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热烈祝贺核磁共振界又增加一名中国科学院院士
热度 1 SSNMR 2011-12-13 14:28
热烈祝贺核磁共振界又增加一名中国科学院院士
几年前曾见过明杰,人非常的nice,思维非常的活跃。2011年中国科学院院士增选结果终于公布了,发现明杰终于修成正果,十分高兴,也为核磁共振界再增加一名院士而高兴。核磁共振领域目前有三位著名的院士:叶朝辉院士,施蕴瑜院士和张明杰院士,对于前面二老,不用多说大家都很熟悉,现在对明杰做一个详细介绍! 2011年度中国科学院新增院士张明杰 张明杰,浙江宁波人,毕业于复旦大学,中国结构生物学家,现为香港科技大学生物化学系教授。他的主要研究方向是参与突触信号传导和细胞极性调控过程的各类复合物的构架、组装、转运等的分子机制;主要研究手段包括X射线晶体学和NMR。他所领导完成的“构建神经系统信号传导复合体的结构基础”项目获得2006年度国家自然科学奖二等奖。他也是中国科学院海外评审専家(2005年)之一。他与其团体在有关肌动蛋白7a的突变如何导致先天性失聪及失明的研究刊载于顶尖学术期刊科学上。2011年12月9日,当选中国科学院院士。 学历 1988年,复旦大学化学专业学士学位 1993年,卡尔加里大学生物化学博士学位 获奖情况 2002年,海外杰出青年基金奖 2003年,裘搓基金会裘搓研究员奖(Croucher Foundation Senior Research Fellow Award) 2006年,国家自然科学奖二等奖 学术交流等情况 在开展NMR研究的过程中,与中国科学院武汉物理与数学研究所一直保持着密切的合作关系。 2003年10月参加了中国分析测试协会(CAIA)主办北京分析测试学术报告会及展览会(BCEIA),2004年6月参加了武汉物理与数学所举办的“第二届磁共振新技术——生物大分子NMR国际研讨会”。 主要学术贡献创新思想 张明杰博士主要从事结构生物学,生物化学及其分子生物学的研究。他的调控神经细胞信号传递的蛋白质的结构和功能的研究成果,对于治疗神经系统衰退的疾病,如中风及老年痴呆症等,有着极为重要的影响。张教授及其研究小组运用核磁共振技术,从传统中药中筛选活跃分子,抑制神经信号传递中的一氧化氮合成,以发掘具潜质的药物先导化合物,治疗中风疾病。 1998年利用核磁共振技术解出神经元一氧化氮合成酶的一个抑制蛋白的三维结构,次年又解出神经元一氧化氮合成酶一个重要区域与另一种蛋白形成的复合物的三维结构,一氧化氮合成酶含有的PDZ结构域在许多蛋白质相互作用中起重要作用,解出这个区域与其他蛋白结合的结构,对于生物化学领域有着重要的意义。 2001年与其他生物学专家紧密合作,在细胞生物学方面取得重大突破,首次破解了一种对于确保细胞正常运作至关重要的蛋白质(Ykt6p)的三维结构与功能之间的关系。 曾获得“裘槎优秀科研者奖”,以表扬他在材料科学及生物化学领域进行的基础研究及做出的贡献。 他的调控神经细胞信号传递及神经系统发育的一系列蛋白质的结构和功能的研究成果,对于治疗神经系统衰退的疾病,如中风及老年痴呆症等,有着极为重要的影响。近年来在Cell, Science,NatureStruct. Biol., Mol Cell, EMBO J., PNAS等杂志发表论文100余篇。仅2011年就发表了1篇Cell, 1篇Science, 2 篇Mol Cell, 1篇PNAS, 1篇EMBO J. 其培养的学生和博士后有很大一部分已经在世界各地建立了他们独立的研究组。 2011年张明杰实验室论文发表情况 Zhu, J., Shang, Y., Xia, C., Wang, W., Wen, W., and Zhang, M., ( 2011 ) "Guanylate Kinase Domains of the MAGUK Family Scaffold Proteins as Specific Phospho-Protein Binding Modules" EMBO J (In Press) Pan, L., Chen, J., Yu, J., Yu, H., and Zhang, M. ( 2011 ) "The Structure of the PDZ3-SH3-GuK Tandem of ZO-1 Suggests a Supramodular Organization of the MAGUK Family Scaffold Protein Core". J Biol Chem. 286, 40069-74 Lu, Q., Yu, J., Yan, J., Wei, Z., and Zhang, M. ( 2011 ) "Structural basis of the myosin X PH1N-PH2-PH1C tandem as a specific and acute cellular PI(3,4,5)P3 sensor " Mol. Biol. Cell ,accepted Wei, Z., Zheng, Z., Spangler, S A., Yu, C., Hoogenraad, C. C., and Zhang, M. ( 2011 ) "Liprin-mediated Large Signaling Complex Organization Revealed by the Liprin-α/CASK and Liprin-α/Liprin-β Complex Structures" Mol. Cell 43, 586-598 Zhu, J., Wen, W., Zheng, Z., Shang, S., Wei, Z., Xiao, Z., Pan, Z., Du, Q., Wang, W., and Zhang, M. ( 2011 ) "LGN/mInsc and LGN/NuMA Complex Structures Suggest Distinct Functions in Asymmetric Cell Division for the Par3/mInsc/LGN and Gαi/LGN/NuMA Pathways" Mol. Cell 43, 418-431 Liu, W., Wen W., Wei, Z., Yu, J., Ye, F., Liu, C-H., Hardie, R. C., and Zhang, M.( 2011 ) "The INAD scaffold is a dynamic, redox-regulated modulator of signalling in the Drosophila eye" Cell 145,1088-1101 Huo, L., Wen, W., Wang, R., K am, C., Xia, J., Feng, W., and Zhang, M.( 2011 ) "Cdc42-dependent formation of the ZO-1/MRCKb complex at the leading edge controls cell migration" EMBO J. 30, 665-678 Wei, Z., Yan, J., Pan, L. Lu, Q., and Zhang, M.( 2011 ) "Cargo Recognition Mechanism of Myosin X Revealed by the Structure of its Tail MyTH4-FERM Tandem in Complex with the DCC P3 Domain" PNAS 108, 3572-3577 Wu, L., Pan, L., Wei, Z., and Zhang, M.( 2011 ) "Structure of MyTH4-FERM Domains in Myosin VIIa Tail Bound to Cargo" Science 331,757-760
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[转载]科普:幼年创伤 脑部留痕
xuxiaxx 2011-12-13 13:30
德国研究人员日前发现,如果人们在幼年时长期遭受虐待等 伤害 ,可能会导致脑部结构发生变化且影响深远。 德国明斯特大学9日发表新闻公报说,该校认知与行为神经科学中心的研究人员利用核磁共振成像技术证实,如果幼年时长期遭受暴力等伤害,其脑部在数十年后可能仍有“印记”,这些人日后患 抑郁症 、焦虑症等心理疾病的风险明显偏高。 试验中,研究人员征集了大量未发现心理异常的成年人,询问他们儿时是否受到暴力伤害,并借助核磁共振成像技术观察其脑部结构。结果显示,儿时长期遭受 虐待 等伤害越多的人,其脑部海马区、额叶等主管学习、记忆和情感控制的区域越小。同时,这些人脑部控制恐惧、焦虑等情绪的杏仁体异常活跃。 研究人员说,儿时长期 遭受 虐待后发生的脑部结构变化与某些抑郁症患者的脑部结构变化相似。因此,小时候总受到暴力等伤害的人,成年后患心理疾病的风险更高。 来源:新华网
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科学家和企业领袖
热度 33 饶毅 2011-12-5 14:59
