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研究员对话实习生
热度 1 SNPs 2011-6-14 09:20
今天我们研究院的暑期实习生来报道,研究员们和他们一一介绍我们的姓名,什么时候开始对科学感兴趣的,我们的职业生涯的起起伏伏,和我们现在正在做的事情。一共有三十几个实习生,是从几百上千个申请者(大学本科和高中生)中挑选出来的。这么好的研究环境,而且还给工资,当然要比其它暑期打工机会好了。我们实验室就有一百多个学生申请,最后只选一个! 在给学生们介绍的时候,我们的院长, Dr. Richard Myers (原斯坦福大学遗传系主任,人类基因组中心主任,他们的团队完成了六个染色体,10%基因组的测序工作)给学生们介绍说:“我是到了大学三年级才开始对科学感兴趣的。我生长在一个小镇,父亲是药店老板,母亲是护士。没有人跟我讲过科学家是干什么的。印象中的科学家就是电影中锁在古堡顶楼的怪人。直到我进了生化实验室,做了实验,才直到科研的乐趣,而乐趣的主要来源就是通过自己的努力能知道别人不知到的现象和事实。”他还说,“二三十年前,科研的兴趣是满足自己的好奇心,可是现在,我们手头有很多强大的工具,科研的乐趣已经越来越多地体现在转化医学上了:把科学结果应用到临床。” Greg Cooper 的简短介绍也很有启发,他从小就对生物感兴趣,可是大学学的却是数学。他在读博士的时候才从数学转到生物学,结果刚好赶上生物信息学的兴起,人才奇缺。他劝学生们不要放弃数学,更不要对转专业惧怕。换一个领域通常会碰到更多的机会。 Devin Absher 说他从六岁开始就知道要当科学家。 Shawn 说他本来是想去学医的,可是各种Body fluid让他恶心,远远没有电视电影里面医生工作那么风光,所以就开始了科研生涯。Shawn现在主管研究员测序服务中心,我们的免疫组库测序都是他那里完成的(454测序送出去给一家合作公司做)。 大家给实习生的提议就是趁实习的机会找到自己到底对什么感兴趣,或者对什么东西不感兴趣,同时要把眼光和心胸放开,勇于接受新的事务和新的挑战。 轮到我讲的时候,我说:“在座有些同学是去研究员内的公司实习的。去公司的除了学习一些相关技术以外,还更应该注意书本里面没有的东西。比如研究员们平时要些论文,项目申请,要和科学家们交流,建立合作;而在公司里面可能就要先些专利,商业计划书,要和投资者交流,要去做市场和销售。所以需要的是很不相同的技能。学生物的其实有很多事情可以做,而90%的事可能都是现在的书本上没有的。来研究员实习,就要抓住这个机会离开书本,学些书本里面没有的东西。” 分配到我们实验室的同学,我安排她做免疫组库测序建库自动化的项目,用 iCubate 卡盒来完成细胞分离(Sorting)和核酸提取。一个月后,每个实习生还要做墙报并做汇报演讲。 教育 是我们研究院三个基本职能之一(科研,产业化,教育)。由Neil Lamb教授带领的团队在提高阿拉巴马州各个学年学生生物科学教育方面做得非常出色( 请参考这篇博文 )。这个实习生计划也是他得团队组织的,不过我们所有研究员都非常热心教育,这样的机会都很珍惜。
个人分类: 教己育人|17285 次阅读|1 个评论
DNA是否能有其他功能
热度 2 孙学军 2011-5-29 12:02
DNA 离开染色体会怎么样? 几乎细胞内的所有类型的分子都具有信号调节作用。蛋白就不用多说了,胰岛素是激素的典型代表,细胞内的各类蛋白激酶是信号传导最重要的成员,属于蛋白质。各种细胞因子和转录因子是蛋白质和肽,更不要说众多神经肽。脂质的信号也许多,这方面是前列腺素为典型代表的炎症介质。小分子以几种气体为典型,一氧化碳、一氧化氮和硫化氢为代表。各类离子、各类自由基或活性氧。最近发现小 RNA 在细胞内强大的信号作用。物理化学信号,光线、声音、空间位置和震动、摩擦、温度、压迫等等,信号的类型太多了,甚至可以说,存在于细胞内外环境的所有信息都有可能参与细胞功能的调节,都可能属于信号。 染色体中的 DNA 是负责基因信息储存的,是一种具有高度特定职能的信息分子。沃森克里克因为提出 DNA 是遗传物质和双螺旋结构而获得诺贝尔医学生理学奖。 DNA 可以说是家喻户晓的明星分子了。 上述背景下,我思考的问题是,既然细胞内所有的分子都可以是信号分子,小 RNA 是重要的信号分子,那么小 DNA 是否也是一种信号分子。什么时候有小 DNA ?我不清楚正常细胞内会不会出现小 DNA 。但在被病毒感染的细胞内肯定可以出现 DNA 。这种 DNA 是否具有信号作用,肯定可以有。有一些人,例如一些自身免疫性疾病患者身体内, DNA 是可以作为一种抗原被免疫细胞识别,这显然就是一种信号现象,被免疫细胞识别意味着可以被其他细胞识别,被识别就是被信号。在组织细胞受到伤害的时候,细胞核内释放出自身的 DNA 片断,这些小片断会不会对自身或其他细胞产生信号影响,会不会成为身体的致病因子。组蛋白可以作为一种促进炎症发生的因素,那么 DNA 片断也有可能具备类似的性质。我认为这种可能是非常大的,甚至也许是非常重要的。 如果能证明这个现象,应该可以发表在 CNS 上没有问题。简单的方法是将一些细胞的 DNA 进行纯化和切割,然后注射到动物身体内,看是否能产生一些影响。如果有,那么就可以确定这种影响的细节,也就可以确定这种现象。
个人分类: 科研思路分享|4223 次阅读|0 个评论
水稻籼粳间多态性基因
热度 1 bioysy 2011-5-28 17:58
这是我的SQL数据库里弄出的一点东西,对开发分子标记可能有用.籼稻品种为9311,粳稻品种为日本晴.数据原始来源为tigr version 5,也就是说基因所在染色体位置应该按这个版本.这和上篇博文SSR标记的序列版本是 不 一样的. bioysy水稻基因组多态性基因.rar 不过,如果把上面表中SSR标记的在tigr v5中的物理位置弄出来就可以整合在一起了.
个人分类: 资料|3345 次阅读|2 个评论
人类基因组中有什么?
热度 1 DNAgene 2011-5-5 10:15
人的生长发育甚至很多疾病和行为是由遗传物质决定的。有关科学家曾经想,把人类基因组中的序列全部测一遍,就可以知道基因组中有什么,就可以揭示人类生长发育、疾病、行为等多方面的分子机理。很多科学家付出了多年的努力,人类基因组测完了,哪一条染色体上什么位置是什么碱基知道了。 但我们仍然不知道大多数碱基序列是干什么的,有什么用。于是,又一个大型项目产生了,the Encyclopedia of DNA Elements(ENCODE)。这个项目的目标是为人类基因组建立一个百科全书,你想知道哪一段有什么用,直接查询就行了。最近ENCODE在PLoS Biology上发表了这本百科全书的使用说明," A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) "。很惭愧,作为相关研究的教师,我竟然没注意到这篇论文。今天 的Nature为该文做了一个广告,HIGHLIGHTS了一下, Genomics: A guided tour of the genome 。其中举了一例“ENCODE data helped to clarify how a DNA region upstream of a cancer-promoting gene called c- Myc regulates the gene: by attracting and binding proteins that enhance its expression.” 这篇文章值得一读。对相关研究的科研人员和研究生,应该属于必读材料。 人类基因组测序的总结论文见“ 人类基因组测序的意义--重要文献推荐 ”。
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[转载]李振声等四位国家最高科技奖得主小行星命名仪式在京举行
热度 1 mengxb 2011-5-4 08:02
李振声,中国科学院院士,著名小麦育种专家,中国小麦与偃麦草远缘杂交创始人,中国小麦染色体工程育种的创建者。国际小行星中心2010年9月23日发布公报,将第90825号小行星永久命名为“李振声星”。
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遗传病有什么特点?
热度 9 qpzeng 2011-4-12 22:48
遗传病有什么特点?
顾名思义, 遗传病就是父母遗传给子女的疾病。既然是遗传,就涉及到基因,遗传病简而言之就是基因出现问题导致的疾病。 人类的基因组分布在两个不同的亚细胞空间,一个分布在细胞核内,以染色体(DNA+蛋白质)形式存在;另一个分布在线粒体内,以环状DNA形式存在。如果染色体(大段基因)出现问题(染色体数目异常或染色体结构变异),称为 染色体病 ,包括常染色体病和性染色体病;如果染色体上个别基因出问题(点突变),称为 基因病 ,分为单基因病和多基因病;如果线粒体DNA出问题,称为 线粒体(遗传)病 。 什么是常染色体和性染色体?人类的每个体细胞中都含有46条染色体(2n=46),包括22对常染色体和1对性染色体(男性为XY,女性为XX);性细胞(精、卵)中则有23条染色体(n=23),包括22条常染色体和1条性染色体(精子为Y或X,卵子为X)。 我们每个人的染色体,不论男女,都是一半来自父亲,一半来自母亲。 遗传病仍然是可以诊断但基本上不能治疗或难以治疗的疾病。 虽然基因治疗展现出良好的应用前景,但目前仍处于临床试验阶段。对孕妇进行产前诊断并杜绝遗传病患儿出生是确保人口健康质量的关键一环。为此,大家都应该了解一点遗传病的基本知识及其发生特点,坚持“婚前检查”和“产前诊断”等优生优育措施! 一、 种类多、发生率不等 。目前报告的遗传病已有上万种之多,其中单基因遗传病就有10210种,虽然每种单基因病的发生率仅为百万分之一至万分之一,但人群中各种单基因病的总发生率却达到3%-5%;多基因遗传病有100余种,发病率都较高,如原发性高血压为6%,使多基因病总发生率高达15%-20%;染色体病也有100余种,如先天愚型(唐氏综合症)等,但发生率较低,仅为0.5%-1%。不过,将以上3类遗传病加起来,遗传病的群体发生率高达20%-25%,100个人中就有20-25个遗传病患者! 二、 显性与隐性 。对于基因病,通常正常基因为显性,异常基因为隐性。因此,如果父母中只有一方的基因异常(隐性基因),而另一方的基因正常(显性基因),那么后代就不是遗传病患者,但却是遗传病携带者。这就是说,只要不是近亲结婚,两个相同隐性基因碰到一起的机会少之又少。因此, 基因型不等于表现型,关键看基因是否显性,而显性的本质就是能编码有功能的蛋白质或酶。 三、 伴性遗传 。有些基因异常发生在性染色体上,如血友病(出血后不能凝血)、红绿色盲(分不清红色和绿色)等都是X染色体上的基因缺陷。由于女性的性染色体组成是XX,通常情况只有一条X染色体携带血友病基因,而另一条X染色体携带正常基因,因此女性一般都不是血友病、红绿色盲患者,而却是血友病、红绿色盲的携带者。相反,男性的性染色体组成是XY,Y染色体不能补偿X染色体的基因缺陷,只要母亲是血友病或红绿色盲携带者,儿子注定是血友病或红绿色盲患者。 对英国皇家谱系调查发现,血统高贵的维多利亚女王就是一个血友病携带者,在女王生育的后代(子女、孙、曾孙)中,共有12名血友病患者(XbY)或携带者(XBXb),其中7名王子是血友病患者,5名公主是血友病携带者(见下图)。随着皇家公主远嫁他乡,又将血友病带到沙皇俄国及欧洲其他国家的王室,生下更多的血友病王子。 图中红色方块为患有血友病的王子(XbY),红圈为携带血友病的公主(XBXb),黄块(XBY)或黄圈(XBXB)为正常的王子或公主。II10、III7应为血友病携带者。 此外,人的线粒体都来自卵细胞,若母亲患线粒体遗传病,子女必为线粒体遗传病患者,称为母系遗传。 遗传病是人类进化过程中遗留下来的“残渣”,但因为人类特殊的情感和道德观念,不可能遗弃患有遗传病的后代,同时又由于早期人类的愚昧和无知,允许遗传病患者(不包括遗传病携带者)繁衍后代,造成遗传缺陷基因的广泛扩散。 随着科学技术的发展,现代人完全可以识别并筛查遗传病携带者,更易诊断处于孕期中的遗传病胎儿。只要人们相信科学,积极配合进行产前诊断,就有可能逐步减少遗传病的发生率。
个人分类: 科普集萃|7212 次阅读|22 个评论
文献导读----不同哺乳动物x染色体失活是不同的
zhangjinami 2011-4-7 20:06
nature09872-s1.pdf 作者;来自法国的 发表在nature 题目:Eutherian mammals use diverse strategies to initiate X-chromosome inactivation during development 背景:哺乳动物,雄性具有一条X染色体,雌性具有2条X染色体,因此雌性有一条染色体是失活的。目前关于哺乳动物x染色体失活的知识主要来源于小鼠的研究,其他哺乳动物是否具有和小鼠完全相同的x染色体失活方式不得而知 ,本研究对人、小鼠、兔子X染色体的失活进行了比较研究,发现了它们之间的差异。 研究内容:首先X染色体失活牵涉到几个基本的内容:第一个是失活基因是否与印记基因有关;第二个是X染色体的失活随胚胎发育时期的动态变化问题;第三个是雌性和雄性X染色体是否有差别。 一 小鼠 1 小鼠x染色体的失活是与印记基因有关的,xist是印记基因。 2 首先在胚胎发育开始复方来源的x染色体是失活的,随后在囊胚期的内胚层细胞x染色体重新激活,在外胚层x染色体失活变为随机发生。 zygote 2-cell:母方来源的不表达xist,父方来源的表达xist 4-cell:父方表达的xist增加 8-cell:父方x染色体xist在全染色体范围表达 morula:父方来源的染色体表达减少,母方来源的也开始表达xist early blastocyst:同上 late blastocyst:同上 二 兔子 zygote 2-cell 4-cell:x连锁的基因表达,而xist还没开始表达 8-cell:雄性x染色体xist有表达,雌性的也有,x连锁的基因表达,同时量比较少 morula:量增加 early blastocyst:父方来源的和母方来源的x染色体都表达xist。 late blastocyst:父方来源的x染色体不表达xist,与x连锁的基因表达;母方来源的x染色体表达xist,x连锁的基因不表达,这恰好与小鼠的研究结果相反 三 人 zygote 2-cell 4-cel 8-cell:雄性x染色体xist有表达,雌性的没有 morula:两条x染色体都表达xist,但是量不大 early blastocyst:同late blastocyst late blastocyst:两条x染色体都表达xist,同时与x连锁的基因也都表达。 到发育到囊胚期时最终在外胚层人和小鼠的X染色体的失活变为随机的,而在兔子中是母方来源的x失活 方法:1 获得不同时期的胚胎 2 原位杂交实验 fish 3 免疫荧光显微镜观察 总结:不同动物x染色体失活在时间上和调控机制上是有很大差别的,这与进化过程中生物发育的相适应,也向我们透露出,模式生物研究所得到的生物学知识与真实的人体还是有一定的差别的,有时候甚至完全不一样。现在很多已经研究的问题看似很明了的,如果换一种模式生物进行研究也许会有不同的结论,另外在重编程过程中X染色体的失活机制也许也值得研究一下。 总评:法国佬写的文章逻辑不够清晰,写的英语文章很难懂。
