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[转载]陈润生 院士 研究员 博士生导师
ericmapes 2017-3-15 15:16
陈润生院士研究员博士生导师 http://www.ibp.cas.cn/ktzz/ktzz_ysktzz/201309/t20130913_3931084.html 　　 陈润生院士研究员博士生导师 　　 中国科学院院士 　　 中科院生物物理所， 中国科学院核酸生物学 重点实验室学术委员会主任 　　 创新课题组组长 　　 研究方向：理论生物学、生物信息学、非编码RNA 　　 电子邮件(E-mail) chenrs@sun5.ibp.ac.cn 　　 电话(Tel)010-64888543 　　 传真(Fax)010-64871293 　　 邮政编码100101 　　 英文版个人网页 　　 简历研究组工作摘要 　　1964年，毕业于中国科技大学生物物理系 　　1978-1980年，吉林大学理论化学进修班学习 　　1985-1987年，获洪堡奖学金在德国纽伦堡大学从事量子生物学研究 　　1994-2003年，作为访问学者或访问教授先后在香港中文大学；美国加州洛杉矶大学;美国哈佛大学；日本大阪大学蛋白质研究所；台湾理论科学中心等从事合作研究 　　1989年-至今，中国科学院生物物理研究所研究员 　　2007年11月，当选中国科学院院士 　　2014年7月，当选欧亚科学院院士 　　现为国际人类基因组组织（HUGO）会员；国际数据库组织（CODATA）生物大分子专业组委员；国际纯粹及应用物理学会（IUPAP）生物信息学专业委员会委员；国际学术期刊《JournalofTheoreticalBiology》编委。 　　陈润生院士是我国最早从事理论生物学、生物信息学以及非编码RNA研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。构建了收录非编码RNA及其基因的数据库NONCODE，以及收录非编码RNA与其它生物大分子相互作用的数据库NPInter，这两个数据库也已成为了国际在非编码RNA领域非常有影响力的数据库。共发表SCI学术论文200余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告二十余次。由于其在基因组信息学领域的早期工作，1996年9月29日至10月3日在日本筑波召开的第十五届国际科学技术数据委员会（CODATA）大会上应邀作“KotaniMemorialLecture”，同时获得“小谷正雄”奖（“KotaniPrize”，生物领域）。2008年获何梁何利基金科学与技术进步奖；2012年获谈家桢生命科学成就奖；2013年获得国家科学技术进步奖二等奖（第一完成人）。 　　 陈润生课题组主要研究方向包括但不限于： 　　（1）利用生物信息学手段并结合实验室多年积累的RNA组学技术，深入开展在肿瘤发生、发展以及干细胞重编程过程中长非编码RNA的系统发现和功能机制研究 　　（2）非编码RNA数据库（NONCODE）、非编码RNA与各种生物大分子（DNA、RNA及蛋白质）相互作用数据库（NPInter）以及其它专家数据库的构建与升级 　　（3）构建由RNA和蛋白质共同实现的典型pathway或生物网络（RNA与蛋白质的双色调控网络等） 　　（4）肿瘤分子标志物识别算法的开发与分子标志物筛选高通量平台的设计与应用 　　（5）非编码调控区域变异与疾病的关联研究，以及多组学数据的整合分析 　　（6）非编码RNA翻译复杂性的理论与功能机制研究 　　 代表性论文 　　 ChenX,HaoY,CuiY,FanZ,HeS,LuoJand ChenR .LncVar:adatabaseofgeneticvariationassociatedwithlongnon-codinggenes. Bioinformatics 2017;33:112-118. 　　 ZhaoY,LiH,FangS,KangY,WuW,HaoY,... ChenR. NONCODE2016:aninformativeandvaluabledatasourceoflongnon-codingRNAs. NucleicAcidsRes 2016;44:D203-208. 　　 LiuL,YueH,LiuQ,YuanJ,LiJ,WeiG,... ChenR .LncRNAMT1JPfunctionsasatumorsuppressorbyinteractingwithTIARtomodulatethep53pathway. Oncotarget 2016;7:15787-15800. 　　 