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【专稿】解读微生物生命活动的三个基本假说
biozhang 2009-7-13 07:15
【专稿】解读微生物生命活动的三个基本假说 前文《 春江水暖谁先知——学生最有发言权 》已于7月12日发布了将在科学网悟空书斋(张星元的博客)陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息。 我准备在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录陆续发稿,先发研究生的,后发本科生的。今天发布的是研究生邵×的《解读微生物生命活动的三个基本假说》,请指正。 研究生邵×:解读微生物生命活动的三个基本假说 学了发酵原理这门课,学到了许多新的理论,也从新的高度审视了部分以前的知识,也修正了以前的错误观点,受益匪浅。 工业发酵过程靠如下三种流动来维系:即伴随能量形式的转换而发生的电子流动、伴随异化和同化作用而发生的物质流动,以及伴随不同水平上的代谢调节而发生的信息流动。在以上认识的基础上,我们以化能异养型微生物为研究起点,提出了微生物细胞生命活动的三个基本假说。 微生物生命活动的三个基本假说(发酵学的三个基本假说):①代谢能支撑假说:微生物细胞生命活动的驱动原理(微生物能学),②代谢网络假说:代谢网络与代谢物流图(微生物第二解剖学),③细胞经济假说:细胞经济运行与生存保障原理(细胞经济学)。 代谢能支撑假说挑明了微生物生命活动的前提,即微生物细胞代谢能的持续供应问题;代谢网络假说梳理了微生物生命活动的内容,具体化了微生物细胞的能量、物质的转化关系;细胞经济假说揭示微生物生命活动的经济管理原则,这些原则是人和微生物合作成功的基础。 现代发酵工程依靠微生物来完成发酵工厂生产线上的必不可少的加工(或转化)步骤,在这个意义上,微生物细胞就是工业发酵生产线上特殊机器——细胞机器。细胞机器与普通意义上的机器不同,细胞机器必须由代谢能直接驱动。在发酵工厂的生产线上,微生物细胞机器必须完成“在线制造”和“生产运行”的双重任务。所以在生产中要兼顾细胞机器即微生物活细胞的生长、繁殖和生产。其中,自主代谢和代谢能支撑是活细胞最基本的性能。没有生命就没有代谢能,没有代谢能的支撑就没有生命。生存和生长均需要代谢能的支撑。这就引出了发酵学第一假说。 代谢能支撑假说:能直接推动生命活动(做细胞功)的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量转换机构,把化学能或光能持续地转化成代谢能,并直接用来支撑其自身的生命活动。 代谢能是对应于生命运动的能量形式,是生物体直接用来建设自身或维持生命活动的能量形式。 代谢能以高能磷酸键或电场的方式储存在代谢能的载体中,腺苷酸和可以被能量化的生物膜是最常见的代谢能载体,ATP(能量货币)和Δp(质子运动势,能库)是代谢能最常见的供体。 为什么自主生活和独立生存的微生物细胞的生命活动必须由代谢能支撑?因为从微生物细胞过程的热力学角度分析,微生物细胞是一个耗散结构,这种结构只能在远离热力学平衡状态的开放系统生成,并且需要不断输入能量来维持。 1969年比利时普利高津(Prigogine)提出耗散结构理论,所谓耗散结构(dissipativestructure)是指一个远离平衡状态的开放体系,它可以是力学的、物理的、化学的、生物的系统,也可以是社会的经济系统。耗散结构与外界不断地进行物质和能量交换,当外界条件的变化达到一定的阈值时,可以从原有的无序或低序的混乱状态,转变为一种在时间、空间上或功能上的有序状态。 对于微生物细胞而言,微生物活细胞总是不断地从环境取得营养(化学能源),在细胞内进行生物转化(补充“秩序”),同时把细胞内部不可逆过程产生的“混乱”的一部分以废物和热量的形式排放到环境中去(排除“混乱”)。而微生物细胞从环境中吸取营养,经过自身代谢,排出代谢废物的过程也都离不开能量,以维持细胞的低熵(高度有序)状态。而其环境由于接受了来自微生物细胞这个系统的“混乱”,其混乱程度增加了,如果把我们研究的系统与它所处的环境加在一起,看作一个隔离系统,这个重新划定的隔离系统服从经典热力学的熵增定律。在这个重新划定的隔离系统中,系统有序程度的增加,必须由它的环境混乱程度的更多的增加来弥补。 第一假说阐述了代谢能支撑生命活动,那么微生物细胞内的物质代谢和能量代谢是怎样实现的?这就引出了发酵学第二假说。 代谢网络假说:代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调,形成横跨微生物活细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络,它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。 代谢网络横跨细胞内外,没有绝对的起点,也没有绝对的终点。代谢网络是分解代谢途径、合成代谢途径和化合物跨膜输送系统的有序组合。 代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调。具体来讲:在活细胞的中,酶参与生化途径的组成;参与代谢的化合物(这是指在蛋白质层次上,代谢途径中的各种代谢物分子,也就是代谢网络的各个节点),往往既是一个或多个酶的底物,又是一个或多个酶的产物。不同的生化途径靠了这样的代谢物而互相联系起来,这是在代谢物分子水平上整合。不同途径之间的另一水平上的协调是通过辅因子来实现的,如“能量货币”ATP、还原力NADH和NADPH等,它们对许多反应来说必不可少。这些辅因子在供能反应和生物合成反应中的耦合作用;它们连续不断的生成和使用,又在单个反应之间建立关系。对于NAD+、NADP+来说,也就是辅酶的再生,它们再生的过程也就在反应之间建立了关系,如:在EMP途径中的GA-3-P脱氢,将氢传递给NAD+,生成NADH+H+,NADH+H+又可将氢传递给乙醛生成乙醇,这样,辅因子在这两个单个反应之间建立了联系。 代谢网络是无尺度网络。很多复杂系统的网络拥有共同的重要特性:大部分节点只有少数几个连结,而某些节点却拥有与其他节点的大量连结,这些具有大量连结的节点称为“集散节点”,它们所拥有的连结可能高达数百、数千甚至数百万。由此看来,这一特性似乎能说明网络是无尺度的。无尺度网络具有某些重要特性。例如它们都可以承受意外的故障,但面对协同式攻击却很脆弱。 对蛋白质层次的代谢网络来说,一个代谢物分子就是一个节点,而节点之间的连结则是生化反应。大部分的分子只参加一种或两种反应,但少数分子参与许多反应,它们实际上是代谢流的集散中心(如,中心代谢途径的12种前体代谢物)或通用代谢物(如,能量货币ATP和还原力NADH和NADPH)。 为了分析问题的方便,将化能异养型微生物的初级代谢的代谢网络,认为地分成“向心板块”、“中心板块”和“离心板块”等三大板块来研究。向心板块和中心板块两个板块对应于供能反应,离心板块对应于生物合成反应。 细胞生命活动过程中,有机化合物(碳架物质)在代谢网络中流动,形成代谢流。在工业发酵生产中,微生物细胞的主要代谢流有起点和终点,其起点应该是原料,其终点应该是目的产物。那么微生物细胞是否就可以按照人的意志无限制地为我们生产产品了呢?答案是否定的。这就引出了发酵学第三假说。 发酵学第三假说:微生物细胞是远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系,它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障。 在正常情况下,微生物细胞不会消耗能量或营养去合成那些可以从环境中得到的化合物,也不过量合成中间代谢物们。微生物细胞自主的代谢协调能保证:在任何特定时刻、特定的细胞空间,只合成必要的酶系和刚够用的酶量。这由许多调节机制来控制,这些机制可以归结为在反馈信息触发下发生的抑制、激活、阻遏、诱导等基本调节机制。 所以,人只有与微生物友好合作,在微生物可以承受的基础上,利用改造它们,促使它们为人类服务。工业发酵就是要从中找到微生物的生存与人类意志之间的平衡和兼容。
个人分类: 生命系统|6838 次阅读|0 个评论
【专稿】从系统论角度重新构建发酵工程学问
biozhang 2009-7-12 20:07
【专稿】从系统论角度重新构建发酵工程学问 前文《 春江水暖谁先知——学生最有发言权 》已于7月12日发布了将在科学网悟空书斋(张星元的博客)陆续推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息。 我准备在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录陆续发稿,先发研究生的,后发本科生的。今天发布的是研究生李××的《从系统论角度重新构建发酵工程学问》,请指正。 研究生李××:从系统论角度重新构建发酵工程学问 本学期我们选修了张教授的《发酵原理》的课程,一方面,对本科阶段发酵工程相关的一些基础课程,如工业微生物学、生物化学、细胞生物学有了进一步深刻的认识和理解,另一方面,对发酵工程在整个生物学和工业生产中的定位和作用得到了一个系统的认识。 张教授在授课过程中曾说过,《发酵原理》试图突破以往发酵工程课程主要依靠化学工程路线的缺陷,还发酵工程生物学属性的原貌,从而实现当前国内化工模式的传统发酵生产到生物工程的现代发酵生产的转变。在我看来,更重要的是发酵原理从系统论的角度重新构建了发酵工程的学问。 发酵原理从电子流、物质流和信息流三个不同侧面反映工业发酵的运动本质,从三个重要学说,即微生物细胞能学、微生物细胞第二解剖学和微生物细胞经济学的角度分别提出三个假说。 1.代谢能支撑假说:能直接推动生命活动(做细胞功)的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量转换机构,把化学能或光能持续地转化成代谢能,并直接用来支撑其自身的生命活动。 2.代谢网络假说:代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子(辅酶)水平上协调,形成横跨微生物细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络,它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。 3.细胞经济假说:微生物细胞是个远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞(代谢)经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系,它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障。 众所周知,上世纪随着科学技术的进步,人们对于科学的思维方式逐步从还原论转变为整体论,在这种趋势下,诞生了系统论、信息论和控制论,被称为“老三论”,后来进一步又出现了“新三论”,即突变论、协同论、耗散结构论。这些理论的出现使人们,尤其是科技工作者对于各自的研究领域有了一种全新的思考角度。以生物学为例,当基于还原论的分子生物学越来越不能解决许多生物医学的综合性问题时,系统生物学浮出了水面,它与分子生物学研究单个基因或者蛋白质不同,它研究的是生物单元在所有水平上复杂的相互作用,并把重点放在分散的生物单元如何形成了系统整体的功能和机制。自此,许多生物学研究方法都呈现出从微观走向宏观,从部分走向整体的趋势。以上三个假说是在这样的研究背景下对发酵工程领域进行理论整合和创新的有力尝试。 系统理论的核心是系统论,贝塔朗菲(Bertalanffy)在他的一般系统论中阐述了系统论的主要原理,它包括系统的整体性、层次性、稳定性、开放性和目的性。学了发酵原理,我发现发酵原理课程的基本观点非常好地贯彻了系统论的原理。 1.发酵原理体现了系统的整体性原理 系统论的核心原理是它的整体性原理。自然界的事物都具有系统性,而各种系统都呈现出整体性。因为系统是各种要素联系起来、组织起来的产物,是各种要素的综合体,具有各单个要素所不具备的整体性。所以,系统的整体性主要表现在系统的性质功能和运动规律只有从整体上才能显示出来。系统的整体性呈现了各个组成要素所没有的新特性。 在发酵原理课程一开始,张教授就提出了“细胞机器”的概念。由于微生物细胞都是自主生活,独立存在的,所以它必须独立完成能量代谢和自身的生长、繁殖等的生命活动。“细胞机器”这个概念便是从发酵工程的生产角度,将微生物细胞作为一个整体系统来看待,正如普通意义上的机器在工厂作为一个独立整体一样,任何一个部件的功能或它们功能的简单加和,都不能替代机器这个整体的功能。