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科技新闻媒体关注指数排行榜(2011-03-11至2011-03-20)
kejidaobao 2011-3-28 10:58
日本大地震使地球的地轴移动25cm 3月11日,日本东北部海岸遭遇里氏9.0级大地震。本次地震释放的能量惊人,使地球的地轴移动了25cm,且改变了地球的旋转速度,导致日长发生变化。 中国将建立统一人体器官移植库 11日,中国红十字会常务副会长王伟表示,《人体器官移植条例》草案修改稿已提交国务院法制办公室。中国将建立统一的人体器官移植库,人体器官捐受信息不对称、缺乏统一的调配等问题将得到解决。 制成迄今最清晰月球背面图 16日,美国亚利桑那州立大学的一个科研组,把美国宇航局的月球勘测轨道飞行器(LRO)在2009年11月至2011年2月间拍摄的1.5万多张广角相机(WAC)照片拼接在一起,获得了迄今为止细节最好的月球背面图片。 有抑郁症倾向的父亲更易体罚孩子 14日,美国研究人员的一项调查显示,有抑郁症倾向的父亲更易体罚孩子,比例比正常父亲高大约2倍。这项调查涉及1746名孩子满1周岁的父亲,他们或与孩子住在一起或大部分时间生活在一起。 发现1例人类染色体异常核型 14日,广西梧州桂东人民医院王晓刚、梁太英等发现1例染色体异常核型,经检索文献及中国医学遗传学国家重点实验室鉴定,确认此例异常核型为国内外医学界首次发现。 Science杂志聚焦中国转基因争论 18日,美国 Science杂志在题为“激进分子向转基因作物及科学家发难”报道中,聚焦了中国转基因研究及科学家陷入的舆论争论。该文指出,中国对转基因水稻的审查比其他任何国家都要严。 “丝川”小行星微粒具有与地球陨石类似特征 16日,日本宇宙航空研究开发机构研究人员在第42届月球与行星科学大会宣布,确认日本“隼鸟”号小行星探测器从“丝川”小行星带回的岩石微粒与落在地球的一些陨石具有类似特征。 锁定“蜱咬病”元凶 17日,中国疾控中心确定1种新型布尼亚病毒是近2年来在中国部分地区相继发现的“蜱咬病”的元凶。这是国际上首次发现这种布尼亚科病毒,该病毒被命名为发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV),简称新布尼亚病毒。 拟用激光清理太空垃圾 16日,美国宇航局正考虑用激光将地球周围的太空垃圾推离轨道,预防它们撞击人造卫星和空间站。这可以避免所谓的“凯斯勒综合症”,即在近地太空飞行的垃圾过多,飞出地球太危险,导致人类被困在地球上。 聚变反应实验条件模拟成功 16日,美国国家点火装置(NIF)项目的科学家攻克了点火装置中2个关键难题:如太阳般的极端高温、均匀并使标靶不会失形的压力,演示了在激光驱动下产生核聚变所需的条件。目前商业核电站是用核裂变来发电,核聚变迄今还无法用于大规模商业核电站中。 (责任编辑 高靖云(实习生),陈广仁)
个人分类: 栏目:科技新闻排行榜|2532 次阅读|0 个评论
[转载]PCR的问题
wangke321 2011-3-11 21:32
PCR产物的电泳检测时间 一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。 假阴性,不出现扩增条带 PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模 板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处 理,模板核酸提取过程出了毛病,因而要配制有效而稳定的消化处理液,其程序亦应 固定不宜随意更改。 酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而 导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。 引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不 理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度 高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好的引物合成单 位。②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有 引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条 带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高,一条 亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融 或长期放冰箱冷藏部分,导致引物变质降解失效。④引物设计不合理,如引物长度不 够,引物之间形成二聚体等。 Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特 异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。 反应体积的改变:通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul。或100ul,应用多 大体积进行PCR扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。 物理原因:变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出 现假阴性;退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影 响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。有时还有必要用标准的温度计,检测一下 扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR失败的原因之一。 靶序列变异:如靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某 段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。 假阳性 出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增 时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳 性。需重新设计引物。 靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交 叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:①操作时应小心轻柔,防止 将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。②除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或 器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。③必要时,在加标本 前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污 染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩 增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。 出现非特异性扩增带 PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:①必要时重新设计引 物。②减低酶量或调换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。 出现片状拖带或涂抹带 PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量 差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。其对策有:①减少酶量,或调换另一来源的酶。②减少dNTP的浓度。③适当降低Mg2+浓 度。④增加模板量,减少循环次数。 克隆PCR产物的最优条件是什么? 最佳插入片段:载体比需实验确定。1:1(插入片段:载体)常为最佳比,摩尔数比1:8或8:1也行。应测定比值范围。连接用5ul 2X连接液, 50ng质粒DNA,1Weiss单位的T4连接酶,插入片段共10ul。室温保温1小时,或4oC过夜。在这2种温度下,缺T-凸出端的载体会自连,产生蓝斑。室温保温1小时能满足大多数克隆要求,为提高连接效率,需4oC过夜。 PCR产物是否需要用凝胶纯化? 如凝胶分析扩增产物只有一条带,不需要用凝胶纯化。如可见其他杂带,可能是积累了大量引物的二聚体。少量的引物二聚体的摩尔数也很高,这会产生高比例的带有引物二聚体的克隆,而非目的插入片段。为此需在克隆前做凝胶纯化。 如果没有回收到目的片段,还需要作什么对照实验? A)涂布未转化的感受态细胞。如有菌落,表明氨苄失效,或污染上带有氨苄抗型的质粒,或产生氨苄抗型的菌落。 B)转化完整质粒,计算菌落生长数,测定转化效率。例如,将1ug/ul质粒1:100稀释,1ul用于100ul感受态细胞转化。用SOC稀释到1000ul后,用100ul铺板。培养过夜,产生1000个菌落。转化率为: 产生菌落的总数/铺板DNA的总量。铺板DNA的总量是转化反应所用的量除以稀释倍数。具体而言转化用10ng DNA,用SOC稀释到1000u后含10 ng DNA,用1/10铺板,共用1 ng DNA。转化率为:1000克隆X10(3次方) ng /铺板1 ng DNA ug=10(6次方)cfu/ ug转化pGEM-T应用10(8次方)cfu/ ug感受态细胞如没有菌落或少有菌落,感受态细胞的转化率太低。 C)如用pGEM-T正对照,或PCR产物,产生20-40蓝斑(用指定步骤10(8次方)cfu/ ug感受态细胞),表明载体失去T。可能是连接酶污染了核酸酶。T4 DNA连接酶(M1801,M1804,M1794)质量标准好无核酸酶污染,不应用其它来源的T4 DNA连接酶替换。 D)用pGEM-T或pGEM-T Easy载体,连接pGEM-T正对照,转化高频率感受态细胞(10(8次方)cfu/ug),按照指定的实验步骤,可得100个菌落,其中60%应为白斑,如产生20-40蓝斑, 没有菌落或少有菌落,连接有问题。 对照实验结果好,却没有回收到目的片段,实验出了什么问题? A)连接用室温保温1小时,能满足大多数克隆,为提高效率,需4oC过夜。 B)插入片段带有污染,使3`-T缺失,或抑制连接,抑制转化。为此,将插入片段和pGEM-T正对照混合,再连接。如降低了对照的菌落数,插入片段需纯化,或重新制备。如产生大量的蓝斑,插入片段污染有核酸酶,使pGEM-T或pGEM-T Easy载体3`-T缺失。 C)插入片段不适于连接。用凝胶纯化的插入片段,因受UV过度照射,时有发生。UV过度照射会产生嘧啶二聚体,不利于连接,DNA必需重新纯化。 D)带有修复功能的耐热DNA聚合酶的扩增产物末端无A,后者是pGEM-T或pGEM-T Easy载体克隆所需。加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在末端加A。详情查pGEM-T pGEM-T Easy载体技术资料(TM042)。 E)高度重复序列可能会不稳定,在扩增中产生缺失和重排,如发现插入片段高频率地产生缺失和重排,需用重组缺陷大肠杆菌菌株,如SURE细胞
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[转载]PCR的问题
wangke321 2011-3-11 20:45
