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C shell：awk实现替换文件中的某行: zhoufcumt 2015-11-29 02:25; 有时候为了数据处理的需要，需要替换文件中某一行或某几行，下面给一个例子： set ssss = `grep BJFS file2 | grep CLK` awk -v sub_text=$ssss '{if ($1 == XXXX) print sub_text; else print $0}' file1 ! file3 其中file2中提取某行需要两个关键字“BJFS”和“CLK”，替换file1中带“XXXX”关键字的行，替换后的文件为file3。第二句中ssss和数字1前面带有美元$符号。; 个人分类: LINUX|7166 次阅读|0 个评论

用SNP替换参考基因组: 热度 1 ljxue 2014-6-4 09:32; https://www.biostars.org/p/6553/ http://vcftools.sourceforge.net/perl_module.html#vcf-consensus 以前见过，想找时还是找了好一会。放在这里就好找了。; 个人分类: Bioinformatics|3878 次阅读|1 个评论

在Excel表格中查找和替换星号*: Bearjazz 2013-7-4 08:54; 熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz Excel中的星号*往往用于标注，但是却影响相应的数字识别——即被标上星号*的数字被当成文本处理。直接的查找和替换星号并不可行，因为Excel表格常常把星号当成“乘号”或是通配符来处理。直接替换的结果就是表格变成没有任何内容的、带格式的工作表。解决方法其实也很简单在查找中输入 ~* 在替换中输入你要替换的内容就OK了。; 个人分类: 我的研究|6934 次阅读|0 个评论

【持续更新】系统发育分析 FAQ: 热度 6 raindyok 2013-5-24 11:49; 　　【絮语】系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种常见方法，构建系统发育树也就是我们通常所说的建树，经常有人让帮忙建树，虽非系统发育专业人士，但在科研工作者经常与之打交道，分享一些积累的建树经验，权当抛砖引玉，希望对新手有用，特此整理一些常见问题如下：　　 1.什么序列适合建树？（建树的前提）　　周围很多人都习惯性拿到序列，直接多重比对后，顺手拿个软件直接建树。其实，有些序列根据不适合建树，构建的系统发育树根本没有意义，不过徒增一个冗余数据而已，这种情形也常见于一些国内期刊中。孰不知，建树都有一定的前提，比如：对于核苷酸序列，其中最主要是序列饱和度检验（Test of substitution saturation）。如果建树所用的序列已趋于饱和状态，就没有完全必要建树。　　 2. 建树常见的方法有哪些？（优缺点及适用条件）　　常见的建树方法有邻接法（Neighbor-Joining, NJ）、最大似然法（Maximum Likehood, ML）、最大简约法（Maximum Parsimony, MP）和贝叶斯法（ Bayesian inference, BI）。　　 NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它构建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一颗树。适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。缺点是序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大；　　 ML法考虑到每个位点出现的残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。ML法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那颗树即最可能的系统发育树。在进化模型确定的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法，但缺点是计算强大非常大，极为耗时。　　 MP法是基于进化过程中碱基替代数目最少这一假说。适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。缺点是推测的树不是唯一的，变异大的序列会出现长枝吸引而导致建树错误。　　 BI法基于进化模型的统计推论法，具有完整而坚实的数学和统计学基础，可以处理复杂而接近实际情况的进化模型，可以将现有的系统发育知识整合或体现在先验概率中，通过后验概率直观反映出各分支的可靠性而不需要通过自举法检验。适用于大或复杂的数据集，缺点是对进化模型比较敏感，BI法中指定的每个氨基酸的后验概率建立在许多假说条件下，在现实中可能不成立。　　 3.如何建树？（规范流程）　　（1）多重序列比对；（2）序列保守区选择；（3）核苷酸替代模型选择（蛋白质类似，MP法不需要这个步骤）；（4）选择建树方法（NJ、ML、BI、MP）... 　　 4.如何进行建树的多重比对？（比对的方法选择）　　速度：Muscle MAFFT ClustalWT-Coffee；准确性： MAFFT MuscleT-CoffeeClustalW，所以推荐使用MAFFT这款多重比对软件。延伸阅读， KarenM. Wong et al., Science ( 2008 ) 　　 5.如何处理冗余的序列？（保守区的选择）　　人为手式删除冗余序列，偏向主观化，数据不具重复性，推荐使用Gblock 0.91b软件来处理，在线服务器： http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=gblocks ，Gblock适用于长的多重比对序列，如果多重比对序列较短，不推荐使用Gblock处理。　　 6.如何选择适合建树序列的核苷酸/氨基酸替代模型？（进化模型选择）　　 7.如何联合多基因建树？　　 8.如何构建贝叶斯树？　　 9.如何使用PAUP建树？　　 10.如何重建祖先序列？未完待续...; 个人分类: 软件教程|18467 次阅读|9 个评论

