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知识管理与科研协作系统NoteFirst 3.0 开发历程
热度 2 paperopen 2012-4-9 16:43
知识管理与科研协作系统NoteFirst 3.0 开发历程
  三年多了,2012年4月2日,NoteFirst 3.0终于发布了。   NoteFirst在某种意义上讲,是为我本人自己开发的一个工具,希望也能为关注知识管理、团队协作的科研人员提供一个工具。NoteFirst的研发过程,有苦也有乐,苦乐自知,写篇博文记录一下心路历程,同时向支持、关注NoteFirst的朋友表示感谢。 第一阶段:参考文献管理软件   “二进宫”读博士时,阅读了一些文献;学位论文时,为参考文献标引的事务性劳动感到不爽,插入、删除一篇参考文献时,后面的引文序号、参考文献列表的引文序号都要进行调整,很花费时间,而且这些工作纯粹是事务性劳动。于是开始寻找相关的软件,知道了国外的EndNote、RefManager,知道了国内的NoteExpress,最后自己购买了一款国内开发的软件,完成了博士论文。   参考文献管理软件的主要功能就是管理收集的参考文献,核心功能是在论文写作时根据不用期刊的要求自动形成规范的参考文献。参考文献的管理功能比较简单,文献的分类、标签、检索、全文关联,笔记。   自己之所以开发NoteFirst,是基于以下原因:   1)实现“开放存取”的一个工具。自己多年来一致关注“开放存取”,也先后主持或承担了国家、陕西省的一些关于开放存取的研究项目,一致也在探索开放存取的可持续发展模式。有一天突然闪现出一个念头:参考文献管理软件的主要用途是写论文,而论文是目前学术资源的主要组成,而且大多数期刊都支持“绿色开放存取”(允许作者在个人网站或者所在机构网站仓储作者的论文、或者论文的PrePrint版本)。如果能给大家提供一个工具,为用户提供参考文献管理功能,而用户一般会在管理软件中收藏自己发表的论文,这样大家通过这个工具可以开放存取自己发表的文章了。因此NoteFirst最主要的动机是作为“开放存取”的一种工具。   2)双语参考文献的支持。国内一些SCI、EI收录期刊的参考文献采用双语参考文献,这样的参考文献格式,即便是国内的参考文献管理软件也不能支持。   3)错误提醒。本人算是参考文献管理软件的实际用户,我有一个思维:用参考文献管理软件形成的参考文献,如果没有报错,就应该是正确的。但实际上不是这样,目前的参考文献管理软件,对于一些明显的缺项也没有进行提醒。我把我的论文提交给导师时,导师指出了参考文献中存在的缺项,弄得自己很没面子。   4)网络版软件。国内参考文献截止目前还停留在单机版阶段(我是在2008年开始开发NoteFirst的,已经将近4年过去了),在办公室计算机上收集的文献,到了家里,或者笔记本上,需要重新录入,或者人工导入。在互联网时代,通过网络实现同一用户不用终端上文献的自动同步,应该不是太困难的事情。   2010年4月NoteFIrst 1.0推出,实现了这些功能。2010年7月份,Ver1.2发布时我在博客中发布了邀请朋友测试的博文。 第二阶段:团队协作的雏形   本人之前一致在大学做教师,也带研究生,主持一些科研项目。作为项目或者团队负责人,有着这样的经历:   1)指导过的的研究生,大多都收集了一些不错的文献,做了不少读书笔记,在毕业设计阶段也做了不少实验,不少设计还是很有创新和使用价值的。但这些知识资源随着学生的毕业,都流失了。即便这些学生没有离开,但由于这些资源都散存在每个成员的个人计算机上,也没有成为团队的知识财富。   2)每个导师都要为新生指定阅读文献,不同方向的学生需要指定不同的文献;可否更方便的方式进行传承?学生发现的一些有价值文献怎样能补充到只带阅读文献中?   2011年1月份,发布的NoteFirst 1.5实现了这样的功能。   在NoteFirst 1.5中,用户可以建立共享文件夹,共享文件夹的成员,可以在共享文件夹分享文献,实现初步的文团队资源资源分享功能。 