PCR产物的电泳检测时间 一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。 假阴性,不出现扩增条带 PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。 模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。⑤模 板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处 理,模板核酸提取过程出了毛病,因而要配制有效而稳定的消化处理液,其程序亦应 固定不宜随意更改。 酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而 导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。 引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不 理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度 高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好的引物合成单 位。②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有 引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条 带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决。如一条引物亮度高,一条 亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度。③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融 或长期放冰箱冷藏部分,导致引物变质降解失效。④引物设计不合理,如引物长度不 够,引物之间形成二聚体等。 Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特 异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。 反应体积的改变:通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul。或100ul,应用多 大体积进行PCR扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败。 物理原因:变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出 现假阴性;退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影 响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。有时还有必要用标准的温度计,检测一下 扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR失败的原因之一。 靶序列变异:如靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某 段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。 假阳性 出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。 引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增 时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳 性。需重新设计引物。 靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交 叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:①操作时应小心轻柔,防止 将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。②除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或 器材均应高压消毒。所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。③必要时,在加标本 前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污 染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩 增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。 出现非特异性扩增带 PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:①必要时重新设计引 物。②减低酶量或调换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。 出现片状拖带或涂抹带 PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量 差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。其对策有:①减少酶量,或调换另一来源的酶。②减少dNTP的浓度。③适当降低Mg2+浓 度。④增加模板量,减少循环次数。 克隆PCR产物的最优条件是什么? 最佳插入片段:载体比需实验确定。1:1(插入片段:载体)常为最佳比,摩尔数比1:8或8:1也行。应测定比值范围。连接用5ul 2X连接液, 50ng质粒DNA,1Weiss单位的T4连接酶,插入片段共10ul。室温保温1小时,或4oC过夜。在这2种温度下,缺T-凸出端的载体会自连,产生蓝斑。室温保温1小时能满足大多数克隆要求,为提高连接效率,需4oC过夜。 PCR产物是否需要用凝胶纯化? 如凝胶分析扩增产物只有一条带,不需要用凝胶纯化。如可见其他杂带,可能是积累了大量引物的二聚体。少量的引物二聚体的摩尔数也很高,这会产生高比例的带有引物二聚体的克隆,而非目的插入片段。为此需在克隆前做凝胶纯化。 如果没有回收到目的片段,还需要作什么对照实验? A)涂布未转化的感受态细胞。如有菌落,表明氨苄失效,或污染上带有氨苄抗型的质粒,或产生氨苄抗型的菌落。 B)转化完整质粒,计算菌落生长数,测定转化效率。例如,将1ug/ul质粒1:100稀释,1ul用于100ul感受态细胞转化。用SOC稀释到1000ul后,用100ul铺板。培养过夜,产生1000个菌落。转化率为: 产生菌落的总数/铺板DNA的总量。铺板DNA的总量是转化反应所用的量除以稀释倍数。具体而言转化用10ng DNA,用SOC稀释到1000u后含10 ng DNA,用1/10铺板,共用1 ng DNA。转化率为:1000克隆X10(3次方) ng /铺板1 ng DNA ug=10(6次方)cfu/ ug转化pGEM-T应用10(8次方)cfu/ ug感受态细胞如没有菌落或少有菌落,感受态细胞的转化率太低。 C)如用pGEM-T正对照,或PCR产物,产生20-40蓝斑(用指定步骤10(8次方)cfu/ ug感受态细胞),表明载体失去T。可能是连接酶污染了核酸酶。T4 DNA连接酶(M1801,M1804,M1794)质量标准好无核酸酶污染,不应用其它来源的T4 DNA连接酶替换。 D)用pGEM-T或pGEM-T Easy载体,连接pGEM-T正对照,转化高频率感受态细胞(10(8次方)cfu/ug),按照指定的实验步骤,可得100个菌落,其中60%应为白斑,如产生20-40蓝斑, 没有菌落或少有菌落,连接有问题。 对照实验结果好,却没有回收到目的片段,实验出了什么问题? A)连接用室温保温1小时,能满足大多数克隆,为提高效率,需4oC过夜。 B)插入片段带有污染,使3`-T缺失,或抑制连接,抑制转化。为此,将插入片段和pGEM-T正对照混合,再连接。如降低了对照的菌落数,插入片段需纯化,或重新制备。如产生大量的蓝斑,插入片段污染有核酸酶,使pGEM-T或pGEM-T Easy载体3`-T缺失。 C)插入片段不适于连接。用凝胶纯化的插入片段,因受UV过度照射,时有发生。UV过度照射会产生嘧啶二聚体,不利于连接,DNA必需重新纯化。 D)带有修复功能的耐热DNA聚合酶的扩增产物末端无A,后者是pGEM-T或pGEM-T Easy载体克隆所需。加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在末端加A。详情查pGEM-T pGEM-T Easy载体技术资料(TM042)。 E)高度重复序列可能会不稳定,在扩增中产生缺失和重排,如发现插入片段高频率地产生缺失和重排,需用重组缺陷大肠杆菌菌株,如SURE细胞
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[转载]基因歧视即基因霸权
sheep021 2011-3-9 13:00
发布时间: 2010-08-13 | 作者:陈雍君 http://www.stdaily.com 2010年08月13日 来源: 科技日报 作者: 陈雍君   近日,解放军军事医学科学院宣布,在人类染色体中发现了一个容易导致肝癌的易感基因区域。专家表示,这一重大发现对于深入解析肝癌的发病机制,预防和治疗肝癌都大有裨益。笔者在看到这则消息时,却不得不为最近正在蔓延的“基因歧视”又捏一把汗。   “基因歧视”,即在基因检测技术和人类遗传倾向预测能力不断提高的情况下,对携带某种“不利基因”或“缺陷基因”的人们在就业、升学、婚姻等社会活动中采取的歧视对待。在中国这还是个新鲜词,但在国外“基因歧视”屡有发生。2002年,得克萨斯州一家铁路公司就因“基因歧视”问题赔偿员工220万美元。这个伴随着科技进步的歧视种类一旦出现就很难消除,因为它始终披着理智的外衣,打着科学的旗号,却行着践踏人权的实质。   在此之前,“中国基因歧视第一案”已经进入二审阶段,三名考生因为携带“地贫基因”被拒绝录用为公务员。而“地贫基因”携带者平时生活工作与常人无异,终生不会发病。即便如此,“地贫基因”携带者仍受到歧视对待。可想而知,其他一些基因比如“肝癌基因”被检测和公布给招工单位,是否会导致更加坚定的歧视行为?   以基因检测结果对人加以区分,将人分为三六九等,是“基因决定论”的陈词滥调,是一切以基因为准的“基因霸权”。遗传学原理指出,人体携带的某种基因能否最终表达还受到心理、思想和社会环境等诸多因素的影响。即便基因完全相同的同卵孪生人,也会在现实生活中形成完全不同的个性。仅仅凭借基因检测的结果来判定一个人的优劣甚至未来,将“优质基因”和“缺陷基因”人为地进行筛选和过滤,这和当年纳粹施行的“血统净化工程”有多大区别?如果企业凭基因录取、学校凭基因分班、夫妻凭基因选配,直至飞机凭基因乘坐、饭店凭基因上菜、酒店凭基因入住的时候,那么个人奋斗、责任、荣誉、权利和义务、还有爱,这些我们人类赖以繁衍到今天的黄金法则还有用没用?   肝癌致病基因的发现,实在是人类在应对恶性疾病的道路上胜利先前迈出的一大步。然而在这个“基因歧视”日渐蔓延的今天却成了令人担忧的一个进步。阿基米德曾说,给我一个支点我可以撬动地球。人类在使用日益昌隆的科学技术作为支点的时候,撬动的应是光明灿烂的未来,而不是人类自身的尊严,乃至生存的秩序。(陈雍君) 本篇文章来源于 科技网|www.stdaily.com 原文链接: http://www.stdaily.com/kjrb/content/2010-08/13/content_218531.htm
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基因组测序十周年评述
xupeiyang 2011-2-12 07:49
2001年2月12日,由6国的科学家共同参与的国际人类基因组公布了人类基因组图谱及初步分析结果。这个被誉为生命科学“登月计划”的研究项目取得重大进展,为人类揭开自身奥秘奠定了坚实的基础。美、英、法、德、日和中国6国先后参加人类基因组对23对染色体DNA大规模测序的国际合作,最终绘制了一张类似化学元素周期表的人类基因组精确图谱。 【科学时报】2010:基因组学推动生命科学大步向前 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2011/2/243802.shtm 《自然》社论关注人类基因组测序 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2011/2/243743.shtm 十年前,有人认为人类基因组工程是人类历史的伟大成就,就如登陆月球和发明车轮一般。不过现在就将基因组测序载入史册还为时过早,我们必须在此基础上取得更大的成绩才能实现基因组测序的真正成功。 人类基因组研究主管《Nature》点评测序发展 http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-2/2011211172539857.htm 本周出版的《Nature》杂志封面是一只点亮的灯,而这盏灯发出光芒的灯丝则是人类基因组的DNA双螺旋结构……,今年是人类基因组草图公布后的第十个年头,来自美国国立卫生研究院人类基因组研究所NHGRI的主管:Eric D. Green等人著文“Charting a course for genomic medicine from base pairs to bedside”,描绘了基因组测序的未来蓝图,也提醒基因组测序还需要更多的成绩才能实现真正的成功。 Best is yet to come Ten years after the human genome was sequenced, its promise is still to be fulfilled. http://www.nature.com/nature/journal/v470/n7333/full/470140a.html 全球专家拟绘癌症基因图谱 http://news.163.com/08/0501/07/4AREF8ES000120GU.html
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[转载]神经细胞免疫组化方法
yypeng6688 2011-1-20 17:49