微生物细胞机器的工作模式体现了微生物细胞必须作为一个整体,才能在适当的工业生产环境条件下,通过自身系统内部各要素的配合,实现获得理想产物的整体性功能。 2.发酵原理体现了系统的层次性原理 贝塔朗菲认为生物学的主要任务应当是发现生物系统中一切层次上的组织原理。复杂事物中一个层次与另一层次之间有着根本的差别。它要求人们在考察每个组织层次时,不但了解本层次,而且要了解相邻的层次。通过系统不同层次的比较来认识系统的特点。 第二假说中代谢网络体现了系统的层次性原理。网络和系统之间存在这一种相互对应的关系。一个网络可以看作是一个系统,所以可以用系统科学的思想和方法去处理。第二假说在叙述代谢网络概念时,经过分析,指出细胞的代谢网络是生物界的一种无尺度网络,而这种代谢网络可以不同层次来讨论,其中包括基因层次、蛋白质和酶的层次、代谢流层次、信息流层次等等。在代谢网络的讨论中,发酵原理主要侧重于蛋白质层次和代谢流层次的研究。 即便如此,在单一层次的讨论中也存在主要与次要的区别。无尺度网络的一个重要特征是存在集散中心。如果把小分子酶解产物看作代谢网络的一个“节点”,而将酶催化反应作为“边”,那么由此可以构成一个在蛋白质层次的代谢网络。所以,这个代谢网络的集散中心就是12种通用代谢物,其他众多代谢产物将与它们相关联;这个代谢网络还存在EMP、HMP和TCA等通用代谢途径(中心代谢谢途径),其他代谢途径也需要经过通用代谢途径合成相应的产物。这些区别实质上也可以看作是一种系统层次的体现。 3.发酵原理体现了系统的稳定性原理 系统的整体稳定性,是使形形色色的系统得以区分的重要前提。也就是说,只有系统的相对稳定,才能够对它们进行研究。系统存在的本身就意味着有一定的稳定性,而系统的稳定性是在动态中的稳定,系统的“静止”(亚稳态)不是在静止中实现的,而是在运动中实现的。 微生物作为一个系统,经过长时期的进化,整个系统始终处于动态的稳定中。第三假说,细胞经济假说实际上就体现了这一点。发酵原理在第三假说的叙述中,通过列举了不同层次的微生物代谢调控的例子,提出了微生物通过“整体协调,维持生计”的经济管理原则进行经济运行的观点。而代谢网络的刚性和代谢变动性是细胞经济管理原则的生物学根据。所谓代谢网络的刚性,即微生物自动抵制代谢网络中代谢物流量分布的改变的特性;而代谢变动性,是指微生物细胞的代谢流可以根据其所处环境的变动而自主地选择不同的路径及其流量分布的性质。这两点正是系统在动态中保持稳定的最好体现。 4.发酵原理体现了系统的开放性原理 系统存在于一定的环境之中。系统的开放性原理是指系统具有不断地与环境进行物质、能量和信息交换的性质和功能。系统向环境开放,是系统得以向上发展的前提,也是系统得以稳定存在的条件。 第三假说一开始就指出微生物细胞是个远离平衡状态的开放系统,用耗散结构理论来进一步阐明微生物系统不断实现有序生命活动的内在机制。 5.发酵原理体现了系统的目的性原理 系统的目的性原理是指系统在与环境的相互作用中,在一定范围内其发展不受或很少受条件变化或经历的影响,坚持表现出某种趋向的状态和特征。 微生物作为一个系统,同样也具有这样的特征。正如第三假说所阐述的那样,细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系。微生物细胞的“整体协调维持生计”的经济管理原则实际上是为了保障微生物细胞的生存。所以,微生物作为一个系统,它的目的性就在于保障自身的生存。即便受到外界条件的影响,比如我们在发酵工业上采用不同的发酵工艺条件,甚至选用的改造过的微生物菌种,细胞经济的原则也还是不变。 最后,感谢张教授为我们发酵工程的学子写出了一本好书,感谢您对我们的殷切希望和谆谆教诲,我们一定会朝着您指引的正确方向,为发酵工程的未来做出自己的贡献。
个人分类: 复杂系统|5143 次阅读|0 个评论
【专稿】好风凭借力,送我上青云
biozhang 2009-7-12 14:26
【专稿】好风凭借力,送我上青云 前文《 春江水暖谁先知——学生最有发言权 》已于7月12日发布了将陆续在科学网悟空书斋(张星元的博客)推荐发表学生在发酵原理课程讨论会上的发言稿的消息。 我准备在发言稿标题前冠以【专稿】的方式按已公布的目录陆续发稿,先发研究生的,后发本科生的。今天发布的是研究生朱××的《好风凭借力,送我上青云》,请指正。 研究生朱××:好风凭借力,送我上青云 无论是基因工程、细胞工程、酶工程和生化工程等为代表的现代生物技术还是传统的醋,酒,面包,啤酒的生产等,都离不开发酵过程。发酵是指在微生物的作用下,利用微生物的某些特定功能,为人类生产有用的产品,或直接把微生物应用于工业生产过程的一种生物技术。发酵过程是微生物群体生命活动的一个动态过程,是五花八门、千变万化的,表现出种种多样性,包括所使用的微生物种群、营养类型、培养条件的多样性,微生物营养与目的产物的多样性,微生物生长与目的产物生成之间的偶联方式的多样性等等。那么,我们如何进行发酵研究呢? 在此之前,我们学习了大量与发酵有关的课程,《生物化学》、《细胞生物学》、《微生物学》、《微生物生理学》、《微生物遗传学学》、《分子生物学》、《基因工程原理与方法》、《生化工程》《生化分离工程》等等课程,这些当然都是我们这个专业的学生所必需掌握的,但是通过这些课程的学习,我们对我们的发酵工程这个专业的真正了解了吗?“一叶障目不见泰山”,“只见树木,不见森林”,而这正是我们大部分学生的生动写照,特别是当我们面对如此大量的信息,如果没有一个正确理论的指导时,我们往往会迷失方向,纠缠于细节,而不能从宏观的角度来看待问题。而如果要想清楚地认识这个问题,我们就必须站在一个更高的角度,提纲挈领的把握整个学科。只有这样我们才能会“不畏浮云遮望眼”,才能够享受“山高人为峰”,“一览众山小”的惬意。 张老师几十年潜心致力于学术研究与创作,建立了发酵工程的核心理论,即生物工程专业的基本理论——发酵原理。“ 好风凭借力,送我上青云 ”,张老师的这门课程正给我们提供一个这样的工具,这样一个“借力”,使我们可以更好的了解本专业。首先发酵原理这本书系统、深入、哲学地将微生物发酵及相关的微生物学、生物化学、物理化学、经济学以及哲学知识归纳总结,高屋建瓴地在更高的一个层面上融会贯通。张老师用语考究,描述形象生动,把一向令人却步,晦涩、难懂、深奥的理论深入浅出的表达出来;更给人以耳目一新的是其内容上的创新。不仅如此,本书也扭转了忽视发酵工程的生物学属性的历史倾向,为化工模式的传统发酵生产上升到生物工程的现代发酵生产奠定了理论基础,为推动发酵工程的计算机控制和自动化进程,为发酵工程真正从一门技艺上升到科学理论的高度做出了努力。 我们知道工业发酵是微生物群体活动的动态过程。主要通过三种流动,即伴随能量形式的转换而发生的电子流动,伴随异化和同化作用而发生的物质流动,以及伴随不同水平上的代谢调节而发生的信息流动来实现。在此基础上张老师运用归纳逻辑的方法提出了关于微生物活动的三个基本假说:1代谢能支撑假说:微生物细胞生命活动的驱动原理(微生物能学);2代谢网络假说:代谢网络与代谢物流图(微生物第二解剖学);3细胞经济假说:细胞经济运行与生存保障原理(微生物细胞经济学)。发酵原理中这三大假说是相辅相成,相互联系的统一体。它们从三个不同的角度来分析同一个问题,即微生物生命活动的问题。它们三者的相互联系和相互协调,其中代谢能支撑是前提,代谢网络是依据,细胞经济是本质。 在具体阐述三大假说之前特别提醒读者,发酵原理的三大假说是从典型的工业发酵的事实根据提出的,所谓“典型的工业发酵”是指依靠化能异养型微生物合成某种最终被分泌到胞外的初级代谢产物和能量代谢副产物的过程,即其一般要满足如下条件: ①生产菌种是化能异养型微生物,②目的产物是初级代谢产物(或者是能量代谢副产物),③产物生成后分泌到胞外。 下面将展开这三大假说的相互关系: 1 代谢能支撑假说 生命活动是生物体高度有序的序列反应的总和,是耗能的、不可逆的过程。尽管不同的生物可以使用不同的能源;然而,实际上吸能的生物化学反应只能接受代谢能(metabolic energy)。因此所有的动植物体内都存在把其他形式的能量(化学能或光能)转化成代谢能的过程。工业发酵过程是利用微生物细胞群体生命活动的过程,微生物细胞的生命活动当然也是耗能的,且也只能直接接受代谢能。但是微生物细胞直接面向环境,其自主应对环境变化的生存方式决定微生物细胞必须自己解决能量形式转换等生死攸关的问题,也就是说微生物细胞必须自备与能源相对应的能量形式转换机构,并具备把能源提供的能量持续不断地转化成代谢能的能力,最终实现代谢能对微生物细胞生命活动的支撑。在此基础上,张老师提出了发酵学的第一假说—— 代谢能支撑假说:能直接推动生命活动(做细胞功)的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量转换机构,把化学能或光能持续地转化成代谢能,并直接用来支撑其自身的生命活动。 代谢能支撑假说是发酵原理三大假说中最基本的假说,它确立了微生物在工业发酵中的地位,规定了工业发酵的生物学属性。 2. 代谢网络假说 微生物细胞的物质代谢和能量代谢是依靠代谢网络来实现的。一系列按序进行的生物化学反应构成生化反应途径,生化反应途径按生物化学规律汇成生化反应网络。若生化途径在活细胞里运行,则为代谢途径。代谢途径和输送系统相互间的接合,加上细胞内辅酶再生与回用的协调作用,构成横跨微生物活细胞内外的、可调节的、无尺度的代谢网络。化合物(代谢中间物)在代谢网络中流动,形成代谢流。工业发酵过程中,原料代谢流经微生物细胞(细胞机器)中一系列途径转化成为目的产物。 在此基础上,张老师提出了发酵学的第二假说—— 代谢网络假说: 代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子(辅酶)水平上协调,形成横跨微生物细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络,它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。 代谢网络不是生化途径和跨膜输送过程简单连接,而是要将生物化学概念纳入细胞代谢的总体框架。微生物细胞的物质代谢和能量代谢是依靠代谢网络来实现的,这个假说揭示了微生物生命活动的内容——能量、物质的转化关系和操作过程。因此代谢网络假说为工业发酵菌种选育及生产工艺的控制系统地提供了可供选择的、可操作的可能性,为工业发酵新产品新原料开发提供了理论依据。 3. 细胞经济假说 在发酵工业生产上,人与微生物的对立统一关系以及人与微生物合作关系是发酵工程的基本矛盾,理解发酵工程的这个基本矛盾必须有一个理论基础,为此张老师提出了发酵学的第三假说—— 细胞经济假说:微生物细胞是个远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞(代谢)经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系,它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障。 微生物是自然界长期进化的产物,其所以能生存繁衍至今,正因为有其自身独特的优越性。而在我们为了生产发酵产品而对微生物改造(菌种选育)之前,它们自身原来就存在完整的细胞经济系统。我们只有通过学习,了解了微生物的经济学特性,才能在将来的生产实践中与微生物和谐相处,实现“双赢”。细胞经济假说阐述了微生物细胞为了生存而进行自身调整的保障机制,为代谢能的开支、代谢网络中各种代谢物库的大小,以及代谢流中有机物的流量大小和分支处的流量分配提供了解释的依据,从而导出微生物生命活动的法则——“整体协调,维持生计”的经济管理原则。这一假说是人与微生物合作的切入点,人若要发挥好在发酵工业中的主观能动作用,掌握好对微生物的代谢进行导向的程度,使微生物的生存利益与人的经济利益相统一,就必须对细胞本身的经济问题有一个客观的理解。人只有与微生物友好合作,在微生物可以承受的基础上,利用并改造它们,引导它们为人类服务。 综上所述,发酵原理的三个假说共同支撑着微生物细胞的所有生命活动。代谢能的产生与消耗必须依靠代谢网络的来实现,而代谢网络的运行又需要代谢能来提供能量。能量代谢和物质代谢相互交叉,并且都受细胞经济性规律的影响和制约。工业发酵期望切合生产实际的物质、能量代谢结果,无止境地追求完美的代谢网络响应。 在学习《发酵原理》这门课的过程中,我们不仅深入了解了其核心内容三大假说,还有细胞机器理论、发酵工程的8个预测以及工业微生物育种的五字策略的等等,除了这些书本知识,更重要的是在课堂上,张老师对学术的严谨态度和对知识的孜孜追求,给我们留下深刻的印象,这些都是值得我学习的地方!这必将对我们以后的工作和生活都大有裨益!