  很高兴Peter Kim博士今天来北大演讲。   最初,Peter是典型的亚裔好学生, 1979年毕业于Cornell的化学专业,研究生在Stanford大学,1985年获得PhD,本来他还可以顺带获得医学博士,可能是研究太好了,他放弃了美国人、特别是美国亚裔热爱的医学博士。   1985年,因为研究生工作突出,他获得MIT的Whitehead研究所独立fellow职位、不用给其他人做博士后。Whitehead可能是当时竞争性最强的生物学研究所,其独立博士后令人羡慕。   Peter的工作不仅顺利,而且走上了星光大道,英文所谓stellar。其后留在MIT任教,32岁得HHMI的研究资助、37岁成为MIT的正教授、39岁成为美国科学院最年轻的院士之一。   Peter在学术界主要的工作是结构生物学。他用过核磁共振(NMR)、也更多地用过X线衍射研究生物结构,包括蛋白质折叠、蛋白质的结构、病毒的结构,等。他做了很多优秀的科学研究,如果你在意Nature、Science和Cell三个杂志,那么Peter在它们里面发表了近30篇论文,我们要一一介绍,可能今天下午讲不完了。   Peter还培养了优秀的学生,其中也有当年的学术明星。   2001年,正当学术旺年的Peter Kim,离开学界投身企业。这反抗了亚裔刻板形象。注意,他不是投身亚裔偏好的商业,而是加入需要创新的药物研发,到大药厂Merck工作。先任研发部门副总裁、后任研发总裁,现还任公司执行副总裁。   一个纯粹的科学家,如何成为药厂的领袖,同学们可以问问Peter。   为什么中国的企业家一般不来源于科学家,同学们可能需要用自己将来的经历来改变现状。   Merck药厂对中国人民较友好,曾以一美元为象征性价格,将肝炎疫苗的生产线“卖”给中国,为中国大规模、高质量生产疫苗,对中国人民健康的改善有贡献。   没有肝炎疫苗的中国,1980年代乙型肝炎感染率,8岁的孩子将近一半。近十年来,同龄孩子只有百分之几的感染率。今天的听众有些可能就是因为有了疫苗才能健康地求学、健康地上北大。   近年,Merck考虑在中国建立研发部门,Peter是做这个决定的主要负责人之一。还有一些我们的朋友在他们的公司也参与考虑在华设厂。   在他们考察过程中,王晓东、施一公和我正面陈述中国--特别是北京--适合全球药厂建立研发部门。我们很高兴Merck选择了北京。   明天,也就是2011年12月6日,他们会正式宣布将以较大的经费,好像是15亿美元,在北京新建研发部门。我想,在全球药厂还不多的北京,这是可喜的一步。   希望这也给我们中国的学生,不仅北大清华的学生,也不仅生物的学生,而是生物、化学和医学的本科生和研究生,毕业后多有了一个出路,不仅只盯着出国、或转行,而可以加入高技术企业,先在跨国企业学习怎么研发药物,以后有些人可以独立出来,创立更多中国的现代制药企业,改善中国、改善全球的人类健康。   Peter今天的题目是如何将科学成果转化为治疗的药物。   2011年12月5日
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魔角旋转固体核磁共振技术简介
热度 5 SSNMR 2011-11-17 10:08
魔角旋转固体核磁共振技术简介
在固体中由于自旋之间的耦合较强,共振谱较宽,掩盖了其他精细的谱线结构,耦合能大小与核的相对位置在磁场中的取向有关,其因子是 (3cos 2 θ-1) ,如果有一种方法使 θ=54.7356° ,则 3cos 2 θ-1=0 ,相互作用减小,达到了窄化谱线的目的。固体核磁的先驱 Andrew 和 Lowe 基于这种考虑,他们各自独立发展了魔角旋转 (Magic Angle Spinning, MAS) 技术,该技术的要点是迫使样品绕相对于 z 轴为魔角 ( 即 54.7356°) 的方向轴作快速的机械转动,从而使一阶四极增宽和偶极增宽得到应有的缩窄,极大程度地消除偶极一偶极和化学位移各向异性相互作用,得到各向同性的高分辨固体谱。在过去由于谱仪硬件的限制,通常能达到的最高转速也就是 40 kHz 以内,如今随着谱仪硬件技术的提高,现在商用谱仪最高转速已经可以达到 70kHz ,这种高转速的探头对于解析一下丰核的固体 NMR 实验研究有着重大意义。
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[转载]不良生活方式是诱发乳腺癌的高危因素
xuxiaxx 2011-11-3 10:28
据新华社电北京大学第一医院乳腺疾病治疗中心赵建新博士认为,乳腺癌的发病率随年龄的增长而增长,其病因目前还未完全探明,但很多乳癌的高危因素非常明显:性别、年龄、家族史、一侧患乳癌、导管或小叶原位癌患者、乳腺非典型性增生、月经初潮早、绝经晚、肥胖、低剂量射线照射等。他认为,乳癌的预防主要是注意高危因素,纠正不良的生活习惯及方式,如吸烟、高动物来源食品饮食、未婚、不生育子女或30岁以后第一胎足月妊娠、不哺乳等。   对于40岁以下女性,赵建新建议定期进行临床检查结合B超。40岁以上女性,每年要进行一次钼钯检查,50岁以后,每两年一次钼钯检查。高危病人可提前到35岁开始钼钯检查,必要时可考虑加用核磁共振检查。   赵建新认为,女性朋友要尽量避免不良嗜好,从生育角度来说,30岁以前第一胎足月妊娠并坚持母乳喂养半年以上,少用或不用雌孕激素类药物,尽量减少胸部放射线照射,定期检查等都可有效降低乳腺疾病的发病。应充分了解乳腺癌的高危因素,早期发现乳腺癌,慎重选择治疗医生,进行规范的个体化治疗。   赵建新同时表示,40岁以下的女性一般不要做钼钯照相检查,反复的射线照射可能对乳房是有害的。   赵建新介绍说,早期发现乳腺癌是确保临床疗效的重要条件,早期发现的方法主要有:自我检查+临床检查+乳腺钼钯照相和B超检查。他强调,35岁之前的女性一般不要接受钼钯检查,由于此时腺体致密乳腺癌的诊断率很低,且可能对乳房有害,反复照射会增加乳癌危险。(葛素表) 来源:人民网
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[转载]老年痴呆的基础研究
xuxiaxx 2011-10-18 08:31
老年痴呆是一种多病机异质性疾病,具有特征性神经病理和神经化学改变,起病常在老年前期,但老年期的发病率更高。 老年痴呆病因及发病机制迄今尚不明确,可能有多因素参与,如遗传、环境、老龄、代谢、头部外伤史、雌激素缺乏等;关于老年痴呆发病机制主要有三种学说,微管相关蛋白tau异常学说、淀粉样肽学说和基因突变学说。 随着影像学的发展,核磁共振扫描仪的场强越来越大,其在老年痴呆的研究中,也逐渐渗入到从诊断到机制研究的各个方面。3.0T 核磁共振已逐步广泛应用,使中枢神经系统的解剖结构和病变显像越来越清晰;而9.4T核磁共振扫描仪更能够清晰的显示皮质的细胞结构,有助于了解代谢及脑功能活动;9.4T甚至更高场强的核磁共振将在AD的早期诊断中起着重要的作用,它不仅能清晰显示内嗅皮质、海马等的微观解剖,还有助于观察更早期的分子水平、细胞水平、代谢水平和微循环改变。 来源: http://med.wanfangdata.com.cn/topic/284.aspx
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[转载]免费的在线数据库、分子结构库及工具
piaoxue001 2011-9-3 14:53
1 在线信息数据库部分 √ SDBS光谱数据库: http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介:很好的有机化合物光谱数据库,包含六类光谱:EI-MS、FT-IR、H-NMR、 C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物,其中以商业化学试剂为主,约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的,并不断添 加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。 生物核磁共振数据库: http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL程序基组数据库: http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html √ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB): http://cccbdb.nist.gov 简介:此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果,也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣,此数据库内容在不断增加。 √ 量化频率计算校正因子: http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介:实际上就是CCCBDB的一个子页面,比较重要故单独列出。 IUPAC金属络合物稳定常数数据库: http://www.acadsoft.co.uk 注:需要付费,可免费下载试用版。 √ NIST化学数据库: http://webbook.nist.gov/chemistry 简介:是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件,可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息,部分分子包含3D结构。 