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博物不仅仅是多认识几种动植物:读十八世纪自然史有感
热度 4 ecoliugy 2018-6-4 17:46
法国博物学 家 布丰花40年时间写成36卷巨册的《自然史》(via 网图) 长久的忙碌和劳累,周末终得休息。读《罗德岛海岸的痕迹:从古代到十八世纪末西方思想中的自然与文化》一书。其中第四部分“十八世纪的文化与环境”探讨了自然历史和林奈、布丰和洪堡等几位伟大的博物学家。感觉这段历史对当下之中国还很远启发意义,因此特地撰文一篇,说说博物的重大思想价值。 回顾历史,人类在很长的时间里并没有把大自然认识清楚。到了十八十九世纪,在西方兴起一股揭开自然历史的风潮,就是自然历史,我们今天将其称之为博物学。在这段历史中,影响巨大的人有瑞典的林奈、法国的布丰与德国的洪堡等等。这几位大师通过浩如烟海的自然博物收集和对比研究,告诉了世人一个更具内涵的“常识”:“大自然是极为壮观的!”。 诸如布丰和洪堡这些博物时代之人,大多出身贵族家庭,不愁吃喝又勇于探索未知世界。良好的出生和教育背景,丰富的游历经验,以及对自然特别是植物的热爱,让他们成为了十八世纪最伟大的学术大家和思想家。 通过动植物或矿物等自然的收集,林奈首先提出了命名法则,为全面认知自然界的动植物找到了钥匙。随着收集数量的增加,博物学家们开始意识到自然实际上是自成一体的。在《自然的组织法则》中,他不同意“上帝创造并安排好了一切”的理论,林奈把地球看作一个自我更新的自然体系,他认为生命形式是多样而非单一的,自然并非为人的利益而创造的,他甚至觉得人的文化差异也可以用同样的道理来解释。 布丰则更进一步,提出了地球和生物都是演化而来的观点。他认为人不过是自然中的一份子,大自然有着自身的系统,人不过是通过文明改变了自然外貌罢了。作为最伟大的博物学家,布丰用其毕生的精力撰写了36卷的《自然史》,用宏大的篇章向世人描述了自然景观的壮丽和生物的精彩。与其他同时代的哲学家不同,布丰的思想更多的关注人对地球历史的影响,而非自然对社会的影响。可以说,布丰奠定了后世的生态学基础。 同样才华横溢的德国博物学家洪堡,他出生温带,游历广泛,不仅熟知温带而且到过热带地区,于是便对植物的分布地理产生了浓厚的兴趣。洪堡认为虽不应该轻视寻找植物新种和植物分类的价值,但植物地理才是科学的核心。在其一生中,他绘制了很多热带动植物,气候带和地质分布的地图。洪堡注意到德国曾经被一种泥炭藓覆盖,但现在却因农耕的影响,而逐渐消失了,取而代之的是更加干旱的环境和适应干旱的植物。那么,植物的分布是不是都是气候与环境的作用造成的呢?这对人类文明又有何启示?基于当时的思想主流,洪堡得出人类文明其实并非都是环境影响的产物的结论。如秘鲁的印加文明,墨西哥的阿兹特克文明,都是在山地之上,人类文明并非都分布在河流流域。为什么新大陆的文明不在大河岸边兴起呢?洪堡的思考和讨论,暗示出人类地理并不能完全用环境来解释。那些愿意生活在看似不宜居住土地上的人,可能是出于对本土的热爱和习俗的力量。洪堡的自然观点摆脱了目的论的解释,更加重视人对自然改造,以及自然对人的改造。 十八世纪最伟大的博物学家布丰和洪堡(座椅子上者)(via 网图) Grand spectacle de la nature (“大自然是壮观的”),这是十八世纪博物学或者自然历史的研究得出的时代宣言。其伟大之处在于,博物学家让有机体的主题在人类文明和思想历史中繁荣起来,哲学家通过旅行、版画和植物采集中获得了营养。当然,林奈、布丰和洪堡的思想和贡献并非横空出世,而是站在了十七世纪的巨人肩膀上。