CuiY,ChenX,LuoH,FanZ,LuoJ,HeS,... ChenR. BioCircos.js:aninteractiveCircosJavaScriptlibraryforbiologicaldatavisualizationonwebapplications. Bioinformatics 2016;32:1740-1742. 　　 XiaoT,LiuL,LiH,SunY,LuoH,LiT,... ChenR. LongNoncodingRNAADINRRegulatesAdipogenesisbyTranscriptionallyActivatingC/EBPalpha. StemCellReports 2015;5:856-865. 　　 WangY,HeL,DuY,ZhuP,HuangG,LuoJ,.. ChenR ,FanZ.TheLongNoncodingRNAlncTCF7PromotesSelf-RenewalofHumanLiverCancerStemCellsthroughActivationofWntSignaling. CellStemCell 2015;16:413-425. 　　 YuanJ,WuW,XieC,ZhaoG,ZhaoYand ChenR .NPInterv2.0:anupdateddatabaseofncRNAinteractions. NucleicAcidsRes 2014;42:D104-108. 　　 LiJ,ChenZ,TianL,ZhouC,HeMY,GaoY,... ChenR ,HeJ.LncRNAprofilestudyrevealsathree-lncRNAsignatureassociatedwiththesurvivalofpatientswithoesophagealsquamouscellcarcinoma. Gut 2014;63:1700-1710. 　　 LuX,WangL,ChenS,HeL,YangX,ShiY,... ChenR ,.CoronaryADG-WR.Genome-wideassociationstudyinHanChineseidentifiesfournewsusceptibilitylociforcoronaryarterydisease. NatureGenetics 2012;44:890-+. 　　 WangY,ChenJ,WeiG,HeH,ZhuX,XiaoT,... ChenR .TheCaenorhabditiselegansintermediate-sizetranscriptomeshowshighdegreeofstage-specificexpression. NucleicAcidsResearch 2011;39:5203-5214. 　　 ZhaoY,HeS,LiuC,RuS,ZhaH,YangZ,... ChenR .MicroRNAregulationofmessenger-likenoncodingRNAs:anetworkofmutualmicroRNAcontrol. TrendsinGenetics 2008;24:323-327. 　　 HeS,SuH,LiuC,SkogerboG,HeH,HeD,... ChenR .MicroRNA-encodinglongnon-codingRNAs. BMCGenomics 2008;9: 　　 AftabMN,HeH,SkogerboGand ChenR. MicroarrayanalysisofncRNAexpressionpatternsinCaenorhabditiselegansafterRNAiagainstsnoRNAassociatedproteins. BMCGenomics 2008;9:278. 　　 HeH,WangJ,LiuT,LiuXS,LiT,WangY,... ChenR .MappingtheC-elegansnoncodingtranscriptomewithawhole-genometilingmicroarray. GenomeResearch 2007;17:1471-1477. 　　 ZhangZ,LiuC,SkogerboG,ZhuX,LuH,ChenL,... ChenR .Dynamicchangesinsubgraphpreferenceprofilesofcrucialtranscriptionfactors. PlosComputationalBiology 2006;2:383-391. 　　 