近日和ＣＣＤＣ的专家交流了一下我近日对2篇文献调研的小发现。 他们的看法和我的发现是一致的。 另外，与此相关，他们也提及活性很高的药物分子通常是不会于一种高能的构型存在于蛋白的活性中心。这实际是在讲药物设计中的一个常见的策略：那就是尽量避免药物分子以高能量的构型和靶体相结合，因为由它引起的分子与蛋白的结合能（活性）的损失对药物分子的结合效率（-log(活性)／分子量）是有害的。 很明显,要达到同样的活性,高能量构型分子的必须增大分子量。 而高分子量却可能是给很多药物分子带来负作用的罪恶之源。 分子量一大, 水溶性往往变差, 进入体内各种生物膜的机会也通常会减小,和各种常见的非靶体蛋白 (如PGP, HERG, CYP450,等等) 结合的可能性却增加而带来副作用，因此，高分子量是药物设计的一大禁忌。 而针对一个分子的模型，又该如何判断它是低能的，还是高能的，多高才算是太高？ 这种理论上看来似乎很容易却几乎没有人能把它算准确的问题， 在实际中也为很多研究人员所困扰。对高能结构的误判也是药物设计中最容易犯的一个错误，尤其是对经验不足的新手。正如博文 里面提及的2个案例，那种问题对于专家来说，也不是容易的事情。说到底，还是理论物理化学的根基没有打好，而这一条对于生物类科研人员来说通常是不容易的。这也说明了不同学科之间加强合作的必要性。就算你是大牛，稍微离开了本行，你就可能是白痴。 8个字对本文提及的药物设计经验进行小结，那就是：瘦身省事，低能维稳。即分子量尽量小，分子的生物活性结构尽量处于低能状态。再省点CO2的排放，可以改成4个字，即 “低分低能”。 参考 博文： 《细胞》杂志里头一个严重错误的发现 http://blog.sciencenet.cn/blog-437346-586563.html Lipinski 的“5 规则” C.A. Lipinski; F. Lombardo; B.W. Dominy and P.J. Feeney (2001). "Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings". Adv Drug Del Rev 46 : 3–26 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X00001290 Jorgensen 的“算不准原理” (我瞎编的) Tirado-Rives， T.; W. L. Jorgensen (2006) Contribution of Conformer Focusing to the Uncertainty in Predicting Free Energies for Protein−Ligand Binding. J. Med. Chem. , 49 (20): 5880–5884 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jm060763i
p53是著名的肿瘤抑制因子，在1979年被数个研究小组分别独立发现，一开始的命名可谓五花八门。当初是通过 western blot实验发现p53蛋白存在的，当时发现它的分子量是53kDa。基于此，p53领域的几个大牛开了国际会议，将这一蛋白统一命名为p53。然而，没过多久，研究者们基于构成p53的393个氨基酸计算得知实际质量只有43.7kDa。原来，p53蛋白有一段富含脯氨酸的区域，正是它导致p53跑胶速度减慢，因而使得其表观质量比实际质量重。此时，大家早已接受了之前“p53”的命名，只好将错就错了。然而，“错误”还在继续蔓延。后来，p53家族的两外两个蛋白被发现。科学家们也顾不了这么多了，他们分别被命名为p63和p73. 关于p53的故事还有很多，以后再慢慢讲。
在材料科学领域，控制聚合物的结构形态以达到某种预设的性质或特征，一直是一个重要的研究目标。 一支来自美国GIT（the California Institute of Technology）的，由Robert H. Grubbs教授领衔的研究团队，挑战了这一难题，成功合成了一种大环有机纳米结构。论文在线发表在2011年5月的 Angew. Chem. Int. Ed. 期刊上（2009年IF=11.848）。 他们从各种各样的大单体（macromonomers）出发，利用一种能够促进环扩张转位聚合（ring expansion metathesis polymerization，REMP）的钌基催化剂（如下图），制备出了超高分子量的环形刷子聚合物（cyclic brush polymers，CBPs）。产物用静态LS及GPC-LS作了表征，同时用AFM技术进行了成像测定，表明直径大约有100-180 nm大小。 Reference : Synthesis and Direct Imaging of Ultrahigh Molecular Weight Cyclic Brush Polymers , Yan Xia, Andrew J. Boydston, Robert H. Grubbs, Angew. Chem. Int. Ed. 2011 . DOI: 10.1002/anie.201101860
