经济性原则，我们一样在不断获得最先进的生物信息的过程中满足我们对于发酵的需求。综上所述，我在学习发酵原理后，特别是听了细胞经济假说的介绍后，我明白微生物的最单纯的价值追求是对自然竞争力的追求，有其经济的本性。

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【专稿】细胞机器和代谢工程

biozhang 2009-7-17 19:00

【专稿】细胞机器和代谢工程前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布孙××同学的《细胞机器和代谢工程》，请指正。孙××同学：细胞机器和代谢工程说微生物是发酵工业的灵魂，正是《发酵原理》不同于其他书的地方。这种对于发酵的理念，是独到而精辟的。对于微生物细胞，可以把它们看作是独特的细胞机器，这也是《发酵原理》一书的独特之处。这里的“机器”，不同于人类设计制造的普通机器。它们必须由代谢能直接驱动。在工厂的生产线上，微生物必须完成微生物细胞机器的“在线制造”（细胞增殖）和“生产运行”（目的产物的合成和输出）的双重任务。微生物将外界的光能或化学能转化为代谢能，并用代谢能支撑其自身的代谢活动，这是代谢能支撑假说的内容。用微生物细胞机器进行的生产也就不同于人类设计制造的普通机器：一方面，微生物细胞拥有独立的代谢调节能力，以及自我修复、适应环境等普通机器尚没有的功能；另一方面，微生物细胞能够繁殖演变，这就使微生物在生产代谢不同的目标产物时呈现出不同的生长、生产曲线和代谢规律。以上两个方面，有时是我们所希望的，例如菌体的增殖和其对外界环境具有的耐受力，有时又是我们所不希望的，例如对产物过量积累的抑制作用和菌种的退化。发酵是生物技术产业化的基础。生物技术要真正造福于人类，必须走产业化的道路，这就意味着仅仅依靠重组DNA技术或其它改造生物系统的技术是不够的。以工业微生物为例,选育或构建一株优良菌株仅仅是刚刚开始。要使优良菌株的潜力充分发挥出来，还必须优化其发酵工艺。而发酵工艺的优化，很大程度上依赖于对微生物各种代谢途径的把握。代谢工程自1991年诞生以来已有10余年历史，其定义已从最初的“采用重组DNA技术，操纵细胞的酶、运输及调节功能，达到提高或改善细胞活性的目的”，发展到目前的“一种理解并利用代谢过程的方法”。具体而言，代谢工程是利用重组DNA技术或其他技术，有目的地改变生物中已有的代谢网络和表达调控网络，以更好地理解细胞的代谢途径，并用于化学转化、能量转移及大分子装配过程。虽然在植物、昆虫和动物细胞中也开始进行代谢工程研究，但微生物由于其代谢途径相对简单、遗传操作比较容易，因而仍是目前代谢工程的主要研究对象。功能基因组学和系统生物学的发展，从整体规模上提供了深刻认识微生物代谢特性的工具，毫无疑问为代谢工程的发展创造了前所未有的机遇。细胞的经济体系植根于细胞的代谢网络。如果说代谢网络为实现目标产物的生产提供了可能性，那么经济体系就是调控产量的开关。遗憾的是这种调控往往不能尽如人意。“天然存在的各种微生物物种的生命活动过程——不论是造福于人类或危害人类的——都是它们按自己的生命活动规律进行生存竞争的新陈代谢过程。微生物的天然进化不可能刻意去照顾人类的利益。” 这样一来，就出现了人与微生物之间的矛盾：人们希望目的产物能够大量积累，而细胞的调控机制不允许代谢产物在胞内大量积累。在了解了微生物代谢网络的基础上，对微生物代谢途径的有效调控，实现目的产物的增产，是一个非常现实的问题。能否实现高产，决定于对代谢调控把握的力度。使代谢流向生产目的产物有利的方向流动，是目前研究的焦点。成功的控制，“是发挥人的主观能动性的体现”。《发酵原理》鸿篇巨制！通过对发酵原理课程的学习，我对整个发酵过程有了一个根本的认识。对微生物发酵生产的本质有了理解，开阔了眼界、深化了认识。个人觉得在不久的将来，对植物细胞的培养和对动物细胞的培养而进行的发酵生产活动也会归纳到其中来，使发酵的范围更加广阔，层次更加丰富。希望在不久的将来，人类能够构建出完全针对发酵的细胞机器和反应容器，从而实现发酵的连续化和全效化，带来生物发酵产业新的飞跃！

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【专稿】工业微生物的代谢通道

biozhang 2009-7-17 18:30

【专稿】工业微生物的代谢通道前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布王X同学的《工业微生物的代谢通道》，请指正。王×同学：工业微生物的代谢通道经过一个学期的发酵原理课的学习，我对发酵学的基本理论框架有了一个较为科学的认识，张老师用生动形象而又富有哲理性的语言为我们展现了一个神奇的微生物世界，带来了一个全新的生物学概念——细胞机器。这些神奇的微生物机器既要遵守自己固有的生长和繁殖规律，同时，它们作为人类发酵工业生产线上最重要的组成部分，又要在自主地选择性地接收人对它们的代谢导向，以创造工业生产的价值，为人类服务。我们必须遵守并灵活应用微生物细胞固有的运行规律，站在科学的高度来看问题，才能在工业发酵领域走得更深、更远。众所周知，微生物的新陈代谢是一个错综复杂而又连续不断的过程，研究其规律似乎无从下手。但代谢网络假说从宏观的角度使我们清醒地认识到：微观上错综复杂的代谢过程在宏观上表现出一定的规律性，并可以把它分成向心，中心，离心三大板块来加以研究，三者依次首尾衔接而贯通成一条条“通道”。学到这里时，我的脑海里产生过这样的联想：微生物的代谢网络就像全国的四通八达的交通运输网络，有铁路、公路、水路、空运之分，就像代谢网络中不同的代谢路径。同时，乘客也会拥有自我选择的权利，会选择最有效最经济的路径与方式，就像微生物中物质的代谢流一样。每天，交通网络通过紧张而有序的运转将乘客以最快的速度送到各自的目的地，但如果你不熟悉交通网络，虽然也能到达目的地，但必定要走不少弯路。微生物的工业发酵过程具有异曲同工之妙，当我们以指定的原料生产特定的发酵产品时，通过对代谢网络的研究，必能找到使原料以最有利于高产的代谢通道。代谢网络假说告诉我们，工业发酵过程是可操作的，可以向人类希望的方向引导。以前，我总以为微生物细胞仅是一个遵循其自身生长繁殖规律的生命体，但学过细胞经济假说后，我认识到，任何一个细胞都是经过千千万万年的物竞天择后形成的经济体系，这里引入了经济的概念，使我茅塞顿开。经济性，即通过宏观和微观的调控，使细胞能以最小的消耗，获得能量和营养物质，并适应环境，增强生存竞争力，其实不光是微生物细胞，世间万物无不构成各种各样的经济体系。人类研究微生物的目的也就是为了以最少的投入获得最大的效益，从而推动生产力的发展，为人类文明的发展做出贡献。在发酵工业中，生物信息的有效应用将取代以利用增加投入来提高收益的陈旧思路。对生物体了解的越多，利用微生物的自由度就越大，所以细胞经济假说在发酵工业中起着举足轻重的作用。谁掌握了最先进的生物信息和细胞经济信息，谁就可能在工业发酵的竞争中占有绝对的优势。

