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FlowJo软件荧光补偿
FlowJo 2012-6-27 11:15
FlowJo软件荧光补偿
FlowJo软件荧光补偿 作者:蔡何青,FlowJo 技术专员 在做多色流式实验的时候,荧光补偿是必需必须进行的步骤。FlowJo可以根据荧光补偿单染对照管的数据生成补偿矩阵,并可以对补偿矩阵进行调整。 一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤 1.在补偿编辑器中导入单染管的数据并生成荧光补偿矩阵 2.将补偿矩阵应用到组,对组里面的所有数据进行荧光补偿 3.对补偿过的参数轴启用双指数转换功能 二、FlowJo荧光补偿的具体步骤 如果荧光补偿单染对照的数据很好,阴性细胞群和阳性细胞群的分群很明显,只需要将单染管的数据导入FlowJo的补偿编辑器里,FlowJo能自动设门,界定出阴性细胞群和阳性细胞群,并计算出荧光补偿矩阵。操作非常简单,下面的4个步骤便可完成荧光补偿: 1.将数据拖入FlowJo工作台。 演示数据为:3 color comp数据,为三色实验的数据。Cy5PE comp.fcs, FITC comp.fcs, PE comp.fcs为单染对照管数据;3-COLOR.FCS为样本数据,同时染了Cy5PE, FITC, PE 2.到工作台菜单栏的“窗口”栏选择“打开补偿编辑器”,打开后如下图所示。点击单染管对应的Sample列,在弹出的下拉列表中选择对应的单染管数据。比如在下图的例子中,在Flour单染管中导入FITC comp.fcs 3.按照步骤2中的方法,在3个单染管中都导入对应的数据之后,FlowJo能自动进行设门,界定出阳性细胞群和阴性细胞群,并计算出荧光补偿矩阵。如下图所示: 4.将补偿矩阵应用到所有样本进行荧光补偿:在工作台的组空间中选中需要进行荧光补偿的组,到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿 添加到组”, 对该组的所有数据进行荧光补偿,补偿过的数据前面带有 标志,如下图所示: 如果某个单染管的数据不是很理想(poor control ),FlowJo不能自动界定出阴性细胞群和阳性细胞群,比如下面的实例: 操作步骤: 1.按照上面的步骤1,2,3操作之后,出现的情况如下:FlowJo没能自动界定出PE单染管的阴性细胞群和阳性细胞群。 1.1 单击选中工作台样本空间中PE单染管下的cw_Size节点,将其删除 1.2 右键单击补偿编辑器中的单染管出,点击“Clear”,将错误添加进去的单染管数据清除,如下图所示: 2.将错误界定的细胞群以及错误添加到补偿编辑器的数据清除之后,我们需要自己手动设门,界定出单染管的阴性细胞群和阳性细胞群,并手动将其添加到补偿编辑器。按以下步骤操作: 2.1 在工作台样本空间中双击PE单染管,在FSC/SSC点图中,界定出目标细胞群(淋巴细胞) 2.2 双击淋巴细胞群,打开图形窗口,X轴选择PhyEry::aCD8,Y轴选择Histogram ,选择区域门工具,界定出PE阳性和PE阴性细胞群,如下图所示: 备注: a.在设门的时候,选择区域门工具,阴性门和阳性门尽量设在细胞群分布的中心区域 b.如果单染管的直方图没有明显的双峰,在设门的时候,阴性门和阳性门之间的距离应尽可能远一些 2.3 将工作台样本空间的“PE-”节点拖到补偿编辑器里PE单染管的阴性孔,“PE+”节点拖到阳性孔里 3.当所有单染管的数据都被添加到补偿编辑器后,FlowJo自动计算出补偿矩阵。在工作台组空间中选择3-color comp组,然后到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿 添加到组”,对该组的所有样本进行荧光补偿。 博文中用到的演示数据: 3 color comp.rar
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2012 6月7月 FlowJo培训 北京行程安排
FlowJo 2012-6-27 10:24
2012 6月7月 FlowJo培训 北京行程安排 2012年6月30日,11:00am – 12:00am 地点:北京大学人民医院科研楼8楼流式细胞室 内容:FlowJo流式数据分析 2012年7月1日,10:40am – 11:20am 地点:旷博生物免疫检测新技术培训班 内容:FlowJo流式数据分析技巧 2012年7月2日,3:00pm – 5:00pm 地点:解放军302医院 内容:FlowJo流式数据分析理论及软件演示 2012年7月3日,9:00am – 11:00am 地点:军事医学科学院五所 内容:FlowJo流式数据分析理论及软件演示 2012年7月3日,2:30pm – 4:30pm 地点:北京蛋白质组研究中心 内容:FlowJo应用小组讨论、现场答疑 2012年7月4日,1:30pm – 3:30pm 地点:中国医学科学院肿瘤医院 内容:FlowJo流式数据分析理论及软件演示
