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青蒿基因组
mengxb 2010-1-19 12:15
英国研究人员在新一期美国《科学》杂志上报告说,他们已经绘制出了青蒿的基因组图谱。青蒿中提取的青蒿素是重要的抗疟疾物质,因此将来通过基因改良有望大大提高青蒿素产量,生产更多抗疟药物。 青蒿学名黄花蒿,其中的天然成分青蒿素可提取用于抗疟疾,目前以青蒿素为基础的药剂已成为全球治疗疟疾的首选药物。 来自英国约克大学以及IDna遗传公司的研究人员报告说,他们对青蒿植物所有的mRNA(信使核糖核酸)分子进行了测序,并绘制出了有关基因组图谱。RNA是由DNA(脱氧核糖核酸)经转录而来的,带着相应的遗传信息。 研究人员从图谱中识别出了与青蒿繁殖有关的特定基因和标记分子,对它们进行改良,可用来提高青蒿产量,降低青蒿素的生产成本。 研究人员随后在实验室中培育了数代青蒿,以验证他们的研究成果。他们证实,青蒿这种在中国已经栽种了1000多年的药用植物可以改良成为一种种植范围更广的全球性植物。(
个人分类: 生活点滴|3573 次阅读|0 个评论
木薯基因组
mengxb 2010-1-18 08:43
中国已获得较完整的木薯基因组草图 记者1月16日从正在举行的首届中国农业科技创新论坛上获悉,中国热带农业科学院仅用1年的时间,已经完成3个木薯品种的基因组深度测序,同时采用几种超高通量测序技术,综合组装获得较完整的基因组草图。 据中国热带农业科学院生物技术研究所所长、研究员彭明介绍,木薯是三大薯类作物之一,全球第六大粮食作物,被誉为淀粉之王,是世界6亿人口赖以生存的食粮。在中国,木薯作为新型能源、工业原料和潜在的粮食作物,具有良好的发展潜力,是热带地区最重要的经济作物之一,现有面积50余万公顷,产量1000万吨,年总产值140亿元,潜在面积150万公顷,预计年产值在500亿元。 十一五初期(2006年),中国热带农业科学院在全球组建了木薯基因组学与生物技术研究团队,由院所两级资助,实施了木薯全基因测序。只用了一年的时间,就完成了木薯推广品种Ku50(高淀粉)和W14(野生祖先种)和CAS36(糖木薯)3个木薯品种的基因组深度测试,同时采用Solexa、454和BAC混拼策略完成基因组数据组装。 中国在木薯基础生物学与基因组研究领域,已处于国际领先地位。彭明说,截至目前,美国只完成了1个木薯品种的基因组草图,而中国完成了3个。 据介绍,这些基础数据的获取,能够阐明木薯基因组结构的基本特征,为进一步破解木薯高效转化太阳能累积淀粉及抗旱耐贫瘠的分子调节机制奠定了基础,对全球粮食安全和生物能源发展具有重要的科学意义。
个人分类: 生活点滴|4552 次阅读|0 个评论
英绘制出青蒿基因组图谱
bnx 2010-1-13 08:59
英国研究人员在新一期美国《科学》杂志上报告说,他们已经绘制出了青蒿的基因组图谱。青蒿中提取的青蒿素是重要的抗疟疾物质,因此将来通过基因改良有望大大提高青蒿素产量,生产更多抗疟药物。   来自英国约克大学以及IDna遗传公司的研究人员报告说,他们对青蒿植物所有的mRNA(信使核糖核酸)分子进行了测序,并绘制出了有关基因组图谱。RNA是由DNA(脱氧核糖核酸)经转录而来的,带着相应的遗传信息。   研究人员从图谱中识别出了与青蒿繁殖有关的特定基因和标记分子,对它们进行改良,可用来提高青蒿产量,降低青蒿素的生产成本。   研究人员随后在实验室中培育了数代青蒿,以验证他们的研究成果。他们证实,青蒿这种在中国已经栽种了1000多年的药用植物可以改良成为一种种植范围更广的全球性植物。(摘自《科技日报》2010年1月13日第二版)
个人分类: 国外农业科技|3819 次阅读|1 个评论
癌症遗传学变异基因组研究信息分析报告
xupeiyang 2010-1-9 09:27
http://www.nature.com/news/2010/100106/full/463012a.html A flood of genomes The completed Neanderthal genome and the genomes of remaining primates will count among the highlights of another year of ever-cheaper DNA-crunching. Following last year's comprehensive portraits of cancer genomes , medically minded sequencing will continue to focus on the causes of specific diseases, and on spotting more human genetic variants. http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/2?WEB0p4v54jwpu0klIuI1I00f01000j10040001rl cancer genomes AND genetic variants 2,702 documents semantically analyzed 1 2 3 Top Years Publications 2009 312 2008 308 2006 230 2007 222 2005 209 2002 168 2004 159 2003 157 2001 143 2000 128 1999 104 1998 74 1997 69 1995 68 1996 52 1994 37 1992 29 1991 28 1993 25 1989 25 1 2 3 1 2 3 4 Top Countries Publications USA 1,010 United Kingdom 192 Germany 174 China 116 Italy 106 Canada 104 Japan 99 France 77 Spain 77 Australia 75 Netherlands 74 Sweden 56 Brazil 34 South Korea 27 India 27 Taiwan 25 Norway 23 Switzerland 22 Poland 19 Singapore 19 1 2 3 4 1 2 3 ... 