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PNAS:中科院的敲门砖
热度 2 isechina 2020-7-29 09:44
据报道,要想在中科院系统谋取一个position,门槛是两篇PNAS一作或通信。 背景介绍 PNAS,美国国家科学院院刊, 全称是Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,作为全球屈指可数的“百年名刊”之一,同时作为国际期刊界的“四大天王”(Nature,Science,Cell,PNAS)之一,于1914年创刊,出版频率是周刊。 据报道,要想在中科院系统谋取一个position,门槛是两篇PNAS一作或通信。 PNAS的每一篇研究论文都由美国国家科学院(National Academy of Sciences-NAS)的一名院士编辑和处理。NAS是一个私营非营利组织,由2405名美籍院士和483名外籍院士组成,其中183人是诺贝尔奖得主。PNAS这本期刊总结起来有4大特点: 1, 全球性 62%的投稿来自美国以外地区,作者分布广泛。95%的投稿来自作者直接投稿而非美国院士专享绿色通道。 2, 投稿初稿无需调整格式 投稿的时候不需要根据杂志的要求调整正文、参考文献和图片等格式。 3, 审稿和上线速度快 首次投稿成功到第一次决定平均时间3周。文章接收后4-5周online。 4, 支持开放获取 PNAS是混合出版模式期刊,但是支持单篇文章开放获取。 发表文章种类 PNAS发表研究报告、简报、通信、杂志头版内容、学术评论、观点和学术讨论等(research reports, Brief Reports, Letters, Front Matter magazine content, Commentaries, Perspectives, and Colloquium Papers)类型的文章。 根据George Ellery Hale在1914年定下的指导原则,PNAS还发表美国科学院(NAS)院士和外籍院士关于其研究工作的重要贡献的首次简要公告。所有提交的稿件在接受之前都要经过编委会成员的评估。PNAS是一本综合性期刊,所发表的所有论文都应该让广大的科学读者理解。 PNAS收录的文献涵盖医学、化学、生物、物理、大气科学、生态学和社会科学等。 投稿解析 和大部分期刊不一样,PNAS的稿源有两类:直接投稿和院士供稿。PNAS文章在作者通讯地址的下方都会有一行小字,以 “Edited by...”或“Contributed by...”字样开头的文字。这是区分两类稿件的最直接方式。 1, 自由投稿, 无需NAS院士推荐或署名,这类投稿的稿件占到95%,而最终接受率大概是14%。 这类投稿, 作者只需提交一个合并的PDF文档(包含图表,且无需考虑格式)到期刊。 编辑将筛选和审查所有提交的稿件。这一阶段拒稿率超过50%。对于那些被发送给编辑和审稿人的论文,收到决定的平均时间是45天。如果文章被接受,将在录用后4周内online。 投稿时作者需要 推荐3个编委,3个NAS院士和5个审稿人。 作者应该在他们的投稿信中说明为什么他们推荐的编辑有资格处理论文,以及为什么任何排除某些审稿人。编辑将可以从至少两个有资格的审稿人那里获得对论文的评估意见。 在论文被接受之前,编辑的名字对作者是匿名的。一旦文章发表,文章页面有以 “Edited by...”打头的编委姓名,请注意他们只负责监督审查,但不对文章做任何担保。 2, 院士供稿, 由NAS院士署名作者并提交。这类文章NAS院士自己选择2个或以上审稿人。 NAS院士每年最多可以贡献两篇自己的手稿发表在PNAS上。投稿的论文要经过开放的同行评审(审稿人姓名也公开发表)。大约25%的PNAS上的文章是以“Contributed”的形式发表。院士必须选择在过去48个月内没有与作者合作过的审稿人。所有审稿人的姓名和机构均都会在脚注中发表。NAS院士必须是该论文的通讯作者之一。这些论文以Contributed by 的形式发表。 审稿过程 PNAS采用独特的3级审稿模式。 1, 编委 每篇论文将被分配给来自31个NAS学科之一的编委会成员。NAS编委对每一篇论文做出最终决定。 2, NAS院士编辑 如果编委决定论文应该继续往下操作,那么期刊就会指派一名NAS院士编辑负责监督同行评审过程并决定该工作是否适合PNAS这本期刊。 3, 独立的同行评审人 NAS院士编辑将挑选专业的审稿人来进行审稿。审稿人的报告最后由NAS院士编辑评估,最终决定由NAS院士编辑做出。 编委会和编辑部政策 目前主编是于2018年10月任命的May R. Berenbaum博士。在此之前Berenbaum任职于 Annual Review of Entomology 。 国际影响力 大约5600多名记者订阅来自PNAS的新闻。包括《经济学人》、BBC、美国国家公共广播电台、《科学》、《自然》和主流电视媒体都定期报道PNAS。 年度发文量 PNAS不只是NAS院士们的俱乐部, 我国学者的稿件从2017年开始已超过10%。 影响因子趋势 影响因子总体基本稳定在 9.4 以上。2019年最新影响因子为 9.412。 中科院分区 综合一区 版面费 常规原创性研究文章: 1590美元,每篇文章最多6页 。 超过6页和9页的任何部分每页要额外支付 375美元 , 超过9页和12页的任何部分每页要额外支付 500美元 。 超过12页的文章是不允许的。 简报: 每篇2200美元 。所有简报文章均以 OA形式 发表。 Call for papers PNAS目前正在寻找细胞和分子生物学方面的研究论文,特别是那些反映了跨学科优势的研究。 如果有兴趣,可以与高级编辑David Stopak联系。他将在整个提交和同行评审过程中作为你的联系人。 David Stopak,dstopak@nas.edu ,202-334-1364
个人分类: 论文写作|27331 次阅读|4 个评论
PNAS2019年将终止印刷版
zhpd55 2018-9-10 22:22
PNAS2019 年将终止印刷版 诸平 据《科学家》( The Scientist )杂志2018年9月7日报道,具有百年历史的 《美国科学院院报》(Proceedings of the National Academy of Sciencesof the United States of America,缩写PNAS)将在2019年终止印刷版。PNAS是 美国国家科学院 的院刊,亦是公认的世界四大名刊(Cell,Nature,Science,PNAS)之一,百年经典期刊。自1914年创刊至今,PNAS提供具有高水平的前沿研究报告、学术评论、学科回顾及前瞻、学术论文以及美国国家科学学会学术动态的报道和出版。PNAS收录的文献涵盖医学、化学、生物、物理、大气科学、生态学和社会科学,2016年的 影响因子 为9.661.更多信息请注意浏览原文或者相关报道: PNASto Stop Publishing Its Print Edition in 2019 The move to online-only will allow for articles to be longer in length. Sep 7, 2018 KERRY GRENS P NAS announced on Twitter this week (September 5) that the publication would discontinue its print edition come January, and in July 2019, the journal will extend the page limit on manuscripts. “Eliminating our strict sizing requirements will simplify the author submission and publication process, addressing a common complaint about submitting to PNAS,” Taylor Gedeon , a media coordinator at the journal, tellsThe Scientistin an email.PNAS announced on Twitter this week (September 5) that the publication would discontinue its print edition come January, and in July 2019, the journal will extend the page limit on manuscripts. PNAShas had a six-page maximum, but in July will allow authors to go up to 12 pages for an additional fee. “Flexible article length is more in line with the majority of scientific journals, which do not enforce rigid page limits, and which charge an additional fee for articles exceeding a standard length,” Gedeon writes. Papers will not be able to go beyond 12 pages.
个人分类: 科技期刊研究|5068 次阅读|0 个评论
由于不能重复结果,诺奖获得者Szostak愤怒地撤回PNAS等2篇文章
热度 6 sibscas 2017-12-6 12:19
iNature :诺贝尔奖获得者Szostak在发现了主要结论并不正确之后,已经撤回了2016年在“自然化学”(Nature Chemistry)上发表的一篇探索地球生命起源的论文。 一些研究地球上生命起源的研究人员假设RNA是在DNA或蛋白质之前进化的。 如果这是真的话,那么RNA将需要一种不用酶进行复制的方法。 “自然化学”(Nature Chemistry)的论文发现,某种类型的肽 - 在我们早期的历史中可能已经存在 - 使得RNA自我复制成为可能。 美国马萨诸塞州剑桥哈佛大学化学与化学生物学教授杰克·W·索佐克(Jack W. Szostak)与伊丽莎白·布莱克本(Elizabeth Blackburn)和卡罗尔·格雷德(Carol Greider)分享了2009年度诺贝尔生理学或医学奖,他们对衰老的开创性研究告诉我们,他“令人难以置信 兴奋“的时候,他认为我们至少有一个解决这个问题的办法,”研究人员已经研究了50多年。 但在随后的实验中,Szostak实验室的成员Tivoli Olsen无法重复2016年的发现。 当她回顾Nature Chemistry论文中的实验时,她发现该团队误解了最初的数据:所讨论的肽似乎没有提供促进RNA复制的环境。 Szostak告诉我们这些错误“绝对令人尴尬”: 回想起来,我们 完全被我们的信念所掩盖 (在我们的发现中)......我们并不像我们本应该那样仔细或严格(和Tivoli一样)来解释这些实验。 Szostak补充说: 唯一的补救措施是我们发现和纠正我们自己的错误 ,并找出发生了什么事的人。 鉴于这些问题,作者要求撤回“自然化学”论文“Oligoarginine Peptides Slow Strand Annealing and Assist Nonenzymatic RNA Replication”。 据Clarivate Analytics的Web of Science报道,这篇论文被引用了9次。 以前的重复性问题 2009年,Szostak得知无法复制结果之后,撤回了2008年在“美国科学院学报”(Proceedings of the National Academy of Sciences)上的一篇论文。撤回通知书记录了伯克利加利福尼亚大学的博士生凯瑟琳·贝里(Katherine Berry)提出的问题。 Berry,现在是位于马萨诸塞州South Hadley的Holyoke的生物化学助理教授,她告诉我们她对PNAS的研究很感兴趣,因为它确定了一种潜在的丙型肝炎病毒抑制剂,她想探索这种抑制剂是如何工作的。贝瑞解释说,作者“很高兴合作,并发送肽”。 但在后续的实验中,贝瑞无法重现这一发现。贝瑞向Szostak提交了她的数据。她说,Szostak“对我的努力是非常支持和感激的”,并“发挥了积极的作用”来纠正这些文献。“她解释说,Szostak立即向PNAS工作的一个实验室博士后问了”而当博士后的复制尝试也失败时,他“迅速撤回了出版物”。 已经被引用七次(包括通过撤回通知一次)的论文“Selection of cyclic peptide aptamers to HCV IRES RNA using mRNA display,” has been cited seven times”。 声明 “自然化学”的通知详细介绍了发生的事情: 我们这些作者正在撤回这篇文章,因为我们重复和跟进结果的努力是失败的。具体而言,我们一直无法重现观察结果,表明富含精氨酸的肽允许RNA模板在其互补链存在下的非酶复制(图4e)。我们最初认为这些实验中的变异性是由热变性后样品的快速冷却变化引起的。然而,我们现在了解到,发表的文章中的数据是由错误设计的实验引起的假阳性结果,其中随机误差(包括转移和浓度误差)影响了RNA模板浓度的比例及其互补性链。这导致了在互补链存在下被错误解释为模板复制的假阳性,实际上这些反应不含有足够的互补链来完全抑制反应。 随后的实验表明,富含精氨酸的肽可能不会减慢互补链的退火(图3),并且我们之前解释为退火速率下降的实际上是由于RNA小滴之间的缓慢聚结或链交换而造成的人工制品 - 肽凝聚层,以及导致荧光强度降低的液滴聚结和沉降。类似地,图2c中所示的改变的圆二色谱(其原先被解释为在肽结合后的RNA的全局螺旋结构的变化的结果)也可能是由于例如信号或光的损失散射。尽管富含精氨酸的肽与RNA的结合确实形成了凝聚相液滴,并且尽管大部分RNA确实存在于凝聚相内,但是后续实验证实在这些凝聚层液滴内发生非酶促RNA聚合反应尚无定论(图5d)。 这些实验表明囊泡在富含精氨酸的肽的存在下是稳定的(补充图26,由N.Kamat提供),并且酸性肽缩合RNA的失败已被复制(补充图8,由K.Adamala)。但是,由于我们论文的主要结论是不正确的,所有的作者现在都撤回了这篇文章。作者要感谢蒂沃利·奥尔森博士的广泛努力,以解决我们的文章中的错误,我们向科学界道歉,因为我们的出版物引起的任何混淆。 科学不断向前 Szostak实验室的研究人员奥尔森(Olsen)在2016年的“自然化学”(Nature Chemistry)杂志上发现了这个问题,他告诉我们: 作为一名科学家,工作是排除故障。 你不能帮助别人,但也不能忽视那些需要你的地方。 我履行了自己的义务,确保没有人会在这之后浪费时间。 Szostak告诉我们,他计划继续努力解开“化学复制RNA的问题: 虽然我们对这种方法不起作用感到失望,但我们正在回到制图板,并寻找克服这一障碍的其他方法。 注 :主要来源于Retraction Watch网站。 原文链接 https://www.nature.com/articles/nchem.2551.epdf?shared_access_token=_6aqIqPczWW4tTT0RrSuIdRgN0jAjWel9jnR3ZoTv0NXtWCSXYjhBd2CLhe5OnX7S5ulLnul7cJtFXuLB_nqQmwDwQvwGwqRA7J5b2JygWGeMXhBtemYgNw7jyn3m6N4VAr23w-qiwN3hi60DwtWOA4VIG2FNUVvR6XRR1ibSn0%3D http://www.pnas.org/content/105/40/15293.full 原文解析 http://retractionwatch.com/2017/12/05/definitely-embarrassing-nobel-laureate-retracts-non-reproducible-paper-nature-journal/ 温馨提示 : iNature微信公众号是介绍一流的,最前沿的科研成果,提供专业的完整的同行解析;另外也会介绍全世界知名的实验室及业界大师;同时为公众提供一个了解生命科学及科研过程的平台。
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树线攀升为何戛然而止?
