# 编者信息 熊荣川 明湖实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz Pyramids The pyramids technique is an extension of the hierarchical clustering framework. Whereas traditional hierarchical methods such as Unweighted Pair Group with Arithmetic Means (UPGAM) represent a nested set of nonoverlapping clades, pyramids represent a set of clades that can overlap without necessarily being nested. The input data is a (Robinsonian) distance matrix (Box 1). The pyramid is obtained by using agglomerative algorithms. By allowing overlapping clusters, pyramids can be used to represent reticulate events, although these events are only allowed to be placed among terminal nodes that are sister taxa. 金字塔 金字塔拓扑结构是层次聚类框架的扩展。传统的层次方法,如不加权算术平均组对方法( UPGAM )表示一组嵌套的非重叠族,而金字塔表示一组可以重叠而不必嵌套的族。输入数据为( Robinsonian )距离矩阵(框注 1 )。金字塔是用凝聚算法得到的。通过允许重叠的集群,金字塔可以用来表示网状事件,尽管这些事件只允许放置在作为姊妹分类群的终端节点之间。 Posada D , Crandall K A . Intraspecific gene genealogies: trees grafting into networks . Trends in Ecology and Evolution, 2001, 16(1):0-45.
陈安老师要出系列博文了,主题是 “ 论中国大学实施 “ 非升即走 ” 机制的可行性 ” 。陈老师供职于中国科学院科技政策与管理科学研究所,尽管他的专长在于应急管理,但讨论科技政策他也是一套一套的。陈老师是个有名的多面手,他的多才多艺,在科学网是有目共睹的,不必多言。 事实上,陈老师已经推出了这个系列博文的第一篇,即《论中国大学实施“非升即走”机制的可行性——机制目标篇》( http://blog.sciencenet.cn/blog-53483-817743.html )。洋洋洒洒,典型的陈氏风格,跟他的好多其它博文一样,具有很好的可读性。可惜科学网编辑这次漏看了这一篇,竟然没有给它戴个红花。尽管如此,这篇博文仍然获得了四位数的点击,并且凭借众多的网友推荐而一度荣登“热门博文”栏目榜首。这已经足以证明陈老师博客的影响力。开博开到这个程度,夫复何求? 我写这篇博文,是因为陈安老师在他的宏文里面点名批评了我。不但这一篇,在他前一篇关于清华外语系方老师转岗的博文里,也批评了我。那篇文章是《为什么和国际接轨的过程中首先受伤的总是可怜的普通老师》,其链接是 http://blog.sciencenet.cn/blog-53483-815583.html 。 必须指出,陈老师尽管在博文里点了我的名字,但是那些批评,其实是非常温和的,有好的,柔性的,宽容的。然而,再温和的批评也是批评,我不应该做无动于衷状。所以,我对陈老师的博文还是很认真地读了,还写了读后感,贴在他的博文后面。接下来的发展是,我竟然发现其实我们对于方老师在清华转岗一事的分歧并没有太大。可是,一不小心,竟然在另外一件事情上产生了分歧,这件事跟斯坦福的讲师和教师的“金字塔”结构有关,因此才有了这篇博文的标题。 有证据显示,陈安老师认为,大学老师的职称结构,应该是“金字塔”型的。在大约 10 天以前陈老师参加的科学网访谈节目中,他说道:“ 清华大学外语系的职称结构一直都是纺锤形啊,距离合理的金字塔型很远 2014-07-30 10:01 ”(见 http://talk.sciencenet.cn/?s=%2FIndex%2Ffinish%2Fid%2F91p=2 )。在这个系列文章的第一篇,陈老师写道:“本来要通过这样的政策建立起一个金字塔结构教师职称队伍的,其实最终是一个上胖下瘦的怪胎,位于怪胎最下部分的都是可怜的不懂事或者连篇烂文章都不去凑的人,罢了。” ( http://blog.sciencenet.cn/blog-53483-817743.html )。 我对此不以为然,并在陈老师博文后面留言中,用一段话表达了这个意思。我说: “你的立论是金字塔结构是最好的。而这个所谓的金字塔结构,在美国的大学里是不存在的,同时美国的大学依然是现在世界最强的。因此,所谓金字塔结构最好,不过是个伪前提。” 陈老师对此回复道:“ 数了数斯坦福大学英语系的教授, 23 个教授, 5 个副教授, 5 个助理教授, 1 个 senior lecturer , 29 个 lecturer ,李兄怎么看这个结构? ”我理解陈老师的意思是,看看人家斯坦福有多少讲师吧,这结构多金字塔啊! 