21 Top Cities Publications Bethesda 96 Boston 60 New York 56 Houston 54 Philadelphia 49 Seattle 49 Heidelberg 43 London 41 Frederick 40 Nanjing 31 Toronto 30 Los Angeles 27 Cambridge 27 San Francisco 27 Stockholm 27 Chicago 26 Madrid 24 Montreal 24 Salt Lake City 24 Barcelona 23 1 2 3 ... 21 1 2 3 ... 32 Top Journals Publications Cancer Res 125 Cancer Epidem Biomar 84 J Virol 70 Int J Cancer 68 Hum Mutat 58 Oncogene 57 Nat Genet 47 Carcinogenesis 45 Hum Mol Genet 45 Clin Cancer Res 45 J Biol Chem 42 Blood 40 P Natl Acad Sci Usa 40 Am J Hum Genet 36 Bmc Cancer 32 Cancer Lett 29 Mol Cell Biol 28 Cancer Genet Cytogen 26 Brit J Cancer 26 Gene Chromosome Canc 25 1 2 3 ... 32 1 2 3 ... 875 Top Authors Publications Chanock S 34 Wei Q 29 Shen H 25 Hu Z 20 Easton D 20 Hunter D 18 Henderson B 16 Tavtigian S 16 Houlston R 15 Chenevix-Trench G 15 Narod S 15 Xu J 14 Tomlinson I 13 Hemminki K 13 Goldgar D 13 Spitz M 13 Ponder B 13 Villa L 12 Hopper J 12 Goldstein A 12 1 2 3 ... 875 1 2 3 ... 476 Top Terms Publications Humans 2,318 Genes 1,998 Alleles 1,000 Mutation 966 Patients 883 Neoplasms 860 Genotype 845 Variation (Genetics) 844 Proteins 786 DNA 780 Middle Aged 738 Genetic Predisposition to Disease 729 Polymorphism, Genetic 681 Adult 653 Base Sequence 630 Exons 616 Genome 609 Genomics 607 Animals 585 Polymorphism, Single Nucleotide 553 1 2 3 ... 476 年代趋势、文献地图、著者网络见附件: cancer genomes AND genetic variants
个人分类: 信息分析|2051 次阅读|0 个评论
乳腺癌基因组研究与信息分析
xupeiyang 2009-12-26 16:56
http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/1?WEB0oyzqagxn5jmwI1uI1I00f01000j10040001rl 15,186 documents semantically analyzed 1 2 3 Top Years Publications 2008 1,235 2006 1,132 2007 1,093 2004 1,075 2005 1,074 2009 1,050 2003 1,042 2002 1,010 2001 900 2000 894 1999 757 1998 650 1997 614 1996 507 1995 417 1994 352 1993 326 1992 263 1991 184 1990 150 1 2 3 1 2 3 4 5 Top Countries Publications USA 6,065 United Kingdom 1,024 Japan 805 France 674 Germany 648 Canada 613 Italy 516 China 374 Netherlands 332 Australia 322 Spain 279 Sweden 255 South Korea 170 Israel 139 Finland 136 Belgium 131 Switzerland 122 Norway 116 Poland 116 Taiwan 112 1 2 3 4 5 1 2 3 ... 44 Top Cities Publications Bethesda 393 Houston 373 Boston 372 New York 368 London 325 Philadelphia 291 Toronto 242 Baltimore 214 Tokyo 198 Washington 190 Chicago 155 Paris 141 San Francisco 135 Cambridge 132 Los Angeles 131 Montreal 125 Heidelberg 123 Madrid 118 Ann Arbor 102 Seattle 102 1 2 3 ... 44 1 2 3 ... 