热度 3 gaojianguo 2017-6-4 17:42
树线 (tree line) 指巨大山体上的树木分布到一定海拔高度而无法继续前进的分界线。树线与林线 (forest line) 有细微的差别,它们都是主要受到当地气候的影响形成的。国际学界一直对树线形成的机理进行着孜孜不倦的探索 ( 根本原因是人类对植被分布规律的好奇! ) ,主要研究成果是,低温造成了树木生长的上限。 当然,除了低温,特别是极端最低温能强烈地塑造树线格局,一些其他的因素,如土壤可利用水分、养分和光合产物的分配等都或多或少地影响着树线。但,我们对影响树线形成的生物学因素知之甚少。 多年来,科学家就发现,植物与植物的关系可能会从优越环境中的竞争关系转为恶劣环境中的互利关系,这就是所谓的 “ 胁迫梯度假说 ”(Stress Gradient Hypothesis , SGH) 。在苛刻的树木生长的边界—树线的周围区域,植物之间还会不会那样 “ 相互扶持 ” 呢? 中科院青藏高原研究所的优秀科学家 Liang 等基于世界上最高的树线 (4900 m ,青藏高原树线! ) 的长时间的观测研究发现,树线除了受到温度等因素的影响外,植物与植物之间的竞争强度也发挥着强烈的过滤作用。通过对植被盖度和高度的简单相乘得到的新指标—植物竞争指数,该指数能够很好的预测树线的高度,单个竞争指标可解释树线变异的一半以上 ( 50%) 。这也就解释了树线为何在某一海拔戛然而止。相关研究工作 “ Species interactions slow warming-induced upward shifts of treelines on the Tibetan Plateau ” 已经发表在国际知名期刊 PNAS 上。 讲真,这是我读过的结合年轮、树线和植物竞争关系的最好的 Article 。 这项工作给我们带来了哪些启示呢?我想,主要是以下两点: (1) 气候变暖背景下树线在理论上应该是上升的,但有很多观测数据表明,近百年以来树线在不少地方变化不大,此项研究启发我们多考虑一下植物 - 植物互作的影响,植物种间的竞争关系可能减弱了树线攀升的速率、幅度甚至改变方向; (2) 重新审视 SGH 的良好机会来了。我个人感觉 SGH 是有一些使用条件的,可能不能很好地用来解释树线形成的机理。不同植物功能群也可能具有完全不同的 SGH 响应结果。这就像,同一民族遇到共同敌人会团结一致对外,但不同民族即使遇到共同的敌人也可能各有各的算盘。 Liang 等的工作很出色,估计还可以从土壤微生物学、植物功能群多样性 (functional diversity) 和植物的化学防御,如化感等角度进一步深入揭示树线为何戛然而止。 世界其它地方的树线景观照片
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PNAS:中国研究人员成功实现反事实量子通讯
热度 5 zhpd55 2017-5-6 15:26
PNAS:中国研究人员成功实现 反事实量子通讯 诸平 Credit:CC0 Public Domain 据物理学家组织网 ( Phys.org ) 2017 年 5 月 5 日报道,中国研究人员成功实现直接反事实量子通讯。在非直观的量子领域( non-intuitive quantum domain ) , 反事实性( counterfactuality )现象被定义为是一种从一个地点到另一个地点转移的量子态,而在此之间没有任何量子和经典粒子的传输。反事实性在两个地点之间需要一种量子通道 , 这意味着量子微粒穿过此通道的可能性极小 , 如果能够穿过 , 会丢弃此系统的运行 , 而开启一个新运行系统。因为波粒二象性使其运作,但是波粒二象性是粒子物理学的基础 : 粒子可以单独由波函数来描述。 由物理学家很好理解为一个可行的方案 , 反事实通信理论方面的研究已经在各种期刊上有所报道 , 但直到最近 , 一直没有反事实通讯现象的实际示范。现在 , 来自中国科技大学上海分校 ( University of Science and Technology of China , Shanghai 201315 )和合肥分校( University of Science and Technology of China , Hefei, Anhui 230026 ) 以及清华大学(北京)的中国科学家的合作,已经设计和实验测试了一种反事实的通信系统 , 用 嵌套式的量子芝诺效应( quantum Zeno effect ) ,成功地将一张单色位图从甲地传到乙地。此项研究结果于 2017 年 3 月 29 日在《美国国家科学院院刊》( Proceedings of the National Academy of Sciences , PNAS )网站发表—— Yuan Cao , Yu-Huai Li , Zhu Cao , Juan Yin , Yu-Ao Chen , Hua-Lei Yin , Teng-Yun Chen , Xiongfeng Ma ( 马雄峰 ,清华 ) , Cheng-Zhi Peng , Jian-Wei Pan ( 潘建伟,院士 ) . Direct counterfactual communication via quantum Zeno effect . PNAS 2017 ; published ahead of print April 25, 2017, DOI:10.1073/pnas.1614560114 Significance Recent theoretical studies have shown that quantum mechanics allows counterfactual communication, even without actual transmission of physical particles, which raised a heated debate on its interpretation. Although several papers have been published on the theoretical aspects of the subject, a faithful experimental demonstration is missing. Here, by using the quantum Zeno effect and a single-photon source, direct communication without carrier particle transmission is implemented successfully. We experimentally demonstrate the feasibility of direct counterfactual communication with the current technique. The results of our work can help deepen the understanding of quantum mechanics. Furthermore, our experimental scheme is applicable to other quantum technologies, such as imaging and state preparation. Abstract Intuition from our everyday lives gives rise to the belief that information exchanged between remote parties is carried by physical particles. Surprisingly, in a recent theoretical study , quantum mechanics was found to allow for communication, even without the actual transmission of physical particles. From the viewpoint of communication, this mystery stems from a (nonintuitive) fundamental concept in quantum mechanics—wave-particle duality. All particles can be described fully by wave functions. To determine whether light appears in a channel, one refers to the amplitude of its wave function. However, in counterfactual communication, information is carried by the phase part of the wave function. Using a single-photon source, we experimentally demonstrate the counterfactual communication and successfully transfer a monochrome bitmap from one location to another by using a nested version of the quantum Zeno effect. Researchers achieve direct counterfactual quantum communication May 5, 2017 by Christopher Packham report Credit: CC0 Public Domain ( Phys.org )—In the non-intuitive quantum domain, the phenomenon of counterfactuality is defined as the transfer of a quantum state from one site to another without any quantum or classical particle transmitted between them. Counterfactuality requires a quantum channel between sites, which means that there exists a tiny probability that a quantum particle will cross the channel—in that event, the run of the system is discarded and a new one begins. It works because of the wave-particle duality that is fundamental to particle physics: Particles can be described by wave function alone. Well understood as a workable scheme by physicists, theoretical aspects of counterfactual communication have appeared in journals, but until recently, there have been no practical demonstrations of the phenomenon. Now, a collaborative of Chinese scientists has designed and experimentally tested a counterfactual communication system that successfully transferred a monochrome bitmap from one location to another using a nested version of the quantum Zeno effect . They have reported their results in the Proceedings of the National Academy of Sciences . The quantum Zeno effect occurs when an unstable quantum system is subjected to a series of weak measurements. Unstable particles can never decay while they are being measured, and the system is effectively frozen with a very high probability. This is one of the implications of the well known but highly non-intuitive principle that looking at something changes it in the quantum realm. Using this effect, the authors of the new study achieved direct communication between sites without carrier particle transmission. In the setup they designed, two single-photon detectors were placed in the output ports of the last of an array of beam splitters. According to the quantum Zeno effect, it's possible to predict which single-photon detector will click when photons are allowed to pass. The system's nested interferometers served to measure the state of the system, thereby preventing it from changing. Alice transfers a single photon to the nested interferometer; it is detected by three single photon detectors, D 0 , D 1 and D f . If D 0 or D 1 click, Alice concludes a logic result of one or zero. If D f clicks, the result is considered inconclusive, and is discarded in post-processing. After the communication of all bits, the researchers were able to reassemble the image—a monochrome bitmap of a Chinese knot. Black pixels were defined as logic 0, while white pixels were defined as logic 1. The idea came from holography technology. The authors write, In the 1940s, a new imaging technique—holography—was developed to record not only light intensity but also the phase of light. One may then pose the question: Can the phase of light itself be used for imaging? The answer is yes. In the experiment, the phase of light itself became the carrier of information, and the intensity of the light was irrelevant to the experiment. The authors note that besides applications in quantum communication, the technique could be used for such activities as imaging ancient artifacts that would be damaged by directly shining light .
