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这些系统发育工具有升级，你跟上了吗？: Bearjazz 2014-5-9 08:29; # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 一、 MEGA6 mega似乎做系统发育的人都知道，而且好像入门必备。这个软件保罗万象，糅合各种工具于一体，界面友好，所以有人戏称，如果MBE（杂志）的引用率下降，就会发布一个mega新版本提升影响因子，可见其使用之广泛。2013年更新至第六版。mega的部分功能我们之前的博客也有所介绍 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-740163.html （使用mega5统计DNA序列的碱基组成）二、jmodeltest 核苷酸序列替换模型筛选软件。模型丰富，界面友好，支持多线程。2014年有了服务器版本，美其名曰云计算版本，jmodeltest. org。更多信息可以参考我们之前发表的博客 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-465649.html （使用Modeltest筛选核苷酸替换模型） http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-591360.html （怎样使用mrmodeltest帅选核苷酸替换模型）三、RAxML Version 8 RAxM是强大的最大似然法系统发育树构建工具，这在我们之前的系列博客中已有介绍 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-680618.html （Raxml 可视化软件raxmlGUI） http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-517703.html (用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率 ) http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-575239.html (使用RAxML分割数据并构建最大似然树) http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-467160.html (最大似然法建立进化树的软件之一RAxML ) 2014更新至版本8，增加了很多新功能，例如形态离散特征的分析，自举检验次数的自动评估等。参考文献 Tamura, K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 . Molecular biology and evolution, 30(12): 2725-2729. Santorum, JM, Darriba D, Taboada GL, Posada D. 2014. jmodeltest. org: selection of nucleotide substitution models on the cloud . Bioinformatics: btu032. Stamatakis, A. 2014. RAxML Version 8: A tool for Phylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies . Bioinformatics: btu033.; 个人分类: 我的研究|5110 次阅读|0 个评论

Raxml 可视化软件raxmlGUI: 热度 1 Bearjazz 2013-4-16 10:34; 熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz Raxml在处理大数据，构建基于ML方法的发育树方面具有快速准确的有点。然而繁琐的命令总让人头痛。Silvestro, D. and I. Michalak (2012). 开发的可视化软件成功的解决了这一难题。在官网上下载程序包，解压后可以双击“raxmlGUI.py”直接使用。有两点值得注意： 1、你的系统必须安装有 Python，而且不支持phthon 3.0以上的版本，我下载使用2.6.6版本亲测可用。 http://www.python.org/download/releases/2.6.6/ 2、比对好的序列文件须是phy格式，且放在非中文路径上。 3、可用clustalX把fasta格式文件转换为phy格式文件。 4、加载的序列存在路劲上不能有中文。 5、phython和raxmlgui必须安装在同一路径下。; 个人分类: 我的研究|14582 次阅读|1 个评论

使用RAxML分割数据并构建最大似然树（ML树）: 热度 1 Bearjazz 2012-5-26 18:39; 使用 RAxML 分割数据并构建最大似然树（ ML 树）熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 现在分子系统学的倾向是用于构建系统发育树的基因越来越多，这就把以前一直觉得不那么重要的问题提到了一个非常显著的位置——即同时用于构建系统发育树的各个基因由于在物种进化过程中的受到的选择压力的差异不同导致它们的进化速率各不相同。这个时候出于科学谨慎的态度来说，应该对不同的基因及编码基因的不同密码子位进行数据分割和模型筛选。可能是笔者阅读文献不够广泛，总觉的之前的很多研究在构建最大似然树时，没有多少考虑数据分割的，常见的是把多个基因串联起来使用一个替换模型。随着我们以上提到的趋势，这种处理将变得越来越经不起推敲。因此，在构建 ML 树中考虑数据的分割变得非常必要。本文将简单介绍怎样使用软件 RAxML 进行数据的分割并构建系统发育树。首先在同一个文件夹中需要 4 个文件 1，建树程序， raxmlHPC.exe 。 2，一个批处理命令文件，使用记事本新建，保存为后缀名为 bat 的文件，如“ bear.bat ” 内容如下 raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 1000 -m GTRGAMMA -o planti -s odorchuan.phy -fa -q odorpar3.txt -n TESTodorchuan 以上命令注释如下 -# bootstrap 的次数 -o planti 设置 planti 为外群 -s odorchuan.phy 输入序列为 odorchuan.phy -q odorpar3.txt 数据分割信息文件 -n TESTodorchuan 输出文件中包含字符“ TESTodorchuan ” 3，你比对好的分子序列 , 要求为 philip 格式，例如 ” bear.phy” 4 ，一个关于数据分割的附件文件，格式没有要求，这里我们用记事本新建，保存为 bearpartition.txt 其中内容如下： DNA, gene1 = 1-673 DNA, gene2 = 674-747 DNA, gene3codon1 = 748-950\3 DNA, gene3codon2 = 749-950\3 DNA, gene3codon3 = 750-950\3 以上文件准备完毕，双击 bat 文件开始运行程序。; 个人分类: 我的研究|24791 次阅读|1 个评论

