今天本来在试用PHYML中的最大似然法来构建系统发育树，后来与人交流，他要对一些序列进行比对，我推荐他用Mega软件，就让它从网上下载，他下载后，我发现Mega4已升级到5.0版本了。再一看，发现它居然支持最大似然法来构建系统发育树了，而以前的4.0版是不支持的。我赶紧自己也下载了一个，安装运行后，发现确实能用。不过美中不足的是，在该软件的主界面上有一个提示，说：This is a beta test release. Please do not use results generated in publications。哎，不管怎么说，以前大家都用装在苹果机上的PAUP中的ML法来构建系统发育树，而操作起来十分困难，现在好了，有MEGA5了。我试着用自己的16S序列数据，用ML法建了个树，发现所需时间不是很长，我在写帖子的时候，运行了17分钟了，完成了69%的任务。看来速度不会象苹果机上运行PAUP那么长的时间了。喜欢尝鲜的人赶紧下载下来试试。 除了这个ML法的大改进外，Mega5还有其它方面的改进，看起来和使用起来都比以前的mega4要好用。期待正式版的早日诞生！ Mega5的下载地址为： http://www.megasoftware.net/beta/index.php ，需要填上姓名和email地址，然后从email中确认一下即可以下载了。
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