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正选择分析之 Branch site model 篇（By Raindy）: 热度 2 raindyok 2015-9-23 10:01; 絮语：　　关于 CodeML中的几种模型，这里就不科普了，推荐研读2015 年 Nature Reviews Genetics 的这篇综述：　　 Sironi M, Cagliani R, Forni D, Clerici M. Evolutionary insights into host-pathogen interactions from mammalian sequence data. Nature Reviews Genetics, 2015, 16: 224-236. 　　当然也可以参阅这篇日志：PAML FAQ ( http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1434533530 ) 　　本例示范操作如何应用我们开发的EasyCodeML软件进行Branch site model 分析准备工作：（1）计算机环境： Java 运行环境（JRE）（2）相关工具：EasyCodeML 、谷歌浏览器Chrome、DAMBE （3）必备文件：比对文件（基于密码子比对，并删除终止密码子）、树文件（Newick格式，可以用Figtree导入导出进行格式化）操作流程：　　 1. 将比对后的序列进行转化，通过DAMBE打开，选择序列类型为编码蛋白质的核苷酸序列，如下图所示：识别序列后，返回菜单栏选择“Sava or Convert Sequence Format”，如下图所示：文件类型选择为PAML，扩展为PML（如下图所示），保存后将扩展名改为nuc（当然这个非必须，不改也可以的）。 2. 标记前景枝　　打开EasyCodeML，分别定义工作目录（即：程序在哪个文件夹中运行）、选择已比对的序列文件（即：前一步得到的比对文件）、选择树文件。　　如果前景枝已经标记，可以忽略下面这一步。　　本示例数据的树文件未标记前景枝，这里演示一下如何用EasyCodeML可视化标记前景枝。　　选择Newick的树文件后，点击“Label”标签（下图），程序会调用Chrome等插件来操作。在待分析的分支上，点击一下，出现红色时，即表明前景枝已选定，此时只需要点击上方的“Finished”按钮完成前景枝标记。　　 Raindy注：可视化标记是我们这款EasyCodeML的亮点之一。完成后前景枝标记后，返回程序时，树文件已自动变更为标记好的Tree文件。　　此时可以开始后续操作，这里先选择Branch site model，然后“Save Current Profile”保存界面参数设置，最后“Run CodeML”分析，如下图所示：在运行Codeml分析，程序会提示是否自动开始，“确定“之后就是细心的等待.... 3. 似然率检验（LRTs）　　程序运行的时间取决于所分析的数据和计算机硬件配置。当完成后，会弹出完成的提示框。 ”确定“后，程序自动将LRTs结果显示在主界面上，这里主要看P值，必须低于0.05，如下图所示： 4.结果整理　　当然，在LRT的P值显著情况下，您可以选择将运算结果以Excel 电子表格的形式呈现，相关参数直观显示在表格中。表格数据只需要简单整理即可用于发表用。本示例结果显示，定义的前景枝中第100位氨基酸位点受到显著的正选择作用（后验概率PPs大于0.95）。下图为部分SCI 文章的结果表格（红色虚线框内），详见原文： Lan T, Wang X R, Zeng Q Y. Structural and functional evolution of positively selected sites in pine glutathione S-transferase enzyme family. J Biol Chem, 2013, 288: 24441-24451 . 注意事项：为什么找到的正选择位点在原始比对序列中找不到？答：最主要原因可能是比对序列中带有gap，codeml默认忽略gap所带的一列数据，从而导致位置发生偏移。因此，分析前最好将带gap的同一列序列全部手工删除，找到正选择位点的氨基酸位置后，再还原对应到原始比对序列上。; 个人分类: 软件教程|28860 次阅读|2 个评论

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