74 Top Journals Publications Cancer Res 1,047 Oncogene 679 Int J Cancer 441 J Biol Chem 361 Breast Cancer Res Tr 317 Clin Cancer Res 299 Brit J Cancer 274 Breast Cancer Res 218 P Natl Acad Sci Usa 210 J Clin Oncol 193 Anticancer Res 182 Cancer Epidem Biomar 178 Eur J Cancer 172 Gene Chromosome Canc 163 Cancer Lett 157 Cancer 148 J Natl Cancer I 145 Mol Endocrinol 138 Mol Cell Biol 133 Int J Oncol 130 1 2 3 ... 74 1 2 3 ... 981 Top Terms Publications Humans 14,348 Breast Neoplasms 13,823 Genes 9,559 Neoplasms 6,981 Mutation 5,195 Proteins 5,034 Patients 4,167 Carcinoma 3,618 DNA 3,573 Cell Line 3,526 Middle Aged 3,307 Adult 3,275 Animals 3,046 Genes, BRCA1 3,026 Tissues 2,685 Tumor Cells, Cultured 2,575 brca1 2,401 Gene Expression Regulation, Neoplastic 2,347 Mice 2,333 Genome 2,285 1 2 3 ... 981 1 2 3 ... 2918 Top Authors Publications Narod S 144 Weber B 107 Easton D 106 Lynch H 105 Lidereau R 91 Borg A 89 Ponder B 77 Foulkes W 74 Klijn J 69 Lubiński J 63 Stoppa-Lyonnet D 61 Hopper J 58 Eeles R 58 Borresen-Dale A 57 Offit K 57 Cornelisse C 57 Olopade O 55 Couch F 54 Neuhausen S 53 Olsson H 52 1 2 3 ... 2918 http://www.sciencenet.cn/htmlnews/2009/12/226526.shtm 《自然》:乳腺癌不是一种而是多种病 英国研究人员最近通过基因方法研究发现,乳腺癌不是单一的一种疾病,而至少包含5种疾病。这些疾病的症状和治疗方法各不相同。 这一发现有望改进乳腺癌诊断和治疗技术。研究结果刊载于《自然》杂志。 基因研究 研究人员通过对比24个乳腺肿瘤的基因组发现,这些基因组中包含多种不同类型的脱氧核糖核酸(DNA)缺陷。每一种DNA缺陷都体现出某种癌症亚种的特征。 英国《泰晤士报》12月24日援引这项研究负责人、英国韦尔科姆基金会桑格研究所副主任迈克斯特拉顿(Mike Stratton)教授的话报道:乳腺癌的类型非常多。实验中这24个肿瘤并不能包含乳腺癌的全部情况。 我们通过基因研究发现,乳腺癌至少包含5至10种情况,他说。 研究人员在实验中检测了这24个肿瘤中出现的基因重排现象。这种现象指大量基因组断裂、错接而导致基因紊乱。 他们发现不同肿瘤情况不同,有些几乎未出现任何错乱,但有些则出现200多处基因重排现象。 多样家族 随着时间推移,我们越来越认识到乳腺癌类型多种多样,斯特拉顿说,我们的研究证明乳腺癌不是一种病而是好几种。 肿瘤学家曾指出,乳腺癌可分为3至4个大类,不同类型乳腺癌对某种药物产生的反应也不同。 例如,有一种乳腺癌与人表皮生长因子受体-2基因(HER2)有关,一旦这种基因过度表达,即HER2阳性,就会刺激癌细胞增长。一种名为赫赛汀的药物专门用于治疗这种类型乳腺癌。 另一种叫做他莫昔芬的药物只对某种含有雌性激素受体的癌细胞起效。 有种类型乳腺癌对雌性激素受体、孕激素受体和人表皮生长因子受体-2均呈阴性,被称为三阴性乳腺癌。这种类型乳腺癌危险性最高,治疗难度也最大。 有待深入 随着对不同类型乳腺癌基因结构不断加深了解,研究人员希望能够通过分析DNA特征来鉴别不同患者的肿瘤类型。医生也可以利用这些信息确定肿瘤的危险性,并找出最佳治疗方法。 目前,乳腺癌研究尚不彻底。国际癌症基因组联盟正资助开展一个针对1500个乳腺肿瘤的研究项目。 一旦走上正轨,我们就能弄清楚乳腺癌的详细分类,斯特拉顿说,之后,我们要把它用于临床实践。 我们的目标是找出由于基因重排而引发癌症的基因,并针对它们研发合适的疗法,他说。 更多阅读 英国《泰晤士报》相关报道(英文) http://www.timesonline.co.uk/tol/news/uk/article6966927.ece From The Times -1?'https:':'http:'; var WlUrl= WlProtocol +'//rc.newsint.newscorp.individuad.net/Get/newsint/JS/GetRcmd.js?ord=' +WlRnd; document.write(' December 24, 2009 Breast cancer is not a single disease, scientists discover Mark Henderson, Science Editor 3 Comments gSiteLife.Recommend("ExternalResource", "6966927","http://www.timesonline.co.uk/tol/news/uk/article6966927.ece"); Recommend? (1)