我对此答曰:“ 你的杀手锏不奏效,斯坦福英语系老师, 23-5-5 无论如何不能算是金字塔型结构。我猜想那近 30 个讲师应该不是 tenure track 的,他们的主要任务是教英语基础课。他们是合同制,可以续签,也可能不被续聘,这不是终身轨道上的。” 之所以这么说,是基于我对美国一般大学里的职称制度的理解。 陈安老师就回复了一句:“ 斯坦福的问题老李你太糊涂了。 ” 这么一说,我还真的觉得糊涂了。因为斯坦福是美国顶尖的名校,大家知道顶尖名校如哈佛耶鲁约翰霍普金斯都有自己独特的 tenure 制度,难道斯坦福也是自己搞了一套?我觉得陈老师手里一定有炸弹,能够证明我在这个问题上有多糊涂。 我退了一步,回复了下面的话: ” 为什么说我关于斯坦福的议论是糊涂?那些讲师大部分没有 PHD 学位,他们应该不是 tenure track 的。另外,斯坦福是顶级名校,它的制度可能跟大部分美国高校不同。 一般而言,美国高校的 lecture 不算是 tenure track 的 faculty 。再说, 23-5-5 ,怎么能算是金字塔呢?倒金字塔还差不多。就算加上讲师, 23-5-5-29 ,也是个哑铃,不是金字塔。 ” 陈老师没有回复我的上述留言,可能是他觉得没有必要再纠缠这个问题了。不过,我是个比较认真的人,希望对于模糊的问题,找到一个比较清晰的答案。于是,今天早上,我做了一点查证工作,算是给陈安老师交一份作业吧。 我去看了斯坦福英文系的 faculty 网页,的确有大量的正教授个讲师,副教授和助理教授数量不多。我没有具体一个一个去数,我相信陈安老师给出的 23 个教授, 5 个副教授, 5 个助理教授, 1 个 senior lecturer , 29 个 lecturer 的数据是绝对准确的。陈老师是科大数学系毕业的,这个在有关数字的问题上他不会出错的。 那么,这些 lecturer 们,是不是 tenure track 上的呢? 查证这个并不难,去读他们学校有关 Promotion tenure 的规定就可以了。斯坦福大学的英文系设置在人文与科学学院( School of Humanities and Sciences ),这个学院有一份 faculty 手册,里面有关于升 tenure 的规定( Promotionto Tenure, 见 http://facultyaffairs-humsci.stanford.edu/?q=chapter-3-promotion-tenure-tenure-line )。在这一部分,对于 lecturer 连提都没提。由此,我觉得,我对斯坦福的 lecturer 不属于 tenuretrack 的判断是对的。 当然,史学家总是说“孤证不立”,靠着上述这一份文件,貌似也不足以说明斯坦福的 lecturer 不在 tenure 轨道上。于是,我又搜了一下,找到一个斯坦福大学的官方说明( Stanford University Statistics forProspective Undergraduate Students: Assertions ,见 https://ucomm.stanford.edu/cds/assertions.html )。这里应该明确回答了我所关注的问题: “ The titles in the tenure line are assistant professor, associateprofessor, and professor. All members in the tenure line are members of the AcademicCouncil of the University. Tenure-line appointments are for a term of years orwithout limit of time (i.e., with tenure). Tenure is security of appointmentwhich continues to the date of academic retirement. At Stanford, the non-professorial academic staff is composed of theAcademic Staff-Teaching (persons holding the titles lecturer, senior lecturer ,and artist-in-residence) and the Academic Staff-Research (persons holding thetitles research associate, senior research scientist, senior research engineer,and senior research scholar). The titleof lecturer is used for individuals who perform a significant amount of theregular instruction with continuing programmatic need in departments andprograms ; for persons of special expertise or scholarly