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识人识面不识心--摇蚊科一新种
XX549137457 2020-2-7 16:52
Morphology lies: a case-in-point with a new non-biting midge species from Oriental China (Diptera, Chironomidae) 该摇蚊科新种的发现比较有趣。该标本通过形态检索表 具有 Einfeldia 特征的上附器和宽大的肛尖,可以归入恩思菲摇蚊属 Einfeldia 属,同时查找以往的的文献,发现师姐于雪的硕士论文中也将其放入了 Einfeldia 属。但后续通过分子数据的系统发育分析,发现该物种并不像预定的属,而是与另一个属形成了单系 Kiefferulus, 这种情况与2019年的另一篇摇蚊科新种情况类似(Qi et al. 2019),即中华二叉摇蚊,基于形态学的特征,齐鑫博士本打算建立一个新的属,但是基于分子的系统发育分析,与二叉摇蚊属形成了单系,所以放到了二叉摇蚊属 。 后期与导师讨论,决定将其作为球附器摇蚊属 Kiefferulus 的新种,发表在Zookeys上。以下是文章的摘要。 Morphological traits are generally indicative of specific taxa, and particularly function as keys in taxonomy and species delimitation. In this study, a non-biting midge species with an Einfeldia-like superior volsella makes it hard to accurately determined based on its morphological characteristics. Molecular genes of two ribosomal genes and three protein-encoding genes were compiled to construct a related genera phylogeny and to address the taxonomic issues. Phylogenetic inference clearly supports the undetermined species as belonging to Kiefferulus. Therefore, a new species classified in the genus Kiefferulus is described and figured as an adult male from Oriental China. The species could be easily distinguished from other species in having an Einfeldia-like superior volsella and a triangular tergite IX.
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第三届摇蚊学研讨会在台州成功召开
XX549137457 2019-11-15 08:02
“第三届中国摇蚊学研讨会”在台州隆重召开 2019年11月8-11日,来自南开大学、生态环境部华南环境科学研究所、暨南大学、天津师范大学等全国11个单位的50余名专家学者,参加了由台州学院生命科学学院主办的第三届中国摇蚊学研讨会。大会开幕式由台州学院生命科学学院教师、会议学术委员会秘书宋超老师主持。 本届研讨会通过搭建不同科研单位及高校之间的合作平台,深入快速、有效的聚焦研究摇蚊科及相关领域中当前备受关注的重要问题。会议的召开为推动我国摇蚊学研究发展、增强我国在国际摇蚊学界的影响力等方面具有重要意义。 学术报告精彩纷呈,各位专家学者分享了最新的研究成果。来自南开大学生命科学学院的博士生导师王新华教授做了《中国摇蚊研究进展与展望》的大会特邀报告,介绍了近两年来国外内摇蚊学研究的进展,并展望了未来摇蚊学研究的热点问题;来自暨南大学的唐红渠博士做了《广州地区水生昆虫群落时空动态变化及影响因子分析》,特别介绍了摇蚊科虫昆虫在生态系统中的指示功能;来自天津师范大学的闫春财博士做了《世界隐摇蚊属分子系统学研究进展》的主题报告,并就科学研究与中小学自然科普展开了深入的探讨;来自南开大学的的林晓龙博士做了《基于整合分类学与分子系统学探索摇蚊科昆虫生物多样性及谱系关系》的主题报告,对我国摇蚊科生物多样性的评估提出了重要的理论指导。 本届研讨会内容十分丰富。会议主题涉及摇蚊传统分类学、DNA条形码、几何形态学、系统发育、摇蚊毒理学、水质监测等。会议包括特邀报告1个,主题报告7个,分组报告8个,另外还有多个墙报展示。报告结束后,参会同学积极踊跃互动,交流自己的观点。 台州学院生命科学学院齐鑫教授主持了闭幕式,并宣读了本次研讨会优秀报告、优秀墙报以及优秀志愿者获奖名单。大会学术委员会主席、南开大学博士生导师王新华教授宣布大会闭幕。
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第三届中国摇蚊学研讨会通知(第二轮)