个人分类: FlowJo 会议及讲座安排|3707 次阅读|0 个评论
FlowJo分析单标记样品
FlowJo 2012-5-22 11:54
FlowJo分析单标记样品
FlowJo 软件分析单标记样品 作者:胡金涛 单标记样品在 FlowJo 软件数据分析中的数据显示方式是单参数直方图。单参数直方图是一维数据用的最多的图形显示形式,既可以用于定性分析,又可以用于定量分析。根据放大器类型的不同,横坐标可以是线性标度或对数标度,单位用 “ 道数 ” 来表示,在流式检测中的含义是代表所检测的荧光或散射光的强度。纵坐标表示的是横坐标某一特定荧光强度的细胞频数。一般为细胞的相对数,而非绝对数。 一、 FlowJo 分析单标记样品的过程 1. 把单标记阴性对照样品拖入 FlowJo 软件,双击打开原始数据。如 ( 图一 ) 所示: ( 图一 ) X 轴选择 FSC,Y 轴选择 SSC 。选择上图所示的淋巴细胞群进行分析。 侧向散射 SSC 的含义: 它对细胞膜、细胞质和核膜的折射更为敏感,其散射强度几乎与细胞内颗粒结构的质量成近似直线关系,也就是说,细胞内颗粒结构越复杂,质量越大,其 SSC 越大;反之则越小 。 前向散射 FSC 的含义: 该值的大小与细胞的直径近似直线关系,也就说,对于不同的细胞,细胞越大,其 FSC 就越大;反之则越小 。 SSC/FSC 图的设门原则: (1) 全血样品的二维散点图一般需要进行裂解红细胞处理,二维散点图一般包含三群细胞(淋巴细胞、单核细胞、粒细胞)。根据细胞的物理特征利用设门工具对选中细胞群进行设门。 (2) 培养细胞的二维散点图比血液样品的二维散点图复杂,因为细胞要进行胰酶消化、离心洗涤。细胞状态会受到影响。这时设门是一般选择细胞状态比较的好的一群细胞进行分析。 2. 在 SSC/FSC 图中双击淋巴细胞群,如(图二)所示: (图二) X 轴选择 FL1LOG:Control FITC,Y 轴选择 Histogram 。使用双分门工具 进行设门。(也可以使用区域门设门工具 进行设门)。左边区域为阴性细胞区域,右边区域为阳性细胞区域。 相应的百分比显示在图中。 单参数直方图的设门原则 ( 1 )单参数直方图的图形为单峰时,阴性对照设门时选择的阳性率一般在 1% 到 2% 之间。如果样品细胞的状态不好,阳性率可以适当调高。 ( 2 )单参数直方图的图形为双峰时,阴性对照设门时选择在双峰之间设门。 3. 把阴性对照样品的设置应用到样品组中。得到 CD3-FITC 的分析结果如(图三)所示 (图三) 左边区域为阴性细胞区域,右边区域为 CD3+ 的区域。 CD3+ 的百分比为 82.3% 。其含义为在淋巴细胞中 T 细胞的比例为 82.3% 。 二、 单标记样品结果的分析技巧 1. 先看横纵坐标,了解检测的目的,一般纵坐标代表细胞数。 2. 看图形分布,直方图的峰形越往右移,代表其荧光强度越强。 3. 阳性的确定是根据阴性对照细胞的基础荧光域值设定的,峰形右移,荧光信号大于基础荧光域值,表示阳性。 4. 数据表示时,检测的目的物一般用各 Marker 区内的细胞所占百分比或者用荧光 强度 来表示。 三、 单标记样品的结果输出 直方图的输出根据最终的需求可以有多种输出方式 1. 在双参数图上点击鼠标右键选择复制图片,可以把图片粘贴到 WORD 或 PPT 中。 2. 在图形分析窗口工具栏中选择 “ 文件 ” 并单击,选择下拉菜单中的 “ 另存为 ” ,选择保存位置 、 重新命名文件名以及文件保存的文件类型( SVG 、 PNG 、 EMF 、 JPG )。 3. 在 FlowJo 软件界面中单击打开布局编辑器,在工作台的样品空间把分析样品的结点逐个拖入布局编辑器中,在布局编辑器中可以改变图形的大小和位置。 4. 在布局编辑器中可以进行图片的叠加,操作步骤非常的简单,先把阴性对照样品拖入布局编辑器中,然后把要进行图片叠加的样品拖到阴性对照图片的上面软件就可以自动进行叠加。叠加后如 (图四)所示。 (图四)
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Flow Jo软件分析调节性T细胞
热度 2 FlowJo 2012-5-2 16:26
Flow Jo软件分析调节性T细胞