distinction eitherin the local community or on the non-teaching University staff who are asked onan occasional basis to give a course or part of a course in their specialfields; and for individuals who are employed to meet specific departmentalneeds created by faculty leaves or unanticipated student load. The title of senior lecturer is associatedwith a demonstrably higher level of responsibility and teaching excellence thanthat of a lecturer , and there are normally only a limited number of seniorlecturer positions in any program. ” 这里的英文很好懂,我 highlight 的地方所表述的内容,基本上跟我在陈老师博文后面留言所说的意思是一致的。这也说明,斯坦福的职称制度跟美国多数大学的设置,是基本相同的。我所在的学校,也是这么设置的。 在美国高校, tenuretrack 和非 tenure track 的教师,在“政治待遇”上是不同的。前者可以是终身职务,后者则只能是合同制。在很多学校和院系事务上,前者有投票权,后者没有。实际上,讲师的聘用,一般也不需要像聘用 tenure track 的 assistantprofessor 那样兴师动众,要搞全球招聘,一般在学院这一级就可以拍板了。除了讲师是为教学需要而聘用的合同制教师以外, research 系列的教师,比如 researchassistant professor , research associate professor ,乃至 research professor ,一般是根据研究项目的需要而聘任的,也是合同制,他们也不是正式的招聘委员会通过全球招聘而聘任的。“政治待遇”上的不同,正是来源于此。 美国的大学不会强调什么“金字塔”结构,原因至少有两个:第一, tenure track 系列下,从 assistant professor 到 associate professor 到 full professor ,在学术上是平等的,不会鼓励助理教授 去做教授的助手,而是会鼓励年轻的助理教授独立,尽早在专业上达到较高水准。这并不是说不能合作,但合作的前提也是学术上的平等。在自然科学领域,助理教授、副教授、教授们,可以用自己的科研经费去招博士生,博士后,还有 research 系里的教授,以及实验室工作人员。或许博士生,博士后,研究教授,和 tenure track 系列的教授,可能构成一个金字塔结构,但 tenure track 系列的教授作为一个整体,是不会要求构成什么“金字塔”结构的。 第二,美国的教授不退休,或者说没有强制退休年龄。只要你有 tenure ,你想工作下去,没有人能够真正强迫你退休养老。正因为如此,很多科系,教授越积越多,而因为教授不退休,就没有名额招聘年轻的助理教授,所以教授一头独大的情况并不少见。当然,也有教授一拨退休好几个,弄得整个系年轻助理教授占多数的情况。因为这个原因,“金字塔”是可遇不可求的,其实也没有人去追求它。 英国的体制下,教授一个系只有一个,教授不退,别人也当不上。在这里,上升空间受到了限制,所以 tenure track 制度难以执行,人家老英的传统大学也不搞 tenure track 制度。搞 tenure track 制度的北美,包括美国和加拿大,教授名额是不限制的,给每个人上升的空间。 看中国,据说上升空间是很受限制的,每个系都有固定的副教授和教授的名额,在这个前提下,搞什么“非升即走”,还真是成问题。比如,人家年头到了,成就也够了,可是就是因为没有名额,而升不了,这时候要赶人走,就太不近情理了。 (题外话:清华方老师的 case 可能不是因为名额不够的原因,所以我仍然觉得方老师应该离开清华的那个外语系的岗位。我认为她应该去别的高校发挥自己的特长。但她决定转岗做行政,一定有她的考虑。) “非升不走”制度,制度设计要合理,实行起来也要慎重。正因为此,我觉得陈安老师的系列博文是很必要的。另外,我个人觉得跟陈安老师的讨论还是受益良多的。希望陈安老师再接再厉,“系列”博文的下一篇更加精彩。也希望编辑部别忘了给他戴上小红花。