神经细胞的免疫组织化学技术 一、【实验目的要求】 本实验的目的是,学习神经免疫组织化学与细胞化学技术。通过本实验要求,掌握免疫组织化学与细胞化学技术的基本原理,熟悉基本操作过程与技术关键,了解免疫组织化学与细胞化学技术在神经科学研究中的使用概况。 二、【实验原理】 免疫组织化学是利用免疫学的抗原与抗体可特异结合的原理,和组织化学技术相结合,对组织、细胞特定抗原(或抗体)进行定性、定位和定量研究的技术。 免疫组织化学技术能在细胞、染色体或亚细胞水平,检测原位的抗原分子,是其它任何生物技术难以达到和代替的,它能够在细胞、基因和分子水平同时原位显示基因及其表达产物,形成新的检测系统,为神经生物学、医学等各个领域分子水平的研究与诊断开拓了广阔的前景。 由于抗原与抗体的结合具有很高的特异性,致使本法具有高度的特异性、灵敏性和精确性。凡是能作抗原、半抗原的物质(如蛋白质、多肽、核酸、酶、激素、磷脂、多糖、受体及病原体等)都可用相应的特异性抗体,在组织、细胞内,用免疫组织化学手段检测和研究。在神经科学研究中广泛应用于神经肽、酶、受体等的组织、细胞的定性、定位和定量观测。值得注意的是,抗体只能识别特定的抗原决定簇,而不能识别抗原本身,所得结果并不直接表示神经肽、酶蛋白、受体蛋白等抗原的真实含量,实际上只能反映抗原决定簇(抗原决定簇是由暴露于表面的空间上相邻的3~8个氨基酸组成)的含量。因一个抗原上可有多个抗原决定簇,抗血清中可能含有不同决定簇的抗体,常称为多克隆(polyclonal)抗体。为提高抗体的针对性、特异性、降低交叉反应,可用杂交瘤技术制备单克隆(monoclonal)抗体。 为要显示在组织和细胞进行的抗原-抗体反应、常用标记抗体,进一步用组织化学的方法显示标记物,用显微镜观察标记物。常用的组织化学方法有:①直接法——将标记物直接标记在特异性第一抗体上,直接显示抗原-抗体复合物;②间接法——并不直接标记第一抗体,而是把标记物标记在第二抗体或PAP/ABC复合物上,间接显示抗原;在免疫组织细胞化学中常用的标记物有,荧光素、酶、铁蛋白、生物素、金及放射性核素,目前,光镜免疫组织化学最常用的方法是,①辣根过氧化物酶(horseradish peroxidase,HRP)标记的过氧化物酶抗过氧化物酶法(peroxidase anti-peroxidase method,PAP法),②卵白素(抗生物素)-生物素-过氧化物酶的ABC(avidin-biotin-peroxidase complex)法,③免疫荧光组织化学法。 目前做比较多的是第三种,免疫荧光组织化学。正在做的是第二种,曾经做过第一种。昨天做了一天却没有结果,郁闷之余,不禁很想知道操作过程中,究竟是那一步出了问题? ⒈ PAP法 PAP法是一种间接免疫-酶法,该法是利用PAP复合物作为酶标——特异显色基团、显示被检测物质的组织化学方法,因简化了操作步骤,提高了灵敏度,是目前免疫组织化学染色中常用的方法。 PAP复合物是HRP(辣根过氧化物酶)的抗体和HRP结合而生成的一种复合物,它含有2个抗HRP的IgG分子及3个HRP分子。 PAP法需用三级物质:①特异的第一级抗体(多为兔或小鼠IgG),②第二级抗体——桥抗,是抗第一级抗体(IgG)的抗体(如羊抗兔IgG或驴抗小鼠IgG),作为联接第一级和第三级抗体的桥梁,特称为桥抗,③第三级——PAP复合物。桥抗IgG分子有两个Fab段,一个与第一级抗体结合,另一个与PAP复合物结合,桥抗的两个Fab段是相同的,因此第一抗体及第三级PAP复合物必须来自同一种动物。 最后用HRP的底物(DAB),来显示PAP复合物。 呈色反应:HRP在H2O2存在下,能使底物氧化并生成不溶性棕褐色沉淀物,定位在抗原所在处。 最常用的HRP底物是:①二氨基联苯胺(3,3′-diaminobenzidine,DAB),氧化后的反应产物为稳定的棕色沉淀,DAB是主要的显色剂( DAB致癌作用较强,使用时要小心,不要接触皮肤 );②四甲基联苯胺(3,3′,5,5′-tetrametylbenzidine,TMB),其氧化产物为深蓝色至蓝黑色颗粒;TMB的显色作用比DAB灵敏,且无致癌作用,但TMB的反应产物不稳定,易褪色消失,一般用作HRP示踪法的底物。 实验 一、【常用的实验仪器设备】 恒冷箱切片机,37℃恒温箱,低温冰箱,4℃冰箱,显微镜,彩色图象分析系统,200及20μl可调微量加样器。 二、【主要试剂及其配制】 〔特殊试剂〕 ⒈ 第一级抗体:根据欲测物质的不同,选用该物质制备的相应抗体,如欲显示SP、ENK则选用相应的兔抗SP、兔抗ENK。 ⒉ 第二级抗体:根据第一级抗体的来源选择第二级抗体,如第一级抗体来源于兔,第二级抗体应选用羊抗兔IgG。 ⒊ 兔PAP复合物:必须与第一级抗体来源相同。 所用抗体均需小量分装,低温保存,避免反复冻融。用时以0.01mol/L PBS稀释成工作浓度(最佳实验浓度)——抗体稀释度,可根据各抗体的效价而定。 〔一般试剂〕 ⒈ Millonig’s多聚甲醛固定液(pH 7.4)的配制 A液:多聚甲醛 40 g 双蒸水 400 ml 置于60℃水浴中,滴加10 N NaOH溶液(约10滴),振摇至全部溶解,冷却。 B液:NaH2PO4"2H2O 16.88 g 双蒸水 300 ml C液:NaOH 3.86 g 双蒸水 200 ml 将B液加入C液混合后,加入A液,调pH至7.4,加水至总量1000 ml,4℃贮存备用(此液尽可能新鲜配制)。 ⒉ 0.01mol/L 磷酸盐缓冲液 (PBS,pH7.4) 1) 0.2mol/L 磷酸缓冲液(PB)储备液 A液:Na2HPO4"12H2O 57.30 g 双蒸水 800 ml B液:NaH2PO4"2H2O 6.24 g 双蒸水 200 ml A+B混合,调pH至7.4,即为0.2M PB,备用。 2) 0.01 mol/L PBS 0.2 mol/L PB 100 ml NaCl 17 g 双蒸水加至 2000 ml ⒊ 0.25% Triton X-100液 Triton X-100(加温熔化) 0.75 ml 0.01M PBS(pH7.4)加至 300 ml ⒋ 20%蔗糖缓冲液 蔗糖 20 g 0.1 mol/L PB加至 100 ml 5.显色液(0.05% DAB,0.01% H2O2,0.05 mol/L Tris-HCl缓冲液) 1) 0.5 mol/L Tris-HCl储备液 Tris 6.057 g 双蒸水 50 ml 以1N NaOH调pH至7.6,再加双蒸水至总量100 ml,棕色瓶储存,4℃保存。临用时稀释10倍配成0.05 mol/L Tris-HCl缓冲液。 2) 显色液 DAB 5 mg 0.05 mol/L Tris-HCl缓冲液 10 ml 30% H2O2 3.4μl 共同混匀,立即使用。 四、【操作步骤】 ⒈ 标本的制备 ⑴动物经腹腔注射10%水合氯醛(0.6 ml/200 g)麻醉。 ⑵开胸,剪开左心室,将平口针头插至升主动脉,结扎紧,剪开右心耳。 ⑶先用温的生理盐水200 ml灌注,冲洗血液至液体清亮。 ⑷灌注4%Millonig’s多聚甲醛液400 ml。 ⑸取脑、脊髓或所需标本,削块,置于相同固定液中4℃固定1~2d。 不过我一般不后固定,直接入梯度蔗糖10%-20%-30% ⒉ 切片 ⑴将组织移至20%蔗糖磷酸缓冲液内过夜(40C),待组织下沉后即可切片。 ⑵用0.01 mol/L PBS冲洗后入恒冷箱内冰冻,切片厚度15~20μm。切片收集于0.01 mol/L PBS中,漂洗5 min×2次。 ⒊ 免疫组织化学染色程序 ⑴切片入0.25% Triton X-100溶液中(37℃,30 min)。PBS漂洗(5 min×2次)。 ⑵切片入3%正常牛血清蛋白中(37℃,30 min)。 也就是 封闭,选择与二抗来源相同的血清,封闭非特异性蛋白。 ⑶切片入第一级抗体,37℃保温(3 h),移至4℃冰箱(保湿、48~60 h) ,PBS漂洗(10 min×3次)。 我们一般直接放4度冰箱60-72小时。 ⑷切片移至羊抗兔IgG(1:200)溶液(37℃,45 min)。PBS漂洗(10 min×3次)。 ⑸切片入PAP复合物(1:400)溶液(37℃,45 min)。PBS漂洗(10 min×3次)。 ⑹切片入显色液内室温显色(2~3 min)后,立即漂洗(10 min×3次)。 ⑺贴于洁净载玻片上,室温凉干,逐级酒精脱水、二甲苯透明、树胶封片。 ⒋ 显微镜观察:免疫组织化学阳性免疫反应产物呈深棕色颗粒,沉淀在抗原所在部位。 五、【免疫组织化学对照实验】 为确定免疫反应特异性,必须进行对照实验。 ⒈ 抗体吸收试验:将足量的抗原如SP加入抗SP血清孵育、离心、取上清液作为第一抗体,结果应为阴性。 ⒉ 空白对照:用0.05 mol/L PBS 代替第一抗体,其余步骤不变。 ⒊ 替换试验:用正常血清代替第一抗体,其余步骤不变。结果应为阴性。 六、【注意事项】 1.动物在灌流过程中,必须快速冲洗血液,防止血液凝固而影响固定和背景显色。 2.蔗糖应将组织浸透,必须有足够的时间。 3.各级抗体均须在低温冰箱保存,为避免反复冻融所造成的抗体效价的降低,应将抗体稀释成适当浓度,小量分装。 ⒋ 第一抗体的浓度(效价)是关键。因此,该实验中应设计一系列第一抗体浓度梯度比,从而找出最佳反应浓度。标准是该浓度可使抗原特异且明显染色但背景无染色。 5. 组织切片厚时,第一抗体不易穿入,Triton孵育时间应相应延长。反之,切片薄时,Triton孵育过长,则组织易破损。 ⒍ 为了尽量减少着色背景,最好用牛血清白蛋白来稀释抗体。 7. 切片漂洗必须彻底、干净。PBS漂洗不足,背景含有非特异性染色。PBS漂洗过度,易造成假阴性结果。 8.显色液必须新鲜配制,配后立即使用。显色时间不能超过5 min,否则产生较深的背景,不利于观察,甚至出现假阳性。 9. 由于在外周组织中含有大量的内源性过氧化物酶,故在用外周组织进行研究时需常规使用甲醇-双氧水溶液处理(37℃,45 min),其配制如下: 双蒸水 4.5 ml 30%H2O2 0.5 ml 甲醇 20 ml 10.DAB为强烈的致癌物质,使用时必须小心操作,避免接触皮肤。 ⒉ ABC法 ABC法与PAP法相似,虽也是间接免疫-酶法,但却以ABC复合物反应代替PAP复合物反应。ABC是卵白素(抗生物素)-生物素结合的HRP复合物(avidin-biotinylated horseradish peroxidase complex)的简称。生物素(biotin)是一个小分子维生素,易与很多生物分子交联;生物素可与HRP结合。卵白素(avidin)是一种存在于蛋清中的糖蛋白,其每一个分子上有4个同生物素亲和力极高的结合位点,可与带HRP的生物素结合,进而形成带HRP的ABC复合物。 ABC法选用已结合生物素的抗IgG抗体做桥抗——生物素标记的第二抗体(此第二抗体必须是针对第一抗体种属性的),ABC复合物与桥抗之间是通过生物素结合,故没有种族特异性,适用于任何种类的第一抗体。ABC法比PAP法具有操作时间短,灵敏度更高等优点。 一、【主要试剂】 〔特殊试剂〕 第一抗体及ABC试剂盒 (1)第一级抗体:根据欲测物质的不同,选用该物质制备的相应抗体,如欲显示SP、ENK则选用相应的兔抗SP、兔抗ENK。 (2)ABC试剂盒:包括 A:封闭用羊血清 B:生物素(标记)羊抗兔IgG C:ABC复合物 国内各生物制剂公司均有相应的ABC试剂盒供应,非常方便,有浓缩型和即用型。其浓缩型抗体提供的工作浓度,用时以0.01mol/L PBS稀释;而即用型则在用时直接孵育切片,不必稀释。 〔一般试剂及其配制方法〕 均同PAP法(请参看PAP法) 二、【实验操作步骤的特点】 由于ABC法同PAP法一样,都是间接免疫反应的三步法,其操作步骤均同PAP法,所不同的仅是二抗和ABC复合物。故在操作时仅需用生物素化的羊抗兔IgG代替PAP法步骤中的羊抗兔IgG,并ABC复合物代替步骤中的PAP复合物。另外,由于ABC法灵敏度较PAP更高,各抗体孵育的时间在实际操作过程中可适当缩短,故ABC法是目前更常用的免疫组织化学方法。 ⒊ 免疫荧光法 利用荧光素标记抗体(抗原)作为探针,检查细胞或组织内的相应抗原(抗体),在荧光显微镜下对抗原(带有荧光素的抗体-抗原复合物)进行定位、定性、定量观测。 常用的荧光素有:异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC,在荧光显微镜下呈黄绿色荧光),罗达明(rhodamine,TRITC,在荧光显微镜下呈橙红色荧光)。 用荧光素直接标记第一抗体的方法虽有方法简单、特异性强、需时短的优点,但也有灵敏度低,必须分别标记每一种抗体,且需要量大等缺点,现几乎无人使用。现多将荧光素标记在第二或第三抗体上,作间接显示。间接法比直接法敏感,且只需标记一种抗IgG抗体就可鉴定多种抗原。 【原理】 ¨ 用于免疫荧光的标记物是小分子的荧光素,可标记抗体或抗原; ¨ 荧光素经某种特定波长的光照射激发后,能发射出一种比激发光波波长更长而且能量较低的荧光,籍此可作定位观察或示踪; ¨ 借助于荧光显微镜进行观察。 1、常用的荧光素 ¨ (1) 异硫氰酸荧光素 (Fluorescein Isothiocyanate, FITC) ¨ (2) 四甲基异硫氰酸罗丹明 (Tetramethyl Rhodamine Isothiocyanate, TRITC) ¨ (3) 四乙基罗丹明 (RB200) ¨ (4) 碘化丙啶 (propidium iodide, PI) (1) 异硫氰酸荧光素(FITC) ¨ 易溶于水和乙醇。 ¨ 最大吸收光谱为490~495nm,最大发射光谱为 520~530nm.呈翠绿色荧光,分子量 389.4。 ¨ 在碱性条件下,FITC的异硫氰酸基在水溶液中与Ig的自由氨基形成共价键,成为标记的荧光抗体。一个lgG分子上最多能标记15~20个FITC分子。 (2) 四甲基异硫氰酸罗丹明(TRITC) ¨ 最大吸收光谱550nm,最大发射光谱620nm,呈红色荧光,分子量为444。 ¨ 与蛋白质结合的方式同FITC。 (3) 四乙基罗丹明(RB200) ¨ 不溶于水,易溶于乙醇和丙酮。 ¨ 最大吸收光谱为570nm,最大发射光谱为595~600nm,呈橙红色荧光,分子量为580。 ¨ RB200在五氯化磷(PCl5)作用下转变成磺酰氯(SO2Cl),在碱性条件下,易与蛋白质的赖氨酸e-氨基反应而标记在蛋白分子上。 (4) 碘化丙啶(PI) ¨ 是常用的DNA荧光标记探针,可作为FITC的胞核对比染色。 ¨ PI可嵌入到双链DNA和RNA碱基对中并与之结合,但对碱基无特异性选择。 ¨ 最大吸收光谱是493nm,最大发射光谱是630nm,呈红色荧光。 2、荧光抗体的保存 ¨ 一要防止抗体失活,二要保持荧光素不脱落和不受激发猝灭。 – 一般认为0~4°C可保存1~2年,-20°C可保存3~4年。 – 要小量分装,防止反复冻融。 – 保存前需加防腐剂 (浓度为1:5000~10000的硫柳汞或1:1000~5000叠氮化钠) 。 3、免疫荧光的染色方法 ¨ 免疫荧光染色法常用的有 – 直接法 – 间接法 原理:将荧光素标记在相应的抗体上,直接与相应抗原反应 (用来检测未知抗原)。 