FlowJo 分析调节性 T 细胞 作者:胡金涛 调节性 T 细胞( Treg )是抑制性 T 细胞内的一种功能亚群。 Treg 细胞是一群表达特征为 CD4+CD25+Foxp3+ 的 T 淋巴细胞。 Treg 细胞来源于胸腺,占外周血 CD4+T 细胞的 2%-10% 。根据 Treg 的来源不同可以分为自然调节性 T 细胞( nTreg )和诱导产生的适应性调节 T 细胞( a Treg )两类。 Treg 细胞可以抑制 T 细胞增殖和分泌细胞因子,在防止发生自身免疫、控制肿瘤免疫和移植耐受方面发挥重要作用。 Treg 细胞缺陷或功能受损会引发很多自身免疫病,而 Treg 细胞增多则会抑制机体对病原体的免疫应答反应,因此, Treg 细胞是一群重要的免疫调节细胞,在调节机体免疫应答中起着不可或缺的作用。 一、 FlowJo 分析 Treg 细胞 数据的过程 1. 把 Treg 细胞 样品的原始数据拖入 FlowJo 软件,双击打开原始数据。如 ( 图一 ) 所示: ( 图一 ) X 轴选择 FSC,Y 轴选择 SSC 。分析的细胞选择上图所示的淋巴细胞群进行分析。 2. 在 SSC/FSC 图中双击淋巴细胞群, (图二) X 轴选择 FITC-CD4, Y 轴选择 SSC, 圈出 CD4+ 的细胞。如 (图二) 所示: 3. 在 FITC-CD4/FSC 图中双击 CD4+ 的细胞群, (图三) X 轴选择 PE-CD25, Y 轴选择 APC- Foxp3 , 用四分门设门工具 设门 。如 (图三) 所示。 二 、 Treg 细胞 结果分析 1. 结果分析的原则:检测 Treg 细胞一般采用三标记染色法。本实验中荧光抗体搭配如下: (CD4-FITC/CD25-PE/ Foxp3-APC) 。 Treg 细胞来源于 CD4+ 的细胞,分析时首先要圈出 CD4+ 的细胞,在 CD4+ 的细胞中分析双阳性细胞( CD25+ Foxp3+ ),从而实现分析 Treg 细胞 ( CD4+CD25+Foxp3+ )。 2. 图三中 Q2 区域的细胞即为 Treg 细胞 (CD4+CD25+Foxp3+) ,检测的结果: 8.62% 。可以根据检测结果判断 Treg 细胞在调节机体免疫应答中的作用。 三、 Treg 细胞 结果输出 分析结果的输出根据最终的需求可以有多种输出方式 1. 在细胞周期分析窗口工具栏中选择“文件”并单击,选择下拉菜单中的“另存为”,选择保存位置 、 重新命名文件名以及文件保存的文件类型( SVG 、 PNG 、 EMF 、 JPG )。 2. 把上述样品的分析应用到组中,在 Flow Jo 软件界面中单击打开布局编辑器,在工作台的样品空间把“淋巴细胞结点和 CD4+ 细胞结点”拖入布局编辑器中,单击布局编辑器右上角的 Batch 工具。输出整个实验组的数据。 如 (图四) 所示: (图四) 此博文中的原始FCS数据: 原始FCS数据.zip 下载FlowJo分析数据:www.flowjochina.com
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Windows 7 系统安装FlowJo所遇到的问题及解决方法
FlowJo 2012-3-21 04:54
Windows 7 系统安装FlowJo所遇到的问题及解决方法
Windows 7 系统安装 FlowJo 所遇到的问题及解决方法 作者:蔡何青,FlowJo 技术专员 有一些用户在 Windows 7 系统安装 FlowJo 的时候,遇到过一些问题,比如: 1. 安装之后 3D 功能不能正常使用 2. 提示 载入 Java VM 时 Window 出错 为什么会出现这些问题呢? 大家都知道, Win7 系统有 32 位和 64 位之分,同样地, FlowJo 也有对应的 32 位和 64 位的安装程序。因此,如果在安装 FlowJo 的时候没有匹配好,就会出现上述问题。另外,由于 FlowJo 是基于 Java 环境的,如果 Java 版本不够,也会出现上述问题。 对于这些问题,有一个最简单的解决方法: 不论是在 32bit-Win7 还是 64bit-Win7 系统中,都安装带有 Java VM 的 32bit-FlowJo 。这个安装程序的下载地址是(即表格中的第一个安装程序): http://www.flowjochina.com/sites/default/files/7.6.5_X32.exe 或者依据下表,根据 Win7 系统的版本,下载安装相应的 FlowJo ,并下载更新对应的 Java 环境。 