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[转载]PNAS:'Blurred times' in a quantum world(附原文)
zhpd55 2017-3-10 18:15
PNAS : 'Blurred times' in a quantum world March 9, 2017 Significance We find that there exist fundamental limitations to the joint measurability of time along neighboring space–time trajectories, arising from the interplay between quantum mechanics and general relativity. Because any quantum clock must be in a superposition of energy eigenstates, the mass–energy equivalence leads to a trade-off between the possibilities for an observer to define time intervals at the location of the clock and in its vicinity. This effect is fundamental, in the sense that it does not depend on the particular constitution of the clock, and is a necessary consequence of the superposition principle and the mass–energy equivalence. We show how the notion of time in general relativity emerges from this situation in the classical limit. Whenmeasuring time, we normally assume that clocks do not affect space and time,and that time can be measured with infinite accuracy at nearby points in space.However, combining quantum mechanics and Einstein's theory of generalrelativity theoretical physicists from the University of Vienna and theAustrian Academy of Sciences have demonstrated a fundamental limitation for ourability to measure time. The more precise a given clock is, the more itblurs the flow of time measured by neighbouring clocks. As aconsequence, the time shown by the clocks is no longer well defined. Thefindings are published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ( PNAS ). In everyday life we are used to the idea that properties of an object can be knownto an arbitrary precision. However, in quantum mechanics, one of the majortheories in modern physics, Heisenberg's uncertainty principle asserts a fundamental limit to the precision with which pairs of physicalproperties can be known, such as the energy and time of a clock. The more precise the clock is, the larger is the uncertainty in its energy. Anarbitrarily precise clock would therefore have an unbounded uncertainty in itsenergy. This becomes important when including Einstein's theory of generalrelativity, the other key theory in physics, into the picture. Generalrelativity predicts that the flow of time is altered by the presence of massesor sources of energy. This effect, known as gravitational timedilation, causes time to run slower near an object of large energy, ascompared to the situation in which the object has a smaller energy. Puttingthe pieces together Combining these principles from quantum mechanics and general relativity, the researchteam headed by ?aslav Brukner from the University of Vienna and the Instituteof Quantum Optics and Quantum Information demonstrated a new effect at theinterplay of the two fundamental theories. According to quantum mechanics, if we have a very precise clock its energy uncertainty is very large. Due togeneral relativity, the larger its energy uncertainty the larger theuncertainty in the flow of time in the clock's neighbourhood. Putting thepieces together, the researchers showed that clocks placed next to one anothernecessarily disturb each other, resulting eventually in a blurredflow of time. This limitation in our ability to measure time is universal, inthe sense that it is independent of the underlying mechanism of the clocks orthe material from which they are made. Our findings suggest that we needto re-examine our ideas about the nature of time when both quantum mechanics and general relativity aretaken into account, says Esteban Castro, the lead author of thepublication. More information: Esteban Castro Ruiz, Flaminia Giacomini, Caslav Brukner. Entanglementof quantum clocks through gravity (点击可以免费下载原文) . Proceedings of theNational Academy of Sciences , March 7 2017 , DOI:10.1073/pnas.1616427114 Explorefurther: Oneclock with two times: When quantum mechanics meets general relativity
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恭喜师弟师兄们在PNAS发表论文
热度 3 zls111 2015-9-25 16:11
恭喜 黄霁月,程志号,马红教授,应祥师兄。 我和霁月,志号和 王应祥同一年去复旦的, 霁月开始做实验室科研助理,后来念了马老师的博士,算是师弟,哈哈! 志号是与我一起念马老师的博士。 应祥当时做博士后,年纪和各个方面比我们大,我们就叫他师兄,后来留下来做副教授。 实验室这几年出的成果越来越多,我会慢慢介绍,争取写一个专栏把。 具体内容见下面,还有pdf下载的。 PNAS-2015-Huang-1507165112.pdf Formation of interference-sensitive meiotic cross-overs requires sufficient DNA leading-strand elongation Jiyue Huang a , 1 , Zhihao Cheng a , 1 , Cong Wang a , Yue Hong a , Hang Su a , Jun Wang a , Gregory P. Copenhaver b , c , Hong Ma a , d , 2 , and Yingxiang Wang a , 2 Author Affiliations Edited by James A. Birchler, University of Missouri-Columbia, Columbia, MO, and approved August 28, 2015 (received for review April 14, 2015) PDF PDF + SI Significance Meiosis is essential for eukaryotic sexual reproduction, and meiotic recombination redistributes genetic variations among progeny. Homologous recombination is also important for DNA repair and genome stability. Current recombination models include DNA synthesis, particularly leading-strand synthesis, but its role has not been tested experimentally. Here, we showed that mutations in a DNA polymerase required for leading-strand elongation caused reduced fertility, defects in meiotic chromosome fragmentation and segregation, and reduction of interference-sensitive cross-overs (COs). Because the majority of meiotic COs are produced from the interference-sensitive pathway in budding yeast, mammals, and flowering plants, the discovery of leading-strand elongation in the differentiation of meiotic recombination pathways has important implications in understanding of human reproductive health and crop breeding.
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[转载]PNAS:中科院昆明动物所发表高山倭蛙基因组研究成果
alinatingting 2015-3-3 11:04
 2015 年 3 月 3 日,来自中科院昆明动物所和深圳华大基因国家基因库的研究人员成功破译了高山倭蛙基因组,这是迄今为止破译的首个现代蛙类基因组,也是目前破译的第二个两栖动物的基因组。为两栖动物进化研究提供了新线索。相关研究成果在美国科学院院刊( PNAS )杂志在线发表。 两栖动物是脊椎动物的一个重要分支,目前已知的包括 7000 多个物种,代表着脊椎动物从水生到陆生这一伟大转变的过渡类群。在研究脊椎动物的进化及其背后的分子机制中处在非常关键的位置。随着基因组测序技术和生物信息分析工具的快速发展,大量的基因组被成功解析。然而对于两栖动物这一重要的生物类群,目前仅测序完成了一个物种:非洲爪蟾。非洲爪蟾属于“古老蛙类”( Archaeobatrachia )的一种,而大部分 (95% 以上 ) 的蛙类属于“现代蛙类”( Neobatrachia )。这在一定程度上限制了我们对两栖动物基因组特性的认识。这就迫切需要破译一个“现代蛙类”的基因组。 在本研究中,来自昆明动物所张亚平院士和车静课题组的孙艳波,和华大基因研究院国家基因库生物多样性张国捷博士课题组的熊子军和向薛雁共同合作完成高山蛙的样品收集、测序组装注释,以及后续的比较基因组学分析。高山倭蛙是青藏高原的土著物种,同时也是青藏高原上的绝对优势种,具有广泛的地理分布,因此,该基因组的破译同时也为研究该物种的高海拔适应提供了良好的研究基础。研究人员通过高山倭蛙和非洲爪蟾基因组比较分析发现高山倭蛙拥有更大的基因组,比非洲爪蟾多了近 800M 的基因组序列(高山倭蛙基因组 2.3G ,非洲爪蟾 1.5G )。这种基因组大小的差异主要是由于两者的转座元件含量不同导致的。另外,高山倭蛙的转座元件主要以长末端重复序列( LTR )为主,而非洲爪蟾则是以 DNA 转座子( transposons )为主。相对于非洲爪蟾,高山倭蛙中的 LTR 具有更高的保守性。研究人员进一步分析了转座元件的在基因组的分布关联情况,发现两物种的转座元件分布模式差异很大。 通过对全基因组数据分析,研究人员推算出高山倭蛙和非洲爪蟾的分歧时间大约在 2.66 亿年之前,比 TimeTree 项目记录的时间要早了 4 千万年。尽管两物种分歧时间很久,但是它们染色体间的重排特别少,说明蛙类基因组可能具有相对较慢的进化速率。进一步研究发现,在染色体内部重排速率、基因区和全基因组范围的替换速率,蛙类都比鸟类和哺乳类动物要低。揭示了两栖动物,甚至整个冷血动物,具有比恒温动物更低的进化速率。通过构建四足动物祖先染色体发现,尽管四足动物有 3.6 亿年的进化史,在人的染色体中仍然可以看到较长的祖先序列被完整地保留下来。通过分析染色体断裂,融合事件,发现人的染色体间重排最剧烈,鸡和两栖动物染色体间重排相对较少。高山倭蛙基因组的破译,使我们进一步确认了更多的人类、鸟类、甚至蛙类基因组中的染色体断裂和融合区域,同时通过高山蛙基因组序列鉴定出了 3 个非洲爪蟾特有的重排事件。“这是首次在全基因组范围内比较两栖动物内部的替换速率和重排速率,通过对蛙类基因组的测序和比较分析,我们可以对两栖动物的进化有更多的了解。”来自国家基因库生物多样性课题组的共同第一作者熊子军说道。 此外研究人员还发现两栖动物特有的高度保守区显著富集在 RNA 翻译调控功能上。其中两栖动物特有的高度保守的三个基因是和舌头发育相关。舌头在蛙类中形态已经高度特化,可以用来快速扑捉昆虫和其它猎物。这些基因很可能在两栖动物进化中发挥着重要的作用,即便是非洲爪蟾已经退化不含舌头,但是这些基因依然非常保守。  转自 测序中国 。 更多详细信息也可参见 GenomeWeb 。
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新年喜讯:Zenas公理被外国人实证!(要不要自我炒作一番?)