核酸数据 (Nucleic Acid Data) Kd是kilodaltons的缩写，既千道尔顿。是氨基酸的分子量单位。 Kbs是千碱基对的意思，是核酸的单位名称。 1个脱氧核糖核酸碱基的平均分子量为333 Daltons（道尔顿） 1个核糖核酸碱基的平均分子量为340 Daltons（道尔顿） DNA与表达蛋白之间分子量换算： 1 kb DNA = 333 amino acid ≈3.7 × 104 Da（道尔顿） 10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA 30,000 Da Protein≈ 810 bp DNA 50,000 Da Protein ≈1350 bp DNA 100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA 一个DNA碱基对（钠盐）的平均分子量 = 650 道尔顿 1.0 A260 unit ds DNA = 50 g/ml = 0.15 mM (in nucleotides) 1.0 A260 unit ss DNA = 33 g/ml = 0.10 mM (in nucleotides) 1.0 A260 unit ss RNA = 40 g/ml = 0.11 mM (in nucleotides) 双链DNA分子的分子量(道尔顿) = 碱基对数目×650 双链DNA分子的末端摩尔数 = 2 ×DNA质量（克）/ DNA分子量（道尔顿） 限制性内切酶酶切后的DNA末端摩尔数: a) 环状DNA分子: 2 × DNA摩尔数× 位点数 b) 线性DNA分子: 2 × DNA摩尔数×位点数 + 2 × DNA摩尔数 1 g 1000 bp DNA = 1.52 pmol = 9.1 × 1011 molecules 1 g pUC18/19 DNA (2686 bp) = 0.57 pmol = 3.4 × 1011 molecules 1 g pBR322 DNA (4361 bp) = 0.35 pmol = 2.1 × 1011 molecules 1 g M13mp18/19 DNA (7249 bp) = 0.21 pmol = 1.3 × 1011 molecules 1 g λDNA (48502 bp) = 0.03 pmol = 1.8 ×1010 molecules 1 pmol 1000 bp DNA = 0.66 g 1 pmol pUC18/19 DNA (2686 bp) = 1.77 g 1 pmol pBR322 DNA (4361 bp) = 2.88 g 1 pmol M13mp18/19 DNA (7249 bp) = 4.78 g 1 pmol λDNA (48502 bp) = 32.01 g
今天读了一篇文献，作者立意不错，结果也很好，写作手法更是不错，科学网上某人还写博客推荐过，但是读到其中的一段，感觉非常的不舒服，如鲠在喉，不吐不快。 这篇文章，用polymer stablize nanoparticle in solution 因为目的是做催化，所以要除掉polymer 作者说从实用角度出发，应该尽可能的少用polymer 这没错 但是你猜作者接下来说啥了？ 作者说，我们发现，用Mw=360k的polymer代替Mw=40k的polymer，那么所需polymer浓度可以降低10倍，有效的减少了polymer的用量 然后俺擦了擦眼睛，仔细得看了好几遍，又用作者给的加料量自己计算了好几遍（因为伊没有明说他降低了10倍的那个浓度到底是啥浓度），伊讨论的浓度，果然是摩尔浓度！ 你丫把分子量提高了9倍，又把摩尔浓度降低了10倍，你自己算算你的polymer用量到底少了多少？？！！ 附：文章链接： http://www.pnas.org/content/105/40/15241.abstract Synthesis of heterogeneous catalysts with well shaped platinum particles to control reaction selectivity Ilkeun Lee , Ricardo Morales , Manuel A. Albiter , and Francisco Zaera *
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