直接免疫荧光法的操作步骤 ¨ 标本的处理: – 细胞涂片、细胞爬片浸入冷丙酮或4%的多聚甲醛固定10min,然后用0.0lM PBST (含0.l%TritonX-100 pH 7.4) 漂洗5min × 3/次; – 石蜡切片经脱蜡、梯度酒精脱水后,进行抗原修复,然后用0.01M PBST漂洗5min × 3/次; ¨ 2%BSA或10%BSA37℃湿盒内封闭30min ¨ 抗体染色: – 在标本片上滴加适当稀释的荧光标记抗体(1:8或1:16稀释),放在湿盒中,37℃孵育30min; ¨ 0.0lmol/L PBS(pH 7.4) 漂洗5min × 3/次,不时震荡(洗去多余游离的荧光素标记的抗体)。 ¨ 缓冲甘油封片 – 分析纯无荧光的甘油9份+ pH 9.2,0.2M碳酸盐缓冲液1份配制。 ¨ 镜检:在荧光显微镜下观察。 ¨ 优点:方法简便、特异性高,非特异性荧光染色少。 ¨ 缺点:敏感性偏低;而且每检查一种抗原就需要制备一种荧光抗体。若检测多种抗原需制备多种相应的荧光标记抗体。 直接免疫荧光法的注意事项 ¨ 对荧光标记的抗体的稀释:要保证抗体的蛋白有一定的浓度; ¨ 一般稀释度不应超过1:20,抗体浓度过低,会导致产生的荧光过弱,影响结果的观察。 ¨ 染色温度和时间需要根据各种不同的标本及抗原而变化; – 染色时间:从10 min到数小时,一般30 min; – 染色温度:多采用室温(25℃),高于37℃可加强染色效果,但对不耐热的抗原(如流行性乙型脑炎病毒)可采用0-2℃的低温,延长染色时间。 – 低温染色过夜较37 ℃ 30 min效果好的多。 ¨ 试验时需设置下列对照: – 自发荧光对照(空白对照):标本加0.01mol/L,pH7.4的PBS代替一抗。 – 阳性对照:用已知的阳性标本加荧光标记的特异性抗体。 – 特异性对照(抑制试验):标本加未标记的特异性抗体,再加荧光标记的特异性抗体。 ¨ 若标本自发荧光对照和特异性对照呈无荧光或弱荧光,阳性对照和待检标本呈强荧光,则为特异性阳性染色。 ¨ 一般标本在高压汞灯下照射超过3min,就有荧光减弱现象; ¨ 经荧光染色的标本最好在当天观察,随着时间的延长,荧光强度会逐渐下降。 (2) 间接法又称为荧光抗-抗体法 需要两种抗体参与,即一抗和二抗(荧光素标记)。一抗对标本中的抗原来说起抗体的作用,但对荧光标记的二抗来说又起着抗原作用。 – 可用来检测标本中未知抗原,也可检测血清中未知抗体。 间接免疫荧光法操作步骤 ¨ 标本的处理及非特异染色的封闭同直接法; ¨ 一抗染色: – 加未标记的特异性抗体(通常1:100稀释,用0.01MpH7.4的PBS稀释),37℃作用30min或4℃过夜。 ¨ 0.01M PBST漂洗5min×3次(震荡漂洗); ¨ 加荧光标记的二抗抗体,37℃湿盒避光作用30min。 ¨ 0.01M PBST避光漂洗5min×3次(例如包上锡纸,在摇床上漂洗); ¨ 甘油缓冲液封片 ¨ 镜检 ¨ 优点:敏感性较高,比直接法高10倍左右;制备一种荧光标记抗体,可应用于多种一抗; ¨ 缺点:是参加反应的因子较多,产生非特异性染色的机会增多。 间接免疫荧光法的注意事项 ¨ 荧光染色后一般在1h内完成观察,或于4℃保存4h,时间过长,会使荧光减弱。 ¨ 每次试验时,需设置以下三种对照: – 阳性对照:阳性血清+荧光标记物 – 阴性对照:阴性血清+荧光标记物 – 荧光标记物对照:PBS+荧光标记物 ¨ 标本片需在操作的各个步骤中,始终保持湿润,避免干燥。 ¨ 一抗和二抗应始终保持在标本片上,避免因放置不平使液体流失,从而造成非特异性荧光染色。 神经组织细胞的多重标记技术 一、【基本原理】 脑的构成细胞多样、相互联系广泛且机能复杂,如何能在同一张切片上同时显示在不同机能条件下各种细胞(神经元、胶质细胞等)的形态学特点、所含物质以及各细胞间相互关系等,是神经形态学的一个重要方法问题。本实验室成功地将免疫组织化学染色法、逆(顺)行示踪法和组织化学染色法有机地结合起来,建立了各种多重标记法(二重、三重或四重标记法),较好地解决了上述问题。现以四重标记法作为例子进行介绍。 四重标记可将不同显色的免疫组织化学标记法与神经元逆行示踪法相结合,同时显示神经元或神经胶质细胞内所含蛋白、肽或氨基酸和用组织化学法显示逆行示踪剂在胞浆中的表达。 轴浆运输示踪法是目前应用最广者的束路示踪法。轴浆运输是某些物质通过轴浆流进行运送。从胞体至末梢的运输为顺向运输,反之从末梢至胞体者为逆向运输。常用的轴浆运输示踪剂有辣根过氧化物酶(HRP)、荧光染料(荧光金等)、植物凝集素(麦芽凝集素WGA、菜豆芽凝集素PHA-L)及霍乱霉素(CT)等,它们在胞体或末梢内形成标记物。 免疫组织化学染色是用抗原与抗体能特异性结合的原理,以神经元或神经胶质内所含的蛋白、肽或氨基酸为抗原,用特异性的抗体去识别并与之结合,再用不同的方法使之可视化。常用的有间接荧光法和酶免疫法(ABC法和PAP法)。ABC法是在第一抗体反应后,用已结合生物素的抗IgG抗体(biotinylated IgG)桥接。然后用ABC复合物孵育,使桥抗上的生物素与ABC中卵白素上的空位结合。最后用HRP的底物呈色。在ABC法中,ABC和桥抗的结合是通过生物素的,因此ABC复合物没有种属特异性,可适用于任何种类的第一抗体。但生物素结合的第二抗体必须是针对第一抗体种属的。PAP法与ABC法相似,都是借助桥抗体将酶连接在与抗原结合的第一抗体上,用PAP复合物孵育切片。 下述的四重标记法可分别显示如胶质原纤维酸性蛋白(GFAP,特异性标记星形胶质细胞),Fos蛋白(标记活动状态的细胞核),某种神经递质或调质及其相关的酶(如酪氨酸羟化酶TH)均匀标记在胞浆内;逆行追踪剂在胞浆内的定位。由于用不同的显色方法呈色,加之反应产物定位于不同细胞或细胞的不同部位(核、胞浆),因此在镜下易于分辨。 二、【实验材料】 〔仪器设备〕 ⒈ 组织切片机:冰冻切片机(立、卧式恒冷箱切片机),滑动切片机和二氧化碳制冷切片机,振动切片机。 ⒉ 立体定位仪: ⒊ 微量注射器: ⒋ 实验室基本器材和用具:烧杯,量筒,漏斗,湿盒,晾片盒,蒸馏水瓶,漏斗架,药匙,滤纸,玻璃棒,洗刷瓶,染色缸,染色架,载玻片和盖玻片等。 ⒌ 常用器械和工具:解剖刀,手术剪,眼科镊和剪,有齿及无齿镊子,单、双面刀片,普通剪刀,螺丝刀,老虎钳,扳手等。 〔药品〕 ⒈毒麻药品:巴比妥钠,戊巴比妥,乙醚等。 ⒉常用化学试剂:多聚甲醛,磷酸二氢钾,蔗糖,氯化钠,磷酸二氢钠,氢氧化钠,磷酸氢二钠,盐酸,无水乙醇,二甲苯,丙酮,甲醇,重铬酸钾,葡萄糖,氯化铵,甘油,双氧水等。 〔试剂〕 ⒈ 第一抗体:兔抗Fos蛋白抗血清,鼠抗GFAP抗血清和兔(或鼠)抗TH抗血清等。 ⒉ 第二抗体:羊抗兔,驴抗鼠,抗山羊/绵羊等生物素二抗及荧光抗体(FITC、罗达明等)。 ⒊ 染料:苏木精,伊红,克紫,硫堇,焦油紫,硝酸银等。 ⒋ 常用试剂:牛血清白蛋白,Triton-X-100等。 ⒌呈色剂:二氨基联苯胺(3,3’-diaminobenzidine,DAB),四甲基联苯胺(3,3’,5,5’-tetramethylbenzidine,TMB),葡萄糖氧化酶等。 ⒍ 追踪剂:HRP,WGA,PHA-L等。 〔动物〕 根据实验要求、目的不同选择不同的动物,常用的实验动物为大鼠(SD、Wister)。 三、【实验方法与步骤】 ⒈ 动物与材料制备 ⑴ 用SD成年雄性大鼠,体重180~230克,置于温暖(20℃)安静的环境饲养48h后使用。 ⑵ 用戊巴比妥钠腹腔注射麻醉动物,并固定在定位仪上。 ⑶ 将示踪剂(30% HRP或2%WGA)0.1μl 定位注入大鼠脑内某一核团(杏仁核簇、下丘脑或孤束核等)动物存活48h。 ⑷ 将9%NaCl (5.5ml/kg 体重) 注入尾静脉,2h后,重新深麻动物,用常规方法灌注固定动物并立即取脑。 ⑸ 将脑组织置于含30%蔗糖的PBS液中,40C 保存,待组织沉底。 ⑹ 恒冷箱切片机切片,片厚30μm,收集在冷的0.01 mol/L PBS液中。 ⒉ HRP的组织化学显示—TMB法 ⑴ 切片在蒸馏水中洗2~3次。 ⑵ TMB-钨酸钠反应液中预浸20min,开始加入0.3%H2O2(避光),显示HRP或WGA追踪剂。 ⑶ 结束反应后,用0.1 mol/L PBS洗3~6次,每次2~4min。 ⑷ 在含0.05%DAB、0.02%氯化钴和0.01%H2O2 ( 0.1mol/L PBS 配制, pH7.4)中加强,37℃,10min,反应产物为黑色。 ⒊ 免疫组化染色步骤 ⑴ 0.01 mol/L PBS液中洗涤3次,每次10min。 ⑵ 用0.3%过氧化氢-甲醇室温中处理切片5~30min,封闭内源性过氧化物酶。 ⑶ 充分洗涤后,入0.01 mol/L PBS洗3次,每次10min。 ⑷ 血清白蛋白中孵育30min,减少非特异性反应。 ⑸ 0.3% Triton-X-100中作用20min,增加细胞膜的通透性,用0.01 mol/L PBS洗3次,每次10min。 ⑹ 同时加兔抗Fos蛋白和鼠抗GFAP抗血清,在4℃中孵育48h或室温24h,用0.01 mol/L PBS洗3次,各10min,振洗。 ⑺ 生物素标记的羊抗兔IgG和驴抗鼠IgG (根据公司的说明,选择适宜的稀释度)室温中孵育2h,用0.01 mol/L PBS洗3次,各10min。 ⑻ ABC复合物(根据公司的说明,选择适宜的稀释度)孵育2h,用0.01 mol/L PBS洗3次,各10min。 ⑼ 蒸馏水迅速冲洗3次,进行葡萄糖氧化酶-DAB-硫酸镍胺加强法反应,呈深蓝色。 ⑽ 选取呈色好的切片,漂洗后再加入兔(或鼠)抗TH抗血清,4℃中孵育48h或室温24h,用PBS洗3次,各10min,振洗。 ⑾ 生物素标记的羊抗兔(或驴抗鼠)IgG室温中孵育2h,用PBS洗3次,各10min。 ⑿ ABC复合物孵育2h(室温),PBS洗3次,各10min。 ⒀ 蒸馏水迅速冲洗3次,进行葡萄糖氧化酶-DAB棕色法呈色。 ⒁ 呈色的切片漂洗后裱片、晾干、脱水、透明、封片,光镜下观察并摄像。 ⒋ 对照实验 ⑴ 空白对照:用缓冲液替代第一抗体是最常用的空白对照,染色结果应为阴性。 ⑵ 替代对照:用制备第一抗体相同种属动物的正常血清替代一抗或用二抗相同种属动物的正常血清替代桥抗体,染色结果应为阴性。 ⑶ 自身对照:用同一组织切片与靶抗原无关的其它结构作对照。阳性与阴性结构在同一视野中,相互印证。 ⑷ 阳性对照:同时染色已知靶抗原阳性标本,以排除操作过程失误所致的假阴性。 ⑸ 吸收对照:用几倍甚至10倍于抗体浓度的抗原与抗体溶液混合,后将此液过滤,并用于对切片反应,若结果为阴性,说明抗体是特异性的。 四、【实验结果分析与处理】 (一)对染色结果的分析 一般认为在严格控制染色条件、选择特异性抗体等条件下,所得的阳性结果才有积极意义。而所得结果为阴性时,不一定意味着该物质或抗原不存在,即不能排除实验过程所致的抗原丢失或抗体选择不当等引起的假阴性。结果分析首先从切片质量开始,判断固定是否合适、切片是否平滑、非特异性着色强弱等,再从低倍至高倍顺序观察实验标本,预期阳性部位是否被染色,不该含此类物质的部位是否阴性等。同时应结合对照实验做出正确的判断。 (二)假阳性及其处理 组织成分与各种染色试剂及抗血清之间的非特异结合称为假阳性,其主要原因和处理方法如下: ⒈ 内源性过氧化物酶活性:用80%甲醇(0.01mol/l PBS 缓冲液配置)+ 0.3% H2O2孵育标本15~20min,能抑制此假阳性。 ⒉ 第一抗体不纯:抗体不纯是指抗体含有杂质抗体或血清。其非特异抗体吸附到组织细胞上造成假阳性。去除方法:一是尽可能高的稀释抗体,减低非特异抗体的浓度;二是一抗孵育之后用PBS充分冲洗;三是在加一抗前加正常血清,以封闭非特异结合位点。 ⒊ 第二抗体:将IgG从血清中分离出来,其中同时存在四种成分:一是特异性抗IgG;二是作为抗原的IgG不纯所产生的非特异性抗IgG;三是供体血循环中其它的IgG;四是非IgG蛋白。除特异性抗IgG外,其它成分可以通过与组织结构的特异性交叉反应或通过非特异的疏水键与组织细胞结合,产生非特异性染色。去除方法基本同(2)。 ⒋ 游离醛基:醛类固定的组织切片上,存在游离醛基,它能与蛋白质(含IgG)间非特异性结合,导致假阳性。用白蛋白或封闭性阻断等预先孵育切片,可封闭。 (三)阳性染色的确认与数据采集 阳性染色结果一般应具备以下特征: ⒈ 染色均匀,胞核、胞浆、胞膜、纤维、突起等形态结构完整。 ⒉ 阳性染色产物的特异性分布,有核团或细胞学定位差别。 ⒊ 多重染色的阳性产物可以清晰分辨。如:神经元Fos阳性胞核是深蓝色,TH(或VP)阳性胞浆呈棕色,HRP示踪剂产物是棕色胞浆内的黑色的颗粒状,GFAP阳性胶质细胞呈深蓝色。(见图20-1-1) ⒋ 阳性结果在光镜下观察,根据需要摄像或半定量分析。 五、【注意事项】 ⒈ 选择适当的固定液,掌握恰当的固定时间和方法,最大限度地保持组织的细胞结构和酶的活性。 ⒉ 实验组和对照组要合理配伍和处理。 ⒊ 动物标本或切片尽量使用新鲜的,需长时间保存则存放在-70℃冰箱。 ⒋ 抗体按照说明保存,并选择合适的工作浓度使用,忌反复冻融。 ⒌ 选择适当的孵育时间与温度,切片应充分与抗体接触,防止抗体风干、流失。 ⒍ 切片每次漂洗要彻底,防止交叉反应。 ⒎ 呈色反应过程应随时在镜下观察反应结果并及时终止反应。 ⒏ 第一、二次的呈色不宜过深,以免影响结果的观察。 ⒐ 切片要晾干后再脱水,透明,封片。 本文转自新浪博客博主 开心果 文章
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急性癌症爆炸破坏DNA的研究动态与理论概念知识发现
xupeiyang 2011-1-10 11:06