第三阶段:迈向知识管理   随着互联网的发展,在互联网上出现了很多有价值的知识,一些专家纷纷开设博客、微博,出现了很多网络杂志,传统期刊开始了网络化进程。总之在互联网出现了很多有价值的资讯,而这些资讯的时效比传统的杂志等媒体更加具有优势。当我们读到某些有价值的资讯时,希望能方便的收藏。   浏览器自带的“收藏”功能太过简单,还只能保存在某个终端上,换一个终端,你的收藏就没有了。还有您收藏的仅仅是网址,如果这个网页由于种种原因失效了,你将无法访问。   之前本人一直使用一款网页保存的软件“网博士”,这个软件可以把看到的网页一键保存和收藏。近日来受到热切关注的“美味书签”的功能就是在此功能上,加入了社区概念,更符合目前的流行趋势。   本来我想集成“网博士”的功能,也和网博士的主创人员进行了交流。虽然最后由于时限和开发语言等问题,没有合作成功,在此还要对“网博士”表示感谢。感谢你给大家提供了这样的一个工具。   2011年 9月份,NoteFirst2.0发布,支持了知识卡片,从单纯的文献管理开始迈向知识管理。   NoteFIrst 2.0中的“知识卡片”主要功能如下:   1) 一键把正在打开的网页保存为知识卡片(网页格式);   2) 把网页中的选中部分保存为知识卡片(网页格式);   3) 屏幕截图功能,可把屏幕上任何有价值内容保存为知识卡片(图片格式);   4) 支持知识卡片的分类、标签、检索;   5) 可把知识卡片打包成电子书(CHM格式和专用格式);   6) 知识卡片不同终端上的自动同步。 第四阶段:知识获取和团队协作   作为一个科研人员,希望能及时获取到相关专业的最新动态。之前是通过报刊订阅来获取相关知识的,但现在专业期刊的订阅价格,我个人已经无法承受,另外数字出版已经提供了更便捷的订阅方式。   目前RSS获取知识的高效方法。RSS可以订阅自己关注期刊最新文章、专家最新观点、企业最新产品、项目基金最新申报动态。目前已经有很多RSS阅读器产品,如国外的Google Reader, FeedDemon,SharpReader,国内的“抓虾”、“鲜果”等,在Outlook、Foxmail上也都提供了RSS订阅功能。但这些RSS产品为通用的RSS产品,科研人员希望能实现把订阅到的信息直接纳入到文献管理中,以便论文写作时直接作为参考文献进行引用。。 另外,作为我本人还有“主题订阅”的需求,就是订阅某个主题的最新文献。   此外,团队协作中,不仅仅是资源分享,还包括任务管理、实验记录管理等。   导师为会新生安排文献阅读和实验任务,但任务完成情况,目前还没有有效的质量评估方法。可否考虑通过对成员分享文献、笔记(可分为精读笔记、泛读笔记)、完成的试验记录的统计,加上成员彼此之间的关注、评论,实现了任务的统计和只能评估?。   2012年4月发布的NoteFirst3.0,打通了知识获取、知识管理、知识应用、团队协作之间的关节,是NoteFirst的一个里程碑版本。NoteFirst 之于科研人员个人,是知识管理系统;之于团队和机构,则是团队科研协作系统。其功能列表如下:   NoteFirst 3.0 主要新功能包括:   1)期刊订阅  订阅关注期刊的最新文章,还可以订阅科研相关资讯,如基金委动态、相关企业的最新产品信息。当关注期刊、网站、专家有最新文章、信息、博文发布时,会自动接收,提高了效率,方便了使用。(该需求是中国科大罗老师的建议)  下面是我个人订阅的部分信息的列表。   NoteFirst可以把订阅的信息直接转换为题录,可以在论文写作时直接作为参考文献来使用。NoteFirst可自动补充期刊名称、年卷期页码等作为论文引用时的核心元数据。   NoteFirst提供了科学RSS列表,收录了国内外的期刊、政府科研相关的动态、知名学者博客微博、研发型企业最新产品通报等科技相关的RSS源。   2)主题订阅   可以订阅SCI、EI、PubMed 、IEEE等数据库中某个主题的最新科研成果,可以订阅某个专家的最新成果,可以订阅个人成果被知名数据库(如SCI、EI、Pubmed)收录的情况,可以订阅个人成果被别人引用的情况。(该需求是中国农大的胡教授的建议。)   目前数据库支持SCI、EI、IEEE、Pubmed、万方、知网。 