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科研数据可视化：巧妙运用各种形式的图表: AJE2017 2020-9-30 13:06; 为什么图表在科学出版物中很重要？复杂的数据有时可能难以用简洁的文字解释清楚，但却可以通过图表的形式予以直观、快捷的呈现。因此，如何确保文中的图表能够在独立于文本叙述的基础上，将最重要的科研发现清楚、准确地传达出来，是一个值得认真考虑的重要问题。表格是一种有利于进行大量数据汇总的简便方法；而精心制作的图片，通过将数据可视化，能够直观地呈现出令人信服的论据。为了更好地帮助您在准备稿件时巧妙地借助图表来有效呈现您的科研数据，本文将为您详细介绍运用各种形式图表的注意事项。呈现数据的不同形式及其注意事项 1. 表格表格是一种可用于呈现大量数据的简洁有效的方法。当您想要汇总某些特定信息或需要呈现精确值时，则可使用表格；此外，当您的实验数据具有许多不同的度量单位时，用图片形式可能难以简洁明了地进行呈现，那么此时表格也是一种方便的显示工具。一个精心设计的表格应具有如下要素： ● 分别按照各行和各列进行划分的具有明确定义的类别 ● 行和列之间足够的间距 ● 明确定义的单位 ● 易于阅读的字体类型和字号大小 ● 清晰简洁的标题及注释尽管表格是一个呈现大量数据的好方法，但有时可能需要花费较多功夫才能充分解释清楚，且无法简单直观地呈现数据变化趋势。因此，如果想要显示数据之间的关系，说明数据变化趋势，或进行数据之间的比较时，则最好使用数据图。 2. 数据图数据图可以从大量数据中快速传达出关键的结论性信息，例如，通常用于显示两组或多组数据之间的功能或统计学关系。设计良好的数据图应具有如下要素： ● 明确标记的坐标轴 ● 明确指定的数量单位 ● 在图例中予以明确定义的绘图元素（例如误差线、差异显著性的标记法，等等） ● 易于阅读的字体类型和字号大小数据图可用于显示离散的或连续的定量数据，例如重量、高度、温度、计数，等等。 2.1 离散数据（ discrete data ）离散的定量数据多指某类数据的数量，且不能被有意义地划分为更小的增量；对于一次实验观察来说，只能获得并记录有限个数量的数值。例如，一个家庭可以养 1 只或 2 只宠物，但不能养 1.5 只。常见的用于呈现离散数据的图片形式主要包括： ● 柱形图/条形图（ bar graphs ）：柱形图是显示离散变量的标准方法，其中每个柱状图形代表各类别中所观察到的数量或其比例。图 1 柱形图示例：用于总结调查问卷的答复 ● 折线图（ line graphs ）：折线图是绘制离散变量变化情况（通常随时间变化）的有用方法。图 2 折线图示例：用于呈现康复患者数量随时间的变化情况 2.2 连续数据（ continuous data ）连续数据可以采用任何数值，并且可以被分为更小的增量，包括小数和十进制数值，且任何两个数值之间都存在无限个可能的数值。例如，高度、重量和温度等等均属于连续数据。常见的用于呈现连续数据的图片形式主要包括： ● 直方图（ histograms ）：直方图可用于显示连续数据的分布，并说明分布是对称的（即正态分布）还是偏斜的。图 3 直方图示例：正态分布与偏斜分布 ● 点图（ dot plots ）：点图也可用于显示数据的分布，但是对于突出显示数据点的集群和离群值特别有用。图 4 点图示例：数据点的集群和数据点离群值 ● 箱形图/盒式图（ box plots ）：箱形图可用于呈现分成组的连续变量，因其可显示每组数据的集中趋势、分布和离群值。图 5 箱形图示例：每月平均温度 ● 散点图（ scatter plots ）：散点图可用于显示两个连续变量之间的关系，散点图所呈现的相关性可用来评估关系的强弱。图 6 散点图示例：用于展示正相关或负相关关系及其相应的 Pearson 相关性（ Pearson’s correlation ）值得提醒的是，在绘制连续数据时，应尽量避免使用柱形图或折线图。柱形图和折线图遮盖了数据的分布情况，并且无法向读者提供准确、完整的数据信息——这是因为许多不同的分布有时甚至可能产生相似的条形图或折线图。或许这句话从字面意思上难以理解，那么请看如下的例子，下图演示了不同的数据集如何产生相同的柱形图。