个人分类: 生命系统|5434 次阅读|0 个评论
春江水暖谁先知——学生最有发言权(附发言稿网址)
biozhang 2009-7-12 08:07
张星元:春江水暖谁先知——学生最有发言权    教学是一种过程,是学生认识客观世界和主观世界的一种特殊形式。在这个过程中,学生在教师指导下,通过自己积极主动的学习活动和实践,从不知到知不能到能,逐步形成认识和改造客观世界和主观世界的能力的过程。   教学和教育改革的成功与否,最终取决于教师主导和学生主体的统一。教师主导的根本目的就在于强化学生主体,培养学生,让学生独立地学,主动地学,创造地学,最终达到“无师自通”的境界。 教师在教育改革中挑大梁,起主导作用;学生是教育改革的基础,是教育改革的主体。师生共同努力迎来教育改革的春天。春江水暖谁先知?   一个声音在说:春天来了,春天在哪里?春芽从地里钻出来了,树木也穿上了新衣裳。春天在哪里?春天已经来到了我们的教室里,来到了我们的课程里,来到了我们的眼睛里!   是谁在说?是我们的学生在说,是大学生、研究生在说。   改革的主体说话了!   给他们说话的机会,千万不要小看这些学生,天天向上的他们最纯真。   “春江水暖谁先知——学生最有发言权”,在这个信念的支持下,我始终鼓励学生对我的教学发表意见,坚持开好课程讨论会。讨论会上同学发言(鼓励发表与老师相左的意见),老师点评(发掘“思想的火花”),师生对话。   为适应发酵学科向生物工程靠拢的大好发展趋势,我与学生们在上个世纪末创建了微生物生物学原理课程(简称发酵原理),分别对生物工程专业的本科生和发酵学科研究生在不同水平上开课;试图从传统发酵工程课程体系打开一个教学改革的口子,逐步实现发酵工程课程体系的全面升级。改革的步履是十分艰辛的,每一步都凝结着我们师生的血汗;改革的进程有据可查,步步推进。从手稿(复印件)到讲义(打印本)到国家级十五规划教材(出版物),更值得一提的是我的电脑里仍然保留着的每一轮学生的发酵原理讨论会的原始资料(从1998级开始每一届同学参加讨论会的PPT和WORD文稿)。   《发酵原理》这本书(国家级十五规划教材)2005年有科学出版社出版,《发酵原理》第二版(国家级十一五规划教材)正在撰写中。为了让读者对我们的改革和对这本书、这门课程有所了解, 最近我重温了2002级的本科生和2003级的研究生课堂参加讨论会的PPT和WORD文稿,摘编了其中一些同学的发言。 以下文稿将陆续在科学网悟空书斋(张星元的博客)推荐发表,供生物学界、生物工程学界有兴趣的学子选阅。欢迎切磋。 摘编的文稿目录, 点击以下小标题即可阅读。 研究生评发酵原理 ⑴全面肯定的: 研究生朱××: 好风凭借力,送我上青云 研究生李××: 从系统论角度重新构建发酵工程学问 研究生邵×: 解读微生物生命活动的三个基本假说 研究生孟××: 解读微生物自身的“经济管理原则” ⑵包含商榷意见的: 研究生孙×: 读这门课的过程中所想到的 研究生赵××: 关于“生物机器”和“生物工厂”的讨论 大学生评发酵原理 2003基地班 赵××同学: 对发酵理论创新的认识 任××同学: 对微生物生命活动的三个基本假说的理解 许××同学: 对发酵原理理论框架的思考 顾×同学: 三个基本假说是相互联系不可分割的整体 2003级 徐××同学: 从原来的“不识”到如今的“不释” 于×同学: 微生物是工业发酵的灵魂 张×同学: 细胞经济管理原则不能动摇 侯×同学: 发酵学关于动态研究的观点 金×同学: 发酵学科是一门与生命打交道的学科 卢×同学: 细胞是一个经济体 孙××同学: 细胞机器和代谢工程 成×同学: 从三个不同的角度来分析同一个问题 刘××同学: 微生物的经济性及信息流的问题 邱××同学: 这本书的独特风格 王×同学: 工业微生物的代谢通道 石×同学: 工业微生物在人心目中的地位的变化 孙×同学: 发酵原理这本书的内容 杨××同学: 发酵学三假说的研究起点 2002级 杨×同学: 发酵学科和发酵原理课程 杨×同学(另一位): 从来没有听过、见过、想过的理论 冯×同学: 细胞机器的工作模式 李××同学: 发酵原理这本书的领航作用 周×同学: 知识结构的提升
个人分类: 接力棒|11602 次阅读|1 个评论
“小兄弟”们忙碌啥子?
biozhang 2009-4-22 09:39
张星元:小兄弟们忙碌啥子? 走进现代发酵工厂,最引人注意的是,在排列整齐纵横交叉的彩色管道的映衬下,一排排的银灰色的庞然大物,它们的名字叫发酵罐。在庄重而祥和的发酵罐里亿万微生物小兄弟正在为人类,也为自己的欢快地忙碌着。 面对此情此景人们不禁要问,工业发酵生产线上关键的生产机器是发酵罐,还是微生物? 以上是拙作《发酵原理》一书的开场白。 且看学生们是怎样评论的: 这是《发酵原理》教材上第一章第一节的最开始一段话。也是留给我印象最深的一段话。当老师您在课堂上说出这段话,我觉得惊奇万分。突然间觉得,那个应该是枯燥的发酵原理课程突然变成了充满文学色彩的文学性课程。所以这一点吸引了我的注意,我越来越发现老师讲课中总是充满文学色彩。太久没有经过文学熏陶的工科专业的我们突然觉得有点奇怪。 所以经过了这一个学期对发酵原理课程的学习,留给我最深印象的不是课程的内容,而是一种我从来没有听过、见过、想过的理论微生物和我们是平等的,它们不是我们的奴隶,没有义务为我们工作。 没错,很少有人想过人类与微生物的关系,人们只是知道利用微生物一味索取,从不觉得我们与它们其实是平等关系!尽管微生物也会需要我们所提供的一些原料作为营养物质,但是它们毕竟是有生命的个体, 我们不能忽视它们,应该正视它们的存在 。所以我觉得我们与微生物的关系是平等的,并且是互惠互利的! 在课本第一章第一节有一句话,相信大家印象都特别深:在庄重而祥和的发酵罐中,亿万微生物小兄弟们正在为人类也为自己的生存欢快的忙碌着,这让我们看到了 一种全新的理念,作为发酵工业灵魂的微生物,不是人类的奴隶,而是与人类具有同等地位和生存价值的生命。我们应当以全新的态度来对待微生物,努力营造一个和谐的发酵社会。 通过张教授在课上诙谐生动的讲解,我觉得我在学习的不仅仅是发酵原理,而且还是在学做人的道理!尤其是张教授的那股爱国主义的思想和强烈的民族精神尤使我们感到精神振奋,我想,这个感觉大概是我在大学里遇到老师中仅有的吧。
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微生物生命活动的三个基本假说 (简体中文、繁体中文、英文对照,修订版)
biozhang 2008-11-16 13:11
张星元:微生物生命活动的三个基本假说 (简体中文、繁体中文、英文对照,修订版) 张星元:微生物生命活动的三个基本假说(发酵学三假说) 微生物生命活动的三个基本假说是本博文作者1997年针对发酵工程领域提出的三个基本假说,也就是微生物生命活动的三个基本假设。发酵学三假说已经进入教科书《发酵原理》(科学出版社2005年出版)。值此母校(无锡轻工业学院,现江南大学)校庆五十周年纪念,在科学网上重新发表,并提供英文和繁体中文版本敬请海内外读者指正。 微生物生命活動的三個基本假說是本博文作者1997年針對發酵工程領域提出的三個基本假說,也就是微生物生命活動的三個基本假設。發酵學三假說已經進入教科書《發酵原理》(科學出版社2005年出版)。值此母校(無錫輕工業學院,现江南大學)校慶五十周年紀念,在科學網上重新發表,並提供英文和繁體中文版本,敬請海內外讀者指正。 The Three Basic Hypotheses on Fermentation Sciences put forward in the field of fermentation engineering by the author in 1997 could be named Vital activity hypotheses on living microorganisms The Three Basic Hypotheses on Fermentation Sciences has entered the textbooks Principles of fermentation (Science Press, published in 2005). On the occasion of alma mater (Wuxi Light Industry College, now Jiangnan University) anniversary commemoration of the fiftieth anniversary, the author gives the copies of the hypotheses available in English and Traditional Chinese version, hoping hear opinions from domestic and overseas readers. 张星元:微生物生命活动的三个基本假说(发酵学三假说) 張星元:微生物生命活動的三個基本假說(發酵學三假說) ZHANG Xingyuan (Jiannan University, China): Vital activity hypotheses on living microorganisms ( The Three Basic Hypotheses on Fermentation Sciences ) 假说一 代谢能支撑假说 能直接推动生命活动(做细胞功)的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量换转机构,把化学能或光能持续的转化成代谢能,并直接用来支撑其自身的生命活动。 假說一 代謝能支撐假說 能直接推動生命活動(做細胞功)的能量形式叫做代謝能。微生物細胞依靠其自備的能量換轉機構,把化學能或光能持續的轉化成代謝能,並直接用來支撐其自身的生命活動。 Hypothesis 1 Metabolic energy sustentation hypothesis   The intermediate form of energy, used directly to drive vital activities (to do cell-work), can be called metabolic energy . Microbial cells rely on self-agencies for energy transformation, to change chemical energy (or light energy) into metabolic energy ; The latter can be directly used to drive vital activity of cells. 假说二 代谢网络假说 代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子(辅酶)水平上协调,形成横跨微生物细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络,它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。 假說二 代謝網路假說 代謝途徑和輸送系統在代謝物分子水準上整合、在輔因數(辅酶)水準上協調,形成橫跨微生物細胞內外的代謝網路。代謝網路是細胞自主調節的無尺度網路,它作為一個整體來承擔微生物細胞的物質代謝和能量代謝。 Hypothesis 2 Metabolic networks hypothesis On the bases of integration in the levels of molecules, and the coordination in the levels of co-factors (co-enzymes), metabolic pathways and delivery systems across the cells inside and outside constitute metabolic networks. Metabolic network is a kind of scale-free networks of cell self-regulation, which as a whole bear the microbial cell material metabolism and energy metabolism. 假说三 细胞经济假说(代谢经济假说) 微生物细胞是个远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞(代谢)经济体系。 细胞经济体系的运作遵循细胞经济规律,并为细胞的适应性,经济性和持久性提供保障。 假說三 細胞經濟假說(代謝經濟假說) 微生物細胞是個遠離平衡狀態的不平衡的開放體系,是在物競天擇的基礎上形成的細胞(代謝)經濟體系。細胞經濟體系的運作遵循細胞經濟規律,並為細胞的適應性,經濟性和持久性提供保障。 Hypothesis 3 Cell-economy hypothesis (metabolic economy hypothesis) Microbial cell is an open system far from equilibrium state of imbalance, a cell economy system that has been optimized in natural selection.Cell economy system operates to keep to cell economy laws, and provides protection for cell survival in the aspects: adaptability, economical efficiency, and persistence. 对三个假说的附加说明: 这三个假说在一定程度上也适用于其他生命形式,然而它们对应用微生物有鲜明的针对性。微生物细胞直接面向它们所生存的环境,在其所处的环境中独立自主地生存,较之其他生命形式的细胞生物有其特殊性。这三个假说是在研究应用微生物(特别是工业微生物)的代谢运行的过程中提出的,适用于微生物(除病毒外);对于微生物以外的细胞生物来说不完全适用,但可以借鉴。 