FlowJo 安装程序 适用的 Win7 系统 Java 运行环境 V7.6.5-32bit-VM Win7-32bit , Win7-64bit 自带 Java 运行环境,无需手动下载更新 Java V7.6.5-32bit-no VM Win7-32bit 不带有 Java 运行环境,需要下载更新 Java V7.6.5-64bit-no VM Win7-64bit 不带有 Java 运行环境,需要下载更新 Java 这个表格中是 FlowJo7.6.5 的安装程序及其与 Win7 系统的匹配情况,以及对 Java 运行环境的要求: 1. 表格中的 3 个 FlowJo 安装程序都有对应的下载链接,点击即可下载 2. 表格中的 Java 都对应有最新版本的下载链接,点击即可下载 3. 第一个安装程序适用于所有 Win7 系统,直接安装注册后即可使用。第二个和第三个安装程序,需要将 Java 更新,可能还要手动匹配 Java 启动路径(请参考后面的介绍)。 当我们在安装 FlowJo 的时候,如果提示“载入 Java VM 时 Window 出错”, 则需要手动修改 Java 的启动路径: 1. 根据上面的表格,下载安装 FlowJo 和更新 Java 2. 在电脑中搜索 “flowjo.lax” ,或者, 按路径寻找,比如 C:\Program Files\FlowJo 7.6.5\flowjo7.6.5 LAX File 得到如下文件 3. 找到所安装的 Java 的 java.exe 的路径, 如 C:\Program Files\Java\jre6\bin\java.exe 4. 找到上图所示文件后,右击选择以记事本打开, 5. 按住 CTRL+F ,搜索 “lax.nl.current.vm” , 找到之后可能会显示如下形式: lax.nl.current.vm= jre\\bin\\java.exe 将 “=” 之后的路径改为 C:\\Program Files\\Java\\jre6\\bin\\java.exe 更改完之后,应该显示如下字符: lax.nl.current.vm= C:\\Program Files\\Java\\jre6\\bin\\java.exe 然后点击保存。
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如何用FlowJo分析Accuri C6数据
热度 3 FlowJo 2012-2-18 08:39
如何用FlowJo分析Accuri C6数据
如何用FlowJo分析Accuri C6数据 作者:蔡何青,FlowJo 技术专员 目前市场有很多流式仪器,包括几家大的公司如 BD, 贝克曼等。 FlowJo 做为一款优秀的流式数据分析软件,可以兼容几乎所有流式仪器采集的数据,可以弥补其它机器自带软件的分析功能不足的缺憾,这也是 FlowJo 备受欢迎及推崇的原因。 今天将详细介绍如何用 FlowJo 来分析 BD 公司的机器 Accuri C6 采集的数据。 Accuri C6 是一款全功能、双激光 的小型桌面 流式细胞仪,有其独特的优势。但是 Accuri C6 自带的 CFlow 软件在分析流式数据方面还存在一些进步的空间,比如:缺乏完善的图片叠加功能,尤其是其直方图叠加的效果有待加强;缺乏细胞周期分析工具、增殖分析工具以及动力学分析工具。 FlowJo 是目前直接可以和 它兼容的流式数据分析专业软件,满足用户的数据分析要求。 实际上,用 FlowJo 分析 Accuri C6 的流式数据与用 FlowJo 分析其他流式细胞仪采集的流式数据是一样的。只不过由于 Accuri C6 在采集数据的时候不需要设置电压等特点,在分析 Accuri C6 数据的时候要做一些简单的处理。这篇博文将对这些处理步骤做详细的介绍。 一、在 Accuri C6 将数据导出为 FCS 格式 ISAC 制定的流式数据的标准格式为 FCS 格式, Accuri C6 的 CFlow 软件默认的数据保存格式为其特有的 C6 格式。因此,在用 FlowJo 分析 Accuri C6 数据之前,需要将数据转换为 FCS 格式。可参考下面的操作步骤: 1. 打开 CFlow 软件,点击 File 菜单,在下拉菜单中选择 Open CFlow File or Template ,导入采集到的 C6 格式的数据 2. 点击 File 菜单,在下拉菜单中选择 Export FCS File 或者 Export ALL Sample as FCS 二者的区别是: Export FCS File :将选定的某个 data well (sample) 输出为 FCS 格式的数据,并保存到用户自建的文件夹里 Export ALL Sample as FCS :将所有的 data well (sample) 输出为 FCS 格式的数据,并保存到“ CFlow-FCS Exports ”文件夹里,这个文件夹一般在桌面上 图1 二、调节坐标轴的范围 由于 Accuri C6 在采集数据的时候不需要设置电压,而且 C6 能够采集到的信号范围位于 1-16777216 ( 10 0 -10 7.22 ),流式图中的细胞群可能会由于坐标轴的范围过大而被压缩在左下角的位置,如图 2 所示: 图 2 这时我们需要合理调节坐标轴的范围,使细胞群显示于流式图的中间位置,从而能明显地看到细胞分群,便于我们设门。 