在布丰和洪堡几位大师之后,十九世纪初随着物理学的衰退,更伟大的博物学家们(如达尔文和拉马克)进一步摆脱了“神创”和“自然之恶”等理论的思想,将注意力集中到了“环境适应”上来,解析动植物和生命系统,并最终形成了今天关注生态系统的整体论观点。 生态适应和生态系统观,无疑是当今最有意思的理论之一。个人感觉它有点像和稀泥一样,把看似不合理的现象,看似愚蠢的事情,解释成“人与自然”作用的结果,是合情合理合乎逻辑的存在。对生态系统或生态适应观的深入思考和剖析是必须的,这对我们理解人类社会进步观、达尔文理论,甚至是马克思主义都是大有裨益的。于社会进步而言,人类社会是否会因为知识的积累和技术的进步,变得更加和谐而美好?社会进步观点坚信是的,但生态适应观似乎并不认可这一点;于达尔文理论而言,生物进化是否具有方向性?传统的竞争、适者生存和物种协同进化观念,似乎越来越多受到“中性理论”的挑战,特别是群落分布的中性理论就认为,热带雨林的物种分布完全是随机的过程;于马克思主义而言,生态环境的变化需要一个怎样的政治体制和土地制度变化才能达到彼此间的契合?我想在当今人类世(Anthropocene)地球历史大背景下,在生态学过于分散和影响力衰弱的情形之下,进一步思考“博物”、“生态适应”和“生态适应”所能在社会思潮和改革中的作用是非常有必要的。 总之,博物不仅仅是多认识几种动植物这么简单,它是一种思想,曾经对对人类文明产生了重大影响。当今的生态学某种意义上就是那个时代的博物学的延伸,可惜由于现在的学科过渡细化已经没有了昔日的那种辉煌。当今之中国虽然也有倡导博物的思潮,但只是生态保护或教育层面,赢得一丝好感和支持,但终由于脱离了动植物研究的领域,终难引发更多学者的参与。不过可以肯定的是,在自然环境与人类社会领域,今后肯定还会有新的变革性思想产生。我觉得现在基于“生态系统研究”的出的“生态适应”是一个很糟糕的理论,它松散、折中、随机的自然理论,给社会传达了一种懒惰合情、极端合适和小富即安的幸福经济学理论。“无论怎样,合适就好”,这种理论肯定会毒害了社会,也必定难当大任,不能支撑未来全球化发展的重任。
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[转载]蚁墙蜂登上《时代》。点赞科学网即时传播
zhuchaodong 2015-12-25 21:36
《时代》评出2015年十大新发现物种 http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0101592 《时代》评2015十大新发现物种:长猪鼻子的老鼠 美国《时代》杂志按照惯例发布了一系列的2015年“十大”盘点,其中的一项是2015年“ 十大新发现物种 ”。 新浪科技讯 北京时间2015年12月25日消息,美国《时代》杂志按照惯例发布了一系列的2015年”十大“盘点,其中的一项是2015年“十大新发现物种”,其中不乏令人惊奇的或甚为有趣的动物或植物,包括喜马拉雅山地区会走路的鱼,以及长着“猪鼻子”的老鼠等等。 1、我们的远古祖先 我们的远古祖先:南非境内发现一种新的古人类纳勒迪人 一名没有受过系统人类学训练的外行很可能会把纳勒迪人(Homo naledi)的骨骼和我们人类的骨骼相混淆。古人类学家们今年在南非一处山洞内发现了大量纳勒迪人的骨骼残骸,鉴定显示其属于15名不同的个体,他们都有手有脚,还有可以抓握的手指。纳勒迪人是我们人类的远古近亲,但和其他远古近亲不同的是,纳勒迪人似乎已经产生了文化——他们会埋葬死者,而一般认为埋葬死者的行为是早期人类近亲不曾具有的行为。但尽管如此,纳勒迪人并非人类,他们在数百万年前漫步在这颗星球表面,我们还不甚了解他们和我们之间在进化上存在何种联系,进化生物学界正在为解答这一问题而努力。