专利制度曾一度被喻为天才制度，但发展至今，随着其权利客体增多、涉及时空范围扩大、渗透力度加强而成为一种备受争议的制度。 美国前总统亚伯拉罕林肯说：专利制度是给天才之火浇上利益之油（The Patent System adds the fuel of interest to the fire of genius），事实上，在19世纪和20世纪的发展进程中，美国从一个穷乡僻壤般的殖民地发展成世界领先的经济和技术强国，专利制度功不可没。 但近年来南非一些团体却认为：专利权杀人！因为专利权保护，专利药品价格虚高，第三世界不少人吃不起药、看不起病，生命健康受到威胁；20%的人类基因目前都已被授予了专利。基因专利给予所有权人享有的独占权高达20年之久，在此期间非所有权人使用该专利基因进行医学研究、诊断或治疗都将受到限制。 美国两名重要的专利和经济创新专家（杰夫和勒纳）也认为：美国的专利系统在美国发展的车轮中已经变成了沙子，而不是润滑剂。他们认为在20世纪80年代末期开始的美国的专利法律变革将专利系统从一个创新激励器转变为一个威胁创新过程本身的诉讼和不确定性发生器。 追本溯源，世界上第一部真正现代意义的专利法英国专利法是作为《垄断法》的例外情形诞生的，与垄断法不同，专利制度不仅不反垄断，反而在积极地容许垄断，从而在反垄断法上开了一个大洞。可以说，专利保护制度是以一种合法垄断和静态损失（垄断定价带来的无谓的损失、发明的无效率以及获得、维持和实施专利权的高昂成本）为代价换取创新激励的迫不得已的制度安排。正因为如此，专利制度有着与生俱来的缺陷，这种缺陷历经专利制度400年的发展从未消除。 鸟瞰今日创新活动，关于专利的法律纠纷竟然惊人地增多。更令人担忧的是，行为人被控告侵犯专利权的风险以及为避免被控告而向专利持有人支付的专利使用费，正日益成为将新产品和新工艺推向市场的主要成本。因此，专利系统原本期望能促进和保护创新正在产生浪费和不确定性，它阻碍并威胁到技术创新过程。许多个人和公司已经为微小的甚至并不存在的发明申请并获得了专利。此外，许多专利获得者已经通过控告(或威胁控告)他们行业中真正的创新者来增强其专利的法律优势。结果是，有价值的技术在诉讼和许可证交易协商的罗网中已经变得纠缠不清。 事实上，当下专利制度面临的问题远不止如此。发达国家强推全球专利制度，使得专利制度的地域性面临挑战 ；专利申请激增加之复杂流程所构筑的审查困局，使得专利制度的经济性饱受质疑 ；知识产权被认为是富国的食粮，穷国的毒药 ，尤其是关乎人类健康、道德与安全的药品专利、生物技术专利（人类基因专利），使得专利制度的正当性面临拷问。专利制度该何去何从？ 子曰：过犹不及，意思是说，过头和达不到的效果一样，其实就是说物极必反，中庸之道才是好的。笔者认为，专利制度的中庸之道，当是专利制度作为多种激励技术创新制度中的一种，与其他技术创新激励制度相谐互补。一些不适宜用专利保护的领域可以其他激励制度取而代之；有些领域仅有专利制度不够，则可以采用另外的激励制度弥补其不足。事实上， 经济学家一直在寻找更好的替代或是补充机制，譬如 创新奖励基金制度、 政府购买专利制度、 非独占专利制度、 专利补贴制度，等等。
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