RESP ESP charge DDataBase(REDDB): http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介:分子的RESP电荷的数据库 Uppsala Electron Density Server: http://eds.bmc.uu.se/eds 简介:用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID(比如1cbs)进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图,注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 √ 上海有机所化学专业数据库: http://202.127.145.134/scdb/default.htm 简介:十分有用的数据库,免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 √ EMSL基组数据库: https://bse.pnl.gov/bse/portal Clarkson大学相对论有效势数据库: http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html 含重原子全电子STO基组数据库: http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html 原子间势参数数据库: http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart赝势参数数据库: http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.html ChemBioFinder: http://chembiofinder.cambridgeso ... r/SimpleSearch.aspx 简介:根据分子质量、名称或者自行绘制结构,从几十万分子中搜索,得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。 Sigma-Aldrich公司产品数据库: http://www.sigmaaldrich.com/Area ... /United_States.html 简介:主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字,搜索到后进入相应条目,如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样,就可以进入察看,没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据,但不全面。 基本物理常数数据库: http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 简介;可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系,如hartree-eV 百奥知识数据库: http://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm 简介:一个生物信息数据库的比较全的列表,每个数据库有简单官方介绍。 ===================== 2 结构数据库部分 GLYCAM寡糖数据库: http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp √ ICSD无机晶体数据库: http://icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介:免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 √ NDB核酸数据库: http://ndbserver.rutgers.edu 简介:根据NDB ID,获得核酸坐标文件、出处等信息,类似RCSB蛋白质数据库。 PDBbind-CN: http://www.pdbbind.org.cn/index.asp 简介:收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息,可在线观看或下载结构,可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。 PDB Wiki: http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介:基于PDB数据库,对蛋白质进行了简单分类,访问者可以给每个蛋白添加注释。 sc-PDB: http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB 简介:收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 √ RCSB PDB数据库: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do HPDB蛋白质数据库: http://hpdb.hbu.edu.cn 简介:河北大学的蛋白质数据库,可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍,比较有用,还有另外一介绍蛋白质的些文章。 √ ZINC化合物虚拟筛选数据库: http://zinc.docking.org/index.shtml 简介:根据自定义的化合物的性质,在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 √ PubChem: http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介:NCBI下属的小分子数据库,包括化合物、物质、生物活性三大数据库,含上千万条目并 不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP(自动计算)、同义词、生物 活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件,进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存,可被一些软件直接读取,如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。 SuperNature天然产物数据库: http://bioinformatics.charite.de/supernatural 简介:几万种天然产物数据库,可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索,也可以绘制结构或根据结构模版搜索,可在线观看结构,并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。 蛋白质pKa数据库(PPD): http://www.jenner.ac.uk/PPD 蛋白质分类数据库(CATH): http://www.cathdb.info 简介:其中结构来自PDB数据库,半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类,可以根据这些特点进行分类查询。 蛋白质结构分类数据库(SCOP): http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介:和CATH的功能类似,包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类,比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次:class、fold、superfamily、family。 结构相似蛋白质家族数据库(FSSP): http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- ... i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介:此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算,用以找到相似蛋白质。 ========================= 3 在线工具部分 √ Dali server: http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server 简介:输入PDB ID或者上传PDB,服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算,将其中有一定结构相似度的PDB列出。通过复选框选择几个结构,可以对比序列,以及在线观看它们重叠后的3D结构。Dali Database( http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start) 每年更新两次,如果是在更新日期以前发布的pdb,可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果,而不必在Dali server里面重新计算。 在线生成金刚石结构(包括同晶体结构的硅、锗): http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html 在线生成石墨结构: http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html 在线生成碳纳米管结构: http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html ADIT蛋白质检查工具: http://deposit.rcsb.org/adit 简介:可以自行上传pdb文件,通过Validate操作,自动通过PROCHECK程序绘 制出各种图表用以检查蛋白质。