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【专稿】发酵学关于动态研究的观点

biozhang 2009-7-17 18:19

【专稿】发酵学关于动态研究的观点前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布侯×同学的《发酵学关于动态研究的观点》，请指正。侯×同学：发酵学关于动态研究的观点发酵学探讨微生物的代谢规律，引入热力学、经济学中的系统性的观点，把微生物作为一个具有严密结构的代谢系统而不是孤立的代谢途径来研究。它研究工业微生物在生长、繁殖与发酵过程中的正常代谢与异常代谢规律，探索提高现有的工业发酵产品的发酵法生产能力，以及开发工业发酵新产品和新原料的理论根据及应用原理。发酵学应用系统化的理论工具为实际应用中代谢控制分析提供理论支持。代谢网络假说的提出为我们提供了一个重要的思想，即代谢活动是生命活动调节的重要环节，代谢活动一方面为生命活动提供物质基础，另一方面是生物体实现与外界环境沟通的桥梁，代谢网络说明了外界环境与生物进化与发展的内在关系，是对中心法则的诠释和补充。细胞经济假说提出了综合性的研究方法：在微生物细胞的代谢活动中同存在着以较少的营养物质，获得较大的生长效益的经济效果问题；在这个意义上，代谢活动也是一种经济活动。把代谢活动作为经济活动来研究拓宽了我们的研究视野和研究思路。系统生物学需要发酵学的动态的观点：在过去的半个多世纪里，生物学的研究主要是利用还原论的方法来探求生命系统的本质，系统生物学不可避免的基于传统的“还原主义生物学(reductionismbiology)”特别是单个基因和蛋白质的结构和功能来构建整个生物系统的关系图，以此了解它们是怎样组装成一个系统,以及该系统的特性和动态变化。发酵学所具有的明显的优势在于由于生产的需要，发酵学始终关注微生物与其生活环境的动态联系，从总体上把握微生物代谢体系的基础性和复杂性，把微生物生命过程放在细胞生活的过程中来研究，而不是站在离体的生物化学的角度来收集信息，再人为进行信息整合。发酵学所提出的动态的观点可以是对传统生物学研究方法的补充，应该认识到在生命活动中代谢活动是和环境直接接触并产生作用的，代谢活动是和环境高度相关的；而代谢活动，为了适应环境的复杂和多变，又是高度动态的。因此，仅仅把生命活动的分析建立在遗传信息和生物大分子的分析上是不全面的。发酵有着数千年的发展历程，积累了大量关于微生物生命活动和培养环境的实践经验，这些经验都是对微生物遗传信息表达和生命活动调控的总体表现。发酵学丰富的实践经验和发酵理论可以为代谢组学、转录组学的理论研究提供事实依据和开拓研究方向。在发酵学研究中引入计算生物学的方法：历史上许多学科诸如经济学、化学都经历了从定性分析到定量计算的过程，生物信息分析与计算是系统生物学的重要研究方法，发酵学可以借鉴这些成熟的研究方法，充分利用基因组学、蛋白质组学的研究成果，结合生化工程中代谢流量分析的大量实验成果，选取工业发酵中具有典型意义的微生物，建立包含代谢活动变化和遗传信息流动的完整的数学模型，可以更加精确的阐明微生物的代谢过程，更好的指导工业生产。

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【专稿】发酵学三假说的研究起点

biozhang 2009-7-17 18:13

【专稿】发酵学三假说的研究起点前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布杨××同学的《发酵学三假说的研究起点》，请指正。杨××同学：发酵学三假说的研究起点我有幸听了由张教授主编并主讲的《发酵原理》这门课程，获益匪浅。《发酵原理》是一门交叉性、综合性很强的课程，它虽然是我们生物工程专业的基本理论课程，但如果前面的“地基”（如生物化学、微生物学、分子生物学等等甚至经济学、哲学）打得不深不好，那是很难掌握的。对工业发酵的研究就要从典型的工业发酵开始。典型的工业发酵要符合以下三个要求：1、生产菌种属于化能异养型微生物；2、目标产物属于初级代谢产物（或能量代谢副产物）；3、单一的目标产物在细胞内生成后分泌到细胞外。之所以从典型工业发酵开始研究，是因为化能异养型微生物的代谢与高等生物细胞的代谢有较多的相似之处，特别是从碳元素的代谢入手已有研究基础；从排出细胞的单一的初级代谢产物的生产入手，不但可以简化代谢网络的层次性，而且有利于建立从主要碳源到目标产物的计量关系。

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【专稿】三个基本假说是相互联系不可分割的整体

biozhang 2009-7-17 12:07

【专稿】三个基本假说是相互联系不可分割的整体前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布顾×同学的《三个基本假说是相互联系不可分割的整体》，请指正。顾×同学：三个基本假说是相互联系不可分割的整体《发酵原理》对微生物的生命活动提出了三大假说，代谢能支撑假说，代谢网络假说，细胞经济假说，在此基础上，为工业发酵建立完整的认识体系。微生物生命活动的三个基本假说（发酵学三假说），是以前不曾有的。《发酵原理》帮助我们对以前所学到的相对零散的生物学和工程学知识进行梳理，并用经过梳理的知识来建立对发酵科学的理解，从而激发创造精神和实践、求知的欲望。 ①代谢能支撑假说科学地阐述了微生物生命活动存在的前提与基础微生物细胞是一个相对独立的系统。因此可以说，没有微生物自身的能量的转化，没有微生物细胞从外界有效摄取能量，微生物就不可能存活，更不可能繁衍与进化。微生物的生存与发展必须依靠代谢能的支撑，而代谢能之所以能够源源不断地用来支撑生命活动，正是因为微生物细胞本身具有能量转换机构。微生物细胞是完全暴露于环境之中的，其本身的生存与繁衍，就必须依靠环境。环境中的各类物质与各种能源为微生物生存提供了方便。而内因决定着客观事物的发展，微生物这种客观存在要依靠其自身有效而完美的新陈代谢来解决自身发展的能源问题。所以说不符合发酵学第一假说的微生物是会被环境淘汰掉的。而上述的这种代谢正是人们所要研究与掌握的，因为只有当人们了解了它，才能更好的发挥人的主观能动性。环境可以人为的改变，而微生物自身的代谢机制是不随人们的主观意愿改变的，我们必须了解微生物细胞代谢机制为其创造有利的环境条件，引导其的代谢向一定的方向进行，引导它们为人类服务。 ②代谢网络假说体现了微生物生命活动的内容与形式代谢网络是微生物细胞的自主调节的无尺度网络，它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。微生物经过千千万万年的进化发展，从起初只能进行几步简单的化学反应进化到如今复杂而有条理的代谢网络，确实付出了沉重的代价。这千万年来代谢网络的不断调整与更新，不断的适应新的环境，造就了今天的“刚柔相济”的代谢网络。微生物如果没有这种适应环境的代谢网络，就无法得以生存发展。微生物细胞代谢网络是一个整体，其中每一步都是不可独立存在的，并且每一步对于这个整体来讲都不是多余的。微生物细胞依靠这种代谢网络从环境中有效而高效率地摄取物质与能量，经济地支撑微生物的所有生命活动。 ③细胞经济假说揭示了微生物生命活动的生存法则这是微生物细胞科学地存在的一个法则，是“微生物节约型社会”的一个法则。微生物细胞裸露于环境之中，在长期自然选择过程中生存下来的微生物，便成为了如今天然的“经济型微生物”。微生物细胞是个远离平衡状态的不平衡的开放系统，这种必须从环境中汲取能量来维持自身的低熵状态的“机器”是在物竞天择的基础上形成的细胞经济系统。这种经济系统为微生物细胞的适应性，经济性和代谢的持续性提供了保障。比如说微生物细胞对酶的诱导便是体现了细胞生命活动的适应性与经济性。细胞可以根据环境提供的生长底物来诱导合成相应的酶，从而达到分解生长底物、吸收营养、新陈代谢、生长繁殖等一系列生命活动，从而加强了微生物细胞对环境的适应性。而这种依靠环境中生长底物才产生相应酶的机制避免了细胞生命活动中对核苷酸，氨基酸及代谢能的浪费。也就是说这种酶的诱导机制节约使用了营养物质与代谢能，能有效地引导营养物质与代谢能流向其所需的途径而不造成浪费。发酵学的三个基本假说是相互联系不可分割的整体，它们相互支持相互协调，共同支撑着微生物细胞的所有生命活动。细胞的生命活动需要代谢能的驱动，而代谢能的产生与消耗必须依靠代谢网络的来实现。代谢网络的运行又需要代谢能来提供能量。代谢物在代谢网络中经济而有条理地流动，任何不经济不合理的代谢将进一步在进化中淘汰掉。而这种进化既需要物质与能量代谢的驱动，又需要细胞经济性规律的指导来共同完成，从而造就更完美的代谢网络，实现更经济的物质代谢和能量代谢。