科学家揭秘急性癌症成因:染色体爆炸破坏DNA http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2011/1/242576.shtm 英国科学家找到了急性癌症的形成原因:细胞内的染色体发生爆炸破坏了DNA,从而让人有可能在短时间内患上癌症。 Why some cancers seems to develop in an instant - cells can explode wreaking havoc in DNA http://www.dailymail.co.uk/health/article-1344740/Why-cancers-develop-instant--cells-explode-wreaking-havoc-DNA.html The mystery of 'instant cancers' - tumours that seem to appear out of nowhere - has been solved by British scientists. In some cases, a single apocalyptic explosion in a cell can cause as much damage to the DNA as decades of hard living. http://arrowsmith.psych.uic.edu/cgi-bin/arrowsmith_uic/edit_b.cgi Start A-Literature C-Literature B-list Filter Literature A-query: instant cancers C-query: DNA damage The B-list contains title words and phrases (terms) that appeared in both the A and the C literature. 6 articles appeared in both literatures and were not included in the process of computing the B-list but can be viewed here . 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dosimetry 65 intraepithelial 66 lymphocytic 67 arrest 68 effect coffee 69 prostatic 70 online 71 fusion 72 mechanism antitumor 73 population based 74 neutron 75 axillary 76 medium term 77 proliferation 78 interleukin-6 level 79 primary liver 80 allogeneic stem cell 81 activator 82 scattering 83 allogeneic 84 heavy 85 endocrine treatment 86 rectal 87 worker 88 nuclear 89 orthotopic http://arrowsmith.psych.uic.edu/cgi-bin/arrowsmith_uic/show_sentences.cgi Start A-Literature C-Literature B-list Filter Literature AB literature B-term BC literature instant cancers small cell lung DNA damage 1: Involvement of calcium in the differential induction of heat shock protein 70 by heat shock protein 90 inhibitors, geldanamycin and radicicol, in human non -small cell lung cancer H460 cells.2006 Add to clipboard 1: Identification of microRNA profiles in docetaxel-resistant human non -small cell lung carcinoma cells (SPC-A1).2010 Add to clipboard 2: The close correlation between 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine and epidermal growth factor receptor activating mutation in non -small cell lung cancer.2010 Add to clipboard 3: Genetic variation in glutathione metabolism and DNA repair genes predicts survival of small-cell lung cancer patients.2010 Add to clipboard 4: Targeting Epidermal Growth Factor Receptor-Associated Signaling Pathways in Non -Small Cell Lung Cancer Cells: Implication in Radiation Response.2010 Add to clipboard 5: Curcumin Induces Apoptosis in Human Non -small Cell Lung Cancer NCI-H460 Cells through ER Stress and Caspase Cascade- and Mitochondria-dependent Pathways.2010 Add to clipboard 6: Hypermethylation of growth Arrest DNA-damage-inducible gene 45 in non -small cell lung cancer and its relationship with clinicopathologic features.2010 Add to clipboard 7: 2010 Add to clipboard 8: Combinations of DNA Methyltransferase and Histone Deacetylase Inhibitors Induce DNA Damage in Small Cell Lung Cancer Cells: Correlation of Resistance with IFN-Stimulated Gene Expression.2010 Add to clipboard 9: NPRL2 Sensitizes Human Non -Small Cell Lung Cancer (NSCLC) Cells to Cisplatin Treatment by Regulating Key Components in the DNA Repair Pathway.2010 Add to clipboard 10: A Phase I Study of Concurrent Chemotherapy (Paclitaxel and Carboplatin) and Thoracic Radiotherapy with Swallowed Manganese Superoxide Dismutase (MnSOD) Plasmid Liposome (PL) Protection in Patients with Locally Advanced Stage III Non -Small Cell Lung Cancer.2010 Add to clipboard 11: The Nitric Oxide Prodrug JS-K is Effective Against Non -small Cell Lung Cancer Cells in vitro and in vivo : Involvement of Reactive Oxygen Species.2010 Add to clipboard 12: No evidence of an association of ERCC1 and ERCC2 polymorphisms with clinical outcomes of platinum-based chemotherapies in non -small cell lung cancer: A meta-analysis.2010 Add to clipboard 13: Effect of Ganoderma on drug-sensitive and multidrug-resistant small-cell lung carcinoma cells.2009 Add to clipboard 14: Sensitization to gamma-irradiation-induced cell cycle arrest and apoptosis by the histone deacetylase inhibitor trichostatin A in non -small cell lung cancer (NSCLC) cells.2009 Add to clipboard 15: XPG mRNA expression levels modulate prognosis in resected non -small-cell lung cancer in conjunction with BRCA1 and ERCC1 expression.2009 Add to clipboard 16: Epigenetic inactivation of checkpoint kinase 2 gene in non -small cell lung cancer and its relationship with clinicopathological features.2009 Add to clipboard 17: Single nucleotide polymorphism at rs1982073:T869C of the TGFbeta 1 gene is associated with the risk of radiation pneumonitis in patients with non -small-cell lung cancer treated with definitive radiotherapy.2009 Add to clipboard 18: Expression of an X-family DNA polymerase, pol lambda, in the respiratory epithelium of non -small cell lung cancer patients with habitual smoking.2009 Add to clipboard
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植物中的LD
bioysy 2011-1-5 13:16
自交植物中的LD覆盖范围都比较大,但LD在不同的群体,不同的染色体区域都不一样.下面这篇文章比较特别,自交植物LD 2kb Sela, H., Loutre, C., Keller, B., Schulman, A., Nevo, E., Korol, A., and Fahima, T. Rapid linkage disequilibrium decay in the Lr10 gene in wild emmer wheat (Triticum dicoccoides) populations. TAG Theoretical and Applied Genetics 122, 175-187. Lr10 该研究用的群体较小 58 accessions,标记密度高Lr10 was sequenced 拟南芥LD 10kb Recombination and linkage disequilibrium in Arabidopsis thaliana Recombination and linkage disequilibrium in Arabidopsis thaliana.pdf 水稻LD 1 temperate japonica500kb,tropical japonica 150kb indica 75kb(The Extent of Linkage Disequilibrium in Rice (Oryza sativa L.)) Recombination and linkage disequilibrium in Arabidopsis thaliana.pdf 2 indica 123kb,japonica 167kb(Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces) Genome-wide+association+studies+of+14+ag....pdf 3 20-30cM,Association mapping of yield and its components in rice cultivars Association mapping of yield and its components in rice cultivars.pdf 这个嘛,由于用的比较少,就太粗糙了 为什么要关注这个东西呢?它决定了作图的精度
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交流一下自己做的染色体图片
热度 1 liuhuan0216 2010-8-27 14:51
自己从读书期间所学的分子生物学,现在忽然转到细胞生物学,进入细胞生物学的第一步是培养细胞和染色体核型分析。在做核型分析过程中看着步骤非常简单,但是要做出漂亮的图形,还真是一件非常不容易的事情。我一动手做出来的染色体图片就很是不错,但是再做G显带的时候参照文献上的做法怎么也做不出来,实验室也没有人做过G带,子能靠自己摸索,苦战一个月都没有好的结果。忽然有一天自己将片子放在烘箱里忘拿了出来了,片子被烤了一整个晚上,结果第二天一做,效果还真的很是不错,至少是让自己看得下去了。看来实验有的时候还真是在错误中出来意想不到的结果啊。 现在将自己做的图片拿出来供大家参考,尽情各位点评! 人 猪 羊
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[转载]子女的智商和性格究竟遗传自谁?
