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sam文件小知识：正负链reads在sam文件中的序列信息: hayidahubei 2020-3-10 06:16; Sam文件的第二列： FLAG：0正链，16负链，4没比对上如果一个read mapping到正链上，sam文件第十列所展示的是这个read的序列。而如果一个read mapping到负链上，sam文件第十列所展示的是这个read的反向互补序列。下面展示的是sam文件的两行（前10列）： K00315:238:HF3Y3BBXY:2:1211:29031:44728 0 chr10 360997 42 50M * 0 0 TGGTTGGAAGCTGGGGCCCCGGGGCAGGGGACGTCTGCTAAGCTGCGTAT K00315:238:HF3Y3BBXY:2:2215:31142:22221 16 chr10 361681 40 50M * 0 0 CCATTATAAATCTTCATACTACAGAAACAGCCTGGGCAGAGCAACTGCCT 第一行第二列值为0，意味着这行的read mapping到基因组的正链上。直接在原始fastq中搜索序列“TGGTTGGAAGCTGGGGCCCCGGGGCAGGGGACGTCTGCTAAGCTGCGTAT”，可以找到这个read 第二行第二列值为16，意味着这行的read mapping到基因组的负链上。直接在原始fastq中搜索序列“CCATTATAAATCTTCATACTACAGAAACAGCCTGGGCAGAGCAACTGCCT”，找不到这个read. 它反向互补序列“AGGCAGTTGCTCTGCCCAGGCTGTTTCTGTAGTATGAAGATTTATAATGG”可以在原始fastq文件中被搜索到。; 个人分类: RNA_seq处理|7394 次阅读|0 个评论

高通量测序销售招聘: xudabin98 2017-2-20 11:27; 公司简介美因基因成立于2016年1月，由美年大健康董事长俞熔先生投资发起。公司核心成员来自于北京大学、牛津大学、中科院等知名院校，在国内外知名基因测序企业具有丰富的从业和创业经验。公司成立一年来高速发展，建设了高标准的实验平台，高通量测平台和信息分析平台。2017年公司将引进Illumina最新测序仪X Ten、Novaseq、Hiseq2500及三代测序仪Sequel，构建国内最新最全测序平台。随着公司科研服务快速发展，我们需要有才华，有梦想的您加入。一、销售经理 90人工作地点：北京、上海、广州、深圳、成都、重庆、陕西、新疆、内蒙等全国各地岗位职责：负责常驻地区的销售业务，工作内容包括： 1、所在地区高校、科研院所及医院意向客户挖掘，客户维护； 2、根据客户需求协调后台同事提供问题解决方案，负责项目签订； 3、及时跟进项目，促进项目顺利有效进行； 4、积极了解并反馈整个市场需求、相应产品竞争情况； 5、完成销售回款任务。岗位要求： 1、本科及以上学历，分子生物学、医学、农学相关专业；对基因组学有一定的了解，有高通量测序相关经验者优先考虑； 2、本科或硕士阶段学习过分子遗传学、生物化学、基因工程原理等相关课程，有分子生物学实验相关经验； 3、抗压能力强，性格坚韧，亲和力强，反应敏捷，具备较强的沟通和表达能力，吃苦耐劳； 4、具有高效的执行力，工作态度认真负责，具备良好团队协作精神；另外，如果您对产品经理、技术支持、生物信息分析工程师等感兴趣，也请及时给我们投递简历，这里一定有适合您的岗位。薪资待遇：底薪6000元起+绩效奖励+五险一金+各种补贴联系电话：徐经理 180 4650 7606（微信同号）简历投递邮箱： xudabin@megagenomics.cn 美因健康科技（北京）有限公司; 11989 次阅读|0 个评论

