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进化,遗传与发育系统生物学
bigdataage 2013-1-13 11:15
进化,遗传与发育系统生物学 (第2次修改, Final Version) 实验、计算、理论,在我的研究中我要让这三者平分天下,缺一不可。 计算生物学早就诞生了,在生命科学中,实验与计算相结合的论文已经一大堆了,CNSP上也不少。 但生命科学中缺乏统一的理论,理论生物学在生命科学中的地位与理论物理在物理学中的地位相比可以忽略不计。 迄今为止,诺贝尔生理学或医学奖中没有一个是搞计算生物学或理论生物学的,计算生物学家估计以后也很难获得 这个奖,除非上升到理论高度。 我所了解的、算的上研究理论生物学的人也不少,有拿得出手的成就的比如 : LiaoFu Luo, Stuart Kauffman, Uri Alon, Chao Tang, Stanislas Leibler, Wendell Lim, Michael Elowitz. Experimental Evolution: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/site/misc/experimental_evolution.xhtml http://www.technologyreview.com/view/429380/biologists-replay-500-million-years-of-e-coli-evolution-in-the-lab/ 利用繁殖快的生物,用实验来研究进化已经不是什么新鲜事了, 不过相对于遗传和发育,仍然较为困难,相关研究人员也没有那么多,不过其实这个最重要,进化细节够搞懂了,那么其它的都懂了。遗传和发育生物学中的数据较多,进化生物学中的数据没那么多,提出了很多理论,但没有足够的数据,没法检验;符合逻辑的理论可以有很多种,甚至无穷多种,但事实是唯一的!没有足够的数据就没法确定这个符合事实的唯一理论是什么。 若用系统生物学的思想、方法、技术来综合研究进化,遗传与发育;应该是集大成者,估计还要等上几十年。
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胎儿之健身运动
热度 6 fs007 2012-6-26 10:40
寻正 一位网友来信请教关于胎动的问题: 我已怀孕23周。胎动白天偶尔会有、一到晩上就很频繁,我在网上查,有人说胎动频繁怕宝宝缺氧。请问怎么测试宝宝的胎动是否正常?我好担心。宝宝晩上特别活跃,请问是不是跟我的作息有关,我毎晩都是12:00左右才睡觉。谢谢! 简而言之,这位网友的胎动完全正常。对于新爸新妈来说,最重要的是理解为什么胎儿要动。 当汽车制造商设计新车时,他们会逐步地测试组装部件,不会等到所有的部件设计完成,把它们拼装起来,再看这车是否能开动。同样的道理,在我写程序时,不会等所有的程序都写好了,才来测试一个复杂的系统是否会按设想工作,我会每一个子程序进行测试,直到系统完成。这一设计组装逻辑同样地体现在胎儿发育上。 胎儿不会等到出生时所有身体器官再开始测试工作,那样的话,出生婴儿的质量就无法得到保证。在胎儿发育过程中,如果检测不通过的,会提前以流产的方式结束妊娠,以防止不合格婴儿最终出生。事实上胎儿发育不是想像的那么顺利,多达1/4的妊娠会在6周或以前结束,这也说明人类生产的质量控制是多么严格。 受精卵着床(即植入子宫内膜)后,称为胚(Embryo),胚会进行细胞分化并形成最原始的器官或器官种子,到第9周,有花生米大小,细胞分化完成后,称为胎(Fetus)。在早至7周,仍然处于胚阶段,上下肢分别还是手芽与脚芽时,就可以用超声探测到它们在动了。当然,如果没有豌豆公主感受到5床被子下面的豌豆的能力,普通孕妇根本就无法感知自己子宫内的那粒豌豆的微弱运动的。 到第9周,脊髓中的神经细胞开始掌控手脚,产生自主运动。胎儿会伸手伸脚摇屁股。到10周,胎儿会伸懒腰或者打哈欠,到11周,就有人观察到胎儿开始吃手指头了。到12周胎儿就会动脚踢人了,或者用手抓脚扰身,胎儿开始对环境制激有反应。爸爸隔腹触摸,如果惹毛了,就会被踢上一脚。正常的胎儿在5-7个月开始出现惊跳反射(又称门罗反射,突然下坠或者为声音所惊,婴儿屈腿张手),有人认为这标志着胎儿情感发育,是不学就会的害怕反应。在5个月左右,胎儿的运动变得有规律,周期性地活动自己的身体。 胎儿活动自己的身体是为了锻炼肌肉运动系统,让神经系统学会控制自己的身体,这一过程在子宫内并未完成,出生后婴儿需要较长时间才会学会走路以及精确控制全身肌肉。这在不同的动物差别很大,比如大象,其胎儿在宫内发育时间几乎两年之久,就让初生婴儿有较强的思维与身体控制的能力,出生后可以很快适当环境,能独立生活,人类婴儿则有极其漫长的成长过程。 胎儿有一个大头,也就让他的成长空间在妊娠后期显著受限,其运动大约在32周达到高峰,然后就会因为施展手脚缺乏空间而减弱,这时婴儿出宫锻炼的需要就与日俱增,所以两个月之内就会出生,以便获得更广泛的空间锻炼运动能力,促进大脑及运动系统的进一步成熟。作为父母,在婴儿期协助婴儿锻炼肌肉以及学习掌控身体是至关重要的。如果适当锻炼,婴儿在早至四个月可以直立,十个月学会走路。【注1】 当胎儿自主地在宫内锻炼时,最初妈妈是觉察不到的。在四个月时,敏感的妈妈就会发现来自子宫里的蝴蝶样的振动,如果有过抓鱼的经历,在盆子里放一条鱼,伸手支盆子里感受到鱼的游动,就是类似的感觉。一般第二胎以后感觉更加敏感,可以早至孕三月就能感受到胎儿的运动,主要是子宫适应胎儿更快,宫壁更加柔软,所以更易感觉到胎儿的运动,但胎儿本身的运动强度与频度,在第一胎或者第二胎并没有区别。 在四个月大左右,胎儿开始有了日周期,胎儿也需要睡觉。在半睡半醒状态,胎儿动得最厉害,中国人常说婴儿要闹瞌睡,就是指从胎儿期开始的这种轻睡或睡前躁动的倾向。胎儿日周期并不跟母亲的重叠,一天胎儿动得最厉害的时间是晚上9点到深夜1点,大多数孕妇还在上午9点到1点感觉到另一个胎动高峰。如果胎儿保持这样的运动规律,这是胎儿发育良好的征兆。 如果胎儿到了6-7个月大仍然不能让母亲感觉到他的运动,就需要看医生。一旦感觉到了他的规律性运动之后,胎儿运动显著减弱或者消失也是看医生的理由。尤其是在高风险的妊娠,比如出现妊娠高血压性疾病,监测胎儿运动具有预后价值。美国妇产科协会推荐胎动计数,如果数上10次胎动,时间超过2小时,你需要看医生,如果需要时间比以前显著延长,你也最好是看医生,以保证胎儿没有窒息或者限制他运动的因素。 胎儿有时会踢得很重,让母亲几乎感到疼痛,这是正常的。有的胎儿天生好动,所以胎动就十分厉害,而另外当然也就有动得比较懒的,或者因为宫壁顺应性不高而感觉不那么强烈的,都属于正常情况,准妈妈准爸爸不必产生心理负担。至于是否天生好动的以后就是当运动员的料,迄今尚未有任何研究,不得而知,不过,如果能踢得妈妈肚皮嘣嘣响,从小当成足球运动员培养也不是什么坏事,只要不拔苗助长,以后至多是一个不合格的足球运动员而已,进中国国家队都没有心理负担,所以,也没有必要抑制自己的兴奋之情。 天伦之乐,始自胎动。 注: 1.个人经验,经过有意识地锻炼婴儿肌肉与平衡能力,我的两个孩子都在十个月学会独立行走。
个人分类: 医学普及|9080 次阅读|8 个评论
油菜素内酯调控气孔发育
热度 2 gaojianguo 2012-4-3 13:51
油菜素内酯调控气孔发育