此次对纳勒迪人的发现为我们拼凑人类进化的完整图景提供了一个新的线索,但它同时也表明了我们对于数百万年前我们先祖的知识是多么有限。 2、真实版“小青蛙柯密特” 中美洲哥斯达黎加地区:真实版“小青蛙柯密特” 有时候巧合真是妙不可言。这是一种在中美洲哥斯达黎加地区新发现的青蛙,它看上去和儿童电视节目《芝麻街》当中的“小青蛙柯密特”惊人的相似。也正是因为这个原因,今年有关这种青蛙被首次发现的消息一经媒体报道便引发巨大关注。不过很不幸的是,和喜欢唱歌的小青蛙柯密特不同,这种学名叫做“Hyalinobatrachium dianae”的青蛙并不会唱歌。 3、脸谱网上发现的新物种 脸谱网上发现的新物种:Drosera magnifica 接下来是一种植物,学名叫做“Drosera magnifica”,其中的“Drosera”表示其属于一种茅膏菜属植物,该属的很多种类都能捕捉昆虫,此次发现的这一新品种也不例外;而“magnifica”则表明它体型巨大,株高可以达到5英尺(1.5米左右)。它的发现过程也颇具传奇色彩——植物学家保罗(Paulo Gonella)在浏览脸谱网页上的照片时无意间留意到并对其进行深入调查。他联系上了贴出这张照片的巴西植物爱好者,确认其为一种新物种并发表了论文。这种植物属于濒危物种,它是整个美洲地区已知第二大的肉食性植物。 4、海底“艺术家” 日本沿海:海底的河豚鱼“艺术家” 大约在20年前,科学家们注意到在日本附近海域的海床沙地上有一些非常精致的圈圈形状,直径约7英尺(约2米),他们弄不明白这些圈圈形状的成因。但就在今年,调查人员终于发现一种新品种的河豚鱼(Torquigener albomaculosus)便是这些精致圈圈背后的“艺术家”。尽管这种河豚鱼体长只有13厘米左右,但其中的雄性都是技艺高超的艺术家,它们会在海床沙地上处心积虑创造出精美的圆形图案花纹,作为吸引雌性的资本。而雌性河豚鱼会仔细查看雄性们精心准备的艺术品,并从中挑选自己心仪的对象,如果它欣赏某条雄性河豚鱼的作品,就会和对方交配并在伴侣为它准备的这个圈圈图案的中心产下它们的后代。 5、骨房蜂 骨房蜂 对于大部分物种来说,母亲都会为自己的子女奉献良多,而骨房蜂的母亲大概可以在这份名单上排名非常靠前。这种小动物会在自己的宝宝出生之前就早早为它们准备好漂亮的窝,里面堆满蜘蛛和蚂蚁尸体。这些蜘蛛尸体将会作为幼蜂出生后的第一顿大餐,而堆放蚂蚁尸体的目的目前科学家们还不甚了解。 6、伏地魔猴子 喜马拉雅山区东部:伏地魔猴子 还记得哈利·波特里面的伏地魔吗?在看电影的时候有没有被他奇怪的鼻子吓到?或者说,他看上去好像没有鼻子的样子很吓人?好了,来看看猴子界的伏地魔吧!这种奇怪的动物是在喜马拉雅山东部地区被发现的,它的确有鼻子,但它的鼻子看上去好像被切掉了,而且开口是朝上的。这样一来下雨天的时候雨水就会落到它们的鼻子里去,所以在下雨天,这些猴子都会把头深深埋进自己的两腿之间,否则就会不断的打喷嚏! 7、“吸血鬼”螃蟹 印尼爪哇岛海域:“吸血鬼”螃蟹 我们管这种蟹叫做“吸血鬼蟹”(vampire crabs),它们眼睛和身体的色彩相当独特。一开始,这种蟹是在新加坡的宠物商店里被人们最早注意到的,但一直没有被确认为新发现的物种。这是因为科学家们首先必须明确其原产地,随后才能开展实地野外考察并将论文进行同行评审,从而明确其新物种身份。为了做到这一点,一个德国研究小组从宠物店开始一路巡线追踪,拜访各环节中间商,一直追踪到印度尼西亚的爪哇岛海域并最终确认这是一种新发现物种。 8、指甲盖那么大的南美蛙类 秘鲁安第斯山区:指甲盖那么大的南美蛙类 快来看看这种可爱的南美小青蛙!