對三個假說的附加說明: 這三個假說在一定程度上也適用於其他生命形式,然而它們對應用微生物有鮮明的針對性。微生物細胞直接面向它們所生存的環境,在其所處的環境中獨立自主地生存,較之其他生命形式的細胞生物有其特殊性。這三個假說是在研究應用微生物(特別是工業微生物)的代謝運行的過程中提出的,適用於微生物(除病毒外);對於微生物以外的細胞生物來說不完全適用,但可以借鑒。 Annotations : These three hypotheses to some extent also can be applied to other life forms, but they have bright pertinence against applied microorganisms. Microbial cells directly facing the environment they live in, and survival in environment around them maintain independence and keep initiative, thus they have its own particularity compared with other. The three hypotheses suitable for microorganisms ( except viruses ) ; For other organisms, except microorganisms, it is not completely applicable to, but can be learned from. 张星元:微生物生命活动的三个基本假说是一个整体 微生物生命活动的三个基本假说是一个整体,主要表现为: ① 一个完整的思想体系: 微生物生命活动的三个基本假说(代谢能支撑假说、代谢网络假说和细胞经济假说)以及以它们为前提做出的推理构成了一个完整的思想体系。第一假说反映微生物生命活动的前提(代谢能的持续供应),第二假说体现微生物生命活动的内容(能量、物质的转化关系),第三假说揭示微生物生命活动的法则(人和微生物合作的基础)。这三个基本假说从三个不同的角度来分析同一个问题,微生物的生命活动的问题,体现了三者的相互联系和相互协调。第一假说从生物能学和代谢能对生命活动的支撑的角度认定微生物细胞是代谢能转换器,第二假说从生化学和代谢的角度认定微生物细胞是生化反应器和生物材料加工器,第三假说从生物信息学的角度认定微生物细胞是生物信息编码器、信息传感器和信息处理器。 微生物生命活動的三個基本假說是一個整體,主要表現為: ① 一個完整的思想體系:微生物生命活動的三個基本假說(代謝能支撐假說、代謝網路假說和細胞經濟假說)以及以它們為前提做出的推理構成了一個完整的思想體系。第一假說反映微生物生命活動的前提(代謝能的持續供應),第二假說體現微生物生命活動的內容(能量、物質的轉化關係),第三假說揭示微生物生命活動的法則(人和微生物合作的基礎)。這三個基本假說從三個不同的角度來分析同一個問題,微生物的生命活動的問題,體現了三者的相互聯繫和相互協調。第一假說從生物能學和代謝能對生命活動的支撐的角度認定微生物細胞是代謝能轉換器,第二假說從生化學和代謝的角度認定微生物細胞是生化反應器和生物材料加工器,第三假說從生物資訊學的角度認定微生物細胞是生物資訊編碼器、資訊感測器和資訊處理器。 The 3 hypotheses on living microorganisms should be a whole Zhang Xingyuan The three basic hypotheses on microbial life activities as a whole, mainly as follows: ①A complete ideological system: Vital activity hypotheses on living microorganisms (Metabolic energy sustentation hypothesis, Metabolic networks hypothesis and Cell-economy hypothesis), as well as the reasoning on the premise they made, constitute a complete ideological system. The first hypothesis reflects the premise of the vital activity of microorganisms (to supply energy continuously); the second hypothesis embodies the contents of microbial life (energy and material conversion relations); the third hypothesis to reveal the law of microbial vital activity (to provide the basis for co-operation between human being and microorganisms). The three basic hypotheses from three different visual angles analyze the same issue, the lvital activity of microorganisms, embody the three hypotheses are interlinked and coordinated. The first hypothesis, from the perspective of bioenergetics and metabolic energy, we firmly believe that microbial cells are convertor of metabolic energy; the second hypothesis, from the perspective of biochemistry and metabolism, we firmly believe that microbial cells are biological and chemical reactors and biological materials processor; the third hypothesis, from the perspective of bioinformatics, we firmly believe that microbial cells are bio-informatics encoder, information sensor and information processor. ② 三个假设相互支持、相互制约,相互补充:能量代谢需借助代谢网络来实现,代谢网络的运行需要代谢能的支撑,能量代谢和物质代谢相互交叉,并且都受细胞经济规律的规范和制约。代谢网络中代谢物的流动依赖于代谢能支撑,受制于细胞经济规律;然而对代谢能支撑和细胞经济的研究,又必须借助于它们的载体代谢网络。 ② 三個假設相互支持、相互制約,相互補充:能量代謝需借助代謝網路來實現,代謝網路的運行需要代謝能的支撐,能量代謝和物質代謝相互交叉,並且都受細胞經濟規律的規範和制約。代謝網路中代謝物的流動依賴於代謝能支撐,受制於細胞經濟規律;然而對代謝能支撐和細胞經濟的研究,又必須借助於它們的載體代謝網路。 ②The three hypotheses support each other, constraint and complement each other: Energy metabolism relies on metabolic networks to achieve sustainability; metabolic energy is needed for metabolic networks to run to support metabolism, energy metabolism and material metabolism overlap each other, and are subject to norms and constraints from cell economic laws. Currents of flowing metabolites in metabolic networks rely on supporting of metabolic energy, and are under constraint of cell economy laws; but the studies on metabolic energy sustainment and cell economy must resort to their work-carrier, metabolic networks. ③ 发酵工程的自然辩证法:现代工业发酵建立在对代谢能支撑、代谢网络和细胞经济等三个基本假说的深刻研究上。代谢能支撑假说揭示了工业发酵的原动力。在代谢网络假说中,代谢途径(酶蛋白)和多种蛋白 系统的有序组合作为一个整体,称为代谢网络(物质代谢网络),这样有利于我们从宏观上把握微生物的代谢和生理,为工业发酵从原料到目标产物的设计,提供分 析的依据和实际操作的位点。细胞经济的概念的提出为正确处理工业发酵中人的主观愿望与微生物生命活动的客观规律之间的对立统一关系提供了理论依据。 ③ 發酵工程的自然辯證法:現代工業發酵建立在對代謝能支撐、代謝網路和細胞經濟等三個基本假說的深刻研究上。代謝能支撐假說揭示了工業發酵的原動力。在代謝網路假說中,代謝途徑(酶蛋白)和多種蛋白系統的有序組合作為一個整體,稱為代謝網路(物質代謝網路),這樣有利於我們從宏觀上把握微生物的代謝和生理,為工業發酵從原料到目標產 物的設計,提供分析的依據和實際操作的位點。細胞經濟的概念的提出為正確處理工業發酵中人的主觀願望與微生物生命活動的客觀規律之間的對立統一關係提供了理論依據。 ③ Nature dialectics in fermentation engineering: Modern industrial fermentation is going to establish in the bases of profound research of the three hypotheses on metabolic energy sustentation, metabolic networks and cell-economy. The hypothesis of metabolic energy sustentation revealed the driving force behind the industrial fermentation. In the hypothesis of metabolic networks, metabolic pathways (enzymes) and related carriers (proteins) have been organized as a whole, and known as the metabolic networks (material metabolism network).This will help us to have a good grasp of microbial physiology and material metabolism in the macro level, and to set up the basis of analysis for the actual operation sites in the design of industrial fermentation from raw materials to the target products. The concept of cell-economy have been put forward, it provides a theoretical basis of handling the relationship of the unity of opposites, i.e., subjective desires (industrial fermentation) and the objective law (microbial vital activity). ④ 学科的交叉和渗透:将化学、生物化学、微生物学、分子生物学、细胞学等学科的知识与物理学、物理化学、化工原理、电工学、生物学、经济学、哲学和自然辩证法等学科的知识渗透、交叉、交融起来,互相支撑,融会贯通,建立发酵学科的新概念。 ④ 學科的交叉和滲透:將化學、生物化學、微生物學、分子生物學、細胞學等學科的知識與物理學、物理化學、化工原理、電工學、生物學、經濟學、哲學和自然辯證法等學科的知識滲透、交叉、交融起來,互相支撐,融會貫通,建立發酵學科的新概念。 ④Cross-disciplines and infiltrate-disciplines: The establishment of the new concept of fermentation science is based on the combination, infiltration, fusion, and support each other,in the fields of disciplines of chemistry, biochemistry, microbiology, molecular biology, cytology and the fields of disciplines of physics, physical chemistry, chemical engineering principles, electrotechnics, biology, economics, philosophy and dialectics of nature.