ZhangY,LiS,SkogerboG,ZhangZ,ZhuX,ZhangZ,... ChenR. Phylopheneticpropertiesofmetabolicpathwaytopologiesasrevealedbyglobalanalysis. BMCBioinformatics 2006;7: 　　 MuznyD,SchererS,KaulR,WangJ,YuJ,SudbrakR,... ChenR, …GibbsR.TheDNAsequence,annotationandanalysisofhumanchromosome3. Nature 2006;440:1194-1198. 　　 HeH,CaiL,SkogerboG,DengW,LiuT,ZhuX,... ChenR. ProfilingCaenorhabditiselegansnon-codingRNAexpressionwithacombinedmicroarray. NucleicAcidsResearch 2006;34:2976-2983. 　　 DengW,ZhuX,SkogerboG,ZhaoY,FuZ,WangY,... ChenR. OrganizationoftheCaenorhabditiseleganssmallnon-codingtranscriptome:Genomicfeatures,biogenesis,andexpression. GenomeResearch 2006;16:20-29. 　　 LiuC,BaiB,SkogerboG,CaiL,DengW,ZhangY,... ChenR. NONCODE:anintegratedknowledgedatabaseofnon-codingRNAs. NucleicAcidsResearch 2005;33:D112-D115. 　　 YuJ,HuS,WangJ,WongG,LiS,LiuB,... ChenR ,…YangH.Adraftsequenceofthericegenome(OryzasativaL.sspindica). Science 2002;296:79-92. 　　 BuD,ZhaoY,CaiL,XueH,ZhuX,LuH,... ChenR. Topologicalstructureanalysisoftheprotein-proteininteractionnetworkinbuddingyeast. NucleicAcidsRes 2003;31:2443-2450. 　　 BaoQ,TianY,LiW,XuZ,XuanZ,HuS,... ChenR, ..YangH.AcompletesequenceoftheTtengcongensisgenome. GenomeResearch 2002;12:689-700. 　　 LiW,FangW,LingL,WangJ,XuanZand ChenR. PhylogenyBasedonWholeGenomeasinferredfromCompleteInformationSetAnalysis. JournalofBiologicalPhysics 2002;28:439-447. 　　 　　资料来源：陈润生院士，2017-01-09网页更新　 　
个人分类: 社会热点时评|414 次阅读|0 个评论
大数据：生物学变革新契机
sciencepress 2016-1-15 08:21
“大数据”这一名词自2012 年在奥巴马国情咨文中被重点提及后，近几年来发展迅猛，已经在很多行业得以体现。大数据带来的信息风暴正在变革我们的生活、工作和思维，开启一次时代的重要转型。 生命科学作为新世纪最活跃的学科，也正在经历一场数据革命，全世界每年产生的生物数据总量高达EB 级，生物大数据已成为“大数据”重要的组成部分。 国际著名商业咨询机构BCC Research 的分析报告《Next Generation Sequencing：Emerging Clinical Applications and Global Markets》指出：“2013 年，全球新一代测序和数据分析市场总额为5.1 亿美元，至2018 年，这一市场总额将增长至76 亿美元，复合年增长率达到71.6%。”生物大数据蕴涵着巨大的产业价值，今后将成为与能源、矿产一样的战略资源。 究竟大数据会对生物技术与产业的发展带来哪些变革，生物大数据的开发与利用又包含着哪些关键技术，全球哪些国家正在生物领域对大数据展开布局，我国发展生物大数据的现状又是怎样？ 