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【专稿】从三个不同的角度来分析同一个问题

biozhang 2009-7-17 12:00

【专稿】从三个不同的角度来分析同一个问题前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布成×同学的《从三个不同的角度来分析同一个问题》，请指正。成×同学：从三个不同的角度来分析同一个问题微生物活细胞是一个远离平衡状态的不平衡的开放系统，是一种耗散结构。微生物细胞的生命活动必须由代谢能来支撑（持续地供应代谢能），工业发酵必须由活的微生物细胞来支撑，微生物细胞内大量的生物化学反应和细胞代谢过程也只能接受代谢能。但是，客观上微生物细胞直接面向环境而独立存在的处境，以及微生物细胞自主应对环境变化的生存方式，要求微生物细胞必须自备与其能源相对应的能量形式转换机构，并具备把能源提供的能量形式持续不断地转化成代谢能的能力，最终实现代谢能对微生物细胞生命活动的支撑。在代谢能支撑假说的阐述过程中，我们又学习并巩固了一些知识点。如微生物细胞内外的物质交换：化学物质的跨膜过程主要根据营养物质进入细胞是否需要细胞提供帮助分为输送和扩散，而又根据是否需要载体蛋白将扩散分为促进扩散和简单扩散。简单主动输送需细胞提供载体和代谢能，是一种细胞采取主动的输送；而基团转移是需提供载体、代谢能和酶的主动输送机制。化能异养型微生物的生物氧化过程及方式与其代谢中的能量形式的转换都是以前我们在生物化学及细胞生物学中接触过的知识点，而现在通过老师的再次讲解，从发酵学的观点理解这些知识点，感觉更加心领神会。微生物细胞是个远离平衡状态的、不平衡的开放体系。代谢网络是一个由代谢能直接支撑的整体，既是相对稳定的，又是可以自主调节的。代谢网络变化的根据在于细胞的遗传物质，变化的原因在于生存的条件。微生物细胞的遗传物质是代谢网络的生物信息源，微生物细胞的生理状况是代谢网络运行在细胞层面的表现。微生物细胞的物质代谢和能量代谢依靠代谢网络来实现。细胞生命活动过程中，化合物在代谢网络中流动，形成代谢流。代谢网络横跨细胞内外，没有绝对的起点，也没有绝对的终点。在工业发酵生产中，微生物细胞作为生产线上的细胞机器，其代谢流有起点和终点，起点应该是原料，终点应该是目的产物。代谢网络假说为工业发酵菌种选育及生产工艺的控制系统地提供了可供选择的、可操作的可能性，画出了工业发酵新产品新原料开发的生物学蓝图。细胞经济假说阐述了微生物细胞为了生存和竞争而进行自身调整的保障机制。微生物是自然界长期进化的产物，它之所以能生存至今，自然有它独特的优越性。在我们对微生物改造之前，它们自身已经形成了一套完整的细胞经济体系。细胞经济假说是建立在代谢能支撑假说和代谢网络假说基础上，又是为代谢能支撑假说和代谢网络假说服务的。细胞经济假说为代谢能的开支、代谢网络中各种代谢物库的大小及代谢流中碳架物质的流量大小和分支处的流量分配提供了解释依据。

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【专稿】对微生物生命活动的三个基本假说的理解

biozhang 2009-7-17 11:52

【专稿】对微生物生命活动的三个基本假说的理解前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布任××同学的《对微生物生命活动的三个基本假说的理解》，请指正。任××同学：对微生物生命活动的三个基本假说的理解 1.能量的代谢及其调节贯穿三个基本假说能量的代谢及其调节作为生命活动一项基本特征，贯穿于三个基本假说之中，可以把它看作贯穿三个基本假说的一条主线。发酵学第一假说，即代谢能支撑假说指出代谢能是微生物细胞支撑其自身生命活动所必须的。细胞依靠其自备的能量转换机构，把化学能或光能持续地转化成代谢能。体内生物化学反应体系只能接受代谢能的推动，因此所有的生物体内都存在把其他形式的能量转化成代谢能的过程。代谢能最常见的供体有ATP（“能量货币”）和Δp（“能库”）等。微生物细胞直接面向环境，在微生物的世界中存在着激烈的竞争，只有那些能尽快适应自己生存环境的改变的种群才有可能获胜。依据代谢能支撑假说做出的简单解释就是，只有那些满足自身代谢能供应的群体才能继续生存。当外界环境改变时，那些代谢途径单一无法满足代谢能供应的微生物被淘汰，因此在不断的进化过程中，未被淘汰的微生物包容了多种的代谢途径。这些代谢途径交叉覆盖错综复杂，既包括分解代谢途径，又包括合成代谢途径，在不同的中间代谢物汇合或者形成分支，继而形成更为复杂的途径网络，最后由多种途径在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调，形成横跨微生物活细胞内外的代谢网络（代谢途径网络和信息网络）。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络，它作为一个整体来承担微生物细胞的能量代谢和物质代谢。以上这些即是代谢网络假说提出的基础。经典经济学告诉我们，任何经济实体都是追求效益和利益的最大化的。同样，把微生物生存环境看作其自身的资源，而把微生物细胞作为一个经济系统，在残酷的生存竞争中，它不可能也没有必要任意选择代谢网络中的途径，而是借助于各种内在的和外加的调节来选择最有效的途径。既要以最有效的方式获得代谢能，又要采取必要的方式调节细胞内代谢中间物的浓度。这里不得不提的就是代谢能的主要供体之一ATP，在细胞经济假说中我们称之为能量货币。按细胞经济管理原则推测细胞经济运行：微生物必然依托代谢能经济系数最大的途径来实现代谢能的供应。（注：细胞经济管理原则是指“整体协调，维持生计”；代谢经济系数被定义为细胞增长的速率与ATP的消耗速率之比。）综上所述，微生物细胞的能量代谢需要借助代谢网络实现，代谢网络运行需要代谢能支撑，能量代谢又受细胞经济管理原则制约的细胞自主选择的网络途径来实现。因此，我们可以知道能量的代谢和调节贯穿于三个基本假说之中。 2．三个基本假说在工业发酵中的应用前景三个基本假说的提出阐明了微生物生命活动的自然规律，为我们更好的利用微生物进行工业发酵提供了理论基础。依据细胞经济学假说，微生物必须在竞争中满足自己对代谢能的需求，否则不会积累特定的代谢（中间）产物。然而工业发酵要求微生物能够在发酵液中积累某些特定的产物，这就需要我们依据发酵学的三个基本假说筛选出特定的菌种，并设计出合适的发酵工艺条件，使其既符合我们的经济利益，又不违背细胞经济学假说。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络，它为我们提供了成功的可能性。单纯依据某一个假说是无法筛选到满意的菌种并设计出能满足生产要求的工艺条件的，只有综合考虑三个假说，才能更准确快捷的完成整个工作。在代谢能支撑可行为底线（可以生长者才可能为我们生产），确定发酵工业的目的产物以后，根据代谢网络和细胞经济假说制定菌种选育方案，选育生产菌种，设计培养基、温度、pH等培养条件。这样，在发酵工业设计时我们就能有路可循了。