个体重测序揭示籼稻品种RGD-7S和Taifeng B的DNA多态性: macrogencn 2016-3-3 15:19; 广东省农科院研究人员携手千年基因，揭示水稻品种 RGD-7S 和 Taifeng B 的杂交后代 F 1 在种植早、晚期先后出现杂交劣势和杂交优势的遗传基础。研究背景两个籼稻品种 RGD-7S 和 Taifeng B 的 F 1 杂交后代在种植季的早期和晚期会分别表现出杂交劣势和杂交优势。为解释这一现象，研究人员对 RGD-7S 和 Taifeng B 进行了个体基因组重测序，通过分析这两个基因组之间的变异，发现了杂交劣势、杂交优势出现的基因基础。材料与方法材料： RGD-7S 和 Taifeng B 的基因组 DNA ；测序平台： Illumina HiSeq 2000 100 bp PE 结果与分析测序结果： RGD-7S 和 TaifengB 的重测序数据量分别为 14,973,227,780 bp 和 15,457,502,782 bp ，测序深度达到 27.83X 和 28.72X ，测序质量（ Q30 ）分别为 91.61% 和 89.92% 。将测序数据比对至参考基因组粳稻 Nipponbare ，其覆盖度分别达到了 85.5% 和 86.69% ，这表明两个籼稻品种与粳稻 Nipponbare 之间存在着巨大的遗传差异，也反映出籼稻、粳稻亚种间经过遗传分化积累下的内在差异。表 1. 两个籼稻品种 HiSeq2000 重测序数据及相对于粳稻覆盖度 SNPs 和 InDels ：通过与粳稻参考基因组比较，共得到了 2,758,740 个多态性位点，包括 2,408,845 个 SNPs 和 349,895 个 InDels 。其中 RGD-7S 共有 2,082,219 个多态性位点 (1,744,556 SNPs ， 337,663 InDels) ， TaifengB 共有 2 ,156,997 (1,821,644 SNPs ， 335,353 InDels) 。在两个籼稻品种间发现了 961,791 个 SNPs 和 46,640 个 InDels ，其中 10 号染色体上的 SNPs 和 InDels 具有最高的变异频率，并且这些多态性位点多分布于基因间、上游、下游和内含子中，主要是由于这些区域在进化中选择压力较小，并且这些位点仅影响基因的表达，并不会影响基因的功能。 RGD-7S 和 Taifeng B 之间的 DNA 多态性密度是每 100 kb 有 256.8 个 SNPs 和 12.5 个 InDels ，这一发现为发展分子标记及克隆杂交弱势基因提供了便利。表 2. 品种 RGD-7S 和 Taifeng B 相对于粳稻基因组的 SNPs 及 InDels 的分布表 3. RGD-7S 和 Taifeng B 之间 DNA 多态性的分布与频率分析了 SNPs 在不同基因区域的的分布。发现其主要分布在基因的上游，下游、基因间，内含子，外显子等区域，比率分别达到了 30%, 32%, 23%, 7% 和 5% 。表 4. 不同区域变异的数量及比率大效应 SNPs 可能会影响基因组的功能，以前的报道是在水稻中有 2.7% 的基因存在大效应 SNPs 。作者在分析了大效应 SNPs 及其分布后发现，两个品种有 20% 的基因存在达效应 SNPs 。表 5. 大效应 SNPs 基因区域分布在 RGD-7S 和 Taifeng B 中检测到了大量的 InDels ，可以作为分子标记来定位杂交劣势基因。 GD-7S 有 349,895 个 (177,194 个缺失， 172,701 个插入 ) ， Taifeng B 有 352,336 个 (174388 个缺失， 177948 个插入 ) 。 91% 的插入和缺失集中在 1-9 个碱基（如 2 ）。为了验证 InDels 作为分子标记的可靠性，作者设计了标记行了验证，大约 71% 的 InDels 经过了确认。图 1. RGD-7S 和 Taifeng B 不同 InDels 大小分布图 2. RGD-7S 和 Taifeng B 不同基因区域 DNA 变异比率 GO 分析 Taifeng B 和 RGD -7S 基因的不同主要分布在细胞组分 (9208 and 9236) ，催化活性 (6319 and 6341) ，结合活性 (6637 and 6658) ，细胞过程 (7976 and 7982) 和代谢过程 (8682 and8675)( 图 3) 。