关于biNGO的使用 功能：检测基因小集合相对于大集合的GO词汇富集情况。biNGO为cytoscape的一个插件。 设置几个参数（文件）： （1）select a statisitc test 选择一个统计模型：超几何分布模型/二项式分布 （2）choose a significance level 选择显著水平参数 默认0.05 （3）select the categories to be visualized 选择显示目录：输出基因目录为过表达或者低表达。 （4）select reference set 选择一个集合作为参考： whole annotation as reference set以整个注释作为参考 use network as reference set以测试子集自身作为参考 选择其他 这里用于指定富集分析比较模式 （5）select ontology file 指的是GO词汇定义来源，一般来自于GO社区定义。但是由于GO社区中词汇定义可能会更新，因此会导致当前biNGO中存储的GO词汇过时。所以需要下载后另外指定。 当前已经存储了一些词汇集合，有来自酵母注释的结果(GOSlim_Yeast)，植物注释结果（GOSlim_Yeast）以及全部GO_Full，以及GO中的一部分如GO_Molecular_Function等。如果选择了上述条款，那么后续“Select Namespace”就不再需要选择了。 选择“custom”进行定制，那么可以制定一个文件对GO词汇进行解释。 （6）select namespace 对应于（5）custom定制提供了GO词汇表后，需要进一步指定三类中哪一类用于分析。 （7）select organism/annotation biNGO已经存储一些模式物种的基因组层面的GO注释结果。如果测试集来自这些物种那么可以直接指定。如果不是，那么可以定制。模式物种GO注释最新结果可以来自于 http://geneontology.org/page/download-annotations，然后在此处定制即可。 如果不是模式物种，那么可以进一步自己定制，定制格式为： (species=Saccharomyces cerevisiae)(type=Biological Process)(curator=GO) '这一行必须要有！！！！ 基因编号 = GO编号 gene1 = 0000004 要想把富集分析结果输出，那么需要在选中BiNGO setting对话框的最下面一行的check box for saving data 然后保存富集分析的结果到指定位置，如rlt.obo 产生文件信息如下： File created with bingo (c) on Oct 23, 2017 at 10:57:25 PM ontology: unknown curator: unknown Selected ontology file : /home/common-software/installed/Cytoscape_v3.5.1/download-by-ljd/go.obo Selected annotation file : /home/liujd/08_lncRNA/015_find_co-expression_genes_of_diff_lncRNA/BP.genome.anno.txt Discarded evidence codes : Overrepresentation Selected statistical test : Hypergeometric test Selected correction : Benjamini Hochberg False Discovery Rate (FDR) correction Selected significance level : 0.05 Testing option : Use whole annotation as reference set The selected cluster :（被评估的基因列表） No annotations were retrieved for the following entities:（被评估基因中没有注释的基因列表） GO-ID p-value corr p-value x n X N Description Genes in test set（列出GO富集结果） https://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Customize.html
标签: 富集