按照以下步骤操作: 1. 点击坐标轴右边的 T 按钮(图 3 ),在下拉菜单中选择 Change displayed parameter range 图 3 2. 打开调节坐标轴范围的对话框(图 4 ),在其中输入合适的范围, Min 为坐标轴的最小值, Max 为最大值 图 4 3. 在修改坐标轴范围的时候,输入数值后,点击 Apply 按钮查看调整后的效果,如果效果不好,再重新输入数值,直到达到理想效果后(如图 5 )再点击 OK 按钮 图 5 三、对于已经在 Accuri C6 上进行过荧光补偿的数据 对于在 Accuri C6 上进行过荧光补偿的数据, FlowJo 会默认对其进行双指数转换,并且双指数转换中 Positive decades 的默认值为 4.5 ,而 Accuri C6 的 Positive decades 值为 7.22 ,因此会导致在流式图上会显示出细胞群的压缩(如图 6 ),这种情况下不便于设门而且流式图的效果也不好。 图 6 此时我们可以将双指数转换中 Positive decades 值调为 7.22 。具体方法是:点击 T 按钮,在下拉菜单中选择 Change transform values ,打开 Set Transform Values for 对话框,将 Positive decades 值调为 7.22 (图 7 ) 图 7 调整之后,流式图中的细胞群显示正常,位于流式图的中央,便于设门,如图 8 所示 图 8
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2012 2月 FlowJo培训 山东行程安排
FlowJo 2012-2-9 03:39
亲爱的FlowJo用户, 新年好! 我们的FlowJo技术专员将于2012年2月14-16日在山东举办一些培训讲座及客户拜访。 山东的朋友如果有技术方面的问题,或者希望在你们单位安排一个培训的,请及时联系我们哦! 电话: 400-680-5527 QQ技术支持: 287389458
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2011 10月 FlowJo培训 南京行程安排
FlowJo 2011-10-24 14:11
2011年10月26日 南京FlowJo培训安排 9:30-11:30 南京医科大学 先知楼1410室 学校地址:南京市汉中路140号 14:30-16:30 南京大学 蒙民伟楼1901室 学校地址:南京市汉口路22号 此次讲座为免费形式,各位流式爱好者都可以参加! 具体咨询事宜请联系南京福麦斯生物 025-58854735
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2011 10月 FlowJo 培训 北京行程安排
热度 1 FlowJo 2011-10-24 14:01
2011年10月18日,9:00am-5:00pm FlowJo 培训 军事医学科学院5所 内容: 数据分析理论讲解:数据格式,数据呈现方式,流式设门及采集后荧光补偿 软件演示:基本数据分析操作,批处理操作,数据报告导出,软件荧光补偿,细胞周期分析 个人演示数据操作 2011年10月19日 2:00pm - 4:00pm FlowJo 培训 中国科学院生物物理所 内容: 数据分析理论讲解:数据格式,数据呈现方式,流式设门及采集后荧光补偿
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2011 FlowJo Taiwan Workshop
FlowJo 2011-9-13 08:05
2011 FlowJo Taiwan Workshop 的行程安排
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第98界美国免疫学大会(AAI)
FlowJo 2011-5-15 12:21
第98界美国免疫学大会(AAI)正在美国旧金山(San Francisco),火热举行中。 http://www.immunology2011.org/index.html 有参加的同学到FlowJo展位打个招呼阿!