丰度显著性分析表明 TaifengB and RGD-7S 间不同的基因主要分布在相同的组内，如酶活性，糖结合，细胞蛋白修饰，核苷酸结合，信号转导，水解酶活性和应激反应。图 3. RGD-7S 和 Taifeng B 包含 DNA 变异基因的 GO 条目分布图 4. RGD-7S and Taifeng B 不同基因丰度分布拷贝数变异 CNVs 拷贝数变异可以产生新的基因，改变基因量和改变基因结构被认为是基因组变异的主要来源，并且可能会影响表型遗传，基因表达与适应性。因此作者分析了 RGD-7S 和 Taifeng B 的 CNVs ，分别得到 2727 个与 2010 个 CNVs 。 RGD-7S 在第 9 号染色体上 CNVs 最多，共 819 个。两个品种 11 号染色体上最少， RGD-7S 和 Taifeng B 分别为 49 个和 29 个。表 6. RGD-7S 和 Taifeng B CNVs 分布结论共得到了 2,758,740 个多态性位点，包括 2,408,845 个 SNPs 和 349,895 个 InDels ， DNA 多态性密度是每 100 kb 有 256.8 个 SNPs 和 12.5 个 InDels 。分别得到 2727 个与 2010 个 CNVs ，在 RGD-7S 中， 2,727 个 CNVs 中有 1,989 个重叠在 218 个基因中，在 Taifeng B 中 2,010 CNVs 中 1,231 个重叠在 175 个基因中。验证了杂交弱势基因 Hw3 和 Hw4 中的 InDel 分子标记。以上结果为解析杂交劣势和杂交优势基因奠定了基础。原文链接： http://www.macrogencn.com/_d277149398.htm; 2906 次阅读|0 个评论

[转载]转录组测序鉴定重金属植物宝山堇菜的CRPs: macrogencn 2016-3-3 15:09; 广东药学院与千年基因合作，运用转录组测序技术鉴定宝山堇菜中的富半胱氨酸蛋白种类，以期为后续解析富半胱氨酸蛋白参与的抗逆防卫机制提供基础。研究结果发表在 Journal of Plant Physiology 杂志（影响因子： 2.557 ）。研究背景富半胱氨酸蛋白（ CRPs ）经常与植物的抗性和抗逆性相关。宝山堇菜是一种可以超富集镉的植物，但是其以 CRPs 为基础的防卫机制却不是很明确。本文运用转录组测序进行了宝山堇菜中 CRPs 的筛选与鉴定。材料方法材料：设置不同对照：（ 1 ）没有任何处理（对照组）；（ 2 ）施以 300uM CdCl 2 （镉处理组）；（ 3 ）剪伤每一片叶子（剪伤组）；（ 4 ）施以 300uM CdCl 2 并且剪伤每一片叶子（镉处理剪伤组）处理两天后，提取每个处理的叶片 RNA 。测序平台： Roche 454 和 Illumina HiSeq 2000 结果与分析测序结果通过 Roche 454 获得了 740655 条原始 reads ，平均长度为 350 bp 。 HiSeq 2000 101 bp 双端测序获得了 6.57 Gb 的原始数据。对这些数据进行 de novo 组装，获得了 22479 个 iostigs 和 133824 个 contigs 。最终组装得到了 148748 个 unigenes ，对 unigenes 进行了注释，对 CRPs 和环蛋白前体进行了鉴定，具体见表 1 。最终通过去除重复和 Blastp 分析，鉴定出 9687 个 CRPs 。表 1 宝山堇菜转录组中 CRPs 和环蛋白 GO 注释及功能分析通过 GO 功能注释以及 Wego 分类， 2229 个注释的的 CRPs 在细胞组分、生物过程和分析功能方面都分布，显示宝山堇菜的 CRPs 具有很高的多样性。图 1 CRPs 的功能分类接下来，运用 qPCR 对 CRPs 进行了验证。发现所有测试的基因都在对照组里面有表达。