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R语言使用ggplot2对冗余分析(RDA)等约束排序分析结果作图: NiuGuoxiang 2020-2-5 15:31; R语言使用ggplot2对冗余分析(RDA)等约束排序分析结果作图冗余分析(RDA)等约束排序分析常常被用来分析群落物种数据，并找到哪些环境因子对物种数据有所影响。之前用R进行RDA分析，但是结果往往是用sigmplot展示作图，最近用R语言作图有好多小问题需要克服，记录一下。关于RDA分析，也看了好多别人的资料，不再做记录，这里推荐刘尧科学网博客 http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1182489.html ，里面也有很多其他的分析，都很详细，看了好几遍，但是必须自己做一遍，才能把握整个过程。这里只记录作图代码以备以后用。数据简单说明（仅举例），共4个氮素水平，对照（CK），N2（每年每平方米加氮2g），N10（10g），N50(50g), 每个处理6个重复，共24个样点。环境因子共有9个（图1蓝色箭头），微生物群落结构是7个数据（图1红色箭头），PLFA实验数据。文件rdatu1: RDA分析后环境因子坐标 biplot 文件rdatu2: 微生物群落结构坐标 species 文件rdatu: 24个样方点坐标 sites 数据格式如下，这些坐标可以直接用代码获取，这里留存进行二次分析。要解决的小问题？ 1. 分组绘制颜色: 如图3，即不同处理的样方点分组显示不同颜色，环境因子和微生物结构分组显示。我在文章上经常见到图一和二类似的图。原本环境因子和微生物因子坐标是一个文本，作图时遇到问题，总想改动代码一次性把图画好，发现一直运行不了，就把数据分成两部分，把画线部分重新写了一遍，试一试，发现真可以。 2. 文字显示: 文字老是重叠或遮挡如图1，以前在sigmplot可以手动调，但是箭头画的不好，这里加载ggrepel包，画图时把geom_text 改为geom_text_repel（即代码绿色部分）即可。ggrepel包和ggplot2语句几乎是通用的。 3. 微生物群落和环境因子数据坐标数据差异太大。有时候作图发现，箭头很长或很短，很不美观，也不能清晰的展示内容。这时候可以把微生物群落数据新坐标（一般是物种数据太大，在外围；环境因子数据太小，聚在中间）同比例缩小，但切记是同比例，且必须所有的微生物坐标都要缩小。这种做法是允许的，也不会影响群落结构与环境因子的关系。以下是作图的代码，只需要改动红色部分就可以，这些作图的小技巧同样适用于其他约束排序和非约束排序分析。 library(ggrepel) ##这个包能最大可能使图中文字显示，减少文字重叠。 library (ggplot2) rdatu-read.table(clipboard,header=T) ##解释因子新坐标 rdatu1-read.table(clipboard,header=T) ## 微生物因子新坐标这三个坐标也可以用R代码获得见以上链接，这里主要是需要保存一下RDA分析结果 rdatu2-read.table(clipboard,header=T) ##样方新坐标，示例24个数据，4个处理，每种处理6个重复 P1- ggplot( rdatu, aes(RDA1, RDA2)) + # 换成rdatu2，后两行#去掉运行就得图三，这里只做图1和2； #geom_point(aes(color =Treatment)) + # 绘制点图 #scale_color_manual(values = c('red', 'orange', 'green3',blue)) + #按照处理绘制点颜色 theme(panel.grid = element_blank(), panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent'), legend.title = element_blank(), legend.key = element_rect(fill = 'transparent')) + labs (x = 'RDA1 (37.75%)', y = 'RDA2 (6.52%)') + geom_vline(xintercept = 0, color = 'gray', size = 0.5) + geom_hline(yintercept = 0, color = 'gray', size = 0.5) + geom_segment( data = rdatu , aes(x = 0,y = 0, xend = RDA1,yend = RDA2), arrow = arrow(length = unit(0.1, 'cm')), size = 0.3, color = blue) + geom_text_repel( data = rdatu , aes(RDA1 * 1.1, RDA2 * 1.1, label = group), color = blue, size = 3) + geom_segment( data = rdatu1 , aes(x = 0,y = 0, xend = RDA1,yend = RDA2), arrow = arrow(length = unit(0.1, 'cm')), size = 0.3, color = red) + geom_text_repel ( data = rdatu1 , aes(RDA1 * 1.1, RDA2 * 1.1, label = group), color = red, size = 3); 个人分类: 统计学习|17655 次阅读|0 个评论

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