它们的样子或许会和你在南美洲秘鲁境内安第斯山脉地区能够看到的其他蛙类没有太大的区别,只是体形可能要小一些。事实上,这种蛙类的体长只有大约7~8毫米,大概只有人的指甲盖那么大。发现这种小动物并非易事。更糟糕的是,和世界各地其他蛙类的情况相似,这种小型蛙类同样也面临着一种致命真菌的威胁,它们随时可能突然消失,就像它们突然之间出现在我们面前一样。 9、长着“猪鼻子”的老鼠? 印尼苏拉威西岛,长着“猪鼻子”的老鼠 乍一看,这种学名为“Hyorhinomys stuempkei”的小动物相当有趣,就像是老鼠和猪的组合体——它长着大大的老鼠耳朵,长长的胡须,但同时长着一个小猪一样的塌鼻子而不是老鼠那样的尖鼻子。而如果细看它的嘴巴,就会看到长长的吸血鬼一半伸出的长牙——这可不怎么可爱!这种小动物是2013年在印度尼西亚的苏拉威西岛上被发现的,但直到今年才正式被确认为一种新发现物种。 10、会“走路”的蛇头鱼 喜马拉雅山地区,会“走路”的蛇头鱼 如果有一天当你在尼泊尔境内漫步,突然发现脚边有一条鱼跟你一起走在路上,请不要惊讶。最近科学家们在喜马拉雅山地区新发现了一种蛇头鱼,其可以在陆地上生活长达4天以上,并且在陆地上生活期间它基本上都在“赶路”。科学家们称这种鱼可以用扭动身体的方式向前移动,可以“行走”超过400米的距离,一般来说是从一个池塘“走”到另一个附近的池塘。在水中时,这种蛇头鱼和其他同类无甚区别,同样是一种凶猛的捕食者和高效的繁殖者。(晨风)
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互相独立多证据的一致指向在分歧时间推断中的应用--蝽类昆虫案例
hypermarket 2015-9-20 12:11
分类学脱胎于以前的博物学,也就是关于自然历史(natural history)的科学,在今天,很多知名的欧美分类学、系统学研究者都在自然历史博物馆工作。历史是与时间有关的科学,虽然历史这个词很早就出现在分类学家的著作中,但是要真正去探讨历史上的生物进化问题,以前只有古生物学具备这样的功能。然而,化石研究也在若干方面存在局限性,仅仅基于对化石类群所进行的研究,仍然很难获得较为完整的生物进化(或者说演化)图景。 20世纪50-60年代,Willi Hennig所提出的系统发育系统学(phylogenetic systematics)为定量构建可检验的进化树提供了理论基础。后来随着分子序列数据的大量应用,系统发育重建的信息量、定量性都得到提升,分子序列数据的出现还引发了中性进化和分子钟理论的出现。随着分子系统发育和化石类群知识之间的整合度不断提高,人们开始有机会在越来越多的类群中更为全面地认识生物进化历史。 蝽类昆虫是对半翅目异翅亚目(Hemiptera: Heteroptera)中的昆虫的俗称,目前已知物种数量不超过4万5千种,但是在目前分类系统中科的数量却达到90个左右(分属于奇蝽次目Enicocephalomorpha、鞭蝽次目Dipsocoromorpha、黾蝽次目Gerromorpha、蝎蝽次目Nepomorpha、细蝽次目Leptopodomorpha、臭虫次目Cimicomorpha、蝽次目Pentatomomorpha等7个次目),这与鳞翅目昆虫和半翅目“同翅类(Homoptera)”昆虫科的数量相差不多。虽然科的划分带有一定的人为因素,但是动物分类学家还是比较普遍认可科的划分大体上对应于动物在体形和生活习性方面的分异。蝽类昆虫科的数量较多,也的确存在相应的生物学背景。从栖境和生活习性来看,蝽类昆虫 栖境的多样化程度在不完全变态类昆虫乃至整个昆虫纲中都是非常突出的,除了缺乏在植物内部钻蛀、潜叶,以及营体内寄生等生活方式外,几乎包括了昆虫纲中已知的各种类型的栖居习性。