镉处理组和剪伤组里面，表达量超过两倍的基因分为别 5 个和 4 个，但是在同时处理的镉处理剪伤组里面，却有 16 个基因。值得注意的是，防卫多肽的基因比镉处理组和剪伤组里面相关的锌指蛋白的表达水平要高，例如在 19 个金属结合蛋白基因中，仅有 2 个表达量超过了两倍，而 18 个植物防卫蛋白中的 8 个的表达量超过了两倍。整体来看，与植物防卫相关的 CRPs 的表达水平要高于锌指 CRPs 的水平，表明了一种植物在逆境中的硫使用策略。进化关系建立 CRPs 的系统进化树。图 2 宝山堇菜中的环肽蛋白与 CyBase 数据库中已知的环肽蛋白的关系。结论鉴定与筛选了大量宝山堇菜的半胱氨酸蛋白（ CRPs ），为寻找这种超富集镉植物的敏感位点和防御物质提供了新的视野。原文链接： http://www.macrogencn.com/_d277149576.htm; 1209 次阅读|0 个评论

Trends in Genetics：二代高通量测序发展十年: alinatingting 2014-8-14 08:52; Ten years of next-generation sequencing technology. 二代高通量测序技术历时十年发展，对基因组研究、临床诊断以及农林生命科学研究领域等的发展起到了历史性的推动作用。这篇综述是针对NGS的发展进程以及在测序和文库构建等方面所开发的重大改进和技术优化进行了重点阐述，同时对NGS的运用前景进行了展望。 1.高通量各测序平台发展情况概况： 2. 高通量测序各平台优劣势比较： 3. 高通量测序平台文库构建基本原理：文献下载： Ten years of next-generation sequencing technologymain.pdf ，如不能顺利下载请随时**我，邮件地址为ttwu@macrogencn.com，谢谢！; 个人分类: NGS资料|3999 次阅读|0 个评论

NEJM：二代高通量测序是如何挽救危重病男孩生命的？: alinatingting 2014-7-24 16:58; 近期有个朋友得知二代高通量测序有挽救危重病男孩生命的情况，想了解一下具体是怎样的一个过程，因为他的小孩出生就患有面部血管瘤，在想是否这个技术也可救治他小孩的这个疾病。我们确实也非常理解面对疾病的人们的心情，我们是真心希望高通量测序技术能够造福于更多有需要的人士，所以我们也非常希望能够运用通俗易懂的语言来传达我们所了解的最新研究成果，希望这些声音能够被有所需要的人士捕获感知而有所帮助。现在我们解析一下前不久发表在2014年6月19日 The New England Journal of Medicine (NEJM)上的一篇文章Actionable Diagnosis of Neuroleptospirosis by Next-Generation Sequencing：在2013年4月，这个14岁的男孩出现头疼、发热等症状，高烧39.4℃持续了6天，在经历两次半相合骨髓移植手术后，因腺苷脱氨酶缺乏症和部分免疫重建导致重症联合免疫缺陷病，三次到医疗机构住院超四个多月，伴随发烧和头痛的症状，威斯康星大学的医生给他施用了糖皮质激素—通常用于自身免疫性脑炎的一种有效疗法，但是男孩的病情却恶化了，出现严重的脑积水和无法控制的癫痫发作，只能够在药物辅助作用下昏迷后才平息下来。以下是针对这个14岁患有症重脑膜炎男孩的临床治疗过程： A图中显示是从该患者在2012年8月去波多黎各旅游的时候开始记录的，在2013年10月开始康复记录截止。其在患病过程中所发生的重大事件已用黑色箭头标出。 B图中显示的是患者在第三次住院期间接收医院治疗获得相关实验数据。上表中红色的曲线表述患者体温；紫色的直线表示患者外周血白细胞数目；下图中表示的是在患者连续收集的脑脊液样本中测得的关于白细胞数目变化（柱形表示）及其不同类型的白细胞所占据的比例（深蓝色是中性粒细胞、浅蓝色是淋巴细胞、绿色是其他类型白细胞）、血糖变化（黑色虚线）以及蛋白含量（黑色实线）的变化过程；横向的灰色线表示药物治疗；*星号表示给病人结合头孢呋辛进行治疗，这个治疗对患者临床症状并没有得到改善。