后续支持的数据库包括:ScienceDirect、Springer、Wiley、CA、AIP等。   3)团队任务管理(农大胡教授的建议)   4)成员间交流 成员可以查看所参与群组的最新动态,包括资源的分享、成员的加入、微博信息等,对分享的资源进行评价、添加笔记;微博提供了便捷的交流工具,成员之间还可以通过内部短信进行交流。   5)机构知识库建设 把团队的个人成果、试验记录、重组数据进行再组织,开辟机构成果展示"橱窗",提高团队和机构的学术影响力。文献、试验记录、读书笔记等都是团队智慧劳动的见证,资源的日积月累不知不觉中就构建起了机构的知识库,也记录了团队科研活动的历史。   以此作为NoteFirst3.0发布的纪念。   感谢朋友们多年来对NoteFirst的支持。   欢迎朋友们进行试用,提出建议。   NoteFIrst3.1 将支持新浪微博的订阅,希望也能支持科学网微博的订阅(还没有研究科学网微博是否提供了RSS订阅)。   NoteFIrst的官方网站:http://www.notefirst.com
个人分类: 随笔|9966 次阅读|5 个评论
机构知识库建设的“最后一公里”
热度 2 paperopen 2011-7-21 09:55
2011年6月在成都参加了2011年高校图书馆发展论坛暨数字图书馆前沿问题高级研讨班,会议安排了整整3天的报告,许多报告很精彩,受益匪浅。期刊出版上游为作者,下游为图书馆和读者,期刊从业人员应该走出期刊出版的“圈子”,从更广阔的视野来审视数字出版。会议期间接受了中国教育装备采购网的访问,把当时的问答整理了一下。 问:据了解,您是科研人员出身,当初是如何想到要成立知先信息这样一家致力于“开放存取”和“机构知识库”的科技信息传播企业? 答: 之前我在一所军事工程院校担任教学和科学工作从事教学、科研工作二十多年。工作中遇到的最大困扰就是信息获取和科研团队协作。由于所在大学非211大学,图书馆资源有限,要想获取到相关领域最新发展动态和文献,是一件比较困难的事情。从2005年开始把个人和团队的主要精力集中到 “开放存取”,致力于科研文献的无障碍获取。在所在学校的支持下,成立了“开放存取”研究中心,并得到了科技部、教育部、陕西省多项基金的支持,建设了“开网”,协助建设了科技部的中国学术论文开放存取系统,算是“中国开放存取的积极倡导者和实践者”(科学时报)。 在指导研究生和管理团队的过程中,还有一个体会,就是每个研究生、团队成员都收集、产生了很多有价值的资料,包括很多花费大量精力和经费的实际记录,但这些资料都散存在成员个人计算机中。随着研究生的毕业,这些文献和资料也随之流失,没有在团队之间形成积累和传承。 还有就是,所在机构的图书馆尽了最大努力为师生的科研工作提供资源服务,通过各种渠道采集了很多科研资料,机构网站、办公系统中也积累了大量的有价值文档、资料,但这些资料没有很好的集成检索,都是一些信息孤岛,导致了机构知识的“雪藏“和浪费。 做博士论文时,收集了大量OA和元数据抽取方面的文献,还想解决论文中参考文献标引的事务性劳动,就接触到了参考文献管理软件。由于之前一直在寻求开放存取、团队协作的途径,参考文献管理软件让我找到了一个开放存取、团队协作、机构知识库建设的支点。 参考文献管理软件由于具有文献管理、参考文献自动形成等实用价值,得到了科研人员的青睐。研究人员在收藏的文献中,大多都包括自己发表的文献。之前的绿色开放存取,需要作者花费时间来人工填写各项元数据、上传文件,影响了开放存取的积极性。现在作者在参考文献管理软件中已经收藏有个人成果,一键即可分享,实现绿色OA。让作者不花费精力就可做“善事”,这是当时开发NoteFirst参考文献管理软件的初衷之一。 目前一些机构都有建设机构知识库的计划,但国内外建成机构知识库的利用率不高,除了机构成果记录的功能得到实现外,为机构成员带来有价值的服务不多,因此在很多机构成员眼中,机构知识库除了“找事儿”(机构成员要上网申报成果)外,有点“形象工程”的味道,沦为了“鸡肋”。其实机构知识库是一项非常有价值的工作,只是目前还没有找到给机构和成员都能带来价值的实现方式。NoteFirst就是想在这方面做一个常识。