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“流式细胞术的应用及数据分析”研讨会报名通知
热度 3 FlowJo 2011-3-24 11:01
流式技术的广泛应用引来了流式领域的革命性变化,但是相关的流式研讨会却不是很多,应广大用户的强烈要求,我们将于4月份在北京和上海举办流式研讨 会。此次研讨会将主要侧重于流式技术的实际操作和应用及流式结果分析,将深入浅出,从简入难的讲解流式的方方面面,让你对流式技术及操作和结果分析有一个深入系统的 学习。本次研讨会为期一天,将邀请国内在流式领域有着多年应用背景的专家为我们做流式的应用方面的介绍,同时来自全球知名的第三方流式软件公司 -FlowJo亚太区负责人张千君老师介绍用流式数据分析知识及流式数据分析的方法和技巧,参与者有自己动手分析数据的机会(建议自带笔记本电脑)。 现有的FlowJo用户及Accuri用户,可以获取免费参加名额。 现场随会议资料附赠精美礼品一份(内含2G U盘或者精美T-shirt,FlowJo学习光盘,FlowJo免费使用序列号(6个月)。吉泰精美周历一份及其他小礼品) 【课程内容】 9:30 -10:30流式细胞仪的理论介绍及上机操作介绍 10:45 -11:15 流式数据分析的对照设置及统计值应用 11:15 - 11:45 FlowJo的初级应用 12:00 -13:30 午餐(免费自助餐) 13:30-14:30 流式在生物医学方面的应用 14:45 -15:45 FlowJo的高级应用 16:00 -17:00 分组操作及讨论 【课程对象】 流式操作相关人员、研究生等 【培训时间及地点】 2011年4月21号 上海 上海市徐汇区肇嘉浜路500号,好望角大饭店 2011年4月26号 北京 北京市海淀区北四环中路238号柏彦大厦303会议室 具体举办的酒店地点,将在确定后通知报名的用户。 我要报名 4月7号广州——暨南大学第二理工楼922会议室(2:30﹣4:30pm) 4月15号 武汉——武汉大学基础医学院结构中心会议室(9:00~11:30) 4月18号 成都——华西第二医院妇幼研究院4楼第2会议室(2:30﹣4:30pm) 举行半天免费的FlowJo讲座。 报名参加FlowJo免费培训讲座 或者发送邮件至电子邮箱,咨询详情 , contact@flowjochina.com 【培训费用】 现场注册费用为490元, 提前注册390元/人(需在会议前3天回执及提交注册费用) 免费入场券:FlowJo用户,根据购买凭证 (FlowJo美国公司的invoice复印件,或者是FlowJo China, 艾米绿公司的购买合同复印件或加密狗白色圆环上的编码) 免费参加,每张购买凭证可以拥有1张免费入场券。 Accuri用户,根据机器的序列码同样可以获取免费1张入场券. 如果你是FlowJo或者Accuri用户,请在回执单上注明,并在会议之前向我们提供购买凭证。 【汇款方式】 户 名:杭州艾米绿生物科技有限公司 开户行:农业银行杭州滨江分行 帐 号: 045101040019054 *请在汇款时,注明你的名字,参加的会议地点,发票抬头及联系方式。参与者发票于会场登记时领取 【举办单位】 杭州艾美绿有限公司(FlowJo中国总经销) 吉泰生物科技有限公司 坐席有限,报满即止,请及早报名。 报名参加: 流式研讨会 (上海/北京) FlowJo 免费培训讲座(广州/成都/武汉)
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FlowJo 使用快捷键列表
热度 1 FlowJo 2011-3-17 08:20
FlowJo 使用快捷键列表
FlowJo 使用快捷键列表(部分) 完整文件可以下载此PDF文档 Keyboard Shortcuts A4 PC.pdf
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市场上常见流式数据分析软件和FlowJo之比较
热度 1 FlowJo 2011-3-8 03:36
市场上常见流式数据分析软件和FlowJo之比较
Why FlowJo? 很多人有这个问题,仪器本身就带有软 件,我为什么还需要第三方软件? 为了让大家了解不同软件之间的区别和功能, 下面将市场上常见的几款机器自身携带的软件 和FlowJo做一个系统的比较。 1.操作灵活性 FlowJo 可以在几乎所有的电脑操作系统上 使用, 你的电脑可以是PC的各种Windows系统 (WinXP, Win 7, Vista), 也可以是苹果 Macintosh系统,甚至FlowJo也可以在Unix系 统上操作。 相对于市场上其它的软件来说,像Becton Dickinson的CellQuest,只能在苹果机上使用, 限制了大部分的PC用户。而另外一款机器自 带的FACSDiva软件,则只能在其特定配置的 机器电脑上使用。FlowJo软件则可以安装到用 户自己的电脑上使用。只要电脑最低配置有 512MB内存,10G的空余磁盘空间就可以运 行。