上图中所施用治疗中名字缩写代表的含义为：MEP为6-甲氢化泼尼松、CFX表示头孢呋辛、CFPM表示头孢吡肟、EVD表示脑外引流、MRI表示核磁共振成像、PCN G表示青霉素G、PEG-ADA表示聚乙二醇修饰的腺苷脱氨酶、VANC表示万古霉素。基因组测序方案设计：取材：患者的脑脊液（CSF）样本；患者的血液样本；一个不相关的病人的血液作为阴性对照；样本处理：大约750 μl的脑脊液样本，分为两半；一半在DNA提取之前用DNase进行处理以最大限度地获得病毒DNA；一般脑脊液样本不处理直接进行DNA提取；测序：共4个样本，结合illumina MiSeq平台进行测序，共获得10,196,620 raw reads；数据产出：不相关病人血样DNA测序数据产出：2,008,883 reads；患者的血样DNA、未处理过的CSF样本和DNase处理过的CSF样本共获得8,187,737 reads；数据分析：是结合上述测序数据经SURPI（Sequence-based ultra-rapid pathogen identification，详见nature methods文献）分析流程来快速鉴定病原基因组序列的方法进行分析的。上图就是结合二代高通量测序（NGS）诊断钩端螺旋体感染的分析流程。图A是指运用NGS诊断病原体的时间轴。NGS数据信息分析的时间，其中饼图绘制、注释插入花了97mins，仅占完成所有分析时间48小时的3.4%。SURPI是快速鉴定病原基因组序列的方法。为获得更长的连续的序列信息，在denovo拼接过程中有重叠区域的序列均拼接在一起。图B中表示的是最终获得475条拼接序列和参考数据库中钩端螺旋体 Leptospira borgpetersenii 基因组最为匹配。图C中列出了在患者的脑脊液中检测到的细菌和病毒，包括丙酸杆菌、anello病毒和噬菌体，这些都是通常都被鉴定为具有致病性的。图D中列出的是 rpoB 全长基因序列和在患者脑脊液中鉴定的能够引起爆发性脑膜炎的钩端螺旋体菌种进行系统进化分析所鉴定的种属关系，将该钩端螺旋体命名为 Leptospira santarosai strain UW（UW即指University of Wisconsin威斯康星大学）。结论：在脑脊髓液中而非外周血中鉴定获得病原体钩端螺旋体 Leptospira santarosai strain UW，不能采用治疗自身免疫性脑炎的糖皮质激素进行治疗，而需静脉大剂量注射青霉素G（130万单位/天），患者在接受注射青霉素G7天后身体慢慢开始康复，14天后就出院了。文献链接： Actionable Diagnosis of Neuroleptospirosis by Next-Generation Sequencing.pdf ，如不能下载文献请与我联系 ttwu@macrogencn.com ，谢谢！新浪博客： http://blog.sina.com.cn/s/blog_13366249a0102uxd1.html ；生物通报道： NEJM—新一代测序技术挽救危重病男孩。; 个人分类: 人类全基因组测序进展|3947 次阅读|1 个评论

对二代测序产品获批事件的不同观点: 热度 21 renlufeng 2014-7-15 09:43; 引言 7月10日，《中国科学报》记者向我采访有关CFDA批准二代测序产品上市的看法，我第一句话就是，我说的你们敢发表不？所幸，对我的采访文章发表在《中国科学报》今天的第八版，题为“引狼入室还是自主创新——对二代基因测序产品获批的冷思考”，网页链接为： http://news.sciencenet.cn/sbhtmlnews/2014/7/289497.shtm 这次采访，记者希望我能写一篇文章，我“嬉笑怒骂皆成文章”的写作风格估计不为人所喜，只能贴在这里抛砖引玉了。闲言少叙，言归正传。正文科技创新和产业发展不要成为资本的傀儡 —— 对二代测序产品获批事件的不同观点任鲁风中国科学院北京基因组研究所DNA序列测定技术研究开发中心 2014 年7月2日，CFDA（国家食品药品监督管理总局）官网发布公告，“第二代基因测序诊断产品批准上市”，一时间业界轰动，新闻报道横飞，俨然成为基因测序领域里程碑性质的大事件。