MAPK 途径 极其复杂,上图显示该途径的调控网络,来自维基百科 油菜素内酯( Brassinosteroids )的研究呈现火热的态势,目前已经由生理现象的描述全面转向机理探讨。油菜素内酯在植物的生长发育中发挥着重要的作用,缺失合成油菜素内酯基因的植株突变体在生长中往往有不同的缺陷,如种子萌发率降低、矮化乃至死亡。油菜素内酯也能调控植物气孔的发育过程,但机制一直不够明朗。 最近卡耐基研究所的 Kim 等人发现油菜素内酯可以通过 GSK3 介导的 MAPK 途径 调控气孔的密度和分布,他们的研究论文“ Brassinosteroid regulates stomatal development by GSK3-mediated inhibition of a MAPK pathway ”于 2012 年发表在 Nature 的第 482 期。他们的研究发现缺失 Br 合成能力的突变体叶片气孔较多且分布不均衡;当 Br 存在时气孔合成受阻。这项研究证明了 Br 在气孔发育的直接调控作用,为理解激素调节的植物发育机理提供了一个生动的案例。 植物的气孔发育除受到植株自身激素的调控外,还与外界的光照、湿度和二氧化碳有关。大气中约 40% 的二氧化碳和二倍于大气含水量的水分都会经过气孔,这些原料帮助植物完成两大重要的生理代谢过程,光合作用和蒸腾失水。但缺失 Br 为什么还能促进气孔的合成呢? 1996 的 Cell 和 2007 年的 Plant Cell 都对这个问题进行了探讨,加上现在 2012 年的这篇 Nature 好像都在说是“如何的”,而没有回答“为什么是”的问题。 Br 缺失影响植株的生长,较多的气孔难道可以增大植株对外界环境的适应能力?叶片较密的气孔使植株调节水分代谢和光合同化碳的能力增强,这难道是进化上的适应策略?我不知道这个现象的生态学意义到底是什么。 Brassinosteroid regulates stomatal development by GSK3-mediated inhibition of a .pdf
个人分类: 生活点滴4|7769 次阅读|4 个评论
一个科学最前沿问题:两岁就可知道将来是否进监狱
热度 4 laserdai 2012-3-19 00:42
中国有句流传了很久的俗话,“ 从小看大,三岁看老 ”, 或者说, “ 一岁看大,三岁看老 ”,还有的说, “ 三岁看大,七岁看老 ”,这里不扣字眼,总的 意思是说 一个人的未来从小就能看出来 。这里面的确有 很深刻的科学道理 ,尽管还不能使用一些数学公式或者模型准确表达出来,但是其中的 科学依据还是比较明显的 ,需要更准确的表达。 这个古老的科学大发现,是建立在古代食物不够充分基础上的,所以历史上人的平均寿命较短。 然而,与时俱进, 随着近代到现在科学技术的进步和发展,人类得到的食物逐渐丰富和丰盛,加上效果威猛以化学物质为根本的西药的广泛应用,人的发育节奏明显加快,儿童超胖已经不是新鲜现象,早发育导致早熟,带来早恋甚至早孕困扰了整个社会,注意到有些电视台专门拍摄了系列此类 节目,大大增加了收视率 。 最近,英国的调查结果比较雷人, 两岁就可知道将来是否进监狱,并即将开展行动,试图挽救这样的儿童。这可是最新的最前沿的科学研究成果,并立即应用造福于社会的一个例子。 现在,英国的专家说, 孩子两岁时就能看出将来是否会走上犯罪道路 。 政府学校纪律咨询顾问泰勒(Charlie Taylor)说, 幼儿园的老师应该能够识别孩子寻衅好斗的早期迹象 。 这些孩子应该及早被认定出来,在上小学前,送到特别的辅导中心,学习如何控制自己的愤怒、如何与同学相处 。 那些最难调教、有可能“变坏”的孩子,在5-6岁的时候,应该送到特别的行为纠正辅导机构。 泰勒说,任何孩子都有可能出轨,我们需要的是一个机制,能及时做出对应,帮助他们回到正道上。 出台背景 英国2011年夏天发生严重骚乱后,泰勒受委托就不良行为少年的教育状况进行评估。 泰勒的报告认为,英国现行的对付违纪学生的措施不力。 其他有关连接: 长大是否进大牢,两岁就知道?
个人分类: 科普|4164 次阅读|8 个评论
应聘xx所PI-自我介绍
热度 1 zls111 2011-4-1 11:08
本人:男,1983,11,; 2009~2012(预计)于985高校遗传学博士毕业,师从名师。 研究方向: 基因家族分子进化及生物信息学等。 具体的研究兴趣: 研究基因家族进化历史,揭示基因家族功能演化轨迹及其与物种进化的关系。动植物多倍化比较普遍,是物种进化的主要动力,这种动力主要体现在于大量的基因家族扩张,为物种进化提供了新材料。由于大量基因组被测序,通过比较基因组学研究大量基因组中的某些基因家族成为可能,了解某些基因家族的演化历史将为理解物种的进化提供更为细致的角度。 研究成果: 1.动植物在表型上具有极大的差别,某些基因家族分别在动植物丢失或者保留,比如与信号基因家族在动物中扩张,而在植物中较少。但是动植物在表观遗传调控上却具有极大的相似性,比如SET(组蛋白甲基化酶)基因家族在动植物有类似的拷贝数目。通过比较分析已经测序的动植物基因组发现,SET基因家族在动植物的早期就已经扩张。动植物分化后,SET基因家族扩张受基因组重复事件的影响,而很少受其他基因复制机制的影响。根据系统发生关系把动植物分别划分成7与6个亚家族,动植物有四个亚家族具有共同的祖先,发现动植物SET基因家族扩张全部集中在这四个亚家族中。这些表明动植物在表观遗传调控的上具有一定的相似性。 2.植物中多倍化比较普遍,认为在被子植物中发生了多次基因组重复事件,这些事件对被子植物进化有着重要的影响。通过分析植物中的SET基因家族发现SET基因家族扩张受这些基因组重复影响。通过计算SET基因所处的线性区域Ks追踪到SET基因扩张时间,估计出SET基因扩张受那些基因组重复事件影响。通过RNA-seq数据考察这些复制基因的表达情况,可能影响到那些表型的变化。 3.RNA-seq转录组分析。 未来5~10年研究计划: 1.进一步分析植物中SET基因,结合已有的功能研究,利用成熟的基因表达技术,考察SET基因扩张与物种分化之间的一些关系,及基因复制后功能演化机制。 2.挑选一些与发育相关的基因,利用研究SET基因研究思路对这些基因家族进行分析,观察进化与发育(Evo-Devo)之间的关系。 发表文章: 5篇,影响因子》20. 酒量: 4瓶啤酒,白酒的量还不知道;喝吐过没喝倒过。 这年头据说”饿死胆小,撑死胆大“,仅供娱乐,请勿参考。
个人分类: 生活点滴|5573 次阅读|1 个评论
视觉研究的先驱者,两位炸药奖得主对于早期皮层的研究,选择翻译
zhouli08 2011-4-1 09:47
他俩都是医学生的背景: Wiesel 在 Stockholm 外的一个精神病医院长大,得到了关于小孩和成人神经生理学的训练。在研究了一年的猫的癫痫之后,他到 Johns Hopkins 的 Stephen Kuffler 的实验室做博后。 Hubel 在 Montreal 长大,在 McGill 学药学,他还师从 Herbert Jasper 学习了临床脑电。他在 Water Reed 的时候,研究的钨丝用于记录猫脑皮层单细胞的电活动。之后他想去 Johns Hopkins 。 他俩的相遇全靠运气——当时 Johns Hopkins 生理部改组, Hubel 便到 Kuffler 组暂待几个月。他们九个月的合作导致了后来长达 25 的共同研究。 Kuffler 实验室有三个组,分成了向个小的空间,有着友好的、轻松的氛围。当时对视皮层的进行电生理的研究仅有一两个组,而且都集中在对一些细胞感受野的定位( on,off,on-off ),在 50 年代晚期神经生理学不流行,他们相当进入了一个真空领域。而且, Johns Hopkins 有着世界依靠的皮层单细胞记录技术。 Kuffler 有着一个小的办公室,三个组分成块 15*15 foot 的区域(应该,似乎是比较小的区域了)。 Hubel 和 Wiesel 都被 Kuffler 的前期关于视觉的文章鼓舞着,当时最别人激动的问题是,大脑如何处理从视网膜传来的信息?当时由于技术手段的限制,他们研究的麻醉的猫。在 Johns Hopkins 他们的实验构思用了不到三时分钟,他们不使用当时流行的场电位的记录,取而代之要用单细胞记录——他们记录的长处。 当时他们的设备很简陋,猫的头要看着天花板,视觉信号用一些黄铜片和玻璃片来制作。