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發酵學三假說,繁体中文版老版本
biozhang 2008-11-16 06:08
微生物生命活動的三個基本假說是本博文作者1997年針對發酵工程領域提出的三個基本假說,也就是微生物生命活動的三個基本假設。發酵學三假說已經進入教科書《發酵原理》(科學出版社2005年出版)。值此母校(無錫輕工業學院,现江南大學)校慶五十周年紀念,在科學網上重新發表,並提供英文和繁體中文版本敬請海內外讀者指正。 張星元:微生物生命活動的三個基本假說(發酵學三假說,繁体中文版) 假說一代謝能支撐假說 能直接推動生命活動(做細胞功)的能量形式叫做代謝能。微生物細胞依靠其自備的能量換轉機構,把化學能或光能持續的轉化成代謝能,並直接用來支撐其自身的生命活動。 假說二代謝網路假說 代謝途徑和輸送系統在代謝物分子水準上整合、在輔因數(辅酶)水準上協調,形成橫跨微生物細胞內外的代謝網路。代謝網路是細胞自主調節的無尺度網路,它作為一個整體來承擔微生物細胞的物質代謝和能量代謝。 假說三細胞經濟假說(代謝經濟假說) 微生物細胞是個遠離平衡狀態的不平衡的開放體系,是在物競天擇的基礎上形成的細胞(代謝)經濟體系。細胞經濟體系是微生物細胞生存的保障體系,它為細胞的適應性、經濟性和代謝的持續性提供保障。 微生物生命活動的三個基本假說是一個整體,主要表現為: 一個完整的思想體系 :微生物生命活動的三個基本假說(代謝能支撐假說、代謝網路假說和細胞經濟假說)以及以它們為前提做出的推理構成了一個完整的思想體系。第一假說反映微生物生命活動的前提(代謝能的持續供應),第二假說體現微生物生命活動的內容(能量、物質的轉化關係),第三假說揭示微生物生命活動的法則(人和微生物合作的基礎)。這三個基本假說從三個不同的角度來分析同一個問題,微生物的生命活動的問題,體現了三者的相互聯繫和相互協調。第一假說從生物能學和代謝能對生命活動的支撐的角度認定微生物細胞是代謝能轉換器,第二假說從生化學和代謝的角度認定微生物細胞是生化反應器和生物材料加工器,第三假說從生物資訊學的角度認定微生物細胞是生物資訊編碼器、資訊感測器和資訊處理器。 三個假設相互支持、相互制約,相互補充 :能量代謝需借助代謝網路來實現,代謝網路的運行需要代謝能的支撐,能量代謝和物質代謝相互交叉,並且都受細胞經濟規律的規範和制約。代謝網路中代謝物的流動依賴於代謝能支撐,受制於細胞經濟規律;然而對代謝能支撐和細胞經濟的研究,又必須借助於它們的載體代謝網路。 發酵工程的自然辯證法 :現代工業發酵建立在對代謝能支撐、代謝網路和細胞經濟等三個基本假說的深刻研究上。代謝能支撐假說揭示了工業發酵的原動力。在代謝網路假說中,代謝途徑(酶蛋白)和多種蛋白系統的有序組合作為一個整體,稱為代謝網路(物質代謝網路),這樣有利於我們從宏觀上把握微生物的代謝和生理,為工業發酵從原料到目標產物的設計,提供分析的依據和實際操作的位點。細胞經濟的概念的提出為正確處理工業發酵中人的主觀願望與微生物生命活動的客觀規律之間的對立統一關係提供了理論依據。 學科的交叉和滲透: 將化學、生物化學、微生物學、分子生物學、細胞學等學科的知識與物理學、物理化學、化工原理、電工學、生物學、經濟學、哲學和自然辯證法等學科的知識滲透、交叉、交融起來,互相支撐,融會貫通,建立發酵學科的新概念。
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发酵工艺、发酵工程、发酵原理三者有什么区别和联系
biozhang 2008-5-7 17:50
张星元:发酵工艺、发酵工程、发酵原理三者究竟又是么区别和联系 发酵工艺、发酵工程、发酵原理三者究竟有什么区别和联系? 工业生产上通过 工业发酵 来加工或制作产品, 其对应的加工或制作工艺被称为 发酵工艺 。 为实现工业化生产,就必须解决实现这些工艺(发酵工艺)的工业生产环境、设备和过程控制的工程学的问题,因此,就有了 发酵工程 。 发酵工程是用来解决按发酵工艺进行工业化生产的工程学问题的学科 。发酵工程从工程学的角度把实现发酵工艺的发酵工业过程分为菌种、发酵和提炼(包括废水处理)等三个阶段,这三个阶段都有各自的工程学问题,一般分别把它们称为发酵工程的上游、中游和下游工程。 发酵工程的三个阶段均分别有它们各自的工艺原理和设备及过程控制原理,它们一起构成发酵工程原理 。 千百年,特别是最近几十年的发酵工业生产的实践证明 : 微生物是发酵工程的灵魂。近年来,对于 发酵工程的生物学属性 的认识愈益明朗化, 发酵工程正在走近科学 。从生物学的角度重新审视发酵工程,发现 发酵工程最基本的原理是其生物学原理 ,而前述的发酵工程原理均必须建立在发酵工程的生物学原理的基础上。因此, 发酵工程的生物学原理是发酵工程最基本的原理,并且可以把它简称为 发酵原理 。
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对发酵工程的属性的认识的返璞归真
biozhang 2008-5-7 17:18
张星元:对发酵工程属性的认识的返璞归真    现代意义上的发酵工程是一个由多学科交叉、融合而形成的技术性和应用性较强的开放性的学科。 发酵工程经历了 农产手工加工 近代发酵工程 现代发酵工程 三个发展阶段。 发酵工程发源于家庭或作坊式的发酵制作(农产手工加工),后来借鉴于化学工程实现了工业化生产(近代发酵工程),最后返璞归真以微生物生命活动为中心研究、设计和指导工业发酵生产(现代发酵工程),跨入生物工程的行列。   原始的手工作坊式的发酵制作凭借祖先传下来的技巧和经验生产发酵产品,体力劳动繁重,生产规模受到限制,难以实现工业化的生产。于是, 发酵界的前人首先求教于化学和化学工程 ,向农业化学和化学工程学习,对发酵生产工艺进行了规范,用泵和管道等输送方式替代了肩挑手提的人力搬运,以机器生产代替了手工操作,把作坊式的发酵生产成功地推上了工业化生产的水平。发酵生产与化学和化学工程的结合促成了发酵生产的第一次飞跃。   通过发酵工业化生产的几十年实践,人们逐步认识到 发酵工业过程是一个随着时间变化的(时变的)、非线性的、多变量输入和输出的动态的生物学过程 ,按照化学工程的模式来处理发酵工业生产(特别是大规模生产)的问题,往往难以收到预期的效果。从化学工程的角度来看,发酵罐也就是生产原料发酵的反应器,发酵罐中培养的微生物细胞只是一种催化剂, 按化学工程的正统思维,微生物当然难以发挥其生命特有的生产潜力 。于是,追溯到作坊式的发酵生产技术的生物学内核(微生物),返璞归真而对发酵工程的属性有了新的认识。 发酵工程的生物学属性的认定,使发酵工程的发展有了明确的方向,发酵工程进入了生物工程的范畴。
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生物工程的一个新的分支:代谢工程
热度 1 biozhang 2008-5-4 13:23
张星元:生物工程的一个新的分支:代谢工程 代谢工程(Metabolicengineering)是生物工程的一个新的分支。代谢工程把量化代谢流及其控制的工程分析方法和用以精确制订遗传修饰方案并付之实施的分子生物学综合技术结合起来,以上述分析综合反复交替操作、螺旋式逼近目标的方式,在较广范围内改善细胞性能,以满足人类对生物的特定需求的生物工程。 为了满足人类对生物的特定需求而对微生物进行代谢途径操作,已有将近半个世纪的历史了。在氨基酸、抗生素、溶剂和维生素的发酵法生产中,都可以找到一些典型实例。操作的主要方法是,用化学诱变剂处理微生物,并用创造性的筛选技术来检出已获得优良性状的突变菌株。尽管这种方法已被广泛地接受并已取得好的效果,但对突变株的遗传和代谢性状的鉴定是很不够的,更何况诱变是随机的! DNA重组的分子生物学技术的开发把代谢操作引进了一个新的层面。遗传工程是我们有可能对代谢途径的指定酶反应进行精确的修饰,因此,有可能构建精心设计的遗传背景。DNA重组技术刚进入可行阶段不久,就出现了不少可用来说明这种技术在定向的途径修饰方面的潜在应用的术语。如分子育种(1981年),体外进化(1988年),微生物工程或代谢途径工程(1988~1991年),细胞工程(1991年)和代谢工程(1991年)。尽管不同的作者提出不完全相同的定义,这些定义均传达了与代谢工程的总目标和手段相似的含义。 我们曾经把代谢工程定义为,代谢工程就是用DNA重组技术修饰特定的生化反应或引进新的生化反应,直接改善产物的形成和细胞的性能的学科。这样定义代谢工程强调了代谢工程工作目标的确切性。也就是说,先要找到要进行修饰或要引进的目标生化反应,一旦找准了目标,就用已建立的分子生物学技术去扩增、去抑制或删除、去传递相应的基因或酶,或者解除对相应的基因或酶调节,而广义的DNA重组只是常规地应用于不同步骤中,以便于达到这些目标。 尽管在所有的菌种改良方案中都有某种定向的含义,但与随机诱变育种相比较,在代谢工程中工作计划的定向性更加集中更加有针对性。这定向性在酶的目标的选择,实验的设计,数据的分析上起着支配的作用。不能把细胞改良中的所谓定向解释为合理的途径设计和修饰,因为定向选择与随机诱变之间没有直接关系。相反地我们可借助于逆行的代谢工程(reversemetabolicengineering),从随机诱变而获得的突变株及其性状的实验结果,来提取途径及其控制的判断信息(criticalinformation)。 与所有传统的工程领域一样,代谢工程也包含分析和综合两个基本步骤。因为代谢工程借助于DNA重组技术作为一种启用技术而出现,所以一开始人们的注意力仅仅放在这个领域的综合方面,譬如:新的基因在不同寄主中的表达,内酶的扩增,基因的删除,酶活力修饰,转录的解调或酶的解调等。这样前面定义的代谢工程,在相当程度上似乎是应用分子生物学技术表现形式,几乎没有工程的内容,因此从生物过程的角度来衡量,并不是够格的代谢工程。而更加重要的工程内容存在于代谢工程的分析方面。譬如,怎样确定定义生理状态的参数?怎样用这信息解释代谢网络控制的结构体系,进而提出达到某个目标的合乎道理的修饰位点?怎样进一步评估这些遗传修饰和酶的修饰的真实的生化效果,以便进行下一轮的途径修饰,直到达到目的?能不能提出一个可用来确定代谢修饰的最有希望的靶位的合理的步骤?在综合方面,代谢工程的另一个不同寻常的方面是它关注的是代谢途径集成的整体,而不是单个反应。这样,代谢工程研究的是整个生化反应网络,涉及到其自身的途径合成和热动力学可行性,还有途径流量及其控制。我们研究的出发点正在经历从单个酶反应向相互影响的生化反应体系转变。因此,通过对整个反应体系而不是一个个孤立的反应的考察就有可能获得关于代谢和细胞功能的更全面的认识,在这个的意义上代谢网络的观念是最为重要的。代谢工程让人们把注意力转向整个体系而不是其组成部分。因此,代谢工程使用来自还原论者的大量的研究的技术和信息来设法进行综合和设计;而关于整个体系的运转状态的观察,对于进一步的合理的分解和分析其自身来说,又是最好的指导。 尽管代谢和细胞生理学可以为某组反应途径的分析提供主要的背景知识,应该指出流量及其控制的测定结果具有更广阔的应用范围。因而,代谢工程的概念除了可用来分析流经某组代谢途径的物质流和能量流,同样可以应用于在信号传感途径的信息流量的分析。对于信息流量尚未很好地定义,一旦信号途径的概念得到具体化,以上观念和方法将会在信号传感途径的相互作用的研究,以及胞外刺激控制基因表达的复杂机制的解释方面发挥作用。 也许代谢工程最重要的贡献在于对活体条件下代谢流及其控制的强调。代谢流的概念本身实际上并不是新的。代谢流及其控制引起生化研究人员中的少数先知的注意,已有大约30多年历史了。作为他们工作的结果,代谢控制的观念成熟了,并且被严格的定义了,尽管这些观念曾经没有得到传统的生物学家广泛地接受。代谢工程最初被设想为特定的途径操作,很快又变成工程师们的分析技能的预期的输出端。发酵工程师们建立了量化代谢流及其控制的工程分析方法,从而看到了利用代谢控制分析这个有效的平台向这个过程导入严密性的机会,以及生化工程与发酵工程在生物学领域的交叉和互补。
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关于微生物活细胞,星元如是说:
biozhang 2008-4-30 13:39
张星元:关于微生物活细胞,星元如是说: 世界上一切物体总是相互作用、相互关联,形成一个整体。 世界作为一个整体是无法进行实验和研究的,为了实验和研究的方便,只好从这个整体分隔出一部分(我们感兴趣的部分)来,这样分隔出来的被界面包围的部分(准备进行研究的部分),被称为热力学的体系(或系统),与体系相互作用着的其余部分称为该体系的环境或外界。 根据界面的性能可将热力学的体系分成 3 类: ① 孤立(隔离)体系,指与环境既没有物质交换也没有能量交换的体系; ② 封闭体系,指与环境没有物质交换,但可以有能量交换的体系; ③ 开放体系,指与环境既可有能量交换又可有物质交换的体系。 微生物活细胞属于哪一类系统呢?这还得从热力学第二定律说起。 德国克劳修斯( R.E.Clausius )发现的热力学第二定律( 1850 年)指出:热量不能自发地由低温物体向高温物体传递。也就是说,热力学系统的自发过程总是向有序性程度减少、无序程度增加(即熵增加)的方向发展。这个定律的经典热力学表述是:在封闭系统及其所处的环境组成的孤立系统中,任何自发过程总是朝着越来越混乱的方向演化。 微生物的活细胞任何时刻都离不开它生存的环境,只有在与环境的交换中才能维持细胞结构和生命活动,因此微生物细胞绝不是孤立系统。如果微生物细胞是封闭系统,那么根据熵增加原理,它们及它们所处的环境组成的孤立系统必将自发地走向混乱,其结果必将是微生物细胞的解体;因为微生物活细胞是客观存在的,所以微生物细胞也不是封闭系统。综上所述, 微生物活细胞只能是开放体系 。 微生物活细胞的生命活动是朝着有序的方向进行的,有序状态的形成和维持都需要与环境之间有交流的、开放的条件;而交换则要靠细胞内外的不平衡来推动。微生物活细胞总是不断地从环境取得营养物质(一般是作为化学能源的低熵物质),在细胞内进行生物氧化,获得代谢能和生物合成的代谢中间物,同时把细胞内部这样的不可逆过程产生的热量和一部分降解物排放到环境中去。因此, 微生物细胞是不平衡的开放体系 。 微生物活细胞靠消耗能量来维持细胞的低熵(高度有序)状态 。为了维持生存状态或使生物量有所增长,必须有足够的有效能源。如果净的能量输入超过临界值,细胞状态会发生宏观变化,即出现一种新的有序状态(生长)。对于微生物细胞这个系统而言,细胞离开平衡状态越远, 混乱 的输出能力越强,细胞结构越稳定,细胞的活力越强。因此, 微生物活细胞是一个远离平衡状态的不平衡的开放体系 。