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【专稿】工业微生物在人心目中的地位的变化

热度 1 biozhang 2009-7-17 11:44

【专稿】工业微生物在人心目中的地位的变化前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》陆续发稿。现在发布石×同学的《工业微生物在人心目中的地位的变化》，请指正。石×同学：工业微生物在人心目中的地位的变化通过张老师系统具体的讲授，我对微生物各方面知识的了解更加的深刻了。以前在潜意识里总认为微生物是人类生产所需品的工具，而现在我觉得微生物是人类的朋友，和我们是平等的。微生物的本性不会因人类的要求而改变，它为人类生产一些东西其实是为它自身生存创造条件。张老师通过对微生物生命活动的认真研究，提出了发酵原理中的三个假说：代谢能支撑假说、代谢网络假说和细胞经济假说。经上课的听讲及课后阅读发酵原理书，我对这三个假说持赞同观点。我十分的佩服张老师能提出如此精妙的理论。如老师所说：第一假说揭示了微生物生命活动的前提，第二假说体现微生物生命活动的内容，第三假说揭示微生物生命活动的法则。这三个假说从三个不同的角度来分析了微生物生命活动的问题。我认为这三个假说在发酵原理（发酵学）中的地位毫不亚于牛顿提出的三大定律在经典力学中的地位。它们是发酵原理（发酵学）的基石，一切皆由此出发！最后真心希望发酵原理能够普及并发扬光大——这是我们每个学发酵工程的学子心中所期盼的！

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【专稿】微生物是工业发酵的灵魂

biozhang 2009-7-17 11:38

【专稿】微生物是工业发酵的灵魂前文《春江水暖谁先知学生最有发言权》（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243107）已于7月12日发布了关于在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息，随后，以在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录开始发稿。现在研究生的发言稿的发稿暂告一段落（6篇），开始发本科生的发言稿（23篇），为方便读者系统地选读，特对原已公布的目录次序按内容作了调整，今天开始按《关于调整学生发酵原理讨论会发言稿发稿次序的公告》（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=243594）陆续发稿。现在发布于同学的《微生物是工业发酵的灵魂》，请指正。于同学：微生物是工业发酵的灵魂《发酵原理》这门课把专业基础课与专业课联系起来，在一个新的高度，把从前学到的相对零散的知识优化组合。贯穿全书的是一种科学思维。书中关于细胞机器概念、发酵学三个基本假说提出是对发酵工程的生物学本质的认识：微生物是工业发酵的灵魂。书中说到，一个好的假说必须是符合逻辑的，能对当今可以搜索到的所有有关信息做出解释的。代谢能支撑假说即是如此。涉及微生物细胞的生长和繁殖的每一个动作，包括细胞内的有机物降解的启动，生物合成的启动和持续，主动运输，pH自动动态平衡等都需要代谢能支持，维持细胞的生命也需要代谢能的支撑。而微生物细胞的物质代谢和能量代谢是依靠代谢网络来实现的。化合物在代谢网络中流动，形成代谢流。工业发酵中，原料代谢流在细胞机器中经过一系列途径转化成为目的产物。在这个基础上，发酵学的第二假说提出了，代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合，在辅因子水平上协调，形成横跨微生物活细胞内外的代谢网络。这个代谢网络不是生化途径和跨膜输送过程简单连接，而是要将生物化学概念纳入细胞代谢的总体框架。书里研究的主要是有机物（碳元素）在酶和蛋白质层面上的代谢网络。研究发现，对于兼性厌氧微生物来说，不但需氧与缺氧时代谢网络有明显差异，而且在不同的培养条件下生存时，其代谢网络也是有差异的。例如：有氧生长的代谢是在以TCA环为骨架的中心板块的基础上构建，缺氧生长时，则是在以TCA在OAA处的分叉途径为骨架的中心板块的基础上构建的。其实，微生物生命活动可分为4个层次：DNA层次，蛋白质层次，物流层次，微生物细胞层次，它们之间需要逐级激活。代谢网络是无尺度的，微生物细胞机器的工作模式把细胞机器运行阶段的载流路径描写成由向心途径，中心途径和离心途径三者依次首尾衔接而贯通的一条通道。作为代谢网络假说，基于工业发酵是可以操作的，它可以预测开拓新产品和新原料的可行性。结构决定功能。水平上实现的，其台阶的方向是尽可能高效利用营养，实现最大生长。真核生物细胞内原核生物没有核，因此DNA接受来自细胞质的调节信号，从而蛋白质合成的开关控制是在转录被膜分隔成不同空间，为合成代谢和分解代谢分开进行和分开调节提供可能性。大肠杆菌乳糖操纵子是控制乳糖降解途径的酶系的操纵子。转录开始的负控制和正控制分别能够促进转录决定合成的酶的水平和阻止转录防止葡萄糖与乳糖并存时的浪费。另外，微生物代谢途径中的抑制和激活的调节模式，途径的诱导和阻遏的调节模式，这些微生物自身非常聪明的自动调节，令它们更好地适应生存。这是不以人的主观意志为转移的，正如第三假说细胞经济假说所言，微生物细胞是在物竞天择中形成的经济体系，是微生物细胞生存的保障体系，为细胞的适应性，经济性和代谢持续性提供保障。这样看来，微生物细胞与独立经营自负盈亏的企业有相同的特点，非常生动。3个假说分别从能量，物质和信息等3个角度支撑发酵工业细胞机器正常运转。3个假说也逐渐深入地揭示了微生物在发酵工业中好好工作的道理。既然微生物活细胞是发酵生产线上不可或缺的微生物生物机器，是储存了生物信息的自主的细胞机器，我们就要增加和微生物细胞的对话，发挥主观能动性，遵循并利用固有的运行规律（自然规律），处理好发酵中人与微生物的对立统一关系，促成合作，获得效益。