本人在这个圈子厮混些许年头，面对这一为众多媒体推崇的重大进展，在北京高温橙色预警的时节，背生阵阵寒意。到底是划时代意义还是闹剧收场，十多年前疯狂的基因检测产业溃败的教训让人不寒而栗。关注这一行业的人士相信不会陌生，此次华大获批的4个产品，说穿了就是华大去年3月收购CG公司（Complete Genomics）所获得的测序系统，以及LifeTech公司（Life Technologies，现被Thermo Fisher收购）的Ion Proton系统（也有说法是Ion Torrent系统，但从唐筛测序技术上看，Ion Torrent即使采用318芯片，其最大500万条读出序列的通量也远远不够用，国外在唐筛方面的应用一般需要测到3000万条序列），摇身一变成为了BGISEQ-1000和BGISEQ-100两款仪器，至于试剂盒，则是这两款机型的配套基础测序试剂。从CFDA数据库信息显示，这两款仪器在武汉生产，试剂则是在深圳生产。对此，本人的直接反应就是，困惑和疑问。本人有幸去年底在深圳瞻仰过华大的CG系统，当时仅有的4台设备，半年时间就完成了医疗器械注册流程所需的标准体系建立、产品检验、临床试验和审批程序，当真如公告中所言，“在相关产品注册工作中精心组织、加强协作、严格审评，在确保产品安全、有效前提下，保证了工作的进度”，可谓前所未有的效率。 LifeTech 的Ion Proton系统2012年9月宣布上市，就开始在美国FDA申请注册，至今未果，华大在去年10月份购入一批，应该还不是如CG一般买断技术，结果同样8个月的时间就拿到了注册证书，老美是不是该自惭形秽一下，而且，这个证书是不是应该给LifeTech共享一下，毕竟是人家的技术，人家的设备，连芯片耗品也是人家的。另一件有意思的事，此次发证的两个试剂盒产品，根据CFDA数据库信息，产品性能结构及组成一项，即便都是罗列了测序前建库的试剂，压根没有测序反应的试剂组分，特别是对于Ion Proton系统最为关键的半导体测序芯片也没有提及。我们不得不当一次好奇宝宝，“胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒”难道不应该是建库加测序吗？Ion Proton I芯片是不是也能在“深圳市盐田区北山工业区11栋六楼西侧、综合楼九楼(901-905室)”（CFDA公布的试剂盒生产场所）国产了？亦或是注册审评过程中的专家们，啥叫建库啥叫测序，傻傻分不清楚？为什么这么急于拿证，不惜落人口实，实际上关注一下近半年来基因测序产业风潮就能有所了解。今年2月，卫计委和CFDA联合叫停基因测序临床应用，主要影响的就是此前风风火火的基于二代测序技术的产前唐氏综合征筛查业务，该行业国内几大机构经历寒冬，华大上市受阻，贝瑞和康上市受阻，安诺优达投资信心动摇，诺禾致源进军产前诊断急刹车。再看如今，六月份华大放出消息，搞定20亿融资，随即针对这一应用的产品注册获批。不难看出，并非水到渠成，而是不得已而为之，如果不能按时拿下注册，资本市场上将输干玩净。注册中的效率和变通是否与之有关我们不能妄下结论，但是所谓的科技创新、产业健康发展已经成为资本运营手中的玩物。从另外一个角度出发，中国的医疗市场堪比全球巨无霸，国外厂商从来都是垂涎欲滴的表情。受限于法律法规的约束，此前还只能腼腆的过来咬一口，现在面对基因测序临床应用产业的爆发式发展，终于耐不住要亮出獠牙了。LifeTech与达安基因和华大或明或暗的合作，Illumina和贝瑞和康的技术“国产化”转移，都将实行对中国市场的围剿。虽然国内在这一领域的技术水平还不足以与国外大鳄PK，但终归已经取得了具有显示度的进展，假以时日必将承载中国基因测序产业的希望。国家在这一领域的投入匮乏（十二五以来，针对测序技术研发的国家级科研项目支出不足2000万元，美国平均每年投入超过2000万美元，已连续资助10年），国内企业贪图一时之快、一己之利引狼入室，我们永远改变不了给老外打工的身份，更不要谈什么科技创新和自主产业发展之类了。