热度 21 zlyang 2015-1-1 11:01
新年 喜讯 : Zenas公理 被外国人实证!( 要不要自我炒作一番? ) 新年首贴,庆祝 2015 年元旦! Zenas 公理 : Top Journals do not publish Top Results in science and technology. 即, 最顶级期刊发表的论文,一定不是最具创新性的。 是俺多年前就发现的。在浏览科技史时发现的。 作为该公理的实例,该公理一直没有能正式发表。 应该有别的人彼此独立地发现这个现象,欢迎您的表述! 俺最迟在 2012-5-3 14:23 做过明确的表述: 根据当代科学史专家斯蒂 芬·施蒂 格勒(Stephen Stigler)误称定律(the Law of Misonomy), 即“数学中根本没有以其发明者命名的东西。”即使您先提出了,假如没有足够的客观证据,也就被俺“霸占”命名了!尽管 俺真的感谢您! Zenas 公理 ,实际上是普朗克定理 Planck Theorem 的变形之一。 类似的变形还有: “成功人士大多在学生期间学习成绩介 于5%-15%之间,前5%的学 生日后基本没有多大成就。” ( 感谢您提供可信的出处! ) 不成想, Zenas 公理 居然 被 多伦多大学 社会学家 Kyle Siler 等初步量化证实! “最典型 的是这1000篇稿件中引用最高的14篇全部被拒 稿,其中一个被两次拒稿。” “但是研究也发现同行评议存 在的问题,竟然有772篇论文遭遇desk rejected就是没有经过送审给同行而被被编辑直接拒稿,15篇最高引用论文中竟然有12篇有这样的遭遇。” 貌似中国人可以小小地扬眉吐气了! “科学文化的历史积淀不够,科学价值观存在一定偏差,科学原创自信心尚显不足,正在成为制约中国科学走向卓越的深层次因素。”正是由于俺早有所警觉,所以 才能提出 Zenas 公理 ! 要不要在 科学网 或 纸质媒体 炒作一番? 俺 被 洋人“跟风”了! 尽管没有证据证明洋人一定知 道俺的 Zenas 公理 ,但科学一直是承认这种客观事实或发展次序的! 感谢您的建议!感谢您指正任何错误! 谁敢公开支持俺?中国人! Who dares to stand with me? Chinese! 相关链接: 真傻,2012-06-03,随想:关于中国大陆的科研制度与文化 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-578255.htm l 张志东,2008-01-05,Top Journals 是标准吗-1 http://blog.sciencenet.cn/blog-2344-13949.html 2014-06-16,炒冷饭:普朗克定理 Planck Theorem http://blog.tech110.net/?uid-11851-action-viewspace-itemid-72920 人大经济论坛,2013-12-28,Zenas公理 http://bbs.pinggu.org/forum.php?mod=viewthreadaction=printabletid=2811402 甘永超,2012-07-30,中国科研改革的方向 http://bbs.tech110.net/archiver/?tid-23125-page-5.html 孙学军,2014-12-25,好论文同样会被拒稿 http://blog.sciencenet.cn/blog-41174-853652.html 2014-12,Kyle Silera, Kirby Leeb, Lisa Beroc. Measuring the effectiveness of scientific gatekeeping. PNAS: http://www.pnas.org/content/early/2014/12/17/1418218112 中国科学院学部主席团,2014-05-26,中国科学院学部主席团发布《追求卓越科学》宣言 http://www.cas.cn/xw/zyxw/yw/201405/t20140525_4126367.shtml 科学文化的历史积淀不够,科学价值观存在一定偏差,科学原创自信心尚显不足,正在成为制约中国科学走向卓越的深层次因素。 Zenas 公理 2012-05-03( 张志东)科学网—Top Journals 是标准吗-1 - 张志东的博文.rar
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2013年科扎雷利奖(Cozzarelli Prize)简介
zhpd55 2014-4-4 10:00
2013 年科扎雷利奖 ( Cozzarelli Prize ) 简介 诸平 2013 年科扎雷利奖是《美国国家科学院院刊》 (PNAS) 编辑部选择六篇 2013 年在 PNAS 发表的论文,授予 2013 年度 科扎雷利奖 ( Cozzarelli Prize ) , 科扎雷利奖是由美国国家科学院 (NAS) 组织和认可的在不同学科领域有杰出贡献的研究成果。获奖论文是在 PNAS2013 年发表的 3800 多篇研究论文中选择出来的杰作 , 涉及 6 类不同的学科领域。反映科学卓越和创意获奖论文每年评选一次,科扎雷利奖设立于 2005 年 , 是为纪念已故 PNAS 主编尼古拉斯·罗伯特·科扎雷利( Nicholas Robert Cozzarelli )而以其名字命名的奖项。 2013 年度的科扎雷利奖将在 PNAS 编辑委员会会议上进行介绍,获奖者的颁奖典礼将于 2014 年 4 月 27 日 在美国华盛顿举行的 NAS 年度会议期间举行。 尼古拉斯·罗伯特·科扎雷利( Nicholas Robert Cozzarelli ) 1938 年 3 月 26 日出生于美国新泽西州的泽西市, 2006 年 3 月 19 日 在美国加州伯克利的家中,因治疗伯奇氏淋巴瘤而引发的综合征而逝世,享年 67 岁。科扎雷利生前是 PNAS ( Proceedings of the National Academy of Sciences ) 的总编辑,同时也是美国加州大学伯克利分校( University of California, Berkeley )分子和细胞生物学教授, 1989 年因在蛋白质改变 DNA 拓扑结构方面的贡献当选美国科学院院士。 科扎雷利从 1995 年 7 月起出任 PNAS 总编辑,在其任职之初的几个月,他允许国际学术界的研究人员在没有获得美国国家科学院院士举荐的情况下也可向期刊投稿。另外,他也是论文在线免费阅读 (open access ) 的倡议者,他制定的政策让研究人员和公众可以免费在线阅读 PNAS 发表的论文。美国国家科学院执行副院长、 PNAS 出版人 Kenneth R. Fulton 在科扎雷利去世后说: “ 我们为他的去世而深感悲伤。每一个和他共同工作过的人都喜欢且尊重他。 ”“ 作为 PNAS 的总编辑,他深富远见、努力追求高标准,为期刊质量和影响的提高作出了卓越贡献。 ” 2013 年科扎雷利奖获奖者以及获奖论文如下: I 类(物理学科和数学 ) : The prevalence of earth-size planets orbiting sun-like stars , by Erik A. Petigura, Andrew W. Howard, and Geoffrey W. Marcy II 类(生物科学) Task-related 'cortical' bursting depends critically on basal ganglia input and is linked tovocal plasticity , by Satoshi Kojima, Mimi H. Kao, and Allison J. Doupe III 类(工程和应用科学) Gas production in the Barnett Shale obeys a simple scaling theory , by Tad W. Patzek, FrankMale, and Michael Marder. A commentary accompanying this article isavailable: http://www.pnas.org/content/110/49/19660.full IV 类(生物医学) Human placental trophoblasts confer viral resistance to recipient cells , by Elizabeth Delorme-Axford, Rogier B. Donker, Jean-Francois Mouillet, Tianjiao Chu, Avraham Bayer, Yingshi Ouyang, Tianyi Wang, Donna B. Stolz, Saumendra N. Sarkar, Adrian E. Morelli, Yoel Sadovsky, and Carolyn B. Coyne V 类(行为科学与社会科学) Historical collectionsreveal patterns of diffusion of sweet potato in Oceania obscured by modernplant movements and recombination , by Caroline Roullier, Laure Benoit, Doyle B. McKey, and Vincent Lebot A commentary accompanying this article is available: http://www.pnas.org/content/110/6/1982.full VI 类(应用生物学、农学以及环境科学) Neonicotinoid clothianidin adversely affects insect immunity and promotes replication of a viral pathogen in honey bees , by Gennaro Di Prisco, Valeria Cavaliere, Desiderato Annoscia, Paola Varricchio, Emilio Caprio, Francesco Nazzi, Giuseppe Gargiulo, and Francesco Pennacchio For more information about PNAS or the NAS,visit www.pnas.org or www.nasonline.org .
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[转载]PNAS:中国人因空气污染少活5.5岁
jiangming800403 2013-7-10 10:57
日前,4名中国、美国、以色列学者联合在《美国国家科学院院刊》上撰文,称中国淮河以北地区5亿居民因严重的空气污染平均每人缩短5.5年寿命。报告称研究人员收集了1981年至2000年间中国90座城市的数据,当时的主要污染源是这些城市烧的煤。 真科学or伪科学,不过多活5.5岁对人的诱惑还是挺大的。 除了空气污染,还有水污染,还是食品污染,...... 不过现在中国人平均寿命已经76岁多了,大雾迷城的北京更是超过了80岁,按这种方法算下去,中国人都要成老不死了。
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“自降身份”下载PNAS论文全文……【最新消息中科院权限已修正】
热度 1 nowherepuppy 2013-4-2 16:43
【4月10日,最新消息,PNAS已经修正中科院用户权限,目前可以正常下载全部文章了。因此本文仅作参考。】 PNAS的政策是对发展中国家免费开放提供全文下载,虽然中国长期以发展中国家代言人自称,但是人家早就把“金砖四国”剔除在外,因此,没有付费订购的话,只能下载PNAS开放获取的过刊。 PNAS免费开放的发展中国家列表: http://www.pnas.org/site/aboutpnas/developingcountries.xhtml 中科院订购了PNAS,解决了这个不大不小的问题。不过访问中发现,PNAS的提前发布论文Early Edition依然需要付费,看来困扰没有被彻底解决? PNAS Early Edition网址:http://www.pnas.org/content/early/recent 没办法,只好重新捡起以前的贱招,“自降身份”以求权限,方法很简单: 寻找发展中国家的代理,经测试,使用泰国代理成功下载,某代理网站上面就能找到不少可用的: http://www.samair.ru/proxy/ 使用代理时请注意要先启动代理,再访问网站。用这个办法,不需要订购,就可以下载PNAS的全文论文了。
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科学家出重要成果年龄变大
热度 24 zlyang 2011-11-20 11:35
科学家出重要成果年龄变大
科学家出重要成果年龄变大 Benjamin F. Jonesa 和 Bruce A. Weinbergb 发表在PNAS(The Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)的原文《Age dynamics in scientific creativity》在 http://www.pnas.org/content/early/2011/11/03/1102895108 。可惜俺没有钱购买。 该文的Data Supplement: http://www.pnas.org/content/early/2011/11/03/1102895108/suppl/DCSupplemental 第25、26页的图片,如下: 物理学家,无论是理论的还是实验的,做出重大成果(Great Achievement)的年龄都在40岁以后了。 看来像俺一样的老科学家应该受到重视了。嘻嘻! 有关介绍请看: 牛登科 老师《科学家的创造力与年龄》, http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=61772do=blogid=506120 请您提供更多信息!谢谢! 本博文“热门博文”上升中 上面昨天,今天9:00的情况如下:
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PNAS访问困难时的临时解决办法
nowherepuppy 2011-11-3 15:37
PNAS访问困难时的临时解决办法
有段时间发现 PNAS 的页面偶尔会很难打开,导致很多用户以为没法下载 PNAS 全文 。 如果遇到这种情况,可以利用 google 检索全文的直接访问地址下载,作为访问恢复前的临时解决办法。 具体如下,直接在 google 里检索论文标题,然后从结果里找到 pdf 地址,直接下载:
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PNAS: 古气候真能重建吗?
热度 5 gaojianguo 2011-9-11 13:07
PNAS: 古气候真能重建吗?