目前，大数据建设已引起生物学界与产业界的广泛重视，大数据的重要性在生物研究与产业发展的方方面面得以体现，如在最近被炒得很热的精准医学领域，大数据作为精准医学发展的基础，是提升个人遗传密码数据整合与分析能力的关键。因此占领大数据高地，对于各国生物技术的发展，以及国际竞争力的提升都有着重要的意义。 2013 年，美国政府为全面推动生物医学大数据基础研究发展，启动了Big Data to Knowledge 计划，大力推动和改善与生物医学大数据相关的收集、组织和分析工具及技术。2014 年3月，在伦敦举行的高性能计算机技术和大数据会议上，英国大学与科学国务大臣David Willetts 宣布，英国医学研究理事会（MRC）将投资3200 万英镑资助首批5 大项目，来加强医学生物信息学的能力、产能和核心基础设施建设。这项“医学生物信息学计划”预计总投资5000 万英镑，将通过建立耦合复杂生物数据和健康记录的新方法，来解决关键的医学难题。 发达国家对生物大数据“野心勃勃”，我国在生物大数据的发展方面却尚不尽如人意。当前，中国已是生物数据产出大国，但目前还远不是生物大数据存储和应用的强国。 面向生物大数据的国家级技术研究中心尚未建立，技术研发宏观规划和引导缺乏，专业人才队伍储备不足，核心分析技术创新不多，数据共享规则制定不完善等都是制约我国生物大数据发展的“瓶颈”。发达国家生物数据基础设施建设起步较早，早在20 世纪80 年代起，美国、欧洲和日本相继开始建设世界级生物数据中心——美国国家生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息研究所（EBI）和日本DNA 数据库（DDBJ）。目前，这三大生物数据中心掌握并管理着全世界主要生物数据和知识资源，处于数据垄断地位。 相对于大数据基础设施建设，我国人才队伍建设任务更加紧迫，因为专业人才培养周期较长，无法取得立竿见影的效果。 除了硬件和人才建设外，适宜的政策法规和社会文化软环境对生物大数据发展也相当重要。数据共享规则不完善，缺乏对数据权益的保护，不利于形成良性发展的数据共享生态系统。 即使如此，我国在生物大数据领域也具有遗传资源多样、临床数据丰富、基础研究人员众多等诸多优势，更重要的是，大数据的内在哲学观点及其认识论本质是整体论，与东方传统哲学中的整体和集体思想暗合，而且中国社会易于集中、易于统一组织的传统社会特质与文明特性将十分利于生物医学大数据的建设发展。这为我国未来大力发展生物大数据奠定了坚实的基础。 国家之间的竞争是战略层面的竞争，是国家意志的较量，在美、欧、日已形成大数据发展战略形势下，我国尽早形成完整明确的生物大数据国家战略，对今后的学术、技术和产业发展至关重要。 无论是从产业发展潜力还是国家战略安全角度，中国作为日益强大的世界大国，都必须在大数据领域有所作为。 如何对整个生物大数据领域作长期的全局规划，形成有特色的生物大数据体系，是新时期摆在我国大数据建设面前的关键问题。 在这样的大背景下， 《 大数据：生物学变革新契机 》 应运而生， 呈现生物大数据的历史变革及其产生的重大影响： 阐述了大数据时代已经来临的历史背景，主要国家对生物大数据发展进行的战略布局，生物大数据带来的革命性意义，生物大数据开发与利用的关键技术，生物大数据的未来市场，生物大数据时代的发展困境。相信其对相关的专业人士以及对该领域有兴趣的普通读者都有重要的参考价值。 本文由刘四旦摘编自 张旭 主编《 大数据：生物学变革新契机 》一书 陈润生 所撰“前言”部分，略有修改。标题为编者所加。 ISBN 978-7-03-046189-6 随着信息技术的发展，世界正在由资本经济时代向数据经济时代过渡，大数据作为一种新的资源，在社会的各个方面发挥着重要的作用，有力推动着社会经济的发展。随着大数据研究与应用投入的不断加大，生物大数据带来了生物产业的一次变革，创造出巨大的经济价值和社会价值，并已成为全球生物产业发展的新助力，给生物产业的发展带来划时代的意义。 《 大数据：生物学变革新契机 》正是呈现生物大数据的历史变革及产生重大影响。全书共分6 部分，首先阐述了大数据时代已经来临的历史背景，主要国家对生物大数据发展进行的战略布局，生物大数据带来的革命性意义，生物大数据开发与利用的关键技术，生物大数据的未来市场，生物大数据时代的发展困境。 【 版权申明 】本文为科学出版社 生命科学 订阅号—— 赛拉艾芙（sci_life） 原创发布，转载请保持内容及公众号相关信息的完整，违者必究！ 生命因你而精彩！ 赛拉艾芙（sci_life） 科学出版社 生命科学 订阅号 点击文中 书名、作者、封面 可购买本书
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