在陆生栖境方面,包括地被物层、倒木下、石块下,植物叶或茎干表面,虫瘿,树皮表面及缝隙中,树皮下,吸血,与蜘蛛、白蚁、蚂蚁、纺足目昆虫共生等等;在水生栖境方面,包括平缓或湍急的水面,挺水植物和浮水植物周围,水下,近岸浅水区泥沙中,淡水水体岸边,潮间带,开阔的海洋洋面等。 近日, Wang et al.发表了对蝽类昆虫高级阶元分子系统发育和分歧时间的研究结果( http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12137/abstract )。结果表明,蝽类昆虫7个次目之间的系统发育关系为((奇蝽次目+鞭蝽次目)+(黾蝽次目+(蝎蝽次目+(细蝽次目+(臭虫次目+蝽次目)))))。基于该系统发育关系所进行的分歧时间推断结果如图1,其中显示蝽类昆虫中具有水生、半水生习性的黾蝽次目、蝎蝽次目、细蝽次目这 3个次目起源于二叠纪晚期到三叠纪早期,与水生完全变态类昆虫各主要支系的起源时间高度吻合或比较接近,也与那个时期全球平均气温的变化之间存在相关性;而与植物关系最为密切的臭虫次目和蝽次目这2个次目 ,其适应辐射的时期在侏罗纪,与植食性完全变态类昆虫的适应辐射大体同期,也与被子植物起源于侏罗纪的猜测一致。 图1. 蝽类昆虫高级阶元多样性演化的分歧时间推断 从大体格局来说,蝽类昆虫的栖境和习性演化经过了地栖、水生、陆生适应辐射三个阶段。这与完全变态类主要支系的系统发育格局以及形成时期非常类似,例如(广翅目+脉翅目)、鞘翅目、(毛翅目+鳞翅目)、双翅目,这4支的基部类群多具有较强的水生习性,后来也都发生陆生类群的适应辐射。这一结果同时意味着,在对主要的水生昆虫类群起源认识中,之前已经通过化石类群的信息和分歧时间研究大体明确了蜻蜓目和蜉蝣目起源时间最早,襀翅目次之,水生完全变态类的起源时间较晚(二叠纪晚期到三叠纪早期),现在基于一个比较稳健的系统发育重建结果所进行的分歧时间研究,则对水生蝽类昆虫起源时间给出了较为可信的答案,使得人们对于水生昆虫各主要支系的认识更为全面了。 该项研究所涉及的技术特性和知识特性包括: 不同类群间系统发育格局的比较 非常完整的代表类群选取 全长18S rRNA、28S rRNA二级结构研究 线粒体基因组 混合数据类型系统发育重建 最大似然法(ML-bootstrap)、贝叶斯推断(BI)、最大简约法(MP-bootstrapjackknife)三种算法大体一致的推断结果 consel检验 基于relaxed model的多化石标定 过参数化检验 基于CPU和GPU的加速运算 古气候证据 与国际地质年表相同的标准化色块使用 参考文献 Wang Y-H†, Cui Y†, Rédei D†, Baňař P†, Xie Q*, Štys P*, Damgaard J, Chen P-P*, Yi W-B, Wang Y, Dang K, Li C-R, Bu W-J*. 2015. Phylogenetic divergences of the true bugs (Insecta: Hemiptera: Heteroptera), with emphasis on the aquatic lineages: the last piece of the aquatic insect jigsaw originated in the Late Permian/Early Triassic. Cladistics doi: 10.1111/cla.12137
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