图 7 示例：不同数据分布可能产生相同的柱形图（ B ~ E 中所显示的数据都可以产生如 A 所示的柱形图）在上图中，对于右侧的图 7B ~ 7E 来说，这四个散点图都可以产生类似于左侧图 7A 那样的柱形图，这个柱形图仅能显示两组之间的一部分差异信息。而在图 7B 中则可以看出，数据呈对称分布且在两组之间存在高度重叠的情况；在图 7C 中，两组之间的差异主要由离群值导致；图 7D 中，每组数据均呈现双峰分布的情况，提示可能存在需要进一步研究的潜在的亚组；在图 7E 中， A 组中数据点的数量是 B 组中的两倍， B 组中数据分布较窄可能仅仅是因为该组中数据点较少，提示需要更多的 B 组数据才能验证目前表面上所呈现出的两组之间的差异。这些信息，仅仅通过图 7A 所示的柱形图，无法准确、完整地予以呈现。小结读者对数据的理解仅限于作者在稿件中所呈现的内容。在制作图片时，请根据您的数据类型，确保选用恰当的图片类型，来有效、准确地呈现您辛辛苦苦获得的完整的科研数据。希望本文这篇满满的干活分享，能极大地帮助您更高效地准备您的科研论文。最后，在即将到来的国庆、中秋双节假期里， AJE 衷心地祝愿您，欢度佳节、畅享团圆，家庭生活十全十美，科研事业蒸蒸日上！文中图片来源： https://www.aje.com/arc/Scientific-data-presentation-picture-worth-thousand-words/ AJE 可帮您定制有吸引力的论文插图 AJE 的图表处理服务可以为您排版具有吸引力的图形、表格以及根据您的数据定制插图。 AJE 的制图专家将与您直接沟通，有效地把您的想法和研究数据通过图形表达出来，不论您是否有现成的图表文件需要修改以符合期刊的规范要求，还是您想创建全新的图示，我们都能提供帮助！请点击 https://www.aje.cn/services/figures/ ，了解更多关于 AJE 的图表处理服务。如有任何疑问，可发中文邮件咨询 support@aje.com 。喜欢这篇博文吗？如果您觉得本博文对您和身边的人有所帮助，欢迎将其推荐到博客首页或分享至您的个人博客。看到您的推荐或收到您分享本博文的后台提醒后，我们将通过私人消息为您赠送 AJE 润色服务的优惠代码及使用方法说明，作为对您支持的回馈与感谢。如果您在论文撰写过程中，有英语翻译和语言编辑的需求，敬请发送邮件至 support@aje.com ；如您想了解 AJE 如何帮助研究者取得成功的更多信息，敬请访问 AJE 中文官网 www.aje.cn 。本文首发于“ AJE 美国期刊专家 ”微信公众平台。您也可以通过微信与我们交流，扫描下方的二维码即可找到我们。版权声明：本文翻译自 AJE 作者资源中心 https://www.aje.com/arc/ ，原文标题 Scientific data presentation: a picture is worth a thousand words ，作者 Roma Konecky 。本文由 AJE 北京办公室负责翻译、改写。中文内容仅供参考，一切内容以英文原版为准。欢迎推荐到博客首页或分享至您的个人博客；如需转载，请邮件 chinagroups@aje.com 。未经授权的翻译是侵权行为，版权方将保留追究法律责任的权利。; 个人分类: AJE 学术博文|11125 次阅读|0 个评论

研究生学位论文有必要这样的“预答辩”吗？: 热度 16 fdc1947 2019-6-20 08:06; 研究生学位论文有必要这样的 “预答辩”吗？十几年前，有的学校开始要求各学院（系）对于博士生学位论文组织预答辩。自那时候起，要求对研究生学位论文组织预答辩的单位越来越多，到现在似乎绝大多数学校都要求这样做。不但博士生学位论文要求预答辩，硕士生学位论文也要求预答辩。各高校对研究生学位论文预答辩的要求基本上大同小异。为了向不熟悉的人介绍这个过程，我抄录了某高校对博士生学位论文预答辩的要求和操作步骤如下 —————————————— 1．学位论文预答辩时间安排在论文初稿完成后，一般在正式答辩 3个月之前；　　2．