在有一次他们切换视觉刺激的时候发现切换的瞬时猫产生的反应最大,他们反复实验,发现了猫的一个皮层细胞对某一方向的条纹有最大的反应。那个细胞一直记录了九个小时,反应如初的强烈。他们觉得他们不仅仅是运气好,而是在于坚持( But we rather think of the discovery as the result of Swedish and Canadian dogged persistence )。他们发现皮层细胞的感受野和视网膜神经节细胞的圆周分布不同,而是平行的线排列—— 1959 年发表的 PAPER ,似乎是他们合作的第一篇。他们还展示了 Kuffler 帮他们修改的用打字机打出来的论文初稿——几乎面目全非,他们说,这是用来鼓舞那些年轻科学家或者博后——写作的确是比较难,也提醒他们不要对于自己的学生过于要求苛刻。 Kuffler 帮他们把手稿修改了十一遍。 Kuffler 从来不急于公开地批评我们写的东西,但当他很激动很感兴趣的时候会让你知道。“ The object of writing was to make the ideas clear and flow easily, and to avoid tripping up thereader” ,写作的目的在使想法清晰自然,避免给读者造成理解困难。 Kuffler 还提醒他们没有一些定量的测量,没有人会认真对待他们的数据。虽然 Kuffler 觉得图形只是传达和描述想法,不能说明一个人做过了什么工作,但他还是很认真的作图。那时的基金很容易申请,几天就可以写好,而且很少听说有谁的申请被拒的。经费充足,促进了生物医学在 USA 的发展。他们从不写综述,因为综述会很快过时。 那时的文章流行长遍大论( 1962 ),他们也喜欢把一个问题讲清楚,而不想分成几篇文章来写。直到他们后来研究了猴子的视皮层之后,他们才能更加确信存在柱状结构。这一年他们发了他们最满意的文章。 关对对猫进行单眼剥夺视觉的实验,关于“探索”( exploration )。他们认为他们的科学探索并不比那些我们在学校里学习到的大发现差,比如哥伦布向西行,伽利略观测木星的卫星,达尔文访问加拉帕戈斯群岛。探索主导了他们的实验,他们并没有什么很好的假说。而剥夺实验的由来是由于他们的医学背景——他们知道白内障能引发失明,但在患者年纪还小时动手术就可以恢复过来;还了解失去立体视觉,或者斜视,以及在黑暗中饲养的动物会失明。由于他们觉得在黑暗中饲养太费力,就使用了对猫的眼睛进行缝合的实验。当时这似乎是最有趣的实验,他没没有讨论过动机或者很详细地规划过实验,也没有想到要申请经费。如果要详细地规划的话,必然会很烦人。最后,当他们看到有别人实验组提早用猴子来做实验的时候——他们觉得很烦人——这说明了科学并不是纯粹的无私的追求。 一出生双眼就被缝合进行视觉剥夺的猫都失明了,皮层的细胞对视觉信号没反应,但 LGN 和视网膜都是正常的。还有一个发现引发了一些争议,即新生的猫的皮层细胞对方向选择性和两眼的反应和成年的猫一样,在猴子上的结果也是一样的——人一出生是不是就是一张白纸,环境造就了人。但近来( 1998 )的实验说明,失明是突触连接的发育受到的阻碍,而非是已有的连接被破坏。 他们发现两只眼睛都被缝合之后,似乎比只有一只眼睛被缝合之后的损伤要小,这便提示了有可能存在两只眼睛相互的竞争机制。他们当时还被一些人认为具有“ hard-wired” 的哲学观点,当他们发现新生的动物的大脑的神经元之间的连接很容易受到环境的影响。他们当时认为,因为在出生时就存在了大脑中的连接( wiring ),所以基因是直接造成这个连接根本原因。这个想法低估了早期发育中神经活动的作用! 他们想研究一下斜视猫的,但后来却发现它们的视觉正常,不知道应该怎么处理它们。但他们还是记录了视觉皮层的细胞,得到了重要的发现——原来支配对侧眼的神经元现在偏向于支配同侧眼了——这就是单眼竞争,一个很流行很经典的用来研究经验依赖的神经可塑性的模型。就是视觉剥夺的实验,给了他们二十年研究的动力。十九世纪七十年代中期的时候对于视觉剥夺的实验已经小有规模了。 他们对那时的回忆只有乐趣——简单的技术,还有点马虎,相对的不受到理论的限制。 他们一般是非用不可以时候才引进新技术。他们在六十时年代的电镜后来因为他对清晰的图像失去了兴趣而积满了灰尘。他们很晚才使用电脑,给研究带来了很多不变。他们坚信 Cajaj 的理论——神经元之间有着有序的连接。在没有什么预期的时候,他们把电极插入皮层(也许他们的预期就是会有现象)。随着计算科学的涌入,他们有时感到孤独,也许是他们认为还不是时候引入计算。(就像每个方向都有人研究一样,兴趣不同;每个方向也都要发展;也许会有一天实验数据足够了,计算方法也准备好了,便是见证奇迹的时刻了) 每一个时期都有每一个时期的流行——因为实验要能使做实验的兴奋(呵呵)。现在的主流似乎就是做清醒猴的实验和分子细胞层面的实验( 1998 )! 参考文献,David H. Hubel and Torsten N. Wiesel,1998
个人分类: 科研想法|8219 次阅读|0 个评论
保证充足的睡眠才有良好的生长发育
xupeiyang 2010-12-31 12:22
  保证充足的睡眠,民间有睡一睡,长一长的说法,这种说法是有科学道理的。现代医学研究证实,人在睡眠时,生长激素分泌旺盛。 小学生应该保证10小时的睡 眠;中学生应该保证9小时的睡眠;大、中专学生应该保证8小时的睡眠,才能满足人体正常生长发育的需要。
个人分类: 医学科普|2546 次阅读|0 个评论
一项影响深远的改进技术:小谈发育遗传学中的MARCM技术
热度 1 tianyizhang6 2010-10-25 10:23
简要:使用 MARCM 技术可以在果蝇活体内正向标记基因突变的细胞( positively labeling mutant cells )。它基于两项已有的技术: FLP/FRT 和 UAS/Gal4/Gal80 。 MARCM 技术自 1999 年问世以来,在果蝇神经发育生物学领域起到了举足轻重的作用。这是两位华人科学家 Tzumin Lee 与 Liqun Luo 的杰作。 现代的遗传发育学领域虽然五花八门,有些令人眼花缭乱,但基本的指导思想也很简单:在活体动物里增加、减少、或敲除一个或多个基因,继而研究这些基因在体内的生理功能。所以遗传发育学的基本工具分为两大类:一类是让基因表达量提高,另一类是让基因表达量降低或消失。 大部分有重要功能的基因,无论是提高表达,还是敲除,都会导致胚胎期致死。对于关注胚胎后发育的研究者来说,这是一个必须解决的问题。这个问题的解决办法就是制造嵌合体( mosaic clone )。嵌合体指的是,在生物体中,大部分细胞是正常细胞,个体可以基本正常生长发育,而只有体内的一部分细胞的基因被改变,或者升高,或者降低。这些被改变的细胞群,就称为嵌合体。 在果蝇研究中,如果想在嵌合体中增加基因表达,用 UAS/Gal4 系统;如果想在嵌合体中敲除基因,用 FLP/FRT 系统。 UAS/Gal4 在 UAS/Gal4 系统中, Gal4 是来源于酵母的转录因子,而 UAS 则是其结合调控的 DNA 序列。因为果蝇基因组不编码 Gal4 转录因子,所以在果蝇体内过量表达 Gal4 ,不会对果蝇发育产生显著影响。同理,在果蝇体内插入 UAS-gene ( UAS 下游连接着一个待表达的基因)片段,也不会对果蝇产生影响,因为野生型的果蝇没有 Gal4 转录因子,不能激活 UAS 。所以,单独含有 Gal4 或者 UAS-gene 的果蝇是发育正常的。但如果让这两个果蝇杂交,产生的后代的基因组中同时含有 Gal4 和 UAS-gene ,这样,在 Gal4 的调节之下,这个 gene 的表达量就会提高 (如下图)。 http://www.clas.ufl.edu/jur/200312/papers/paper_lanata.html 这个 gene 在哪里表达,在什么时候表达,表达多少,要取决于 Gal4 的表达水平和时空特性。 