现在的气候变化研究的十分火热,其中 13 C 同位素技术很受追捧。 Kohn 在 PNAS 上又重新肯定了这种技术,他认为陆生 C3 植物的同位素 13 C 能够用于研究古生态和古气候。从目前相关的研究来看,大家采用的方法大同小异,关键是样本和数据收集上的差别。真能用同位素技术重建古气候事件吗?先不考虑采样是否准确和科学,大部分得出的结论我觉得可信度其实并不高,或许以后证明与现在有上百万年的差别。或许真理只能接近而永远达不到。 生物学家就是这样,当物理学家发明出来时光机器回到过去的时候,生物学家还在屁股后面不停的提出“假说”和“验证理论”。 PNAS 论文 : http://www.pnas.org/content/early/2010/10/20/1004933107.short
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退耕还林功效如何? 结论是中国人疯了
热度 4 ecoliugy 2011-8-4 21:56
退耕还林功效如何? 结论是中国人疯了
退耕还林是中国最大的生态恢复项目,烧钱无数,对其价值和功能评估其价值和意义不言而喻。西安交大和斯坦福大学合作发表了一篇Pnas文章(见附文2)。 2008年4月,通过对西安周至县南部四个山区乡镇20个村庄,近1000人调查,收集到2007年的村民经济相关数据。数据发现,参与退耕还林的村民收入略高于未参与的村民(统计上没区别),参与退耕还林项目的村民在农田种植、主要作物收入、小生意收入、打工收入、畜牧补助收入均略低于未参与者(统计上没区别), 退耕还林参与者得到的唯一好处便是政府补贴 (统计上有差别)。 虽然研究只有2007年的数据,并不能很好的体现当地经济的动态。毕竟老百姓要在那里生活一辈子,而不是一年。但这样的研究本身很有价值,可以给我们提供参考,理解退耕还林到底给老百姓带来了什么,工程是否能可持续地进行下去。 故事可笑的地方在于各方的解读。 Science 首先评论了这篇文。编辑说道:“参与退耕还林项目的村民经济收入增加,特别是中低收入家庭。项目参与者与为参与者之间收入差别虽然减少了(评注:这啥意思呐?),但是退耕还林项目所期待的雇佣关系依旧没有改变。只有林业补助是不行的,也行应该将林业相关的其它活动或畜牧补助也纳入进去” (Participation in the program increased household income, especially for low- and medium-income households. Income inequality was less among households participating in the SLCP than among those that did not; however, it did not change the traditional employment of the participants in the way that had been anticipated—many were still involved in forestry-related activities or animal husbandry. ) Science编辑的评论实在而中肯,还给出了一些建议。然而看看中国的Science(科学网和科学时报)的报到你就会难过了。科学网以“ 报告认为中国退耕还林项目收效显著 ”为题,说“美国斯坦福大学研究人员日前在美国《国家科学院学报》上发表研究报告认为,中国在农村地区实施的退耕还林项目收效显著——在为农民带来经济收益的同时,也在很大程度上恢复了此前受到侵蚀的林地。”,其它报纸,媒体如 财经网 、 中国经济网 、 搜狐网 均是照搬抄袭,瞎写一通,而其它网站则是对“发文”大肆歌颂一番,对问题实质退耕还林则一笔带过,如,西安交大公共政策与管理学院: 我院人口所教师论文在美国科学院院报上在线发表 、西安交大: 人口所教师论文在美国科学院院报上在线发表 、生物通: Science点评西安交大最新PNAS文章 、中国教育和科研计算机网: 西安交大一论文在PNAS发表并被Science文摘报道 、陕西省教育厅: 西安交大一论文在PNAS发表并被Science文摘报道 。相比之下,外国媒体则关注问题本身,如Science Daily: Reforesting Rural Lands in China Pays Big Dividends, Researchers Say 和 Stanford Universitiy News: Reforesting rural lands in western China pays big dividends, Stanford researchers say 。 不比不知道,一比吓一跳。这样的科学新闻还不如 行政消息 可靠呢。 海里的信息之中,就Pnas和Science中的故事是真的,而能读懂Science和pnas文章的人少得可怜,可叹的是能读懂外文文献的人又没权限阅读Science和pnas。 中国人是不是疯了。。。 附件: 1.Science的报道评论: Science 3 June 2011: Vol. 332 no. 6034 p. 1129 DOI: 10.1126/science.332.6034.1129-b Editors' Choice Policy Measuring Subsidy Success Barbara R. Jasny After devastating mudslides and floods in 1998 killed thousands of people and displaced millions, the Chinese government undertook a massive effort to fight erosion, called the Sloping Land Conversion Program (SLCP). Under the SLCP, farmers on steep slopes in the Yangtze and Yellow River basins have been given cash subsidies and rice in exchange for allowing their farmland to be restored to forest or grassland and finding jobs other than farming. Part of the goal was to promote a change in the work activities of the people living in these areas to something that would be more sustainable for the ecosystem. Li et al. surveyed 20 villages containing participants and nonparticipants in 2008 to determine the effects of this program on the economics of people in a rural area of western China. Participation in the program increased household income, especially for low- and medium-income households. Income inequality was less among households participating in the SLCP than among those that did not; however, it did not change the traditional employment of the participants in the way that had been anticipated—many were still involved in forestry-related activities or animal husbandry. Ref.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 7721 (2011). http://www.sciencemag.org/conten ... 2-9bbc-c9e6f6100b14 2. Pnas文章: Rural household income and inequality under the Sloping Land Conversion Program in western China Jie Lia,1, Marcus W. Feldmanb,c, Shuzhuo Lia, and Gretchen C. Dailyc,d,1 a Institute of Population and Development Studies, School of Public Policy and Administration, Xian Jiaotong University, Xi'an, Shaanxi Province 710049, China; bMorrison Institute for Population and Resource Studies and cDepartment of Biology, Stanford University, Stanford, CA 94305-5020; and dThe Natural Capital Project, Woods Institute, Stanford University, Stanford, CA 94305-5020 Contributed by Gretchen C. Daily, February 17, 2011 (sent for review July 11, 2010) Abstract As payment for ecosystem services (PES) programs proliferate globally, assessing their impact upon households’ income and livelihood patterns is critical. The Sloping Land Conversion Program (SLCP) is an exceptional PES program, in terms of its ambitious biophysical and socioeconomic objectives, large geographic scale, numbers of people directly affected, and duration of operation. The SLCP has now operated in the poor mountainous areas in China for 10 y and offers a unique opportunity for policy evaluation. Using survey data on rural households’ livelihoods in the southern mountain area in Zhouzhi County, Shaanxi Province, we carry out a statistical analysis of the effects of PES and other factors on rural household income. We analyze the extent of income inequality and compare the socio-demographic features and household income of households participating in the SLCP with those that did not. Our statistical analysis shows that participation in SLCP has significant positive impacts upon household income, especially for low- and medium-income households; however, participation also has some negative impacts on the low- and medium-income households. Overall, income inequality is less among households participating in the SLCP than among those that do not after 7 y of the PES program. Different income sources have different effects on Gini statistics; in particular, wage income has opposite effects on income inequality for the participating and nonparticipating households. We find, however, that the SLCP has not increased the transfer of labor toward nonfarming activities in the survey site, as the government expected. J. Li, M. W. Feldman, S. Li, G. C. Daily. Rural household income and inequality under the Sloping Land Conversion Program in western China . Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011; DOI: 10.1073/pnas.1101018108
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PNAS怎样进入endnote
热度 4 fatmoon599 2011-5-11 16:48
课堂上其实可以发现许多过去没有关注到的点,有学生提问PNAS怎么进入endnote,我也才注意原来它不是那么明显。 PNAS 导入endnote的流程.ppt
个人分类: endnote问题|13321 次阅读|2 个评论
PNAS建议稿件投稿前最好不要online贴出
热度 4 zlyang 2011-3-25 15:14
PNAS建议稿件投稿前最好不要online贴出 网上贴出的稿件,是否还能再投纸张期刊? 真傻一直弄不很清楚。尽管英语很蹩脚,还是向PNAS(The Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)去email打听。 感谢PNAS好心的回复!现贴在下面。 发件人: PNAS PNAS@nas.edu 主 题: RE: Inquire, ZL Yang 日 期: Thu, 24 Mar 2011 10:21:50 -0400 Dr. Yang, Thank you for your email to PNAS. All published manuscripts are made available online at no charge after 6 months following publication. The surcharge of 1,275 is for those authors who want to make their manuscript available online immediately at the time of publication. Regarding your other question, although PNAS cannot prevent authors from making their papers available online prior to submission, it is strongly advised to not do so. Although PNAS policy only explicitly states that papers may not be submitted to other journals at the same time as PNAS, it is suggested that you do not make the information public prior to official publication. If you do choose to make a manuscript publicly available prior to submission to PNAS, this should be disclosed with the submission. Kind Regards, Mitch Sipus PNAS Editorial Office Sent: Wednesday, March 23, 2011 9:41 PM To: PNAS Subject: Inquire, ZL Yang Dear Editor, If a paper (draft) has been published in a Website, such as the arXiv ( www.arxiv.org/ ) or the Sciencepaper Online ( http://www.paper.edu.cn/en ), can this paper be submitted to PNAS again? I found some authors first published their papers in the arXiv, then submitted papers to some JOURNALS, such as Physical Review Letters. I wonder if they were no trouble. Besides, "Authors of research articles may pay a surcharge of $1,275 to make their paper freely available through PNAS open access option." If the $1,275 can not be paid, can the paper be published in the traditional papery PNAS only? Thank you! Best regards, Zheng-Ling YANG PhD, associate professor, Tianjin University, Tianjin, China
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[PNAS] Tungsten-dependent acetylene hydratase
liaorongzhen 2010-12-14 08:53
Authors:Rong-Zhen Liao a ,b , Jian-Guo Yu b , and Fahmi Himo a,1 a Department of Organic Chemistry, Arrhenius Laboratory, Stockholm University , SE-10691 Stockholm, Sweden; and b College of Chemistry Beijing Normal University, Beijing, 100875, People’s Republic of China Proc. Natl. Acda. Sci. U.S.A. 2010 , 107, 22523-22527 . Abstract: Acetylene hydratase is a tungsten-dependent enzyme that catalyzes the nonredox hydration of acetylene to acetaldehyde. Density functional theory calculations are used to elucidate the reaction mechanism of this enzyme with a large model of the active site devised on the basis of the native X-ray crystal structure. Based on the calculations, we propose a new mechanism in which the acetylene substrate first displaces the W-coordinated water molecule, and then undergoes a nucleophilic attack by the water molecule assisted by an ionized Asp13 residue at the active site. This is followed by proton transfer from Asp13 to the newly formed vinyl anion intermediate. In the subsequent isomerization, Asp13 shuttles a proton from the hydroxyl group of the vinyl alcohol to the α-carbon. Asp13 is thus a key player in the mechanism, but also W is directly involved in the reaction by binding and activating acetylene and providing electrostatic stabilization to the transition states and intermediates. Several other mechanisms are also considered but the energetic barriers are found to be very high, ruling out these possibilities. Link: www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1014060108 PS:乙炔的水合涉及到CC三键的活化,某些细菌生物体采用钨参与催化过程。目前发现只有三类酶采用钨离子催化反应,也就是乙炔水合酶、醛氧化酶、羧酸氧化酶。自从07年该酶的晶体结构发表后,我就开始寻找可行的反应机理,一直到09年下半年才有突破,期间尝试了至少10多中可能性。最终我们发现不能相信前人关于反应机理基本上所有的假说。简单来说如果有A和B两种情况,前人说A是不可能的,那么你千万不要相信,一定要自己尝试去证明它对还是不对,即使有人证明了,也得仔细看别人做的对不对,里面有哪些近似,这些近似可不可靠。新的发现往往就是你预想不到的,但是如果你真正明白了看起来就非常简单。
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吴晔老师的报告
热度 1 tomcybamic 2010-11-29 17:50
今天由刚从德国回来的吴晔师兄(留校北邮了,应该改叫吴老师)讲一篇他的论文,刚在PNAS上发 的文章:《Evidence for a bimodal distribution in human communication》 吴晔师兄在德国待了三年,三年磨一剑,不容易啊。 人很nice,很好相处,据说kurths那里有20多了博士+博后,关键也是要靠自己做东西,看来国外制度跟国内也差不多嘛,可是为什么老外出牛文章多呢? PNAS: 美国科学院院报。Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,是与Nature、Science齐名,被引用次数最多的综合学科文献之一,周刊。 文章非常的 original,很creativity,主要是揭示人日常行为中的一些很regular的方面。文章是从人和人互发短信的数据入手,虽然现在来看,模型不复杂,但是非常的重要,因为这 modify了前人的一些结论,为后面的人提供了一种新的研究方向。这篇文章还有非常多的后续工作可以做,可惜我不做这个方向。 强烈建议做非线性动力学的人去看一下,这个方向近些年出来了不少在顶级期刊发表的文章,Nature,Science,PNAS。也有几个大牛人,如 Albert-Lszl Barabsi , University of Notre Dame 最后,我按照文中总结的人的日常行为的一些规律,验证了一下自己的行为,貌似我的日常行为也是很有规律的,有些还跟文章中的结论吻合,神奇!
