If I have seen further it is by standing on the shoulders of giants. 如果说我比别人看得更远些,那是因为我站在了巨人的肩上。——艾萨克·牛顿 开始博士阶段的学习之后,我多少是有些迷茫的。浩瀚的知识海洋中,如何才能找到属于自己的贝壳。对于大多数想要读博的同志来说,选学校、选导师、选方向、选题目都是一段绞尽脑汁的经历。 最近发生的事情,让我的脑海中不断地回响起牛顿的这句名言——“如果说我比别人看得更远些,那是因为我站在了巨人的肩上”。这句不知在莘莘学子文章中出现过多少次的句子,似乎就是圣贤给予我们最为纯粹的指引。 刚开始做科研的同学大多对于科学巨匠有一种崇敬之情,然而在一个学风浮躁的时代,不知还有多少人愿意阅读这些巨匠的著作。面对那些大部头的著作,尤其是充满字母和符号的科技著作,多少人望而却步,仅仅记住了有这么一本书,却从未翻开过。以我为例,作为一个岩土方向的研究生,我早已对太沙基(Karl Terzaghi)耳熟能详。在土力学的教材中,这个被称为现代土力学奠基人的名字一次又一次地出现。然而,直到最近,我才开始认真阅读他的著作《Theoretical Soil Mechanics》。不读不知道,一读吓一跳。之前沾沾自喜的科研构思竟然在上世纪四十年代就已经写在了这本书中,而且有严格的论证。在我后背发凉,深感自己才疏学浅的同时,我也庆幸自己寻活了一份至宝,找到了一条走出学术迷茫的道路。 随后,我又查阅了英国科学家郎肯(William Macquorn John Rankine)著写的《A manual of applied mechanics》一书。在于大师“神交”之际,我才得知郎肯不仅提出了著名的郎肯土压力计算方法,还提出了更为重要的“势能”这一基本物理概念。 从这一刻开始,科学的大门逐渐向我打开。要想站在巨人的肩膀上看得更远,就先要认识巨人。艾萨克·牛顿的名言萦绕在我的脑海——“如果说我比别人看得更远些,那是因为我站在了巨人的肩上”,而想要站在巨人肩膀上的第一步,就是先要认识巨人。
据新闻【1,2】报道,中国科学家完成了谷子(英文名:foxtail millet, 拉丁学名: Setaria italica )【3】全基因组测序,成果发表于《自然-生物技术》杂志。具体的内容详见新闻,令我感到诧异的是,在我查找 Nature Biotechnology 上的原文时,居然在“Advanced online publication”上出现了两篇谷子全基因组测序的论文【4,5】(都是2012年5月13日在线发表)。 下面分别是两篇论文的题目和摘要。 题目:Reference genome sequence of the model plant Setaria 摘要:We generated a high-quality reference genome sequence for foxtail millet (Setaria italica). The ~400-Mb assembly covers ~80% of the genome and 95% of the gene space. The assembly was anchored to a 992-locus genetic map and was annotated by comparison with 1.3 million expressed sequence tag reads. We produced more than 580 million RNA-Seq reads to facilitate expression analyses. We also sequenced Setaria viridis, the ancestral wild relative of S. italica, and identified regions of differential single-nucleotide polymorphism density, distribution of transposable elements, small RNA content, chromosomal rearrangement and segregation distortion. The genus Setaria includes natural and cultivated species that demonstrate a wide capacity for adaptation. The genetic basis of this adaptation was investigated by comparing five sequenced grass genomes. We also used the diploid Setaria genome to evaluate the ongoing genome assembly of a related polyploid, switchgrass (Panicum virgatum). 题目:Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential 摘要:Foxtail millet (Setaria italica), a member of the Poaceae grass family, is an important food and fodder crop in arid regions and has potential for use as a C4 biofuel. It is a model system for other biofuel grasses, including switchgrass and pearl millet. We produced a draft genome (~423 Mb) anchored onto nine chromosomes and annotated 38,801 genes. Key chromosome reshuffling events were detected through collinearity identification between foxtail millet, rice and sorghum including two reshuffling events fusing rice chromosomes 7 and 9, 3 and 10 to foxtail millet chromosomes 2 and 9, respectively, that occurred after the divergence of foxtail millet and rice, and a single reshuffling event fusing rice chromosome 5 and 12 to foxtail millet chromosome 3 that occurred after the divergence of millet and sorghum. Rearrangements in the C4 photosynthesis pathway were also identified. 这是一个关于“科研撞车”的问题,两篇论文能在相同期刊发表,也算是一个很好的解决案例。不过,对于这样的事件的发生确实比较少见。过去,出现过两次全基因测序论文同时发表的事件,一次发生在2001年的人类全基因组测序论文,两篇文章相隔一天发表,一篇在Nature【6】上(2001年2月15日),另一篇在Science【7】(2001年2月16日)上;另一次发生在2003年的水稻基因组测序上,一篇是粳稻( Oryza sativa L. ssp. japonica)基因组,一篇是籼稻( Oryza sativa L. ssp. indica)基因组,都发表在Science 2002年4月5日的一期杂志上【8,9】。 科学网上关于“科研撞车”话题讨论博文参见【10,11,12,13】。 参考资料 【1】华大基因, 中国科学家完成谷子基因组测序,成果于《自然-生物技术》杂志发表 【2】南方日报, 中国科学家完成谷子基因组测序 【3】 维基百科——小米 , Wikipedia--Foxtail millet 【4】Nature Biotechnology, Reference genome sequence of the model plant Setaria 【5】Nature Biotechnology, Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential 【6】Nature, Initial sequencing and analysis of the human genome 【7】Science, The Sequence of the Human Genome 【8】Science, A Draft Sequence of the Rice Genome (Oryza sativa L. ssp. japonica) 【9】Science, A Draft Sequence of the Rice Genome (Oryza sativa L. ssp. indica) 【10】科学网,林涛, “出手慢,靠边站”——也说科研“撞车” 【11】科学网, 陈沐, 研究“撞车”之轻度、中度和重度 【12】科学网,苏力宏, 如何避免科研"撞车" 【13】科学网,唐常杰, 路与人,以及科研选题----节日感怀(图文)