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MaterialStudio & Gaussian中构建反应过渡态输入文件的方法: autodock 2020-4-15 21:00; 0. 化合物结构的构建，化合物结构的构建可先在ChemDraw中绘制平面结构并保存为cdx格式文件，保存后cdx文件用Chem3D打开，在Chem3D中使用Calculations——MM2——Minimize Energy对结构进行初步优化（这一步骤中Chem3D优化的分子结构的键长、键角），初步优化后的结构另存为mol2格式，在gaussian view中打开，另存为XX.com/XX.gjf文件，添加基组/泛函等关键词后再提交到工作站进行计算。正常计算结束后得到的log/out文件在gaussian view中打开。另存为mol/mol2/pdb格式的文件。产物文件和反应物文件的制作方法均相同。反应物或产物的结构也可以直接在MaterialStudio中制作，但是MS中制作复杂化合物的结构稍显麻烦。 1. 在materialstudio中打开优化后的反应物结构，复制反应物结构另存为 cis-opt.xsd 2. 同时打开优化后的产物结构，复制反应物结构另存为trans-opt.xsd，这两个结构的原子数应保持一致 3. 点击Tools-Reaction Preview，进行原子匹配。完成匹配后会生成cis-opt-trans-opt.xtd文件，在这一步骤中生成的过渡态结构数可根据需要自行调整。若使用TS命令进行过渡态搜寻，将生成的中间结构作为初始猜测结构，取出其坐标，添加相应的泛函/基组及其他关键词即可进行计算。 4. 选择软件栏中的gaussian程序进行计算 5. 在Task中选择TS Search，Task-More中选择QST2或者QST3，调整其他相应的基组/泛函参数，在Job Control中修改文件名字，保存，MS软件会直接生成相应的输入文件。 6. 点击Files保存输入文件，此时，MS中会自动生成XX.ginf格式的输入文件，修改文件格式为com或gjf。即可提交至Linux系统进行计算。（在MaterialStudio中制作输入文件时能根据关键词自动生成相应的文件，可大量减少格式错误。）采用QST2计算时的文件格式及部分关键词 %chk=cis-opt-trans-opt.chk %Mem=2048MB #p B3LYP/6-31G* SCF=(MaxCycle=65) OPT=(QST2) GEOM(PrintInputOrient) cis-opt-trans-opt TS Search 0 1 C 1.551400 -0.496700 0.071200 C 0.730300 0.557400 -0.095900 C -0.730100 0.557400 0.095900 C -1.551600 -0.496500 -0.071100 H 1.185600 -1.464800 0.404500 H 2.619400 -0.416300 -0.106900 H 1.165100 1.516300 -0.379200 H -1.164500 1.516500 0.379100 H -1.186600 -1.464700 -0.405000 H -2.619500 -0.415700 0.107400 Product 0 1 C -1.857400 0.108900 0.000000 C -0.610000 -0.401900 -0.000100 C 0.610000 0.401900 -0.000200 C 1.857400 -0.108900 0.000000 H -2.034200 1.182300 0.000000 H -2.736300 -0.527700 0.000300 H -0.474300 -1.484000 0.000300 H 0.474300 1.484000 0.000500 H 2.736300 0.527700 0.000200 H 2.034200 -1.182300 0.000100 采用QST3时部分关键词和输入文件格式 %chk=cis-opt-trans-opt.chk %Mem=2048MB #p B3LYP/6-31G* SCF=(MaxCycle=65) OPT=(QST3) GEOM(PrintInputOrient) cis-opt-trans-opt TS Search 0 1 C 1.551400 -0.496700 0.071200 C 0.730300 0.557400 -0.095900 C -0.730100 0.557400 0.095900 C -1.551600 -0.496500 -0.071100 H 1.185600 -1.464800 0.404500 H 2.619400 -0.416300 -0.106900 H 1.165100 1.516300 -0.379200 H -1.164500 1.516500 0.379100 H -1.186600 -1.464700 -0.405000 H -2.619500 -0.415700 0.107400 Product 0 1 C -1.857400 0.108900 0.000000 C -0.610000 -0.401900 -0.000100 C 0.610000 0.401900 -0.000200 C 1.857400 -0.108900 0.000000 H -2.034200 1.182300 0.000000 H -2.736300 -0.527700 0.000300 H -0.474300 -1.484000 0.000300 H 0.474300 1.484000 0.000500 H 2.736300 0.527700 0.000200 H 2.034200 -1.182300 0.000100 TS Location 0 1 C 1.105650 -0.742722 1.098915 C 0.856364 0.166043 0.139717 C -0.459354 0.705527 -0.211200 C -1.390922 0.162899 -1.013965 H 0.289277 -1.320363 1.525674 H 2.112332 -1.092088 1.305003 H 1.671463 0.507138 -0.497108 H -0.651278 1.687622 0.218517 H -1.142237 -0.373709 -1.923725 H -2.391570 -0.037623 -0.641341 *本文为本人在学习使用MaterialStudioGaussian过程中的一些笔记，其中计算中采用的关键词(基组/泛函等）不一定合理，请各位在使用过程中根据自己体系需要选择合理的关键词。; 个人分类: 科研笔记|8372 次阅读|0 个评论

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