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snakemake 学习笔记1: yijiaobai 2019-4-3 09:15; 1, snakemake介绍 Snakemake是用Python3写的一个流程化工具, 非常方便. 官网上的例子有点难度, 这里用最简单的案例解释一下snakemake的应用方法. 安装方法 easy_install3 snakemake 或者: pip3 install snakemake 也可以从源文件安装: git clone https://bitbucket.org/snakemake/snakemake.git cd snakemake virtualenv -p python3 .venv source .venv/bin/activate python setup.py install 2, 一个简单的案例思路: 1, 生成一个1.txt文件 2, 生成一个2.txt文件 3, 使用cat命令, 将两者合并为hebing.txt echo hello number1 1.txt echo hello number2 2.txt cat 1.txt 2.txt cat 1.txt 2.txt hebing.txt 3, 生成snakemake脚本生成一个名为:Snakefile的文件 (base) $ cat Snakefile rule test_cat: input: 1.txt, 2.txt output: hebing.txt shell: cat {input} {output} 这里有四个参数: rule: 是名称, 这里命名为test_cat Input: 输入文件, 这里是”1.txt”, “2.txt” Output: 输出文件, 这里是”hebing.txt” Shell: 这里是要执行的脚本, 输入文件是{input}, 输出文件是{output} 4, snakemake -np 使用 -np 查看转化后的命令 (base) $ snakemake -np rule test_cat: input: 1.txt, 2.txt output: hebing.txt jobid: 0 cat 1.txt 2.txt hebing.txt Job counts: count jobs 1 test_cat 1 5, 执行命令 snakemake snakemake默认执行的文件名是: Snakefile, 如果想要指定自己编写的文件名, 可以加上参数: —snakefile 比如: 文件名为a.snake snakemake --snakefile a.snake 如果文件名是默认的Snakemake, 不用加参数, 直接运行snakemake即可直接执行. (base) $ snakemake Provided cores: 1 Rules claiming more threads will be scaled down. Job counts: count jobs 1 test_cat 1 rule test_cat: input: 1.txt, 2.txt output: hebing.txt jobid: 0 Finished job 0. 1 of 1 steps (100%) done 查看结果: (base) $ cat hebing.txt hello number1 hello number2 可以看到, 使用snakemake, 成功的将1.txt 和2.txt 合并为hebing.txt. 6, 运行成功, 重新运行时显示Nothing to be done, 即不会执行. (base) $ snakemake Nothing to be done. 如果heibng.txt文件被删掉了, 会重新执行. 这是一小步, 也是一大步.; 个人分类: 便捷操作|4183 次阅读|0 个评论

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