由导师或培养单位根据博士生的研究方向和论文内容聘请本学科或相关学科的博士生导师、教授及相当专业技术职务人员3～5人（校内、校外不限）组成预答辩委员会，并报所在单位学位评定分委员会批准；　　3．学位论文预答辩应公开举行，由预答辩委员会主席主持；　　4．学位论文预答辩按正式答辩的程序和要求进行，每位答辩人的预答辩过程不少于60分钟；　　5．预答辩委员会应对博士学位论文进行严格、认真审查，重点检查博士学位论文的创新性、论文工作量、有无违反学术规范现象等，并详细指出论文中存在的不足和问题，提出改进意见；　　6．预答辩委员会采取评议方式做出是否通过预答辩的意见。对有争议者，可采用无记名投票方式做出决定；　　7．预答辩委员会将评议意见填入《 ×× 大学博士学位论文预答辩意见书》，并由学位评定分委员会审核后交校学位办公室备案。如未获通过，答辩人须于再次申请时重新进行预答辩。 ————————————————— 可以看到，预答辩的准备和实施过程，与正式答辩基本上一样，实际上是将论文答辩的过程先 “预演”一遍。我相信，提出预答辩的本意是要更好地把住研究生论文的质量关，敦促在论文中尚存在一些问题的研究生利用最后的一段时间，很好地完善论文写作，修正一些较小的问题，从而提高学位论文的水平。但是，这样的职责，不是研究生导师应当担负的吗？作为研究生导师，他不但应当这样做，也完全有能力这样做。在绝大多数研究生导师的研究集体中，都有所谓的 “组会”，定期或不定期地组织研究生汇报自己的研究工作、报告工作进展和存在的问题，导师根据研究生的报告，提出问题、在可能的情况下，帮助解决一些问题或者指出可能解决问题的方向等等。在研究生学位论文即将结题完成的情况下，上述预答辩的任务，都可以在研究组的组会上解决。实际上，过去在大多数研究集体里，也正是这样做的。这是研究生导师的工作。即使他认为需要得到其他教师的帮助，也完全可以自己出面，找相关的同事来帮助一下，听一下研究生对于自己工作的报告，提出意见，也就是了。这样的事情，完全用不着兴师动众，由学院出面，让导师和研究生填写一大堆表，找这个那个领导去签字，成立预答辩委员会。预答辩完了还要预答辩委员会开会讨论表决，最后又要找各位领导签字存档。总之，让学生在课题组汇报学位论文是应当和必要的，导师把关是必须的，请人帮助也是可以的，但是，填那多表格、找那么多领导签字，搞什么预答辩的形式完全没有必要，这样做的结果是浪费时间、浪费精力、浪费纸张，最后存放一堆垃圾。研究生学位论文的质量，把关者最主要的是导师。把好质量关是导师的责任，他应当有能力也有义务完成这项工作。如果他没有这样做的能力，那就说明是该学院领导无能，因为正是这些领导聘请他做研究生导师的。如果导师不认真完成这项工作，那是导师的失职，领导应当追究导师的责任。如果证明导师没有能力完成这项工作，那就应当撤销对他 “博士生导师”或“硕士生导师”的聘请。同样，把住研究生学位论文质量关的，还有论文的评审者，他们有责任认真阅读学位论文并拿出适当的评审意见。这是他们作为学术共同体成员的义务，在学术共同体内，答应对论文评审就是有了一个对学术共同体负责的承诺。只要给予必要的条件（例如适当的时间等），绝大多数人还是会对于自己的承诺负责的。最后，对研究生学位论文负责把关的还有论文答辩委员会，他们是要为论文的质量负总责的。就像一项工程要完工，检查、验收者最后要签字负责一样。答辩委员会最后建议学位委员会是否授予该研究生学位，也是一个总的裁决。我们很多的管理者，做惯了表面文章。讲课，他们就喜欢搞 “公开课”让教师去表演一通，搞得很“漂亮”。搞学位论文答辩，他们也希望像“公开课”那样表演得漂漂亮亮的，而不是答辩委员与研究生“真枪实弹”的来回问答，生怕什么人面子上不好看，所以也先走一个过场。其实，他们不懂得，真枪实弹的问答，才是对研究生真正的考验和教育，才能够督促研究生平时好好学习、答辩前好好准备。研究生学位论文的答辩过程，导师的把关、评审者的评审、答辩委员会的组织答辩，本来都是一套各司其职的完整程序。我们需要的是认真执行好这一程序，而用不着叠床架屋，再去弄一套预答辩的程序，去额外增加那么多表格（一些单位还要求照相）、浪费那么多精力。研究生做研究做论文，现在的时间本来就是很紧张的，有时间多做一些研究工作，对研究生是一个很好的提高。