包括ramachandran图,chi1-chi2图,主链/侧链信息图(解析度标准偏差、不合理接触等)、二级结构图、 扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键长键角扭曲情况。 webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis): http://pipsa.eml.org/pipsa 简介:上传pdb/pqr或输入pdb ID,自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势,根据一定规则绘制成距离矩阵,并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下载到运行 期间的中间文件,包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件,可被vmd等软件读取。 CASTp: http://sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php 简介:找出某蛋白所有口袋或孔洞,并得到它们的容积和表面积,有助于研究潜在的配体结合位点。 SFoldRate预测蛋白质折叠速率: http://gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html ALOGPS: http://www.vcclab.org/lab/alogps 简介:在线上传分子结构,计算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子结构格式十分多。 CORINA: http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html 简介:通过SMILE字符串得到分子的结构文件 一些有用的晶体学工具: http://www.cryst.ehu.es GETAREA: http://curie.utmb.edu/getarea.html 简介:计算分子SASA和溶解能,服务器不太稳健 DockingServer: http://www.dockingserver.com/web/? 简介:在线分子对接,须注册,对免费用户功能有限制 GLYCAM在线构建糖、糖蛋白结构: http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/biombuilder/biomb_index.jsp MolEdit: http://159.149.163.21/moledit.htm 简介:在线绘制2D结构,自动转化为三维坐标文件,支持格式很多。 √ E-Babel: http://www.vcclab.org/lab/babel 简介:相当于在线版的Babel,可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。 √ Opal Dashboard: http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do 简介:一大批软件的在线计算工具,包括MEME(搜索一组DNA/蛋白序列中的基 序),APBS(解PB方程得到静电势分布、溶解自由能),PDB2PQR(往pdb格式中添加原子半径信息,转为apbs等软件所需的pqr文 件),Prepare receptor/GPF(创建pdbqt、GPF文件),Autogrid(计算autodock所需的格点文件),Autodock(分子对 接),FIMO,GLAM2,GLAM,GOMO。 在线版PDB2PQR: http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr Prodrg 2.5: http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta 简介:输入结构或者在线绘制结构,生成gromacs等软件的拓扑文件,以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场,支持结构优化。 Karlsberg+: http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php 简介:基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka PROPKA: http://propka.ki.ku.dk 简介:输入PDB ID或者上传pdb文件,计算PKa。输出结果包括每个残基的Pka,不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值,折叠与去折叠时在不同PH下所带电 荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的,但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变,故此程序有助于正确判断在 不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。 H++: http://biophysics.cs.vt.edu/H++ 简介:通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算Pk,并根据指定PH自动将结构质子化 ProBuilder: http://159.149.163.21/probuilder.htm 简介:输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件 PDBsum: http://www.ebi.ac.uk/pdbsum 简介:输入PDB ID或者序列,显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要,可调用PROCHECK分析结构,可在线观看3D结构。 √ PLATINUM: http://model.nmr.ru/platinum 简介:此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算,会显示分子总面积、极性 面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在线自动调用Jmol观看,以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质,可以直观了解受、配体不同方 式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。 √√ MarvinSketch: http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp 简介:一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版,需要java运行环境,载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构(edit-import name),可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group),可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table),获得smile字符串(选中分子,edit-save as smile,然后随便找个文本框paste),显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space),给出结构的名字(tools-Naming),得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis),绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation),计算 LogP、LogD(tools-partitioning),计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge),获得互变异构体、立体异 构体(tools-isomers),计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation),结构拓扑分析、优化并计算能 量、计算SASA(tools-geometry),显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。 MarvinSpace: http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html 简介:在线的基于java的分子可视化程序,使用Opengl库,支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构,可以用几种方式显示分子表面,并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。 