XX549137457 2019-10-17 10:48
第三届中国摇蚊学研讨会通知(第二轮) 第三届中国摇蚊学研讨会定于 2019 年 11 月 8-10 日在浙江省台州市召开。此次会议由台州学院生命科学学院主办,旨在促进我国摇蚊学及其水环境和动物资源保护等研究的交流和发展。欢迎全国高等院校、研究院所和企事业单位相关学者和研究生踊跃投稿、参会。先将有关事宜通知如下: 一、会议日程 会议时间: 2019 年 11 月 8-10 日, 8 日全天报到, 9 日全天及 10 日上午会议, 10 日下午会后野外考察,当天返回, 11 日离会。 会议地点:台州远洲凤凰山庄 会议地址:浙江省台州市椒江区解放南路 77-1 号 二、会议主题 1. 传统分类学现状与展望 2. 分子系统学进展与展望 3. 水生态环境的研究与应用 4. 水生生物学的进展与展望 5. 古环境和古气候研究进展与展望 三、会议形式 1. 主题报告 2. 专题论坛 3. 墙报展览 4. 颁奖典礼 四、会议注册 注册方式为电子邮件方式,请将参会回执(附件 1 )发送至邮箱 songchaonk@163.com 。会议注册费(含会后考察费)普通代表 1200 元 / 人,学生代表 800 元 / 人(因生命科学学院无法开具会议注册费发票,由远洲凤凰山庄代开)。 五、会议报告和论文摘要 本届会议拟编辑论文摘要 1 册,进行会上交流。拟在会上做报告或墙报进行交流的参会人员,请各位将其摘要在 2019 年 10 月 20 日之前通过 email 至 songchaonk@163.com 。 六、会议住宿 参会代表的住宿统一安排在远洲凤凰山庄,路线见附件 2 。住宿发票由参会代表与酒店自行结算,如有需要,会务组可协调合住,以分担房费。参会人员自行解决往返旅费。 七、会后考察 2019 年 11 月 10 日前往仙居国家公园考察 (http://www.xjgjgy.com/) ;如需会后自行野外采集,请于 2019 年 10 月 20 日前发信告知,以便协助安排住宿等事宜。 八、会议筹备组联系方式 齐鑫: 13736667263 台州学院生命科学学院 宋超: 15267209882 台州学院生命科学学院 台州学院 生命科学学院 2019 年 10 月 12 日 附件 1 : 参加第三届中国摇蚊学研讨会报名回执 (请于 2019 年 10 月 20 日前返回回执) 姓 名 性 别 职 务 职称 / 学历 工作单位 移动电话 E-mail 住宿要求 宾馆价格(元 / 间 • 晚): 340 元 / 单人间, 340 元 / 标准间 □ 不需住宿, □ 单人间, □ 标准间(可拼住) 入住时间: 月 日;离店时间: 月 日。 报告 (海报)题目 其他要求 注明发票开具的具体要求。 注意事项: 1. 参加仙居国家公园考察的,请于 2019 年 10 月 20 日前提交回执,便于安排。 2. 会议回执请发送至会务组邮箱 songchaonk@163.com 。 附件 2 远洲凤凰山庄路线指南 1. 起点:路桥机场,从台州民航站(始发站)乘坐 917 路公交车,在远洲凤凰山庄,步行 500 米至目的地;打车约 60 元。 2. 起点:台州站,从客运中心站(始发站)乘坐 903 路公交车,在白云新村站下车,步行约 1200 米至目的地;打车约 60 元。
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形态和分子数据在系统发育中的应用
热度 1 XX549137457 2019-8-15 21:48
形态和分子数据在系统发育中的应用 从达尔文的物种起源开始,生物学家已经开始利用表型特征对物种的进化进行了初步的探究,开始有了进化树和系统发育学的概念。在随后的一个世纪,生物学家普遍运用表型特征,特别是利用形态学特征构建物种的系统发育关系。支序分类学理念的出现,生物学家更加注重表型特征对系统发育树构建的作用。 然而随着科学技术的发展,从二十世纪六十年代开始,分子数据逐步被运用起来(染色体,氨基酸,核苷酸等)。特别是近几十年来,测序技术的飞速发展,从 1977 年 Sanger 测序到 2005 年二代测序仪的出现,仅仅用了不到 30 年的时间。分子数据信息可以说是呈现爆炸式增长。系统发育研究的载体从单个小片段,到线粒体基因组到转录组,现在已经进入到系统基因组学时代。与此同时,表型数据的挖掘也在不断提升,包括电镜、断层扫描技术,表型领域的 “ 二代技术 ” 所产生的数据信息也在不断增加 (Garcia et al., 2017) ,但与分子数据获得信息仍然无法相比。 一部分人认为表型特征信息在系统进化中的地位逐渐降低,但传统分类学家认为表型信息在系统发育进化中起着不可替代的作用。首先,可以通过形态特征的变化来追踪相应的分子变化,即表型和基因型的联系。其次,灭绝物种是分子数据获取中无法跨越的鸿沟。化石证据形的态特征,在生物的进化过程中曾扮演着重要的角色。对于一些化石物种,在物种进化中位置,只能通过形态学数据来界定,进而对时间节点进行校订。没有形态学信息,就永远不能推论物种的进化史。当依赖大数据进行建树的同时,形态学特征应该作为一个检验其正确与否的参照。所有依据分子数据构建的物种树都是基于现生物种,即便所使用的模型再精确,使用何种推论方法,始终无法正确的推断物种的进化历史。