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以“能量货币ATP”为代表的“货币代谢物”
biozhang 2008-4-29 23:08
张星元:以“能量货币ATP”为代表的“货币代谢物” “货币代谢物(currencymetabolites)”是指可在细胞全局范围内像货币一样流通的代谢物,如能量货币ATP以及以辅助因子的形式出现的辅酶NADH和NADPH。 它们的作用主要在于协调代谢流的流量和方向,使受它(它们)控制的途径成为代谢网络整体的一部分。 生物合成反应一般都依赖于ATP供应,若ATP供应不足,则生物合成受阻,甚至连产能途径(形成代谢能的降解途径)都不能激活。ATP及其相关分子ADP、AMP(三者组成腺苷酸库)不但调节中心途径的供能反应,还直接参与代谢反应。然而,就其重要性来说,其调节作用远远大于其参与作用。 货币代谢物的调节作用对于中心途径(无定向代谢途径)尤其重要。 中心途径既要提供代谢能和辅助因子,又要提供前体代谢物,在分解代谢和合成代谢中有双重作用。 货币代谢物对这些途径的调节为有机物正确地、协调地流进生物合成途径或产能途径提供保证。
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代谢网络纵横谈
热度 1 biozhang 2008-4-7 12:48
张星元:代谢网络纵横谈 (1)细胞的代谢网络是生物界的一种无标度网络 “网”最初是指用一组线(或绳)两两交替地绾成疙瘩(打“结”)而形成的多孔的捕鱼或捕兽器具,网上线的“结”就相当于网络结构中的“节点”。天然的网络结构大多是随机的,人造的网络结构大多是规则的。在随机的网络结构中,节点与其他节点的连结的数量呈正态分布;在规则的网络结构中,节点与其他节点的连结数量是固定的。以上两类网络中,节点与其他节点的连结的数量分布都有规则可循,因此是有标度的网络。然而,用数学方法描绘互联网时,出乎意料地发现有些节点与大量的其他节点连结,形成一个个集散中心(称为集散节点),因而把互联网这样的网络称为无标度网络(scale-freenetwork)。 无标度网络中包含无数节点,大部分节点与其他节点只有几个连结,有些节点与大量的其他节点连结,称为集散节点。无标度网络不存在代表性的节点,但受少数集散节点的支配,并具有如下可预期的行为特性:对意外事件具有惊人的承受力,对协同式攻击很脆弱,受制于某些基本的法则。 基于以上分析,细胞的代谢网络是生物界的一种无标度网络。 (2)不同层次的代谢网络 有关细胞的代谢网络可以分不同层次来讨论:基因组(DNA层次)、代谢途径及生化反应网络(蛋白质层次)、代谢流(物流层次)、代谢生理(微生物细胞层次)等等。对蛋白质层次的代谢网络来说,一个代谢物分子就是一个节点,而节点之间的连结则是生化反应。大部分的分子只参加一种或两种反应,但少数分子参与许多反应,它们实际上就是代谢流的集散中心或通用代谢物(currency metabolites)。 从低层次到高层次,从大平台到小平台,需要相应的逐级激活。基因组里的一部分基因被激活而得到表达,形成代谢途径及生化反应网络;任何时刻代谢流只在生化反应网络局部或某些途径中流动;只有一部分代谢流促成微生物细胞的某种生理状态的出现。 (3)代谢网络没有绝对的起点和终点,代谢路径作为代谢通道是有起讫点的 对于延续的微生物生命来讲,代谢网络没有绝对的起点,也没有绝对的终点,形成细胞的4个反应群(产能反应群、生物合成反应群、多聚反应群、组装反应群)环环相扣,初级代谢的三大板块(向心板块、中心板块、离心板块)两两相接,成一个整体。 微生物的代谢网络就像有许多铁路线组成的各个铁路局和铁路交通网。当我们使用指定的原料生产某特定的发酵产品时,我们期望有机物流经最有利于高产的途径(理想载流路径)生成发酵产物;正如我们乘火车去某城市就要选定一条合适的铁路线一样。全国铁路网被分成几个铁路局辖区,相当于代谢网络分成三个板块;铁路线可以跨铁路局,相当于载流路径可以跨网络板块。微生物细胞机器的工作模式把细胞机器运行阶段的载流路径描写成由向心途径、中心途径和离心途径三者依次首尾衔接而贯通的一条“通道”。 (4)代谢网络一直处于对环境的变动的响应之中 实际上微生物细胞的代谢网络一直处于对环境的变动的响应之中,因此代谢网络的概念是虚拟的网络概念。网络中的离心途径的终端又可能成为向心途径的起点;网络中的中心途径不止一条,而且有分支,向心途径和离心途径也有多条,而且也有汇合或分支。途径与途径之间还可能存在横向联系(包括还原力和代谢能的平衡)。停止生长的状态下的代谢途径(如次生代谢的途径)的延伸,以及不同细胞空间对各种代谢因子的选择性分隔,使代谢网络更加复杂化。由于人类对代谢远远没有完全了解,目前对代谢网络的认识只是相对的,对代谢的认识还有待深入。代谢网络假说的逐步完善和发展的过程正可以说明这一点。
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《发酵原理(第2版)》的消息(含作者讲课录像和ppt)
biozhang 2008-4-6 07:49
张星元:发酵原理(第2版)的消息 登录全国普通高等教育教材网www.tbook.com.cn查询,得知《发酵原理(第2版)》已列入普通高等教育十一五国家级教材规划补充选题。 《教育部关于印发普通高等教育十一五国家级教材规划补充选题的通知》(2008-02-18发布)指出:为更好地满足教学需求,及时将2004-2005两年出版的教材中质量较高、在教学中反映较好的教材,修订后纳入普通高等教育十一五国家级教材规划,我部组织了普通高等教育十一五国家级教材规划补充申报工作。经出版社申报、专家评审、网上公示,最后确定了2049种选题补充列入十一五国家级教材规划。 《发酵原理(第2版)》就是其中之一。 《发酵原理》是我国第一本系统地阐述工业发酵的生物学原理的书,也是我国大学生物工程专业发酵原理课程的教科书。《发酵原理》(十五国家级规划教材),于2005年3月由科学出版社首次出版,内含电子文本的教案和相关支持文档的光盘。 《发酵原理》出版前后将近十年中,作者亲自执教( 讲述 发酵原理绪论ppt 的 录像 ,也可以在本博客音频栏下载观看)生物工程本科(课程名称为发酵原理)、研究生(课程名称为工业发酵的生物学原理),并指导课程讨论会(或辩论会),在此过程中,作者进行了认真的、自我批判性的思考。 在突出生物学理念自成系统地解释发酵工程的基础上,推出微生物生命活动的三个基本假说,以及菌种选育和微生物代谢宏观控制的五字策略,已使《发酵原理》这本书具有原创性。在我们酝酿和使用这本教材的最近十多年中,基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学逐步形成,生物系统的自组织的复杂性逐步具备了理论和实验的基础,从而为工业发酵的生物学理论提供了不同层次的支撑,并使自然科学理论上升到哲学的水准。这些发展将在《发酵原理》这本书再版时得到体现,全书的格局也将作相应的调整。
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利用生物活体为人类造福
biozhang 2008-4-6 06:27
张星元:利用生物活体为人类造福 传说中的南海观世音菩萨是人们理想中的大慈大悲救苦救难神秘力量的化身。我们仰慕这种神力,但我们不相信上帝。要创造人类的幸福,全靠我们自己。 神力来自何方 生物工程就具有这种为人类造福为世界消灾的神力,而生命活体则是这种神力的载体。生物工程是指以生物学、化学和工程学相结合的方法,依靠生物有机体、生物学系统或生物学过程,生产人类需要的产品或保护人类生活环境的应用技术体系。生物工程学科是在科学实践中逐渐形成和发展的,将生命科学原理应用于工农业生产或服务于人类的工程类新兴学科。 生命活体理应包括有生命的动物、植物和微生物,目前主要是指微生物活细胞。人类主动地借助于微生物为自己造福和消灾仅仅一百多年历史。19世纪60年代,法国人巴斯德(LouisPasteur)关于微生物生理的研究使酿酒业走出了困境;德国人柯赫(RobertKoch)在1876年发表的关于病原菌的早期工作和微生物的纯培养技术,证明确实是细菌引起了炭疽病。巴斯德和柯赫开创了人类利用微生物为人类造福和防止微生物危害人类的新纪元。1928年英国人弗莱明(AlexanderFleming)发现青霉素十几年后,深层通气发酵的生产方法问世。继1944年美国埃弗里(OswaldTheodoreAvery)首次证实DNA是遗传物质,1953年美国人沃森(JamesWatson)和英国人克里克(FrancisCrick)提出了DNA分子的双螺旋结构的模型,为DNA可以作为遗传物质提供了理论框架,为奥地利人孟德尔(GregorJohannMendel)1865年提出的经典遗传学法则提供了实证。1961年法国人雅各布(FrancoisJacob)和莫诺(JacquesMonod)提出的关于代谢的遗传调控模式,把工业微生物的育种和控制提升到分子水平。1972年美国人伯格(PaulBerg)在试管中构建了第一批重组DNA分子,1973年美国人科恩(StanleyCohen)将外源DNA插入质粒,并进一步将它引入大肠杆菌,从而开创了基因工程的研究。1979年,首次用工程菌合成胰岛素。除胰岛素外,人的生长激素、人的干扰素、牛的生长激素等均先后在大肠杆菌中合成,并实现了发酵法生产,还有一些外源基因已在枯草杆菌等其他细菌或酵母菌中得到表达,这些就为工程菌的大规模工业发酵开辟了新途径。1991年,瑞士人贝利(JamesE.Bailey)提出了代谢工程的概念,代谢工程是把代谢流的量化及其控制的分析方法和将遗传修饰方案付之实施的分子生物学技术结合起来,以反复检测和遗传修正的方式,改善产物的形成和细胞性能,从而满足人类对生物的特定需求的生物工程技术。代谢工程从整个反应体系而不是一个个孤立的反应考察微生物细胞及其培养环境所组成的复杂体系,以获得关于代谢和细胞功能的更全面的信息。代谢工程纵观复杂体系的全局,把生化学、细胞生物学、微生物生理学与基因工程的方法学结合起来,把生物学原理与工程学原理结合起来,来协调和解决工业发酵的难题。 由此可见,随着相关生物技术及工程技术的发展,人类利用微生物的手段越来越高明了,人类与微生物的关系正处在积极协调之中。 应运而生的生物工程专业 生物工程以及以它为基础的产业——生物工业在国民经济和人类文明等方面的成就已经表明,并且将进一步证明,生物工程的出现为产业结构打开了新局面,生物工业必将在发酵工业的基础上日益兴旺起来,发展成技术密集型的新产业。近年来,生物工程专业已在一些国家的大学出现。 我国高度重视生物工程和生物产业,教育部1998年颁布的高等学校本科专业目录中首次出现了生物工程专业,2002年又决定在全国36所高校建立“国家生命科学与人才培养基地”。我国各类院校也踊跃创建生物工程专业。目前,我国普通高等学校的生物工程专业主要有三个来源。按出现的先后为序,一是发酵工程专业,二是生物化工专业,三是在生物类或化工专业基础上新建的。 我国普通高校中与生物工程密切相关的工科专业已有半个世纪的历史了。发酵工程专业始建于1952年,我国第一个抗生素制造工学专业(利用微生物生物以发酵法生产抗生素)创建于1955年。这两个类型的发酵工程专业从上个世纪50年代起,经过半个世纪的变迁而最终融入生物工程专业,这是合乎事物发展的规律的。发酵工程学科与生物工程学科在“利用活的生物体为人类造福和消灾”上是一脉相承的。 青出于蓝而胜于蓝 半个世纪来,从工业发酵类专业到生物工程专业,其专业科学技术的载体始终是有生命的有机体(即所谓“活的生物体”)。在生物工业生产中,人的意愿要通过微生物的生命活动来实现,在这个意义上,人在生物工业生产中处于被动的地位。因此,在工业生产中如何发挥人的主观能动作用,这对于工业微生物学家和生物工程师来说,始终是一个挑战性的问题。 生物体,特别是微生物具有造福于人类和保护环境的巨大潜力,人类利用微生物可以实现更多美好的理想;然而,在生物工业中人类只有依靠微生物才能间接地达到目的。为了在生物工业特别是工业发酵中争取主动,必须发挥人的主观能动作用。人类要利用微生物为自己服务,就必须遵循微生物的生命活动规律,在可能范围内对微生物的生命活动进行引导,而不是随意将自己的意志强加给微生物。微生物生命活动有其自己的生存、发展的保障机制,这些机制服务于它们自身的生存竞争;而在工业生产中,人类借助于微生物的代谢谋求经济效益。微生物的生存利益与人类的经济利益,也就是微生物的生命活动规律和人的意志,这两者既是对立的,又是统一的。人出于经济利益对微生物代谢进行的导向受到微生物的细胞的生存保障体系的制约,同时,人的经济利益的获得同样需要微生物的细胞的生存保障体系的支持。要充分发挥人在生物工业中的主观能动作用,掌握好对微生物的代谢进行导向的程度,恰如其分地引导微生物在特定条件下进行新陈代谢,使微生物的生存保障的本能与人的经济利益的对立,在维持微生物细胞生存这一点上得到统一。在对立和统一的矛盾斗争和相互转化中,人的主观能动作用是关键的。而人的主观能动作用的发挥在技术上则取决于生物工程的学术水平。 尽管发酵工程学科与生物工程学科在“利用活的生物体为人类造福和消灾”上是一脉相承的,然而后者与前者相比,技术要先进得多,应用范围要大得多。生物工程学科将生物技术、信息技术和现代工程技术等方面包容并超越工业发酵类工程学科;生物工程学科的应用范围早已突破了发酵工程学科的酒类、酒精、溶剂、有机酸、氨基酸、核苷酸、工业酶制剂、抗生素等等轻化工产品的领域,并延伸到新的生物材料或生物活性物质的开发和生产、生物制药(含农药、兽药)、已导入了外源基因的工程菌的目的产物(含动植物基因产品)的发酵法生产、动植物细胞的培养技术、生物环保技术等等工、农、医药、环保等等领域。我们相信,经过不懈努力,生物工程为人类造福为世界消灾的神力将得到充分的体现。要创造人类的幸福,全靠我们自己!