REDS(RESP ESP charge Derive Server): http://q4md-forcefieldtools.org/REDS 简介:在线计算RESP电荷,注册十分麻烦。 计算RRKM反应速率: http://phd.marginean.net/rrkm.html DynDom: http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp 简介:输如蛋白质分子的两个构象,可分析出构象变化所绕着的旋转轴,以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。 StrucTools: http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html 简介:可以绘制蛋白质二级序列图,计算主链氢键,绘制B因子-残基图,计算残基所占体积并绘图,计算残基SASA,做Ramachandran图,做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。 TarFisDock(Target Fishing Dock): http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock 简介:反向对接程序,提供小分子结构,寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问,速度比较慢。 VRML File Creator: http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator 简介:通过smile字符串或者结构文件,创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D,在pdf文档中演示分子的立体结构。 w3DNA: http://w3dna.rutgers.edu 简介:输入核酸PDB ID或上传结构文件,分析其碱基结构参数。 WebMO: http://www.webmo.net/demo/index.html 简介:提供了友好的GUI界面,可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、 Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest 帐户登入,但运算时间限制在60秒以内,在缺乏计算条件下可以应急使用。 估算REMD模拟适宜的温度设定: http://folding.bmc.uu.se/remd 在线蛋白质分析工具列表: http://www.bioinf.org.uk/servers PBT Profiler: http://www.pbtprofiler.net 简介:输入化合物代码或在线绘制结构,快速预测此化合物对环境污染的情况,包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。 √ WHAT IF: http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 简介:提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。
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[转载]常用蛋白质数据库
zhenying 2011-8-3 08:38
1.PDB数据库 蛋白质的基本立体结构数据库为PDB (Protein Data Bank),1971年建立于美国布鲁海克海文国家实验室。该数据库中收集了通过X射线衍射和核磁共振(NMR)试验测定的蛋白质结构的精确坐标数据。这种数据即蛋白质中的原子坐标是蛋白质结构的最细致的层次。该数据库的管理者是结构生物信息学合作研究组织(Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB, http://www.rcsb.org/pdb/ )。 PC机和工作站上有大量软件工具用于查看PDB 数据库中的结构。其中较好的空间结构能够动态,立体地显现出来。其下载网址为: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ 。 PDBFinder 数据库是在PDB,DSSP,HSSP 基础上建立的二级库,它包含PDB 序列,作者,R因子,分辨率,二级结构等。这些信息不易从PDB 中直接读取,随着PDB 库每次发布新版,PDBFinder 在EBI 自动生成。网址为: http://www.cmbi.kun.nl/swift/pdbfinder/ 2.NRL-3D数据库 该数据库NRL-3D也是所有已知结构蛋白质的数据库。可用于对查询蛋白质序列进行相似性分析以确定其结构。其网址为: http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/nrl3d.html 3.ISSD数据库 ISSD数据库是蛋白质数据库,其每个条目包含一个基因的编码序列,同相应的氨基酸序列对比,并给出相应多肽链的结构数据。核苷酸序列取自GenBank,结构参数来自PDB,包括多肽骨架原子坐标,二面角,还有DSSP程序所预测的二级结构。网址为: http://www.protein.bio.msu.su/issd/ . 4.HSSP数据库 HSSP 是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库。每一条PDB 项目都有一个对应的HSSP 文件。因此,应先按蛋白质的PDB 编号,例如1bda在HSSP 的INDEX中查找1dba.hssp.Z。该数据库同时提供了SWISS-PROT数据库中所有蛋白质序列的同源性。其网址为: http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/ 。 5.蛋白质结构分类数据库(SCOP) 蛋白质结构分类数据库(structural classification of proteins ,SCOP)是对已知的蛋白质三维结构进行手动分类得到的数据库。将已知结构蛋白质进行有层次地分类(这一方法十分有效)。该资源允许用户分析查询蛋白质是否和已知结构蛋白质具有相似性。其网址为: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 6.MMDB蛋白质分子模型数据库 分子模型数据库(Molecular Modeling Database ,MMDB)由NCBI 的MMDB 研究小组维护。这是Entrez 检索工具所使用的三维结构数据库,以ASN,1 格式反映 PDB 库中的结构和序列数据。NCBI 同时提供一个配套的三维结构显示程序Cn3D。网址为: http://www.ncbi.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml 。 7.Dail/FSSP数据库 Dail/FSSP 数据库是基于PDB 数据库中现有的蛋白质三维结构,用自动结构对比程序Dail逐一比较而形成的折叠单元和家族分类库。随PDB 库的更新而更新。其网址为: http://www.ebi.ac.uk/dali/ 8.其他相关链接 生物大分子数据库(NHGRI/NCBI Histone Sequence Database) 2D与3D结构 预测数据库(SWISS-3DIMAGE-展示蛋白质和其他生物大分子的3D结构图形) 中文名称: 蛋白质数据库 英文名称: protein database;protein data bank;PDB 定义: 汇集已知蛋白质各种参数的集合。常用的蛋白质序列的数据库有Swiss-Prot。常用的蛋白质立体结构的数据库是创建于1971年美国的布鲁克海文(Brookhaven)国家实验室运作的 Protein Data Bank (PDB),1998年成为Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)。美国的RCSB PDB、欧洲的MSD-EBI和日本的PDBJ一起构成了Worldwide Protein Data Bank(wwPDB)。 转自 http://hi.baidu.com/hnwglsh/blog/item/cae51750b238f62e43a75b60.html 以及 百度百科
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院长如此选人,校长该如何选人?
windlight 2011-6-15 08:49
zt @HR不简单 :医学院毕业生去医院应聘。院长问:“某人额头上被蜜蜂蛰个包,怎么治?”毕业生甲:“很简单,在患处涂抹点消毒液就可以了。”院长摇头,毕业生甲退出。毕业生乙进,院长又问同样题,乙答:“至少需要住院治疗一周,分别查血液,脑电图、心电图,彩超、核磁共振……”院长:"欢迎你来我院工作! 赵凤光点评: 这个是微博上的一个段子:不禁让人思考如果是校长该如何选人: 我在 人才 ,钱,项目,那个更重要- 里提到“实际从经济竞争角度来看,人才的定义的很多种,但大体上是能扩大自己利益体的利益空间的人才是人才。” 那么校长显然应该选第二种人。 但这个段子其讽刺意味或反话意图也很明显,院长与毕业生乙都是被批判的。问题又出在哪里:站在说话不腰疼? 当然学校校长不可能所有赚钱的事自己来做,花钱的事让教授去做。但选择能赚钱的教授,还是能教好学生的教授,这两者的比例多少合适,都是一个校长应该思考的问题吧?