Gal4 的表达水平可以通过不同的增强子来调节。在果蝇研究过程中,研究者收集了很多增强子 -Gal4 ,可以让其在某个器官里表达,在某一群特定的细胞里表达,也可以在一个特定的细胞里表达。 Gal80 也是来源于酵母的一个蛋白,它可以抑制 Gal4 的活性。 Gal80 与 Gal4 相比,被利用的频率要低得多,但有时候会很有用。以下要描述的 MARCM 技术,就是妙用了 Gal80 。 FLP/FRT UAS/Gal4 这个来源于酵母的系统可以特异地提高果蝇的基因在体内的表达量,在嵌合体细胞内敲除某个基因的 FLP/FRT 技术也是来源于酵母。 果蝇有分裂能力的细胞都是双倍体细胞,含有四对染色体,每对染色体中的一条被称为同源染色体,分别来自于母本和父本,它们的基因背景是不一样的。在正常的细胞分裂中,果蝇的一对同源染色体总是能忠诚地复制,然后分配到新分裂的细胞中(如下图)。 FLP 是一个来自酵母的染色体重组酶,而 FRT 则是 FLP 催化的一段 DNA 序列。如果把 FLP 和 FRT 通过转基因导入果蝇基因组中,在 FLP 的催化下,含有 FRT 序列的同源染色体会在细胞分裂过程中产生重组。同源染色体重组的结果是:两个后代细胞含有一段只来自于母本或父本的染色体(如下图,比较红圈部分),而不像其他为重组的细胞,一边来自母本,另一边来自父本(如上图)。 这种同源染色体重组有什么用呢?用处大得很!如果两条染色体中的一条是正常的,而另一条染色体上的感兴趣基因被突变掉,那么对于绝大部分没有重组的细胞来说,它们是杂合体。这些杂合体细胞在绝大部分情况下是正常的,所以果蝇也是基本正常的。对于那些发生同源染色体重组的细胞来说,它产生的两个子细胞中,一个含有双份正常染色体的细胞,而令一个则是含有双份突变染色体的细胞。如果我们在正常染色体上添加标示(例如眼睛颜色,或者 GFP ),那么,可以在果蝇器官或组织中观察突变细胞的表型变化(如下图,在果蝇幼虫期眼睛皮层中,有 GFP 的为正常细胞,没有 GFP 的为突变细胞)。 Wu et al., 2003 MARCM Gal4/UAS 可以让基因升, FLP/FRT 可以让基因降,而且可以选择性地在特定的细胞里做这些操作。这两个一阴一阳的技术让果蝇遗传学变得很潇洒。但这里面还有一朵小黑云,那就是 FLP/FRT 只局限于在二维的皮层细胞里操作。因为这项技术所标记的细胞是正常细胞,而突变细胞没有标记,如果想看清楚突变细胞,需要组织器官里的细胞很有规律地排列。对于那些具有复杂细胞形态的组织,例如神经组织,我们很难在众多的表达 GFP 的正常细胞中分辨出那些突变的细胞。 这个问题可能最先由做果蝇神经生物学的人提出来,也由他们来回答了。 Tzumin Lee 与 Liqun Luo 在 1999 年发表了一篇文章,介绍一种可以用 GFP 标记突变细胞的方法,称为 MARCM ( mosaic analysis with a repressible cell marker )。这个名字表达了两个含义: 1 )这是一项基于 FLP/FRT 的嵌合体技术( mosaic analysis ); 2 )标记嵌合体细胞的方法有些特别,因为用的是 a repressible cell marker 。 MARCM 的原理图如下: http:// www.nature.com/nprot/journal/v1/n6/full/nprot.2006.320.html 如上 1) 所说, MARCM 技术包含 FLP/FRT ,通过同源重组,产生嵌合细胞。为了正向而不是反向标记这些细胞,他们在感兴趣的正常染色体上插入 Gal80 ,同时,在其他区域插入 Gal4/UAS-GFP 。在正常细胞中, Gal80/Gal4/UAS-GFP 在一起,细胞不表达 GFP 。但一旦 FLP/FRT 产生嵌合体细胞,有一个细胞含有两份 Gal80 ,不会表达 GFP ,这是正常细胞;另一个没有 Gal80 ,表达 GFP ,是感兴趣的嵌合体细胞。如果在不含 Gal80 的染色体上引入突变(如上图中的星号),那么 MARCM 技术就能让突变细胞表达 GFP ,而其余正常细胞则没有 GFP 。下图是他们把 MARCM 技术用于神经系统的一个例子: Lee and Luo, 1999 左边为正常神经细胞,右边为突变细胞。 上图显示,正常神经元与突变神经元表现出来的形态很不一样。有了这项技术,可以深入研究基因如何调控神经元存活、形态变化、迁移等等重要的问题。 MARCM 技术不但在基因 - 神经元领域打开了新天地,它也给做其他方向的人提供了一种选择。除了正向标记突变细胞,还可以利用 MARCM 技术在突变细胞里同时表达别的基因,把 loss-of-function 与 gain-of-function 很好地结合起来。这样的例子很多,其中的一个有趣的例子是用于癌基因的研究。 癌基因大概分为两大类:原癌基因( proto-oncogene )和抑癌基因( tumor suppressor )。在癌细胞中,前者活性上升,后者降低。癌症被认为是多个癌基因突变诱发的。 Ras 是一个重要的原癌基因,而 scrib 则是一个抑癌基因。只让 Ras 的表达量升高(下图中左),与正常对照相比(下图左),细胞多了一点;只让 scrib 突变,细胞数目反而有所下降,因为 scrib 突变会导致细胞死亡(下图中右);但如果 Ras 上升 +scrib 突变,细胞数目增加,并且从原来的位置迁移到了其他地方(下图右)。这是利用果蝇研究癌基因的一个成功的例子。 Pagliarini and Xu, 2003 Lee Luo 发明的这项 MARCM 技术综合了两个已有的技术,是站在巨人肩膀上的一个进步。但这项其貌不扬的技术产生了很大的能量,让果蝇领域以及神经发育领域的人多了一个很有力的工具,可以回答很多以前不能回答的问题。 Luo 实验室还把 MARCM 技术推广到了小鼠。但小鼠的遗传学工具与果蝇有很大差别,要把小鼠 MARCM 做得随心所欲,还有很多技术问题需要解决。 在做这个工作的时候, Lee 是博士后, Luo 刚刚当上老板。他们现在都是响当当的人物,大家感兴趣可以搜一下,第一个结果肯定是你想要的。
个人分类: 分子遗传|27787 次阅读|11 个评论
Science:静息态功能连接的生长曲线
zuoxinian 2010-9-11 03:39
最近感兴趣发育方面的研究,前面刚完成了一个整个lifespan的同胚静息态功能连接的发育曲线研究(图见前一个搏文)。 Science的这个研究尽管还没做到很完美,比如:不是纵向数据、不是整个lifespan,样本中间年龄段gap等,但是应用支撑向量预测和回归方法以及不同样本上的结果replication,都在某种程度上弥补了上述问题,应该是往静息态脑成像方法往临床个体诊断的方向迈了重要一步。 PredictionofIndividualBrainMaturityUsingfMRI
个人分类: 科研笔记|7102 次阅读|0 个评论
我的鱼缸
aduofa 2010-8-26 13:18
走近观赏心爱的鱼缸,里面有山,有平原,有草地,有沙漠和戈壁,甚至有人造小桥和钓鱼翁,当然少不了水。 还要当然的是鱼缸的主角各色的鱼儿们。 那群红鱼艳丽的很,在水草间轻松的游动; 长的花里胡哨的那群则在岩礁间转来钻去的。 【想哪儿写哪儿】
个人分类: 未分类|1427 次阅读|0 个评论
[转载]脊椎动物早期的发育
ghsy 2010-8-23 10:45