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《发酵原理》后记:“四十字诀”诠释
biozhang 2008-4-3 20:55
张星元:发酵原理后记:“四十字诀”诠释 《发酵原理》终于完稿了。在编著《发酵原理》的同时,还完成了一个四字联句,后来被称为“四十字诀”,因为它的形成与本书息息相关,把它写入后记,与读者们交流思想,与学子们共勉。 我深知,一切生命活动(包括思维活动)最终都要通过生命体本身的调节来实现。“四十字诀”文字稿形成的那一天,我就把它写入电脑屏幕保护的滚动字幕,就把它录入手机。当我在电脑前工作稍有放松时,“四十字诀”就会扑面而来,提醒我;当我在外工作十分疲劳时,随手按下手机热键,它就会模仿我的声音,播放“四十字诀”,告诫我。于是,我就能适时地接受自我激励,振奋精神。 “ 理想不灭,青春不老;生命不止,追求不息;面对现实,心态平和;滴水穿石,集腋成裘;和而不同,稳操胜券。 ”这个“四十字诀”是一气呵成的,可又有谁知道,它 已有几十年的酝酿史 呢? 《发酵原理》课程前所未有。上个世纪六十年代初,偶尔出现在青年学生的梦中和咏叹中:“什么时候我们发酵专业也能有发酵原理课程就好了!”创建《发酵原理》课程的理想,在这样的咏叹中萌生。紧接着“文革十年”,理想实现的可能性十分渺茫,然而理想终于没有破灭,也许是因为有少儿时代“时刻准备着”的信念在支撑。“四人帮”倒台时,我已三十出头,为了实现理想,奋起报考研究生。研究生毕业留校,皆大欢喜。年迈的导师需要助手,嗷嗷待哺的研究生“苗苗”们需要“保姆”,有志者需要实现理想的奋斗岗位。人的生存寿命相对固定,提高时间的利用率,就等于延长生命,浪费别人时间,就等于害命。为学生提高学习效率,自己争分夺秒地工作,做实事、做好事的人永远年轻。这就是“ 理想不灭,青春不老 ”的由来。 学习主要靠自己,这对学生和教师都一样。大学教师的作用在于激起学生对知识的饥饿和渴望、给学生以追求真理的动力和探求新知识的方法。一代师生的成就是有限的,而世代师生的追求将是无限的。因此,“怎样去追求”才是大学问。流年似水,送走了一批批毕业生,而我这个永不毕业的学生,还背着大书包上学,参加一场场考试,为实现学生时代的理想,研究“怎样去追求”的大学问。就这样“ 生命不止,追求不息 ”,在前进的道路上,留下一串不引人注目的脚印。 理想总是美好的,而现实奋斗的结果往往不会尽如人愿。因为自己的行为不但取决于自己,还受制于环境。上个世纪九十年代中期,又去日本访问研究,所见所闻发人深省,深感现代工业发酵的基本理论的构建和完善,实乃生物工程研究和教学的当务之急。然而,动手去做的时候,才发现似乎不合“时宜”。创收有硬指标,理论建设不吃香,学术上的分歧意见,……。在最困难的时候,通过读书和独立思考,恍然意识到别人不曾遇到的问题,我遇到了,因为我正在做的,是别人没有做过的事。终于开了窍:遭遇困境并非坏事,在困境中的我将拥有一片难得的成长空间。孔子说:“学而时习之,不亦说(悦)乎?有朋自远方来,不亦乐乎?人不知而不愠,不亦君子乎?”不要怨天尤人,关键是要有一颗仁爱之心,要做孔子称道的君子。教师贵在忘我,忘我才能“咬住青松不放松”,忘我才能够进入自得其乐的进取状态。一个人的能力虽有大小,但每个人一年都只有365天;小事糊涂,才能集中精力追求真理,实现理想。人生苦短,贫、富、利、权都将过去,烟消云散后,才见生活的本来面目;只有博爱才是珍惜人生,只有文化才能超越死亡。经过自我调整,终于走出来了,身体没有垮,意志更坚强,精神更饱满。这就是“ 面对现实,心态平和 ”的背景。 “ 滴水穿石,集腋成裘 ”:前面半句是自然现象和客观规律,后半句说的是天人合一思想指导下的巧夺天工,还突出了办实事要下功夫。教师的成长,学问的累积和升华,决非一朝一夕的事。“听君一席话,胜读十年书”,并不是说“一席话”就能收到立竿见影教学效果。有心人带着百思不解的问题,恭听哲人指教,才能茅塞顿开,因此,不应该忽视听“一席话”之前自学的阶段。世界万物中,人是最有灵气的,人组成社会,社会靠人来运转。从“生物人”到“社会人”的转化,靠自学和各种媒体的引导,“近朱者赤,近墨者黑”说的就是这个道理。当今大学教师队伍,理当是最优秀的人才群体。对教师队伍和教学的投资方向,是富民强国的最佳投资方向,必须加强对这个投资方向的考核,促使教学投资落实到人才和学术生态环境的优化。大学教师队伍的建设是个动态的过程,在这个建设中,教师是“天”,学校的学术生态环境是“地”,其意出自《易经》中的两句话:“天行健,君子自强不息”“地势坤,君子以厚德载物”。也就是说,教师要像“天”一样,健行不止,自强不息;学校要像“地”一样,孕育万物,广纳百川,厚德载物。一个新学说的提出、一门新课程的开出、一门老课程的深化,不但需要滴水穿石的顽强精神,更需要集腋成裘的批评和融会贯通。在学术问题上,首先应该是学习和研究,入了口,才能辨味道,弄懂了,才能发表令人信服的批评意见;不学习、不研究而作不负责任的盲目批评,只能污染学术环境,于己于人都没有好处。以滴水穿石的精神,做集腋成裘的工作,《发酵原理》终于写成了。标新立异、哗众取宠容易(未必每个人都愿意这样做),先进文化的创造和再创造非同儿戏。不论流行什么“游戏规则”,教育和教学仍按其本身固有的规律发展,是不以人的主观意志为转移的,对当今的教育和教学进行合乎客观规律的导向,或许是21世纪大学的成功之道。 孔子说:君子和而不同。“ 和而不同 ” 是大度, “ 稳操胜券 ” 是自信。 大自然最讲究实际,最铁面无私。在研究微生物细胞经济的过程中,随着研究的深入,我已在不同层次上体会到对立统一规律的博大精深。生活在对立统一之中,做任何事情,如果要达到稳操胜券的境界,处事必须“和而不同”。在大学教学中,最犯忌的是教师的一言堂。一言堂局面的出现,往往并不是因为学生怕教师,而恰恰暴露教师的不成熟。教师要努力启发学生提出问题,提不出问题的学生不是好学生,提不出问题就是最大的不懂。要鼓励并创造机会,让学生发表不同的见解,课堂教学出现不同的见解,甚至师生之间的争论和批评,不但能体现老师的大度,也能显示教师的追求精神、民主作风和学术基础。通过讨论和辩论求同存异,师生之间“和而不同”,教学改革才有生命力。师生之间尚且如此,教师之间更应该“和而不同”。学术上出现不同学术观点是好事,有变化才可能有进化,学术上铁板一块就不会有进步了。 “四十字诀”是我研究发酵原理的精神产品,也是我花甲之年对生活的认识。当我看到或听到“四十字诀”,我就进入了一种状态,忘记了自己的年龄、身份……,唯有五十多年前加入少年儿童队时的誓言忘不了:时刻准备着 张星元2004年暑假于 悟空书斋 本文原载 张星元:《发酵原理》,科学出版社(2004),457-459页
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进化论与复杂性思维
biozhang 2008-4-3 05:12
张星元:进化论与复杂性思维 生物离不开环境,生物是环境中的生物。 交换是生物生存的必要条件。生物的交换应该包括物种与环境之间的交换和环境中的物种之间的交换。微生物独立存在自主生活,直接面向其环境,因此微生物的交换是指微生物细胞与其环境之间的内外交换和环境中的微生物细胞的不同细胞空间之间的内部交换,还要包括微生物细胞与其环境中的其他同种或不同种细胞之间的交换。因此,交换离不开环境。 生物在其栖身的环境中竞争。竞争大致有以下三类:①生存竞争,即适者生存,被动的进化;②宽容竞争,即差异生存,主动的进化;③合作竞争,即互惠生存,合作中的竞争。因此,有关竞争问题,还涉及生态系统。 生态系统包含多种物种之间、物种与环境之间的相互作用,发生在多种时间尺度、空间尺度和结构功能层次的强烈耦合,造成生物在时间和空间上的多样化。实际上,任何生物都参与由复杂程度不同的生物共同组成的生态系统。生物包括微生物的基因组是从大自然方方面面发来的形形色色的指令的集成,是为应付形形色色的意外情况而逐步形成的遗传编码。经这样多种形式的竞争而幸存下来的野生生物在其所处的环境中是富有竞争能力的。 一个半世纪以来,达尔文的进化论一直是生物学的基本理论、并给了整个思想界和人类社会以深刻的影响。达尔文进化论受到牛顿时代以来一直统治着科学的线性的、还原论的思维方式的局限,强调生物物种的个性,强调你死我活的生存竞争,相对地忽视了物种间互相依存的共生关系,即宽容竞争和合作竞争,因此有必要进一步加以完善。如果在生态环境里生物的合作有利于发展,有利于自身生存,就可以建立一条新的思维途径,来说明生物的形式为什么越来越丰富、越来越复杂。覆盖生理学、遗传学和生态学的整体论的思维已为我们理解生物的进化及物种多样性提供了新的思路。 生物进化的问题已成为复杂性研究要回答的一个重大问题。复杂性研究将为进化论提供新的动力。
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细胞经济学说的萌芽(生物学与经济学的交叉,含 ppt)
热度 1 biozhang 2008-4-3 04:56
张星元:细胞经济学说的萌芽 如果我们不太清楚,讨论讨论,也许能相互促进。 1.经济 经济从字面上解释为经世济民、经邦济世,强调的是管理层面。实际上,经济是一种存在于世界万物的运行过程,这个过程遵循事物发展的这个基本原则:在任何情况下力求以最小的耗费取得有利于自身发展的最大效益。因此,对于一个整体来说,经济是一种运行状况,经济是基本管理原则;对于个体来讲,经济是操作,经济是谋生术、进步术。 2.经济学 经济是商品社会一种最普遍的客观存在,对经济的研究正在不断深入和发展。经济的研究成果经梳理和提炼逐步形成有关经济的学问经济学。经济学已经发展成人文科学与自然科学的一门交叉学科。其研究领域主要包括: ①经济运行原理 ②经济运行过程的管理原则 ③经济运行状况的评估 ④经济运行的导向 3.细胞经济 对微生物活细胞个体和群体的生命活动(代谢和代谢调控)进行深入研究,发现微生物的生命活动过程同样遵循事物发展的这个基本原则:在任何情况下力求以最小的耗费取得有利于自身发展的最大效益。细菌细胞通过代谢调节自动开源节流的现象,已成为微生物细胞的经济运行的有说服力的证据。事实证明在物竞天择的基础上形成的微生物代谢体系是保障微生物细胞生存的经济体系。从而引出了细胞经济的问题。 4.细胞经济学说的萌芽细胞经济假说 博文作者写的《发酵原理》一书中提出了微生物生命活动的三个基本假说,其中第三个假说是细胞经济假说。这个假说是在前两个假说(代谢能支撑假说和代谢网络假说)的基础上提出的,是前两个假说的概括和总结。 