使用FlowJo的用户可以将数据从流式仪上 复制到自己的电脑上,从流式实验室繁杂的环 境脱离出来,在用户喜欢的工作环境中,边喝 咖啡或茶,边分析数据,而不必拘泥于对食物 和衣着有严格限制的实验空间。原来枯燥的实 验数据分析可以这样的简单轻松! 2.语言环境 FlowJo中文版,可以让广大的流式用户, 在自己熟悉的母语环境中分析数据。你不必去 猜测那些深奥难懂的英文术语,也不必犹豫猜 测某个英文窗口是什么意思。你可以很轻松的 将FlowJo的操作环境从英文更改为中文,而不必重新安装软件。FlowJo是目前市场上唯一一 款中文操作环境的流式分析软件。 FlowJo提供中文的操作手册,中文视频教 程和中文的技术支持服务。减少了很多语言的 障碍,尤其是对于英语不是他们的第二语言的 用户来说。 3.功能优势之-简单易学 很多流式用户希望可以很快的得到分析结 果,而不是花很多时间在学习一项新的工具 上。那FlowJo恰恰是满足了这个需求。不管你 有没有接触过流式及流式方面的基础知识,不 管你的背景,年龄,打开FlowJo之后,保证你 10分钟就可以上手,对你的实验数据进行分析 设门及数据导出!即使是80岁的老奶奶我们都 有信心其可以学会及掌握FlowJo! FlowJo其独特的 流程和设计,让数 据分析像呼吸吃饭 一样的自然和简 单。这是其它软件 所不能企及的。 4.功能优势之-多种特殊分析模型 FlowJo 除了常用的流式免疫表型之类的 分析功能之外,还附带多种特殊分析模型, 如细胞周期分析,动力学分析(钙离子流量)及 增殖模型。这些都是软件自带功能并不需额 外购买。仪器自带的软件都不具备这些功 能。 5.功能优势之-采集后荧光补偿 FlowJo可以做数据的采集后荧光补偿。 BD公司的CellQuest,不具备这个功能。所谓 采集后补偿及在采集了实验数据和单染样品 之后,再在软件里进行荧光的补偿调节。很 多人倾向于在数据采集的时候进行荧光补 偿,并错误的认为那才是最正确的补偿方 式,其实这是一种非常错误的认识。在模拟 信号的机器上的荧光补偿很多时候是目测为 准,及大家都尊从的”横平竖直“的标准。目测 调整荧光条件可能会导致巨大的误差而不自 知。正确的方法是用方程式去计算阳性和阴 性细胞群的荧光强度中位数值(MFI, median fluorescence intensity),从而得到最佳的补 偿条件。Diva软件提供软件的自动计算功 能,但是却不能轻松的进行补偿后的调整。 FlowJo同时具备自动计算和补偿后的再调 节。是FlowJo里,你也可以再次的对你的补 偿条件进行微调,再也不用因为补偿出错而 懊恼了。 6.功能优势之-贴心功能设计 ✦FlowJo里你可以自定义门的名称,如命 名门为”淋巴门”, “FoxP3阳性门” 或者英文 的”lymphocytes”, “FoxP3+cells”等等。各个 门不再是干巴巴的代号,而是有血有肉的精 确命名的细胞群。 ✦图片的叠加,FlowJo图片叠加功能非常 好用,只需将2个图片拖在一起即可。而其它 的软件则可能需要很复杂的步骤才可以办到 或者是根本没有这个功能。叠加的图片还可 以制作成立体的三维图。 ✦直接将数据导出到Excel文件!FlowJo可 以很轻松的将数据导出到Excel文件,省去了 很多抄写的麻烦。在很多老式的流式仪上, 如果你想要将数据结果导出来的话,只能打 印最终的分析文稿,或者手动抄写下来。欢迎你步入21世纪!FlowJo可以一步式操作, 直接将所有的样品数据导出为Excel文件。 ✦3D 视图 ✦动画数据导出。你可以将图片数据以动 画的形式导出为一个动态电影。 7.功能优势之-强大的分析功能设计 你知道什么是数据联接吗(Concatenate)? 顾名思义,就是将2个或者2个以上的FCS数 据,整合为一个FCS数据。这个数据联接功 能在以下情况下,可以帮你解决燃眉之急或 者将你的数据分析提高到一个新的档次 ✦同一管样品,不小心分2次采集,生成了 2个FCS数据。如果你要分析的是表达量很低 的细胞群,单个FCS数据细胞总数不够的情 况下,你可以利用数据联接的功能将之合并 为一个数据。 ✦在抗体滴定实验,或者是样品不同时间 点的药物处理及其它涉及到实验中样品只有 一个处理条件有变,其余参数均不变的情况 下,可以将不同的数据联接为一个,并将所 有数据点图呈现在一个图像窗口里,从而观 察随着条件的变化,细胞抗体表达的渐变过 程。你知道什么是校准,衍生参数轴,和细胞 群比较功能吗? 也许你从来没有听说过这些 功能,不过没有关系,如果想要了解更多详 细内容的话,可以参阅我们的网站,你也可 以下载FlowJo软件,开始30天的免费试用来 亲手体会FlowJo的强大!你也可以拨打我们 的热线电话400-680-5527,或者email: contact@flowjochina.com 获取免费的使用说 明和学习DVD。 www.flowjochina.com www.flowjo.com 附件1. FlowJo与其它软件的功能比较表格 附件2. FlowJo被各大学术杂志引用数据 FlowJo 是被使用最广泛的流式数据分析软件,各大高影响力因子期刊发表的流式图表绝大部分 是用FlowJo分析的。如Nature Immunology收录的10篇文章里,有7.8篇文章用FlowJo做数据分 析。剩余的2.2篇是机器自带软件分析的。