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【专稿】读这门课的过程中所想到的

biozhang 2009-7-13 15:50

【专稿】读这门课的过程中所想到的前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了将在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息。我准备在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录陆续发稿，先发研究生的，后发本科生的。前面已经推荐发表了4篇意见一致的文章，现在发布一篇包含批评意见的文章。这次发布的是研究生孙×的《读这门课的过程中所想到的》，请指正。研究生孙×：读这门课的过程中所想到的张老师在《生物工程专家点题》（http://159.226.26.14/m/user_content.aspx?id=20680）一文的起题这样说：“传说中的南海观世音菩萨是人们理想中的大慈大悲救苦救难神秘力量的化身。我们仰慕这种神力，但我们不相信上帝。要创造人类的幸福，全靠我们自己。” 我喜欢这句话的后三分之一，说的很好，“要创造人类的幸福，全靠我们自己”。但我不喜欢中间的三分之一：“我们仰慕这种神力，但我们不相信上帝”。因为这里面的“我们”没有包括我，我仰慕这种神力，但我也相信上帝。上帝是什么？记得在‰偶然的一份基督宣传页上这样写道：“上帝不是一个人，不是一个神，也不是一群神的集合；上帝是道，是存在于自然界中无所不在的规律。”就是这句话让我相信有上帝的存在，自然界中上帝无处不存在，也就是自然规律无处不在，只有坚信规律无处不在的人才能有坚定的科学信念，才能找出隐藏在事物背后的规律；马克思主义思想的精髓是事实求是，马克思主义的科学研究观要求我们在科学研究中要事实求是。就目前的科学而言一是自然规律的应用，一是自然规律的发现，从对自然规律的信仰这个意义上说对上帝的信仰和对马克思主义的信仰是一致的，在这里我并不是想讨论到底是有神的存在还是没有神的存在，我只是想告诉所有的科学工作者，在科学研究、交流和讨论的过程中千万不要让个人宗教信仰阻碍了我们前进的道路。上面的一段话与发酵原理课程似乎并没有什么关系，但它的的确确是我在读这门课的过程所想到的；写在上面，希望张老师能够原谅。似发酵原理的课我以前也学过一些的，但张老师的课给我的是另外的一种感觉，启发我思考了许多以前所没有思考过的问题。以下是我的一些感想，都是一些片段，写下来虽然不能成为一篇系统的论文，但我觉的还是有必要和张老师交流一下的。一，在张老师发酵原理这本书中出现了太多明显的个人信仰的观点人类对微生物发酵的应用虽然已有几千年的历史，但现代发酵工程的发展如果从生产青霉素算起也就不到百年的历史，如果从真正的大规模生产甘油算起那就更短了。现在发酵生产的研究已走到了它的成熟阶段，但它与其它学科相比有许多不同之处，其它学科在发展之初就有了自己的原理，而发酵工程，一直发展还没有自己的原理，它所依靠的是微生物，生物化学，化工原理等学科的基础理论；在发酵生产研究走到自己的壮年的今天迫切需要自己的原理也成长起来，就在这个时候，张老师的发酵原理出现了，这是世界学术界的首创。要让这一原理走出去，我们不仅要摒弃宗教信仰的屏障，还要摒弃社会形态的屏障，这仅仅是一个学术问题，我们没有必要让它夭折在意识形态的屏障中。我想张老师书中出现过多的明显的马克思主义个人信仰的观点势必会影响其出现在有不同宗教信仰的科学工作者的书架。二，代谢能支撑假说是否改为代谢能支撑理论更合适自然界是一个完美的统一体，任何个体（有生命和无生命）都不能脱离其周围的环境面独立存在，这是自然界的公理。生命系统是一个开放的系统，永远不会达到平衡，它们通过将高焓低熵的基质转化成低焓高熵的代谢产物，不断地获得自由能。这早已被生命科学研究所证实，而且也符合自然界的运转规律。三，代谢网络假说是否改为代谢网络理论更合适代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合，在辅因子水平上协调，形成横跨生物活细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络，它作为一个整体来承担生物细胞的物质代谢和能量代谢。这一思想是在生物化学研究中首先发现ED途径后的许多代谢途径相继被发现的过程中逐渐形成的，生命细胞中的物质分子及它们之间的相互关联已被近代生物化学研究所证实，因此我们没有必要再称它为假说，而且在微生物学，生物化学中也都没有代谢网络假说这种说法，所以在以细胞整体为研究对象的发酵原理中我觉的还是把它称为代谢网络理论更合适。况且，称为假说似有对前辈功劳不敬之嫌，又有吞没前辈功劳之嫌，这对建立公平公正的学术风气是很不利的。四，关于经典热力学记得张老师在发酵原理课上讲热力学理论在生物体系中存在限制，我要课下查看了热力学相关书籍；我认为经典热力学与生物体系并不矛盾，经典热力学也能应用于生物体系的研究。当然，就像牛顿的经典力学存在限制一样，这样的限制经典热力学也同样存在；经典热力学理论是建立在孤立体系基础之上的，它的研究对像是一个封闭的体系，而且在理论建立之初的气体模型是假设体系内部各要素之间是没有相互作用的，这是一种理想模型，在得出结论之后，科学家把对它的应用扩大到了要素之间存在相互作用的体系之中，并且发现它也是适用的，就像它能应用于生物体系并也得一定的结论。但是经典热力学并不能解决生物体系的所有问题，这还取决于另外一个因素，即生物体系是一个耗散体系。经典热力学应用于生物体系能得出一定的有用信息说明经典热力学与生物体系并不矛盾。因此我们并不能说是经典热力学存在缺陷。张老师的发酵原理课给了我许多思想启发，感谢张老师在繁忙的学术研究中为我们带来精彩的课堂。

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【专稿】解读微生物生命活动的三个基本假说

biozhang 2009-7-13 07:15

【专稿】解读微生物生命活动的三个基本假说前文《春江水暖谁先知——学生最有发言权》已于7月12日发布了将在科学网悟空书斋（张星元的博客）陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息。我准备在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录陆续发稿，先发研究生的，后发本科生的。今天发布的是研究生邵×的《解读微生物生命活动的三个基本假说》，请指正。研究生邵×：解读微生物生命活动的三个基本假说学了发酵原理这门课，学到了许多新的理论，也从新的高度审视了部分以前的知识，也修正了以前的错误观点，受益匪浅。工业发酵过程靠如下三种流动来维系：即伴随能量形式的转换而发生的电子流动、伴随异化和同化作用而发生的物质流动，以及伴随不同水平上的代谢调节而发生的信息流动。在以上认识的基础上，我们以化能异养型微生物为研究起点，提出了微生物细胞生命活动的三个基本假说。微生物生命活动的三个基本假说（发酵学的三个基本假说）：①代谢能支撑假说：微生物细胞生命活动的驱动原理（微生物能学），②代谢网络假说：代谢网络与代谢物流图（微生物第二解剖学），③细胞经济假说：细胞经济运行与生存保障原理（细胞经济学）。代谢能支撑假说挑明了微生物生命活动的前提，即微生物细胞代谢能的持续供应问题；代谢网络假说梳理了微生物生命活动的内容，具体化了微生物细胞的能量、物质的转化关系；细胞经济假说揭示微生物生命活动的经济管理原则，这些原则是人和微生物合作成功的基础。现代发酵工程依靠微生物来完成发酵工厂生产线上的必不可少的加工（或转化）步骤，在这个意义上，微生物细胞就是工业发酵生产线上特殊机器——细胞机器。细胞机器与普通意义上的机器不同，细胞机器必须由代谢能直接驱动。在发酵工厂的生产线上，微生物细胞机器必须完成“在线制造”和“生产运行”的双重任务。所以在生产中要兼顾细胞机器即微生物活细胞的生长、繁殖和生产。其中，自主代谢和代谢能支撑是活细胞最基本的性能。没有生命就没有代谢能，没有代谢能的支撑就没有生命。生存和生长均需要代谢能的支撑。这就引出了发酵学第一假说。代谢能支撑假说：能直接推动生命活动（做细胞功）的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量转换机构，把化学能或光能持续地转化成代谢能，并直接用来支撑其自身的生命活动。代谢能是对应于生命运动的能量形式，是生物体直接用来建设自身或维持生命活动的能量形式。代谢能以高能磷酸键或电场的方式储存在代谢能的载体中，腺苷酸和可以被能量化的生物膜是最常见的代谢能载体，ATP（能量货币）和Δp（质子运动势，能库）是代谢能最常见的供体。为什么自主生活和独立生存的微生物细胞的生命活动必须由代谢能支撑？因为从微生物细胞过程的热力学角度分析，微生物细胞是一个耗散结构，这种结构只能在远离热力学平衡状态的开放系统生成，并且需要不断输入能量来维持。 1969年比利时普利高津（Prigogine）提出耗散结构理论，所谓耗散结构（dissipativestructure）是指一个远离平衡状态的开放体系，它可以是力学的、物理的、化学的、生物的系统，也可以是社会的经济系统。耗散结构与外界不断地进行物质和能量交换，当外界条件的变化达到一定的阈值时，可以从原有的无序或低序的混乱状态，转变为一种在时间、空间上或功能上的有序状态。对于微生物细胞而言，微生物活细胞总是不断地从环境取得营养（化学能源），在细胞内进行生物转化（补充“秩序”），同时把细胞内部不可逆过程产生的“混乱”的一部分以废物和热量的形式排放到环境中去（排除“混乱”）。而微生物细胞从环境中吸取营养，经过自身代谢，排出代谢废物的过程也都离不开能量，以维持细胞的低熵（高度有序）状态。而其环境由于接受了来自微生物细胞这个系统的“混乱”，其混乱程度增加了，如果把我们研究的系统与它所处的环境加在一起，看作一个隔离系统，这个重新划定的隔离系统服从经典热力学的熵增定律。在这个重新划定的隔离系统中，系统有序程度的增加，必须由它的环境混乱程度的更多的增加来弥补。第一假说阐述了代谢能支撑生命活动，那么微生物细胞内的物质代谢和能量代谢是怎样实现的？这就引出了发酵学第二假说。代谢网络假说：代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调，形成横跨微生物活细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络，它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。代谢网络横跨细胞内外，没有绝对的起点，也没有绝对的终点。代谢网络是分解代谢途径、合成代谢途径和化合物跨膜输送系统的有序组合。代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调。具体来讲：在活细胞的中，酶参与生化途径的组成；参与代谢的化合物（这是指在蛋白质层次上，代谢途径中的各种代谢物分子，也就是代谢网络的各个节点），往往既是一个或多个酶的底物，又是一个或多个酶的产物。不同的生化途径靠了这样的代谢物而互相联系起来，这是在代谢物分子水平上整合。不同途径之间的另一水平上的协调是通过辅因子来实现的，如“能量货币”ATP、还原力NADH和NADPH等，它们对许多反应来说必不可少。这些辅因子在供能反应和生物合成反应中的耦合作用；它们连续不断的生成和使用，又在单个反应之间建立关系。对于NAD+、NADP+来说，也就是辅酶的再生，它们再生的过程也就在反应之间建立了关系，如：在EMP途径中的GA-3-P脱氢，将氢传递给NAD+，生成NADH+H+，NADH+H+又可将氢传递给乙醛生成乙醇，这样，辅因子在这两个单个反应之间建立了联系。代谢网络是无尺度网络。很多复杂系统的网络拥有共同的重要特性：大部分节点只有少数几个连结，而某些节点却拥有与其他节点的大量连结，这些具有大量连结的节点称为“集散节点”，它们所拥有的连结可能高达数百、数千甚至数百万。由此看来，这一特性似乎能说明网络是无尺度的。无尺度网络具有某些重要特性。例如它们都可以承受意外的故障，但面对协同式攻击却很脆弱。对蛋白质层次的代谢网络来说，一个代谢物分子就是一个节点，而节点之间的连结则是生化反应。大部分的分子只参加一种或两种反应，但少数分子参与许多反应，它们实际上是代谢流的集散中心（如，中心代谢途径的12种前体代谢物）或通用代谢物（如，能量货币ATP和还原力NADH和NADPH）。为了分析问题的方便，将化能异养型微生物的初级代谢的代谢网络，认为地分成“向心板块”、“中心板块”和“离心板块”等三大板块来研究。向心板块和中心板块两个板块对应于供能反应，离心板块对应于生物合成反应。细胞生命活动过程中，有机化合物（碳架物质）在代谢网络中流动，形成代谢流。在工业发酵生产中，微生物细胞的主要代谢流有起点和终点，其起点应该是原料，其终点应该是目的产物。那么微生物细胞是否就可以按照人的意志无限制地为我们生产产品了呢？答案是否定的。这就引出了发酵学第三假说。发酵学第三假说：微生物细胞是远离平衡状态的不平衡的开放体系，是在物竞天择的基础上形成的细胞经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系，它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障。在正常情况下，微生物细胞不会消耗能量或营养去合成那些可以从环境中得到的化合物，也不过量合成中间代谢物们。微生物细胞自主的代谢协调能保证：在任何特定时刻、特定的细胞空间，只合成必要的酶系和刚够用的酶量。这由许多调节机制来控制，这些机制可以归结为在反馈信息触发下发生的抑制、激活、阻遏、诱导等基本调节机制。所以，人只有与微生物友好合作，在微生物可以承受的基础上，利用改造它们，促使它们为人类服务。工业发酵就是要从中找到微生物的生存与人类意志之间的平衡和兼容。