但是，现在把很宝贵的青春都浪费在那些无聊的表格上，有些表格有些形式是必要的，即使显得有些 “浪费”也是无可奈何的事情，因为那是必要的代价（任何工作都会有必要的代价的）。我们的管理者应当设计出代价最小而成效最大的管理程序，而不是为形式上的漂亮和检查时的方便去不惜代价浪费人力和物力的资源。我们的工作都应当有人负责，研究生的学位论文质量，除了研究生本人是负责的主体之外，研究生导师、评审人、答辩委员会都有他们各自的责任。管理者应当使他们各司其职，出了问题就应当追究他们的责任。而为一件事情负责的人并不是越多越好。如果我们的关口似乎很多，把关的人也很多，层层叠叠，但是最后责任分摊、或者相互推诿，最后弄得谁也没有多少责任，那就真的会谁也不负责任的。我们现在的事情就往往如此。总而言之，对研究生学位论文的质量的 “预把关”，是导师的工作、导师的责任，导师也有能力去完成这项工作。完全没有必要设置一个重复而效率低下而浪费严重的“预答辩”程序。对于个别能力较差的或不够负责任的导师，领导可以对他们进行个别的帮助或个别去处理，没有必要为了敦促少数人负起责任而让所有的导师、所有的研究生去 “陪绑”，去填表、报批，完成形式上的“预答辩”，浪费大家的时间和精力。; 个人分类: 教育|16574 次阅读|37 个评论

提高学位论文质量要紧抓实在的、少做表面文章: 热度 11 fdc1947 2019-6-10 07:45; 提高学位论文质量要紧抓实在的、少做表面文章近年来，各级领导对于提高各类学位论文质量、防止学术不端的工作都抓得比较紧，也采取了多项实际措施，例如，建立了学术论文查查系统，增加了论文盲审的比例等等。这些措施对于提高各类学位论文的质量、减少学术不端想象都起到了有益的作用。真正要提高学位论文的质量，第一位的因素当然是撰写论文的学生和他的指导教师。要指导教师指导得好以及学生努力钻研和工作才能够做到。这是谁都知道的事情， “平庸”的常识，这里且不去说它。要把好质量关，不让 “不合格产品”出笼，最重要的自然也是指导教师的“把关”。教师在指导学生进行科学研究和论文写作过程中，如果都是很负责任的，那么应当不会出什么大的问题。导师审查了论文，认为可以答辩了，大多数情况下，应当是可以符合要求的——不然这位导师的水平就可疑了。当然，这是理论上的情况。在实际上，导师也会有疏忽的时候，也会有水平不够以至于在该课题上认识不足甚至犯错误的时候，这时候，还有论文评审及论文答辩这两道关口，把关的人分别是论文评审人和答辩委员会的成员。在一道关口失灵的时候，还有第二、第三道关口。这就是当初科学、教育界要设置评审和答辩的初衷。但是，事情到了我们这里都会起一些变化的。评审人都找几位熟人、答辩委员都请来几位朋友。评审和答辩成了老朋友们交流感情或一起喝酒的机会，那关口也就虚设了。于是，人们想到了盲审。如果真正做到了盲审，组织盲审的领导确实能够为评审人保密，那还应当是不错的。可是，实际情况未必如此。话又要说回来，只要是拿出去外审，盲审也罢，明审也罢，科学家中还是有实事求是的人，如果论文质量真的有问题，评审人还是有可能会指出来的。这就是科学人的良心。如果问题不大，马马虎虎能够过去，可能会放一马过去，但是如果确实问题比较大，还是很可能被卡下来的。也正因为如此，评审这一道关口还是有用处的。但是，如果不给评审人足够的时间评审，评审人还能够发现论文的问题吗？有时候问题正在这里。很多单位并不把让评审人认真把关作为一项重要的工作放在眼里，而是工作拖拖拉拉，在很多非重要形式上浪费了许多时间，到了快要答辩的时候才匆匆忙忙把论文传给评审人要求在极短的时间里完成评审工作。从而让评审工作实际上只是走了一个过场。我这里顺便举一个例子。前一个礼拜，一位较为年轻的中年骨干教师晚上在朋友圈里发出这样的文字： “截至后天上午8点，这一天多要完成：网评六份硕士论文、上2节研究生课、修改2-3份答辩PPT、手写两份导师评语、审查并修改3份答辩相关表格、听一个40～60分钟的学术报告、参加一次研究生导师培训、还有 ××化学实验监考……” 我问这位朋友： “网评六份硕士论文”是你工作拖拉，积聚下来没有完成的工作，还是……？”回答非常干脆：这是今天临下班刚刚收到的，要求后天上班就交。