如果没有正确的导向和扶持政策，我国未来个体化医疗这个万亿级市场将成为老外的活期存折。言尽于此，谨以此文给有识之士和弄潮骄子消暑降温。 2014 年7月11日凌晨后记其实，我和华大没有任何新仇旧恨可言，相反，我还相当推崇华大在基因组科学领域做出的贡献，在我为数不多的授课中都对华大的成就做出过客观的评价。虽然我能理解作为企业所不得不承担的压力，但是任何凌驾于国家民族责任、行业健康发展规律和政策法律法规之上的行为，只为满足一己之利一时之快，终将为人所唾弃。虽知此举会在圈中得罪些许大佬，庆幸的是，我好歹还留有一丝血性和一点狼性。 2014年7月13日，我以公民身份正式向CFDA提出政务公开申请，申请内容如下：所需信息的内容描述：根据《中华人民共和国政府信息公开条例》和《国家食品药品监督管理局政府信息公开工作办法》，本人因工作和研究需要，向贵局申请对以下信息公开。一、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401126 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401127 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401128 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401129 号”四项医疗器械产品注册工作的相关资料，具体包括： 1 、申请注册时间； 2 、申请注册提交的资料目录； 3 、出具产品检验报告的医疗器械检验机构名称，检验报告出具时间和报告结论； 4 、完成产品临床试验并出具临床试验报告的医疗器械临床试验机构名称、资质证书，以及在所在地食品药品监督管理部门备案证明； 5 、产品说明书； 6 、向食品药品监督管理部门提交审评意见的技术审评机构名称，审评意见出具时间和结论； 7 、注册并发放的医疗器械注册证。二、“ YZB/ 国 4121-2014 ”、“ YZB/ 国 4131-2014 ”、“ YZB/ 国 4132-2014 ”、“ YZB/ 国 4095-2014 ”四项产品标准的相关资料，具体包括： 1 、标准提交审批和通过审批时间； 2 、标准通过审批证明。三、“武汉华大基因生物医学工程有限公司”、“华大基因生物科技 ( 深圳 ) 有限公司”两个医疗器械生产单位的相关资料，具体包括： 1 、医疗器械生产许可证。四、贵局组织研制完成的基因测序诊断产品相关国家参考品的可公开的有关资料。所需信息的用途：本人多年来从事基因测序技术、设备、应用和市场方面研究开发工作。贵局于 2014 年 6 月 30 日批准“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401126 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401127 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401128 号”、“国食药监械 ( 准 ) 字 2014 第 3401129 号”等四项医疗器械产品注册，因该四项产品均涉及基因测序技术应用，从技术发展和技术应用角度出发，本人认为有必要了解相关产品在国内医疗器械注册和生产监督管理层面的政策导向，以及相关工作所适用的法律法规，以指导本人在此领域工作中完善认识，并通过法律法规认可的途径开展后续相关工作。恳请批准。时至发布此帖为止，尚未收到CFDA的任何回复。; 个人分类: 科普|14094 次阅读|48 个评论