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中国微生物学会第十二届微生物学教学和科研及成果产业化研讨会明日召开

liudongyang 2009-7-12 21:48

明日，中国微生物学会第十二届微生物学教学和科研及成果产业化研讨会在华中农业大学国际交流中心召开。今日，代表已经报到。 1.会议主题：由中国微生物学会农业微生物学专业委员会、基础微生物学专业委员会、普及与教育工作委员会主办，华中农业大学农业微生物学国家重点实验室和湖北省暨武汉市微生物学会承办的第十二届微生物学教学和科研及成果产业化研讨会，定于 2009年7月12-15日在湖北省武汉市华中农业大学举行。会议热忱欢迎全国从事微生物学研究、开发和管理的专家和学者到华中农业大学做客，会议将为与会代表提供一次进行学术交流和展示各自研究成果的极好机会，突出重点学科、科研基地、精品课程和精品教材的交流和研讨。（1）微生物学教学研究和改革以及和研究生培养。（2）微生物学学科建设以及微生物学科研基地建设经验交流。国家和省部级重点学科负责人以及微生物学相关的国家和省部级重点实验室负责人等介绍和交流建设的经验、进展和展望。（3）微生物学课程建设和教材建设。微生物学国家和省部级精品课程和精品教材负责人等介绍建设经验。（4）微生物学科学研究进展。涉及基础、工、农、医、兽医微生物学，以及微生物基因组和功能组等多方面研究进展。（5）微生物技术成果产业化。 2. 部分报告人名单：邓子新 (上海交通大学，院士) 陈焕春（华中农业大学，院士）王玉炯（宁夏大学，微生物学国家教学名师）国家精品课程负责人(武汉大学陈向东、华中农业大学赵斌、南开大学李明春、浙江工业大学裘娟萍) 国家重点学科负责人(山东大学曲音波、武汉大学吴建国、南开大学王磊、中国农业大学李颖、云南大学张克勤、广西大学陈保善、华中农业大学孙明) 国家精品教材负责人(北京师范大学辛明秀) 国家微生物学教学团队负责人和骨干（陈向东等，武汉大学）