第一章 脊椎动物的早期发育 三个胚层出现后继续分化 第一节 神经胚形成 神经胚是脊索动物早期胚胎发育中继原肠胚后的重要发育阶段。开始于神经板的形成,终止于神经管的合拢。脊索是胚胎早期纵贯胚体的中轴,诱导其上方(背方)未分化外胚层细胞转变为中枢神经系统原基。首先,脊索上方的背部外胚层细胞伸长加厚,形成前宽后窄的神经板;神经板边缘加厚起褶形成神经褶;神经板中央下凹形成神经沟。随后,神经褶向背中线移动,最后合拢形成神经管。神经管是脑和脊髓的原基。脊索和神经管构成胚体的中轴,对早期胚胎体形建立具有重要意义。此时头和尾部、背面和腹面以及左右两侧相应空位,胚胎体形基本形成。在神经外胚层两侧的外胚层细胞索随神经管形成下移,沿背中线两侧分节位于神经管与表面外胚层细胞间,称为神经嵴细胞,以后发育成周围神经系统的神经节、肾上腺髓质等。在神经胚期,中胚层分化为三部分,在脊索两侧中胚层(上段中胚层)称副轴中胚层,增厚分节成为体节;外侧腹部薄层中胚层(下段中胚层)称为侧板中胚层,它又分裂为二层:外层位于外胚层下方,称体壁中胚层;内层围于内胚层周围,称脏壁中胚层,二层间的腔为体腔。连接体节与侧板中胚层的中段中胚层,称间介中胚层,主要形成生肾节。 一、中枢神经系统的形成 胚胎形成中枢神经系统原基即神经管的作用称为神经胚形成(neurulation),而正在进行神经胚形成的胚胎称为神经胚(neurula).神经胚形成主要有两种方式: 初级神经胚形成(primary neurulation)和次级神经胚形成(secondary neurulation).。鱼类神经胚形成属完全次级型。鸟类前端部分的神经管构建属初级型,后端部分即后肢以后的神经管构建是以次级型。两栖动物的大部分神经管以初级形式产生,只有尾神经管是通过次级型产生。哺乳动物只有胸腰椎以后的为次级型形成。 1. 初级神经胚形成 胚胎背部的中胚层和覆盖在上面的外胚层之间的相互作用是发育中最重要的相互作用之一,因为它启动器官形成(organogenesis),即特异性组织和器官的产生。在这种相互作用中,脊索中胚层指导上方的外胚层形成中空的神经管,它将来发育成脑和脊髓。在神经胚形成过程中,最初的外胚层细胞分成三种类型的细胞:位于内部的神经管细胞、位于外部的皮肤表皮细胞和神经峭细胞。 外胚层预定形成神经组织的第一个标志是细胞形状的改变:中线处的外胚层细胞变长,而预定形成表皮的细胞变得更加扁平。背中线处的外胚层细胞的变长使预定神经区上升,形成神经板(neural plate),不久,其边缘增厚,并向上翘起形成神经褶(neural fold),在神经板中央出现的U形的沟称神经沟(neural groove),神经褶向背中线迁移并最终合拢形成神经管。 身体不同部位的神经管形成略有不同,但均可以分为彼此独立但在时空上相互重叠的5个时期:神经板形成、神经底板形成、神经板的整形、神经板弯曲成神经沟和神经沟闭合成神经沟。 (1) 神经板形成 神经板细胞和表皮细胞都有固有运动。前者会集中延伸成薄板,后者向心运动。 (2) 神经底板形成 不仅神经板中线处的细胞形成神经底板,享氏结的一部分细胞也参与神经底板的形成。 (3) 神经板的整形和弯曲 神经板最主要的整形是通过紧位于沦脊索上面的神经板中线细胞完成的。在鸟类和哺乳类,这部分细胞称为中间铰合点(median hinge point,MHP)细胞,由享氏结前端中线细胞衍生而来。在两栖类和羊膜动物,神经板通过数层细胞互相插入形成几层细胞组成的细胞层而集中延伸,使神经板变长变平。 神经板的弯曲通过神经板细胞内外力量的作用而实现。在鸡胚中,神经板的中央铰合点细胞被锚定在其下方的脊索上,脊索诱导铰合点细胞变矮,形成锲状,而其两侧的细胞有发生形状变化。此后不久,在神经板与外胚层细胞连接处形成另外两个沟形铰合区,称背侧铰合点(dorsolateral hinge point, DLHP),它们被锚定在神经褶的表面外胚层上。DLHP细胞变成锲状。因此,三个铰合点作为支点,神经沟围绕它们弯曲。同时,表面外胚层细胞向中线处推挤,为神经管弯曲提供另一各动力----外部动力。 (4) 神经管闭合 当神经褶被牵引到背中线相遇时,神经褶先相互粘贴在一起,接着两侧神经褶细胞合并。在某些动物中,神经褶连接处的细胞形成神经嵴细胞。在鸟类,直到神经管在背侧闭合后,神经嵴细胞才从背侧区域迁移出来;但在哺乳类,早在神经褶举起时,头部神经嵴细胞已开始迁移,而脊髓区域神经嵴细胞直到神经管闭合后才迁移。 神经管的形成并非在整个外胚层同时发生。例如,鸟类胚胎在头部神经管明显形成时,后端正在进行原肠作用。在哺乳类,神经管的闭合是在从前向后的几个部位同时开始。 神经管先闭合形成简单的管状,并向尾部方向逐渐变细,其前后端的开口分别称为前端神经孔和后端神经孔。人的后端神经孔约在27天时合拢。神经管最终形成与外胚层分离的闭合的圆柱体。 后端神经孔不能闭合,产生脊髓裂畸形;前端神经孔不能闭合时,导致严重的致命的无脑儿。 2. 次级神经胚形成 次级神经胚形成包括髓索(medullary cord)形成和其后的空洞化成为神经管。在两栖类和鸟类中,通常在腰椎和尾椎形成时能观察到这种形式的神经胚形成。这种神经胚形成可以看作是原肠作用的继续。蛙胚背唇不卷入胚胎内部,而是在腹面不断增长,这一增长的区域称为脊索神经铰合(chordoneural hinge),包括神经板最后端和脊索后端部分。脊索神经铰合向胚内生长延长,末端在胚孔内的部分形成神通肠管,其最末端与肛门融合,远端部分形成神经管。在鸡胚中,刚闭合的神经孔后端是未分化的尾芽,它向后生长,并最终形成尾部神经管等。 3. 脑区形成 神经管同时在三个水平上分化为中枢神经系统的不同区域。在解剖学水平上,神经管及其管腔膨胀和收缩而形成脑室和脊髓的中央管;在组织学水平上,神经管壁细胞发生重排形成脑和脊髓不同的功能区域;在细胞水平上,神经上皮细胞分化成不同类型的神经元和神经胶质细胞。 大多数脊椎动物在神经管后端形成之前,神经管最前端已在发生剧烈的变化。先是膨大形成三个原始的脑泡:前脑、中脑和菱脑;继而分化为端脑、间脑、中脑、后脑和延髓;至神经管后端合拢时,眼泡已经形成。 二、神经嵴 神经嵴细胞广泛迁移,产生各种类型的分化细胞:周围神经系统的神经元和神经胶质细胞、肾上腺髓质、表皮色素细胞、头骨和结缔组织成分。 三、其它外胚层的分化 神经胚形成之后,覆盖在胚胎表面的外胚层细胞形成预定表皮。开始的一层细胞很快分裂为二层,外面的一层称为胚皮,它是临时性结构,一旦下面的表皮形成,胚皮即脱落。内面的一层细胞称为基层或生发层,由它产生表皮的各层(色素细胞除外)。皮肤的衍生物由表皮和下方的真皮共同产生。 第二节 中胚层 神经胚期的中胚层分为五个区域: ①胚胎背面中央的脊索中胚层:形成脊索,是一临时性器官,诱导神经管形成和前后轴建立。在神经管形成之后,脊索退化,最终脊索细胞形成椎间盘的组织即髓核。 ②背部体壁中胚层/轴旁中胚层:形成体节和神经管两侧的中胚层细胞,将来产生中轴骨、背部真皮、体壁肌肉及四肢肌肉。 ③中段中胚层:形成泌尿系统和生殖系统。 ④侧板中胚层:侧板中胚层位于中段中胚层的外侧。将来形成心脏、血管、血液、体腔衬里和除肌肉外的所有四肢中胚层成分。 ⑤头部间质:形成面部结缔组织和肌肉。 一、体节分化 脊索两侧加厚的中胚层带,即轴旁中胚层。随着神经褶在背中线处的合拢,轴旁中胚层分隔成许多体节。第一对体节在身体前端形成,逐渐向后端不断分出,体节总数目具有种的特异性。 体节形成机制还不清楚。 体节腹中部最靠近神经管的细胞分裂增殖,再度变成间充质细胞,产生这些细胞的体节部分称为生骨节,构建中轴骨骼和韬韧带;体节最远端的细胞,分散迁移,将形成四肢和体壁肌肉;当上述两种细胞迁移出来之后,最靠近神经管的体节细胞形成两层实心上皮,称为生皮肌节,其背层称生皮节,它产生背部皮肤的真皮,其内层细胞称生肌节,产生附着脊椎的肌肉和韧带。 第三节 内胚层 内胚层的功能是构建两条管道的衬里,即消化管和呼吸道,以及肝、胆囊和胰的衬里。
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发育生物学优秀国际论文 by F1000 Factor
xupeiyang 2010-8-16 15:02