细胞经济假说:微生物细胞是远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系,它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障。 细胞经济学说在发酵工程领域首先萌芽( 点击这里下载 ppt )基于如下思想认识: ①人类和微生物同样都是地球的居民,在理论上处于平等的地位。尽管人类有思维能力,因此有能力改造微生物,引导微生物的生命活动;然而人类不能随心所欲地支配微生物的生命活动(细胞经济运行)。 ②天然存在的各种微生物物种的生命活动过程不论是造福于人类或危害人类的都是它们按它们自己的生命活动规律(管理原则)进行生存竞争的新陈代谢过程。微生物的天然进化不可能刻意去照顾人类的利益。 ③微生物在生存竞争中进化的总的方向是发展其自身的适应性、经济性和代谢的持续性。微生物生命活动有其自己的生存、发展的保障机制,这些机制(谋生术、进步术)服务于它们自身的生存竞争。 ④微生物的细胞经济的价值取向是自我保障而工业发酵的价值取向是生产效益。在工业生产中,微生物的生存利益与人类的利益,也就是微生物的生命活动规律和人的意志,这两者既是对立的,又是统一的。科学和技术工作的目的就在于努力促使这两者的对立向统一的转化。 ⑤发酵工程的基本矛盾在于:人出于经济利益对微生物代谢的导向与微生物细胞的生存保障体系对这种导向的认同或抵触。微生物细胞的整体协调维持生计的经济管理原则,不但是微生物自身的生存竞争的保障,也是工业发酵成功的保障。遗传改造所造成的不和谐的局面之所以能在人为的培养条件优化的过程中得到化解,就是因为这个细胞经济管理原则于生命运动中始终在起作用。因此,人的意志有可能得到微生物细胞的响应,通过整体协调化解矛盾而维持生计,从而实现天人合一,和谐双赢。 ⑥微生物代谢产物的生物合成必须依靠微生物的高度有序的生命活动;决不是打乱它,而是通过局部扰动,对整体上高度有序的生命活动进行科学的引导(经济运行的导向),以实现新格局下的和谐。因此,人类要借助于微生物为自己服务,就必须研究并遵循微生物的生命活动规律(细胞经济),在可能范围内对微生物的生命活动进行引导,而不是随意将自己的意志强加给微生物。 ⑦在发酵工业中,人客观上处于被动的地位,而微生物在求生存的方向上始终是主动的。对于工业微生物学家和发酵工程师来说,如何在发酵工业生产中调动微生物客观上为人类服务的积极因素,始终是一个挑战性的问题。
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发酵工程:应该是引导而不是把人的意志强加给微生物
biozhang 2008-4-2 16:18
张星元:发酵工程:应该是引导而不是把人的意志强加给微生物 如果你研究生物学而对发酵工程不是很清楚,建议你耐下心来读一读。 (1)发酵工程的定义 发酵工程是利用微生物的生命活动进行物质加工的工程。 工业生产上通过微生物群体的生命活动(工业发酵)来加工或制作产品,其对应的加工或制作工艺被称为发酵工艺。为实现工业化生产,就必须解决实现这些工艺(发酵工艺)的工业生产环境、设备和过程控制参数等的工程学的问题,因此,就有了发酵工程。因此发酵工程学科是解决按发酵工艺进行工业化生产的工程学问题的学科。 (2)发酵工艺、发酵工程、发酵原理三者的联系和区别 从工程学的角度把实现发酵工艺的发酵工业过程(工业发酵)分为菌种、发酵和提炼(包括废水处理)等三个阶段,这三个阶段都有各自的工程学问题,一般分别把它们称为工业发酵的上游工程、中游工程和下游工程。发酵工程的三个阶段均分别有它们各自的工艺原理和设备及过程控制原理,它们一起构成发酵工程原理。 近年来,对于发酵工程的生物学属性的认识愈益明朗化,发酵工程正在走近科学。从生物学的角度重新审视发酵工程,发现发酵工程最基本的原理是其生物学原理,而前述的发酵工程原理均必须建立在发酵工程的生物学原理的基础上。因此,发酵工程的生物学原理是发酵工程最基本的原理,并且可以把它简称为发酵原理。 (3)发酵工程在生物工程中的地位 发酵工程,作为一种应用性工程技术体系,采用了生物学、化学、工程学相结合的方法,依靠微生物的生命活动生产人类需要的产品,或保护人类及其生活环境。发酵工程不仅涉及单纯的野生型微生物的天然发酵,而且包括微生物突变株、人工组建的工程菌、动植物细胞的培养过程等。包括菌种筛选与改造、微生物培养及发酵过程的优化、微生物细胞机能的利用等整个生物工艺过程。发酵工业依靠微生物的生命活动而实现工业化生产,发酵工业是为生物工业打基础的,是生物工业的开路先锋。发酵工程是生物工程中最接近工业生产前沿的组成部分,它是生物工程的其他组成部分(基因工程、细胞工程、蛋白质工程和酶工程等等)的科学技术成果实现工业化生产并取得经济效益的可靠支柱,是生物加工与生物炼制的核心技术的用武之地。 (4)发酵工程领域的拓展 发酵工程作为现代生物技术产业化的支撑技术体系,正在接受分子生物学、微生物基因组学、蛋白质组学、生物信息学、系统生物学、生物催化和人工智能控制学等多种前沿学科的密切介入,发酵工程的研究领域迅速拓展。二十世纪末代谢工程的异军突起,正是因为发酵工程从工程学方面的分析与基因工程从基因操作方面的综合,成功地实现互补。发酵工程正在成为人与微生物合作解决人类面临的能源、资源和环境等等持续发展问题的重要研究领域。现代发酵工程强调人与微生物的合作和整体论,提倡社会的可持续发展,坚持科学发展观。当前发酵工程的主要研究领域包括:现代工业发酵理论的建立与完善;应用微生物学的理论研究;微生物资源开发利用与工业微生物菌种选育;发酵工艺技术;生物催化和生物转化;生物反应器设计、发酵过程工程与自动化控制;生物炼制过程工程等。 (5)人在发酵工程领域的主观能动作用 多年来,发酵生产工艺的制订,在相当程度上借鉴化学工程的理论框架,发酵过程优化的针对性不强,这主要是因为发酵工程的生物学理论(特别是工业微生物学理论)的研究尚处于初始阶段,研究工作亟待深入。 在工业发酵生产中,人的意愿要通过微生物的生命活动来实现,在这个意义上,人在工业发酵生产中处于被动的地位。因此,在工业发酵生产中如何发挥人的主观能动作用,这对于工业微生物学家和发酵工程师,始终是一个挑战性的问题。 微生物具有造福于人类和保护环境的巨大潜力,人类利用微生物可以实现更多美好的理想;然而,在发酵工业中人类只有依靠微生物才能间接地达到目的。为了在工业发酵中争取主动,必须发挥人的主观能动作用。 人类要利用微生物为自己服务,就必须遵循微生物的生命活动规律,在可能范围内对微生物的生命活动进行引导,而不是随意将自己的意志强加给微生物。 微生物生命活动有其自己的生存、发展的保障机制,这些机制服务于它们自身的生存竞争;而在工业生产中,人类借助于微生物的代谢谋求经济效益。 微生物的生存利益与人类的经济利益,也就是微生物的生命活动规律和人的意志,这两者既是对立的,又是统一的。人基于经济利益对微生物代谢进行的导向,受到微生物的细胞的生存保障体系的制约;同时,人的经济利益的获得所需要的,恰恰也是微生物的细胞的生存保障体系的支持。要充分发挥人在工业发酵中的主观能动作用,掌握好对微生物的代谢进行导向的程度,恰如其分地引导微生物在特定条件下进行新陈代谢,使微生物的生存保障的本能与人的经济利益之间的对立,在维持微生物细胞生存这一点上得到统一。 在对立和统一的矛盾斗争和相互转化中,人的主观能动作用是关键的;而人的主观能动作用的发挥,在技术上则取决于其自身的发酵工程学术水平。
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微生物生命活动的三个基本假设(发酵学三假说,老版本)
biozhang 2008-4-2 16:11
张星元:微生物生命活动的三个基本假说 微生物生命活动的三个基本假说是本博文作者1997年针对发酵工程领域提出的三个基本假说,也就是微生物生命活动的三个基本假设。发酵学三假说(见于科学出版社2005年出版的发酵原理一书)内容全文如下: 假说一 代谢能支撑假说 : 能直接推动生命活动(做细胞功)的能量形式叫做代谢能。微生物细胞依靠其自备的能量换 转 机构,把化学能或光能持续的转化成代谢能,并直接用来支撑其自身的生命活动。 假说二 代谢网络假说 : 代谢途径和输送系统在代谢物分子水平上整合、在辅因子水平上协调,形成横跨微生物或细胞内外的代谢网络。代谢网络是细胞自主调节的无尺度网络,它作为一个整体来承担微生物细胞的物质代谢和能量代谢。 假说三 细胞经济假说 : 微生物细胞是个远离平衡状态的不平衡的开放体系,是在物竞天择的基础上形成的细胞经济体系。细胞经济体系是微生物细胞生存的保障体系,它为细胞的适应性、经济性和代谢的持续性提供保障 。 微生物生命活动的三个基本假说是一个整体,主要表现为: ① 一个完整的思想体系 :微生物生命活动的三个基本假设(代谢能支撑假设、代谢网络假设和细胞经济假设)以及以它们为前提做出的推理构成了一个完整的思想体系。 第一假设反映微生物生命活动的前提 (代谢能的持续供应), 第二假设体现微生物生命活动的内容 (能量、物质的转化关系), 第三假设揭示微生物生命活动的法则 (人和微生物合作的基础)。这三个基本假设从三个不同的角度来分析同一个问题,微生物的生命活动的问题,体现了三者的相互联系和相互协调。第一假设从生物能学和代谢能对生命活动的支撑的角度认定微生物细胞是代谢能转换器,第二假设从生化学和代谢的角度认定微生物细胞是生化反应器和生物材料加工器,第三假设从生物信息学的角度认定微生物细胞是生物信息编码器、信息传感器和信息处理器。 ② 三个假设相互支持、相互制约,相互补充 :能量代谢需借助代谢网络来实现,代谢网络的运行需要代谢能的支撑,能量代谢和物质代谢相互交叉,并且都受细胞经济规律的规范和制约。代谢网络中代谢物的流动依赖于代谢能支撑,受制于细胞经济规律;而对代谢能支撑和细胞经济的研究,又必须借助于它们的载体代谢网络。 ③ 发酵工程的自然辩证法 :工业发酵建立在对代谢能支撑、代谢网络和细胞经济等三个基本假设的深刻研究上。代谢能支撑假设揭示了工业发酵的原动力;代谢网络假设把代谢途径(酶蛋白)和多种蛋白系统的有序组合作为一个整体,称为代谢网络(物质代谢网络),以有利于从宏观上把握微生物的代谢和生理,为工业发酵中原料的利用和产物的合成,提供分析的依据和实际操作的位点;细胞经济的概念的提出为正确处理工业发酵中人的主观愿望与微生物生命活动的客观规律之间的对立统一关系提供了理论依据。   ④ 学科的交叉渗透 :将化学、生物化学、微生物学、分子生物学、细胞学等学科的知识与物理学、物理化学、化工原理、电工学、生物学、经济学、哲学和自然辩证法等学科的知识渗透、交叉、交融起来,互相支撑,融会贯通,建立发酵学科的新概念。
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