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春江水暖谁先知——学生最有发言权（附发言稿网址）

biozhang 2009-7-12 08:07

张星元：春江水暖谁先知——学生最有发言权　　教学是一种过程，是学生认识客观世界和主观世界的一种特殊形式。在这个过程中，学生在教师指导下，通过自己积极主动的学习活动和实践，从不知到知不能到能，逐步形成认识和改造客观世界和主观世界的能力的过程。　　教学和教育改革的成功与否，最终取决于教师主导和学生主体的统一。教师主导的根本目的就在于强化学生主体，培养学生，让学生独立地学，主动地学，创造地学，最终达到“无师自通”的境界。教师在教育改革中挑大梁，起主导作用；学生是教育改革的基础，是教育改革的主体。师生共同努力迎来教育改革的春天。春江水暖谁先知？　　一个声音在说：春天来了，春天在哪里？春芽从地里钻出来了，树木也穿上了新衣裳。春天在哪里？春天已经来到了我们的教室里，来到了我们的课程里，来到了我们的眼睛里！　　是谁在说？是我们的学生在说，是大学生、研究生在说。　　改革的主体说话了！　　给他们说话的机会，千万不要小看这些学生，天天向上的他们最纯真。　　“春江水暖谁先知——学生最有发言权”，在这个信念的支持下，我始终鼓励学生对我的教学发表意见，坚持开好课程讨论会。讨论会上同学发言（鼓励发表与老师相左的意见），老师点评（发掘“思想的火花”），师生对话。　　为适应发酵学科向生物工程靠拢的大好发展趋势，我与学生们在上个世纪末创建了微生物生物学原理课程（简称发酵原理），分别对生物工程专业的本科生和发酵学科研究生在不同水平上开课；试图从传统发酵工程课程体系打开一个教学改革的口子，逐步实现发酵工程课程体系的全面升级。改革的步履是十分艰辛的，每一步都凝结着我们师生的血汗；改革的进程有据可查，步步推进。从手稿（复印件）到讲义（打印本）到国家级十五规划教材（出版物），更值得一提的是我的电脑里仍然保留着的每一轮学生的发酵原理讨论会的原始资料（从1998级开始每一届同学参加讨论会的PPT和WORD文稿）。　　《发酵原理》这本书（国家级十五规划教材）2005年有科学出版社出版，《发酵原理》第二版（国家级十一五规划教材）正在撰写中。为了让读者对我们的改革和对这本书、这门课程有所了解，最近我重温了2002级的本科生和2003级的研究生课堂参加讨论会的PPT和WORD文稿，摘编了其中一些同学的发言。以下文稿将陆续在科学网悟空书斋（张星元的博客）推荐发表，供生物学界、生物工程学界有兴趣的学子选阅。欢迎切磋。摘编的文稿目录，点击以下小标题即可阅读。研究生评发酵原理 ⑴全面肯定的: 研究生朱××：好风凭借力，送我上青云研究生李××：从系统论角度重新构建发酵工程学问研究生邵×：解读微生物生命活动的三个基本假说研究生孟××：解读微生物自身的“经济管理原则” ⑵包含商榷意见的: 研究生孙×：读这门课的过程中所想到的研究生赵××：关于“生物机器”和“生物工厂”的讨论大学生评发酵原理 2003基地班赵××同学：对发酵理论创新的认识任××同学：对微生物生命活动的三个基本假说的理解许××同学：对发酵原理理论框架的思考顾×同学：三个基本假说是相互联系不可分割的整体 2003级徐××同学：从原来的“不识”到如今的“不释” 于×同学：微生物是工业发酵的灵魂张×同学：细胞经济管理原则不能动摇侯×同学：发酵学关于动态研究的观点金×同学：发酵学科是一门与生命打交道的学科卢×同学：细胞是一个经济体孙××同学：细胞机器和代谢工程成×同学：从三个不同的角度来分析同一个问题刘××同学：微生物的经济性及信息流的问题邱××同学：这本书的独特风格王×同学：工业微生物的代谢通道石×同学：工业微生物在人心目中的地位的变化孙×同学：发酵原理这本书的内容杨××同学：发酵学三假说的研究起点 2002级杨×同学：发酵学科和发酵原理课程杨×同学（另一位）：从来没有听过、见过、想过的理论冯×同学：细胞机器的工作模式李××同学：发酵原理这本书的领航作用周×同学：知识结构的提升

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给报考我研究生的考生们的一些提示 (续)

钟建江 2009-4-27 21:10

今天是2009年4月27日，周一，最近一段时间研究生面试告一段落，结合多年观察到的一些事情，想写几点，以供希望进入我实验室的同学参考： 1）各校研究生招收办法略有差别，这个务请考生注意。比如，在华理，硕士生面试一结束（当天或第二天），就要求确定导师，所以，针对报考我的同学，其实需要在面试当天和第二天这两天，紧密跟我联系或当面沟通，以便取得主动权，因为名额有限且时间相当紧（就这么二三十小时内要决定了的）；而同样硕士生招生，在上海交大，则是不先确定导师，等正式开学同学们入学进来了，还可跟我联系，最后在入学初正式确定导师，所以，以往跟我联系过或者没有联系过的同学，可以在适当时间（当然也建议尽早为佳）与我实验室取得联系，尽早来实验室走走看看、跟在读研究生们聊聊，最终确定你自己的意向。 2）各校招生专业和导师网上介绍等信息需要认真查阅。比如，在华理，我仅在生物化工招收硕士生（在生物工程学院网页导师栏中可以看到名单所列），而博士生则在生物化工和发酵工程均招，所以，有报考硕士的同学跟我联系，但已经报考了发酵工程或其他专业的，则最终没能进入我的视线（因为个专业均要求先满足各自导师的招生再往外划）；而在交大，我在生物工程（生物化工）或微生物学招收研究生，我们是两专业一起招、平行分组面试后录取的。 3）对于博士生报考或者硕博连读或直博之类，则预先申报导师。这次我在交大有多位同学报考，有几位成绩不错也不相上下，虽然我名额有限没办法录取，最终我推荐给其他几位导师，大家最终相互也获得较为满意的结果；这个也需要考试当天注意跟我们导师积极沟通。在去年记得有位外地同学来这里面试，后来一时联系不上，因其手机是外地的、到了上海没能开通，这个急得我们不得了，我发邮件也一时联系不上对方，呵呵，这种情况要尽量避免以便争取到机会。 4）如上一篇博论我做谈到，研究生初始考试成绩不是最重要的，虽然这么说，但是对于硕士生涉及综合排名和奖学金，所以，同学们要努力考个优秀，认真对待，象临考的身体状况、睡眠休息等必须注意好。当然最终我是以面试来考虑录取，尤其对博士生更是如此。但是我已经有过两三个博士生考生，研究做得很不错，但是不重视基础知识和临考复习，最终连最低分数线也没能达到，可惜无法一起工作，虽然相互欣赏，但也只能感到十分的可惜了... 5）平时要注重实验，对于报考博士的同学，那更是要首先做好本职科研，做出成绩的比较容易获得面试老师们的认可。一个有培养前途的、对科学研究充满好奇和灵感的人，是非常受欢迎的，因为研究生毕竟是要培养一种更高要求的实际工作能力，特别是科研创新能力，而光考试好、死读书是不能说明问题的。 6）在通过面试、尚未进入实验室前，建议多补充专业知识和其他各方面欠缺的知识，培养宽广的知识面，也建议可多阅览高质量的专业期刊，比如：Biotechnology Bioengineering, Applied Environmental Microbiology等。有条件的话，还建议捷足先登，跟实验室联系，在假期先来做做实验，早开题比晚开题总归要好... 好，感谢你阅读本文，有机会（可多跟我们实验室研究生）多交流，最后，祝你不断进步！

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“小兄弟”们忙碌啥子？

biozhang 2009-4-22 09:39

张星元：小兄弟们忙碌啥子？走进现代发酵工厂，最引人注意的是，在排列整齐纵横交叉的彩色管道的映衬下，一排排的银灰色的庞然大物，它们的名字叫发酵罐。在庄重而祥和的发酵罐里亿万微生物小兄弟正在为人类，也为自己的欢快地忙碌着。面对此情此景人们不禁要问，工业发酵生产线上关键的生产机器是发酵罐，还是微生物？以上是拙作《发酵原理》一书的开场白。且看学生们是怎样评论的：这是《发酵原理》教材上第一章第一节的最开始一段话。也是留给我印象最深的一段话。当老师您在课堂上说出这段话，我觉得惊奇万分。突然间觉得，那个应该是枯燥的发酵原理课程突然变成了充满文学色彩的文学性课程。所以这一点吸引了我的注意，我越来越发现老师讲课中总是充满文学色彩。太久没有经过文学熏陶的工科专业的我们突然觉得有点奇怪。所以经过了这一个学期对发酵原理课程的学习，留给我最深印象的不是课程的内容，而是一种我从来没有听过、见过、想过的理论微生物和我们是平等的，它们不是我们的奴隶，没有义务为我们工作。没错，很少有人想过人类与微生物的关系，人们只是知道利用微生物一味索取，从不觉得我们与它们其实是平等关系！尽管微生物也会需要我们所提供的一些原料作为营养物质，但是它们毕竟是有生命的个体，我们不能忽视它们，应该正视它们的存在。所以我觉得我们与微生物的关系是平等的，并且是互惠互利的！在课本第一章第一节有一句话，相信大家印象都特别深：在庄重而祥和的发酵罐中，亿万微生物小兄弟们正在为人类也为自己的生存欢快的忙碌着，这让我们看到了一种全新的理念，作为发酵工业灵魂的微生物，不是人类的奴隶，而是与人类具有同等地位和生存价值的生命。我们应当以全新的态度来对待微生物，努力营造一个和谐的发酵社会。通过张教授在课上诙谐生动的讲解，我觉得我在学习的不仅仅是发酵原理，而且还是在学做人的道理！尤其是张教授的那股爱国主义的思想和强烈的民族精神尤使我们感到精神振奋，我想，这个感觉大概是我在大学里遇到老师中仅有的吧。