通过NoteFirst个人知识库管理软件,在为机构成员提供知识获取、文献管理、论文写作、团队协作等有价值功能的同时,把NoteFirst个人知识库中的个人成果进行自动收割、团队内分享,解决机构知识库建设的“最后一公里”。 NoteFirst是在广泛吸取国内外参考文献管理软件优点的基础上,广收并蓄,加上我们对开放存取、机构知识库、知识服务的理念,开发的一套个人知识库管理软件。首先改进了国外软件对中文文件不支持的缺点。国外参考文献管理软件在形成参考文献时会出现“王小勇,卢晓,郑波,et al”这样的低级错误。中国同类软件尚处于单机版时代,在办公室电脑收藏的文献,回家想要使用的话,需要再录入一遍,非常麻烦,而且也不符合当前互联互通的趋势。NoteFirst主创人员有多年的科研工作经历和期刊给爱经历,知先团队在2010年发布了中国首款互联网版参考文献管理软件NoteFirst,并能支持EI收录期刊要求的双语参考文献,并把功能从单纯的参考文献管理扩充到团队协作,并为绿色开放存储和机构知识库开辟了绿色通道。 我们的目标就是通过为科研人员知识获取、知识管理、知识应用(论文写作)、团队协作等科研人员急需服务的同时,探索开放存取和机构知识库的“最后一公里”的解决道路。 问:从数字出版这个角度来看,您认为数字图书馆当前面临最大的问题是什么? 答: 在印刷版时代,图书馆的价值是为机构成员购买文献,在成员提供阅读服务。现在互联网时代,目前图书馆的最大功能仍然是中科院图书馆张晓林馆长提到的“Buyer”,购买数据库的在机构内的访问权,为机构成员提供知识获取通道。但除了“Buyer”功能外,我认为机构图书馆需要在以下3个方面进行突破。 1) 知识生产者。通过机构知识库建设,从Buyer变为知识生产者。我这里所说的机构知识库建设,和目前图书馆馆员理解的机构知识库有些区别。机构知识库不应该仅仅是机构公开成果库,更应该在内部其他有价值资源上下功夫,如教案(麻省大学的开放教案就是一个成功的案例)、实验记录等。个人认为,机构内部的实验记录、学位论文、教案、课件也是一种很重要的知识产品,如果能把这些资源进行集成,将使机构图书馆从单纯的Buyer变为知识生产者。 2) 服务提供者。图书馆本来就是服务性机构。但随着数字出版的到来,图书馆的服务功能没有得到及时的完善。科研趋势分析、情报收集、交流等功能等新型服务,包括为机构成员提供文献管理、团队协作这样的基础服务,在数字出版时代正在变得可能,而且变得更有价值。目前在很多图书馆还没有开展,还停留在“Buyer”的角色上。 3) 知识组织者。目前整个人类的知识还以文献的文献进行展现。打个比喻就是:人类的知识就像一粒粒的“珍珠”,掩藏于文献的“蚌壳儿”中。无论是Google搜索,还是Summon等集成搜索,仅仅能帮助找到可能包含需要知识珍珠的蚌体,但里面是否有需要的珍珠,掰开以后才能知道,而且要花费力气去发现珍珠。如果能把蚌壳而掰开,摘出珍珠,并串成珍珠项链,那将节省大量的时间,使得知识获取变得更加高效、容易。这就是目前热门研究的“知识再组织”。在这个新的发展阶段,机构图书馆应该有所作为。但本人认为,在这个阶段,让图书馆员去自己做这个工作难度较大,应着眼于为机构提供工具和平台,让成员在强势学科中有所表现,编辑出国际影响力的知识节点。   问:国内外图书馆的发展有一定差距,您认为造成这一差距的关键因素是什么? 答: 最关键的因素有以下三点——视野、观念、体制。 在大多数科研机构,图书馆一直是一个附属机构。其实不然,我们军队系统中很重要的一个大部门就是参谋部,用于负责战略、战术方案的决策咨询。在科研机构,更需要这样的机构。但目前在科研机构管理者眼中,图书馆是一个只花钱、不产出的部门,这样就造成了思想、人员的不重视。这个现象的改变仅仅靠一些有追求、有思想的图书馆馆员,难度很大,需要科研机构管理者思想、观念的转变,进而导致政策、人员、经费的重视。另外就是目前图书馆员的视野和观念也急需改变。 随着目前国家对教育、科研经费的持续投入,经费将逐渐不成为主要问题。但传统思维模式对图书馆员的影响,加上大多数图书馆对外交流的匮乏,以及科研机构行政化的现实,中国图书馆的发展还需要一段时间的酝酿。