形态证据,尤其是化石证据,无疑是解决上述问题的根本所在(任东 2017 )。 相对于分子数据,形态学信息可以避免“长枝吸引”等进化噪音的形成 (Baker et al., 1998; Grant Kluge, 2003) 。分子数据无可避免的受到核酸替代饱和 ( saturation )、旁系同源( Paralogy )、不完全谱系( incomplete lineage sorting )、平行转移( horizontal transfer )、碱基偏向性( base composition bias ),密码子偏向性( codon usage bias )、甚至是组学水平的适应性趋同进化 (Foote et al., 2015; Parker et al., 2013) 等许多因素的影响,甚至导致错误的系统发育树。 在相似的选择压力下,亲缘关系较远的物种,不仅形态学特征容易形成趋同进化,这种变化同样发生在分子水平 (Castoe et al., 2009; Kriener et al., 2000; Li et al., 2008; Zhang Kumar, 1997) 。 Parker et al. (2013) 在 Nature 上发表了依靠回声定位类哺乳动物在组学水平趋同进化的现象。他们分析了 22 类哺乳动物 2,326 个直同源编码基因,发现约 200 个基因具有趋同进化的迹象。尤其在蝙蝠和海豚中更为普遍,这些基因大部分和听力、视力相关(感官基因)。 Foote et al. (2015) 年同样在 Nature 上阐述了海生哺乳类动物在组学水平的趋同进化的现象。 但是,在大数据时代的今天,分子数据相对于形态学数据具有更大的优势。其一,分子数据的获取更加便利和客观。 1. 无论是单基因片段,还是转录组或是基因组其获取方式比较固定,无论哪个测序公司的测序仪器通过解码核苷酸获得的数据信息基本一致。反观,在形态特征选取和编码时,分类学家的主观意识占据主导地位。 Scotland et al.(2003) 在 512 项研究中发现,使用形态特征来推断系统发育关系的论文中,只有 20% 的论文明确的指出研究中选择特征的准则(特征的选择和丢弃)。在这仅有的研究中,他们倾向说明具体的选择或丢弃策略,例如种内变异,缺失位点,连续性特征,特征的极性和趋同性状况。每一个分类学者就会根据自己的定义,编码出不同的数据矩阵 (Hetherington et al., 2015) 。 2. 形态学特征选取的不均衡性。例如,在区分生物学物种的时候,往往更加偏重生殖隔离,所以在生殖节上选取的特征会更多,更细致。 3. 获取形态学性状耗费较长的时间。从林奈分类学的形态特征到当今的形态描述,形态数据的信息增加量屈指可数。 其二,分子数据可操作性更强。 1. 模型的选择问题。对于分子数据来讲,具有明确的核苷酸替代模型,既包括简单 JC69 或者复杂 GTR 模型或者加入更多参数的其他模型 (Felsenstein, 1981; Jukes Cantor, 1969; Yang, 1993; Yang, 1996) 。核苷酸的同源性比较明确,即一个核苷酸可以被另一个核苷酸所替代。每个位点的状态直观明确,分别由腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶和胸腺嘧啶构成。 对于形态学特征状态的界定,往往无法找到明确的定义,每个特征具有独立的演化模式,并且状态的转化方式尚未可知,因此使得模型的选择则更加困难。 Hawkins (2000) 运用九种不同的编码策略进行形态学的支序学分析,不同的编码策略会影响系统发育的分析结果,因此这无形中增加了主观意识对系统发育的影响 (Forey Kitching, 2000) 。 但分子数据的分析过程比形态数据分析更为繁杂。形态数据分析过程不存在比对的问题,而分子数据的比对问题则是分析过程中至关重要的一环。如果比对环节出了问题,后续的结果不能令人信服。尤其是 rDNA 片段区域和内含子区域其中的高变异区段,目前并没有完美的比对的方法,而人工校对则更加困难。此外,在大数据的背景下,无论运用简约法、似然法或贝叶斯推论法,其运算时间耗时较长。 基于生物分子进化历史的重建首先需要发现和分析缓慢进化的核苷酸或氨基酸序列。并非所有的基因或大分子都合适作为系统发育的标记,或者所有分子标记都可用于给定的一组生物 (Patwardhan et al., 2014) 。在海量的分子数据中,筛选适合的分子标记用于系统发育研究至关重要。在选择标记时候应该注意一下几点: 1. 单拷贝基因效果可能比多拷贝基因更适合,一般选择线粒体和核基因。 2. 基因序列要求具有较少的插入或者缺失,或者通过二级结构能辅助其正确比对。 3. 具有足够信息位点。某些基因可能进化速率太快达到了饱和状态,不利于后续的分析。 4. 具有可以扩增该基因的通用引物。引物不应过于通用,因为在这种情况下它会导致非特异性基因的扩增 (Yli-Mattila et al., 2000) 。
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GMT+8, 2024-6-17 02:30

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