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[转载]历史时期全球气候变迁,战争,及人口衰减---转载
limer 2010-8-15 23:45
最近再看《新地理》一书,受作者启发,对 城市 人口聚集度 个人空间 冲突 和谐社会产生了点感想,并形成了一个观点:城市化会提高人口聚集度,压缩个人空间,由此会提高发生社会冲突的概率,可获得性资源(如区域GDP、制度、技术)作为调节变量会影响冲突最终发生的概率。 我从未研究过城市经济和城市社会学等问题,只是突然对这个问题有点想法,顺着这个思路,可以解释为什么人均GDP超过3000美元时,社会会进入一个动荡高发期:因为人均GDP增加意味着城市化增加,人口聚集度增加,如果外部资源的输入跟不上(例如经济发展缓慢、发展不均衡,社会配套制度跟不上)社会冲突(包括个人之间的和阶层之间的)必然会增加。拉美、东南亚、印度等国家的城市化发展历史和现状似乎也佐证了这个观点。当然,我在这方面完全是个门外汉,所以不知道这个逻辑是否可靠,但隐约之中觉得有那么点道理,也许有兴趣的博友可以利用计算机模拟法做这个研究(也许这个研究早已被做过)。 随手google了点资料,发现下面一篇非常棒的文章,发表在大名鼎鼎的PNAS上,大概浏览了下,感觉十分过瘾,这是一篇典型的跨学科研究论文,虽然和我的研究相差十万八千里,但是从研究方法的角度来看,很有启发,它可以称得上是自科基金所要求的顶天立地性的基础性研究。 历史时期全球气候变迁,战争,及人口衰减(1) 作者: 马德 | 2010年01月08日 15:15 | 栏目: 一般分类 (96) 点击 | (2) 评论 | 本文地址: http://made.blshe.com/post/428/489622 研究显示,战争发生频率和人口的变动,在长时期的尺度上,与平均气温的变化周期相关。 进一步的分析表明,气候变冷阻碍了农业生产,带来一系列严重的社会问题,比如物价膨胀,频繁的战乱,灾荒,以及人口的持续下降等等。 本项研究结果提示,若干世纪以来,战争与和平,人口的变动,以及物价的变动,在很大程度上受气候长期时间尺度变化影响,在全球范围内呈同步周期性波动。 研究的结果还显示,在考察所涉及的历史时期,社会机制能够对气候因素造成的灾难所产生的缓冲作用,并不是特别的显著。在人类文明的历史进程中,与我们此前的印象相比,气候变化所起的实际作用可能扮演着更重要的角色,产生了更广泛深远的影响。 历史时期全球气候变迁,战争,及人口衰减(1) Global climate change, war, and population decline in recent human history 翻译:马 德 全文原载:PNAS(美国科学院院刊) _December 4, 2007 http://www.pnas.org/content/104/49/19214.full#abstract-1 原文作者:David D. Zhang, Peter Brecke, Harry F. Lee, Yuan-Qing He, and Jane Zhang 摘要 尽管科学家已经就气候变化带来的社会灾难提出了警告,但是在长期气候变迁对于社会动乱和人口崩溃的影响方面,仍然缺乏定量的研究。 本项研究运用高分辨率的历史气候资料,探讨了前工业时代气候变化对于战争的爆发和人口下降的宏观影响。研究显示,战争发生频率和人口的变动,在长时期的尺度上,与平均气温的变化周期相关。 进一步的分析表明,气候变冷阻碍了农业生产,带来一系列严重的社会问题,比如物价膨胀,频繁的战乱,灾荒,以及人口的持续下降等等。 本项研究结果提示,若干世纪以来,战争与和平,人口的变动,以及物价的变动,在很大程度上受气候长期时间尺度变化影响,在全球范围内呈同步周期性波动。 研究的结果还显示,在考察所涉及的历史时期,社会机制能够对气候因素造成的灾难所产生的缓冲作用,并不是特别的显著。在人类文明的历史进程中,与我们此前的印象相比,气候变化所起的实际作用可能扮演着更重要的角色,产生了更广泛深远的影响。 希望本项研究的成果能够为马尔萨斯和达尔文的经典学说添砖加瓦。 关键词:农业生产, 人口崩溃, 物价, 战争和平周期, 前工业化时代
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[转载]访青年数学家袁巍及其导师葛力明:数学是“做”出来的
zls111 2010-5-3 17:01
访青年数学家袁巍及其导师葛力明:数学是做出来的 来源:科学时报 不久前,美国《国家科学院院刊》(PNAS)罕见地以两篇长文刊登了中科院数学与系统科学研究 院袁巍的博士论文的部分内容( 见附件 )。28岁的袁巍现任中科院数学院陈景润未来之星特聘助理研究 员,在他的博士论文中,引进并研究了一类结构丰富的算子代数,首次揭示了连续几何与古典几何 之间的某种深刻联系。 整篇中文论文是70多页,翻译成英文是35页。但是PNAS的惯例是所发表的文章最多不能超过6 页。主编对我们说可以全文发,我们就删掉了一些计算细节,分成上下两篇发表。博士论文在 PNAS上几乎全文发表,这在以前还从来没有过。自己的学生取得如此令人欣慰的成绩,拿着 论文预印本的中科院数学院研究员葛力明,在接受《科学时报》记者采访时也难以掩饰自己的 兴奋。 其实,袁巍接触这个课题只有短短3年的时间,之所以能如此迅速地取得成果,用葛力明的话 说 ,是因为他有着与众不同的学习态度和动手能力。 会想不如会做 2003年从中国科学技术大学本科毕业后,袁巍来到中科院数学院继续研究生学习,并于1年后 开始跟随导师葛力明研究员学习算子代数。 在采访中,袁巍说得最多的一句话就是:数学是做出来的,很多东西是在手上。 所谓在手上,也就是碰到任何问题,都愿意亲自去算一算。 我带过的学生中,不乏众多名校毕业的优秀学生,但相对于亲手去计算看似简单的问题, 他们更想去知道解决这样的问题是否有意义。在我每天下午开的讨论班上,袁巍是唯一 一个 工整记笔记,之后还交给我的学生。葛力明也赞同多动手的做法,他认为学问在手上 是真正学会了,在脑子里永远是似乎会了,离真正会还有一段距离。 很少有人能把数学中的各种公理诞生之初要解决的问题讲清楚,很多人执著于数学技巧, 这是数学文化上的缺失,也让很多学生变得眼高手低。葛力明说。 袁巍说:讨论班上老师会介绍很多问题,拿到问题我就要去做一下,而且做的过程本身也 是学习的过程。我感觉动手做问题的时候比看教科书学习知识更快。 正是如此,这也使得袁巍在讨论班上经常能给人带来惊喜。 讨论班上的题目并不是每一次都能有人做出来,但袁巍即使没有做出来,也能给人很吃惊的 东西。他会告诉大家他所算过的例子有哪些。他在任何时候都能拿出新东西来,不像很多人都 是不会就不会了。葛力明评价说。 做数学研究,一方面是解决经典问题,另一方面便是开辟新的领域。数学作为一门基础学科, 要开辟新领域的困难可想而知。 一开始会有几千种选择,可能这其中只有一种是正确的,把它摸索出来很难。葛力明 把数学研究比喻为众多相通并联结在一起的黑暗房间,把找到每一步解决问题的方法看成能够 点亮房间的开关。这就好像把长远的问题截成一段一段的,每个开关一打开,就能多往前 走一步。但很少有人愿意去尝试,因为不知道后面有没有金子,或者只是一片黑暗。 袁巍愿意做别人曾经做过的问题,也愿意去尝试每一个前进的过程,在葛力明看来,这也使 袁巍比别人少走了很多弯路。 最初的问题往往比较简单,很多人认为没意思也不会继续做下去。但袁巍不同,这样十步 八步做出来之后,他就有了自己的想法,反而越做越有意思了。葛力明说。 很多人对数学中的公理、定义颇感头疼,袁巍说:我们学习很多知识,但到了后来我们就 忘了最初为什么要学它,更不会去运用它,为了学而学是没有价值的。 简单的问题背后也会有很深刻的东西,这是袁巍一直坚持的想法,敢于动手去碰问题,也成 就了他为此付出的努力。 开辟全新研究领域 上世纪初,为建立量子力学的数学框架,Von Neumann开创性地引入了算子环这一概念, 后Dixmier将其命名为von Neumann代数。其后,众多一流数学家投身于该领域。 时至今日,von Neumann代数已成为分析领域中最为重要的分支之一,其结果被广泛应用于现 代物理学,同时衍生出非交换几何、指标理论、自由概率论等前沿领域。平行于von Neumann 代数,Kadison和Singer在上世纪60年代开展了对非自伴算子代数的研究,其目的也是想给量 子物理一个有效的数学基础,并为泛函分析中不变子空间问题的研究提供新方法。 经过近50年的发展,非自伴算子代数现已跻身于成果最为丰硕的数学领域之一。国外研究 这个领域的数学家比较多,但我国还比较少。这是一个很重要的研究领域,在此之前,人们 也一直期待着有人能来开辟它。葛力明说。 作为算子代数的平行分支,自伴代数与非自伴代数各自取得了长足发展,但两者却鲜有交叉。 自然地,人们期望能够将自伴代数理论中已经成熟的工具引入到非自伴代数的研究中,并从 非自伴代数的角度来研究自伴代数。但至今还鲜见此方面的工作。 2008年,在综合了三角代数、自反代数(两类典型的非自伴代数)和von Neumann代数理论 的基础之上,袁巍构造了一类具有良好性质的以超有限型因子为对角子代数的自反代数。 他在博士论文中详尽地讨论了此类代数的性质,完全决定了其所对应的不变子空间格,并 引入格不变量,证明了此类格互不同构。 对不变子空间格的研究起源于上世纪70年代P.R.Halmos的工作。在研究初期,Halmos就猜测 双三角格(即由3个两两交为零空间,两两并为全空间的投影生成的格)都不自反。 在博士论文中,袁巍利用von Neumann代数理论中的技巧,完全决定了有限von Neumann代数 中的双三角格所对应的自反格,事实上这个格同胚于二维球面,这便在很一般的情况下肯定了 Halmos的猜测。 不仅如此,此结果还暗示了二维球面上应存在某种非交换结构,并且这种结构应决定了与之 相对应的非交换代数,进而建立了非交换代数与古典几何之间的联系。目前,已有一些国内 外学者在关注此领域的进展,并且有结果表明,除了二维球面,其他复形也会以某些非自伴 代数的不变子空间格的形式自然出现在相关的研究中。 这些工作开创性地将非自伴代数与自伴代数(尤其是与von Neumann代数)联系了起来,此举 不仅有利于融合两个领域的研究方法及工具,同时也极大地丰富了算子代数的研究对象。有 鉴于此,PNAS罕见地以两篇长文刊登了袁巍博士论文的部分内容。审稿人对袁巍的工作给予 了高度评价,认为是开辟了一个全新的研究领域,对此方向的进一步研究必将极大丰富和 发展算子代数理论。 创造一个新学科后看它是否具有生命力,总会体现在解决老问题上,也体现在和其他学科 联系运用的结果之上。袁巍和葛力明表示,这其中有待研究的东西非常多。他们下一步的 计划是丰富这一理论框架,使其生命延续下去。 KadisonSinger algebras: Hyperfinite case KadisonSinger algebras, II: General case
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美国科学院院报(PNAS)的计量分析 1999-2008
xupeiyang 2010-4-17 16:47
详细信息见 http://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=21121tip=sidclean=0 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Country : United States Subject Area : Multidisciplinary Subject Category : Multidisciplinary Publisher : National Academy of Sciences . Publication type : Journals. ISSN : 00278424, 10916490 Coverage: 1965-2009 H Index : 383 Scope: PNAS is one of the worlds most-cited multidisciplinary scientific serials. Since its establishment in 1914, it continues to publish cutting-edge PNAS is one of the worlds most-cited multidisciplinary scientific serials. Since its establishment in 1914, it continues to publish cutting-edge research reports, commentaries, reviews, perspectives, colloquium papers, and actions of the Academy. Coverage in PNAS spans the biological, physical, and social sciences. PNAS is published weekly in print, and daily online in PNAS Early Edition. The PNAS impact factor is 9.38 and the Eigenfactor is 1.7 for 2008. PNAS is available by subscription. ( source ) Show full scope Charts Data SJR indicator vs. Cites per Doc (2y) // The SJR indicator measures the scientific influence of the average article in a journal, it expresses how central to the global scientific discussion an average article of the journal is. Cites per Doc. (2y) measures the scientific impact of an average article published in the journal, it is computed using the same formula that journal impact factor (Thomson Reuters). Citation vs. Self-Citation // Evolution of the total number of citations and journal's self-citations received by a journal's published documents during the three previous years. Cites per Document vs. External Cites per Document // Evolution of the number of total cites per document and external cites per document (i.e. journal self-citations