中国图书馆的发展,既需要中科院张晓林馆长这样的思想家,也需要更多的实践者。独木不成林,中国图书馆界需要更多的思考者、探索者。 很欣慰看到,中国不乏这样的人。除了张馆长之外,有幸看到了中科院、清华、北大、川大、夏大等众多图书馆进行的卓有成效的努力和实践。   问:本次论坛有很多国内外的专家学者进行了专业讲座,哪一个令您印象最深刻? 答: 这是给我留下深刻印象的研讨会之一。3天的研讨会的每一场报告很想去听。很遗憾,由于其他工作安排,错过了很多精彩的报告。 在主论坛中,中科院张晓林馆长的报告,给我留下了非常深刻的印象,尤其是“颠覆”这个词,给人的冲击力非常强。张馆长在报告中提到的很多问题也是我一直在关注的。 通过听清华大学图书馆姜爱蓉副馆长作的《从Google和Facebook的发展看图书馆服务的集成与分布》的报告,我们了解到清华大学在进行文献价值排序方法的研究。加菲尔德博士提出了通过被引频次来定量描述文献价值度的理论,奠定了现在文献计量的基础。Google把引文理论变换为PageRank,开创了新一代搜索引擎。社区中通过“Like”的人工推荐来表征文献价值,我们的想法是,文献的收藏人数也能反映出文献的价值,而且收藏是研究人员的一个自然行为,没有人为因素。我们希望通过读者的收藏行为分析,来展现文章的价值度。越多人收藏,那么就表示这篇文章的价值越高。基于读者行为的统计,我们自己也在进行更多的探索。 北大图书馆副馆长聂华的“图书馆资源的深度整合”的报告,由于和我们通过“知识树”来探索人类知识新表现形式的工作有交集,其中很多观点受益匪浅。 美国雪城大学秦键的“E-science”的报告,让我了解到国外科学社区中没有注意到的应用。我一直在关注ResearchGate、mendeley,connotea,citeulike等国外科学社区,这个报告给了我更多的信息。在西安知先产品里也包含了科学社区的概念,把微博社区这个理念融入科学社区,把每个用户的文献收藏行为(用户愿意的情况下),变为一条微博信息,将每一个期刊变成一个独立个体,用每个用户的文献收藏和每个出版机构的文献发布来组成一个大的科学社区体系的信息来源。有了这样一个社区的形成,就可以有很多人性化得应用。比如业界的一个专家,我是他的粉丝,那么我就可以知道这个专家在阅读哪些文献,可以跟着他的步伐前进,对于个人知识获取就是一个捷径。 另外我们也注意到Serials Solution的技术报告。西安知先的产品中有一个参考文献自动编校产品,是参考文献的深度应用,这个产品由于能为文献出版机构的论文提供直接的展现度(被引用),因此得到了一些数据库集成商的数据使用授权。但二次文献集成搜索应用市场,我们起步已经晚了,就需要调整我们的思路。   总之,精彩的报告很多。 这里略有删减。 全部内容参见: http://www.sal.edu.cn/Info.asp?id=750
个人分类: 期刊网络化|6019 次阅读|2 个评论
互联网版参考文献管理软件NoteFirst 欢迎各界朋友测评
热度 1 paperopen 2010-7-16 15:05
  经过近2年的开发,互联网版参考文献管理软件NoteFirst终于结束了内测阶段,今天Ver1.2发布了,因此敢让朋友和用户进行试用了。   NoteFirst的主要功能包括个人文献管理软件(文献分类、搜索、价值度标定、和全文文件的关联等)和论文写作助手(把收藏文献作为引文插入到Word文档,自动形成规范的参考文献列表)。 1开发NoteFirst的初衷   国内外已经有类似的软件,如EndNote,RefWorks,国内的NoteExpress。为什么还要开发呢? 1.1开放存取绿色道路的实践者   目前开放存取的绿色道路中,有很多作者由于对发表的文章进行自存档时,需要填写标题、作者、摘要、期刊等很多元数据,影响了大家自存档的积极性。如果能提供一种增值工具,让大家不用再花费额外时间做额外工作,就能实现自己发表论文的自存档。   NoteFirst可以自动识别那些论文是用户自己的,那些是用户收集的,实现用户自有版权文献在NoteFirst上的自存档。   这是我开发NoteFirst最原始的动机。