matlab高斯金字塔算法代码(转自研学论坛ActionLi) (2008-01-24 10:13:38) 转载 标签: 杂谈 分类: 学习知识 function memo() imbase=imread('Guas.jpg'); imsmooth=OGuassion(imbase); im1=ODownSample(imsmooth); im1=uint8(im1); imwrite(im1,'O128.jpg'); imsmooth=OGuassion(im1); im1=ODownSample(imsmooth); im1=uint8(im1); imwrite(im1,'O64.jpg'); imsmooth=OGuassion(im1); im1=ODownSample(imsmooth); im1=uint8(im1); imwrite(im1,'O32.jpg'); %-------------------------------------------------------------------------- %---优化后的做法 function r=OGuassion(im) radius=5; sigma=1; GaussianS=fspecial('gaussian',2*radius+1,sigma); im=double(im); =size(im); for i=1:z GaussianSmooth(:,:,i)=GaussianS; end r=zeros(m,n,z); for i=1:m for j=1:n %对称构成图像的小块区域 row=i-radius:i+radius; if i-radius1 row(1:radius-i+1)=i+radius:-1:2*i; end if i+radiusm row(radius+m-i+2:2*radius+1)=i-radius:2*i-m-1; end col=j-radius:j+radius; if j-radius1 col(1:radius-j+1)=j+radius:-1:2*j; end if j+radiusn col(radius+n-j+2:2*radius+1)=j-radius:2*j-n-1; end r(i,j,:)=sum(sum(im(row,col,:).*GaussianSmooth(:,:,:))); end end %向下采样 function r=ODownSample(im) =size(im); r=im(2:2:m,2:2:n,:);
什么样的科研成果是有意义的呢?这里有一个简单的标准:是否被专业领域内的经典教科书收录。但并不是每个人都喜欢读教科书,所以另一个标准是是否产生公众影响力。scinece、nature及专业内顶级期刊一般是要兼顾这两条标准,而中档期刊内容多作为学科知识体系架构的完善也就是证实原理或应用来审稿,至于最广大的一般期刊往往是两条都想沾边但都沾不上边,文章中看不到作者任何自己的想法而仅仅是别人想法的堆砌与演绎,置于公众影响力可能从未考虑过。如果用图来演示大致如下图,现实的情况往往是关注顶级期刊的人相对较多但另一些对学科很重要的研究却因为过于专业或影响力不大而被忽视,而文章数量的话却是一个倒金字塔————多数文章既没专业影响力也没实际意义。其实,科研人员往往会从属于某个研究领域且对该领域内知识有较好的把握,那么为什么不把这部分知识共享出来呢?面对问题整体协作要强于单兵作战而闭门造车却往往跟伪科学脱不了干系,那种害怕自己想法被剽窃的行为是很幼稚且自卑的。图中标出的区域正是我想尽力弥补的,如上篇文章一样,这篇文章也是来介绍一些发表在EST上我感觉有意思的研究工作。 DOI: 10.1021/es203138c China’s Cities Need to Grow in a More Compact Way 这是作为一个观点被提出来的,作者是城环所的赵景柱研究员,在这项工作中他认为中国的城市发展模式应该是集约型的,这个观点很有现实意义。在北京,过大的城市规模事实上造成了内部资源流动的成本过高而降低了整体的工作效率与生活质量,而较小却建制齐全的集约式城市更有利于人们生活。泛泛而言也许感觉不出来,但由于城市规模的无限制外扩,空心村,旧城改造,耕地过度征用等问题都会涌现出来,对个人言,每天的堵车则是大城市的通病。其实这种资源上的配置与能源配置很相似,我们过度看重了新能源与新矿藏的勘探而恰恰忽略了利用率的提高,长此以往,所谓的大城市也很容易被新旧开发的城区分割为城中城,资源配置的倾向性会增强,容易造成矛盾激增。当然上面的吐槽可能依据不足,但文中时用的的表示城市密集度的NCI作为一种评价城市的指标也很有现实意义,以下为文中给出的2000与2007年国内35个城市的NCI分布。 DOI: 10.1021/es202296a Sensitivity of Polar and Temperate Marine Organisms to Oil Components 这篇文章属于数据挖掘类,通篇并没有实际去做实验而仅仅是汇总演绎了文献与数据库中数据,最终得到了石油污染对于极地生物与温带生物的敏感性差异不大,其多数急性毒性数据可以通用的结论。这篇文章亮点在于他没有实际去做实验,这让我们这些实验党各种羡慕嫉妒恨,但另一方面从数据中提取信息也确实是一种能力的体现。此外,物种敏感度这个概念也是值得重视的,因为不同的物种敏感度会给污染物的评价带来极大的不确定性,这方面数据规律的把握对于环境影响评价至关重要。
资本主义体系的金字塔 一美元上的金字塔和眼睛: 一美元纸币背面的两个圆环状内所描绘的图案,“白头海雕”和“金字塔”,其实是美国国玺(THE GREAT SEAL OF THE UNITED STATES)的正反面的图案。 美元纸币背面(美国国玺)的金字塔和一只眼睛代表了什么含义? 一切向钱看 ! 当然,也可以理解为:站得高,看得远,一切向前看。但只有脱离资本主义社会体系,才能有这样的觉悟和眼光。 关键 看顶层的袋袋里装的是什么货了 顶层的袋袋,既可指国家的顶层,也可指一个人的顶层——脑袋!!