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调控自旋将成为科技发展的新领域
kejidaobao 2011-5-19 11:21
调控自旋将成为科技发展的新领域
都有为,浙江杭州人,中国科学院院士,现任南京大学物理系教授。长期从事磁学和磁性材料的教学和研究工作,开展对磁性、磁输运性质与材料组成、微结构关系的研究。曾获国家自然科学奖二等奖、江苏省科技进步奖一等奖、2007年度何利-何梁科技奖,获中国专利20项。 电子同时具有电荷与自旋磁矩二个自由度,或二个本征的特性。物质由原子所构成,原子由原子核与电子所组成,原子核由中子、质子构成,中子具有磁矩而不带电荷,中子、质子是由夸克等基本粒子所构成。据目前所知,除希格斯粒子磁矩与电荷均为零外,其他基本粒子均具有磁矩,但未必具有电荷,因此,磁矩比电荷具有更大的普适性。科学家巧妙地利用直流与微波磁场来调控核自旋磁矩的共振吸收特性,制备了广泛应用的核磁共振谱仪与核磁共振成像仪,这是调控电子自旋的范例。然而,长期以来,通常电荷与自旋在不同的领域起着重要的主角作用,人们利用电场调控电子电荷,从而在电力、电子领域中独领风骚,如电动机、发电机为主的电力工业所形成的第二次产业革命;以芯片、计算机为主角的第三次产业革命使人类进人到信息社会,而自旋磁矩主要在磁性材料领域中发挥了不可取代的作用。 20世纪80年代,法国Fert教授与德国Grünberg教授科研组彼此独立地在人工纳米结构中(多层膜)发现高达50%以上的磁电阻效应,被称为巨磁电阻效应。为此,他们被授予2007年度诺贝尔物理学奖,以表彰他们对凝聚态物理与信息技术的发展所做出的杰出贡献。该效应的物理本质是反映了在保持自旋取向的自旋扩散长度内,电子的输运性质与电子自旋的取向有关。对于磁性材料,电子的自旋扩散长度处于1~10nm,对于半导体等非磁性材料可增加到微米量级,传统的电工学与电子学所研究的对象其尺度通常远超过自旋扩散长度,于是电子在输运过程中无法保持一定的取向,从而统计平均的结果无法显示出电子自旋的作用,所以,以往电工学与电子学中不需要考虑电子的自旋。巨磁电阻效应表明:在纳米尺度内,电子输运过程中不仅可利用电子的电荷属性,而且同时可利用电子自旋磁矩,此时的电子学应当考虑电子自旋,称为自旋电子学(Spintronics)。同时利用电子的电荷与自旋,可使信息的传输、运算与存储在固体内部有机地结合在一起,这是科学家长期梦寐以求的目标。1997年IBM公司成功地制备成巨磁电阻效应读出磁头,提高硬盘记录密度几十倍,目前已超过200Gb/in2。20世纪90年代巨磁电阻效应的研究在世界范围内兴起了继高温超导氧化物研究之后的新高潮,形成了磁电子学的新学科。在应用上,磁随机存储器(MRAM),自旋晶体管,自旋传感器等均应运而生,其产值将大于千亿美元。更为重要的进展,是将电子自旋带入到半导体器件中,形成半导体自旋电子学新学科。从物理的观点考虑,二极管发展到超大规模集成电路,奠定了现代信息化社会的基础,但它仅仅利用电子具有电荷这一自由度,用电场调控电子运动。如今,可同时利用电子电荷与自旋这二个自由度,必将呈现前所未有的新效应、新器件。自由电子自旋间的互作用比电子电荷间的作用小1000倍,从而从原理上确定自旋电子学的器件其能耗必将可以低于传统微电子学器件。此外,自旋电子学器件通常具有抗辐射能力强、噪声低、运算速度快以及非易失性,即使电源中断,信息可继续保留等优点。未来,自旋流将可能取代目前半导体元器件中的电荷流,自旋将同时肩负信息的传输、处理与存储。自旋电子技术和自旋量子信息技术很可能会引起芯片技术革命性的变革,成为引领未来的新一代微电子技术。 20世纪也许可称为“电荷”的世纪,人们充分的调控电子具有电荷这一自由度,从而创造出从二极管直到超大规模的集成电路,奠定了信息社会的基础。21世纪也许属于“自旋”的新世纪,人们正在充分地利用、调控电子的另一个本征的自由度“自旋”,推动着社会迈向新的阶段。最近美国国家自然科学基金会提出“自旋电子科学的发展及应用将预示着第四次工业革命的到来”。自旋电子学材料与器件必将成为纳米科技领域中重要的成员,将会对科学与技术以及国防、国民经济起着十分重要的作用,值得我们从科技发展的战略高度给予足够的重视。
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同源建模预测蛋白高级结构
kejidaobao 2011-4-28 11:04
蛋白质同源建模对于高级结构未知蛋白的功能预测具有重要意义。同源模型的构建是基于特定的程序进行的,大量及时更新的序列和丰富的蛋白结构数据库是基础。将需要的工具、程序及数据库整合而成一个基于互联网的工作站,有利于广大科研工作者借助网络平台共享和下载相关功能蛋白的模型构建结果,为特定研究对象的模型构建提供理论依据和帮助。蛋白质同源建模主要包括3个重要步骤:同源模板的选择、模型构建及构建结果评价,其中通过核磁共振(NMR)或X-晶体衍射技术得来的高级结构确定的蛋白质模板是这项技术的基础。利用此项技术已进行了许多人类未知蛋白结构及功能的预测,如对人的细胞周期蛋白A1及人的跨膜蛋白酶3的高级结构构建。目前,比较权威的蛋白质同源模型构建的服务器是链接在ExPASy网站上的Swiss Model,凭借其独特的预测精确性、稳定性及可靠性被广大科研工作者广泛使用。 运用大量相关蛋白家族成员的已知高级结构作为模板,通过对未知蛋白质的高级结构预测,有助于初步确定未知蛋白的功能,对于明确影响蛋白功能发挥关键的结构域、功能活性保守位点、邻近氨基酸残基对功能发挥潜在的影响及可能的突变机制,具有积极的作用。《科技导报》2011年第12期23—31页刊登了佘茂云等的论文“小麦TaCAT新基因克隆及分子生物学和生化特性分析”。本期封面图片显示的是该研究中新克隆的小麦CAT蛋白家族成员TaCAT3的功能活性位点的同源模型构建结果,从中可以得到两方面信息:新克隆的基因属于小麦CAT家族成员;2个蛋白功能活性位点完全吻合表明该模型预测结果可信。高得分值的模型结果评价进一步表明了该方法的可行性,为后续蛋白功能的实证提供了理论基础。同源模型构建是当前最为精确方法学的一种,通过它可得到可信赖的未知蛋白质结构模型信息,同时能发现一些新的蛋白家族成员,进一步丰富蛋白质结构和功能相关性研究。随着后基因组时代快速发展,其贡献和影响力有待进一步证实。本期封面图片由佘茂云提供,封面由金功博设计。 (责任编辑 吴晓丽)
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[转载]华人核磁共振NMR科研小组
nanohandsome 2011-4-11 16:11
http://www.chinanmr.cn/forum.php?mod=viewthreadtid=337extra=page%3D1 请看链接,随时更新 便于大家学术交流,尤其非NMR领域的科研人员寻求合作时,可根据学术专长进行有针对性地接触。
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睿智且坚定——读拉比(代序)
热度 3 xinyumri 2011-3-11 02:41
睿智且坚定——读拉比(代序)