上面这位教师所说的这些工作中， “上2节研究生课、听一个40～60分钟的学术报告、参加一次研究生导师培训以及××化学实验监考”，这些工作在时间上都是不可压缩的，占一个工作日已经满满当当了。也且不说上 2节研究生课还需要一个单元的备课时间。“修改2-3份答辩PPT、手写两份导师评语、审查并修改3份答辩相关表格”都是这位教师自己带研究生应当完成的工作，也可能是原先就安排在这一天多（实际上是一白天两晚上）内完成的工作。而单单说这六份硕士论文的评审，如果要交给我，那就是差不多三天到六天的工作量。要认认真真地读懂一位硕士论文，至少需要半天吧。因为这是别人指导的硕士生，其工作对我说是不完全熟悉的。虽然说是小同行，毕竟研究的内容不同，任何人在自己的专业范围内，真正熟悉的也只是非常窄小一个领域。评审一篇硕士生论文所需要耗费的工作量，一般不会比审查一篇学报刊物上的论文差多少。我相信，只有细细地看才可能起到评审人把关的作用。如果粗粗一看摘要，翻翻结果，稀里糊涂写一篇评审意见，抄抄论文中的几句话，那真是不负责任的放水。打个比方，就像京剧舞台上的关老爷，在华容道上把脸一背过去，曹操就溜之乎也。一般情况下，高校教师的每天的工作都有一定的安排，如果要加任务、插进去新的工作，偶尔一天插一个单元一般还能够容忍。因此，评审论文这样的事情，至少应当给评审人留出半个月的时间（因为现在大多数教师要评审的论文数量还是较多的）。在一个白天加两个晚上的时间内，加进去评审六篇硕士论文的任务，那就是等于告诉这位教师：你马马虎虎看看就行，我们无非要借你名字，对这些论文签字放行。实际上，我们现在所做的工作，有很多是费力而低效甚至无效的。比如，对于研究生的培养，就需要填写许多表格，每一个表格都需要由有关人员签字。这种事情，各学校都抓得很紧，不能有半点遗漏和马虎。这些表格对于学生的培养有些虽然是必要的，但平心而论，对于学生教学质量的提高，真的并没有什么很大的用处。学生的各种学位论文是能够反映学生水平的，但是，对此真正有用处的还是如上面所说的，是导师的把关，是评审人和答辩委员会的把关。在某种意义上，评审人的把关比答辩委员会更重要，因为评审毕竟是 “背靠背”的，而答辩则是面对面的。对于中国人都在乎的面子问题，背靠背一般略微好说一点。然而，我们的许多领导看重的却只是格式、表格之类形式上看得见的东西，表格放在学校的档案里，对于外行的人或者上级领导的检查，都是容易看得到的，表格中哪一格空白了，哪一格填错了，上下人员的姓名对不上了，都是显而易见的。所以必须重视再重视，不能出一点问题。至于，论文的质量，谁能够看得懂，那个领导能够检查得出来？很多形式上的事情，如要有表格，这确实是必要的，工作需要有一个记录，但是，这样的事情也需要有一个限度，因为我们的时间和精力毕竟都是有限的。学生做研究写论文的时间就已经很紧了，无法再少了，导师要审查、提出意见。学生再修改、完善都需要时间。最后一个学期真是忙得恨不得再生出一个脑袋两只手来。把精力都用在次要的、表面的事情上，必定会影响做好主要的、实质性的工作。就像我上面那个例子中，只留给评审人一天多的时间去做实际上是最重要的工作。人们常常说，做教师是一项凭良心的工作，其实，干什么都是要凭良心才能做好的工作，在学校负一定责任的领导更是如此。要提高学位论文的质量，我们还是要紧抓实在的有决定意义的事情，不能把时间都花费在表面的、次要工作上。表面的好看固然重要，内里的实质才是关键。; 个人分类: 教育|13725 次阅读|16 个评论

[转载]graph2tab -- 将实验流程图转换为表格格式: chinapubmed 2019-5-30 09:05; graph2tab将实验流程图转换为电子表格表征。考虑到越来越多地采用表格进行生物医学实验报告，这些表征正变得更加重要。下载： http://github.com/ISA-tools/graph2tab 语言：Java 时间：20120503 参考： graph2tab, a library to convert experimental workflow graphs into tabular formats; 个人分类: 软件|2937 次阅读|0 个评论

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