chrujun 2010-4-21 23:43
根据国外报道,男孩的智商主要由母亲决定,女孩的智商由父母双方决定。父亲主要决定子女的性格。详情请看下面的报道: Thank Dad for Drive - but Thank Mom for Brains... Success in almost any field depends more on energy and drive than it does on intelligence. This explains why we have so many stupid leaders. - Sloan Wilson New York - Another blow to male self-esteem. Researchers say mothers alone may pass on the genes which determine a child's intellectual power, while fathers impart those genes controlling more instinctual, primitive mental functions. An article in this week's New Scientist magazine says studies in mice are revealing that the mother's genes contribute more to the development of the 'thinking' or 'executive' centres of the brain, while paternal genes have a greater impact on the development of the 'emotional' limbic brain. Ongoing research at England's Cambridge University is exploring what scientists call imprinted genes, and their role in reproduction and evolution. Imprinted genes differ from other genes in that their activation within the developing child depends upon the sex of the parent from which the gene came. Some imprinted genes work only if they come from the mother, the New Scientist article explains. The same gene is silenced if it is inherited via the sperm rather than the egg. Cambridge scientists stumbled upon this fact in 1984, during research that sought to discover if mammals could grow into maturity when supplied with the genes of just one parent. But they found such androgenetic (mouse) embryos died, because certain vital genes had been switched off by the (donor) father. Delving deeper into this phenomenon, researchers realised that certain genes controlling the development of the conscious, higher level of brain function - intelligence - are silenced in the paternal version, but operative in the maternal one. Conversely, genes controlling more primitive limbic function - emotions, and the drives to eat, copulate, and compete - are silenced in the mother's genes, but activated in the father's. In another study, Cambridge researchers examined the brain development of mouse embryos, abnormally weighted with extra amounts of the genes of either one parent or the other. As the embryos matured cells that carried only paternal genes accumulated in clusters scattered throughout the 'emotional' brain - the hypothalamus, the amygdala, New Scientist reports. In embryos with maternally supplied genetic material, cells containing only maternal genes were absent from the emotional brain. Instead, they selectively accumulated in the brain's executive region (the seat of higher, cognitive intelligence). Of course mice and men do differ. It is very important work, and very, very promising, says Wolf Reik, who is studying the imprinting phenomenon at the Babraham Institute, near Cambridge. However, he admits that, at this stage everyone is a little bit lost as to what it really means. But some psychologists are already trumpeting the discoveries as vindication of Freudian theory. Christopher Badcock, author of PsychoDarwinism , believes paternal genes help build Freud's famous id - the instinctual, emotional, unconscious self-while the mother's genes are behind the more rational, conscious ego. During development, maternal and paternal genes compete for control of behaviour, Badcock writes, culminating in a mind divided into two conflicting parts strikingly similar to Freud's ego and id. Whatever the psychological implications, experts believe imprint genes (of which only three or four have been identified so far) may number in the hundreds or thousands. Improperly switched on or off, they could also be the cause of numerous genetically inherited diseases. Researchers say more research may lead to ways of controlling the expression of such genes - and reversing the progress of these conditions. Source: Reuters Friday 26 May 1998 from New Scientist 3 May 1997 pages 34 - 39 If you came directly to this page, you may wish to press the Back button below to read the Nature article Mother and Father in Surprising Genetic Agreement on the previous page as its topic is very similar. For Motherly X Chromosome, Gender Is Only the Beginning by Natalie Angier As May dawns and the mothers among us excitedly anticipate the clever e-cards that we soon will be linking to and the overpriced brunches that we will somehow end up paying for, the following job description may ring a familiar note: Must be exceptionally stable yet ridiculously responsive to the needs of those around you; must be willing to trail after your loved ones, cleaning up their messes and compensating for their deficiencies and selfishness; must work twice as hard as everybody else; must accept blame for a long list of the worlds illnesses; must have a knack for shaping young minds while in no way neglecting the less glamorous tissues below; must have a high tolerance for babble and repetition; and must agree, when asked, to shut up, fade into the background and pretend you dont exist. As it happens, the above precis refers not only to the noble profession of motherhood to which we all owe our lives and guilt complexes. It is also a decent character sketch of the chromosome that allows a human or any other mammal to become a mother in the first place: the X chromosome. The X chromosome, like its shorter, stubbier but no less conspicuous counterpart, the Y chromosome, is a so-called sex chromosome, a segment of DNA entrusted with the pivotal task of sex determination. A mammalian embryo outfitted with an X and Y chromosomal set buds into a male, while a mammal bearing a pair of X chromosomes emerges from the maternal berth with birthing options of her own. Yet the X chromosome does much more than help specify an animals reproductive plumbing. As scientists who study the chromosome lately have learned, the X is a rich repository of genes vital to brain development and could hold the key to the evolution of our particularly corrugated cortex. Moreover, the X chromosome behaves unlike any of the other chromosomes of the body - unlike little big-man Y, certainly, but also unlike our 22 other pairs of chromosomes, the self-satisfied autosomes that constitute the rest of our genome, of the complete DNA kit packed into every cell that we carry. It is a supple, switchbacking, multitasking gumby doll patch of the genome; and the closer you look, the more Cirque du Soleil it appears. Although the precise details of its chemical structure and performance are only just emerging, the X chromosome has long been renowned among geneticists, who named it X not because of its shape, as is commonly presumed - the non-sex chromosomes also vaguely resemble an X at times during cell division - but because they were baffled by the way it held itself apart from the other chromosomal pairs. They called it X for unknown, said Mark T Ross of the X Chromosome Group at the Wellcome Trust Sanger Institute in Cambridge. (When its much tinier male counterpart was finally detected, researchers simply continued down the alphabet for a name.) Many of the diseases first understood to be hereditary were linked to Xs span, for the paradoxical reason that such conditions showed their face most often in those with just a single X to claim: men. Scientists eventually determined that we inherit two copies of our 23,000 or so genes, one from each parent; and that these genes, these chemical guidelines for how to build and maintain a human, are scattered among the 23 pairs of chromosomes, along with unseemly amounts of apparent chemical babble. Having two copies of every gene proves especially handy when one of those paired genes is defective, at which point the working version of the gene can step in and specify enough of the essential bodybuilding protein that the baby blooms just fine and may never know its DNA is hemi-flawed. And here is where the Ys petite stature looms large. Because it holds a mere 50ish different genes against its counterparts 1,100, the vast majority of X-based genes have no potential pinch-hitter on the Y. A boy who inherits from his mother an X chromosome that enfolds a faulty gene for a bloodclotting factor, say, or for a muscle protein or for a color receptor wont find succor in the chromosomal analogue bestowed by Dad. He will be born with hemophilia, or muscular dystrophy, or color-blindness. But, hey, he will be a boy, for male-making is the task to which the Y chromosome is almost exclusively devoted. In fact, it is to compensate for the monomania of the Y that the X chromosome has become such a mother of a multitasker. Over the 300 million years of evolution, as the Y chromosome has shrugged off more of its generic genetic responsibilities in pursuit of sexual specialization, the X has had to pick up the slack. It, too, has pawned off genes to other chromosomes. But for those genes still in its charge, the X must double their output, to prod each gene to spool out twice the protein of an ordinary gene and thus be the solo equivalent of any twinned genes located on other, nonsexy chromosomes. Ah, but women, who have two X chromosomes, two copies of those 1,100 genes: What of them? With its usual Seussian sense of playfulness, evolution has opted to zeedo the hoofenanny. In a girls cells, you dont see two pleasantly active X chromosomes behaving like two ordinary nonsex chromosomes. You see one hyperactive X chromosome, its genes busily pumping out twice the standard issue of protein, just as in a boys cells; and you see one X chromosome that has been largely though not wholly shut down, said Laura Carrel, a geneticist at Penn State College of Medicine. Through an elaborate process called X inactivation, the chromosome is blanketed with a duct tape of nucleic acid. In some cells of a womans body it may be the chromosome from Dad thats muffled, while in other cells the maternal one stays mum. Every daughter, then, is a walking mosaic of clamorous and quiet chromosomes, of fatherly sermons and maternal advice, while every son has but his mothers voice to guide him. Remember this, fellows: you are all mamas boys. Source: nytimes.com 1 May 2007 IQ Is Inherited, Suggests Twin Study by Alison Motluk Genes have a very strong influence over how certain parts of our brains develop, scientists in the US and Finland have found. And the parts most influenced are those that govern our cognitive ability. In short, you inherit your IQ. Paul Thompson at the University of California at Los Angeles and his colleagues used MRI to scan the brains of 10 pairs of identical and 10 pairs of fraternal twins. Identical twins have identical genes, whereas fraternal twins sharing on average half their genes. The twins shared environments, means researchers can separate genetic and environmental factors. The researchers found that certain regions of the brain were highly heritable. These included language areas, known as Broca's and Wernicke's areas, and the frontal region, which, among other things, plays a huge role in cognition. In identical twins, these areas showed a 95 to 100% correlation between one twin and the other - they were essentially the same. The frontal structure, says Thompson, appears to be as highly influenced by genes as the most highly influenced trait we know of - fingerprints. It's extraordinary how similar they are, he says. The finding suggests that environment - their experiences, what they learned in life, who they knew - played a negligible role in shaping it. Fraternal twins were near-identical in Wernicke's area, but less similar in other areas, with about 60 to 70% correlation. Random pairs of people would be expected to have no correlation. Intellectual function The study was all the more interesting in that it found that not only was this gray matter highly heritable, but it affected overall intelligence as well. We found that differences in frontal gray matter were significantly linked with differences in intellectual function, the authors write. The volunteers each took a battery of tests that examined 17 separate abilities, including verbal and spatial working memory, attention tasks, verbal knowledge, motor speed and visuospatial ability. These tests hone in on what's known as g, the common element measured by IQ tests. People who do well on one of these tests tend to do well on them all, says Thompson. It is not known what exactly g is. But these new findings suggest that g is not just a statistical abstraction, but rather, that it has a biological substrate in the brain, says Robert Plomin, of the Institute of Psychiatry in London. Plomin has spent eight years looking for genes behind g. I'm convinced that there are genes, he says, a lot of them, each with a small effect. Stephen Kosslyn of Harvard University in Boston questions whether g should really be called intelligence. G picks up on abilities such as being able to abstract rules or figure out how to order things according to rules. It's the kind of intelligence you need to do well in school, he says. Not what you need to do well in life. Journal reference: Nature Neuroscience (DOI: 10.1038/nn758) Source: newscientist.com 5 November 2001 Stephen Kosslyn appears to be good at abstracting rules and at figuring out how to order things according to rules. Do you suppose that means he hasn't done well in life? Or is that a faulty syllogism? Can you have a high IQ and also have those characteristics you need to do well in life? This article doesn't address that issue. If you can't have both, then can we safely assume that all wealthy people are stupid? See also: Clones of Nature (in the Science section) - for some interesting facts about (mostly identical) twins... Reunions Set off Sex Urges (in the section on Relationships) - When meeting their lost relative for the first time the respondents all experienced an overwhelming and complicated rush of emotions and an almost irresistible sense of falling in love. They all said they had a need to discover an unusual form of closeness and intimacy with their relative, who had felt the same way. Twins in Black and White (in the section on Oddities) - for information on some unusual pairs of twins... To embark on a series of IQ-type tests, including an eighth-grade exam from Kansas in 1895, history and world affairs questions drawn from The Economist , an IQ test from 1970s England, a 4-question Mensa test from today, a visual test of an area problem, and a brief tongue-in-cheek test of creative thinking, see the Intellectual and Entertaining section. Or have your girlfriend do it. Brain Games (in the animation section) - requires a fast connection and Flash. 