详细信息见 http://f1000biology.com/browse/DEVBIOL 国际生物学专家按F1000 Factor评出的发育生物学国际优秀论文,你可以选择查阅近一周至近五年发表的优秀论文。 可按以下分类进行检索查阅: Developmental Biology Developmental Evolution Developmental Molecular Mechanisms Morphogenesis Cell Biology Pattern Formation Stem Cells Regeneration
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独眼羊的启示
KONGX 2010-7-24 02:24
中国电影形形色色的角色中,ldquo;独眼龙rdquo;莫不可少,他们是一只眼睛蒙有眼罩的凶狠角色,是残酷无情的化身和象征(导演扯淡)。大自然界千奇百怪,无所不有,恐怖片中描述的怪兽一个比另一个神奇, King-Kong ,人面狮身,吸血鬼等等。看到下面照片吗?独眼羊!!! 几天前天翼兄的博文中介绍了 Sean Carroll ,一个研究发育的科学家,从天翼兄的博文中才知道他写了很多书,我看到的是其中的一本,ldquo;无穷的最美, Endless Forms Most beautiful rdquo;,这本书用大众化的语言从点、线、面到立体的描述生物发育过程中的重要机制,解释大自然的神奇,比如为什么人会有两只眼睛,两双手,一双手有五个手指,为什么生物是对称结构,受精卵是怎样从一个细胞变成一个人等等。 独眼羊发生在美国的犹他州,牧民们发现 5-7% 的羊羔只有一只位于中央的眼睛,这些羊没有鼻子和下巴,大脑没有分为左右脑,而只有半脑,这种现象专业术语称为ldquo;前脑无裂畸形, Holoprosencephaly rdquo;。换句话说,这些独眼羊在发育的过程中,前脑和眼睛没有形成对称的结构。 什么原因导致这些独眼羊的形成,而且这么高的比例,最终人们发现独眼羊的形成与牧场中的一种植物密切相关,藜芦(山葱)。羊妈妈在怀孕两个星期左右吃了藜芦是引起独眼羊发生的关键原因。藜芦中有一种化学成分,称为 cyclopamine ,环巴明,它是一种胚胎诱变剂,发育早期环巴明的摄入导致了发育的异常。 科学有两种,一种是观察性的( observational ),无论是鲁文虎克的显微镜还是哈雷望远镜,另一种称为实验性的( experimental ),其根本在于理解现象背后的本质。 1995 年诺贝尔医学奖获得者 Nuuml;sslein-Volhard, Wieschaus ,他们发现了在胚胎发育早期的关键 Hox 基因,为理解很多临床问题奠定了基础,如先天性脑积水、脊裂、先天性心脏病等等。他们在工作中系统的收集那些奇形怪状的果蝇,为不同的畸形果蝇取了不同的名字,并研究这些奇形怪状的果蝇是什么基因发生改变,其中有一个种的身上长满毛的畸形果蝇幼虫取名为ldquo;刺猬, Hedgehog rdquo;,并找到了变异的 Hedgehog 基因。高等脊椎动物中 Hedgehog 基因也很快发现,哈佛大学的 Cliff Tabin 研究 Sonic Hedgehog 基因在鸡胚胎发育过程的作用,发现 Sonic hedgehog 只在鸡肢芽的后端呈现短暂的表达,而 Sonic Hedgehog 表达的部位是决定极性活性的部位( zone of polarizing activity )。胚胎中的极性活化部位决定了在什么地方长什么东西,当影响极性活性的基因发生突变,动物就会发生畸形,比如六指畸形的人往往是因为 Sonic Hedgehog 基因发生突变引起。 再回到独眼羊,环巴明能导致独眼羊的发生,那又是什么机制引起的呢? 1996 年 Nature 上 C.Chiang 等有一篇机制的详细报道,原来环巴明能够诱导 Sonic hedgehug 基因的变异,另外环巴明本身能够抑制 Sonic Hedgehug 通路。胚胎学的研究发现在脊椎动物发育中有一层表达 Sonic Hedgehug 的细胞决定眼睛和脑的左右分化,当这些细胞在发育的关键时刻被环巴明抑制时,独眼羊就出现了。 独眼羊的故事似乎已经圆满结束,医生们喜欢了解疾病背后的本质,皮肤科医生发现皮肤基底细胞癌的癌细胞也携带有 Sonic Hedgehug 通路相关基因的变异,这些变异的结果导致 Sonic Hedgehug 信号通路过度活化。这样很容易就让人再次想起环巴明,这个引起独眼羊的化学物。环巴明于是变成了一种肿瘤化疗的药物,专门抑制 Sonic Hedgehug 通路,目前环巴明还广泛的应用在一些脑和胰腺肿瘤的化疗中。 当我输入ldquo;藜芦rdquo;检索时,发现藜芦是一味应用很广泛的中药,ldquo;治诸风痰饮rdquo;,也许千百年前伟大的中国医学家已经发现藜芦的治疗作用,而不明白的只是在现象之后的本质。也许您在临床实践中会遇到稀奇古怪的毛病,或者很奇怪的现象,千万不要错过这样的现象,千万不要想当然的解释这样的现象,我们需要的是理解现象的本质,用实验的方法揭开疾病的真面貌,您也一样可以有新发现。
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[转载]认识基因治疗
crter 2010-7-18 14:56
  生物体的一切生命活动,从出生成长、出现疾病、衰老直至死亡都与基因有关,基因调控着细胞的各种功能生长、分化、老化、死亡。现代医学研究证明,几乎所有的疾病都和基因有关系。目前已发现,人类与疾病相关的基因约有5000多个。基因治疗就是通过基因工程技术,用基因去改变病人的遗传物质,以达到治病和防病的目的。基因治疗目前已取得不少成果,基因治疗不仅可对多种遗传性疾病进行有效防治,而且对癌症、艾滋病、糖尿病等严重危害人类健康的疾病的治疗,也有希望在不久的将来获得突破。   世界上第一例成功的基因治疗病例发生在1990年。一名4岁儿童患有一种极具破坏性的遗传性疾病腺苷脱氨酶(ADA)缺乏症,导致免疫系统严重缺陷。这种疾病是由有缺陷的基因造成的。美国科学家运用基因疗法,从患儿身上提取T淋巴细胞,把校正后的腺苷脱氨酶基因植入细胞中,然后注入这个儿童的血液中。经过18个月的治疗,儿童免疫力大大提高,在水痘流传时安然无恙。   此后,科学家们致力于将基因疗法应用在越来越多的疾病治疗上。在心血管疾病的治疗方面,美国科学家对重症心血管患者注入一种名叫管内皮生长素因子(VEGF)的基因,使患者长出了新的心血管,大部分患者的病情得到好转。最近,基因疗法甚至用来治疗由RPE65基因变异引起的先天性失明。科学家将能正常工作的RPE65基因导入病人视网膜,使病人得见光明。   长寿基因的发现使基因疗法获得更广泛的应用。目前科学家已发现几段与老化及疾病相关的基因,如SOD基因能产生抗氧化物的SOD,有效消除自由基,防止衰老和疾病的发生;HDL基因能产生大量高密度脂蛋白,避免血管粥样硬化;DAF基因可缓慢代谢,延年益寿。   利用基因疗法治疗肿瘤是目前研究的最大热点。科学家们已发现基因疗法可以通过多种机制达到抗肿瘤的效果。基因治疗公司Novartis将有能力杀死肿瘤细胞的基因,嵌入肿瘤块中而保护正常的脑细胞。   中国的基因治疗也走在世界前列。p53基因药物今又生,是国际上第一个获准上市的基因治疗药物,对肺癌、头颈肿瘤、口腔鳞状上皮癌等多种恶性肿瘤均有较好疗效。   到目前为止,基因治疗的成果令人鼓舞,其应用前景充满希望。为了使基因治疗更广泛地应用到临床,科学家们正致力于技术上的更多突破。研究热点之一就是寻找更加安全有效的转移载体和方法。将所需的基因转移到病人体内的方法分为两种:一种是体内转基因,就是通过脂质体(脂肪颗粒)或不起作用的病毒把基因直接转入病人体内细胞。另一种方法是体外转基因,是在体外将需要的基因导入细胞,筛选获得带转基因的细胞,在体外大量繁殖后,再输回到病人的体内。这种体外转基因法有着许多优势。因为没有将病毒颗粒或DNA复合物直接注射到体内,所以比体内转基因更安全。