R语言中括号的处理: Bearjazz 2012-11-1 14:56; R 语言中括号的处理熊荣川 xiong rongchuan 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz R 语言中的括号往往代表函数的调用，要求上下游对应，并有相应的函数作基础。然而我们在处理字符串时，往往有些作为纯符号的括号。如果不经特殊处理当然达不到预期效果。如下面的例子，我们想把括号删除 x = “(9527)” # 赋字符串值给 x x = gsub(" (", "",x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE) 如果直接替换，就会出现以下的错误提示 # 错误于 gsub(" (", "", x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, : 正规表现’ (' 不对，原因是 'Missing ')'' 解决方法就是 x = gsub("\\(", "",x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE) # 在括号位置之前加两个 \\; 个人分类: 我的研究|19557 次阅读|0 个评论

查找替换文件夹下所有文件的内容: 热度 1 jingpeng 2012-7-9 20:19; 实验室网站管理需要，修改上万个文件的某个字段。写了一段shell脚本，可以实现文件夹下文本内容的检索替换。贴代码显示不正确，共享在附件里： repren.sh; 个人分类: 技术-方法|3662 次阅读|4 个评论

Word里的两种英文单引号: dolphinzhu 2012-6-10 00:09; Word 中英文单引号有两种：弯引号和撇号，默认情况下是弯引号。在一些情况下，我们需要使用到撇号，如何修改或者替换。技巧如下： (1)若是个别地方需要使用撇号，这时的方法是输入enter旁边的弯引号，然后Ctrl+Z撤销，即可修正为撇号； (2)若是全文都需要撇号，则在Word选项里进行配置自动更正选项：然后不勾选“直引号替换为弯引号”即可：。有了这个技术方法以后，还可以在Word里配置检索词，然后应用到专业检索里，JN=('管理科学学报'+'系统工程理论与实践'+'管理世界'+'数量经济技术经济研究'+'中国软科学'+'金融研究')+SN='文献共享'。; 个人分类: OFFICE 技巧|20647 次阅读|0 个评论

Envi下的特殊值替换扩展: dongyanqing 2011-9-16 22:55; 很多时候会遇到下面的情况，数据中包含 ’*****’ 或 NAN 或 inf 等异常值，此时会对数据的下一步处理比如运算、统计和分析带来不利的影响。工具安装：拷贝 replace_special_value.sav 文件到 ENVI 安装目录下子目录 ”save_add” 下，例如 ENVI4.8 的目录为： C:\Program Files\ITT\IDL\IDL80\products\envi48\save_add 。重新启动 ENVI 后，菜单位置在 Basic Tools 下：点击后选择文件，进入下面界面：选择异常值类型，包含 ArcGIS 导出栅格空值导致的“ ****** ”， NAN 和 inf 三类。输入需要将异常值替换的数据：默认为 0 ；选择输出到文件或内存点击按钮 OK 即可。 replace_special_value.rar; 个人分类: ENVI|6649 次阅读|0 个评论

替换: swx0789 2011-5-3 09:21; sed -ie '2cDESCRP a15_' Res_postcar_to_bgf -i 是表示替换覆盖原来的。-e还有待于继续学习。这个命令式整体的将Res_postcar_to_bgf中的第二行替换为DESCRP a15_; 个人分类: 知识储备|0 个评论

[转载]VIM替换文本: eecs 2010-4-12 10:51; 原文地址： http://hi.baidu.com/zkheartboy/blog/item/d0391cd113250fd2562c84a8.html 前几天我记录一下如何在vim中替换文字。只是很简单的给出了两个命令。其实还只是初级功能，今天来看看稍微复杂一点的。用:%s/from/to 命令只替换每行的第一个匹配字符，如果要替换每行的所有匹配项，需要在后面加上g命令。如： :%s/from/to/g 另外，我们往往在替换的时候需要很小心，不能够这样就全部替换了，需要我们一个个的确认，那么我们可以加上c命令，意思就是confirm。如： :%s/from/to/gc 输入这个命令之后，vim会把所有匹配的文字高亮，并会询问你 replace with to (y/n/a/q/l/^E/^Y) ,输入y表示替换当前这个，n表示这个不要替换，a表示全部替换，q表示退出，不替换了，l表示把当前这个替换后就退出，^E(ctrl+e,好像大小写都可以)表示向下滚动一行，^Y表示向上滚动一行. 上次我们说了可以在s前面加上范围,比如:1,5s/from/to表示替换1到5行的from,在vim中有些字符可以很方便的表示一些特殊行,比如.表示当前行,$表示最后一行,第一行当然就是1了.所以我们可以用:.s/from/to命令替换当前行的from,用:.,$s/from/to替换从当前行到结束行的每行的第一个匹配的from. 好了现在对于vim的文字替换功能有了更一步的了解了.其实这样的替换还是最简单的,并且很容易出错,因为它并不会断词,会把fromxxx也当成匹配项,这当然是错误的,我们可以加上\来表示匹配一个单词的开始,\来表示单词的结束, 命令看起来就像这个样子:%s/\from\/to/g; 个人分类: 转载专区|5741 次阅读|0 个评论

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