m6A为一种在基因表达中具有关键调控作用,并且可能在人类疾病中起作用的动态修饰。然而,分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然是有限的。 m6aViewer -- 一个分析和可视化来自测序数据的m6A峰的跨平台应用。m6aViewer实现了一种新的m6A峰识别算法,它鉴定高可靠性甲基化残基,比以前描述的方法更准确。与其他当前可用的工具相比,该应用能够通过一个图形用户界面进行数据分析,它不需要用户精通计算机编程。 下载:http://dna2.leeds.ac.uk/m6a 语言:Java 时间:20170707 参考: m6aViewer: software for the detection, analysis and visualization of N6-methyl-adenosine peaks from m6A-seq/ME-RIP sequencing data
AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的,用Perl包装,在相同计算环境下,比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来检测基因组已知的所有物种中的circRNAs。它不需要基因注释,但是基因注释会改善circRNAs的检测。 下载:https://github.com/chanzhou/AutoCirc 语言:C++/Perl 时间:20170829 参考: Genome-Wide Maps of m6A circRNAs Identify Widespread and Cell-Type-Specific Methylation Patterns that Are Distinct from mRNAs