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通过web的生物医学文本处理工具:Whatizit
zilu85 2016-7-20 13:24
动机:文本挖掘方法已经进入到为生物医学研究者提供有效服务的阶段。这些方法需要解决的首要问题是资源(比如受控词表 ) ,要处理的文献(比如在PubMed中已经有一千七 百万的文献),以及用户的需求(抽取事实的种方法 )等在 数量和体量的增长。这些需求刺激作者开发一个基于服务器的文献分析方法。Whatizit就是一套用于分析文献(任何科学论文或者Medline文摘)中蕴含信息的模块。 其特有的模型可以辨认专业术语并将这些术语链接到诸如 Uni-ProtKb/Swiss Prot 等数据库条目和基因本体中概念。 其他模块辨认一组选定的注释类别,如EBIMed分析流程分析蛋白后产生的集合。 对于Medline文摘,该工具提供登录EBI内部插件,输入PMID或者词查询。 对于用户自己的大规模的文本,服务器可以在流模式中运行。 (HTTP://WWW.EBI.AC.UK/WEBSERVICES/ WHATIZIT ) PMID: 18006544 ; DOI: 10.1093/bioinformatics/btm557
个人分类: 生物信息学|4689 次阅读|0 个评论

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