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免费FlowJo学习DVD
热度 1 FlowJo 2011-2-19 09:36
www.flowjochina.com 上面有很多的FlowJo流式数据分析的学习资料,包括视频教程。有些同学使用校内网,可能没有办法登录网页。你可以写信给我们的工作人员索取免费的FlowJo学习光盘 发信到:contact@flowjochina.com。 注明索取FLowJo DVD 请注明你的 姓名 单位 邮寄地址 联系方式
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FlowJo 中英文转换
FlowJo 2010-9-28 08:37
FlowJo 7.6.1在安装的时候会自动根据你的电脑语言系统,定义为中文界面。有些用户可能会倾向于使用英文界面。 在FlowJo 的偏好设置那里,你可以很轻松的选择中英文界面。 如果你现在使用的是FlowJo中文界面 编辑》偏好设置》international, 选择英文 关闭FlowJo, 重新开启后,就是英文界面了。 如果你现在使用的是FlowJo英文界面 Editpreferencesinternational, 选择中文 关闭FlowJo 重新开启后,就是中文界面了。 如有其它问题,请直接联系FlowJo China 技术支持 support flowjochina.com
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FlowJo China 网站正式启用
FlowJo 2010-7-3 22:45
www.flowjochina.com flowjo 中国网站正式启用。 1.用户们可以注册从而在论坛提出问题,发起讨论。 2. 观看在线教学视频 3. 联系中国本土的技术支持和销售。
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FlowJo 里的组合门
热度 2 FlowJo 2010-1-6 05:47
在FlowJo里,你可以使用组合门的功能来界定你想要查看的细胞群,例如,CD3 AND NOT CD4 AND NOT CD8, 或者看所有会产生细胞因子的T cell, T cells AND IL-2 OR IFNg OR TNFa(只要是产生里面任意一个因子的T cell 都包括在内) 这个功能对测多个细胞因子的实验室有很大的帮助。 如何使用FlowJo 生成组合门功能? 具体步骤和结果如下: 1。设门, 可以设任意多的门,门数为n=2 2。选中所设的门,到tool 菜单,选择Create Combination Gate 3。 你所有门的组合都会出现在样品下方。这些组合门数为2^n(2的n次方,如果不明白的话请回去重新学初中统计组合基本原理)。然后flowjo 还会自动的产生非门(NOT gate),所以总的产生门数为2^n+n 其它逻辑门工具的使用和在流式细胞分析里的意思? 下面举例说明 AND: 与门。 CD4 AND CD8=CD4+CD8+, 既找个细胞群既要同时符合CD4和CD8 OR: 或门。 CD4 OR CD8= CD4+ 和CD8+, 两个条件符合其一就好。 NOT: 非门。 NOT CD4= 非CD4 细胞。 或者用更简单接近生活实际的比喻 你有2个找男/女朋友的要求 条件A= 有车,有房。 条件B=身高175cm以上 A and B: 你要求对方2个条件都符合 A OR B: 符合一个条件就好了 NOT A: 非有车,有房的(和它们有仇) NOT B: 身高不是175cm 以上的,要矮于或等于175,你不喜欢高的。 同理, 你可以用此方法,做细胞内因子的分析。做各种的组合。
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FlowJo 的讲座海报和预防甲流的洗手液广告
FlowJo 2010-1-4 14:08
这是一张 用手机拍的 质量糟糕的照片。 10月份的时候在中国几个学校里做FlowJo的讲座。在一个学校里看到我的讲座海报和预防甲流的洗手液广告贴在了一起。感觉挺好玩,就用iphone 照了下来。 Flow Cytometry Vs H1N1, 以这种奇妙的方式组合在一起,不错!
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flowjo beta 测试连接
FlowJo 2010-1-2 14:17
点击此连接,下载FlowJo Mac 版本 http://www.flowjo.com/v8/html/macbeta.html 点击此连接,注测FlowJo beta 测试序列号 http://www.flowjo.com/FLS/registration/beta.html 如果需要FlowJo PC 版本,请和我联系
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