用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率: 热度 2 Bearjazz 2011-12-12 16:57; 用 RAxML 构建系统发育树并计算节点支持率熊荣川中国科学院成都生物研究所 xiongrongchuan@126.com 刘国华中国农业科学院兰州兽医研究所 RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A.Stamatak 博士。关于如何开始用 RAxML 构建系统发育树之前已有博文提及“ 最大似然法建立进化树的软件之一 RAxML ” http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=508298do=blogid=467160 该博文为转载，内容翔实但没有明确如何构建带有节点支持率的系统发育树笔者总结 bat 文件指令如下 raxmlHPC -f a -s sequence.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname.trees 将以上指令复制到 txt 文件中，另存为 bat 格式，和 phy 格式的序列文件 sequence.phy 一起保存于 RAxML 程序所在的文件夹中，点击运行 bat 文件及开始运行。outname.trees表示所有输出的后缀名。以“.trees”结尾便于结果的查看。 -m GTRGAMMA 表示使用 GTRGAMMA 模型 -# 50 表示 bootstrap 50 次生成文件中 RAxML_bipartitions.boot2 即位带节点支持率的系统发育树，可以把它改成 trees 格式即可用 treeview 等软件查看该系统发育树。以上为适用 DNA 序列的指令如果是氨基酸序列， bat 文件指令如下 raxmlHPC -f a -s sequence.phy -n boot2 -m PROTCATJTT -x 1234 -# 50 -m PROTCATJTT 为氨基酸替换模型 -# 50 表示 bootstrap 50 次生成文件中 RAxML_bipartitions.boot2 即位带节点支持率的系统发育树，可以把它改成 trees 格式即可用 treeview 等软件查看该系统发育树。另外，鉴于手工输入各种命令较为繁杂，且容易出错，笔者推荐一个服务器地址 http://phylobench.vital-it.ch/raxml-bb/index.php 可以方便的使用 RAxML 构建系统发育树。附连续无间断构建两棵系统发育树 raxmlHPC -f a -s sequence1.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname2.trees raxmlHPC -f a -s sequence2.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 50 -n outname2.trees; 个人分类: 我的研究|16718 次阅读|4 个评论

[转载]最大似然法建立进化树的软件之一RAxML: Bearjazz 2011-7-22 08:43; RAxML是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的A. Stamatak博士。性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件，由于算法的优势，具有更高的准确性。RAxML支持分隔模型，每个分隔模型又支持GTRGAMMA等进化模型。因此在多个基因建立进化树的时候，该软件能快速准确的获得极大似然进化树。 RAxML有若干版本（有的版本支持在多个CPU上运行），本文以最常用的单机版raxmlHPC为例。进行检验介绍。调用RAxML中的功能时，需要设置相应的开关，一般是将命令拷贝到.bat文档中，通过运行bat文件，执行RAxML，以得到相应的结果。下面推荐一个操作性很强的手册，作者为中国科学院植物研究所张金龙用RAxML构建极大似然进化树.pdf; 个人分类: 我的研究|6936 次阅读|0 个评论

用RAxML构建极大似然进化树: 热度 1 zjlcas 2010-3-24 21:28; 用 RAxML 构建极大似然进化树 RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A. Stamatak 博士。性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件，由于算法的优势，具有更高的准确性。RAxML支持分隔模型，每个分隔模型又支持GTRGAMMA等进化模型。因此在多个基因建立进化树的时候，该软件能快速准确的获得极大似然进化树。 RAxML 有若干版本（有的版本支持在多个 CPU 上运行），本文以最常用的单机版 raxmlHPC 为例。进行检验介绍。调用RAxML中的功能时，需要设置相应的开关，一般是将命令拷贝到.bat文档中，通过运行bat文件，执行RAxML，以得到相应的结果。更具体的内容参见使用指南。参见pdf文档 RAxML使用指南.pdf; 个人分类: 科研笔记|20347 次阅读|2 个评论

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