而且体外转基因可以准确控制基因转入的靶细胞,经筛选和体外扩增后,基因的转导会更加高效。   采用这种体外转基因的治疗方法,黑色素瘤的基因治疗取得了很好成果。研究人员从病人体内取出在肿瘤部位持续存在而无副作用的一种淋巴细胞(肿瘤浸润淋巴细胞),将白介素2基因和肿瘤坏死因子基因转入细胞,体外繁殖后,注射回病人体内。由于肿瘤浸润淋巴细胞可以积累于肿瘤处,其携带的白介素2基因和肿瘤坏死因子基因在肿瘤部位持续表达,提高了对肿瘤的杀伤作用。   体外转基因方法的另一个优势是可以将基因治疗与细胞治疗相结合。干细胞因为具有自我增殖和多分化潜能的特性,成为这种方法的理想选择。比如,人类第一个基因治疗成功的疾病,ADA缺乏症的基因治疗又取得最新成果。美国、意大利和奥地利的科学家们联合公布,对10名有严重联合性免疫缺陷症的ADA缺乏症患者进行了基因治疗。他们将携带有ADA基因的逆转录病毒转导至患者的骨髓干细胞,并将这些细胞重新输回患者体内。在经过平均4年的随访后,所有转导的细胞均稳定存在于血液中并分化成含有ADA的骨髓细胞和淋巴细胞。   脐带间充质干细胞也是作为基因治疗载体的常用选择。比如,脐带间充质干细胞本身就具有分化成血管上皮细胞的能力,可用于糖尿病引起的下肢缺血性疾病的治疗,再将血管内皮细胞生长因子(VEGF)基因转入脐带间充质干细胞后,注射进病人体内,分泌的血管内皮细胞生长因子既可以加强间充质干细胞向血管内皮分化的能力,又可以直接促进局部血管的形成。另有研究表明,将胰岛素基因转入脐带间充质干细胞后,再注射入体内,脐带间充质干细胞既可以直接分化为胰岛细胞分泌胰岛素,又可以作为细胞载体,表达植入的胰岛素基因,以治疗糖尿病。   基因治疗作为现代医学研究的热点,其发展突飞猛进,虽然许多研究目前还处于临床初期阶段,但可以预测,在不久的将来,将会越来越多地应用于各种疾病的根本治疗。
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教授写书
tianyizhang6 2010-7-18 06:11
前些日子与孔晓飞兄私下交谈的时候,他说正在读一本书,是关于动物发育进化的,作者是 Sean Carroll 。我没有看过那本书,但对 Sean Carroll 倒是有些认识,原因之一是他的实验室也研究果蝇。按照科学网读者的标准来看,他肯定是牛人了: CNS 文章一大把, HHMI 研究员,美国科学院院士。好像就只差一个炸药奖了。 在九十年代和 00 年代初期, Sean Carroll 主要研究 homeobox gene 对果蝇肢体和躯干发育的调节。可以说,这方面的工作是他成为 HHMI 研究员和院士的资本。在最近几年,他的研究兴趣转到了动物进化上,研究基因调节对动物新性状产生的影响。在基因转录调节中,增强子( enhancer ,是一段 DNA 序列)起重要作用。 Sean Carroll 的研究结果表明,增强子上的突变对果蝇新性状的形成起重要作用。对于纯进化的文章,我不是太感兴趣,欣赏水平也不够。读过几篇 Sean Carroll 近期发表的文章,感觉没做什么东西,却也发表在 Nature 或 Cell 上。 虽然 Sean Carroll 是大牛,也有一些同行不买他的帐。譬如芝加哥大学的 Jerry Coyne 认为基因结构和拷贝数的变化对动物新性状的产生更重要,而增强子的作用是次要的。更有意思的是, Jerry Coyne 和 Sean Carroll 掐架掐到了 Cell 杂志上( http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867409013774 和 http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867409013592 )。在那一期 Cell 杂志,同时刊登了他们针锋相对的研究结果,并给这场掐架起了个主题: Matters Arising 。 查了一下 Sean Carroll 在 Amazon 上的书。他从 04 年开始,至今已经写了五本书,话题都是关于发育 - 进化的( http://www.amazon.com/Sean-B.-Carroll/e/B001IOBK0G/ref=sr_ntt_srch_lnk_2?_encoding=UTF8qid=1279399920sr=1-2 )。从题目来看,他谈的问题应该比较具有普遍性,不局限于他所做的科研工作。 最近几年,美国政府对生命科学研究施加了不小的影响。按我的理解,主要有两个导向:一、加强具有应用意义或潜在的应用价值的研究,不能光烧钱不赚钱,要做出一些能促进经济发展的产品;二、科研工作者要加强对公众的科普宣传,促进自然科学与社会文化和宗教的相互了解,减少误解。 也许,除了出于兴趣,第二点是 Sean Carroll 勤奋出书的原因之一。
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儿子的新“发明”:一种显微针
harmonism 2010-4-19 23:33
儿子的新发明:一种显微针 曾纪晴 儿子所在幼儿园的班主任老师在儿子班上养了蚕。上次老师让我带儿子去帮她采摘桑叶来喂养蚕虫,后来蚕吐丝结茧了,又变成了蚕蛾,产了产卵。周日,儿子和我又去采摘了两塑料袋桑叶,今早由儿子带回幼儿园。 下午接儿子回家的路上,我问儿子有没有把桑叶交给老师。他说有啊,老师还表扬了他。于是,他接着就讲起了他今天对蚕卵的观察。 爸爸,我发现,蚕卵一开始是黄色的,现在却变成了黑色的。为什么蚕卵会变成黑色的呢?看来,儿子对蚕卵的观察还是蛮仔细的啊。 这个我也不是很清楚。我想,蚕卵它就像鸡蛋一样,它要是慢慢孵化的话,它其实就在慢慢地发育,最后就会像小鸡从鸡蛋里孵化出来一样,蚕虫就从蚕卵里面孵化出来。尽管我不清楚,但总不能就说不知道吧,于是就拿小鸡从鸡蛋里孵化的过程进行类比,相信儿子会有兴趣。 哦,原来蚕卵这是在发育啊!我们班上的小朋友们都以为蚕卵死了呢。小家伙一下就抓住了发育这个本质问题。 但小家伙似乎并不满足。他继续问道:那我们怎么样才能看到蚕卵里面呢?想看看蚕卵是怎么发育的。 这回我反过来问他:用显微镜能不能看呢? 用显微镜不行,看不到里面。儿子居然知道显微镜不能看到蚕卵里面,我告诉你我的新发明 小家伙很兴奋,我一听又有新发明,赶紧问道:什么样的新发明啊? 我的显微镜可以用一根针穿过蚕卵看到里面的。这根针啊,很细很细的,可以穿过原子。我的这根针叫显微穿透针,穿过蚕卵就可以把里面看得很清楚。小家伙兴奋地讲解着他的新发明。 你的这个显微针比原子还小,那么它是用什么做的呢?我发现了这个破绽。 我的显微针啊,还可以穿过电子呢!小家伙越说越兴奋,越说越离谱了,爸爸,电子是跑得很快的吧,但我的显微针可以用两个夹子把它夹住 就是让它慢慢停下来。这两个夹子是绿色的,这个绿色是它本来就是绿色,不是把颜色涂上去的。它是什么东西,我也不知道。 呵呵,小家伙的胡思乱想,还是有些想象力的啊。他的显微针不会是 X- 射线显微镜,或者是 - 射线显微镜吧?看来只有这些射线兴许能够穿透电子吧? 2010-4-19
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早期神经发育的表观遗传调控 (未经允许不可转载)
huangcy1 2010-4-15 10:20