100 Facts (in the odds and oddities section) - I'll bet you don't know most of them... Realise that your wife/girlfriend/mistress can be lovely and her brains don't matter (and may even get in the way). But the mother of your children (if you want them to grow up not being a burden on you) should at least know how to spell... Moms' Poor Vocabulary Hurts Kids' Future by Karen S Peterson Mothers should teach letters to their babies, talk out loud to them and read books to them regularly and consistently. This is much less likely to happen when the mother is trapped on the bottom rungs of the socioeconomic ladder. - Study co-author George Farkas If a child comes from an economically deprived home with a mom who has a poor vocabulary, by the age of 3 his fate just may be sealed: he will possibly never catch up in school and have lifelong struggles with learning, a new study shows. Those children in our society who grow up in poverty or near poverty are adversely affected by their mother's own vocabulary deficit during their earliest years, when they are learning to speak at home, says George Farkas, a Penn State sociologist and co-author of the study. The vocabulary gap suffered by children emerges at the earliest ages in both disadvantaged black and white homes, he says, and becomes dramatic by 36 months, Farkas says. The problem lessens once a child is in school and comes in contact with verbal teachers and others. By the time the child is 6 and enters first grade, the vocabulary gap doesn't widen any further, Farkas says. After starting school, there is an upward-looking growth curve for the disadvantaged kids that remains parallel with those from more middle-class homes. But his research shows the economically deprived children never truly recover from the damage done in the early, preschool years. Typically, such youngsters don't read as quickly or as well. The first-grade teacher usually is told to get students reading by Christmas, Farkas says. If students come from low-income backgrounds, with a limited vocabulary and often non-standard English grammar and pronunciation, they are in a big predicament. Not only must Mom be reasonably verbal, Farkas finds, but she must instruct in a sufficiently warm and attractive manner so that the lesson takes. It is, he says, necessary for mothers to teach letters to their babies, talk out loud to them and read books to them regularly and consistently. This is much less likely to happen when the mother is trapped on the bottom rungs of the socioeconomic ladder and is consumed by financial and emotional pressures or stresses. Farkas analysed a variety of findings from the National Longitudinal Survey of Youth Data, which is funded in part by the federal government. He analysed separately 3,500 white and 3,300 black children tracked periodically between ages 3 and 12, concentrating on socio-economic classes in each racial group. His findings, he says, show the need for government policies that will reach out to the youngest children in order to create school-readiness skills. Educators and child development specialists have long known about the significance of early vocabulary skills, says Ted Feinberg of the National Association of School Psychologists. We know how critically important vocabulary is to all of the additional learning skills that are required of schoolchildren throughout their school careers, he says. If they do not have a solid foundation in vocabulary, it does not surprise me that they continue to lag behind. Source: USA Today 12 April 2001 I'm not sure Farkas' study clearly separates cause and effect. If the mothers had a great vocabulary and lots of unstressed time to talk to and play with their kids, they probably wouldn't be at the bottom of the socioeconomic ladder in the first place. A good vocabulary is a problematical term anyway - a child growing up in a black ghetto may in fact have a wide vocabulary, able to employ lots of words YOU may never have heard of. Besides, if IQ is inherited from the mother, if she is below average in her skills, is it that surprising her children might be as well? See also: The Vocabulary Deficit (in the education section) - The shortfall in vocabulary is easy enough to explain. A study by well-regarded researchers concludes that the number of words children hear addressed to them increases dramatically with family income. A child of professionals is likely to hear as many as 50 million words by age 4. The child of a welfare parent may be exposed to just a quarter of that number... The Social Market (in the society section) - suppose a deprived single mother, instead of relying on the State or child support, has to fund her offspring by issuing share capital in it. To attract investors (including the father), she will have to bring it up as best she can, keep it out of crime and not burden her portfolio with further potential loss-makers. lf she fails, the child's share price will decline, and it may be taken over by another mother or a specialised institution which can manage it better... For more articles related to Men including sperm donations on the net, the effects of testosterone, condom sizes, buddies, smells, nagging, gyncologists, mid-life crises, fathers and more click the Up button below to take you to the Table of Contents page for this section. 来源: http://www.flatrock.org.nz/topics/men/thank_mom_for_brains.htm
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进化中的救赎:多倍体和异倍体存在的合理性
drqian 2008-12-16 07:17
多倍体和异倍体常常在一些有缺陷的细胞、肿瘤细胞以及特殊环境刺激的细胞中出现。这种异常的染色体为什么会出现,它们的出现是细胞死亡的前兆还是进化的号角?此中的机理,科学家们也非常感兴趣。最近Cell上的一篇文章中( Rancati et al., 2008 )就对这种机制进行了探讨。他们利用MYO1基因缺陷(导致有丝分裂后原浆移动失败,具有致死性)的出芽酵母菌进行约400代的培养(短期进化),发现幸 存的酵母菌株中出现了不少多倍和异倍染色体(当然,点突变什么的也会有,但是很少,基本可以忽略不计)。关于多倍体和异倍体形成机制,在以往的研究中都有 提到,这里暂时不谈。那么要问的是,为什么异常染色体体形成后,细胞存活下来了呢?该文章的作者发现这些多倍体细胞可以借助于高表达某些基因(染色体内容 物增加了,相应基因也能成一定关系增加,也就有更多的基因被表达了吗?)通过旁路途径实现原浆移动。虽是另类的原浆移动,但结果总算能让细胞完成了分裂, 得以继续繁衍生息下去。异倍体对细胞的进化选择同样重要,它的出现使细胞染色体内容物的原有比例发生了变化,这种变化也许就能给细胞创造一线生机。 染色体变异与进化 点突变等温和形式的突变需要长时间的累积才能发生基因型的改变,这显然无法满足细胞在短时间内(400代)实现自救的需求。而多倍体和异倍体的出现,显然 要比点突变等来得激进和迅猛,在短时间内就能帮助细胞摆脱困境。虽然这种激进的帮助本身也增加了细胞产生更多缺陷的机会,但是只要有一部分能活下来,它们 就能继续繁殖,成为自然选择的宠儿。这样一来,在严酷的生存环境中,壮士断臂或饮鸩止渴就显得非常有必要。DNA修复中的SOS机制也颇有这种味道。 那么这些多倍体和异倍体的细胞形成后,又是如何继续进化的呢?它们会继续保持原有的染色体组成吗?还是会通过某些途径来改头换面,重新变成正常倍数的染色 体呢?如果是前者,那么是不是意味着随着进化的脚步,细胞染色体的倍数将越来越多呢?那么十倍体细胞的祖先是不是一定就在进化树的根部呢?如果是后者,那 么我们显然不能用染色体的倍数来估算进化进程,那么染色体又是如何回复原状的呢?如果两者兼而有之,那情况就更加复杂了。 异常染色体的存在让人联想到黑格尔的一句名言存在即是合理,它给很多不解之谜找到了安身之处,也使我们对未知事物的恐惧感得到了释放,但是我们也应该 意识到,同样是这句话,也会抹杀人类探索大自然的好奇心。所以我们最好换个角度思考--即合理才能存在。只有在追问合理性的道路上,我们才能在探索未 知世界的过程中走得更远。
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分子遗传学阅读文献:染色体的组织结构
Bobby 2008-8-27 20:19
The organization and function of chromosomes Baird DM, Farr CJ. The organization and function of chromosomes. EMBO Rep. 2006 Apr; 7 (4): 372-6. Epub 2006 Mar 17 The organization and function of chromosomes Genomes, genes and junk, the large scale organization of chromosomes Schmidt T, Heslop-Harrison JS. Genomes, genes and junk, the large scale organization of chromosomes. Trends Plant Sci. 1998 May; 3 (5): 195-9 Genomes, genes and junk, the large scale organization of chromosomes Heterochromatin revisited Grewal SI, Jia S. Heterochromatin revisited. Nat Rev Genet. 2007 Jan; 8 (1): 35-46 The formation of heterochromatin, which requires methylation of histone H3 at lysine 9 and the subsequent recruitment of chromodomain proteins such as heterochromatin protein HP1, serves as a model for the role of histone modifications and chromatin assembly in epigenetic control of the genome. Recent studies in Schizosaccharomyces pombe indicate that heterochromatin serves as a dynamic platform to recruit and spread a myriad of regulatory proteins across extended domains to control various chromosomal processes, including transcription, chromosome segregation and long-range chromatin interactions. Heterochromatin revisited Plant chromosomes from end to end: telomeres, heterochromatin and centromeres Lamb JC , Yu W , Han F , Birchler JA . Plant chromosomes from end to end: telomeres, heterochromatin and centromeres. Curr Opin Plant Biol. 2007 Apr; 10 (2): 116-22. Epub 2007 Feb 8. Recent evidence indicates that heterochromatin in plants is composed of heterogeneous sequences, which are usually composed of transposable elements or tandem repeat arrays. These arrays are associated with chromatin modifications that produce a closed configuration that limits transcription. Centromere sequences in plants are usually composed of tandem repeat arrays that are homogenized across the genome. Analysis of such arrays in closely related taxa suggests a rapid turnover of the repeat unit that is typical of a particular species. In addition, two lines of evidence for an epigenetic component of centromere specification have been reported, namely an example of a neocentromere formed over sequences without the typical repeat array and examples of centromere inactivation. Although the telomere repeat unit is quite prevalent in the plant kingdom, unusual repeats have been found in some families. Recently, it was demonstrated that the introduction of telomere sequences into plants cells causes truncation of the chromosomes, and that this technique can be used to produce artificial chromosome platforms. Plant chromosomes from end to end Planning for remodeling: nuclear architecture, chromotin and chromosomes Heslop-Harrison JS. Planning for remodelling: nuclear architecture, chromatin and chromosomes. Trends Plant Sci. 2003 May; 8 (5): 195-7 DNA sequences occupy three-dimensional positions and their architecture is related to gene expression, gene-protein interactions and epigenetic processes. The recent analysis of chromosome 4 in Arabidopsis interphase nuclei reveals that gene-rich, undermethylated DNA is composed of active loops of 200 to 2000 kb associated with acetylated histones, providing a well-defined model system to study chromatin in its nuclear context. Planning for remodeling-nuclear architecture, chromotin and chromosomes Advances in plant chromosome identification and cytogenetic techniques Kato A, Vega JM, Han F, Lamb JC, Birchler JA. Advances in plant chromosome identification and cytogenetic techniques. Curr Opin Plant Biol. 2005 Apr; 8 (2):148-54. Recent developments that improve our ability to distinguish slightly diverged genomes from each other, as well as to distinguish each of the nonhomologous chromosomes within a genome, add a new dimension to the study of plant genomics. Differences in repetitive sequences among different species have been used to develop multicolor fluorescent in situ hybridization techniques that can define the components of allopolyploids in detail and reveal introgression between species. Bacterial artificial chromosome probes and repetitive sequence arrays have been used to distinguish each of the nonhomologous somatic chromosomes within a species. Such karyotype analysis opens new avenues for the study of chromosomal variation and behavior, as well as for the localization of individual genes and transgenes to genomic position. Advances in plant chromosome identification and cytogenetic techniques Reinterpreting pericentrimeric Heterochromatin Topp CN, Dawe RK. Reinterpreting pericentromeric heterochromatin. Curr Opin Plant Biol. 2006 Dec; 9 (6): 647-53. Epub 2006 Oct 2 In fission yeast, pericentromeric heterochromatin is directly responsible for the sister chromatid cohesion that assures accurate chromosome segregation. In plants, however, heterochromatin and chromosome segregation appear to be largely unrelated: chromosome transmission is impaired by mutations in cohesion but not by mutations that affect heterochromatin formation. We argue that the formation of pericentromeric heterochromatin is primarily a response to constraints on chromosome mechanics that disfavor the transmission of recombination events in pericentromeric regions. This effect allows pericentromeres to expand to enormous sizes by the accumulation of transposons and through large-scale insertions and inversions. Although sister chromatid cohesion is spatially limited to pericentromeric regions at mitosis and meiosis II, the cohesive domains appear to be defined independently of heterochromatin. The available data from plants suggest that sister chromatid cohesion is marked by histone phosphorylation and mediated by Aurora kinases. Reinterpreting pericentrimeric Heterochromatin
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