removed) received by a journal's published documents during the three previous years. Cites per Document in 2, 3 and 4 years windows // Evolution of Citations per Document to a journal's published documents during the two, three and four previous years. The two years line is equivalent to journal impact factor (Thomson Reuters) metric. International Collaboration // International Collaboration accounts for the articles that have been produced by researchers from several countries. The chart shows the ratio of a journal's documents signed by researchers from more than one country. Journal's Citable vs. Non Citable Documents // Not every article in a journal is considered primary research and therefore citable, this chart shows the ratio of a journal's articles including substantial research (research articles, conference papers, reviews and short reviews) in three years windows. Journal's Cited vs. Uncited Documents // Ratio of a journal's items, grouped in three years windows, that have been cited at least once vs. those not cited during the following year. Indicators 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 SJR 5,156 5,192 4,758 4,435 3,976 3,678 3,301 2,955 2,733 2,434 Total Documents 2.830 2.702 2.815 3.118 2.922 3.334 3.456 3.634 3.776 3.917 Total Docs. (3years) 8.473 8.437 8.416 8.347 8.635 8.855 9.374 9.712 10.424 10.866 Total References 102.016 97.474 103.052 112.507 107.512 121.186 127.161 132.552 142.937 138.900 Total Cites (3years) 82.462 85.893 88.061 86.865 86.230 91.898 96.030 96.013 97.837 99.294 Self Cites (3years) 3.081 3.111 3.297 3.272 3.175 3.302 3.421 3.250 3.451 3.446 Citable Docs. (3years) 8.127 7.981 7.900 7.750 8.024 8.235 8.754 9.065 9.668 10.072 Cites / Doc. (4years) 10,15 10,60 10,95 11,21 10,81 11,27 11,19 10,78 10,50 10,03 Cites / Doc. (3years) 10,15 10,76 11,15 11,21 10,75 11,16 10,97 10,59 10,12 9,86 Cites / Doc. (2years) 9,91 10,65 10,82 10,86 10,35 10,69 10,61 9,98 9,70 9,40 References / Doc. 36,05 36,07 36,61 36,08 36,79 36,35 36,79 36,48 37,85 35,46 Cited Docs. 7.873 7.833 7.871 7.801 8.071 8.331 8.790 9.037 9.625 10.064 Uncited Docs. 600 604 545 546 564 524 584 675 799 802 % International Collaboration 26,40 29,50 28,60 27,29 31,28 31,16 32,90 33,82 35,65 37,04
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理工大学对于PNAS论文的报道
halcon 2010-3-4 10:59
学校挂到首页进行宣传了,下面是链接和新闻稿内容。谢谢管理学院的秦志国老师撰写了稿件,为该工作的宣传帮了很大的忙。也谢谢黄建秋老师在学院内宣传做过的工作。:) http://www.usst.edu.cn/s/1/t/65/2f/1c/info12060.htm 我校个性化推荐系统研究课题组的论文首次在PNAS上发表 发布时间:2010-03-04 浏览次数: 2010年伊始,我校科研便传来佳讯,以管理学院复杂系统科学研究中心主任张翼成教授为通讯作者的论文Solving the apparent diversity-accuracy dilemma of recommender systems在国际四大顶级期刊(Nature, Science, PNAS, Cell)之一的美国科学院院刊PNAS上发表,此外,Nature还以Wisdom of the fool's choice为题对该论文进行了专门报道。管理学院系统科学研究所刘建国副教授作为重要成员参与了此项研究工作。 在本研究中,课题组提出了具有优美数学表达形式、准确度和多样性都非常高的混合推荐算法。张翼成教授课题组近年来致力于个性化推荐系统的研究工作。这项研究成果将为个性化推荐、信息自动过滤的研究工作开辟一条新的道路。
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PNAS发表的关于个性化推荐的论文,及Nature的专题报道
halcon 2010-2-26 09:26
附件传来Fribourg大学研究小组关于个性化推荐系统的最新进展论文,文章即将在美国科学院院刊(PNAS)上正式出版,还没有正式发表,已经收到了Nature的关注,并进行了专题报道。 论文的核心思想就是在推荐准确度之外,提出了推荐效果多样化评价指标。认为下一代信息过滤方法不仅仅要关注过滤的准去性,还应当考虑人的行为的多样性,在准确性和多样性之间找一个平衡点。基于此思想,提出了准确度和多样性都很高的方法. 该工作(尤其是关于多样性的工作)还处在孕育当中,希望可以抛砖引玉,为相关的研究工作提供一些参考和借鉴。 PNAS
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顶级期刊的“民科”论文
songshuhui 2010-1-25 12:22
Fujia 发表于 2010-01-23 8:00 奇特论文惊现顶级期刊 如果飞鸟与鱼相爱,他们是否能够突破基因的壁垒,结百年之好,并多子多福呢? 有些许生物学常识的人,也许已开始直斥此爱情故事无视科学事实,逻辑荒谬。但类似的故事,却在学术界举足轻重、享有盛誉的《美国国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy ofSciences),以严肃的科学论文形式刊出。此文一出,哗然一片。 2009年7月,已是87岁高龄,只能靠轮椅行走的威廉姆森(Donald I. Williamson),在院刊中发表了他的论文。这位曾工作于英国利物浦大学的海洋生物学家的惊人理论是:飞蛾(文中特指鳞翅目Lepidoptera)的进化源头,来自某只爬行的天鹅绒虫(velvet worm),与某种只有飞行模式的虫子,在偶然情况中结合所得。 与其他变态生物相似,蛾子拥有幼年毛毛虫与成年飞蛾的两种发育阶段,幼年毛毛虫专职进食以积蓄能量,而成年变态后所成的飞蛾则担当交配的重任。与主流科学界意见相左的是,威廉姆森认为在飞蛾由虫化蝶的成长过程中,其毛毛虫的阶段展示了其祖先天鹅绒虫的形态,其成虫形态则表示另一半祖先飞虫的形态。 在生物学家所绘的生物基因树中,天鹅绒虫与飞蛾所属昆虫纲亲缘并不相近。这种古老的生物,外观与毛毛虫很是相似。它拥有一种奇特的交配方式。雄虫将精液包置于配偶的皮肤组织上,精子穿透雌虫的组织,游入子宫。 天鹅绒虫精子的这种旅行方式,在威廉姆森看来,造就了它与某种古老飞虫的啼笑姻缘,而从此诞下的混血飞蛾的生命便拥有了两种形态如同天鹅绒虫般爬行的毛毛虫,与长翅善舞的美丽飞蛾。 这个惊世骇俗的理论自然震惊四座。华盛顿史密森尼自然历史博物馆的昆虫学家兰博泰拉(Conrad Labandeira)在接受记者访问时,脱口而出:开玩笑么? 主流科学家的一致否决 在达尔文的笔记本里,淡淡的笔痕勾画出生命之树的轮廓。此后百多年间,几乎所有生物学家都相信,基因不断由祖先垂直遗传给后代。现代分子生物学发展,基因测序的成真,也提供了许多证据予以证明。 然而,随着被测序基因的增多,生物学家们逐渐发现,原核生物即细菌与古菌,可以无视遥远的种系关系,而将基因信息水平传递(horizontal gene transfer)。遗传物质可以在细菌与古菌的各个种群里,跨越巨大的亲缘障碍地畅通无阻,给原核生物们带来各种变异。 但这种现象是否存在于动物王国中?兰博泰拉博士说:亲缘相近的动物有时可以产生混血后代,但天鹅绒虫与类属昆虫的飞蛾实在过于遥远,基本没有可能性可以诞下存活的新生命。 在威廉姆森发表论文的三个月后,西蒙菲沙大学的哈特(Michael W. Hart)与加州大学戴维斯分校的格劳斯伯(Richard K. Grosberg)《美国国家科学院院刊》上发表文章,言辞激烈地批判威廉姆森的论文。 这两位生物学家从分子生物学的角度,引用20年来生物学界里的论文,逐条驳斥威廉姆森的论点。与威廉姆森在文中所做的预测不符,鳞翅目(飞蛾等所属)的基因组较之无幼虫阶段的其他昆虫更小,反而作为祖先的、天鹅绒虫所属的有爪动物基因组更为庞大。基因测序信息也清晰证明了,鳞翅目与有爪动物毫无相近的亲缘关系。 美国杜克大学昆虫发育生物学家Fred Nijhout在接受《自然》杂志采访时说:如果你了解昆虫变形与发育的话,你就会立刻知道这完全是扯淡。 更多的生物学家站出来,指责威廉姆森的论文毫无学术价值。他们更把矛头指向论文所在的刊物《美国国家科学院院刊》,与该论文的推荐人。 论文的推荐人不当? 据《科学美国人》报道,威廉姆森的论文是以通讯投稿的方式来到《美国国家科学院院刊》的。与传统的同行评审(即由刊物编辑选择同一领域的其他学者来评审作者的学术论文)方式不同,通讯投稿可由美国科学院院士推荐,并为该论文亲自选择审稿人员。由此,推荐人可以避开有不同意见的专家,显然这种机制有所漏洞。 威廉姆森的论文推荐人,是工作于马萨诸塞大学阿姆赫斯特分校的玛古莉斯教授(LynnMargulis)。这位赫赫有名的生物学家,以其在真核生物细胞器起源与细胞器内共生理论等工作上的贡献而闻名于科学界。她同样强烈支持基因信息在不同种属生物间的传递,其理论已被许多重要实验所证明。她于1983年被评为美国科学院院士。 与其他达尔文的继承者格格不入的是,玛古莉斯否认进化源于竞争,认为生物间的基因信息传递才是生物进化的动力。她称自己为在宗教式崇拜的蔓延四方的盎格鲁-撒克松生物学界的一小撮20世纪教派。对于传统达尔文主义的追随者,她称他们沉溺于对达尔文思想的动物学、资本主义、竞争、节能的解释,是对达尔文的误解。坚持基因层面的自然选择是来自缓慢的逐步变异的新达尔文主义者们,完全是懦夫。 在接受《科学美国人》采访时,玛古莉斯告诉记者,按照《美国国家科学院院刊》的投稿规定,她需要找到六到七个审稿人,得到其中两到三个对论文的正面意见,才可以将威廉姆森的论文送往发表。而根据《自然》的新闻报道,玛古莉斯承认,她找到的审稿人中,有三个拒绝评审,而另两位业余生物学家,由于缺乏科学评审能力,而被院刊去除名单。 《美国国家科学院院刊》由此质疑另三篇与玛古莉斯有关的正准备发表的论文,但玛古莉斯表示她不会撤回任何一篇。据《自然》报道,玛古莉斯说:我们无论如何都将赢得胜利,因为这是科学。我遵循了所有的规定,并提交了比所需更多的评审。如果他们最后拒绝了这些论文,我将清清楚楚地告诉公众,这些人与平常一样就是不喜欢我的观点。 威廉姆森则在接受《泰晤士报》采访时表示,他在昆虫研究上所花的时间比任何反对者都要长,他也不会放弃对所有反对者的挑战。玛古莉斯是他的好朋友,多年来热情支持他的理论。他也告诉记者,在发表于《美国国家科学院院刊》前,此论文曾被其他几家学术刊物退稿。 《美国国家科学院院刊》已决定,自2010年7月起,停止这种利用院士特权的通讯投稿方式。 在主流科学界的理论中,飞鸟与鱼只可相忘于碧海蓝天,绝无繁衍成家的可能性。但这个爱情故事在科学界中的真假纷争,还要不休地继续。 Reference Williamson, D. I. 2009. Caterpillars evolved from onycophorans by hybridogenesis. Proc. Nat. Acad. Sci. Hart, M. W. and R. K. Grosberg. 2009. Caterpillars did not evolve fromonychophorans by hybridogenesis. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 更多的威廉姆森(Donald I. Williamson)的观点,请参考小红猪译文《拔掉达尔文的树》。 http://songshuhui.net/archives/12112.html
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PNAS:内共生菌记录着昆虫物种分化过程
book 2009-11-8 20:22