1944 年,瑞典皇家科学院决定恢复颁发因战争而中止了四年的诺贝尔奖,一番讨论之后,物理学奖给了拉比,以表彰他在核磁共振领域所作的开创性工作。当时战争仍在进行着,拉比无法前往斯德哥尔摩领奖,颁奖仪式只好改在纽约举行,由哥伦比亚大学的校长颁发。校长当时已经八十多岁了,老眼昏花,宣读贺词的时候从头到尾把拉比当作了费米。好在拉比当时心情愉快,也不计较。事后,有知情人告诉拉比,拉比之获奖,得到了费米的推荐。费米是为数不多的理论实验皆通的大师,对物理学有着独到而深刻的见解,能得到费米的赏识,令拉比颇感欣慰,这意味着这块奖章的含金量是很足的。到了 1982 年,为爱因斯坦作传的派斯又告诉拉比,他看到了爱因斯坦向诺奖委员会推荐拉比的信的原件。拉比当时已是 84 岁的耄耋老人了,听说此言喜出望外地说:“哇塞!一个诺奖让老夫得意了三回!” 大约两年前,我写过 奧本海默 ,里面的大部分内容,是我读《美国的普罗米修斯》一书所得。然而读奧本海默,在为奧本海默多舛的命运唏嘘之余,我却由衷地喜欢上了拉比。正好他开创的核磁共振领域,是我如今赖以谋稻粮的所在,读研究生的时候,也曾粗粗地读过他写的两能级系统一书。于是满怀崇敬地从学校图书馆借回了这本《拉比传——物理学家和公民》。 书我倒是很快就读完了,而且还读了不止一遍,但我的读后感却一直难产,原因是多方面的。这本书的作者 John S. Rigden 本人是学物理出身的,他在介绍拉比的学术成就时夹入了许多对物理学的评论和分析,不是我这个半路出家、对物理学一知半解的人能够完全理解的,因此写起来多了份畏缩感,总觉得应该读一些其他的书先把课给补上。那情形有些像替杂志审稿,若是撞上了一个我并不很熟悉的领域,总得要去读一些相关的背景文章,才敢放心地去写评论。 不过最主要的原因还是,拉比一生值得讲述的事情太多了。拉比和奧本海默虽然都同为犹太物理学家,而且几乎是同时代的,然而奧本海默出身于钟鸣鼎食之家,拉比则是从布鲁克林的犹太贫民窟中走出来的,他的父母是生活在社会底层、连英文都不会说的犹太移民,他本人也曾必须在追求物理学、还是养家糊口之间做出选择。拉比能从这样的家庭走向诺贝尔奖的领奖台,并打造出哥伦比亚物理系这样超一流的物理王国,靠的是非凡的智慧和对物理学的热爱与执着。 拉比也是一位社会活动的积极参与者。二战期间,拉比在 MIT 辐射实验室领导了雷达的研制,对盟军在欧洲战场的转败为胜起了举足轻重的作用。虽然他本人反对原子弹的研制,但他还是应奧本海默之邀和玻尔一道担任了曼哈顿计划的顾问。二战结束后,拉比在担任哥伦比亚物理系主任的同时,还一度出任杜鲁门的科学顾问,并且利用自己的影响四处奔走,创建了布鲁克海文国立实验室。拉比同时又是一位极富原则性、有着强烈的社会责任感的物理学家,他对于政治的卷入,也始终是以坚持原则为底线的。他在奧本海默听证会上出色的表现,以及事后在学术会议上拒绝同泰勒握手,读来酣畅淋漓,让我看到了一个个性鲜明、刚毅果敢的智者。 读这样一位巨人的传记,时常让我有想把全书逐句翻译出来的冲动。但以我现在的学识和文字功底,我自认尚无法胜任这项工作。所以决定折中一下,细水长流地挨章写写读后感。这篇文章,算是给这个系列做一个序。 此文的题目,是我在读完书中的第 16 章——拉比与奥本海默——时想到的,作者在罗列了拉比和奥本海默诸多的相似之处后,深入分析了造成二人迥然不同的终结命运的原因,并在该章的结尾引用了一首脍炙人口的童谣“ Humpty Dumpty ”作喻: Humpty Dumpty sat on a wall, Humpty Dumpty had a great fall. All the king's horses and all the king's men Couldn't put Humpty together again. 作者写道:如果这位 Humpty Dumpty 是奥本海默,则一旦摔碎后便如歌中所唱那样难以复原,烁烁其华不再,因为奥本海默是复杂和多态的。然而如果 Humpty Dumpty 是拉比的话,即便摔得粉碎也会复原如初,因为拉比的存在状态只有一个。 的确,奧本海默象是一个不稳定的多态粒子,环境因素经常可以导致态的越迁;而拉比的生命本征向量却是唯一的,世态时局,战争政事,都不过是微扰项,不会改变其既定的方向。 睿智且坚定,这正是拉比留给我的印象。
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核磁共振专家Bruce Balcom教授来华讲学安排
肖立志 2011-2-24 18:09
核磁共振专家Bruce Balcom教授来华讲学安排
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国内地球物理仪器研制进入高潮及隐忧
热度 2 chrujun 2011-2-1 19:39
地球物理勘探利用地下目标体和非目标体的物理性质差异来探测目标。典型勘探方法有地震勘探、电法勘探、电磁法勘探、重力勘探和磁法勘探等等。地球物理勘探离不开地球物理仪器。改革开放前,国内主要用自主生产仪器。改革开放后,由于国产仪器和进口仪器在观测精度、自动化程度上差距较大,国产仪器逐步被淘汰。只剩下国外厂家不愿意生产的低端仪器有市场。中高端地球物理仪器全部被进口仪器垄断,国内仪器研发人才大量流失。 转机自2000年后逐步体现。由于包括石油在内的矿产资源价格逐年升高,工程地球物理勘探市场逐年扩大,幸存下来的几家地球物理仪器公司利润和产值快速上升,在研发上有了较大投入。与此同时,由于国内矿产资源和石油大量进口,国家对资源勘探日益重视,对包括地球物理仪器研制在内的投入逐步加大。 最近3-4年,地球物理仪器研制获得了大量投入。中石油和中石化相继启动地震仪研制,国家863计划批准了多个关于地球物理仪器研制的重大项目,总投入经费约10亿元人民币。其中,动作最快的中石油东方地球物理公司率先研制成功万道地震仪,目前正在量产。并且,该公司与美国ION公司在中国大陆成立中方控股的合资公司,专门研制和生产地球物理仪器。 其它机构正在试制样机,估计2-3年后,将会有正式的研制成果。 当前,国产地球物理仪器的年产值约1-2亿元,主要为矿产资源勘探和工程物探用地球物理仪器。国内每年在地球物理仪器研发上的投入约2-3亿元,其中一半以上为企业自主投入。有地球物理仪器的核心研发人员约100人,外围研发人员约200-300人。 地球物理仪器研制目前面临的问题是高水平开发人员匮乏。尽管研发资金在短时间内增加了10余倍,但高水平的地球物理仪器开发并不多,很多是低水平的重复研制。 从长期看,地球物理仪器开发最重要的是能够转化成生产力。如果本轮的地球物理仪器开发不能在短期内转化成生产力,靠国家很难保证在地球物理仪器研制经费上的持久大量投入。国产地球物理仪器只有大量占有高端市场,才能够保证持久的内生性研发投入。
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[转载]分析测试仪器相关英文简称
Alisa 2011-1-26 10:32