外显子测序的Bias: qianggong 2011-9-22 15:21; 今天本来准备做个模拟的。看看在外显子捕获测序的结果中bias来源情况。实验上基于分子杂交技术的外显子捕获和后期数据分析中的序列比对都会倾向于获得更多的与reference一致的序列，然而目的是要发现基因组中的变异序列。这样的bias势必会影响最后获得的突变频率。对于频率较高的突变还好，而对于低频突变，影响就很大了。如何有效的校正这些bias，对于群体遗传学研究来说至关重要。可是，模拟做到一半，我决定放弃了。原因是无论最后得出来外显子捕获还是序列比对的贡献大，这些因素的影响在基因组的不同区域是不均一的，因此不存在统一的校正系数。一个可能有效地办法是比较不同外显子测序数据，看看捕获效率是否与reference存在位置的相关性，继而获取一个捕获/比对效率数据库，用以校正实测数据中的bias。; 个人分类: 科研笔记|7106 次阅读|0 个评论

高通量DNA测序技术在生物学研究的应用: toptip 2009-10-21 11:14; 导读：有很多生物学工作者尽管知道高通量技术的大概原理，但是却以为它仅仅是更快而已。其实高通量DNA测序技术不仅仅是替换传统的测序技术，它有三大优点是毛细管测序法所不具备的。首先它把平行处理的思想用到极致，可以在几百万个点上同时阅读测序，所以它是快速高通量的技术，这一点是大家所熟知的；另外它实质上是单分子DNA的测序技术，通过单分子DNA结合在某个点上进行扩增测序，所以它可以测一个DNA的mixture（混合）；最后由于在一个mixture中某种DNA的丰度反应在它能在多少点上结合并被测序，也就是说被测序的次数反应了DNA的丰度，这个技术还有非常完美的定量功能。高通量DNA测序技术已经在如下领域掀起了革命。测基因组的： 1.re-annotationofthegenome。测序难免有错误，通过反复的深度测序，可以将这种错误降低到很小。另外通过反复测cDNAlibrary，纠正了以前splicing位点的错误。大规模地，便宜地，快速地测物种的序列，比如果蝇的subspecies的序列，对于理解进化非常有必要。 2.疾病相关基因以及突变的hotspot的发现。以前的测序可以通过设计很多已知基因的引物，对来自病人的很多sample的平行测序，可以发现它们突变的位点集中在哪里，然后通过其它功能实验（比如酶活变化，致癌能力）来确证。现在的测序技术可以coverwholeexon。比如收集某个病症的1000个sample，通过对这些sample平行测序，有可能denovo地发现新的致病基因突变。同理，从phenotype到genotype（比如狗的个体大小，最简单的是单基因导致的），理论上如果收集足够的样本，就可以用统计去除个体差异的背景，分离到这个genotype。 3.甲基化的pattern。通过亚硫酸氢钠处理后甲基化的胞嘧啶C不变，而普通胞嘧啶变成U的原理，可以定量地看在genome上DNA甲基化的pattern。测cDNA的： 1.现有的技术已经基本上取代了ChIP-chip。以前array的chip，在定量方面有很大的缺陷，原来差异在100倍的，反应在信号的上的差异可能只有30倍，信号饱和。现在的技术是通过hit目的片段的次数来定量的，也就是表达量越高，基因越大，被测序的次数也越多。这种定量比chip要准确很多。 2.完全并且更好地取代array。比如细胞分化过程，应激反应过程中基因表达的变化。可以通过cDNA库的测序，更加定量地，可重复地记录这个过程。有些物种的array没有商业化，如果自己设计定制array成本很高。而深度测序技术无需自己定制array就可以直接进行。在这种情况下，现在的测序技术成本已经比array要低了。总之，高通量DNA测序技术不仅只是来测基因组，它还可以作为readout。这个就是技术促进生物学研究的很好的例子。以前不敢想的，现在有办法做了。另外提一句：深度测序技术的应用会越来越广泛，它会产生海量数据。以后纯粹靠生化或者分子生物学技术的实验室将会很难生存，这就是我认为以后每个学生物的学生都必须掌握生物信息学，统计学的重要原因。; 个人分类: 科普集锦|16237 次阅读|8 个评论

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标签: 二代测序

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