从达尔文到杜布赞斯基和迈尔,他们开创性的推动了进化生物学理论的发展。其中,物种形成或者说生物多样性形成的过程,一直是生物学研究中一个重要的课题。我们看到的物种都是进化的结果,物种形成是一个历史过程,已经发生或者正在发生。能够揭示正在发生的物种形成过程,是很困难的。生殖隔离或者说不同种群基因流的情况,可能是唯一的突破口。 目前,生物学家主要基于分子标记(比如线粒体、核基因,微卫星等),利用种群遗传学的研究方法,来研究此类问题。但往往这些分子标记进化速率不够快,不能够清楚的揭示物种分化的过程。 最近,一组研究者在PNAS上的两篇文章对解决这个问题做了很好的尝试。他们选用了蚜虫初级内共生菌 Buchnera (1) 基因组内的一些假基因(pseudogene)做为分子标记。( 本人注:之前有研究发现, Buchnera 基因组序列的同义突变(synonymous mutation)速率至少是线粒体基因组的2倍。鉴于蚜虫和 Buchnera 久远的共生关系,暗示后者基因组的分子标记可以用于蚜虫种群遗传学研究。 )在2009年5月的论文中,他们利用这些分子标记清楚的揭示了欧洲西部豌豆蚜(pea aphid)种群基因流的分化过程,暗示3个可能物种的正在形成。在2009年9月的论文中,他们利用同样的分子标记,扩大了取样,同样揭示了豌豆蚜种群辐射式的分化,通过估计分歧时间,发现这些分化发生在3,600到9,500年前;从时间尺度来说,这些潜在物种的分化可能与更新世后的全球变暖和豆科植物的种植分化有关。 关于豌豆蚜寄主植物特化和物种分化的研究,之前已有很多,其中也不乏Nature文章。但这两项 工作的漂亮之处,就在于巧妙的利用了进化速率更快的内共生细菌分子标记,从而清楚的记录了蚜虫物种分化的过程。那么,利用这个手段,是否可以揭示更多的蚜虫物种的物种形成过程,以及是否适用于其他与内共生菌有紧密共生关系的昆虫类群?让我们拭目以待。 PNAS文章链接: http://www.pnas.org/content/106/18/7495.abstract http://www.pnas.org/content/106/38/16315.abstract 注1: Buchnera 属于Gamma变形菌纲的肠杆菌科,是蚜虫类昆虫的初级内共生菌,存在于蚜虫体腔的含菌细胞内。蚜虫和 Buchnera 有着严格的共生关系,后者为蚜虫提供多种必需氨基酸。
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第一次PNAS失败
bupt1419 2009-9-30 01:59
在经历了几天的紧张之后,终于得到了结果。 我的第一次PNAS失败了,失败的有点不甘心,理由竟然是it does not have the broad appeal needed,而我研究的课题在去年的PNAS有篇类似的,最近的science上也有一篇类似的,这个课题来源于nature的后续,一句没有广泛性,不符合PNAS就拒了。 September 29, 2009 I regret to inform you that the PNAS Editorial Board has declined your manuscript . We receive many more good papers than we can publish and the Board must carefully weigh which papers merit external review. The expert who served as editor concluded that although this work is interesting, it does not have the broad appeal needed for PNAS and is better suited for a more specialized journal. Review Complete; E-Mail Notification Sent 2009-09-29 Pending Final Recommendation 2009-09-28 Under Editorial Board Review 2009-09-23 Quality Control Review Completed 2009-09-23 Quality Control Review Started 2009-09-22 Author Approved Submission 2009-09-22 不过不得不佩服越好的期刊,审稿的越快。经验总结,审稿的随机性很强,好马还需要有伯乐。好马也需要打扮,PNAS的文章和普通的文章不一样,缺少把文章写成PNAS风格的能力。
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第一次试投PNAS
bupt1419 2009-9-23 22:55
前段时间在香港的工作终于完成了,虽说主体部分的计算什么的,其实2个月前就已经完成了,可写文章,缝缝补补,又耗到了现在,算起来也半年时间过去了。由于有数据,有模型,所以香港的合作导师建议试投下PNAS,既然他说能投,呵呵,我当然不反对,德国导师听了我的报告后,也说这个文章很有趣,不反对投PNAS,其间和两个prof聊过这个文章,反应都不错。总结这篇文章的经验如下。 1,实际数据是王道,没有实际数据,光在那讲模型的文章现在不吃香了,有了实际数据,总能分析出里面的规律,从而建立一个模型,能很好的表现数据,这是现在文章的套路了。 2,Idea的重要性远超过了仿真,香港导师的一句话记得很清楚,你只有想好了要解决什么问题,问题很清楚了才能开始入手,目标确定了,用什么样的方法去解决目的是简单的,就像去罗马,知道了方向,找条路去罗马是不难的,就算找到的路不是最近的,也能到。这篇文章的背景构思从2年前就开始了,仿真只花了2个月的时间。很多人喜欢把时间花在调试程序,而不是在思考问题上,那是不对的。 3,充分利用网络资源,这次修改图形遇到了很多问题,把很多时间耗费在把图形画的效果更好些上面了。Matlab软件有个很不好的地方,就是所见非所得,在屏幕上看到的,保存下来就变形了,花了很多时间才在网络上找到解决办法。Latex的编译效果与编译软件和编译环境精密相关,图在我的电脑上编译的效果很好,但在老师那效果就很差。 4,学生和老师的差别,或者说普通人和牛人的一个差别是,老师能准确判断一份工作的重要性,适合投什么样的杂志,一个人如果能做到准确判断一份工作值不值得做,做完能得到什么样的结果,这份工作有多重要,最后能投什么样的杂志,那她完全可以去指导学生。 5,效率与耐心同样重要,要想有一篇好文章,效率是第一,要有效率,才能让仿真跟上自己的思路,不停修正到罗马的路线,从而走最近的路。耐心同样重要,在路线不直的时候,或者在重复绕圈的时候就是需要耐心的时候。 在这祝福这次审稿顺利, 借用德国导师的回复 Now let us hope for wise editors and reviewers.
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诺奖得主鲍林在PNAS发表错误的论文:DNA三螺旋结构
liuli66 2009-7-20 22:46
鲍林(L.Pauling,1901.02.28-1994.08.19)是诺贝尔奖100多年历史上惟一一个两次独享诺贝尔奖的人:1954年独享诺贝尔化学奖,1962年独享诺贝尔和平奖,可谓是ldquo;含金量rdquo;最高、ldquo;运气rdquo;最好的诺贝尔奖得主。现在正是他逝世15周年,获诺贝尔奖55周年纪念时期。 咱搞科学史,很关心科学家是什么时候死的,什么时候生的,甚至关注科学家什么时候死的,比关注什么时候生的,程度更高。人家逝世XX周年纪念的时候,正是科学史工作者出成果的时候。比如,龚育之先生去世后不久,我就出了一个成果。我这篇成果mdash;mdash;博文,也算是对鲍林的纪念,一种ldquo;特别rdquo;的纪念。 20世纪90年代末,我翻译过鲍林的一个传记,即:特德middot;戈策尔,本middot;戈策尔 著,《科学与政治的一生:莱纳斯middot;鲍林传》,东方出版中心,1999年出版,2002年再版。 鲍林最有影响的著作是《化学键的本质》,由卢嘉锡先生翻译。卢嘉锡是鲍林的学生,中国著名的化学家,也曾是国家领导人之一。 鲍林后来的研究兴趣从无机化学转移到生命化学,研究蛋白质、DNA。1953年2月鲍林在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表了DNA三螺旋结构的论文。 稍后,即1953年4月,英国的华生和克里克在Nature上提出了DNA的双螺旋结构,同期也有鲍林撰写的他们提出DNA三螺旋结构的ldquo;报道rdquo;。 历史就是这样大浪淘沙:华生和克里克的DNA双螺旋模型,从科学ldquo;前沿rdquo;进入了科学ldquo;核心rdquo;mdash;mdash;教科书,鲍林的DNA三螺旋模型从科学ldquo;前沿rdquo;被扔进了ldquo;科学垃圾堆rdquo;。 然而,第二年,即1954年,鲍林获得了诺贝尔化学奖,可以说是ldquo;冲喜rdquo;吧。1962年,华生和克里克(以及Wilkins)因发现DNA双螺旋结构,也获得了诺贝尔奖。 我翻译的那本书,生动地讲述了鲍林的那个历史故事。 对鲍林发表错误论文的行为,并考虑到当前的ldquo;现实背景rdquo;,我仅发表一个非常简短的评论: 人非圣贤,孰能无过? 科学是可错的,科学通过trial-and-error而前行。 诚实的错误,不是科研不端行为。 mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash; 附: 1)Linus Pauling, Robert Corey:A proposed structure for the nucleic acids. February 1953. Proc. Natl. Acad. Sci. 39 (February 1953): 84-97 http://osulibrary.oregonstate.edu/specialcollections/coll/pauling/dna/papers/1953p.9.html Linus Pauling, R.B.Corey, Nature , Feb.21, 1953, p.346 We have formulated a structure for the nucleic acidshellip;hellip;The structure involves three intertwinded helical polynucleotide chains. A detailed description of the structure is appearing in the February 1953 issue of the PNAS.( 感谢xiao兄提供这个文献) mdash;mdash;mdash;mdash; 2)华生和克里克1953年4月提出DNA双螺旋结构(原始文献,见附件) mdash;mdash;mdash;mdash;mdash;mdash; 3 )鲍林发表DNA三螺旋结构的故事的另一个版本,见: http://www.med8th.com/readingroom/20sjdkxgj/17-3.htm ; 华生和克里克发现DNA双螺旋结构的故事,见《双螺旋》(简介,见李宁博士 http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=237910 )。 Watson和Crick发表DNA双螺旋结构的原始论文1953 ( http://www.nature.com/nature/dna50/archive.html )
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【论文】闭合曲面上的应力屈曲形态仿真瓜果蔬菜形状
yahuang 2009-6-15 20:51
Abstract: Many natural fruits and vegetables adopt an approximately spheroidal shape and are characterized by their distinct undulating topologies. We demonstrate that various global pattern features can be reproduced by anisotropic stress-driven buckles on spheroidal core/shell systems, which implies that the relevant mechanical forces might provide a template underpinning the topological conformation in some fruits and plants. Three dimensionless parameters, the ratio of effective size/thickness, the ratio of equatorial/polar radii, and the ratio of core/shell moduli, primarily govern the initiation and formation of the patterns. A distinct morphological feature occurs only when these parameters fall within certain ranges: In a prolate spheroid, reticular buckles take over longitudinal ridged patterns when one or more parameters become large. Our results demonstrate that some universal features of fruit/vegetable patterns (e.g., those observed in Korean melons, silk gourds, ribbed pumpkins, striped cavern tomatoes, and cantaloupes, etc.) may be related to the spontaneous buckling from mechanical perspectives, although the more complex biological or biochemical processes are involved at deep levels. 应力是影响有机与无机世界里各种生长过程的重要因素,因此是生长与形态研究所必须考虑的关键因素。近年来,国际上关于应力驱动结构失稳在薄膜上引起的各种花样的研究取得了许多重要的进展。这些研究对于理解各种花样包括皱纹、材料断裂、薄膜表面形貌提供了深入的认识。但是,在这些工作了所涉及的都是有开放边界的曲面或平面,它们在拓扑学上都是亏格数为1的表面。对于亏格数为0的闭合曲面上的应力屈曲形态及其在理解自然方面的意义则鲜有涉及。 该系列的最新研究工作以 Stress-driven buckling patterns in spheroidal core/shell structures 为题发表在美国《国家科学院院刊》 (PNAS 105,1932,2008)上 。
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GMT+8, 2024-6-16 20:39

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