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试说地球人的小兄弟——微生物

biozhang 2009-4-21 17:18

张星元：试说“地球人的小兄弟”——微生物我对微生物的认识，说来话长。老一辈把微生物叫做“微生虫”，意思就是肉眼看不见的害人精。幼儿园老师教导我们要讲究卫生，饭前便后洗手，掉在地上的食物不能放进嘴里；防的就是沾在手上、食物上的看不见的微生物钻进人体害人。小学、中学也读了一些科普书，主要是关于上天、入地的（我幼时的梦想），直到高中毕业还是这样看待微生物。大学里学了微生物学（工业微生物学），才开始了修正对微生物的认识，原来有些微生物是能为人类制造工业产品的。大学毕业后的十年间总是认为微生物既是人类的敌人又是人类的工具，希望自己能在使微生物成为我们在工业生产上的驯服工具的事业中为人类做出贡献。在祖国“科学的春天（1978年）”里，我考上了研究生，主攻微生物生理学；毕业留校后主讲微生物生理课（一度执教微生物学）。在教学和科研的兴趣的驱动下，我阅读了大量的有关微生物的书籍和有关的科技读物，包括工业的、农业的、医疗卫生的、环境的、寄生或伴生的微生物……；做了大量的微生物领域的研究，努力攀登微生物科学高峰，渐渐进入“一览众山小”的境界。站在微生物科学高峰的平台上，我看到多种多样的微生物与人类发生各种各样的关系。站在人类的立场上看，许多种微生物对人类是有益的，人们可以利用它们；有一些微生物对人类是有害的，人们应该提防它们；而多数微生物还没有来得及研究清楚，众说纷纭。上个世纪九十年代，我深入研究微生物生命活动的规律的时候发现，站在人的立场上看待微生物太狭隘了，世界并不只属于人类，人和微生物同样是地球上的居民，原则上处于平等的地位。地球上各种生物（包括人类）之间的关系是错综复杂的，互相制约的，人类要在地球上生存发展下去就必须应顺自然规律施展自己（人类）的抱负，而绝不是以自己（人类）为中心画圈。微生物是与人类是同时处于地球上的有生命的存在物，在处理人类与微生物的关系时，人们应该尊重微生物，承认其自主性。微生物没有为人类服务的义务，人们也不能把自己的意志强加给微生物。微生物是我们地球人的小兄弟，它们的存在，有的明显地对人类有益，有的明显地对人类有害；有的间接地对人类有益，有的间接地对人类有害；有的有对人类有益的一面，也有对人类有害的一面；有的表面看起来是有益于人类实际上处理不当却是有害的，有的表面看起来对人类有害实际上处理得当却是有益的……。如何与微生物相处，关键在于人类的智慧和包容。科学技术的发展将更好的协调人与微生物之间的关系，任何事情都不该走极端。培菌、消毒、灭菌、抑制、激活、休眠、诱变、克隆、驯化、改良、研究等都只是最终实现人类和微生物双赢的手段。人贵有自知之明，所以人类比其它生物高明。正因为高明，所以必须自持，否则“聪明反被聪明误”。

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近十年微生物学领域论文发表前20名国家排名

wanyuehua 2009-4-9 06:30

中国论文总被引次数排名第 16 位、论文数排名第 11 位、篇均被引次数未进前 20 名汤姆森路透（ Thomson Reuters ）科技信息集团 3 月 1 日更新了基本科学指标数据库（ Essential Science Indicators ，简称 ESI ），根据各个国家和地区于 1998 年 1 月 1 日至 2008 年 12 月 31 日在 Web of Science 数据库的 SCI 、 SSCI 收录微生物学领域期刊上发表的论文，统计分析出前 20 名国家和地区排名（共有 88 个国家和地区参与排名）。每个参与排名的国家和地区在这期间发表的微生物学论文数超过 2.2 千篇，排名参照指标为总被引次数、文章数和篇均被引次数。其中，中国微生物学论文的总被引次数 35,840 次排名在第 16 位、论文数 4,933 篇排名在第 11 位、篇均被引次数 7.27 未进前 20 名（第 72 位），中国台湾地区论文的总被引次数 15,875 次排名在第 27 位、论文数 1,564 篇排名在第 22 位、篇均被引次数 10.15 未进前 20 名（第 52 位）。见表 1 微生物学领域论文按总被引次数排名，表 2 微生物学领域论文按论文总数排名，表 3 微生物学领域论文按篇均被引次数排名。表 1 1998-2008 微生物学领域论文按总被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 55,207 1,162,163 21.05 2 GERMANY 15,531 277,277 17.85 3 ENGLAND 12,536 251,260 20.04 4 FRANCE 12,065 213,714 17.71 5 JAPAN 14,214 164,320 11.56 6 CANADA 6,541 106,812 16.33 7 NETHERLANDS 4,977 98,914 19.87 8 SPAIN 7,363 89,606 12.17 9 AUSTRALIA 4,902 79,866 16.29 10 SWITZERLAND 3,270 67,385 20.61 11 ITALY 5,430 62,196 11.45 12 SCOTLAND 3,266 58,983 18.06 13 BELGIUM 3,088 55,380 17.93 14 SWEDEN 3,164 53,645 16.95 15 DENMARK 2,290 46,389 20.26 16 PEOPLES R CHINA 4,933 35,840 7.27 17 SOUTH KOREA 5,474 33,623 6.14 18 BRAZIL 4,338 31,122 7.17 19 AUSTRIA 1,524 25,647 16.83 20 FINLAND 1,530 24,125 15.77 表 2 1998-2008 微生物学领域论文按论文总数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 USA 55,207 1,162,163 21.05 2 GERMANY 15,531 277,277 17.85 3 JAPAN 14,214 164,320 11.56 4 ENGLAND 12,536 251,260 20.04 5 FRANCE 12,065 213,714 17.71 6 SPAIN 7,363 89,606 12.17 7 CANADA 6,541 106,812 16.33 8 SOUTH KOREA 5,474 33,623 6.14 9 ITALY 5,430 62,196 11.45 10 NETHERLANDS 4,977 98,914 19.87 11 PEOPLES R CHINA 4,933 35,840 7.27 12 AUSTRALIA 4,902 79,866 16.29 13 BRAZIL 4,338 31,122 7.17 14 INDIA 3,650 23,524 6.44 15 RUSSIA 3,631 21,407 5.90 16 SWITZERLAND 3,270 67,385 20.61 17 SCOTLAND 3,266 58,983 18.06 18 SWEDEN 3,164 53,645 16.95 19 BELGIUM 3,088 55,380 17.93 20 DENMARK 2,290 46,389 20.26 表 3 1998-2008 微生物学领域论文按篇均被引次数排名 Country/Territory Papers Citations Citations Per Paper 1 BERMUDA 6 898 149.67 2 BARBADOS 15 491 32.73 3 BOTSWANA 20 492 24.60 4 MALAWI 34 811 23.85 5 COSTA RICA 59 1,259 21.34 6 USA 55,207 1,162,163 21.05 7 SWITZERLAND 3,270 67,385 20.61 8 ZAMBIA 44 893 20.30 9 DENMARK 2,290 46,389 20.26 10 ENGLAND 12,536 251,260 20.04 11 NETHERLANDS 4,977 98,914 19.87 12 SCOTLAND 3,266 58,983 18.06 13 BELGIUM 3,088 55,380 17.93 14 GERMANY 15,531 277,277 17.85 15 CAMEROON 145 2,575 17.76 16 FRANCE 12,065 213,714 17.71 17 NORWAY 975 16,771 17.20 18 SWEDEN 3,164 53,645 16.95 19 AUSTRIA 1,524 25,647 16.83 20 IRELAND 1,017 16,935 16.65

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