紫外:UV 原吸:AAS 高效液相色谱:HPLC 气相色谱:GC 薄层色谱:TLC 离子色谱:IC 原子荧光:AFS 电感耦合等离子体扫描光谱仪:ICP 质谱:MS 红外光谱:IR;傅立叶红外光谱:FT-IR; 核磁共振:NMR 近红外 :NIR 示差扫描量热仪:DSC 动态热机械分析仪:DTMA X射线荧光光谱仪:XRF 透射电子显微镜:TEM 扫描电子显微镜:SEM 场电子显微镜:FEM 场离子显微镜:FIM 低能电子衍射EED 光电子能谱:ESCA 扫描隧道显微镜:STM 原子力显微镜:AFM 横向力显微镜FM 扫描探针显微镜:SPM BOD:生化耗氧量 COD:化学耗氧量 TOC:总有机碳 TIC:总无机碳 AOX:可吸收卤化物 仪器中文名称 仪器英文名称 英文缩写 原子发射光谱仪 Atomic Emission Spectrometer AES 电感偶合等离子体发射光谱仪 Inductive Coupled Plasma Emission SpectrometerICP 直流等离子体发射光谱仪 Direct Current Plasma Emission Spectrometer DCP 紫外-可见光分光光度计 UV-Visible Spectrophotometer UV-Vis 微波等离子体光谱仪 Microwave Inductive Plasma Emission SpectrometerMIP 原子吸收光谱仪 Atomic Absorption Spectroscopy AAS 原子荧光光谱仪 Atomic Fluorescence Spectroscopy AFS 傅里叶变换红外光谱仪 FT-IR Spectrometer FTIR 傅里叶变换拉曼光谱仪 FT-Raman Spectrometer FTIR-Raman 气相色谱仪 Gas Chromatograph GC 高压/效液相色谱仪 High Pressure/Performance Liquid ChromatographyHPLC 离子色谱仪 Ion Chromatograph IC 凝胶渗透色谱仪 Gel Permeation Chromatograph GPC 体积排阻色谱 Size Exclusion Chromatograph SEC X射线荧光光谱仪 X-Ray Fluorescence Spectrometer XRF X射线衍射仪 X-Ray Diffractomer XRD 同位素X荧光光谱仪 Isotope X-Ray Fluorescence Spectrometer 电子能谱仪 Electron Energy Disperse Spectroscopy 能谱仪 Energy Disperse Spectroscopy EDS 质谱仪 Mass Spectrometer MS 核磁共振波谱仪 Nuclear Magnetic Resonance Spectrometer NMR 电子顺磁共振波谱仪 Electron Paramagnetic Resonance Spectrometer ESR 极谱仪 Polarograph 伏安仪 Voltammerter 自动滴定仪 Automatic Titrator 电导仪 Conductivity Meter pH计 pH Meter 水质分析仪 Water Test Kits 电泳仪 Electrophoresis System 表面科学 Surface Science 电子显微镜 Electro Microscopy 光学显微镜 Optical Microscopy 金相显微镜 Metallurgical Microscopy 扫描探针显微镜 Scanning Probe Microscopy 表面分析仪 Surface Analyzer 无损检测仪 Instrument for Nondestructive Testing 物性分析 Physical Property Analysis 热分析仪 Thermal Analyzer 粘度计 Viscometer 流变仪 Rheometer 粒度分析仪 Particle Size Analyzer 热物理性能测定仪 Thermal Physical Property Tester 电性能测定仪 Electrical Property Tester 光学性能测定仪 Optical Property Tester 机械性能测定仪 Mechanical Property Tester 燃烧性能测定仪 Combustion Property Tester 老化性能测定仪 Aging Property Tester 生物技术分析 Biochemical analysis PCR仪 Instrument for Polymerase Chain Reaction PCR DNA及蛋白质的测序和合成仪 Sequencers and Synthesizers for DNA and Protein 传感器 Sensors 其他 Other/Miscellaneous 流动分析与过程分析 Flow Analytical and Process Analytical Chemistry 气体分析 Gas Analysis 基本物理量测定 Basic Physics 样品处理 Sample Handling 金属/材料元素分析仪 Metal/material elemental analysis 环境成分分析仪 CHN Analysis 发酵罐 Fermenter 生物反应器 Bio-reactor 摇床 Shaker 离心机 Centrifuge 超声破碎仪 Ultrasonic Cell Disruptor 超低温冰箱 Ultra-low Temperature Freezer 恒温循环泵 Constant Temperature Circulator 超滤器 Ultrahigh Purity Filter 冻干机 Freeze Drying Equipment 部分收集器 Fraction Collector 氨基酸测序仪 Protein Sequencer 氨基酸组成分析仪 Amino Acid Analyzer 多肽合成仪 Peptide synthesizer DNA测序仪 DNA Sequencers DNA合成仪 DNA synthesizer 紫外观察灯 Ultraviolet Lamp 分子杂交仪 Hybridization Oven PCR仪 PCR Amplifier 化学发光仪 Chemiluminescence Apparatus 紫外检测仪 Ultraviolet Detector 电泳 Electrophoresis 酶标仪 ELIASA CO2培养箱 CO2 Incubators 倒置显微镜 Inverted Microscope 超净工作台 Bechtop转载请注明出自( 六西格玛品质网 http://www.6sq.net ),本贴地址:http://www.6sq.net/thread-135803-1-1.html
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盘点2010:研究进展—19
肖立志 2010-12-31 15:33
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