目前,人们对早期神经发育,特别是神经诱导阶段的分子机制的研究,主要集中在BMP、FGF等细胞信 号通路,而对细胞核中染色体上的表观遗传调控在这一发育中的作用机制仍不清楚。由于表观遗传调控能够 在多种水平上,包括DNA甲基化、组蛋白的修饰、基因印迹、 染色体重组以及非编码小 RNA (microRNA),对与神经分化相关的基因进行调控,并对神经分化的进程造成影响,因此对该作用机制的 研究具有一定的复杂性。 DNA甲基化是一种被发现较早的表观遗传调控方式,最新的研究表明,DNA甲基化在干细胞从类似体 内的内细胞团到上胚层阶段的分化中调控了stalla的基因表达,在干细胞定向分化的初始扮演了重要的角 色,并且DNA甲基化对干细胞在这个分化阶段的调控与其在体内对内细胞团向上胚层分化的调控相似 (Hayashi et al., 2008)。DNA甲基化的异常都会对干细胞的神经分化造成影响。有关DNA甲基转移酶 在神经发生过程中的研究发现,DNMT3b在早期神经发生中起重要作用,DNMT1主要维持正在分裂的神经前 体细胞(neural progenitor cells)中的甲基化水平,而DNMT3b在出生前后的神经形成中发挥重要 作用(Fatemi et al., 2002; Feng et al., 2005)。 由DNA和组蛋白共同组成的染色质结构是基因表达调控的基础,因此人们对神经分化过程中DNA甲基化 和组蛋白修饰协同作用的机制问题非常关注。 研究发现,胚胎干细胞、神经干细胞和终末分化的细胞中组 蛋白甲基化修饰状态各不相同,而且组蛋白甲基化与DNA甲基化修饰之间存在一定的关联。胚胎干细胞中高 CpG启动子区富含H3K4me3和H3K27me3这两种组蛋白甲基化修饰,这些特异的修饰使得干细胞基因组中编 码与分化特异相关的转录因子和早期分化因子的基因能随时应对细胞外的信号刺激,迅速激活表达,进而起 始干细胞的分化。然而,分化后的成纤维细胞中一些发育相关基因如Sox2基因的组蛋白甲基化修饰 H3K4me3和H3K27me3会发生改变。另外,胚胎干细胞的低CpG启动子区有较多的H3K4me3修饰,而在神经 干细胞和成纤维细胞中低CpG启动子区的H3K4me3修饰很少存在,这个区域包含了很多与细胞分化相关的基 因,如Fabp7、Cp、Gpr56等(Bernstein et al., 2006)。组蛋白去甲基化酶KDM7A的PHD结构域已 经被证实可以结合H3K4me3甲基化修饰(Horton et al., 2010)。那么这种结合作用是否依赖于DNA甲 基化修饰或者对DNA甲基化进行调控,并对KDM7A参与神经分化的功能造成影响?这些有趣的问题都是值得 进一步研究的。 值得注意的是,当前人们对组蛋白甲基化和乙酰化修饰酶在早期神经发育和胚胎干细胞神经定向分化中 功能和调控机制还知之甚少。与此相关的几项研究发现,H3K27去甲基化酶JMJD3是神经干细胞分化过程中 的正向调节因子,也是视黄酸受体 (RAR)直接的下游靶基因(Jepsen et al., 2007)。同样是H3K27 去甲基化酶UTX则能够直接与个体发育过程中HOX家族基因的启动子区结合,通过正向调控HOX家族基因的 转录水平影响个体发育和细胞分化的过程(Agger et al., 2007; Lan et al., 2007)。另外,去甲 基化酶jmjd1a直接调控了多潜能性基因Tcl1,Tcfcp2l1和Zpf57,而jmjd2c通过直接调控Nanog,影响 细胞分化的进程(Cloos et al., 2008)。在P19细胞中的研究发现,组蛋白去乙酰化酶抑制剂 trichostatin A,,以及DNA甲基转移酶的抑制剂5-aza-20-deoxycytidine都可以激活神经干细胞 Marker Nestin的表达,促进细胞的神经分化(Han et al., 2009)。 从这些报告,我们不难发现组蛋 白H3K9和H3K27这两个位点的甲基化修饰在早期神经发育中扮演着重要作用。这一结论同样在我们实验室 最近的研究工作中被进一步确认。我们利用胚胎干细胞神经分化系统,揭示了具有H3K9me2和H3K27me2双 组蛋白去甲基化活性的KDM7A,不仅是神经诱导所必需的,还可以加速神经分化的过程(Huang et al.,2010)。由于早期神经发育涉及到广泛的组蛋白修饰的改变,我们相信,还有更多的组蛋白修饰的酶 和辅助因子通过不同的表观遗传调控机制在神经诱导中起着重要作用。
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牙齿发育中的EMT
xiaofengh 2010-3-5 11:20
去年,我和老板一起在 Developmental Biology 上发了一篇文章: FATE OF HERS DURING TOOTHH ROOT DEVELOPMENT IN MICE 。讲了一个在牙齿发育过程中上皮向间充质转化( EMT )的小故事。 EMT 是发育生物学的一个重要现象。 神经嵴( Neural Crest )细胞是来源于上皮神经板;在心脏发育中, EMT 是很重要的一环。因此 EMT 被很多学者作为重点来研究。在美国还有专门的 EMT 年会。 牙根发育是牙齿发育的一部分,牙齿是发育生物学一个良好的模型。牙根的发育需要连续上皮细胞(上皮根鞘, HERS )的断裂,然而上皮细胞断裂后的归宿却并不清楚。我们使用 Cre-LoxP 系统来追踪这些上皮细胞。结果意外的发现了 EMT 。 追踪文献,发现已经有两篇文章提到相关内容。我们的是直接证据。尽管在文章中,我们没有作为重点,但是这的确值得思考。因此在这个博客里,我就写了一些,就算对原文的补充。
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[转载]追溯触觉的发育过程
helmholtz 2009-10-17 13:37
柏林-布赫的马克斯-德尔布吕克分子医学中心(MDC)的研究人员在率先澄清触觉的发育机制方面迈出了重要一步。神经生物学暨痛觉研究者莱希纳( Stefan G. Lechner )博士与勒文( Gary Lewin ) 教授最近首次通过测量实验小鼠的感知神经细胞的电冲量而直接验证了触觉的产生。他们还同时证明神经细胞感知触摸和疼痛的能力是在不同的发育阶段形成的,但总是与神经通路的扩张同时产生(欧洲分子生物学学会杂志, 2009年, doi:10.1038/emboj.2009.73 ) .* 在椎间盘的盘与盘之间的后根神经节中有着可以感知触碰与疼痛的感觉神经细胞。神经细胞在受到刺激之后,会产生电脉冲并发送到大脑。对于刺激的传导已经有了很多的研究,在此基础上也开发了一些可以阻断疼痛信号向大脑传递的药物。但所知甚少的是,刺激感究竟是如何产生的。 MDC的研究人员借助膜片钳技术,在孤立的小鼠胚胎细胞中成功地测量到了在受到触碰刺激后细胞膜中所产生的微小电流。莱希纳博士解释说:“这些测量极其困难,全世界也仅有极少数实验室有此专业能力。” 柏林布赫的研究人员证明,在小鼠胚胎的第13个发育日,感觉神经细胞就已经充分地发育出了触觉。这大致相当于人类孕期的第六个月的月末。细胞并不需要什么神经生长因子,研究人员由此猜测这一进程看来是受到遗传程序的控制。与此相反,感觉神经细胞的痛觉发育却只能借助神经生长因子(NGF),它必须延续到胚胎发育的后期乃至于出生之后。 原始参考文献: *Developmental waves of mechanosensitivity acquisition in sensory neuron subtypes during embryonic development Stefan G Lechner, Henning Frenzel 1 , Rui Wang 1 and Gary R Lewin* Department of Neuroscience, Max-Delbrück Center for Molecular Medicine, Berlin-Buch, Germany
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少突胶质细胞的生死之路
chinaneonate 2009-8-5 11:32
进入2000年以来,国际上对少突胶质细胞的研究有逐渐增多的趋势。
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