希望通过NoteFirst,另辟蹊径,进行开放存取绿色道路的实践,建设有世界影响的中国的开放存取绿色仓储平台。这项工作对作者、期刊社来讲都是有积极作用的,毕竟大多数的作者和期刊是以提高学术影响为主要目的。 1.2目前国内外参考文献管理软件尚不能满足要求   国外参考文献管理软件对中文期刊参考文献格式不能很好的支持,会出现这样的问题:    杨卫娟, 周俊虎, 刘建忠, et al. 选择催化还原SCR脱硝技术在电站锅炉的应用 . 热力发电 2005;34(9):10-14.   国标要求参考文献中,3个作者后应该使用,等代替其他作者,在英文文献中才使用et al来代替其他作者。   国内参考文献解决了这样的问题,但是国标的理解还是不到位,会出现这样的问题:    Wan Q J ,Wang X X , Wang X. Poly(malachite green) film: Electrosynthesis, characterization ,and sensor application . Polymer, 2006, 47:7684-7692.   国标要求,中文作者的汉语拼音不得缩写。上面的参考文献满足国外标准,但不能自动区别英文文献中那些作者是中文作者的汉语拼音。   图1是用NoteFirst自动形成的参考文献示例。   图1 采用NoteFirst自动形成的参考文献示例 1.32NoteFirst的特点 2.1互联网版论文助手   不同计算机上登录同一账户时可实现数据自动同步,这样家中计算机上收集的文献(包括对应的全文文件)会自动出现在办公室的计算机中。   目前国内的参考文献软件是单机版。   NoteFirst为大互联网软件,不像国外网络版参考文献管理软件那样,要求用户所在机构必须购买架设专用的参考文献管理服务器,用户只要在NoteFirst上注册账号即可使用。   国外也有大互联网版软件,但没有客户端,文献管理全部基于浏览器,工作效率受网络环境的制约。   国外也有对带客户端的大互联网版参考文献软件,但对中文期刊参考文献格式的支持不够好。 2.2对参考文献国家标准的全面支持   NoteFirst支持多语言方案,一个引文样式中可以为不同语言的引文提供不同的样式,例如,国标GB/T 7714-2005《文后参考文献著录规则》中规定,期刊论文作为参考文献时,如果作者超过3个,可以只列出前面3个作者,如果是中文文献,省略的作者用 ,等代替,如果是英文文献,省略的作者要用 et al代替。这是大多数国外软件做不到的。   此外,即便参考文献为英文时,如果作者是中国人,要求采用汉语拼音的中国作者姓名一定不缩写。但是大多数期刊在参考文献格式中,要求英文作者采用姓 名缩写规范,这一点和国标是冲突的。NoteFirst不仅仅能区分题录的语言,还要区分作者的国籍。即便是国内的参考文献管理软件业目前也无法支持。 2.3支持EI、SCI中文收录期刊的双语参考文献   EI、SCI收录的中国期刊要求提供中英双语参考文献。例如:    马志刚.基于小波分析的车辆噪声特征提取方法研究 .电子设计工程,2010,18(1):3-7.    MA Zhi-gang. Research of feature extraction of vehicle noise based on wavelet analysis .Electronic Design Engineering, 2010,18(1):3-7. 2.4NoteFirst提供永久免费的普及版版本   NoteFirst的普及版没有使用期限限制。   普及版的限制就是在单文档中只能插入20个引文,可以管理500个文献。这对于一般的期刊论文作者来说基本够用了。 3欢迎各界朋友进行测评和指导   大家知道,一个软件的成熟需要时间,更需要用户的参与。   欢迎科技界和期刊界朋友来对我们的产品进行测评。   NoteFirst的下载地址: http://www.notefirst.com/download   可以为测评的期刊届朋友设定期刊引文样式。   
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