标签: SFF

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用QIIME和Mothur分解sff文件的命令: junzhao37 2015-7-18 14:20; 大部分杂志对测序数据的文章都要求数据要公开化(In public), 但是测序数据往往是一个完整的sff文件，且在研究过程中一个sff文件往往包含不同研究的数据，因此，将一个具有所有信息的sff文件分解成只包含某样品的sff文件有助于数据提交。这里就介绍一下如何用Mothur或者QIIME按样品名来拆分sff文件。 Mothur: sffinfo(sff=test.sff, oligos=test.oligos, pdiffs=2, bdiffs=1) QIIME: process_sff.py -i test.sff -o process_sff_output split_libraries.py -m test_map.txt -f test.fna -q test.qual -z truncate_only -a 0 -M 2 -b 10 -o split_libraries_output/ make_library_id_list.py -i test.fna -o results/ make_per_library_sff.py -i test.sff -l results/ Mothur 产生的文件比QIIME产生的文件大，Mothur产生的文件是sff文件，且包含更多的有意义的信息，而QIIME产生的文件可能是fastq文件，且有时候是fasta文件。 Mothur生成的sff文件有助于SRA submissions. 现在用于数据上传的数据库有NCBI的SRA， European Nucleotide Archive， DNA Data Bank of Japan (DDBJ)，且上传的这三个数据库的数据每天都会交互。; 6162 次阅读|0 个评论

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